transcript:BL73042_cuf0 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL73042_cuf0
Unique Nametranscript:BL73042_cuf0
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL73042_cuf0

>transcript:BL73042_cuf0-protein ID=transcript:BL73042_cuf0-protein|Name=transcript:BL73042_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=1771bp
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FDDPHRNGLSAKDVERSRRDS
Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at xpSc0039871:2724..8039-

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>transcript:BL73042_cuf0 ID=transcript:BL73042_cuf0|Name=transcript:BL73042_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=5316bp|location=Sequence derived from alignment at xpSc0039871:2724..8039- (Branchiostoma lanceolatum)
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CAGGTAAGAGTAGTGAGGAGAGGGTAGGAGATGAGTGTAATGTACCAGGT AAGAGTAGTGAGGACAGGGTAGGAGATGAGTGTGATGTACCAGGTAAGAG TAGTGAGGAGGAGAGAGGAGATAAGTGTGATGTTGAAGAGAGTTTAGTCT ATGCATTCTTTATTAATTTCCAAGGCAAGTTATTTACTGTACAGGCAAGT AGCAAATGTATTCAGGTGGGTAAATTGCAAAAGATGGTAAGTGAGGTATG TGGACTCAGTATTTCATGTAAAAACCTTAGTTTAGATGGTTGTTTTCTCG GTGATGAAAATAAGATTGTAGAAGTACATGGTAAGACGGTATCTGTAACA TTTTTTGGTCGTGGGGGCGGTAAAACTATTAATTTCCATCCAGATAGGCC ATGTTTCACAGCATGTGCCTACTGTAAGAAACCATCTACATTTCAATTTG ATGAGTATAGGCATCCACAGGGATGGAATGAAGTACTTAGAAATTGGGTA AGTGATAATACAGAACTTTCAATTACTGACTGTGTTTGCCGTTCTTGTGA GCGTAAGTTTAGACGATTACAGGGCAAAACTCCAGTTTCTAATTCACCAA CTGACACTTCACAGAAGCTCTCTCAAACAGTGCCAGAAAAAAAATGTTTT ATGTCTGACTTTGGTTTGTGCCATGCATTGGCCGACCATGAACGTAAGTA TGTTTCAGCTGATGATATGATGTCTTATCTTAGCTCCATTTCAGACTTAG CAGCAGGTTTTAGCACTTTACCAAATTCTATTTCAATGTGTACATTTCAT TATTATCAGTTTTATAGATTTTGTGATGAAGATAAATGTGTACATTGTTG TAAGGTAATAAAGTCCCATAAAAGGAAACGATTCTGTCCCAAATTAGATA TACCACAATCAGCTTTAGAATTGGCCGACTCAAATTTGTCAGAAGGTTCA ATTTTATGTAACTATTGTTATCAGTGTTTATATAGATCAGGTAATCTTGT TAAGGGTGAGGAAAATCTAGAAAAACGATTAGAAATGTTAAAAGAATTTG ATTTAAAACATAGCCCAGAAAATGTACCACAATTAGCTTTGCACAAAGTT TCTTGTAAGGTAGGTGAAATGTTTTTGGAGAACAAATCTCTGCTTCTTGT TGATGCCTATGATTTATATGTAGAAAATATTCAAATGCTAATTAAGGAAT TTAAAGATAAAGAACAGTGTGATGAAGCTGATGCATTTTGTTTTGAAGCT AAATGGCTGTTGGTTGGATTATTGAGTGATCTGGGAAACTTTCTTTCGAT CCACAAAAGTTCAAGTAAATCCAACAAATTAGGTTTATTGTTGTACTATA GAGAATGTGATTTAATTGAATCCCTCCATTTGGCTTTATATACTGCAAGA TTAAATACTTTCAAGCGTGATCTTGAGTTAAAGTCAATTCAGTCTACTGT TGCTTCTATGTTTACAGATGATCATGATAACAAAGACATACTTAATTCTA GCCTGCTATCTTCTTTAATGTACATGAATAATTTGATTCATAAAGAATCA TCAAAATTTATTGATAAGTATGTTAAGAATCCAACTTCCTTGCATGAAAT TGACCTTTTGCAAATTTCAAAAGAAATAAATCCTGTTGTATGGAACTTTA TTGTTGTATTAACTATGCAAAAATCTGAAATTCCCATGTCTGATTTTGAA ACATTTGATATGAATCAACATTATTTAGCATTTCTTAAGGATAATTCTAG CCATAGCTCCAAGTTTTTAAGACGACTTTTTGCAACTTTCCTTATTTTCT TTATTGTGTCTGAGGGTAAGTGCAGTTATCCTTTCCATATGATTAATTCA GAATTGATTCATTCTTATAGCCAGTCTTATGATCTAATGCAACTGTTAAA TCGTCTTGGAGTATGTTGCTCAAATGATTCTCATAAAAGATTTCTTGCTT GCATGTTAGATCAATTGAAATTGGAAGATAATTACTATAATTTGACAGAA GGTTCCTTTACTGTAGCTTCCATAGACAATATAAATAGTGGTAGCCCCCA TGCAGCTGTGACAGGTAGTCCCCGTGGGTGGAATGGTACTTCTATTCAAG CCGTCCAACCCAAACCTAAATCTCTTCTTGTTTCTAGGCCAACTTCAGCA TCTGTATGTACTACTACTAGTCAAGATATCTCTGTAGGTGTAGATAATGT AACTGAAATTGAGGAGCCTGTGATTAAAAAGATAAAACTAACTTCAAAGT TTAGGCAAAGAAAAAGGTGTCCGAAGGAAATTGAGGGTACTTTATCCCTT ACACCCCCATCTTGTGTTCAGTCTATAATCCCATCTACCCCCAGTTCCCT CACCTTAGAACAGTTTAGCATATCTGAGAAAGAAATTAAAGCGTCACATG CATTTAACTCTGAAGTTTTATTTTATCAGCTTGAAAGATGTGTATCAGAT CTAAAAGATTGTTCTCCTAAGTTACCTGGTTTGAAATGTAAACTATTTTT AGAAAGGGACCCTGTCACAGAAAAATCTAATATTGCCTACTTGTCAATAA TGAATGAAAATGCTGACTGTAAGGAAACAATTTTAAAAGCTCTTGATTTC CTTTACAATTCCTTTAATGTTGGACGTGATGTTGAATACTTAGTTGTTGT TGGGGATGCGAAAACCTTTGACCACCTTCTTAAATTGAAACAGGAGTATG GCCCCGCTTTAAGTTGGTTAATTCTATTTCCAGGTGATTGGCATACTTTG AAAAATTACCAGCATGCTTTAATGAAAGTTTATTGGGAGGGAGGATTGAA ACAGGTAGCCTCGGGTAGAATAAAAGGACAGACATTACTTTCAGTTGGCT TGTGTAAGAATTTTAAACGTACTCATAAATTTTTGGTTCAAGTATGGGAG GCCTTCTATAGATGCCAAATTGAATCTTTTCTTGAACATAGGAGGAACTG TACAGATCATTGTTCATCAAGATGTTCTTTTTCAGCAGACACTATTATTG AAAAGGTAAGAGTATTTTTAGAGTCTGAACCACACTTTGGTGACCCAGAT TTCAGTAGAGAAAACTTTGTAAGAAGACAAGAATTATTGAAAATTGACTT AGAAGGTATAGAGGATGATTTTGCTGCATTCTGTTCTAGTGCATGTGCTC GTGATGAAGTATTTTTGTTTTGGCATAGATTTGTTCATGATGATTTTATG GCATACATTTCTCTTTACATAGCGATTAGATCAGGGAATTGGGATTTGCG TTTGTATGCATACAAAAAGATGGCACCCATTTTCCATGCATTTGACCATG TAATATACTCTAGAATTATACCTTTGCATCTTTCTGATTTATTGTCTTGT CCAGATCATATTCTTAGATATTTTCAAGAAGGGGGATTTGTTACCAGTAT TAATGCTGTTAACTATTCAAGTGTAGCATTAGATGAGGGTCATGAAATGT TAATAAACCGCGACACTAAACAAGTTATAACAGGGCCCAATAAGTTTGTC ATTGAAGATCTTGTTCTGTTTTTACCATATCGAGCTAGATTGATTAAGCA AGTAAAACAACAGATTCTTGTTAAGTCTAACCTTAGAACTCAAAATGACC TAAGTCCCACCATTATTGAACAGGAGAGGCAGAATATTGTTTATTATGCA AACAAAGTTGTAGAAGCCCACATTTCTTCTGTTCCTGTGCAAGATAGACG CCTGGCCCAACTCTTCACCGGAGCTTCTATTTCTGATATTCAAAGGGAGG ACTTGCTTAAGTTTAGGGAAATAGGTACAGCCTCATTAGACACATTTATT AGTTTCAGGATCCTTAACAGCCCAGGTAATAAAGCACCTCAAAGACGTAA GTCTTTAAGGACTTTTTCTCACTTAAAAATGACTAAGTCTAGGATTTCAA AAAGTGAAAAGGATAAGAGGATAGTCTTAGAATGTTATCGTAGAGCAGTT TCTTGGTCTCAAAATCAAAATAAGCCCTTATCTGAGATAGCCCACCTGTT AAATTTGCCCCAGCTAGGTCAGTTTCTGGAGCTGCCTCGTGCTTTATGTG ATGCTGATGGTGTTCCCCACAAGGGAGCTAAATCAGCCGCTACTTCTTTT TTCCAGTCTAGATACCCAAGTGCTTTTACCAAAATGTACCCTGCTAACTT TTCCCCCCAGTGTTCTGTTTTAGAAGGCATGTTTTTGATCAACACAGCCC CCTTGGGTCAGCATAGAACCTTTCTTGAGTATTCACATTTTCTGTTTCTA AAATGGGTTTTGCCTTTACTCCAGTCAGGTTGTAATGAAGTCCACATTGT ATTTGATGATCCACATAGAAACGGCCTTAGTGCAAAAGATGTTGAAAGAA GTAGAAGAGACTCNNN

Coding sequence (CDS) from alignment at xpSc0039871:2724..8039-

>transcript:BL73042_cuf0 ID=transcript:BL73042_cuf0|Name=transcript:BL73042_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=5313bp|location=Sequence derived from alignment at xpSc0039871:2724..8039- (Branchiostoma lanceolatum)
NAGGGGGTTAGTGCAGGGAAGGGTCCCTCCAGGGCCAGGGAGGTTCCTGT
CCCTACTAGTAAGCCTAGACCGACCCCAGGGAAGGTAGAGGGGGGTAGTT
CAAGGAAGGGTCCTTCCATAGCATGGTGGGTGCCTGTCCCTAAGCCTAAG
AAGGTCCCAGGGAAGGTAAAGGGGGTTAGTGCAGGGAAGGGTCCCCCCAG
GGCCAGGGAGGTTCCTGTCCACAAGCCTAGACAGACCCCAGGGAAGGTAG
AGGGGGGTAGTGCAGGGAAGGGTCCTTCCATAGCAAGGGGGATGCCAGTT
ACTAAGTCTAGGAGGGTCCCAGGGAAGGTAGAGGGGGTTAGTGCAGGGAA
GGGCCCTTTCAGGACCAGGGGGGTTCTAATGAGTAAAAGGGAGTGGAAGA
GGACGAGTGGTAGAAGGATGTGTCAGTTTAAAGTAGCTCAAGATAAAGGT
GAAGTTGTGGAAGGGATTGATTGTCATAAGGAAAATGTACATTATGTAAT
ATGTCCTACAGGGTGGAGTAGTTGTAAGCTTAGGAAGGGCAGGGAGAGTA
CAGCTGTATCAGGGGGGTTTAGCAGGGGACAGACTAGGTGTAGGAAGGTT
AATGGTAAAACAGGTAAGAGGAGAGACAAGTACCCAGTAGCTACTAAGCT
AGAGGTGAGAATGTTATATAGTGGGCCCATTAATCCTTCAGGGTGGGTAG
AACAGGTTAAACAGGTAGGTACCTGTAAGAGTAGTGAGGAGAGGGTAGGA
GATGAGTGTAATGTACTGACCCGTAAGAGTAGTGAGGAGAGGGTAGGAGA
TGAGTGTAATGTACCAGGTAAGAGTAGTGAGGAGAGGGTAGGAGATGAGT
GTATTGTACCAGGTAAGAGTAGTGAGGAGAGGGTAGGAGATGAGTGTAAT
GTACCAGGTAAGAGTAGTGAGGAGAGGGTAGGAGATGAGTGTAATGTACC
AGGTAAGAGTAGTGAGGAGAGGGTAGGAGATGAGTGTAATGTACCAGGTA
AGAGTAGTGAGGACAGGGTAGGAGATGAGTGTGATGTACCAGGTAAGAGT
AGTGAGGAGGAGAGAGGAGATAAGTGTGATGTTGAAGAGAGTTTAGTCTA
TGCATTCTTTATTAATTTCCAAGGCAAGTTATTTACTGTACAGGCAAGTA
GCAAATGTATTCAGGTGGGTAAATTGCAAAAGATGGTAAGTGAGGTATGT
GGACTCAGTATTTCATGTAAAAACCTTAGTTTAGATGGTTGTTTTCTCGG
TGATGAAAATAAGATTGTAGAAGTACATGGTAAGACGGTATCTGTAACAT
TTTTTGGTCGTGGGGGCGGTAAAACTATTAATTTCCATCCAGATAGGCCA
TGTTTCACAGCATGTGCCTACTGTAAGAAACCATCTACATTTCAATTTGA
TGAGTATAGGCATCCACAGGGATGGAATGAAGTACTTAGAAATTGGGTAA
GTGATAATACAGAACTTTCAATTACTGACTGTGTTTGCCGTTCTTGTGAG
CGTAAGTTTAGACGATTACAGGGCAAAACTCCAGTTTCTAATTCACCAAC
TGACACTTCACAGAAGCTCTCTCAAACAGTGCCAGAAAAAAAATGTTTTA
TGTCTGACTTTGGTTTGTGCCATGCATTGGCCGACCATGAACGTAAGTAT
GTTTCAGCTGATGATATGATGTCTTATCTTAGCTCCATTTCAGACTTAGC
AGCAGGTTTTAGCACTTTACCAAATTCTATTTCAATGTGTACATTTCATT
ATTATCAGTTTTATAGATTTTGTGATGAAGATAAATGTGTACATTGTTGT
AAGGTAATAAAGTCCCATAAAAGGAAACGATTCTGTCCCAAATTAGATAT
ACCACAATCAGCTTTAGAATTGGCCGACTCAAATTTGTCAGAAGGTTCAA
TTTTATGTAACTATTGTTATCAGTGTTTATATAGATCAGGTAATCTTGTT
AAGGGTGAGGAAAATCTAGAAAAACGATTAGAAATGTTAAAAGAATTTGA
TTTAAAACATAGCCCAGAAAATGTACCACAATTAGCTTTGCACAAAGTTT
CTTGTAAGGTAGGTGAAATGTTTTTGGAGAACAAATCTCTGCTTCTTGTT
GATGCCTATGATTTATATGTAGAAAATATTCAAATGCTAATTAAGGAATT
TAAAGATAAAGAACAGTGTGATGAAGCTGATGCATTTTGTTTTGAAGCTA
AATGGCTGTTGGTTGGATTATTGAGTGATCTGGGAAACTTTCTTTCGATC
CACAAAAGTTCAAGTAAATCCAACAAATTAGGTTTATTGTTGTACTATAG
AGAATGTGATTTAATTGAATCCCTCCATTTGGCTTTATATACTGCAAGAT
TAAATACTTTCAAGCGTGATCTTGAGTTAAAGTCAATTCAGTCTACTGTT
GCTTCTATGTTTACAGATGATCATGATAACAAAGACATACTTAATTCTAG
CCTGCTATCTTCTTTAATGTACATGAATAATTTGATTCATAAAGAATCAT
CAAAATTTATTGATAAGTATGTTAAGAATCCAACTTCCTTGCATGAAATT
GACCTTTTGCAAATTTCAAAAGAAATAAATCCTGTTGTATGGAACTTTAT
TGTTGTATTAACTATGCAAAAATCTGAAATTCCCATGTCTGATTTTGAAA
CATTTGATATGAATCAACATTATTTAGCATTTCTTAAGGATAATTCTAGC
CATAGCTCCAAGTTTTTAAGACGACTTTTTGCAACTTTCCTTATTTTCTT
TATTGTGTCTGAGGGTAAGTGCAGTTATCCTTTCCATATGATTAATTCAG
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CGTCTTGGAGTATGTTGCTCAAATGATTCTCATAAAAGATTTCTTGCTTG
CATGTTAGATCAATTGAAATTGGAAGATAATTACTATAATTTGACAGAAG
GTTCCTTTACTGTAGCTTCCATAGACAATATAAATAGTGGTAGCCCCCAT
GCAGCTGTGACAGGTAGTCCCCGTGGGTGGAATGGTACTTCTATTCAAGC
CGTCCAACCCAAACCTAAATCTCTTCTTGTTTCTAGGCCAACTTCAGCAT
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ACTGAAATTGAGGAGCCTGTGATTAAAAAGATAAAACTAACTTCAAAGTT
TAGGCAAAGAAAAAGGTGTCCGAAGGAAATTGAGGGTACTTTATCCCTTA
CACCCCCATCTTGTGTTCAGTCTATAATCCCATCTACCCCCAGTTCCCTC
ACCTTAGAACAGTTTAGCATATCTGAGAAAGAAATTAAAGCGTCACATGC
ATTTAACTCTGAAGTTTTATTTTATCAGCTTGAAAGATGTGTATCAGATC
TAAAAGATTGTTCTCCTAAGTTACCTGGTTTGAAATGTAAACTATTTTTA
GAAAGGGACCCTGTCACAGAAAAATCTAATATTGCCTACTTGTCAATAAT
GAATGAAAATGCTGACTGTAAGGAAACAATTTTAAAAGCTCTTGATTTCC
TTTACAATTCCTTTAATGTTGGACGTGATGTTGAATACTTAGTTGTTGTT
GGGGATGCGAAAACCTTTGACCACCTTCTTAAATTGAAACAGGAGTATGG
CCCCGCTTTAAGTTGGTTAATTCTATTTCCAGGTGATTGGCATACTTTGA
AAAATTACCAGCATGCTTTAATGAAAGTTTATTGGGAGGGAGGATTGAAA
CAGGTAGCCTCGGGTAGAATAAAAGGACAGACATTACTTTCAGTTGGCTT
GTGTAAGAATTTTAAACGTACTCATAAATTTTTGGTTCAAGTATGGGAGG
CCTTCTATAGATGCCAAATTGAATCTTTTCTTGAACATAGGAGGAACTGT
ACAGATCATTGTTCATCAAGATGTTCTTTTTCAGCAGACACTATTATTGA
AAAGGTAAGAGTATTTTTAGAGTCTGAACCACACTTTGGTGACCCAGATT
TCAGTAGAGAAAACTTTGTAAGAAGACAAGAATTATTGAAAATTGACTTA
GAAGGTATAGAGGATGATTTTGCTGCATTCTGTTCTAGTGCATGTGCTCG
TGATGAAGTATTTTTGTTTTGGCATAGATTTGTTCATGATGATTTTATGG
CATACATTTCTCTTTACATAGCGATTAGATCAGGGAATTGGGATTTGCGT
TTGTATGCATACAAAAAGATGGCACCCATTTTCCATGCATTTGACCATGT
AATATACTCTAGAATTATACCTTTGCATCTTTCTGATTTATTGTCTTGTC
CAGATCATATTCTTAGATATTTTCAAGAAGGGGGATTTGTTACCAGTATT
AATGCTGTTAACTATTCAAGTGTAGCATTAGATGAGGGTCATGAAATGTT
AATAAACCGCGACACTAAACAAGTTATAACAGGGCCCAATAAGTTTGTCA
TTGAAGATCTTGTTCTGTTTTTACCATATCGAGCTAGATTGATTAAGCAA
GTAAAACAACAGATTCTTGTTAAGTCTAACCTTAGAACTCAAAATGACCT
AAGTCCCACCATTATTGAACAGGAGAGGCAGAATATTGTTTATTATGCAA
ACAAAGTTGTAGAAGCCCACATTTCTTCTGTTCCTGTGCAAGATAGACGC
CTGGCCCAACTCTTCACCGGAGCTTCTATTTCTGATATTCAAAGGGAGGA
CTTGCTTAAGTTTAGGGAAATAGGTACAGCCTCATTAGACACATTTATTA
GTTTCAGGATCCTTAACAGCCCAGGTAATAAAGCACCTCAAAGACGTAAG
TCTTTAAGGACTTTTTCTCACTTAAAAATGACTAAGTCTAGGATTTCAAA
AAGTGAAAAGGATAAGAGGATAGTCTTAGAATGTTATCGTAGAGCAGTTT
CTTGGTCTCAAAATCAAAATAAGCCCTTATCTGAGATAGCCCACCTGTTA
AATTTGCCCCAGCTAGGTCAGTTTCTGGAGCTGCCTCGTGCTTTATGTGA
TGCTGATGGTGTTCCCCACAAGGGAGCTAAATCAGCCGCTACTTCTTTTT
TCCAGTCTAGATACCCAAGTGCTTTTACCAAAATGTACCCTGCTAACTTT
TCCCCCCAGTGTTCTGTTTTAGAAGGCATGTTTTTGATCAACACAGCCCC
CTTGGGTCAGCATAGAACCTTTCTTGAGTATTCACATTTTCTGTTTCTAA
AATGGGTTTTGCCTTTACTCCAGTCAGGTTGTAATGAAGTCCACATTGTA
TTTGATGATCCACATAGAAACGGCCTTAGTGCAAAAGATGTTGAAAGAAG
TAGAAGAGACTCN
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL73042gene:BL73042Branchiostoma lanceolatumgene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BL73042_cuf0-E1BL73042_cuf0-E1-1564476830-558531Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL73042_cuf0transcript:BL73042_cuf0-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
xpSc0039871genomexpSc0039871:2724..8039 -
Properties
Property NameValue
Transcript idBL73042_cuf0
Biotypeprotein_coding