TCONS_00019447 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00019447
Unique Name	TCONS_00019447
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1626

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000328:11462..19236+

transcript sequence

>TCONS_00019447 ID=TCONS_00019447|Name=TCONS_00019447|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1626bp
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CTGGCTATAATGGTGATAATAACGGT

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000328:11462..19236+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00019447 ID=TCONS_00019447|Name=TCONS_00019447|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7775bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000328:11462..19236+ (Clytia hemisphaerica)
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AAAAATGGCAATTTTAGGGCTATTCAGAGGCCTTCTTTCTTGGGTTTTGT
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TGAGATTGTCTGTGAACTTCCCAACAATCGCTTAGAAAAGTTCCAAGGAA
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ttcaggtactttaaatcgcttgggaAGTCACATATCTCACCcttaataat
ttattttcacgTCTTTTGATAAAGTTAAGATcattcttgatatttttaat
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CCATAATCATTTATTGTTTAGGGAAAGGAGTCTTTAAAAGAAGTAAGCTG
GATATAATGACAAATTATCTTGTAATTTGGGTTAGTAAAATCCTAATTTC
CACTCGATTTTTCATTCtcacaatttattttattcagCTTTTGTTTTGAC
TGACTTCTCGGCTTAGTATGTGAATCAACTTAAGTTTCCAAAATATTTAT
ACAGTAGTTAAGAAAGTGCAGTATTCCTGAATACCTCAATTTCCAATTTA
TTTTTACGTGCacgaaaataaaagtaaaatgtGCGAAAAAAGGCATACTT
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TACATTCTTGTCAATAATGTCATATGTATGGGAAAATAGCACTGGAAGGG
TATTGTCTTTTATTCAATTAAATAAAATTGTTCAATTTATTCTTATCATT
ATCTCGCGTAGTTGTTTTTTGAGATTAAATAAACTAATGATTGTGTGAAT
Cactattgggcttttccagaaaaaaaatttacccccactgttgaggatat
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ACCTTCTGGATACCCACTCTTAAAATATGCTCaatcccctggatatccac
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Tctgctcccttgtagatatttaaccctttggatatccacttttgaacaaa
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TGTAAGGCCAGCTGCGTGAGAAAAAGGTTGTCTGAGTGTGCAGGAGTGTG
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TAGGGCTCCAACCAAGATGCTGAAAATTTATGTTATTTGACATTATTTTC
ATCCCCTTTTAGATAGTGATGTATTGTTTCGACTTTTTTTTTATAGCCAT
TTGTTGACTTCTCATCTAACCAATATGCTGACCCAAACTTCAAATTCTAC
GACCAAGCCTTGCGCGACGCATGCGTAGAAGGGGAAGAGAGTTCGATTGA
ATTTTTTCGATTACTCGCTTTATGTCATACTGTGATGGTTGAAGCAAAAG
CAGCCACGGACGAAGTTGGTATGTAGCATGTTGACGTTattaactttttg
ttatatgATAAGACGAGCGAGCTGACGATGAGGcaataaatttgacaaaa
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ACATGCATCCCTTTGCTGTAACAATTCTGTTTATCCACCTTTATTTGAAA
GTCAAgtattcaaattgttttttctttttcgttttgaaAGAAACAGTAGA
ATTTCGATGGATCTTCATAAGTTCATAAGTTTCTTCATAAGTATCCCATT
TAAAACTGTCGTATTACTTTGACTCGGAGGTTTTACTCAAAGCAATCGGA
TGATTAAGCAGGTGAATGTGATTATCACTTCAATGATTAATGTGTGTGGA
AGGGCTTCATCTGTCTTTTACAGCTCTTAAGCTCCAGCTGCGTGTTTATA
TGGCTATGTGTGGTGTATGTTGTAATGGTTAAAGGAGTGCGATTATGATT
ATCACTTCACTAACCAACTTTTTCGTTTCTGTTTTTTTAGATTACGTACC
TGGCTATAATGGTGATAATAACGGT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_010934	XLOC_010934	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000328	supercontig	sc0000328:11462..19236 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.21496e-06	0	0	2.28155e-07	8.89833	8.39641	4.30693	10.7335	3.23922	1.99923	4.46805	4.51258	0.705417	3.22509	0	0	0	0	1.87062e-07	0	0	0	0	0	7.50723	10.0282	0	0	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00019447 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AT8B4 (Probable phospholipid-transporting ATPase IM OS=Homo sapiens GN=ATP8B4 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 465.692 bits (1197), Expect = 1.701e-150
Identity = 237/492 (48.17%), Postives = 325/492 (66.06%), Query Frame = 1

Query:  112 CGSDKKKKQHYVIRANDSEWNLKEGFPNNHIKTSKYNFLTFIPLNLFEQMQRAANLYFVFQIIIMSIPYITALSPSSTAVPLTFVLLATMIKDGFDDYGRHKSDHSLNN-QTALVLNDKGVFVEKKWQDIQTGDIIKVRNDESISADVLALCTSEDSGLLFIETAELDGETNLKVRQPLQETFTTIKTEHDLAQFKGEIVCELPNNRLEKFQGNLLWDGQKLAVDNNNIVLRGCVLRNTPWIYGFVVYAGHDSKLMMNSGKGVFKRSKLDIMTNYLVIWIAGLLAVLCTFLSIMSYVWENSTGRKFQVYKPWPDIMKDSPAIIALMNWPGFVMVLNTLIPISLYISVEVIRLGQSFLIDWDLNLYYEENDTPAKARNTTLTEELGQIQYIFSDKTGTLTQNVMMFKECSINGTRFGQSQAEKDGEITMNDLESVTEPPFVDFSSNQYADPNFKFYDQALRDACVEGEESSIEFFRLLALCHTVMVEAKAATD 1584
            C   K ++   +++AND E+N K  + +N I TSKYN LTF+P+NLFEQ QR AN YF+  +I+  IP I++L+  +T VPL  V+  T +KD  DDY RHKSD+ +NN Q+ +++N K     +KW +++ GDIIK+ N++ ++AD+L L +SE  GL ++ETAELDGETNLKVR  L  T         LA F G +VCE+PNN+L+KF G L W   K +++N  I+LRGC+LRNT W +G V++AG D+KLM NSGK  FKR+ +D + N LV+WI G L  L   L+I + +WE+ TG +F+ +  W +  K S     L  W  ++++LNT++PISLY+SVEVIRLG S+ I+WD  +YY     PA AR TTL EELGQI+YIFSDKTGTLTQN+M FK CSING  +G+   + D +    ++    EP  VDFS    AD  F+F+D  L ++   G+    EF RLLALCHTVM E  +A +
Sbjct:    3 CSEKKLREVERIVKANDREYNEKFQYADNRIHTSKYNILTFLPINLFEQFQRVANAYFLCLLILQLIPEISSLTWFTTIVPLVLVITMTAVKDATDDYFRHKSDNQVNNRQSEVLINSK--LQNEKWMNVKVGDIIKLENNQFVAADLLLLSSSEPHGLCYVETAELDGETNLKVRHALSVTSELGADISRLAGFDGIVVCEVPNNKLDKFMGILSWKDSKHSLNNEKIILRGCILRNTSWCFGMVIFAGPDTKLMQNSGKTKFKRTSIDRLMNTLVLWIFGFLICLGIILAIGNSIWESQTGDQFRTFLFWNEGEKSSVFSGFLTFW-SYIIILNTVVPISLYVSVEVIRLGHSYFINWDRKMYYSRKAIPAVARTTTLNEELGQIEYIFSDKTGTLTQNIMTFKRCSINGRIYGEVHDDLDQK---TEITQEKEP--VDFSVKSQADREFQFFDHHLMESIKMGDPKVHEFLRLLALCHTVMSEENSAGE 486

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00019447 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00019447 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
AT8B4	1.701e-150	48.17	Probable phospholipid-transporting ATPase IM OS=Ho...	[more]

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TCONS_00019447 (transcript) - C. hemisphaerica