XLOC_035944 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_035944
Unique NameXLOC_035944
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000140_pilon:541636..553955-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_035944 ID=XLOC_035944|Name=XLOC_035944|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12320bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000140_pilon:541636..553955- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGGTATGCTCAACATTATGGTTACGTTTATACGATAGGTGTATTTTT TGTTGGCTGCTGCAGGTATGTTTTTAGATTCTTGTTTTAAAAATCTTTAT TAAATCCCATTATTTTATTTTGCCTTGATAGAAAGTAGAGAAAGCCTTCA ACTTACTGAATCAAGCTACTAAAATGTATCTGACGCTCTACCTTCAGAGA TTTTAAATCAATAATCATTTTTTGGAGTGCTGATTTTAATAATATAAAGT TTTCTGTCTTAATTCCCAGCCAGACGATCTCAATACAACCCACGGCATGG CCCGAACATGTTCGGGCCTCTTGATTAATACTTTTTACGTCCGCGCAGTT TCGGACCATGTTCGGGCCAGATTTTCGAAAACTTGCTACGATCGCGCGTG TAATATAATTTCAGGACCCAATATTTATATTTTAGCAAACAAATTTAAAA ATCTTCATCTTTATTCAAATATATATTGTTCAAATATAGAAGTTAATCAT CTATTTTCCAATTAAGTTTAAGGAAAATTATTAAAAAGAATGATTTGAAT CTTACATAATATGGTCTTCTTTTTATTCTTTATCCCGTTCCCTTTTCTCG TGGTCTTCTCCTATTCGAAGCAGAATTTTTCTGGATCGTTTTTTGTACTG TTATACAACTTTGTGAATCAAACTGGTATTTGGAACTTTGAATTTGTCTA ATGAAAATATTTAACAATGGATGATGATAAACCAGGAAAGGTAAATAAAA ATACATGGCCCGGACATGGTCCGAACAAAATGTTCAGGCCGATTCAATAA TACTTTTTTGTGGCCCGAGCATGGTCCGAACAGGCCCGAACATGTTCGGG CCATGCCGTGGGTCGTATCTCAATCGAACGGAATCGACGATCGAACCAGT CGAACCAAATCGAACGCAATCGACCGATTGTAATTCGATTGTCGAACGCA 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TTGCACAAACCCCTGTAACTATATGGGCGAGCACCTCGTTGCTAAGATGT TGGCTTGAAATTGAAAATGAAAGTAAAATCGGCCCGTACTCGAAGTCCTG TAATCTTGATATACAAGTTTAAGTCTATACTGTTGGGGCTTTGCAAGGCT AAGCTTTTAGACAATGTCTTTGGTTTTTCTGAAGCACATAAGATAAAGGA AGACCTTCTGAAACTGGGAAATTAGGGGAACAATTCTATTAAAAGTTATT GACAAGGAAAGTTACCTTTTTAGGTGGAAATGATGGTTTTTCTTGCATAA CTTTTTATTGCTCGTCTAGTATTCCGGTTATTTGAATTTGGCCGAAAATG GCCGAAATTTGACCTTTAATATAATTTTTTGGTAAAGGCTAAAGGAAATT CTGTTTGGCTATATCTTTTTGCTTTACCAAACAAAAAGATATTAAAAAGT CATTTTGTCTTTTTTGTATCATTTTGATTAGCTGAACGTATATTTCCATT GTTTTGCCTTTTGGAACACGTGTGCATTATATTGGGGAGGTGGGCGCTTT GTAATTCTTCAATCAGCATCGGCTAGGGCAAACTAGCAGTGAAATTTCAT TTGTCATGGTCTTTGTTGCAGAAATGTTGGCTTGATTTTGTTAAATTAAA TACTGAGTTTATGGACACAAAAATACAAGTGTGTGCCCTCCTGTCTATCT ACACATGCTGTTGTATTTGAAGTGGTTCTCTGGCTTCTTCGTACTGGTGT GAGTAGATCTTGTATTTTTCTATCTTTGATCTGCAGTTTTCTGGAGTTTC TGAACCTTTAGGATGTTTCTAAGTTGGACTTAGTCAATTTTAGAGTTCAG TTTGATATTTTGAAATTTGCCAAAGTTGAGTTTCGTGTGGGATACTCACA CATGAAAAGTACCTTCGGTTCAGGAGCTCCTAATGCTACCACTAGACCAC 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AATAATACCCATGACATGTAAACATATGAATAATGCATCAATCCCACACA AATTTTTGGCTCACTTTATTGCGGTTTCAATTTGCCAATACCGAAAAAAG TGGTTAGTGAAAGCCCTGATATGGATTCAAGTTTTTATTTTTTTGTACAG CCAAACAAATTCAACTCTCTCTAATTCGAACGTCAAAGGGTCAAAGATTT TTCTTTGAATAAGGAAAAGGTTCGAATTACAGAGAATCTTAAGCTGGTTT AGATCGAATTACAGTTTAAAGATTCGACTTATAGAGGCTCGAACTAGAGA GAGTTACTGTAGAACTAAACAAAACTGTAGTGAGTTGTGAAACTTTTTGA GTTGATGACTTCTCGCATAATTATTCTCTCAGTGGAATCTTCATTACTGG TGCAAGCATCGTTGGTGGTGGTGTCAAAGCTCCAAGAATCAAAACCAAAA ATCTAGTTAGGTAAGCAATTCACATTTCATTTCGTCGTGTATTGAACTGT GAATTGTTACAAGTCCTTTTTACATTTTTTGGACACAAATAAACCATCTT CAGTCCTCGGGAAAAACCTCCAAAGATTTTAGCTCTTTTTTTCTAAAATC AAGATATGACAAAGCTGAAAGTCTAATTTCTGTTTCTGGTACTAGTGCAA GATGGGTGACAAAGAAAAGTAATGCCGGTGTAAAATTTTCAAAAGATCTT TTCAAGGAGGCCCTCTCATATCTTATGGGGAATTGTTATTTCACTTTTGG GGTTAATATTTTTCGTCAGATCATTGGGATACCGATGGGGTCGGACCCAG CCCCATTTATGGCTAATCTTTTCCTTTATCATTTTGAGTCGAAGTGGATC AAGAGCTTGAAAAAAGAAAATCTTCAAAAAGCCAGACGATTTAGCAACAC ATTTCGTTTTATAGATGACCTTCTTACCATCAACGATAACAATCTCTTCT TGGAAAATTTTGAGTCAATTTATCCTCCAGAATTAAAATTAAATCTTGAA AGTTCTGGTGATCGAATTACTTTTTTTAGACATTGAATTGAGAAACATCA ACGGTCGTCTAGATGTTAGACTTTTTGATAAAAGGGAGGGACAGTTTTTC CTTTGAGATTGTACGTCTTCCTTTTTGCACTAGTAATTTGCCTTCAACCA TGTTTTACTCTTGTTTTGGTGCTGAAATCATCCGGATAGCACGGGTTAGT TCATCTTTGGAAAATTTTAGCTTGGCGGGTAGAGTTTTAATGGACCGTGC TTTGAAACAAGGCGGAAGAGTCTTTCGTTTACAAAAGACATTGAAAAAAA TATATGGACGCCAGCAGGTATTCCATCCCCTTGCTAGCAATATAACACTA TTCTTAGAAAGTCTTCTCTAGTTTTATTTAATTATCATCATCATCTAAAA CATTTATCGGATTTGTCGTTTTATTTTAACATTTTTAGTTTGAAAATTGT GAATGTCTCGTTTGAACTTTTTAGAAAGTCTAGTGGTTGGTAGCGCTCCA CTTGTTTGCAGGATATGTGAATTAGCAACTCACATTAGTAAAAAAATTTG GTTAAAGAAGTTCACGCGTATTGATATAAATTTGTGTGTTTTTTGTTTGA AGTCCTCATTTCCTTCTTCTTTTCCTTTCGTACGGCCACTCGGATACGGC ACGCCGAACCGGGCTCTGGGCCAACTTTTCAAACTCTTCGATTATGCGTC TTTCTTTCTAAATCTTTTCTTTTCTAGATTGTGATTGCAACACTTTCTAA CCTTTCGTTAGATGACGGGTGACTCTAGAGTAGCAGGGCAAGCTTACTCA TGGCCACACCTGATGCCAGACTTTGGTCTTCATCTATCCGCTTTCTATTT ATTTCTCAACTTTCTTTAAATTCACTTACCGGTTTTCTCTCCGCTAAATT TGTAGATTTATATTGATTGTTTGTCTATTGTAAGATTGTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGGTTGTTACTTTTTGGTTC TTTGTTTTTATTTTGTTATTGTTGTTGGTTTTAAGGTTTGTCGCTGTTTT GTTTTGTTGGTTCAACTTTTGTCCTTGTTGCGTTAAGTTGGTGAAAATGA TTTCTCGCTCTGTTTGAATGTTTTTGATTTTTAGTTTGACACGCGTTTTC TGAATTTTAATTAGCTTTTTCAGATAAAAACTTTTTAAACTTTTTAGTCT TAACTATCCTGACTTATGAAATATTTAAGCCGAAATGTTTTGGGTAATTA CGAGGACCAAAGACCAAATAAAAAAAAATATTTAGCCAAAGACCGCTTCT GTTATCAAAATTGGCATGTGAACATTATTTAGCCTAGTAGATGGTTGGCT TTCACAGCACTGCCTCTTGGCAGAAAGTCTGATGTAAATTATCTTATTTT TCTAACTTATAGTATCATTTTCTGTGAAGCTGTAGCCATTTATGGAATTA TTATGGCTATTGTCTTGTACTCTACCATTGAAGTAAGTTTTTTCTTATTT TATTCACATGAAAGTACTGATATCTTATATAAAATACTAGATAGAGCTAC TCAATATTTCCCTAGCAACGGCAGGACCAGGTGAAGTGAAGTAATCCGTC ATCTTTGCTGAAGGTGGGTCACAGTAACTCATCCAAGATAGCGAATTATT TTGCTTCAAATAGGATAGGAAAAGCTCTATCTAGTGTTCTATATAAGATA TCTATTGTAAAAGTATATCATCATTTCGTTCGCCTTTCTTAAAAATATTC TTCTTCTTTCTCATTAGAACTCAGACCTTCCAGGTCTTAGCTTTTTCACG CTGCTTTGATAATATTGTGCAATTACAGAGTGTAGAAATTTTGTCTTAAA AGGTCTTGATAAATCTATGATATGATATTCTAAACATGTTTTTGTTCTTT TTTACTTTAGAGATTCGACGAGGTAGCATTATTGAAAGACAACCCCATCA AAATTCAAAAGAACTATTCTGCTGGTATGTTTTCTTCTCTTTTGATTGCT TTTACAGAGTTATCTACGCTTAATAAATGCTCATTTAAATGTTTGATAAT ATTACGCAGAGTTCAAGATATATTAAATGTTTCAAGATTGACTGATTTTA CGTCACTTTCAACCAATCAGCTGTTGGGTTTACGGTATGATGTTGAAGAC ATTGCAGGGATGCATATCTTGATTTCTTGTTGTTTCTCAAACTCCTCATT GCTAAGAGCCTGAACCTTTCATGTCAAAAAAGTCCCGAAAACCCTGAAAA CACTTCTAAACACGTCTAAAACACTTTTTTTTAACCTTTCATGATTTTTT GGGTGTTTTTAGCAAAAAATATTTCCCAAAAACACTTCACCTCTCGAGCA GTCTCGAGGTGGTGTGGTGTGGTGTGGTGTGGTGTTTTCTGCAAACCAGG TAAGCAATGTGTTTAAAGACATGAATAGTTCTAAATTTTATAAACTTTCA CTAGAACACGTTATTTTTTCTTCGTCTCTTAAGGTCTAATGATTTTTGGA GCTGGGTTAACTGTCGGCTTTTCCAATTTGTTTTGTGGCTTGTGTGTTGG CCTCGTTGGAAGGTAGGTGGTGGTGATTTTAATTTTAAAGGGTGATGTGC CACTACACGCTTTTTTATATAAGAATAGTGTACTTTGGCTGAGGGTGAGC ATTATTCTTATTTTTCTATTCTTTTAAACAATATGCCTATTGTTCTAACT CTGAAATCTCACCCTGATATTCTTATAGAAGTTATTCTTATAAAAAAAAG CGTGTATGAAATTTTTCGCCAAGCCTTGGTAGTTGATGAACTTTTTCTTC AAACTGAAATCTAACTTAAGAACGTTTATGTACGGTATATCCCAAAAAAT AAATTTCCCAAAACTCATTATTTAAAGTGGGTTCACTTATATTCTCCATT CTCCTACCTATGATACAGTGTATAATATAAAGTAAAATCCTCAAAACTCA CTATCTAAACTGAACTTGAAATAGTTGAAATAACGCTAAAATTCTCTGTT CAATTAATAGGTATCCAATTCCTGAGATGATTGAATAGGCTTTTGAGATT GAAATATTCATATACAAGTCATAAAACTTTGCATGATATTATGAGGATTT TACTTTGTCCGCTTTTTTGGGATACACTGTACTATAGTTCCCTTGCTTAT ATTGAAAGTATTGCACACCAATTTTCACTTCCATAGTCGAATATGGAAAG CATTGCACACCAATTTTCACCTCCATAGTCGAGTATGGCTAGGCTATCTT GAAGACTGATAGATGGTGCTTTGTTAAACATTCATGTTATTTTCTTTTAC AGTGGCGCAGCATTGGCTGATGCTCAAAATGGCTCACTTTTTGTCAAGGT ATTTTTTTCTTAGTTTGTGCAGAGTTAGTTAGAATCTGACAGTCTAGTCA AATGCCGAAAACGGAACTTTTTTTTATTTACAAAAACTTTTTGCCTGGAT TTGCTGCAACTTTGGGTCATTTCAAATCAATTTTAGTGAAAAAAAGATAT CCTTTTTCAAAAAACTAACGACAGTGCCTTAAAATTCTAAGCCATCAAAA ATCTTGAAAGGTACGGTTTTATTCGTCTTTGGTACGGTTTTTTGAAAATT AGTGGTGAATAGTGAAATTTGTTTACAAATTACAGATCGCGTGTCGATCT AATATCAAAAAAAGTTCCGAAAATGGAACTTTTAATTTTATGGATCAAAA AGTGAAGTTTTCAGCATTCGACAAGACTGTCTGATGTCTGTCTATTTGTC TGCCTGTTTCTCTTTCCATCTGTTTATGTTTCATTGTGTTTCGAATACTT TGTGGTAATTTGAAGATTAAAAAATGATCAGGGTGGCCATGGCGTTCTAA ATTTGGAACGCCATGGGTGTGGGTGAAATCAGACAGACTTGTTTCTTGGG TGAATGCCTGGGATCGTCTTATCTATTTTCAATTTTTTCATATTAGCGAC TTGAGAGGAGCTTTTTACTTTGAAGAATAGTTGTAAAATTGAGTGTGGTT AGAATCTTAAAAACCACAATATGAACTAAAATAGTGATATACCTCAAATT GCACAAGGTGTTCCCTCAATCTCGTACATTCCATGTTGAAAATAATTATT ATACAAAAAATTTCATTAAAAATGAAAATATTAAATCTTGCACGAGGAAA AAATCAAAATCTTGTGGCATAGAAGGCAGACCTTATATATCCGTGACTAT GAAATAGTTCTGACAATTTCAAACCTCGTTATCAAAGTCTTGTTGCTACG ATACTTCAACGTCGTCGTTAATGTTTGCAAGCGTTTGCGGTTTCGTCTCA AAATTGAAAACAGTCTTTTGGGAAAACATGACATGTGTTAATATCGTTTG AAGTAATTATTTCGAGTTTTAATGAGGCCCATTTTAATTTTAAACGAGGC CTGTAATGCTGTTAATTTATCTCGAGCGATGTGTACTCGGCCCCTGTAAA CTTACTCTGCACCAGTTCATCGCTTCGTAGTACACTCTGTGCGCATTGTC TGTTTGATAAAAAAATTCCCGTACGGAGACCTTTGCGATGAAGTATGATT TATAAATAACACGCTTCTCTCATCGCCTCCCCTCTCTCACCAACACTCCA TCGCAGTAGTCGGTTTAAAAAATCTCAAATGAGAAAAGACAATGACACCA GATCCTCTACGGTAATGAATTTTGAAATTAGCCGTTTATACTGTACTGGG TCTGTGTACAGATAACTGTAAACTCGACAGTTATATTATAATCTTTTCGT TTCTCCCTTTCTAGGTTCTAGTCGTGGAGATCTTCGGGAGTGCTATCGGT CTTTTCGGAGTCATCGTCGGTATCTTACAGGTAGGTTAATACCATCGTTT TGCGTAAAGATTCCACTGACTTCAATAGGACTTTTCCGCTATTTTTCCCG GGATAACCGGCATGAGATTGGAAGAGGTTTTCTCTTCTAAAGGTACGGAA AATCTTGTGTTAATACACTGGTTGCAAAATTATATCAATGCAGTCAAAAC ATGTGATTACTCGAAAAAGTTCACTTGATTTTATTCCCATGTTACTTGCT TTACAATTTACAGCTGATAACTTTATTAGTGTCAAAAAATTCGAACCAAT CAGAAGTAAATGTCATGCAACAAGCACGTAAAAATTTCGTAAAAATTTCA CATAAAAAGCGTTATTTGCTTTCAGACTTTAATTTTTAACTACCCGAAGT CCTGGTTTTCGCTAGGAAAGTGGTAGTGGAATCTCAGTGCGGGAAATGGA GTCTTCTACAGTACTCTCTGTCACGTATTTACATTTAATGCAATCAATCA CCCCAGAGATCTGTGCTCAAGTACTTAAAGTTAACCTTTCCTCGATTCTT TCTTTGCAATGTATTTCAATTTGAATTATCTTAGAAAACGTGGCTTTTTC TTTGAATATTATTATATTAACAGATATTAACGGATACAAATTGCAGTATC GAGTATGATAAATTTTTAAGGCTCTTCTACGGCGTTGAGTAAAACCAAAT ATCTCTTTAGATCGTAGAAGGGAATAATCTAATTAAGTTAAAATCCTCAA ACTATCTATTCATCTTTTTTACACGATTTTTTTCCAGGCAACAAACGCCA AGATGGGTATGAAAGTCTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000140_pilon:541636..553955-

>XLOC_035944 ID=XLOC_035944|Name=XLOC_035944|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1268bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000140_pilon:541636..553955- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGGTATGCTCAACATTATGGTTACGTTTATACGATAGGTGTATTTTT
TGTTGGCTGCTGCAGATGGGGTATGCTCAACATTATGGTTACGTTTATAC
GATAGGTGTATTTTTTGTTGGCTGCTGCAGGTTTGTATTACACACTAACT
GGCCAAGGAGGGCGTTTTGATATTGGTTGGTTTGTATTACACACTAACTG
GCCAAGGAGGGCGTTTTGATATTGGTTGGTTTTTAGGTCGTACATCACCT
TATATGTGGGCCTCCATTGGGATCGCTCTGGCTATTGCTCTTTCTGTTAT
TGGAGCTGCTTTGTTTTTAGGTCGTACATCACCTTATATGTGGGCCTCCA
TTGGGATCGCTCTGGCTATTGCTCTTTCTGTTATTGGAGCTGCTTTTGGA
ATCTTCATTACTGGTGCAAGCATCGTTGGTGGTGGTGTCAAAGCTCCAAG
AATCAAAACCAAAAATCTAGTTAGTGGAATCTTCATTACTGGTGCAAGCA
TCGTTGGTGGTGGTGTCAAAGCTCCAAGAATCAAAACCAAAAATCTAGTT
AGTATCATTTTCTGTGAAGCTGTAGCCATTTATGGAATTATTATGGCTAT
TGTCTTGTACTCTACCATTGAATATCATTTTCTGTGAAGCTGTAGCCATT
TATGGAATTATTATGGCTATTGTCTTGTACTCTACCATTGAAAGATTCGA
CGAGGTAGCATTATTGAAAGACAACCCCATCAAAATTCAAAAGAACTATT
CTGCTGAGATTCGACGAGGTAGCATTATTGAAAGACAACCCCATCAAAAT
TCAAAAGAACTATTCTGCTGGTCTAATGATTTTTGGAGCTGGGTTAACTG
TCGGCTTTTCCAATTTGTTTTGTGGCTTGTGTGTTGGCCTCGTTGGAAGG
TCTAATGATTTTTGGAGCTGGGTTAACTGTCGGCTTTTCCAATTTGTTTT
GTGGCTTGTGTGTTGGCCTCGTTGGAAGTGGCGCAGCATTGGCTGATGCT
CAAAATGGCTCACTTTTTGTCAAGTGGCGCAGCATTGGCTGATGCTCAAA
ATGGCTCACTTTTTGTCAAGGTTCTAGTCGTGGAGATCTTCGGGAGTGCT
ATCGGTCTTTTCGGAGTCATCGTCGGTATCTTACAGGTTCTAGTCGTGGA
GATCTTCGGGAGTGCTATCGGTCTTTTCGGAGTCATCGTCGGTATCTTAC
AGGCAACAAACGCCAAGATGGGTATGAAAGTCTAAGCAACAAACGCCAAG
ATGGGTATGAAAGTCTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_035944XLOC_035944-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000140_pilongenomesc0000140_pilon:541636..553955 -
Properties
Property NameValue
Aaloc601-633:34
Aaloc535-600:857
Aaloc490-534:2318
Aaloc412-486:3136
Aaloc346-408:3711
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Aaloc115-195:6899
Aaloc67-111:7510
Aaloc46-63:12275
Aaloc1-45:12321