BlTCONS00062287 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview


Name	BlTCONS00062287
Unique Name	BlTCONS00062287
Type	mRNA
Organism	Branchiostoma lanceolatum (Amphioxus)

Full-screen view

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000049:412842..428168-
coding sequence from alignment at Sc0000049:412842..428168-

mRNA from alignment at Sc0000049:412842..428168-

Legend: polypeptideCDSexon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>BlTCONS00062287 ID=BlTCONS00062287|Name=BlTCONS00062287|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=15327bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000049:412842..428168- (Branchiostoma lanceolatum)
GGCAGGAAAGGCTTTAGATATAAACCTGCATATGCCATATGCAGCCTGGG
TACAACTGGAGTTGGCAAGGTATTTCTGATGTCTAATCTGCACTGTGGTA
TAACAAAACCAGCTTGAGACCCTAGGATGACACATCCTAATATGTATTGC
ATCATCGTCTGAGCATCCTTGAATGCAACAGATTCAAAATGGTAGCCATA
ATCTTCTTGCGTACTTCTAGGTGTGGTGGGAGAATTACAAGCACTTCGAC
GACAACAAATGGAACTTCCACTCCGTCATGGAGCCTTTTCGCCTCGCCTT
TAAACACCCGAACCTCATCCAGATGGAGTTCAACACGCTATCCCGACCTG
GGTAGGCTTCTCTTACTATGTTTCCAATGTGATGTTACCACCGCGTACGG
AGGTATTGTTTTCGGCGTGTCTGTCCGTTTCTTGCAATTTAGTCCCCCTC
CCATTTTTCATCTACTTTGTATGATTTGCAGTATGGTCGAAAACCTTTTT
TTGTTTACAGACGAGTATTGATGTGCCTGAGGATTTCATCCGTGATCGAA
TCAATATGTCCTTATCATTAAAACTTAATCATTATGACATATCGCGATGC
TTGTTTATCTACAGCTGGGAAGACTGGTGGGATATGAAGGCAATGTGGAA
CGAGGATCGCCTTTTCCCGTGGTCACATGTCTATGGAGTACACTTCATCT
ATAGGTACATCAGTTAAACACTCTGCCATTGGATCTTGTAAACAAAATAT
TGTGCAGACGTGTTTTGTCGTAGATATAGATTGTGCTATGCACCGTAATG
TATTTGTTTATGAAAATTGTAATGTTTGTTTTTATGAATAAAGTTGTCTA
AAAAAATCACAATTCACGATGAGAATCTTAACATCATGTAATTTAGGATA
TTTTTGTCCTACAATATTATTCTGGATGTTTCATGAATAAAGTTACTCAC
TTAAAGAAAACATCAGTATGATTGCAAATATCACAGAAATAGTTCAGCGG
CATAGTTTGTCTGAAAGCACCAAATCTGCACAATCAGTATGATTTTTCCA
GCTATGCCGCCGGACTAATGACTTTCAAAGGCTCAGAAAATGAATGGGAA
CATTCTTCAACTAGAGTTCCACGATGATTTTAACCTTTATGACTGATGTA
TTTAGGAGTGTTTCTCATCAATCATAAATCATACCAGTTGATCGCCTTCA
CCCAAATACCAGAAGTTGTCCAAAGTATGAGCTTATCAAAGAAGGTTATG
CTAACATTTATCATAAATTATGCAAATTAGGTCCTTATTAGCATAATTTG
ATTCAAGTATGAAATTGCCATGATTTACATGTATGTAATTATAGTAGCTT
CTCATTAATTATGCAAATTACGCCTACAATTGCATATCTTCTATCTATTA
ACATTCCTCTCTTCCTCAGTTACAAATGTCAAATATTTGAATAGTCATCT
CATGGAACACAGCGGGTTTTTAAAATTGTTTCCTCAGTTATGCAAATCAG
ATTCTAATTTGCATAACTGAGGAAACAATTTCAAAAACCCGCTGTGTTCC
ATGAGATGACTATTCTAATTTGCATAATTATGGTCCAATCATATTTAAGC
TATATACCAAAAACCATTACCATCCATCAAGCCCATCTTGAGTTACGATT
GACGAACGCTTCTGAACGTCTTGAACGACTAGGAACGTCCCTGTCCAGGA
TCTAGGAACGACCAGGAACGCCCGGTTCCAAATCTTCCAAATCCCCCGGA
AATTCCAAATCTTAAAATCTTCCGTAACTTCCGGAAATTCCAAATCTTCC
GGAAATTCCAAATCTTCCAAATCCTCCGAATCTTCCAAATCTTCCAGAAA
TTTCAGAAATTTCTGAAATTCCGGATATTCCGGATATTCCGAATATTCCG
GATATTCCGAATATTCCGGATATTCCGAATATTCCGGATATTCCGGATAT
TCCGGATATTCCGGGACATGTAGGGTCAAGGGTCACGACCAGCAATGGCA
GCCATTTTGGTGATGTCCCAGCACTGAGGAAGAATCTGAAGCCATCCTCA
GCGGGGGAGTCCCAAATGGCTAGCCTTTCACCATTGCTGAATAGTGTAGA
CAGGGTTTGAAGTTATCTTATGTTCCTTTTTTGGTTTTCGTTTCTTAGTT
AGGCAAAACAGGACATGCATCTTATACAGTGAGTACGCCCCCCTCCCCAC
TTTGTGCTTATGATTTTCTCGACTTATCTTTTGTTTTTCCTCTGCTCCTT
GGCTCAAAGTAAAGTGACCCTAGACCCAGTAACATCTTGTTGAGGTAGAT
CACTACCTCAGGCGTTTTAGAGTGCTACTCTTCGGTACGGCAAGAGGGCG
CATGTCAAGAATGACAATGGCGGCCAGTGATCACAAACAGGGAGTCCTGG
GACCTGTGCCAGTCTGCATCACTGGTCGAAGACAGAGATGGAGACAGCGA
AGGGCGGAGGTAGGTGCTGCTTCAGCTAACCTGCAACGGCCACTGGACTA
CGTGAAGGAAAACACTTATGGAAAACCATGCTGTAGGAGCTGCGACCACA
GTAGTTATTCAGCAATAGAAAAGTCAAGATGGCAAGTCAATATTACACTA
GGGTTGAAGTCCCTAATCAAACTCTCTGTGCTGAGCTGGATTCACAGGAT
GGCGTACCCCCAAACCCGCAAGGAAGGGGTAGGCTTGATTACAGCTCCAG
CAGAAAGAGTACTGGTAGAATGGTGAACTGTAGATCAACAACAACAATAT
CAACAATGAATGTGAGGACAATCAAAGAGGCACAACGAAGGGAAGAACTG
TCAACTAACATGGCTTTATGTGACATCGATGTACTGGGAATACAGGAGCA
TCGTATTGTTCACGAGGATGATGTCCGGTACGAAAGCATACATGGCAACA
TGCTAATAACCACATCTGCTAATAGAAACCTGGCTGGTGCAGCAGTCGGA
GGGGTGGGGATGCTACTAAGTCCCAAGGCGTACAACTCACTGGCAAAGGT
GACTCCATTCAACGACCGCATACTGATTGTTAACTTCCAGGGAAATCCAG
CTACAACCATAATGGTAACGTACTGTCCCACCAACGTTGCAGATGAAAAC
ATCATAAATGAACATTATGACAACCTTAGAAGAGCAATCCGGTCTATCCC
AGCATACAACCTGCTAATGATAGTGGGAGACTTTAATGCTAGGATAGGAT
CCGAGGAGGCAAGGTACACTTTCCACAGTGAAACTAACAGAAATGGCAAG
ATGCTACTGGAGCTGTCAAGCGAGCAAGATTTCATCATCTCTAGTACGCG
TTTCCAGAAGAAAGCCGGGAAATTGTGGACTTACATGAGCCCAGGGGGAA
ACAAGTACCAACTGGATTACATACTCATCAGAAGAAAGTGGCAAAACAGT
ATGCTTAATGTGGAGGCGTATAACACATTCGCTAGTGAAGGTTCCGACCA
CAGGATTGTTTCGGCTAGAGTAAGGCTCAGTCTGAGGAAAAAGAAAAACG
AACCGAGGAAAAACCAGTATGACTGGGGAGCTCTTAGGAGGAGTAAAGAC
CTACAAGATCAATATGCCATTGAAGTGCGCAATAGATTTCAGCCTCTACA
GGAAGAAACTGAAACCGCGACGGAGCGATATGGCAGGTTTATCACTGCAA
ATGAAGAAGCCGCAGAAAAAACAATCCCAATCAAGAAAAGGGAAAAGAGA
TTAAGGTACTCCAGTGATCCAAGAGTAACACAGGCTAGGGATGAGGTCAA
CAGAAGTAATGAAGTCTTCCTACAGAACACACAAGAAGAGAACAGACAGA
AGCTTAAGAGAGCCAGAAAGGCACTGGAGGAAACATACACAAGGGTCGAG
GAAGAAGATCTCTTGCAAAAGATCAAGGAAGTAGAAAAAGCACATGAGAA
CTGCAAACACGGGCAGAGCTGGAAGCTTATAAACGAGATAACCAACAGAA
GAGAGACAAAGAAAAGTCAGCTTGAAGGAAACTCACAAAAAGAACGTGTA
ACGAACTGGTATAACCACTTTAAGAACCTCCTGGGAAATCCACCAGACAT
AACCTGTGAGGACGAGGATATACCAGCTGTCCTTGAGAATCTCGACATAA
GGATATGCCCTTTTGACAGGGAAGAATACGAGAAGGCAAAGAAATTGCTT
GTGGAAGGAAAAAGCTGCGGTGAGGATGGAATACCACCTGAGGTACTTAA
AAGATGTCAAGATCTGGACGAAGTTATCCTAGACTTCTGTAACAAGGCAC
TGCTTGAAGGGGAAAAACCAGCACAGTGGAGCACTTTAAACATTGTACCC
ATACCTAAATCTGGCAACCTCAGGCTCGCAGGGAACTACCGAGGAATCAG
CCTGAGCTCAATCGTAGCCAAGACATTTAACAGACTGATCCTCAACAGAA
TAAGACCAGCGCTGGATATGCACCTGAGGAGAAATCAGAACGGTTTCAGG
GTTGGGAGGTCAACTGTAGGGCACATTCTCGCACTTCGAAGGCTTATAGA
GGGCATCAAGACATACAATCTGACAGCAATAATCACATTCATCGACTTTA
AGAAAGCCTTTGACACTGTACATAGAGGAAAGATGTTGAAGATACTTAAG
GCATACGGTATTCCTGACCAACTGGTGGAAGCCATAGCCAGCATGTACCA
GGACACAAAGGCAAAAGTCATTTCCCCTGATGGTGAAACTGAACTCTTTG
ACTTGTATGCAGGGGTGCTACAGGGGGACACACTAGCTCCATATCTGTTT
GTGATTGTTGTTGACTATGCACTGAGGATGGCTATTGACGGTAGAGAGGA
GGAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTAGCCAAGACATTTAACAGACTGAT
CCTCAACAGAATAAGACCAGCGCTGGATATGCACCTGAGGAGAAATCAGA
ACGGTTTCAGGGTTGGGAGGTCAACTGTAGGGCACATTCTCGCACTTCGA
AGGCTTATAGAGGGCATCAAGACATACAATCTGACAGCAATAATCACATT
CATCGACTTTAAGAAAGCCTTTGACACTGTACATAGAGGAAAGATGTTGA
AGATACTTAAGGCATACGGTATTCCTGACCAACTGGTGGAAGCCATAGCC
AGCATGTACCAGGACACAAAGGCAAAAGTCATTTCCCCTGATGGTGAAAC
TGAACTCTTTGACTTGTATGCAGGGGTGCTACAGGGGGACACACTAGCTC
CATATCTGTTTGTGATTGTTGTTGACTATGCACTGAGGATGGCTATTGAC
GGTAGAGAGGAGGAGCTCGGTCTGCAGATTGAGAGGAGGAGGAGCAGAAG
AGTTGGCCCGAAGACAGTGACTGATTTTGATTTCGCTGATGATATTGCAT
TAATATCAGAGGCAATTACACAAGCTCAGGAACTGCTTGGGTGTGTGGAG
AGCTCAGTGGGAAAGGTTGGTCTCTGCATGAACGCTGGCAAAACAAAGTT
TAACATTCCTACCCCTTACTGTCTCAAGACAAGTGATGGTACTGCCTTGG
AGGAGGTAAAGGACTTTAAGTATGGATCTAGGATGGATCTAGGATGGAAA
GCACAGAAAAGGACATAACAGCAAGAAAAGCAGCAGCCTGGCAGGCTTGT
AACAAGCTGAAGAAGGTTTGGAGATCAAACCTCTCTCGCAAGCTGAAAGT
GAGGCTTTTCCTCTCGACGGTTGAAGCAGTCCTCCTGTATGGATGTGAGG
CGTGGACAATCACTTCCAAGCTAGAAAAGCAGCTGGATGGATGCTACACA
CTCCTAAGACCAGCAACAACACATTACCAACAAGGACCTGTATGCTGGAC
TACCAAAATTGTCTGACAAGGAGGTTAAAGTTCGCTGGACACTGCCTCAG
AAGCAAAGAAGAAGTGGCTGACCTGGTTCTCTGGACTCCCAGGCATGGGA
AAAGGAGGCCTGGAAGACCCGAAGCAACATACATTAAGAACCCTGAAGAA
AGACACTGGCCTTGAAGTTGATAGTTTGCTCCAAGCGATGAGGGACTGCC
AGTGGACTGCCATCACGACTCGAGACCGTCCAGTCTCGACATAATCCGGA
TATTCCGAATATTCCGGATATTCCGAATATTCCGGATATTCCGGATAATC
CGGATATTCCGGATATTCCGGATATTCCGGATAATCCGGATATTCCGAAT
ATTCCGGATATTCCAAATATTCCGGATATTCTAAACCTTCCAAACGTTTT
TGGTTTTTGGTGAATTCTTCCAAATCCTATTGCTTTATCTTTCCTACAGG
AAATAAGGCTATAATAATGATATTATATACTATAATAATATTGGCAATGT
ATTTGCTTCAAACCATGACATACCGATAACATAACCTTCCCGCGAAGGTT
ATGTTATCGGTGATTTTCTCCAAGTAAAATGTCAGTTGNCCTACAGAAAA
TAAGGCTATTTGTTGGCAATGTATTTGCTTCAAACCATGACATACCATGT
GATTTTCTCCAAGTCTGGCGTCAGTTGGACAAATAATACACATGTTTTAC
TGATTACTTTCCAAATTTATCTGCATAAATTTGCATAAAGGTTACTAGAA
CCATTTTGGGTATATCTGCATAAATTTGCATAAAGGTTACTAGAACCATG
ATTTCCCACACAGACATCATACCTAAAAATGATGAAGAAAGATTTTTCAT
TCTATGGTACTGGACTAATTATGCGGAGAGTGGGCACCATAATGGTTTAG
GCTTTCTCCTCCTAGTCTTCATGAAGGTTGACAGATGAATTCTAATCCTT
CTTAATGTTTCCTTCTTTGTTTCCTTCAGTTATCACGGTGACGAACACAA
CCCAGAAGACATCAAACACATGAGGGGGACATTTGGGCAAATGGCAAGAT
GGGTCTACTATGGTCAAGTTGACTTCGTAGACTAGTGCAGTACATACAAG
ACAACAAAGCACAGAATATTAACAGTTTTTGTAACTTTTGTAAGTGGAAA
TACAATGTTTGCAATAATGCAACATCTTGCACCTTATTCCATGCATTTCT
ATTTTCTTTAAGTTGAGCGTAAGATTTAACTTTGATAATGTCAAAGTCTA
ATGAAATGTGCTGGACACTCTTAAATGCTCAGTCATATCTAAGATGTGAT
AATATAACAGTAATTCTATTAATTCAATCATGGTGTATATATTTTTGATA
CATCTTTTTATACTGAATTGTCATCTTAAATATGAAGTGTACAAGGTAGG
TATCATTTTTTGTGATAGGCAACATTGCACGAATGCAATCACTGATAAAA
TAATTCATATCTAGTGCAATGCAGTGTAAAATATGATGCATCATTCCATA
TAATAAAGACAGCATTCCAGACGGATCGTTTCTGACCTGAACAAAACACT
TTATTGTGTATAGCAAAAACAAGCATATGAAGGAACTGAAACATGCATAT
CATATTCTGAACAATAGCCCATGTTGTATTGTTTAAGACACCCATTATTG
CGGCAATCACTACATGTGGAACATACTAGACAATGAACTAGATTGCTTAT
TCATGGAAACTAATCAGAAAAATATGATAACAATAAATTCTAATATGCAA
CCTTTGGCTCATAAACATGAACCCTTAGGCTAATTCTGAATCGTTAAAAT
CATATTTTGGTTAGTAAAACACTGAAATTTTGAAATTACCATTTTGAAAT
TATNATTACCTTTTTGAAATTATTTGTACTTTTCTGGGTAATACATAGTT
AAATGTCCGAGGTTTACATTTCCGAGTTGTACTCAGTAACTTGAGTTTAC
ATTAATAAGCACATGTTAGTTTGCTATGGCATTTGTCAGAACATCATGAA
AAAATCTTACAAACTGCATACAAGATATAAGGAATGTAACATTTGAGAAT
AAACTATCGTAGAACAAATTCTAGCATAAATACTAGTATACTGCAATGTT
CTACTAATAAGGGAAAAATTTTCTTCATCTGTATGTGAAATTTCTTTCTG
CTATTTACATAAAACTGGTTAGATCTTATGAAGATCAATTTGCCATAACC
AGTTTCTATCTCTGTGAACAGAGATACTGTCATTACTGTTGTAATTGGAT
GAAATAAGGCCAAAATGACAAGTTGATTATATGGATGACATCCGCTTGCG
CATCAATTTTTGTCTGTTTCCATTAACTGCGACCATACTGAAAATCTTAC
AAAGCTGCAAAATAAGCAAATATTTGCTGTAAATTGGCTGGAAAATGGAT
ACTAAAAAGCCAAGTTGGCAGAAGCCGATGTAACAAAATAAACTTTCTGA
ATTTACTATTTGGTATACCATGACCTGTGTGTTCAGTCAATCGTTCAACG
TAGGTTTCATATCGAAGGCAACTTTTCTTTTCTTTGCCCCAATTTTTTCA
CCACACTTGTATAAGTTTTTGGCTGCTCACAAGATGTCATCCACATAATC
AAATCAGTATGGCCATATATTACTTCATTACATTGGTCTGTTAATGAATA
TTCCTTGGCATCTGATTTGGACACTGCTGAAAATACAACACTGGTCATTC
TAAATTTAGAAAGACGTAAGTTAACATTTCTGTTTTATATGTGTGCTAAT
GAATGAAAACTCTCTTATCACGTAATCATAGAAGTGTGGAAAATTCTTTC
AAACTGTTAGTCCAGTTATCGTATTTGAAACACAAGGACACAATTTCTCA
GTATATAACGTTAGCACAAAGAGTTAGAGAATGGCTTATTATTTTCCTAG
ATTTAAAACAACCAGTGTTATATATATTAAATACATTGTAGTCTTTCTTT
GATTGTATCTGTAGAGCTGTGGTTTATTATTTGCAATATCGTTGTCTGAG
ACTTTGGCCTTTTGTTTGGGATTGTTGCATGTTTTTGTACAAAAATTGAC
ANTGCAAGTTTTTGTACAAAAATTGACATCTAAATGCCCTTTTTACGTTG
CAACTCAATTGAACATACCTGCCAACATACATGCAATACTAATTTCTATA
ATTAAATCTATGCAATAAATGTTAGGC

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000049:412842..428168-

>BlTCONS00062287 ID=BlTCONS00062287|Name=BlTCONS00062287|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=396bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000049:412842..428168- (Branchiostoma lanceolatum)
GGCAGGAAAGGCTTTAGATATAAACCTGCATATGCCATATGCAGCCTGGG
TACAACTGGAGTTGGCAAGGTGTGGTGGGAGAATTACAAGCACTTCGACG
ACAACAAATGGAACTTCCACTCCGTCATGGAGCCTTTTCGCCTCGCCTTT
AAACACCCGAACCTCATCCAGATGGAGTTCAACACGCTATCCCGACCTGG
CTGGGAAGACTGGTGGGATATGAAGGCAATGTGGAACGAGGATCGCCTTT
TCCCGTGGTCACATGTCTATGGAGTACACTTCATCTATAGTTATCACGGT
GACGAACACAACCCAGAAGACATCAAACACATGAGGGGGACATTTGGGCA
AATGGCAAGATGGGTCTACTATGGTCAAGTTGACTTCGTAGACTAG

Gene-mRNA-Prot

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
BlTCONS00062287	BlTCONS00062287-protein	Branchiostoma lanceolatum	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:428100..428168	BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:428100..428168	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:427818..427948	BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:427818..427948	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:427465..427554	BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:427465..427554	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:412842..415039	BlTCONS00062287-exon-Sc0000049-1564993656:412842..415039	Branchiostoma lanceolatum	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Sc0000049	genome	Sc0000049:412842..428168 -

Properties


Property Name	Value
GeneID	BlCUFF030667

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BlTCONS00062287 (mRNA) - B. lanceolatum