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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000256_pilon:407603..413577+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_023041 ID=XLOC_023041|Name=XLOC_023041|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5975bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000256_pilon:407603..413577+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACCAAAGTCTATTGTAATGGAATGGAATCCACTCTCTATGAATGTCA
TCATGCAGGTTGGAAGAAACATACCTGCAAATCGAAACCTGTTTATTTGA
CCTGTAAAAGATCTCCATTCATCAAAGGTTCACGCTTCGATAAGATTGAT
ATTAACGTAAGAGTAGcctctttttacttttttacatatgttgaataatt
tttATAACATATACTGCAATCGCtaccattttctatttttagccCTATAA
TTCAATAAGGATCCAAGACTCCTGGATTTTAagacaaattgaaaaaatac
ctgGGGTTGTTCTGCTCCTCAAATTCAGTTTCTCCTTAATTTTAGAACCA
CAACATTCGATTCCGAGCTGGTTCACGCCATTCAGAAGGGCGTGTTGAGG
TCCGCCATCAAGGGCGTTGGGGCACGATATGTGATGATGGGTGGGATATC
ACTGATGCAAACGTGGCTTGTCGACAAATGGGATTCGGGTCAGCCTTTGA
GGCTGTTCATTATGCTGGGTTTGGAGAAGGAGTTGGAAAGGTGAAtggaa
ttttctttgtttaagtTCAAACGACTTCCAAGTTTTGACGACCTCGCAAT
TCTTTATTCTTTCTAAAGTTTATACGCCTAAAGAAGCCCAAGGGCTTGTT
TACTGTTTTTCTGTCACTACTTTTATCTCAAGTACACAATGACTATATGA
CGCATCACTtaactttgaagatttttttttagatcCAAATCTCctccaat
tttctaaaaattctacAAATTTGGTACCAAAATATAAtcagtaaatgaaa
aaaaaattctcataccattaaattttccttctttcttctcgttcaaattt
gaaaatttcaaaaccattaaaaacCCCGTTAGCTTGTAATGCTTAAGTTT
TGGAACGATCTCATTCTAGATATTGAATTAAGTCGTTGCAAAAGCTTGTA
TCTTTTTATTTAGATTCAACTTCTGCCTAGGTGATCAACAACGCCCTATT
CGCAACATTTTACACTTAGCCTATGGTTAAATAATTTACGGTGAACCTTC
TTTTACACCTTCAGGTTTGGCTTGACCAAGTGATGTGTTTAGGTACAGAG
AAGAATATTCACAATTGCAGCCATCTTGGTTGGGGCGTGGGTGATTGTGG
ACACCCTGAAGATGCGGGCGTCAAATGTCATTTTCCCTATACTGGTGATC
AAGAAGAAGGAAAGGTAAAACTTTGATTTAATTCCATAAGATTTCTAGAT
GATGAAGATTTTGTGAAACGAAATTTGGTGTATAAAATTGAATCGTTGAA
ACTACCTACAAGGTTGCTAGCTTCTCTTTTAGTCTTAACAAGACTGCTGA
AGCACCTAAAAGTTAAAGcggtgaaattgaaattttcaaaatttaatttg
ctTGTAATAACTGTTACTAAATCATTTCTTACTTTGGCATGACATTGTCT
TGACAAAACTTGTCTTGATCTTTTTCTTGCGTACCCTTTCAACCCTGCAC
GTATCAGGCCCTTAGAAATTTGGAGTGAAATTTCctctttttatgatttt
gaatttcatttttatagctTCGAGTCATTGGAGGACCTCACCAACGCTTA
GGTCGCCTTGAAGTTTTTACTGATGGTGTTTGGCAAGGTATTTGTGGAAT
GGGGTTCGGACCCCGTGAGGCCGAAGTCGCGTGCCGCCAAGCTGGTCTTG
GCTATGCTATTCGAGGATTCAGTACTTCAAAATATGGTAAAATTTTGTAT
Acattttggacctaccccggtgaggtgaaggtcctataaattcacctctg
tccgttcgtccgtctgtccgtctgtccgttcgttaccagcttttctcgag
attgaatcataggaatcatttgatttttggtacaaaggtgcaaaacggtg
gtggccaaaatgtgacggagcccgattttcgggaaaaaaaattttttggg
ctaatttgggccaaaaaacggctaaaaaacgggttttttggactttgtga
aaaattggatcattaaatttttttgattttttgcatgaaagtagggtacc
atcataggtaaaagatagctcaagcagatttttgcaaaaaaatttatttg
gcttaaaaaacgcatgtttatctataataatcactattaataagcataca
tcaatgttcttagtcaaattactcgatttctttatgagatagatgttttt
tttgctcatgagggcttacttttgaagaatatgtgtgtttagacatgaaa
ttttggttgcttggcgtgtttttatagaaaaactggccaagtacaatatt
ttattataagcacattatcaattccttaggtattagcttttctcgagatt
ggctctttcattctttaagactttttgcacaaagatgcataactataaac
cctcgaatgtgacggagcccaattttagagaagaaaaaaatgtttttggg
ccaaaaaacggctaaaaaacgggttttttggactttgtgaaaaattggat
cattaaatttttttgattttttgcatgaaagtagggtaccatcataggta
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gcatgtttatctataataatcactattaataagcatacatcaatgttctt
agtcaaattactcgaTTTCTTTacgagatagatgttttttttgctcacga
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tggtgtgtttttatagaaaaactggcaaAATTCgatatgtttttataagc
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tttatcgttcatgctcacgtagatatcaattatatatgtgttaaatgcat
aaccaggtaggtccataaaagtatcacttgttaggCTTGAGTTAGAAAAG
CATAGAGCCGCGCCATCACTCTCATACAACTACTCAAGTGGGTAGGTAGC
CTTTTGAACCATCTTTGACTGAACTTTTTAGCTGTTTATATATTGCTACA
taatcttaactttttttctattcaattcCCAATCAATAATAGCATACATA
CAACAGTTTTTCGAAAGGTGGTTtcgaatttctcaaattttcataaaaaa
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CGACGAAAAGGGCTCTACAACATAAAATGCTCAGGGGATGAATTGCGACT
TCAGTACTGTCATCACGAAACAGATAAGACGGGACGATGTCGCTATTATG
AAATGGCTTCTGTCGAATGCTCCCGATGTAAGTCTTCTGTTTTGCCGGCA
GTCTTGTGGCAAATTATTTAGGaaattaatttgtaaaatattatcCTATT
TTGATTTCATAGTAAATTGTAAAATGGTTCAACGGTCAAAggttgaaaaa
tgtcaaaattattttcataactGACTAAATATTATGGTAGCTTAGCTTAT
AGATCATTTTATTATTTCGAGGTTCTTTCTAAAACACCATATTAAGGGAc
tgaaattctcaaattttattcTCTCAAAGTAACTAATTTTCGAAGTCAAA
TAAATTACGGGGACTAATTTTTTGCAGTTTTGCTTGTTATGAATTAGTGC
AAAGGAGTCTCTTTAAATCGAACGTCTATAATTTGAATgtcctctttaac
tcgaacaaatagTCCCttaagttaacaatgccttataagcctccctccat
aactcaaaattcccttaactcgaacaaatttgtgttctccGTGTGTGTTA
GAGTTGTGGAGACTCTACTGCATCGATTAGTTTTAAATATATATCTTTCT
TATTTCATTCTAAATCATTTAGATGCTCCTGACATTGTAATGGATTATCG
TCAAATGAAGAAATCAATGCGTATCGAATCAGTATCCCTTGTAAATCTCC
AATGTGCTTTTGAAGAGAAATGTCTCTCAAACACAGCAAAGAATTACATC
ACCTATCCATTCTTATTCGAACGTACTTTAATCCGATTCACATCCCGATT
TTGGAATCGGGGAACAACAGATTTCCGACCGAACATTGCAAAAAATCACT
GGGAATGGCATGATTGTCATTCACATTTTCATTCAATGGAAAGATTTGCT
GATTACGATCTAGTCGGTGAGATCATTCACTTTCTATTTACATCAAAGCT
TGGTATCCTATATAATTGaattcgtgtttttttttttaatgttctaTTTG
GTTTACTGAAATGCATTTTTTGTAACTGGCAGTCATTTTCTTTATATTAC
TATTTCTTGATTATTTGGAGGTAAATTTTAGGGGATCTAagggaatgttt
tttttttatttccaggGATAAAAGGTTGTTTTTAAACTTCTAGGGGTAGA
ATGCTGATTTTAGTTTGTCCAACCTCGCTTTAAGCCTGAAAGGTATGAAT
AagagtttttccaaggttttctTTTGCAAGTTTTGGcattttccgggggg
gggcagacattctcatgaattattttttggcTTTGAAAGGTTTGTTAACC
CTCCTCCCCCTGTATGAATATATTAAATGGAACAGGTCATTAACTGATGA
TATTTCTCTCTCTTCTTACAGACAGTAAAGGACGCAAACGATCTGAAGGT
CAAAAAGCAAGTTTTTGTTTAGAAGATAGCATGTGTGACCACAGTGTTTC
AAAACGTTACAATTGTACTGGGAAGGGTGACCAAGGAATAAGTGTTGGAT
GTGCTGATAATTATAAATTCAATATCGATTGCCAATGGATCGATGTAACA
GATCTCGAGTATGGATTGTATACGTTACGTGTTATCGTAAATCCGTTACG
GAAAGCGTTGGAAAGTGATTATCTAAATAATGTCGTCATTTGTAAAATCA
ACTTTATTTCGCAGAAACGAATCGATGTACAAAGCTGTAAATTAGGTATG
TATTTTCTGTGAACGACTGTCCTCCAGTAGTATTATTTAGTTTGTGTGAG
TTTTCATCTCATAAaacattttgatattctttCTTTCAATTAATTGAATC
TTTAAGgtgaaaattcactttgatCAAAAAGCTTCAATCGTCTCTGATGT
CTTATTTAATGTGGTGACCTACCTAGAAGATTTAGAGTCCAGCCTCGTTT
GCAAGTTTAGGATTCAACCTCTAAGTTTGGTTCACAACTCGATGCGCGTA
CAGCTTACCTGCTTAGCATTCAGTGTCAAGGAAAAACAGTAGTTACATAT
GAAGTTTCCCTGGCCGTCAGTCAGAGCAGACAAGCTTTGGAAGCTTTTTG
CATAAACCTTATATAGTAACGCTATATTGAATTTTAGACGACGAATGTTT
GCATCTGTCACATGGGGGTACAGCTGACGGTGCTTGCTGCAAATTTCCGT
TCCTTTACAAAGGTAAAGAATATCGCTCCTGTACAACGAAGGGGacagag
aaattcaaaaaacaatttatgTGGTGTTCAGCCACTACGGATTACGATCG
AGATAAATTATGGGGACTTTGTTAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000256_pilon:407603..413577+ >XLOC_023041 ID=XLOC_023041|Name=XLOC_023041|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3222bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000256_pilon:407603..413577+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACCAAAGTCTATTGTAATGGAATGGAATCCACTCTCTATGAATGTCA
TCATGCAGGTTGGAAGAAACATACCTGCAAATCGAAACCTGTTTATTTGA
CCTGTAAAAGATCTCCATTCATCAAAGGTTCACGCTTCGATAAGATTGAT
ATTAACATGACCAAAGTCTATTGTAATGGAATGGAATCCACTCTCTATGA
ATGTCATCATGCAGGTTGGAAGAAACATACCTGCAAATCGAAACCTGTTT
ATTTGACCTGTAAAAGATCTCCATTCATCAAAGGTTCACGCTTCGATAAG
ATTGATATTAACAACCACAACATTCGATTCCGAGCTGGTTCACGCCATTC
AGAAGGGCGTGTTGAGGTCCGCCATCAAGGGCGTTGGGGCACGATATGTG
ATGATGGGTGGGATATCACTGATGCAAACGTGGCTTGTCGACAAATGGGA
TTCGGGTCAGCCTTTGAGGCTGTTCATTATGCTGGGTTTGGAGAAGGAGT
TGGAAAGAACCACAACATTCGATTCCGAGCTGGTTCACGCCATTCAGAAG
GGCGTGTTGAGGTCCGCCATCAAGGGCGTTGGGGCACGATATGTGATGAT
GGGTGGGATATCACTGATGCAAACGTGGCTTGTCGACAAATGGGATTCGG
GTCAGCCTTTGAGGCTGTTCATTATGCTGGGTTTGGAGAAGGAGTTGGAA
AGGTTTGGCTTGACCAAGTGATGTGTTTAGGTACAGAGAAGAATATTCAC
AATTGCAGCCATCTTGGTTGGGGCGTGGGTGATTGTGGACACCCTGAAGA
TGCGGGCGTCAAATGTCATTTTCCCTATACTGGTGATCAAGAAGAAGGAA
AGGTTTGGCTTGACCAAGTGATGTGTTTAGGTACAGAGAAGAATATTCAC
AATTGCAGCCATCTTGGTTGGGGCGTGGGTGATTGTGGACACCCTGAAGA
TGCGGGCGTCAAATGTCATTTTCCCTATACTGGTGATCAAGAAGAAGGAA
AGctTCGAGTCATTGGAGGACCTCACCAACGCTTAGGTCGCCTTGAAGTT
TTTACTGATGGTGTTTGGCAAGGTATTTGTGGAATGGGGTTCGGACCCCG
TGAGGCCGAAGTCGCGTGCCGCCAAGCTGGTCTTGGCTATGCTATTCGAG
GATTCAGTACTTCAAAATATGctTCGAGTCATTGGAGGACCTCACCAACG
CTTAGGTCGCCTTGAAGTTTTTACTGATGGTGTTTGGCAAGGTATTTGTG
GAATGGGGTTCGGACCCCGTGAGGCCGAAGTCGCGTGCCGCCAAGCTGGT
CTTGGCTATGCTATTCGAGGATTCAGTACTTCAAAATATGgTTTAAGTCG
ACGAAAAGGGCTCTACAACATAAAATGCTCAGGGGATGAATTGCGACTTC
AGTACTGTCATCACGAAACAGATAAGACGGGACGATGTCGCTATTATGAA
ATGGCTTCTGTCGAATGCTCCCGATgTTTAAGTCGACGAAAAGGGCTCTA
CAACATAAAATGCTCAGGGGATGAATTGCGACTTCAGTACTGTCATCACG
AAACAGATAAGACGGGACGATGTCGCTATTATGAAATGGCTTCTGTCGAA
TGCTCCCGATATGCTCCTGACATTGTAATGGATTATCGTCAAATGAAGAA
ATCAATGCGTATCGAATCAGTATCCCTTGTAAATCTCCAATGTGCTTTTG
AAGAGAAATGTCTCTCAAACACAGCAAAGAATTACATCACCTATCCATTC
TTATTCGAACGTACTTTAATCCGATTCACATCCCGATTTTGGAATCGGGG
AACAACAGATTTCCGACCGAACATTGCAAAAAATCACTGGGAATGGCATG
ATTGTCATTCACATTTTCATTCAATGGAAAGATTTGCTGATTACGATCTA
GTCGATGCTCCTGACATTGTAATGGATTATCGTCAAATGAAGAAATCAAT
GCGTATCGAATCAGTATCCCTTGTAAATCTCCAATGTGCTTTTGAAGAGA
AATGTCTCTCAAACACAGCAAAGAATTACATCACCTATCCATTCTTATTC
GAACGTACTTTAATCCGATTCACATCCCGATTTTGGAATCGGGGAACAAC
AGATTTCCGACCGAACATTGCAAAAAATCACTGGGAATGGCATGATTGTC
ATTCACATTTTCATTCAATGGAAAGATTTGCTGATTACGATCTAGTCGAC
AGTAAAGGACGCAAACGATCTGAAGGTCAAAAAGCAAGTTTTTGTTTAGA
AGATAGCATGTGTGACCACAGTGTTTCAAAACGTTACAATTGTACTGGGA
AGGGTGACCAAGGAATAAGTGTTGGATGTGCTGATAATTATAAATTCAAT
ATCGATTGCCAATGGATCGATGTAACAGATCTCGAGTATGGATTGTATAC
GTTACGTGTTATCGTAAATCCGTTACGGAAAGCGTTGGAAAGTGATTATC
TAAATAATGTCGTCATTTGTAAAATCAACTTTATTTCGCAGAAACGAATC
GATGTACAAAGCTGTAAATTAGACAGTAAAGGACGCAAACGATCTGAAGG
TCAAAAAGCAAGTTTTTGTTTAGAAGATAGCATGTGTGACCACAGTGTTT
CAAAACGTTACAATTGTACTGGGAAGGGTGACCAAGGAATAAGTGTTGGA
TGTGCTGATAATTATAAATTCAATATCGATTGCCAATGGATCGATGTAAC
AGATCTCGAGTATGGATTGTATACGTTACGTGTTATCGTAAATCCGTTAC
GGAAAGCGTTGGAAAGTGATTATCTAAATAATGTCGTCATTTGTAAAATC
AACTTTATTTCGCAGAAACGAATCGATGTACAAAGCTGTAAATTAGACGA
CGAATGTTTGCATCTGTCACATGGGGGTACAGCTGACGGTGCTTGCTGCA
AATTTCCGTTCCTTTACAAAGGTAAAGAATATCGCTCCTGTACAACGAAG
GGGacagagaaattcaaaaaacaatttatgTGGTGTTCAGCCACTACGGA
TTACGATCGAGATAAATTATGGGGACTTTGTTAAACGACGAATGTTTGCA
TCTGTCACATGGGGGTACAGCTGACGGTGCTTGCTGCAAATTTCCGTTCC
TTTACAAAGGTAAAGAATATCGCTCCTGTACAACGAAGGGGacagagaaa
ttcaaaaaacaatttatgTGGTGTTCAGCCACTACGGATTACGATCGAGA
TAAATTATGGGGACTTTGTTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000256_pilon | genome | sc0000256_pilon:407603..413577 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 1426-1611:5790 |
| Aaloc | 1102-1422:5074 |
| Aaloc | 808-1098:4325 |
| Aaloc | 673-804:3645 |
| Aaloc | 502-669:1568 |
| Aaloc | 352-501:1065 |
| Aaloc | 157-351:346 |
| Aaloc | 1-156:1 |
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