TCONS_00027193 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00027193
Unique NameTCONS_00027193
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4109

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00027193 ID=TCONS_00027193|Name=TCONS_00027193|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4109bp
AATTCATGCTTTGTGATGGTGATCCTGATTGGTTAGATTCGATAGAAAAC
ATTCCCAACAAGTTAAAGAAATTGTTCACACTCAACAAACTGTTGGCTCA
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CGTGTGAAGGCGGGCAGTTTTGTGGACGATTCATCTACACAACAATTGTT
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TATTCAGACTTTCTACCATCTGAAAAGGTTCACATCAACTTGTTAGTGTT
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AACACATGGATAACAAGAACTGACCTTTGGTGAATGTAGTAAGAATGACG
AGGTGGTGAAAAAGAGGTAGTGTAGTTGTTAACTAGTTGTTGGGGATGGA
TGAGGCGGATCGAGATGCTCTGTCTTTCAAAAGAAGCTGGTTTAGTTGCA
TTGCAATCTCCATTCTGGTTTTGGTATGTGATCCAGGGTTTTTAAGATCA
CCTTAACCAATTGATAAAAAGAATGGATTTTCATGTTGACTTGGATGGGA
ACCGAATCAAATCGGGTCCCGTATTTCCNGGAATGGATTTTTATGTTGAC
TTGGATGGGAACCGAATCAAATCGGATACCGTATTTCCTCAAATAAGCGC
TACGGGGCTCATTTAATTTTAGGTGCGACGGAGATGCTTATTTCGAAAAT
GCGAGTTTCCAAGTTTCTGAAgtattcactttttttacaaatttgattGA
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tacttaaaaaaaatgaataaagaaaacaatCTTTAAACTTCAAACTCTAA
TAAGAGCTGCATTTGAATGCTTATTAGACGGAGGGTGGCACTTTATGTAG
GAAGTACGGTATTCGATATACAATCCGCTAAATTAATGTGGTAATGTGAA
AGGTAAGGCTAGCTAAGACatgaataaaatgttttttttatgtcaTGCAT
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ACACCCCGatcctttttgttttctttaccagtagacaaaaaaatataaat
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TCATAATTCACTATgtgggtaaatttccaaaaaacgtCATATCCTACACC
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GGCACCTGTTTTCagttattttgttcttatttttcgccattccttgtttg
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TTCCACCGATATTTTATCCTTACTTTAGACAGTTAGCTTTCATGCCAACA
ACATTATCAGTTTTTAATAgtatttttagggaaaatttaACTATTATAAT
GTAAGCTTTTATGATCTTAGTTTATCGTAAcgcttttattttttatttca
atttgtcTAATGTTTCGTTCTTTCCTTCGcattattaacttttttgtcGA
AGGTTTACTGCCCCTTTTTTTGAGTCTCAAAAGTTAGTTCTTGTGGTAGA
TTCTGCTTTTTGTTATTAATTGCTACTAAAAGGCTAAAAGTCTTGCCCTC
GACTACAGGCCATCGAGACTTTCTCATCTGTTTTTCCTATGACTTTTTGC
CAGtagatttgtttgttttttttctttttatagaatAGATTTTAGAATAT
TTGGCATTATTAACACAAACCAAAcgatttaaaaagagaaaaatttaatt
aagTATGTG
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000609:1..7349+

Legend: exon
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>TCONS_00027193 ID=TCONS_00027193|Name=TCONS_00027193|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7349bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000609:1..7349+ (Clytia hemisphaerica)
AATTCATGCTTTGTGATGGTGATCCTGATTGGTTAGATTCGATAGAAAAC
ATTCCCAACAAGTTAAAGAAATTGTTCACACTCAACAAACTGTTGGCTCA
TCAACCATGGCTTATCAATGTCGACGTATTAAAGGTTGGATTTATACGAG
TATACTTTTCTCTTTTAGATTTTCATACTTCAAACTATTTCGTTACTAAT
ATTGAGGTTATTGTTGGATAATGGCTTAGTGATTTAAACAACTAAACcaa
ataaaagattttatttctgGATCCCAAGTAATGTAAATGATTTTCATTgt
acaaaaagttttcaaagatGTTGCTAATTTTTCGAAACTGGGATCAATTC
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TGCAATCTTGGTGTTACTACACTTCCAAACTTTATCTGGATTCATCTTCG
GGTGTGGCATCAATCCGGAAATCGATTCGCGTAAAGGTAAGGGAATGGAA
AATTCTCCTATTTTTAATCAACTTACTTCTATCGGTAGAGTATTTGAATT
GAGATCACTAAAAAGAACTGTAAGTAAATGAGACTAAAATTTTACCAAAG
CCGATACCTCAGGTTTGAAAATTACTGGTTAAAATGTTAATATTGTCTGG
CAAGTAAATCCTGTAATTTATTGTGTGTAGGTAGTCACGTCACGGACGAG
GTATCTAAGTTGTGAACTGTCTTCAAAGCGAAGGCAGTGATgcaagattt
tcgaaaactaacAAATTTGAAAGATATTATTTGTAGTCGCTATCTTTTTT
agaagcaactccaattttcggttgcttagcattctagctcaatttctgaa
aaaatttgctttgaccacccctgatattatactaTCGTTTTTCATGGTTA
CATTATCCaaaaagcttttattttacgagatagtgaaaaaaATTGGCTAA
TTTCAGGGCTCAAGGTCTAGCAACtttgttgcttataaaaaaaatgtgta
agcTTAAGTGGTCTGTCGGTCAGATCATTCTGACAAGACTTTTAACCTAT
CATATCAACTTAAATACTGTAATTGACTATTTTCGACCTTATTTTGCAGG
TCACACTAAACGTTCTCCATCCTCAGGGGAGTACACGTCGGGCGGTAGTG
AACCCATCACGCCCACAAAAATCGGGCGTGTGAAGGCGGGCAGTTTTGTG
GACGATTCATCTACACAACAATTGTTCGAGAAAATGTTAAAGGTACAAGA
AGAATATGAATTGTCTTCGCAAGATGGCGAGGATGACGGCACCGATGATG
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ATATGAACATTTCaaatgagatggagtttttataagatactttaatgatt
ggtcatttgaagtaataaaaatggcgccttctttagaaaaagtaacaaat
ttgttttattactggttaacgaccaaccaaatcaaataagagcttctaaa
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cgaGCTAAGGGtattttgagttatggagattgggacgagaaaacttatga
ctatattgtaatttactttctttcaatgaaatgccataaACAATCGCTAA
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atgataatacgataattgttatTGGATAATATCAGTTCTTACAAACTATA
ATTTGTCCTTTCCACTactttttgcttattttctacAATGTTAGAATCTA
CTCGTATAGCATGCCAGCCCTTTCACGTCTCAGTTTTTAACGAGCAAGAC
GCGAGGTCTAACATACCGATAGTCTTTCCTTTTTACAAATAACTCAAAAA
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TATACAATGCTAAAGAACAATATATCGACAAGTTAACTTTAGCCGTGACC
GAAATTTCATTTAGTTTCCGAATTTCAAAGATTCAAAGCGGCTAGAGCGC
TAGAAATGCTGCAAATCGCGATTTTCCGAACCACCAGCCCTACTGGTGGC
TCGCGATTAAAGGCCCACTTAAACACCCACAGTACAGCTTACAGCGAGAC
GGGAAAGGGCTAGAGTAAtggcatttttgaaaatgtgtttcACTTCCTTT
AGAAGAACACGAAATGGAGGAATTTGATACTCCTCAGAATCGCTTCAACC
AATACCTCGATGACAAGCAATTCCATTACAAAGAATATGCCAAGAGGGAG
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aatttaataaaaaataaacatcaaatttaaatttatgtCTTTAATCTGGC
CCTTTAtcgttaatttgaaatttgtctAACTCTATCTAATCTTATATCAA
AAGTCTCATTTAAAGTACAAGTCTCTATTGGTCTAGTCTCTACTTCTGAT
ACAGTTAAGCCTCTATAGCTCGAACActcacggggaacacaaatttgttt
cgATTTAAGTAGGAAGGCTTGCATGGCACTTCTAACTTAAGGGAGgaaaa
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GAGACTTTACTGTACAAATTATCGCTGTTGATATTTCTTTGTCGTCTACA
GGATTACAACTGGCAAGAACACTGTTTCGCTTTCGTAAATAGACTCTACC
CAAATATTGGACCCTATCTGGATGGAAAGTTCAACTGTTCATTTGACTTG
ACCTACAACAGgtttattttaaatttcatcaattccaattttcaataaat
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GGCTACATGGAATTACATTCACCTTATCTATGGAATTTTTCACGATGACT
ATCTTTATGTCGAGGTAAATGGCGAAGGTTTTAACAAAACGAGGCAGACC
TTTCAAATAATGTTGATCTACCAATTATATATACTTTGTCAAACTTTTCA
AATACATTCAATGTCTTtgaatttgatgtttgattTCTCTATTAACCTTT
GTCGTTCGTTTACGTTGAGGGGGGACATCCTAGGAAGATTCGATTTTCAG
TGAAACCCCCCATACTTTTATTGTACGTTACTTTGCTTTTGTTTTCAGGT
CAACAAATTGTTAGAAAAGCCGTACAAGAGTTATATCAAGAAAGTGGCGT
GTTTTCCTGAACGCATCACATTCCTTGATTACTGGGAGTTTTATTCAGAC
TTTCTACCATCTGAAAAGGTATCATATCATATGATTAGAAAATGCGGACT
Caaattcatttcattgttcaaatgaaatattaattttcttaaaacaaaag
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GTGAATAATCCATTCGATATTTATAGCCCATCCTTCTATTTTATTGTGAA
TACAAATGGTTCGAATTTCTTGTGTGGGTTAGCACTCTCTCTGTATACAA
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GGGTTAGCACTCCTCTGTATACAAATGTCTCAAACCTGAGAACATTGATT
TGGCTTCAAGTAGCCTCCCTTGCTCCTTTGTTAtatgagttttcaaattt
ttcattatttcttgTAGGTTCACATCAACTTGTTAGTGTTAGAGTCAAGA
TTTCAAGCAGCGTTACTGTACGTGTCCAGAGCTTTGATGAAACACATGGA
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CATTCTGGTTTTGGTATGTGATCCAGGGTTTTTAAGATCACCTTAACCAA
TTGATAAAAAGAATGGATTTTCATGTTGACTTGGATGGGAACCGAATCAA
ATCGGGTCCCGTATTTCCNGGAATGGATTTTTATGTTGACTTGGATGGGA
ACCGAATCAAATCGGATACCGTATTTCCTCAAATAAGCGCTACGGGGCTC
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ttttcagaaatattttttcctctaATTTTCACAAATAATGTCTGCTAATT
TTATGcttagttaaaaaaaattcaatttttctttgaaggtTCACTTTGTT
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ATTTTATCCTTACTTTAGACAGTTAGCTTTCATGCCAACAACATTATCAG
TTTTTAATAgtatttttagggaaaatttaACTATTATAATGTAAGCTTTT
ATGATCTTAGTTTATCGTAAcgcttttattttttatttcaatttgtcTAA
TGTTTCGTTCTTTCCTTCGcattattaacttttttgtcGAAGGTTTACTG
CCCCTTTTTTTGAGTCTCAAAAGTTAGTTCTTGTGGTAGATTCTGCTTTT
TGTTATTAATTGCTACTAAAAGGCTAAAAGTCTTGCCCTCGACTACAGGC
CATCGAGACTTTCTCATCTGTTTTTCCTATGACTTTTTGCCAGtagattt
gtttgttttttttctttttatagaatAGATTTTAGAATATTTGGCATTAT
TAACACAAACCAAAcgatttaaaaagagaaaaatttaattaagTATGTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_015292XLOC_015292Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000609supercontigsc0000609:1..7349 +
Expression

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Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.80362e-07	0.274308	0.416167	0.613396	1.02465e-08	7.26832e-10	6.39831e-06	2.60385e-07	0	1.93005e-08	5.40582e-09	6.97697e-11	2.42626e-10	1.10719e-08	1.11054	2.29904	2.3801	1.80498	1.79386	0.203246	3.21381	3.19994	2.20962	2.2192	5.44878e-10	0	1.42334	0.00461866	2.03203	1.72304
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00027193 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SESN1 (Sestrin-1 OS=Homo sapiens GN=SESN1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 254.988 bits (650), Expect = 3.634e-73
Identity = 146/360 (40.56%), Postives = 222/360 (61.67%), Query Frame = 3 
Query:    3 FMLCDGDPDWLDSIENIPXXXXXXXXXXXXXAHQPWLINVDVLKDFFTGPAEETWSMSELLHAILVLLHFQTLSGFIFGCGINPEIDSRKGHTKRSPSSGEYT----SGGSEPITPTKIGRVKAGSFVDDS--STQQLFEKMLKVQE--EYELSSQDGEDDGTDDEKLRQFKEVAETNEHEMEEFDTPQNRFNQYLDDKQFHYKEYAKREKKDTEVFRAHDYNWQEHCFAFVNRLYPNIGPYLDGKFNCSFDLTYNSMGGNYTDVDTSKFRLATWNYIHLIYGIFHDDYLYVEVNKLLEKPYKSYIKKVACFPERITFLDYWEFYSDFLPSEKVHINLLVLESRFQAALLYVSRALMKHM 1058
            F+   GDP WL+ +EN P KL+ L  LNK+LAH+PWLI  + ++       E +WS++EL+HA+++L H+ +L+ F FGCGI+PEI    GHT R PS   Y     + G+  +    +   +  S V DS    + L EKM ++QE  + E +SQ+      + EK R+   V  +++ E+    TP    +++ +D  + YK+++ R       FR  DY W++H ++ VNRLYP++G  +D KF+ +++LTYN+M   + DVDTS  R A WNYIH ++GI +DDY Y E+N+LL++ +K YIK V C PE++T   Y  F+  F  SEKVH+NLL++E+R QA LLY  RA+ ++M
Sbjct:  141 FLHVGGDPKWLNGLENAPQKLQNLGELNKVLAHRPWLITKEHIEGLLKA-EEHSWSLAELVHAVVLLTHYHSLASFTFGCGISPEIHCDGGHTFRPPSVSNYCICDITNGNHSVDEMPVNSAENVS-VSDSFFEVEALMEKMRQLQECRDEEEASQEEMASRFEIEK-RESMFVFSSDDEEV----TPARAVSRHFEDTSYGYKDFS-RHGMHVPTFRVQDYCWEDHGYSLVNRLYPDVGQLIDEKFHIAYNLTYNTMA-MHKDVDTSMLRRAIWNYIHCMFGIRYDDYDYGEINQLLDRSFKVYIKTVVCTPEKVTKRMYDSFWRQFKHSEKVHVNLLLIEARMQAELLYALRAITRYM 491
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00027193 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SESN13.634e-7340.56Sestrin-1 OS=Homo sapiens GN=SESN1 PE=1 SV=2[more]
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