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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00011955 ID=TCONS_00011955|Name=TCONS_00011955|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4172bp
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TTGTTGTTCCAGACGTAAAAATGCAACCATTGTTCACGGAAACACTGGTC
ATGTTTGCTGTTGCATATCATGTGCTAACACTATGCAACAGAGAGGCGAC
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TTCTTGAATGGGAATTGTCAAGATTGTATACAATGGTGCACTATCTCTAT
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TGCTcaaataaaacttaaattaaatCTAATGATTTGAggtccttttctat
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TTAGGGTACCTGATTTCGAAAACCTTCTCCTACTCCCATCAGGGCTACTA
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TCCAATAAGATTTAGTCATTTCAATGTGAAAACAAGTATTATTGTTTAAC
TGACAATCAATGTTGAAAATAAGCCTTCCAAATTAAAGATCAGTCTGGTT
TCTTGAAATGTGACAAAAAAAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000134:332269..338285+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00011955 ID=TCONS_00011955|Name=TCONS_00011955|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6017bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000134:332269..338285+ (Clytia hemisphaerica)
aaaatttttgttttattttagtaTCTGAGATGAttagaaatttattgaaa
atgttATAAGATCTTTTAAAAATCATGTCTGAAATGCAGCAAATACCTCG
TTTAATAAACTACCCCACCCATGAGCATCCTTTGGAACTGACAGAAGGGA
TAAAAATCTATCCACAATACAATGGATCTTGGAAATGTGATAATTGTGAG
TTGGATAAAACAAATGGTGAGAAACCATATCATTGTCAACCCTGTCAATT
TGATCTTTGCATTAATTGTGCACTCCCTATAAGACATTTAAGACACCCTT
CACATCAGTTGTACAGGGCGAACATGAAAAATGTATACCCTCAGTACCAT
GGACAATGGCGCTGTGATGGTTGTGATGTAACCAGAGGACCAGAATTGGC
ATATCATTGTTTCCATGATCAATTTGATATTTGTGATCGGTGTGTCCAAG
GACAGAATCTTCCTATCCATCAACATCCATTGAAACCTGTTGATGCCGCA
AAACTTTATGATAATGCACCGGGCTGGTGGGCTTGTGATTGCTGTAAACG
ACATGGAACTGAAATTGGATCGTAAGTTTTTGGTTTCTGATTAGGACTGA
AAGGTTCAGTGTTGATCTCTCTTACTATTTCATTTTGTCTTCAACCATCA
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CTTTATTACAATACTTTTCATACATTTTCTaagacacttattttgagatt
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CATTGTGAGTGTTATTAAAAGTTAATGAAAgacaatttatttttcatttt
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ATTGTTTAGCGGAACGGAAAACTCCTCAACATGAACATCCAGTTCATTTA
ACAGATCCAATGAAAGTCTATGGACAAAATGGTAGTTGGAGCTGTCGTGA
ATGCAGAAAACAATTTACTACAGAAAACCCTGAACCAAATAGGGGAAGAC
CTTACCATTGTTTTGATTGCGGTTATGATATTTGTCATGAGTGTATATCT
CCGGCCCTACATAATGGTCAGTTGAATTaccttataaaaacattttatct
tATTTGCCCACTCTTTGTGTCACAATTATTCTGTTGTTAgacaaatacaa
aaataattttttcaaacagcTAACACAACTTCTTGACATTCTTAAATGCA
GGCTTAGCAAATTTGCCACTGCTGTGATCTTTTGTTGGTCAATAGTAATT
GAAACAATCCAAATATAGCAATGCCTTGCGTTGAAAGCACCTCAAAGTAA
TCAAGATAACCACTAGATGCTGTTTTGCAATACTTTGCCAGTTCAGTTTT
TTATAATGTGATTGTTGTTTTTTAGATGGTGGAGATATTCCAATGGATCC
AGGACTGAGAGCAACCTATGCACATAATACACCATCTGCTAGAGTTACTT
CTAGACCTCATCAGCCCCCAACTGGTAACTCGCTTAAGTTCTTATGTAGT
TGTCCCTATTTTGATGGTATTTttaatttaagatttaaaaaagtgTTCCT
TTTTCTCTGTTGGGGAAAAATTAGccccagactcaaaatttcagaaaaaa
aagtcttaccttaacataaaattttagagtctggtgcaactaaaacaGTA
TGGTACAGTTTGAATGACACAATCTgcgagtgaacccttgttgacagaat
ctcaaaactttggaaacccagccagacacacataattacttaccataaat
cctcttttacaaactcaaaagcctttcaaaactactttaaactacatcca
aacttcagccacattcataaaggctcctttccatcagccattttgtttta
gaaatgaacctgtgttttcattttcatttgtttatctttttttgcaatgt
cagctttttccataaatcgaaaaattctgctcagtgactagGCGAGTAGA
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GAATATATCAAGGTGAGAAATGAATTTAGACTTCACTGGTGAAAATTCAA
CTCAAAAGAACTTGGAATCCTTGTtttgaaggggggggggtacagacTTT
TGACCTACTCTTTTGGACGTTTATCAATCTTATTGATAATTTTGTGTAGT
TGAGCAATTTTAGCCAAATATATTANCCAACTCAAAAGAACTTGGAATCC
TTTTGTtttgaagggggggggggtacagatAGACTTTTGACCTACTCTTT
TGGATGTTTATCAATCTTATTGATAATTTTGTGTAGTTGAGCAATTTTAG
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tgatgtcAACATTGAAAATCTTGATGAATCAGAAAGATGTGTCATTTGTT
GTTCCAGACGTAAAAATGCAACCATTGTTCACGGAAACACTGGTCATGTT
TGCTGTTGCATATCATGTGCTAACACTATGCAACAGAGAGGCGACAACTG
TCCCATTTGCAGGGCACCAATTGATCTTGTAATTAAGCAATTTAATTCTT
GAATGGGAATTGTCAAGATTGTATACAATGGTGCACTATCTCTATCTATC
CAAAATGTAATATGATGCAATTCtccaaaaaaaggaaaattcagaTGCAG
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TGATAAAGAGCAGATTTGGCCTTTTGCTTGCAAACAGGAGATTTATTTCA
GGAGTAACTCCTTTAAATATTTTGCGATAACAGTGATGATGTCAATGCGA
TAACAGTAATGATGTCAATGCTCAAAAAAGATTGTAGCTAAATGGTGACa
taatgattttttgttttttagcaGTTGAGATATCAGGGATTAGAATCAAG
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ATATTAGCCTCACTTAGGGGGAGGCCACTGACTGGCTTAGGTAAAAAACA
TTACAAACAATACATTGTTTAAATCGTaacttcaaatttcaaatattttt
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GAGTTAACTGAGAAGAGATACCATGAATATGTTTTTGTCTATCTTGCATT
TGTGATGTGtgccgtaagttggtctaatgttgacatccctcttctaattt
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TCCGactttcctattattcctatctctaaagaagggtgacgaaattagaa
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cgggggggccgggggggccatggcccctccacttttttgcaaagcaaaat
aaaaaatttctcttcacctaataatctttttcttttctgtgcgcgtgcca
ataaaaacgttagaacctttctaagaggggacagatggacacttaaataa
gtctaattatactattttttttaaaaaaaacaaacttaacagttttcttt
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CCTGACTGTAAGTTGGTATATATACCAACTTACAGTATGGTAAAGTATAT
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AATTTAAAAGACAAGTTGAATCAGTGTAATTAGTGTTTCTAACTTAAAAT
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CAGATTGTTTAATACACAGTAAAGTAAATTCAAtgattcaaatttgaaaa
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AAATGTGACAAAAAAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:332269..332839 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:332269..332839 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1510915933:332269..332839 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1510915933:332269..332839 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1575043694:332269..332839 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1575043694:332269..332839 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:333322..333584 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:333322..333584 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1510915933:333322..333584 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1510915933:333322..333584 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:333894..333992 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:333894..333992 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1510915933:333894..333992 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1510915933:333894..333992 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1575043694:333894..333992 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1575043694:333894..333992 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:335047..338285 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1491911889:335047..338285 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00011955-exon-sc0000134-1575043694:335047..338285 | TCONS_00011955-exon-sc0000134-1575043694:335047..338285 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000134 | supercontig | sc0000134:332269..338285 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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