TCONS_00025542 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00025542
Unique NameTCONS_00025542
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2172

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000539:70893..88323+

Legend: exon
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>TCONS_00025542 ID=TCONS_00025542|Name=TCONS_00025542|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17431bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000539:70893..88323+ (Clytia hemisphaerica)
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ctgagcctcatgtttcttaaaagtgtgtttcttaaaaaaaaaaagacgtg tagaAGAGTATTGTTTAAATCATATGATGTTGCAATGTTGAACCAAAGAA CATGGGCTTCCTAGCTCGGACATTATATTTGTACTGGACTGGtttaaatt attcaaaatagtattttttttaagttttgtgaATCTTAATTAAAACGCAC TTTTAGTTCtgttcaataaaaaaacttctttttttaagaaaatgaagaca CAAAAATGACCTAAAAAGAGTCCTACTATTGCCTTCTTCAAAAAGAGTTT TCTCTAGAGTTCAGGCCTAGAATACACGCAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_014342XLOC_014342Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1491911889:70893..70976TCONS_00025542-exon-sc0000539-1491911889:70893..70976Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1510915933:70893..70976TCONS_00025542-exon-sc0000539-1510915933:70893..70976Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1575043694:70893..70976TCONS_00025542-exon-sc0000539-1575043694:70893..70976Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1491911889:73524..73783TCONS_00025542-exon-sc0000539-1491911889:73524..73783Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1510915933:73524..73783TCONS_00025542-exon-sc0000539-1510915933:73524..73783Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1575043694:73524..73783TCONS_00025542-exon-sc0000539-1575043694:73524..73783Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1491911889:86496..88323TCONS_00025542-exon-sc0000539-1491911889:86496..88323Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1510915933:86496..88323TCONS_00025542-exon-sc0000539-1510915933:86496..88323Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00025542-exon-sc0000539-1575043694:86496..88323TCONS_00025542-exon-sc0000539-1575043694:86496..88323Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000539supercontigsc0000539:70893..88323 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0 0 0 0 0.837847 0.473109 0 0 0 0 1.30859 1.24984 0 0.734544 0.40436 0.316347 0.500496 1.33904 0.00836345 0 0.000478346 0 3.85897 3.26508 0.00477066 0 0 0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00025542 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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