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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00021165 ID=TCONS_00021165|Name=TCONS_00021165|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3463bp
GCATTAAAATGATATGTCAATACTTTACACACATCTATACAATACTTTTG
AAAATACAACACACATACACACATAAACGAACCTTTTGAGAAGACAAGTT
TCAAAAAGAGGCGTTCAGAATTTTATATACGAGCAGGCACTCGTGAAGAC
AAgaacgaaattttcagaagacAAATTTTACAATAATACACGGTTTAGAG
ACGAAGCAAGCACAcatcataaaagaaatcaaaatggccgaagaaaagaa
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ATCGTCAAAGGTGCTCTCGGTACATTCATGGTTCTAACCTTTGGAAATCT
AACAGAGGAAGTTGCTACAGTCAATCTAGCTGCTTATCCAATCTGGAGTA
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GGAATGTTCGTCGTCAGTTTAACTTTCGATGATGCCTTTCTAACCTACTT
CCCTCACTTGAATCGTGACTCNCAATCAGTGGAGATGTTCGGTGGAGTTA
TCATGTATGTGGTTCTTCTTGGTACCGTCTGGGCAGACatgtttcaaaaa
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TGTTTCACTCAAATCTCTGTATGGTCGTTGGTCAATGTTCCACCATTTGA
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CTCATGCCGTCTTTCCAAGTATTGAAGGATCTATGAGAAAACCAGAACAG
TTTAACGGTATGATGAACTCGTCTTTCCTGCTAGCCGCTATCGTCAAAGG
TGCTCTCGGTACATTCATGGTTCTAACCTTTGGAAATCTAACAGAGGAAG
TTGCTACAGTCAATCTAGCTGCTTATCCAATCTGGAGTAAAGTGGCAACC
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CGTCAGTTTAACTTTCGATGATGCCTTTCTAACCTACTTCCCTCACTTGA
ATCGTGACTCTAAATTTCATTGGGTCTGGCTCCTTATCACGCGGCCGCTT
TTGATCGCATTCGCTCTTTTCTTGGCTATAATGGTACCCCATTTCGGACT
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ttcACGTTTGGGTGTAATTCCTAAAATCAATGGTAACCTGTGGTAATATA
AAAACAACTCTTGTTGACAAAGGAGTCTAAATTGTGTAAGAGACTATTCT
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TTGAATGTGTAATAACAAAAATGGCAGAACATTAGAAATAGAAGGCAATA
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CTTTTTTATGTAAACTTCCCTGAGGCCAATTTTTGTTTCTGTTTGGTAAT
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tttttcattttgatatcaCATGCACCCCATAGTTGAACGTCtaatcatta
ttcaaaaatgTACAACGATCAAGCTTTCTTGACTTAAGGGAAGTGATTTA
CaagcaacaaaaaaattattattgatattcaaaaaatgtaaattctGGGC
CAGTCTGCCTTTAGGGCTTTCAATTATTCGAGTTAAGTAAAATTTGAGgg
atttgaagaattttcaccCCTTCTTTATATAATGGCCTCTTAAGACTTTA
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aatataaatataCAATATTAGCATATAAAATCTGTACAGCtatatatttt
ttgtcaatccttaattttattacaaattttttttaacgatttagcttttt
tgatataaaaatattttgtattataTAACATAACAAACTAAATGAAATTG
ACAAAGAATTAATATAGAATcgaattgtaaaaatttgttgtatTACTCCT
CTGATTTTAAAAC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00021165-protein >TCONS_00021165-protein ID=TCONS_00021165-protein|Name=TCONS_00021165-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=721bp
MAEEKKFFRRLFRKMERTNSVISDTLPVVTEESYYPDGADAFGDSVEPPA
GDMGNESINTNYALVESGKSSKYGAAKKRRSFLHSKQFRSFRSASLSVSM
LEKPSDDRKAHAFLAGWNVSNLIQGTGILGVPYAVQQGGWAAVAMIFIVA
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QSVEMFGGVIMYVVLLGTVWADMFQKYTGLGMKEWAALNCCISLPTLFIT
KMSIVSWLSMLSVFSLMSALVTLIAFCFTQISVWSLVNVPPFDPQTFPVG
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LTFGNLTEEVATVNLAAYPIWSKVATFLVIGNVLLAIPLGMFVVSLTFDD
AFLTYFPHLNRDXQSVEMFGGVIMYVVLLGTVWADMFQKYTGLGMKEWAA
LNCCISLPTLFITKMSIVSWLSMLSVFSLMSALVTLIAFCFTQISVWSLV
NVPPFDPQTFPVGFGIIVFSYCAHAVFPSIEGSMRKPEQFNGMMNSSFLL
AAIVKGALGTFMVLTFGNLTEEVATVNLAAYPIWSKVATFLVIGNVLLAI
PLGMFVVSLTFDDAFLTYFPHLNRDSKFHWVWLLITRPLLIAFALFLAIM
VPHFGLLMGVIGSLTGTCLCFLFPCYFHLKLRWNTLAKWEVAVDVAIMVF
GLIAGSLGFAFSTKALIMTYL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000379:224156..234132+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00021165 ID=TCONS_00021165|Name=TCONS_00021165|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9977bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000379:224156..234132+ (Clytia hemisphaerica)
GCATTAAAATGATATGTCAATACTTTACACACATCTATACAATACTTTTG
AAAATACAACACACATACACACATAAACGAACCTTTTGAGAAGACAAGTT
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AAgaacgaaattttcagaagacAAATTTTACAATAATACACGGTTTAGAG
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TTTAAGCTTGACACCTtttctaaagatatttatttccATGATATAGAAAG
AAGgcagaaatttctaaaaatttgcaCTCGAGCAGCACAGGATGGGAAGA
AagttgtttcttttcttttttgaaatgctGTACTTCTTCCAAGCAAATAG
TAGAAGATTCTTTAAAAGGAATATTTTGTTGTAGATTCTATTTCCACGAG
TTCTTAATGATCTGTCCAAATTTTACTGGATTTCGAAAGTCTAATGGCCG
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ttttgtttttgaaaactacttttaaaatttcccattttgtcaaaattagc
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ggTAGACCTTTTTACCCTTAGAGAGGctgttttttgctgaaaaggtgatc
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GACGTTTTTTCTATGAAAACTTATTTGTAAATTCTGACCCTAGGTGCCTC
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tcttttaaagctcaaaaatttttgaaggtcTGTCAAGGTCACTGGATTTA
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tttagctCATTTTAAGGAGCTTCCAGCTTTTTTAACTTCCAACATAGACA
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CGCTCCTCCTGGAATCCCCCCCTGAGGGAGGGATAAAACATCCAGCAGCA
ATTGGTACCTAattttagcctgtggctaggggggagtaaccatgttaggg
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TAATCAAGATTTAAACCTAATTTTTTCAACTGCTGACGATCAGCACTAAT
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TAAAAGATGAAACTTGAagttctataattcaaattttgttttttcttgta
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CCCTTTTCTaaccactttaggttcccggggggtactagggttgctaGCTG
ACAGGGGGTAccacccgactttcgaactttggacccttaccgggactaaa
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AAGGCAAAAGAAATATGTTGGATTCGGAAAAATCCTATTCATCACAATCT
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GCAGAGAATTTGTAATGAAAATTACCGAGGGagggacttaggcaaaaatg
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CTTGAAAGGCTGGCAAAAGTCAAAGAACGGAGAAAGTAACTTCAAAAAGC
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ATGTACTTGATGCATTTATTCATTCATATGAAACCAAAACGTCAAGAGCT
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TCATTTACGGTTTTTAAGGTCAATTTAGTAAAAGACCTTTTTCATTGTCA
ATGATGTTTTCGTTTTGACATTTAATATCCTTTATTTGCGTTTTGTTGAT
ACTTGATATGTGGATTGTGGAATGAATTCAACTATTCCTTTTTTGTACGA
ATGATACCAAGGGGTCGAAAGTTTAAGTGGGAGAGTATTGTTTTATACTT
TATGTCCATGTATAGAATTGTGTGCTCTCCTTCTTCTTGCTTTGAACAAT
ACAGTTTGCATCGTAAGAAGGTGGTTTTTAAAGGAgggtttgattttttg
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TTCATAAGGACGCCATAAAGTCTGTTTGTTGCCTTATTAGTTAGAGTCTA
GTGGAAAGAGATCATTGATATTAAAAGATGTTATTAAATAAAACTCCACT
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GTTCATTTAGATAtcaattcgaatttttcttacATGAAGACATTATTTTG
ATAGACTTTTGTTTTTCCTAGCTTGTTCATTTGCACTTTTTAGCTTAGTT
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GACATGGGTAACGAATCGATCAATACAAATTACGCTTTAGTCGAAAGTGG
GAAATCATCCAAATATGGAGCCGCCAAGAAGCGCCGCAGCTTCCTTCACT
CGAAACAATTCCGAAGTTTCAGATCTGCATCGCTGAGCGTTTCCATGCTT
GAGAAACCGTCTGATGATCGTAAAGCGCATGCATTTTTGGCAGGTTGGAA
CGTCAGTAATTTGATCCAAGGAACCGGAATCTTGGGCGTTCCATATGCAG
TCCAACAGGGTGGATGGGCGGCCGTGGCAATGATCTTCATTGTCGCAATC
TTGTGTTGCCATACTGGTAAACTCCTTATTGAATGCATGTATGAGAAATC
AAAAAAGACTGGAATCAAGCGACGCCTTAGAGTCAATTACCCTGAAGTGG
CCGAAGCAGTGATGGGCCGTAAAGGACTAGTTATTCTTGGAATCATCCAA
TCAGTGGAGATGTTCGGTGGAGTTATCATGTATGTGGTTCTTCTTGGTAC
CGTCTGGGCAGACatgtttcaaaaatatacaGGACTAGGTATGAAAGAAT
GGGCAGCTCTTAATTGTTGCATCAGCTTGCCAACACTGTTTATCACTAAG
ATGTCTATCGTCTCTTGGTTATCCATGTTATCTGTCTTCTCATTGATGTC
AGCCCTGGTGACTCTCATCGCGTTTTGTTTCACTCAAATCTCTGTATGGT
CGTTGGTCAATGTTCCACCATTTGATCCACAAACCTTCCCCGTTGGCTTT
GGTATTATTGTCTTCTCATATTGTGCTCATGCCGTCTTTCCAAGTATTGA
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TCCTGCTAGCCGCTATCGTCAAAGGTGCTCTCGGTACATTCATGGTTCTA
ACCTTTGGAAATCTAACAGAGGAAGTTGCTACAGTCAATCTAGCTGCTTA
TCCAATCTGGAGTAAAGTGGCAACCTTCCTAGTCATCGGTAACGTACTTT
TGGCTATCCCCTTGGGAATGTTCGTCGTCAGTTTAACTTTCGATGATGCC
TTTCTAACCTACTTCCCTCACTTGAATCGTGACTCNCAATCAGTGGAGAT
GTTCGGTGGAGTTATCATGTATGTGGTTCTTCTTGGTACCGTCTGGGCAG
ACatgtttcaaaaatatacaGGACTAGGTATGAAAGAATGGGCAGCTCTT
AATTGTTGCATCAGCTTGCCAACACTGTTTATCACTAAGATGTCTATCGT
CTCTTGGTTATCCATGTTATCTGTCTTCTCATTGATGTCAGCCCTGGTGA
CTCTCATCGCGTTTTGTTTCACTCAAATCTCTGTATGGTCGTTGGTCAAT
GTTCCACCATTTGATCCACAAACCTTCCCCGTTGGCTTTGGTATTATTGT
GTTCTCATATTGTGCTCATGCCGTCTTTCCAAGTATTGAAGGATCTATGA
GAAAACCAGAACAGTTTAACGGTATGATGAACTCGTCTTTCCTGCTAGCC
GCTATCGTCAAAGGTGCTCTCGGTACATTCATGGTTCTAACCTTTGGAAA
TCTAACAGAGGAAGTTGCTACAGTCAATCTAGCTGCTTATCCAATCTGGA
GTAAAGTGGCAACCTTCCTAGTCATCGGTAACGTACTTTTGGCTATCCCC
TTGGGAATGTTCGTCGTCAGTTTAACTTTCGATGATGCCTTTCTAACCTA
CTTCCCTCACTTGAATCGTGACTCTAAATTTCATTGGGTCTGGCTCCTTA
TCACGCGGCCGCTTTTGATCGCATTCGCTCTTTTCTTGGCTATAATGGTA
CCCCATTTCGGACTCTTAATGGGAGTAATAGGTTCCCTCACTGGTACCTG
TTTATGTTTCttatttccttgttatttccaCTTGAAATTGAGATGGAACA
CTTTAGCTAAATGGGAAGTTGCTGTTGATGTTGCCATCATGGTCTTTGGT
CTAATTGCTGGATCCTTGGGATTTGCATTTTCAACGAAAGCCCTTATTAT
GACTTATCTATAGATTAAAGTGGTGATTCTGATATCGCGAAATGAAAGca
tttttaatgaaatattcACGTTTGGGTGTAATTCCTAAAATCAATGGTAA
CCTGTGGTAATATAAAAACAACTCTTGTTGACAAAGGAGTCTAAATTGTG
TAAGAGACTATTCTGAGATCGTATTTTAGTTGTTCAAAACATCTTAACGA
GGTATCAACGTCAATAGTGTGTGTATTGACAAATTTTGTGTAAGGATGAA
AAAATATGATCCTTTTGAATGTGTAATAACAAAAATGGCAGAACATTAGA
AATAGAAGGCAATACTTGAACTTTCGTACAACCTTCAAtgtatcaaattt
ctttttgttcagTTTATTTATCAAATAATGTATGGTCCTTGATCTAAATA
TTTGTCAAGGCTTACTTTTTTATGTAAACTTCCCTGAGGCCAATTTTTGT
TTCTGTTTGGTAATTTTCCGATTCAAGATTCgacttgtttttaatatttt
tggcaCATGGctagtttttcattttgatatcaCATGCACCCCATAGTTGA
ACGTCtaatcattattcaaaaatgTACAACGATCAAGCTTTCTTGACTTA
AGGGAAGTGATTTACaagcaacaaaaaaattattattgatattcaaaaaa
tgtaaattctGGGCCAGTCTGCCTTTAGGGCTTTCAATTATTCGAGTTAA
GTAAAATTTGAGggatttgaagaattttcaccCCTTCTTTATATAATGGC
CTCTTAAGACTTTAACCGCAGGATTGCTTCAAATCTACATTTGATCTCCG
CCTTTATAACTCAAATCACTCTTCTTGGGTAAACAAATTCCTATTGTAta
gcaaattattttgaaatataaatataCAATATTAGCATATAAAATCTGTA
CAGCtatatattttttgtcaatccttaattttattacaaattttttttaa
cgatttagcttttttgatataaaaatattttgtattataTAACATAACAA
ACTAAATGAAATTGACAAAGAATTAATATAGAATcgaattgtaaaaattt
gttgtatTACTCCTCTGATTTTAAAAC Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000379:224156..234132+ >TCONS_00021165 ID=TCONS_00021165|Name=TCONS_00021165|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=4332bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000379:224156..234132+ (Clytia hemisphaerica)
atggccgaagaaaagaaattctttaGAAGGTTATTTCGCAAAATGGAAAG
AACCAACTCAGTCATAAGTGATACCTTACCTGTCGTCACAGAAGAATCGT
ACTATCCAGATGGTGCTGACGCTTTCGGTGACAGCGTTGAGCCACCTGCA
GGGGACATGGGTAACGAATCGATCAATACAAATTACGCTTTAGTCGAAAG
TGGGAAATCATCCAAATATGGAGCCGCCAAGAAGCGCCGCAGCTTCCTTC
ACTCGAAACAATTCCGAAGTTTCAGATCTGCATCGCTGAGCGTTTCCATG
CTTGAGAAACCGTCTGATGATCGTAAAGCGCATGCATTTTTGGCAGGTTG
GAACGTCAGTAATTTGATCCAAGGAACCGGAATCTTGGGCGTTCCATATG
CAGTCCAACAGGGTGGATGGGCGGCCGTGGCAATGATCTTCATTGTCGCA
ATCTTGTGTTGCCATACTGGTAAACTCCTTATTGAATGCATGTATGAGAA
ATCAAAAAAGACTGGAATCAAGCGACGCCTTAGAGTCAATTACCCTGAAG
TGGCCGAAGCAGTGATGGGCCGTAAAGGACTAGTTATTCTTGGAATCATC
CAATCAGTGGAGATGTTCGGTGGAGTTATCATGTATGTGGTTCTTCTTGG
TACCGTCTGGGCAGACatgtttcaaaaatatacaGGACTAGGTATGAAAG
AATGGGCAGCTCTTAATTGTTGCATCAGCTTGCCAACACTGTTTATCACT
AAGATGTCTATCGTCTCTTGGTTATCCATGTTATCTGTCTTCTCATTGAT
GTCAGCCCTGGTGACTCTCATCGCGTTTTGTTTCACTCAAATCTCTGTAT
GGTCGTTGGTCAATGTTCCACCATTTGATCCACAAACCTTCCCCGTTGGC
TTTGGTATTATTGTCTTCTCATATTGTGCTCATGCCGTCTTTCCAAGTAT
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CTTTCCTGCTAGCCGCTATCGTCAAAGGTGCTCTCGGTACATTCATGGTT
CTAACCTTTGGAAATCTAACAGAGGAAGTTGCTACAGTCAATCTAGCTGC
TTATCCAATCTGGAGTAAAGTGGCAACCTTCCTAGTCATCGGTAACGTAC
TTTTGGCTATCCCCTTGGGAATGTTCGTCGTCAGTTTAACTTTCGATGAT
GCCTTTCTAACCTACTTCCCTCACTTGAATCGTGACTCNCAATCAGTGGA
GATGTTCGGTGGAGTTATCATGTATGTGGTTCTTCTTGGTACCGTCTGGG
CAGACatgtttcaaaaatatacaGGACTAGGTATGAAAGAATGGGCAGCT
CTTAATTGTTGCATCAGCTTGCCAACACTGTTTATCACTAAGATGTCTAT
CGTCTCTTGGTTATCCATGTTATCTGTCTTCTCATTGATGTCAGCCCTGG
TGACTCTCATCGCGTTTTGTTTCACTCAAATCTCTGTATGGTCGTTGGTC
AATGTTCCACCATTTGATCCACAAACCTTCCCCGTTGGCTTTGGTATTAT
TGTGTTCTCATATTGTGCTCATGCCGTCTTTCCAAGTATTGAAGGATCTA
TGAGAAAACCAGAACAGTTTAACGGTATGATGAACTCGTCTTTCCTGCTA
GCCGCTATCGTCAAAGGTGCTCTCGGTACATTCATGGTTCTAACCTTTGG
AAATCTAACAGAGGAAGTTGCTACAGTCAATCTAGCTGCTTATCCAATCT
GGAGTAAAGTGGCAACCTTCCTAGTCATCGGTAACGTACTTTTGGCTATC
CCCTTGGGAATGTTCGTCGTCAGTTTAACTTTCGATGATGCCTTTCTAAC
CTACTTCCCTCACTTGAATCGTGACTCTAAATTTCATTGGGTCTGGCTCC
TTATCACGCGGCCGCTTTTGATCGCATTCGCTCTTTTCTTGGCTATAATG
GTACCCCATTTCGGACTCTTAATGGGAGTAATAGGTTCCCTCACTGGTAC
CTGTTTATGTTTCttatttccttgttatttccaCTTGAAATTGAGATGGA
ACACTTTAGCTAAATGGGAAGTTGCTGTTGATGTTGCCATCATGGTCTTT
GGTCTAATTGCTGGATCCTTGGGATTTGCATTTTCAACGAAAGCCCTTAT
TATGACTTATCTATAGatggccgaagaaaagaaattctttaGAAGGTTAT
TTCGCAAAATGGAAAGAACCAACTCAGTCATAAGTGATACCTTACCTGTC
GTCACAGAAGAATCGTACTATCCAGATGGTGCTGACGCTTTCGGTGACAG
CGTTGAGCCACCTGCAGGGGACATGGGTAACGAATCGATCAATACAAATT
ACGCTTTAGTCGAAAGTGGGAAATCATCCAAATATGGAGCCGCCAAGAAG
CGCCGCAGCTTCCTTCACTCGAAACAATTCCGAAGTTTCAGATCTGCATC
GCTGAGCGTTTCCATGCTTGAGAAACCGTCTGATGATCGTAAAGCGCATG
CATTTTTGGCAGGTTGGAACGTCAGTAATTTGATCCAAGGAACCGGAATC
TTGGGCGTTCCATATGCAGTCCAACAGGGTGGATGGGCGGCCGTGGCAAT
GATCTTCATTGTCGCAATCTTGTGTTGCCATACTGGTAAACTCCTTATTG
AATGCATGTATGAGAAATCAAAAAAGACTGGAATCAAGCGACGCCTTAGA
GTCAATTACCCTGAAGTGGCCGAAGCAGTGATGGGCCGTAAAGGACTAGT
TATTCTTGGAATCATCCAATCAGTGGAGATGTTCGGTGGAGTTATCATGT
ATGTGGTTCTTCTTGGTACCGTCTGGGCAGACatgtttcaaaaatataca
GGACTAGGTATGAAAGAATGGGCAGCTCTTAATTGTTGCATCAGCTTGCC
AACACTGTTTATCACTAAGATGTCTATCGTCTCTTGGTTATCCATGTTAT
CTGTCTTCTCATTGATGTCAGCCCTGGTGACTCTCATCGCGTTTTGTTTC
ACTCAAATCTCTGTATGGTCGTTGGTCAATGTTCCACCATTTGATCCACA
AACCTTCCCCGTTGGCTTTGGTATTATTGTCTTCTCATATTGTGCTCATG
CCGTCTTTCCAAGTATTGAAGGATCTATGAGAAAACCAGAACAGTTTAAT
GGTATGATGAACTCGTCTTTCCTGCTAGCCGCTATCGTCAAAGGTGCTCT
CGGTACATTCATGGTTCTAACCTTTGGAAATCTAACAGAGGAAGTTGCTA
CAGTCAATCTAGCTGCTTATCCAATCTGGAGTAAAGTGGCAACCTTCCTA
GTCATCGGTAACGTACTTTTGGCTATCCCCTTGGGAATGTTCGTCGTCAG
TTTAACTTTCGATGATGCCTTTCTAACCTACTTCCCTCACTTGAATCGTG
ACTCNCAATCAGTGGAGATGTTCGGTGGAGTTATCATGTATGTGGTTCTT
CTTGGTACCGTCTGGGCAGACatgtttcaaaaatatacaGGACTAGGTAT
GAAAGAATGGGCAGCTCTTAATTGTTGCATCAGCTTGCCAACACTGTTTA
TCACTAAGATGTCTATCGTCTCTTGGTTATCCATGTTATCTGTCTTCTCA
TTGATGTCAGCCCTGGTGACTCTCATCGCGTTTTGTTTCACTCAAATCTC
TGTATGGTCGTTGGTCAATGTTCCACCATTTGATCCACAAACCTTCCCCG
TTGGCTTTGGTATTATTGTGTTCTCATATTGTGCTCATGCCGTCTTTCCA
AGTATTGAAGGATCTATGAGAAAACCAGAACAGTTTAACGGTATGATGAA
CTCGTCTTTCCTGCTAGCCGCTATCGTCAAAGGTGCTCTCGGTACATTCA
TGGTTCTAACCTTTGGAAATCTAACAGAGGAAGTTGCTACAGTCAATCTA
GCTGCTTATCCAATCTGGAGTAAAGTGGCAACCTTCCTAGTCATCGGTAA
CGTACTTTTGGCTATCCCCTTGGGAATGTTCGTCGTCAGTTTAACTTTCG
ATGATGCCTTTCTAACCTACTTCCCTCACTTGAATCGTGACTCTAAATTT
CATTGGGTCTGGCTCCTTATCACGCGGCCGCTTTTGATCGCATTCGCTCT
TTTCTTGGCTATAATGGTACCCCATTTCGGACTCTTAATGGGAGTAATAG
GTTCCCTCACTGGTACCTGTTTATGTTTCttatttccttgttatttccaC
TTGAAATTGAGATGGAACACTTTAGCTAAATGGGAAGTTGCTGTTGATGT
TGCCATCATGGTCTTTGGTCTAATTGCTGGATCCTTGGGATTTGCATTTT
CAACGAAAGCCCTTATTATGACTTATCTATAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00021165-exon-sc0000379-1491911889:224156..224418 | TCONS_00021165-exon-sc0000379-1491911889:224156..224418 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021165-exon-sc0000379-1510915933:224156..224418 | TCONS_00021165-exon-sc0000379-1510915933:224156..224418 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021165-exon-sc0000379-1575043694:224156..224418 | TCONS_00021165-exon-sc0000379-1575043694:224156..224418 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021165-exon-sc0000379-1491911889:230933..234132 | TCONS_00021165-exon-sc0000379-1491911889:230933..234132 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021165-exon-sc0000379-1510915933:230933..234132 | TCONS_00021165-exon-sc0000379-1510915933:230933..234132 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021165-exon-sc0000379-1575043694:230933..234132 | TCONS_00021165-exon-sc0000379-1575043694:230933..234132 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000379 | supercontig | sc0000379:224156..234132 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR013057 | AA_transpt_TM |
Blast
BLAST of TCONS_00021165 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: VIAAT (Vesicular inhibitory amino acid transporter OS=Homo sapiens GN=SLC32A1 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 170.629 bits (431), Expect = 2.096e-44 Identity = 116/371 (31.27%), Postives = 193/371 (52.02%), Query Frame = 3
Query: 549 DDRKAHAFLAGWNVSNLIQGTGILGVPYAVQQGGWAAVAMIFIVAILCCHTGKLLIECMYEKSKKTGIKRRLRVNYPEVAEAVMGRK----GLVILGIIQSVEMFGGVIMYVVLLGTVWADMFQKYTGL--GMKEWAALNCCISLPTLFITKMSIVSWLSMLSVFSLMSALVTLIAFCFTQISVWSLVNVPPF-DPQTFPVGFGIIVFSYCAHAVFPSIEGSMRKPEQFNGMMNSSFLLAAIVKGALGTFMVLTFGNLTEEVATVNLAAYPIWSKVATFLVIGNVLLAIPLGMFVV-----SLTFDDAFLTYFPHLNRDSQSVEMFGGVIMYVVLLGTVWADMFQKYTGLGMKEWAALN---CCISLPTLF 1616
D K A+ AGWNV+N IQG +LG+PYA+ GG+ + +I A++CC+TGK+LI C+YE+++ G R+R +Y +A A + G ++ + Q +E+ I+YVV+ G + M+ + GL K W+ + + LP F+ + VS S+L + + +IA+C ++ W+ V + D + FP+ GIIVFSY + PS+EG+M++P +F+ MMN + + A ++KG LT+ + T+EV T NL I + V FLV LL+ PL F F + +FP ++ +G + +++ T+ ++ + L M +L C LP+LF
Sbjct: 112 DKPKITAWEAGWNVTNAIQGMFVLGLPYAILHGGYLGLFLIIFAAVVCCYTGKILIACLYEENED-GEVVRVRDSYVAIANACCAPRFPTLGGRVVNVAQIIELVMTCILYVVVSGNL---MYNSFPGLPVSQKSWSIIATAVLLPCAFLKNLKAVSKFSLLCTLAHFVINILVIAYCLSRARDWAWEKVKFYIDVKKFPISIGIIVFSYTSQIFLPSLEGNMQQPSEFHCMMNWTHIAACVLKGLFALVAYLTWADETKEVITDNLPG-SIRAVVNIFLV-AKALLSYPLPFFAAVEVLEKSLFQEGSRAFFPACYSGDGRLKSWGLTLRCALVVFTLLMAIYVPHFALLMGLTGSLTGAGLCFLLPSLF 476 HSP 2 Score: 150.214 bits (378), Expect = 1.025e-37 Identity = 114/316 (36.08%), Postives = 162/316 (51.27%), Query Frame = 3
Query: 1470 SQSVEMFGGVIMYVVLLGTVWADMFQKYTGL--GMKEWAALNCCISLPTLFITKMSIVSWLSMLSVFSLMSALVTLIAFCFTQISVWSLVNVPPF-DPQTFPVGFGIIVFSYCAHAVFPSIEGSMRKPEQFNGMMNSSFLLAAIVKGALGTFMVLTFGNLTEEVATVNLAAYPIWSKVATFLVIGNVLLAIPLGMFVV-----SLTFDDAFLTYFPHLNRDSKFHWVWLLITRPXXXXXXXXXXXMVPHFGLLMGVIGSLTGTCLCFLFPCYFHLKLRWNTLAKWEVAVDVAIMVFGLIAGSLGFAFSTKALIMTY 2393
+Q +E+ I+YVV+ G + M+ + GL K W+ + + LP F+ + VS S+L + + +IA+C ++ W+ V + D + FP+ GIIVFSY + PS+EG+M++P +F+ MMN + + A ++KG LT+ + T+EV T NL I + V FLV LL+ PL F F + +FP W L R L+ F L +AI VPHF LLMG+ GSLTG LCFL P FHL+L W L +V DVAI V G I GF S + LI Y
Sbjct: 209 AQIIELVMTCILYVVVSGNL---MYNSFPGLPVSQKSWSIIATAVLLPCAFLKNLKAVSKFSLLCTLAHFVINILVIAYCLSRARDWAWEKVKFYIDVKKFPISIGIIVFSYTSQIFLPSLEGNMQQPSEFHCMMNWTHIAACVLKGLFALVAYLTWADETKEVITDNLPG-SIRAVVNIFLV-AKALLSYPLPFFAAVEVLEKSLFQEGSRAFFPACYSGDGRLKSWGLTLRCALVVFTLLMAIYVPHFALLMGLTGSLTGAGLCFLLPSLFHLRLLWRKLLWHQVFFDVAIFVIGGICSVSGFVHSLEGLIEAY 519
The following BLAST results are available for this feature:
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