TCONS_00018281 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00018281
Unique NameTCONS_00018281
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2988

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00018281 ID=TCONS_00018281|Name=TCONS_00018281|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2988bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000295:75106..115138-

Legend: exon
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>TCONS_00018281 ID=TCONS_00018281|Name=TCONS_00018281|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=40033bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..115138- (Clytia hemisphaerica)
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TCTTCTTGTCATCGTTTGTCTTCTTAATTCCACACAATAATGTCTTGACA AGAATTTGGAAAATTTATAAAGAATTTTGTATAAGTCGTTAACTACCGCT CCTTAGATTTAAATTTAGACTGATTTTTTGATAGATGTTATCAATTTCCT TGGCGGATACTTTCATTTGTTTTGGAATTCCATGTATACTTTAGATTGTT ATTAGCAATATTTTTAGGTTTCAGAGATTCCGGAATAGGGCTAAAAATGA CCCTGTTCTGATATTCCTATAATTGACGGATCAACAAGCTTGTCAGTTTA TAACCTAATATTCGACAATTACTACCCCTCAAAGGAGACCCCCTTATTTT GAACTACAGTCTTTCTACTCTCTCAGAATAATATGTAAACTAATAATATG GTGGGTTCATCATTAGATTTAGATTCTAACGGTAGATAGCAAAACCAAAG CAAGGCGATCTTAGGCAAGTCTTTCAAAATTAGATTTTACTGAAAACCCA CTACACGAGATTGACGTAGATTTGACGAATTTGTCTCCCCTATCGTGATA TAAAAGTCGCAAAGTGGAATAGACGTTAATTGCGTAAAAAAACGCGGGTG ACGTCTAGTATAGGCTATCCCCTATCGTGATATTTCAATGTAAGTGCCAA TTATGCTATACAGTCTCCCATAAAAAACCTTTCATGCCTGCCAAGTTGAA TTCAGCTCGTCAACAACATGTGACGATTTTATCTCCTTAATATGTCTTTT TTGGAATTACAAGCGTGCTACTATTTCCGTCGACGGGAAATCAAACTCAT TAAAATATGTTGGTTCATTTCTCATTAAAAGTGATTGTTTTTTTATGAAA AGCAACCCTAATCTTCCTTTGAATTTAATTAAAAGAAATTTTGGTGTATT TTGCAACATAATTTTGTAAAATTTAGGAAAAACCGATATCTTTTGGTTTT TGAATAATGCTCATTTTTTGATTGCATCTTTTCGCCTGATTTTTCAGTCA TGAAATTTGTACTAAAATTACGACTAGCTATTTGGTAAATTTACTTGCAA TTCTTCTTATGCCTAAAATAAAGTTTCGAAAATTGCTTGAAAATTATCGT CTAATCATTACGGTTAAATTGCCATATGAACAGACAGACATTATAAATAC TGCAACCAAAACAAAGCTATTAGTAAAAAAACTCCAAGTTGACAGTTTAA TAGGGTGTTTGGTTGACACTTCGATCTTTTGCTGTTAATCATCTAAATGC AATTTTAAGTACCGCAATTCTTCATTTTCGACATTATTTTCGTAACATTT TTTTACTGACGCAAATTATAAACGCCTTGTTGTACGCGCGGCCCGGATAT TGGTCATTTAGTTTCTTATGTAACACTACCTAGCGTTTGAATTTTGAATT TTTTGAAAGAGCGCGAGACGTTTTTGGTTCAAAAGATACCGCACAATTTA CATTTCATGATAATTAGTTTTTCTTTTAATTGAAACCTATTTCATATGCT AGCCTTTGGGTTATTACTTTTATTCATATTCTAGACAAGATGCTCTGCTC CCTTCACTCTTCTTTTTTTTTCAATAAAGATGGCTAACTTTTCTTCGAGG ATACACAAGAAAATATAATCACATTATAGCGTTTATCTTCATTACAAACC GTAATATGAGTTCAGTAATATCTAATGACAGATTTGAAACAAACTCCCGA TTTTTATCACAGCAAGGGGTCTTCAAACAGAACCCACATAATTGGGTCAA AAGGTTTTTCAGTTGACCACCATCTTGAAATTTATACAACAATCTACCCT AAAGAAGATTGACGGCTTATGGGGCTTTGTTGTTGTTGTATGATCTTTGT GTTTTATAGATCACGCTGCGCTCTTAAACAAATCTCATTAATCAATTAAA ATTCTCAACCTCTTTTTAAAATGACCGCATAAAATATGAAATTCGTAATT TTTGATTCGATGAAGACTTTCTTCAATTTATGACGTAGGTCATAAACATA GCATTATATTTATTCATCAGATTCTAGTCACCAAATATCGACCCGACCTC CACCTAACCTTGAAACCTATGACGTCGAATGATTAACTGTCAAAAATATT GAGGGAATCTTTACCATAAAAGATAAATTTTATATATTATCAAAAATTGT GATCAGTTTTTTCTGGATTCTGATTTATAATCCTGGCTGATCTCCTATTA TAATCGATTCACTATCAACTAAACTCATCATTTAAAACCAAACTTTCAAC TCACAAACTATCGGCTCGAACGAAATGAAATACGCTCATACCTGCTCTAT CAAAATCAGTATGATTCACTTATTTGTCCGAGAAAAATGGTTTCAAAGTC TATAATTGAACTGTTGAAACTGCCTAATATTTAAAGAGGTGTGTTTCATG TTTAGTTTTTAACCATATCTTTTTTCCATTCTCTTTATGTAGGAAAATAT GTCGTCACTGTCGGTGCAGTAGAGAAGATCACTGCTTACTACCGCCTACC ATACAAGAGAAAACGTACAGTATAAGTAAATTTGCTGACCAACATCCAAG CAGTATGGGTAATGATGGAGATAGTGGATGCTCGACTGAAGAATATGCAT GGGTGCCACCTGGCGTCTCTGGAGAACTGGTATGTGAAAAAAACTGCTAT TTTCGTTTCTTGACGTACTGTATACAAAAGTTCCGGTTCACTAAGGTTGA ATGAACGAATGAATTGTTTTTTTTATCGGAAGGATAGTGACTTGGATCCC AGCTATGGGCATCTATAAGATTTCAAACCAAATTATCAGATTAAAAAAAA GGGTTTTTGATTGACGTGTGGGATTATTTTTGAGCGTGATGTCTTGATAA AGTCTTGTGACACATGTTGAATATTCTACATTCTTGAAAATCACTGAAAT TCTACTCATCATTTGTCATTCATGTTAATCTTGTCAGACCTCCTTTCCTC AATTGAATGATCATCTACTTTAAAAGTTCATTTTTAGTACAAATCCCTCT TACTTTAAACGTATTTCAAATTTCAATACCCCATGATCAGATTTATTACC AATTCTGAGGATCATCTTCTCTTGAATGTCATTTTTGATGCATGGATTTG CAAACTTGGAATAGGGCCTTTTTTGATGTGCAATATTTTGAATTTGAACT TGCTAAAGAATTGAGAAACTTTGATTCAGAAGACTTGTAAATGTCATTGT TTATACAAAAGCCAAAAAGTCGAAAGCCCCATACTGCTGCTTGGGTAATA TTGAAATTCCACAGTTTTATTACGTAACATTTGAACAGTTATAATAAAAA ATCCGGTTTTTTTTATGGCGGGGGGTAAACCTGGGACCCTTCGCGTTATG ACCCAGCGTTCTACATAGTGATCTTACCATTCGATATCTCGTACTGACAT AATTAACCAATGACAACTAAGTTTAATGCAAATTAAACATATATTTAACT TGTTATTGATTATTGCATTTTTTATCTCGTCAGAGAGAACTTTCTACATC ATTAGAACAAGATCTCATTAAGCCTCAATCTTTTTTAGGTCAATGCTTAC ATGAACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTATTGGTGA AAACTATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCATGATAGCG ATTCAAAACATTGTCATAATTTATCTGAAGAAGAAAAACGTGAACTTCGC AGTTTTCACGGTCGACGACGTAAAGATTGTTTGGGTAGAGGAAACGTCCG CTTATTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTCTGCCAACAGGTAA CGAGAGATTATGTTTTCATTTAAAAGTATTTCTAATGAGTAAATTGTCGA AGGTTTTTTTAAATGTGGTTTAAAAAAGGGTTTAAATCTTTGTTTATAGA TGACTTTCTTTCTTGAAAAAGGAAATAAAATATGCTATTACTTCTTTAAT AAAGTGAAGCTTTTTTTTGCAAATGTTCAAACATTTACTTTGTTTCATAT CAGTGTTCCAAACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGCCTGGCG AGCAGGAAAAGAAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTACCACGT GTCAAGAATTGTTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGACGCGTC TATTGCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTGAAACCTAGATGTTCAGCTTG TGACGAGGTTAGTNGGGACGCGTCTATTGCGGACGTCATCATGCTGAATT GTTGAAACCAAGATGTTCAGCTTGTGACGAGGTTAGTGTTTAATAAAAGC TTTCTATCTTAAATGCCTTTGCTTGTACTTTCTACCAAGGTTGCATGCTA AACAGGCTATTTCTTGTTAGGGGAGAAAATATTTCACTCTACCGTAGGTG TTTTATTCATAAGTTAAAGTTTTAATTTGTGGACTTTTTTTTTGGACTAT GAAGTTCACTTACTTAACCTTTTTTTGCCTTTCATTTTTCAGATCATTTT CTCGGATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCTGGCATTTGGGACATT TCGCATGTTACGAGTGTGACAGTTCACTCGGTGGACAACGTTACGTCATG CGTGATAACCATCCAATTTGTTGCGTCTGTTTTGAGAAAATGTTCGCTGA GTTTTGCGATTCGTGTGGAGAGCCGATCGGTATCGATGTCGGTCAAATGG CACACGGCAGTCAACATTGGCACGCGAATGAGAAATGCTTCAGCTGTTTC AATTGCGGACAAACGTTACTCGGCCAACCATTTCTACCGAAAAACGGAGA AATCTTTTGCTCTTCCGGTTGTAGTCGGGGCATCCCACCACCGAATCCGG TTAACCCGAAATATCCTCCTCGATCAGCGTCAAGAAACCGATCTTACAGA CCGTCGTCAGAAAGTTCAAACAATAATTCACGCGACGGGTATGTCAGTTC CAGTACAATGTCACCTGAACCGGTTCGCAAAATCGTCGAAATCAGATCGA AGGCTAGTTATCGAAGTTCTTTGGATAAATACGGTCTAGCAGCAGCAGAG AAAATCGGTGATATAGTACGTAATATGCCGAACGGTGGCGTAATAAAGGA AGAAAGTGACGAAAAAGACGAGACGAGTTCCACTTGTTCTTCCGTCGCTT CCTCAAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTTCCTCCCAGTAATCGTCACAGT AAGAAACCTATACTTCGTGTTCCCCCGAAACAAAGACCTAAACCTACGGG ACCGGAGATTTGGATCGATATGGTACCCCCTAAAGAAGCGACCACGCATC GTAAACAAGAAGAGGACTGGGAGAAACAATCTGTACGGAGCATGCGCAGT AACCGAAGCACGACGTCGACTAAAAAATATGGCGACGCTATGAGTCATTT GAACGGTAATGATACTATAGAAAGACTTGTCCAAGGTGAACGACAAATTA ATCGTCGGCACCGACGTCGGAAAGTTGACGATTCATATTTCTCGGACTAC GAAGTTGAGAGACGAAAACGCACGCAAAGACGTAAACAAACTCCTCTCGT TTATCAAATGGACGACGAAAAACCTAACATCCCTCTTATGACTGTTAAAT CGCGTTCAACAGAATCGTTAGACGCGGGAAAAGCGCGTGTAGCGGGTCGC CGTGACGAACGGGACGGTAAAAAGAAACGCACTAAATCGGAAACGAATTT AACGAACTCTAAAAATTACAAATCGAAAAATGACGCAGTTGCAAACTTAA GACTGAACATTGATGTCAATTCGCCGAAGAAACAATCTTACAATAAAATG GAGTTGAGTAAGAAAGCAACCAATAAAAAAACAGAATCTAACGACTCCCG TAAACCAGCCCGTTCTTTCGGTATGTTTTCGGCTGAAGATCAACAAATGA CTCGAATTAATTACGTCACACAAGACGATATGGCTATGGACCATCGAAGA AATAGTAAAAGTCCCAAAAAATCAAAAAGGAAAAGTAAAAACCAAGGGCA ATGTGTTATCTCATAACCATTTCATAGTTAATATTTTATTTTTTATTCCA CTGATCTAGCTCTCTCCTTACATTTGAAAATTATGCATTTTTAACTTTTT TTGGTTTTATATTTTTAGTTTTACTAAAATCTATTTTACATCATTCCTCT AGTGTATTATGGCAATGATTTGGAGAACTGAGTTTTTCACTCAGTTTAAT GTTAAATCTGCACACATAATATGTAATAATAATTTTGAAATTGGTTCGTC TTAGATCCCAAGGTAATTAAAAGATTCAGAAATGTTGAATCCAAAAAGTG GTTCAAGTCTCAAGGCTCTGGGTACGATATTAGATCATAAATCAAATGAT CGTGAAATGTATTTTTTCATTGTGAAATATATTAGAATATGTTAGGTTTA GTGCTCCGTGTGCAGGCTGTGAAAAATTCACCGCCGGGTGTCAATTAAAT TATGTATTTTCTTAAGTGTTGTTATATATACAAAAGGAAAATAAAAAATG TAAATAATGAAATAACAAAATGTTAATAAAACAAAGTAAAATCTATGTTT GCTAATCTGAGTAAGAATTTCTTACAAGGACGGTCTACCCAGGGAGCTGG AACAGTCTTTTCGGTCTGTAATAGCGAACAACTCTGTCGACCCTGGGTTT TTCTTTTAAGGGAAATTTGAGTGAATTCAAAAACTTCTCTATTAGTAGGG GGAAATTTGTAAAATCGCTCGACTTTTTTAGTCAAAGCACTTGTTATACA TTTTTGGTAAGCTAAGGGGTAGGGGAATCAAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_010268XLOC_010268Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00018281-exon-sc0000295-1575043694:78093..78350TCONS_00018281-exon-sc0000295-1575043694:78093..78350Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00018281-exon-sc0000295-1575043694:75106..77396TCONS_00018281-exon-sc0000295-1575043694:75106..77396Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00018281-exon-sc0000295-1510915933:115091..115138TCONS_00018281-exon-sc0000295-1510915933:115091..115138Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00018281-exon-sc0000295-1491911889:115091..115138TCONS_00018281-exon-sc0000295-1491911889:115091..115138Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000295supercontigsc0000295:75106..115138 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0266922 0.000124113 0.230671 2.50917e-07 0.230046 2.26411 6.4093e-10 0.00013159 0.778052 1.39542 0.000465505 0.974906 0.751754 3.53013 0 0 0.431633 9.02143e-09 1.41382 0 0.000333335 0 5.75903e-05 1.87892e-10 0.219451 0.214637 0.00978387 0.304136 0.00128413 0.926175
Blast
BLAST of TCONS_00018281 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC3 (Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 397.512 bits (1020), Expect = 4.596e-125
Identity = 193/330 (58.48%), Postives = 246/330 (74.55%), Query Frame = 2
Query:   47 RKICRHCRCSREDHCLLPPTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1036
            RKIC+HC+C RE+H +    +  +       +D    S+ +D DSGC++EEYAWVPPG+  E V  + + L EDK+P+VNS GE YR KQLL+QLPPHDS++++C  L EEEK+ELR+F  +R+++ LGRG VR+FP    G+  +C++C K+I  G++ V A RAG  ACWHP CF CTTCQELLVDL+YFY  G+VYCGRHHAE L+PRC ACDEIIFS ECTEAEGR WH+ HF C+EC++SLGGQRYVMR + P CC C+E   AE+CD CGE IG+D GQMA+  QHWHA+++CF C  CG+ LLG+PFLP+ G IFCS  CS G
Sbjct:   43 RKICQHCKCPREEHAVHAVPVDLERIMCRLISDFQRHSISDD-DSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGA--ICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLG 369          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00018281 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
PRIC34.596e-12558.48Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3... [more]
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