BlTCONS00062981 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview


Name	BlTCONS00062981
Unique Name	BlTCONS00062981
Type	mRNA
Organism	Branchiostoma lanceolatum (Amphioxus)

Full-screen view

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000050:57..12255-
coding sequence from alignment at Sc0000050:57..12255-

mRNA from alignment at Sc0000050:57..12255-

Legend: CDSexonpolypeptide

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>BlTCONS00062981 ID=BlTCONS00062981|Name=BlTCONS00062981|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=12199bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000050:57..12255- (Branchiostoma lanceolatum)
AATTTCTGCATAATATGTCACCCTCTTCAAATTTCAGGTTCGTTGGAAGT
GAACGCGTTGCGAAAGAAGTTTAAGTCGGTATATCATACAGCCAGGTGTT
TTGGGATTAGGAGTATGGGTAACATCACAGGGCATCGCCAACCTTCCATG
AACGCAGCGGTTGGCTTCGTCATTTTTGTCTTGCTGACTGCGTGCATATC
GGCAGAAAAAACAGGAACAGAACAAAAAACAGGTATGTAACTCAACCATC
TCCTGTATTACAGTATGTTGTTGGATCAAACATTGCCTTAATATTAGCAG
GGAAGCGAAAGTGGATAGTATAATTTCCCTACACTGTAACCCGGAATTAA
ATGTTTAACCTACAAGTGTCTTTGACATTGTTAATTTTGCTCATGCCTAA
ATTCAAAACTTACCTTAAAACGTATAATATAGAAGACGATTGGGACATGG
GAAGGGAACACATAGCAACTAGCAACTTTAACAGCAATTCAACACCGAAC
AAGAGTTCCACAACCTCATATCTCCATGAACAATTCTATTCATGCAAATG
ACTTACACATTTGCATAATATATGCTTGGTCATAAACTCTAACTTACACA
TGTTGCAATATTGGCAGTCCTATAATTTTCCAATTAGATGAATTATGGTG
TTTTTGCATTAATTATGCAAACTAGGAATTCATTTGTATAATTAGTATCT
GTTGATGCTCCACTTTCCATAAACTACATTACGTTACATGTATTTGAGTG
TGATAATGGAAAACACTGCAAATATAGATTTTCCTCATTAGCTATGCAAA
TTAAGTCCCAATTAGCATAATTTGCACTTCATTGTTTATATCTCTATCTA
AGCTACCTGCATACTAAATATCATGGAAATCCGTTGTTCCTTTGTTCAGT
TATTCTCCTTAGAAGATTTTCACAAAAACGCCCCTGCAGTTCCAGAGGAA
GCTGCTAGGAGGCCCAAACCTACACCACTTTTTTATTACATTACAAGCTA
TCTGCCACCCAAAAATAAAGACCACAGCACGTCCAGGTCTAAAGATACAA
AAATTGAAGTTCTGCTGCAGTACCAAGGTCACATACCAGGGGCCAAAATC
GACCTTGAACTTTGGCTTCACAACACCTGCCCACATACCAAATATCATTG
TAATCCATCAAGAGGTTCTTGAGTTATGCTGACTACAGTAGTGCGGAAAC
ACAAACAGACAAACAAACAAACACACACACAGACACACCCAAAACTATAT
CTCCATTTTTCATGGAGATAATAAAGACTTGGCACCAATGTCTGACACAA
AACAATGTTTATAGTCCTACAGGAATGCTTCGACGTTGTAGTGTACAAAA
TGAGCGCTGACTGGAAAAGCCTGGGCTACGTCCTGGGGCTTTCACACAAC
CACATTGAAGGGATTGGCAGTCTTCTCGACCCCGACACGTGCTGCCGGGC
AGTCCTGGACAAGTGGCGCGAAATCAGAGGGAAAGAAGCAACAAAAGCCA
ACCTTATAAAGGCTATCAGAAGTATCCATCGCGAGGATGTCGCAGAACGT
CTTGAAGGTACATTTCGCAATACTAGCGTGAGTAGCGTCACAGAAATGTA
GCTCTCACTCAGAATGTACAAATCTACAACATTTGCAAACCTCTGTAAAA
TCGCAATTAGTGCCCAATGTATCTACAACTAGAGTTCCACGAACACGCTN
ATTCATGCAAATGACTTACACATTTGCATAATATATGCTTGGTCATAAAC
TCTAACTTACACATGTTGCAATATTGGCAGTCCTATAATTTTCCAATTAG
ATGAATTATGGTGTTTTTGCATTAATTATGCAAACTAGGAATTCATTTGT
ATAATTAGTATCTGTTGATGCTCCACTTTCCATAAACTACATTACGTTAC
ATGTATTTGAGTCTGATAATGGAAAACACTGCAAATATAGATTTTCCTCA
TTAGCTATGCAAATTAAGTCCCAATTAGCATAATTTGCACTTCATTGTTT
ATATCTCTATCTAAGCTACCTGCATACTAAATATCATGGAAATCCGTTGT
TCCTTTGTTCAGTTATTCTCCTTAGAAGATTTTCACAAAAACGCCCCTGC
AGTTCCAGAGGAAGCTGCTAGGGGGCCCAAACCTACACCACTTCTTTATT
ACATCACAAGCTATCTGCCACCCAAAAATCAAGACCACAGCACGTCCAGG
TCAAAAGATACAAAAATTGAAGTTCTGCTGCAGTACCAAGGTCACATACC
AGGGGGCCCAAAATCGACCTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGATACAAAAATT
GAAGTTCTGCTGCAGTACCAAGGTCACATACCAGGGGCCAAAATCGACCT
TGAACTTTGGCTTCACAACACCTGCCCACATACCAAATATCATTGTAATC
CATCAAGAGGTTCTTGAGTTATGCTGACTACAGTAGTGCGGAAACACAAA
CAGACAAACAAACAAACACACACACAGACACACCCAAAACTATATCTCCA
TTTTTCATGGAGATAATAAAGACTTGGCACCAATGTCTGACACAAAACAA
TGTTTATAGTCCTACAGGAATGCTTCGACGTTGTAGTGTACAAAATGAGC
GCTGACTGGAAAAGCCTGGGCTACGTCCTGGGGCTTTCACACAACCACAT
TGAAGGGATTGGCAGTCTTCTCGACCCCGACACGTGCTGCCGGGCAGTCC
TGGAGAAGTGGCGCGAAATCAGAGGGAAAGAAGCAACAAAAGCCAACCTT
ATAAAGGCTATCAGAAGTATCCATCGCGAGGATGTCGCAGAACGTCTTGA
AGGTACATTTCGCAATACTAGCGTGAGTAGCGTCACAGAAATGTAGCTCT
CACTCAGAATGTACAAATCTACAACATTTGCAAACCTCTGTAAAATCGCA
ATTAGTGCCCAATGTATCTACAACTAGAGTTCCACGAACACGCTATCTTC
GCCAAATAATCAAGGCTTATTATGGAGAGTGATTAATATTTACATGCTTA
TCACCCCCTACAAATTTGATCATACACCATACCGTTTAGAAGTTCCGGAG
TGGGAGAATGAGTCCAGTCTAGATAGGGGTAAAAATCATTTGGTGGTACA
GGACTAGTATATGTGTCTAGTGTGTTGATATATGTTATAACTGGTCATGA
AAAAAATTTGATGATGAAATGCATGGTACAGTCAATATATATGAATAGAA
TGAATCTTTATTCCATATTATACACATTTTGAAAGACAATAGTACATGTG
ACTTTTCCATACCTAGCAGTGGTGCAGTTTTGATGCAGTGTACTCTCCAA
GCAGAGGAGTGGGTCCGGCTGGTTTTTGACGTGTTTTAAGCGTTTTTGTC
AGGTATCGCCAACCGTGTGTTGCACAAAAATGCCTAGCTAAGGCCACAGC
AAGTAATTTTTTGCGATGACATCAGCGCGCTCATTAATTTTTGCCTGATT
TAAAGAAGAAAGAAATTTCATTGCCCTCCGACGGTGGTCAACATGCCAAA
ATATGTGGTAATCGTTGACAGTTTACCCTGTGTAGTTCCTGCCTATGATG
GTATGACAAGCTGTTTTCTGCATTTTTTCTAGCAAGGACATTATATAGAT
AATGGGGGGGGGGGGGTTCTAGTTAATTGAGCTGTATACACAAGGTGTTT
CATCGCATATGAATACCCAGTGTAGTTGCTCAGCAGATGATGGTACAACA
AGCTCTTTTCTGCATTTGTTGTAGTTTATTGAGTCTCACTGTAACCTTAT
CTTCTAGTTCCGTAATAGGAAACACAACATGATTTGGAAGAACGTACTAA
CGAAATACTAAATTGTCTATCTTGTTTGTGTTTCAAATAAGGGTGGCTGT
AGAATGTTATATTGTTTGCTGTAGTGGTAGCTAGATGCTTGCCAAATGTA
AAATCTCTGTCTTCTATTATACAAAAGAGTCTCCACGACCGTTGACTGTG
TTTACTTTTAGCTGAACCACCAGCTCTTGTCCTGACAACTTTGATCGGCG
TACTCGTCCTTGTTGGTGTCGTTTTGCCGTGGACGTGTATGAAAAGGATC
AAAGCGGCAGGTAAAAAAAGGCGCTGTTACGTATTTTCCAATTTAATGCA
ACGTTAACGATGCCATCAATATTTCTCAAGAAATACGAAATTTTATAATC
CAGCATCTACCATTCACTGTTTTCAATGCATGCCCGAGGAAAGTTTCTGT
CCATACGTTAATTCTAAGTTTATCACAATGGCGATAACTCTAGAACTGTA
TGTAACGTTATGTGACAGTTATTATGATAAGTTATTTGCCGTAAGCAAAG
AGTCAATGCATTGTTCAGTTCACATCAAAGTACAAGATCTGTGACGATAC
GAATGTTAGTTTGGCATTTTCCTAACAGTTTTTCATCACTTACAGCCTCT
CAGCCTGAAAATGGCTCACCAAAGAAGCGGGAAGACAAGTACTCGTTAGT
GGAGCCACTTGTGAGAGAAATTGTAGACCAGGGTTTTCCCAGAGGTATGG
GTAGAGTGAAATATATTCTTATGTTTCCCCCATACTATATATGGGCAATA
CATATTGTTTTTGTTATATTTCACTCACCGTACCAGAGGTATGGGTAGAG
TGAAATATATTGTTTCTGTGCATTATGTTTCGCCTACGAAACATATTGTT
ATGTTTCGCACACGAAACATATTGTTTTTGTCAGGTTTCTTCTCCACCTG
TCATTATGTTGAGCCCATAGGTATGGGCTTAACATATTGTTTTGGTCATG
TTCTTCTCCTCCTCCTGCCAAATCTTTAAATGGATTCAACTTTGCCATTT
TGAACCAAGAGAATTGAAATTTGGCATGGAGGTAAAGACAGCAGATACCC
CAGGCGTTTTATTTATCATTTTTTTTAAACAGGCCTCAAAATGATTTTTA
TGGAGTTTGTTGGGGGCATCTTTAGGCAAGAATTGCATTTTGGGCTCCTG
TGCCCTGGTATTACAAGCAAATGACCTGAGATTCGGTACAAGGTTTGACA
CAGATGGCACAAAGTAATCATAGTGTTTTGTTGACAAATTCATATGAAGC
CTTAAGCCCAGTAAAATGATTCAGAAATGTTGTGCATAGGTTGAAGCTTA
ATTCTTACTCACATTTTTGAGTATCGGAATAACACTTTAACCCGTACTAT
TAGAACCCAGGCATAATCGATGCCGCAGGAGGTGTTCCGCAGACATTCAC
ACAGTCTCTGCAAAAAATCTCGCAAGCCTTTGCAATTTAATTGCTAACTA
CTAGTATACGGAAGGCATGGGGAGGGAGATTGGCAAAGTATGTTGTATTT
GCTCTCGCAAATGTTGCCTTTTTAGTCAATATTTCGATTTGCCCAGGTGT
TATTTTGGAACAGTCTATTTCTGCAAAGGGAGGATTATGGGCGAAACATG
CTGTATTTGCTCTGGAGCAAATGACGGCCTTTCTAGTTTTTAAACTTATA
TTTATCAGGTACCGATCCAGAAGATGGACAGTCCTTCGACGTTTCCACCA
TCATCCCCCGGTTTAAAGTAGGACCACAAGGCTGCACTGTTCGAGACAGT
GGAGCTACACTGGAGTTTCCCGAAGGATGTGTTACAGAGAGGCGTTTAAT
CTCTGTCGAGGTATATTCTTCTGTATATATCTTCTTTCAAGTCCATTTAG
CTATGGTACACTGCTCACACTTTAGCAGTAGCATTCAATTTTTCCTGATC
ATAGTTAAATGGATTTGTCTAATAATATACCATACCGCTATCACGATCAC
TCTTCAATACACATAGCTTGAAGCCGTGCCAGTTAACGACGACATTCGGA
CCAACTTCACGGCCATGTCCGCCGTCCTGACTGTGAAGAAGGACTTCCCA
CAGCGGTTCCTACGGCCGGTCACCGTCAGGCTACCCTGGGTCTGGGCCC

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000050:57..12255-

>BlTCONS00062981 ID=BlTCONS00062981|Name=BlTCONS00062981|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=957bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000050:57..12255- (Branchiostoma lanceolatum)
AATTTCTGCATAATATGTCACCCTCTTCAAATTTCAGGTTCGTTGGAAGT
GAACGCGTTGCGAAAGAAGTTTAAGTCGGTATATCATACAGCCAGGTGTT
TTGGGATTAGGAGTATGGGTAACATCACAGGGCATCGCCAACCTTCCATG
AACGCAGCGGTTGGCTTCGTCATTTTTGTCTTGCTGACTGCGTGCATATC
GGCAGAAAAAACAGGAACAGAACAAAAAACAGTCCTACAGGAATGCTTCG
ACGTTGTAGTGTACAAAATGAGCGCTGACTGGAAAAGCCTGGGCTACGTC
CTGGGGCTTTCACACAACCACATTGAAGGGATTGGCAGTCTTCTCGACCC
CGACACGTGCTGCCGGGCAGTCCTGGACAAGTGGCGCGAAATCAGAGGGA
AAGAAGCAACAAAAGCCAACCTTATAAAGGCTATCAGAAGTATCCATCGC
GAGGATGTCGCAGAACGTCTTGAAGCTGAACCACCAGCTCTTGTCCTGAC
AACTTTGATCGGCGTACTCGTCCTTGTTGGTGTCGTTTTGCCGTGGACGT
GTATGAAAAGGATCAAAGCGGCAGCCTCTCAGCCTGAAAATGGCTCACCA
AAGAAGCGGGAAGACAAGTACTCGTTAGTGGAGCCACTTGTGAGAGAAAT
TGTAGACCAGGGTTTTCCCAGAGGTACCGATCCAGAAGATGGACAGTCCT
TCGACGTTTCCACCATCATCCCCCGGTTTAAAGTAGGACCACAAGGCTGC
ACTGTTCGAGACAGTGGAGCTACACTGGAGTTTCCCGAAGGATGTGTTAC
AGAGAGGCGTTTAATCTCTGTCGAGCTTGAAGCCGTGCCAGTTAACGACG
ACATTCGGACCAACTTCACGGCCATGTCCGCCGTCCTGACTGTGAAGAAG
GACTTCCCACAGCGGTTCCTACGGCCGGTCACCGTCAGGCTACCCTGGGT
CTGGGCC

Gene-mRNA-Prot

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:12024..12255	BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:12024..12255	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:10718..10941	BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:10718..10941	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:3154..3172	BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:3154..3172	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:1896..1994	BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:1896..1994	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:1462..1560	BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:1462..1560	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:346..497	BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:346..497	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:57..189	BlTCONS00062981-exon-Sc0000050-1564993656:57..189	Branchiostoma lanceolatum	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
BlTCONS00062981	BlTCONS00062981-protein	Branchiostoma lanceolatum	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Sc0000050	genome	Sc0000050:57..12255 -

Properties


Property Name	Value
GeneID	BlCUFF030898

You are here

BlTCONS00062981 (mRNA) - B. lanceolatum