BlTCONS00063098 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview


Name	BlTCONS00063098
Unique Name	BlTCONS00063098
Type	mRNA
Organism	Branchiostoma lanceolatum (Amphioxus)

Full-screen view

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000050:584505..596214-
coding sequence from alignment at Sc0000050:584505..596214-

mRNA from alignment at Sc0000050:584505..596214-

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>BlTCONS00063098 ID=BlTCONS00063098|Name=BlTCONS00063098|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=11710bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000050:584505..596214- (Branchiostoma lanceolatum)
GCCTGGTGGGTTAATGAAGTTGATAGGTTAGCTGGCTTGTTATTGATTTT
GCCAATGTTTCAGTATACGTTTTACCCAATTAGTAATCTGTTTTTCTAGG
AGTGACTGTTGGTGACATAGGACCCAAANTAGGAGTGACTGTTGGTGATA
TAGGACCCAAATTTGGATATGACTCTATTGACAATGGCTTCCTGGCACTC
AACAATGTCCGGATCCCTCGGGAAAACATGCTTATGAAGCACTCAAAGGT
TAGTCTTATTCTTGTTTTGCAAATGGAAAATACGTTCTTCATCTTTGTTT
TTTCAGACCCTAGCTTGTAGTAGTACTGTCCTAACAATAAGTTTGTTTGC
TGTTTAAGTAGCAGGGTATATTTCTACAGGGAGGGGTTGCTAGCCCTTCC
CCTTTAATGTGCTCAAGACACCTCACCTGACCCTCATTTTACGTCCCTTC
CGAAAGATGGGTGCAGCAAGGAAACCTTATGTACCCCTACTAGGCATAAC
AAGGATCTGAACGAACAAACGAAATTGTCATATATTTCAAATCCATGGCA
ATTTGTCACATAGTATTTTACATTGACATTTTGCTGTAAATCTTTTAGGT
AGCACCAGATGGTACATATGTGAAGCCACCTAGTTCCAAGTTGGCTTATG
GCACAATGGTTTTTGTCCGGGCCACGATTGTCAATGACTCAGCCAACGCA
CTGGCCATAGCAACCACCATAGCGATCCGGTACAGTTGTGTGCGCAGGCA
GTCGGAAATGAAGCCTGGGTGAGTTACACTGCTCTTCGTTCTAAATACAA
TAAGAGTTACCCCCTTTCGGAAATTTTGAAAAAATGCCCCTGCAATTCTA
GAAAAAGCCGCTAGGGGGCTCCAACCCTATGTCACTTCTTCCCTTGTACA
AAAGCTTATAATCTTCCACCCAAATATTACATGTCCATAGCTTGTCCAGA
AAATGAGATATCAAAACCAAAAGTCCCATTGTAGTACCATTACAAGTCTC
AGGGGGCCCCAAAAATCTTGTCATTTTGAGGTCTCATCAAGACTTATTGG
CATACTGAAAATCAAGGCAATCCATCCAGGCCTTCTTGAGTTATTGTTTT
CAAAGACAGACTGATGCTTCCGAAAACATAACCTTGGCGAAGGTATTGAG
TGCGACCATATCAATTTAGAAATATTTAGTAAATTTATGTGTCATCATCA
TTTCTGTTTTCGTTAGACAGTTTGCCTCAGTGACTAAGCAGTGCTTCCTA
ATGAAGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCATTTTTACATGATTA
ACCCCACTCTGTTTTGAACAACCGCCTGTCCTCAGCAACCATTTTTCCTT
GGTGCCTTGAGCAGTTGCTGAATCTAAGTTTGATTGTATTTCACATATTT
ACATTGTTTATTCCCAATCCTCCCAGCCACCCAGAGCCCCAGGTGTTGGA
CTATGTGACCCAACAGTACAAGTTGTTCCCCTACCTGGCTGCTGCCTACG
CCTTCTGGCTGACAGGACAAACCATGATGTCCGTTTACACCACGTCTTCC
AGCCAGATTTCTAAGGGAGATATCAGCGTCCTACCTGAGGTAATGTATAA
AGGAATAAGAATTATGTCAAAGCTAGTCCCATAGCCATTTTGAGGCCATA
GGGGCAGTGGATTGTTATCCACTGTGTCTAGGGCACGGTGTTGGAAGCTC
TAGTTATAACGTCTTTTTACCTCCCAAACCAAAGTCAGGTACCCATGTTT
ACACTGGGTGGAAGCAGGAAAGTTGTGTTAAGTCTCAGCCTTTCCCAATT
GCACAGTATCGGTGGCATGCCTGTGGATTCGACCCTTAACCTCTGGTTAC
GCCAACACAAAAGCCATGTTTAAAAATGATCATGATTTAGTCACTGTCTT
AAGATGTTAGCAGACATAGCACACTGTCACAGACATTGATTGCATAATAA
CTAGCATCAGATATGTGTGACAATTTGGAAATCAGGACAAAGAATTATAA
ATCCTTTGAGAGCAGAAGATGAGATATCTATGTTAGAGGAGTAATACGTA
ATCTATAACGATCGCTCCCACAGTCCAATCTTAAGTGGTCAGAATATTGT
GGTTATGACAAAATAATTTGCTCTAACAATTTTGAAATGTTTTAAAGGGG
TATAAGGACTGGGTGTGGGTTAACCAGTCCAAAGACTGTGCTAAGTGTTG
ATTTTGGATACTGAATTCCATCATTATTGCTTTTTGACAGCTGCACGCTC
TTTCTGCCGGGCTGAAAGCTCTGTCGTCATGGGTGGCGAATGTGGGAATG
GAGGAGTGCAGGATGGCATGTGGAGGACATGGGTACTCTCACGCCAGCGG
GCTGCCCCGTCTGTACGCCAACATGACTCCTAGTGCAACTTACGAGGGAG
AAAACACCGTCATGATGCTTCAAACAGCAAGGTTAGTTGGAAACTTGAAC
CACACAATGGGCTTCGTTCGCTCAATCAGACCCTTGTAGTGCCTAGTGAC
ACATGGGGCAGCAAGTTTCCTTGTTGTTTCAGTAGCAGGGTATATTTTTA
CAGGGAGGGGTTGCTACCCCTTCCTCTGGCCAATGGGGCTATCCTCTTAA
AGTATGCTGATGCTAGATGTAACAGAAGAGTTATATTGTTTTCCCAGTGG
AAGTTAGAAGAAAAAATTAGCAAGGTAGCAAAGGGAGCTTGCAAGATTCA
AGTTGCAGGGAACAAATTAAAGAAAGACGGAATGCAACAGCAATAAGTGC
CCATGGCTGCAGAATGTTGATGATGATGATTAGAATTAAAATCATTGCAT
ATTCAGCCGACAATTTGGCCCTATTCAGGAAGACTGTCCCCCTAACTTGT
AAATGTCATCCTTTTGTTGCCCCAGGTACCTGATGAAGAGTTATAACCAG
TCCCTGCAGGGTGAGAAGCTGGCTGGGTCTGTGGCCTACCTGTCCGGTGT
ACAGCCGGTTCCTGCAGCCGGTAGGACCAGGAACATGCTGGATCTGGGGG
GTCTGTGTGATGCCTACAGGCACAGGGCAGCCAGGTAAGGATCGAAAGAT
AACACACACACACACTCACTAGCCTCTTGGAAATCATATGTTTGCTGTGT
CTTCTGTCAGTGTCTCTTGGATGAATCCTATCTCTCTAAGAGCAAAAATG
ACCACAAATGCTCTGAGGTAGTTCTAAAAGTGTACGCGTAAGAATCGGTC
AAGTGTCAAGAATTAAGTTTTTGATTTTAAGACATCTTGTTTGTCGTCTC
TTTAAAGGCTTGTGCACGAGGCTGCTGTGCAGCTGAGAAATGAAAAGCAG
GCTGGGAAGGACCAACCAGACGCTTGGAATGCCGCATCTGTGGATCTCGT
CAAGGCTGCTATGGTTAGGGAATGACTCTCTATCAAAGCTCATTGTTTCA
TTATTTCTGATGTTAAACATGATACACAGTTATGAACACCGTGCAAGTAG
ATAAATAGATGAGAAGAACTCAATAATTAAGATCTTTAACCTTGATGTCA
CCAGGCCCACAGCCATTACTTTGTGGTGAAGAACTTTGCGGAGAGGCTGA
CAGACTCCGCACTGGACAGCTCCATCTCTGACGTCCTGACCAGGCTGTGT
CAGCTGCACGCTCTACATGGACTGGTCACCAACAGTGGCGACTTTCTGGA
GGTATAATATACTTCGTAATGTCCACATGCCTCTCCACAAAGCTACACAT
TTTACACATACCAGAAATATAGAAGAAAATTGGATGGTAGATCTGTTATG
TTACCAGAATGTTTTATCTCCAGGACCTGTAGTGACCATGCAGCCATGGC
AAGGTTTGTTTTTGTGGGAAAGTTAGACTATTTTGGGGTAACGAACAAGA
AACAAGAACACAATCTTACATTCATCAAACTACAGGTTGAAATGTCTTTT
CAGATGTTAATGTCAACTATTCTTTCTGTCAGGATGGCTACTTGACTGGC
ACAGACATCCGCCAAGCCAGACGTCACATCAACGCCCTCATGGCCAAGCT
CTGTCCTGACGCCGTGGCTCTTGTCGACGCCTTCGACTTCCCGGACGGGA
TCCTGAACTCCGTACTGGGGCGCTACGATGGGAACGTCTACGAACATCTG
TTGGAGTGGGCCAAGGCCTCTCCTCTCAACAAAACAGATGTGAGTCAAAA
GAAACATGTTTGAAAAAAAACAGGCATGTTGCAATAGATATTGTGGACAG
ACATCTCTACAAAATCAGATTTCATTCGGTTATGGCTTATTCCTGTACGT
TACATGTGTAGTTTCAGCATAGATCAATCACAGAGCACAAAACTGTTGAC
GACAGTTGTGTATAGATATAGATGGAGAAAACTGTGATGTCACTGGCTCT
AAGGCTATCACTTTGAAAGATGTATTTTACACAAGTAAGTGTAAGAAGCG
GTATGTTATGATTTTACCATAAGAATTGTTGTAATACCTGACATACTTTT
ATCCCTAGGTGCACGAGTCTTACCACAAGTATCTGAAGCCGTTCCTTGAA
GCTAACAGGGCCAAGCTGTGAAGAGTCTTATGACTTAAGATTGATAAGAA
GGCTCCAAGACAAGACGGCAGTGAAGATAAAGATCATCCCATACGGCTGC
TTTTGCTGTTGCTTCTGCTGCTAAAATTAACAAATTTTCTATCACTGACT
GTAAACATCATGTTGTATTACCACGTGAATTTCTCAAACATTTGAAATGA
AGTTAACGAACATGACAAACCTACCAGATCTAGAGGGAAATCTATTTTAT
GAGGTATCTTATCTTATGAGGGCATAATGAGATATTTTATTATATGGTTT
TATTATGGACACAATGAAAATTGTGTATATAATTGTTCTGGTGCAAGGTA
GCCTGTGTGACAATCTCGGGCCGTTTGGGCCCCCTTCCCCAATGTTCCTG
TGTTCTAACAGCCTTATATGGGAGAGCTGGAAAGATTCACATAAGTGCCA
TAATGCACCGAATTTCCATGATATTCTGTATACAGATAGCTTGGACAAAG
ATGTACACAATGAAATGTAACTTATTCAAATTAGGACTTAATTTTCATAA
TTGAGGAGGAAAATCTATATTTGCAGTGTTTTCTATAATATGACCTTAGT
ACATGTGACATATGTAATTCGTGTCAGGTAGAACATCTACAGATACCAGT
AATGTAAATAAGGGCTTAATTTGCATAATTAGTGCAAAAGTTCCTTTGTG
GTAAATGGTGAGAATTACATACGTGTAACATGTGTAAGTTAGTTGAAGGT
ATACACCACTATGTATAGATTATGTAAATGTGTCATAAGTTTTTATTTTG
TATAATTTATGATGAAATGTAAACATGGTATGCTGCCCAAAGAAATGACT
TTCACACATACAATATGTGTAATTTTGTTACAAGACCATCATTTAAAATA
GATTATGCTACTTACAGTCTTATTTGTATAATCAATGAGACAAGATAAAA
CAATAAATCTACAAAGGCTCGAAATTATTCATGGAGGTCTCCGAACTCTT
GTTTATACATGTAGTAACACGCCAACCTTACCGTGCATTTCGTCTGTGGT
AAGTAGGACC

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000050:584505..596214-

>BlTCONS00063098 ID=BlTCONS00063098|Name=BlTCONS00063098|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1326bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000050:584505..596214- (Branchiostoma lanceolatum)
CCTGGAGTGACTGTTGGTGATATAGGACCCAAATTTGGATATGACTCTAT
TGACAATGGCTTCCTGGCACTCAACAATGTCCGGATCCCTCGGGAAAACA
TGCTTATGAAGCACTCAAAGGTAGCACCAGATGGTACATATGTGAAGCCA
CCTAGTTCCAAGTTGGCTTATGGCACAATGGTTTTTGTCCGGGCCACGAT
TGTCAATGACTCAGCCAACGCACTGGCCATAGCAACCACCATAGCGATCC
GGTACAGTTGTGTGCGCAGGCAGTCGGAAATGAAGCCTGGCCACCCAGAG
CCCCAGGTGTTGGACTATGTGACCCAACAGTACAAGTTGTTCCCCTACCT
GGCTGCTGCCTACGCCTTCTGGCTGACAGGACAAACCATGATGTCCGTTT
ACACCACGTCTTCCAGCCAGATTTCTAAGGGAGATATCAGCGTCCTACCT
GAGCTGCACGCTCTTTCTGCCGGGCTGAAAGCTCTGTCGTCATGGGTGGC
GAATGTGGGAATGGAGGAGTGCAGGATGGCATGTGGAGGACATGGGTACT
CTCACGCCAGCGGGCTGCCCCGTCTGTACGCCAACATGACTCCTAGTGCA
ACTTACGAGGGAGAAAACACCGTCATGATGCTTCAAACAGCAAGGTACCT
GATGAAGAGTTATAACCAGTCCCTGCAGGGTGAGAAGCTGGCTGGGTCTG
TGGCCTACCTGTCCGGTGTACAGCCGGTTCCTGCAGCCGGTAGGACCAGG
AACATGCTGGATCTGGGGGGTCTGTGTGATGCCTACAGGCACAGGGCAGC
CAGGCTTGTGCACGAGGCTGCTGTGCAGCTGAGAAATGAAAAGCAGGCTG
GGAAGGACCAACCAGACGCTTGGAATGCCGCATCTGTGGATCTCGTCAAG
GCTGCTATGGCCCACAGCCATTACTTTGTGGTGAAGAACTTTGCGGAGAG
GCTGACAGACTCCGCACTGGACAGCTCCATCTCTGACGTCCTGACCAGGC
TGTGTCAGCTGCACGCTCTACATGGACTGGTCACCAACAGTGGCGACTTT
CTGGAGGATGGCTACTTGACTGGCACAGACATCCGCCAAGCCAGACGTCA
CATCAACGCCCTCATGGCCAAGCTCTGTCCTGACGCCGTGGCTCTTGTCG
ACGCCTTCGACTTCCCGGACGGGATCCTGAACTCCGTACTGGGGCGCTAC
GATGGGAACGTCTACGAACATCTGTTGGAGTGGGCCAAGGCCTCTCCTCT
CAACAAAACAGATGTGCACGAGTCTTACCACAAGTATCTGAAGCCGTTCC
TTGAAGCTAACAGGGCCAAGCTGTGA

Gene-mRNA-Prot

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
BlTCONS00063098	BlTCONS00063098-protein	Branchiostoma lanceolatum	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:596210..596214	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:596210..596214	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:595967..596082	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:595967..596082	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:595447..595616	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:595447..595616	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:588476..588638	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:588476..588638	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:587634..587824	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:587634..587824	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:587031..587189	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:587031..587189	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:586702..586807	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:586702..586807	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:586414..586560	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:586414..586560	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:585926..586132	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:585926..586132	Branchiostoma lanceolatum	exon
BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:584505..585606	BlTCONS00063098-exon-Sc0000050-1564993656:584505..585606	Branchiostoma lanceolatum	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Sc0000050	genome	Sc0000050:584505..596214 -

Properties


Property Name	Value
GeneID	BlCUFF030930

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BlTCONS00063098 (mRNA) - B. lanceolatum