XLOC_013344 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_013344
Unique NameXLOC_013344
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000250_pilon:80092..93004-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_013344 ID=XLOC_013344|Name=XLOC_013344|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12913bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000250_pilon:80092..93004- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCAGAAGCTCCTAAAGATGCCGATGGAAGATTAGTATTGGATAAACC AAGGTGGGATCAAAAAACTTTTGAAGGACGTGCTAAACATTTTCTCAATG TGACTGATCCAAGGAATGTTTTAGCCACTGCCGCACAACTTGAAGCTGCA AAAAAGCTTGTCGAGCAATACAGGTACTTTTGTTGACAGCTTTATCATAA TAGTTTGTTGTTATTGGCTTCTTTCAGTCGTTTTTCCTTGATAAAGGCTT GTCTTTTAAACCAATTAACTGAGTGGTTGTTTATATTTTTATCTTCTCCG AAATTGGCTTGCCATCAGTCATTGTAAAATACATACAAAAGTCATATTTA TGTGCCTGTATGTGCTAGTAATTTTATTGAAATAGACTGCACAGACAGTT TGGTGTTAATAATTGTTCATTTAAATTCTCAGATAAAGAACTAAGCGAAT TAAATTTTTAATTTTTTCAATCTTTTTTCATAGACTTGGTCTTGAGCCTA AAGAAACGTCAGATGAAGATGTATGGCAAGCCAAGAAATTGTTTGATTCT GCATACCACCCAGACACTGGCAATCTTCAATTCTTGCCAGGACGAATGTC AGCTCAAGTACCAATGAACATGATGATAACTGGTGCTATGCTCACTTTCT ATAAGTAAGTTTTTTTTAGCCTGACTGTAAAGATAAAGGTTATTTAGCTA TGGTGTGGATAGCTGTGGCTTAAACCCAAAACCAGGTCTTAGGATAGTAA ATGGTACTTGACGCTTAATCAAACCTTGGGACTAACATAGAGGTATAAAG AAAGACAGGAGATGCATTTGTCGGCAATTGGTCGTTGAAGTCTTTTGATT TCTTTTATGTAATAAATCAAAAGAAATTCTAGGCTCGCCCGACGAAATAC GACTTTTTAGTAGAACTCAAGTCTGTTCTGAACATTCTTACTATCAGCAT 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CCTGGAAACGAGAAATAGCATCAGCTATAGGGTTATCAAGGCCATATACA TGTTTAAAAGAGATGAAACATTGAAGTCTAGCCGCAGTTAAGTATAATGT TCGAATGAGGGTCATGAGTAGGGGTGATTTCGTAGAGCCAGCCTGCCAGA TCTGAGTGATTGGGAGATTGTCTGTTAAGAACACAATACGTTTCCCGGCC CAGTTATGCCCCCAGGTCTTAGTTGCGATGACAATTGTAAAGAGTTCTTT AAAATCAATGTCATATTGTACGTTGGTAAACTGCGTGGGCCAAGCTGCTT GGATCCAGGAGTTTTCATAGATCGCCCCGAGACCAATGTTTGAAGCATCC GTGTTGAGTCTGATGTCACTGGAGAGTATGGTGAATGGGTCAGGAATAAT GGATGATTTGTTCCAGGACGGGAGGAAGTCAATCCACCATTTGATGTCTG CACGTGCCTCGCTGTTTAAAGTAATATGATGATGCAATTTTGTGACTGAT GTTGCCGTGTCTATGAGTCGGCGTAGAAAAATGCGACCAGGTCTAACAAC CTTGCAAACAAATGAGAGTTTCCCAATTAGAGATAACAGTTCTTTTTTAG TACATTTTCGACGTGATGTCCAGAATGGCAGTGAATCTATCAGTTCAATA TACTTATCCTCAGGTATGCGAATAATTTGCTCTGCTGAATCTATTTCAAT CCCCAAGTAGGTTATCTGACGAGAAGGGCCTTCAGTCTTATCATCCGCAG TTGGGATTCCGAGGTGATGAAAAGCTGATAGCGCAGTTCCAATCTCATTG TTGGCTATTGATATTGTGGGTTGATGAACAAGTAGGAAATCGTCAGAGTA ATGTGTCGATTCAGTAAGATCGTATTTATTCTGAAGGATCCAATGTACTG TGTCTGCAAATGATGTAAATATTGCTGGTGATGAACGTAATCCAAAAGGT AAGCGAGTGTCGACAAAGTACATGTCCTGCCAGTGAATGCCAAGTAATAC CCATTGGGATGGATGGACGGGAAGGAGGCGGAATGCGTGCTGGATGTCAA TTTTTGTCATCAAACAGTCCTTTCCCATTTTATATACAAGTTCTGTAGCC TGGTCAAAGCTAGCATATTTGACTAGGAAGTCCTCCTTGGGGATGCCTTC ATTAATTGACTCGCCAAGTGGTTGGGAAAGGTCCATAATTAGTCGTCTTG TTCCATCTTTTTTTTCTCGCGAGCCCAGCGGCGAGCAATGTAGATTTTGT ATTGGTGGTTCCCGGAATGGCCCAGAAGTGTGTTTTCGTTGTAGTTCTTT GCAGATAGCTGTAGTGACTGCCTCTTCGTGCTCTAAGGCTGACCGTAGGT TTTTTTGTAGGGATGGTGAATGAGGGCCATGGTAACCAATGTTAAAGCCG TTAGTCAGTCCATTGATTAAATAATTACAAAGTTCCTGGTCCGGATGACC TACTAAGGCTAGTGAAAGATTATCTATACTTACAGGAGTTATGATGCCAT TTGGTAAGGGATTAGCCGGACGTAGGTCTGAATGATGTACGGGTTGAGGA TGCTGCTGAGAAACATTTGTTGCCGGGGTGACCTGCTGTGTAGCATTTGT TGCAGATATGGCGGTATTGGCAAGGGGGTTTATTGCAAAAACCGAGTTGA TTGTTCGTCCGCAGATCCGCATTTAGATTTGTGGCATTAGTTGGTTGACG TGTGTTGTTGGTTCCATTCCTAGAGAATGCGGTTTGTTGTGGATGATGGG AGTCATTCCGAAACTGTTTTTCTGCTACGTAGCTGTAGGGATTGTGTTTG ACAGATGATCTAGAGTTTGTTTTGTATGGGCAGGAGGATGCGTAGTGCCC GAATGAGTGGCAGTGATAGCATGATGGTAATAAGGTTTCGCGTAAGTAAA TATTGAATAGTTCGTCATTGGTTTTGCACCATGAAGCTGTGCGCAAGTCG GTGGGGAGCGAATGTTGAGCTGCTAGGGTATGACGAAGTGCATTGTCGTA CAGGTAAACACTTTCAAACTTGTGTTTCCTGGCTATGGTGGCAATGTTCT TAAAATAGCTGAAGAGTTTGAAATGCATATCAGGGTGGTAGTGTAGATAG GCTTGGCAGTATGTGTTCCAGGCACAGATCCAGGAAGGATAGTCACGGAT TTTTGATTTTGTTTGGTTCGGCTTGAGATAGAGATTGTTGTTATCGTCGA GTTGGAAACCCAGTAGCTCGTTGCTGCAATTGGTTGAGGGTGGAGGGGGC AATATGTCGTCGAAATCAACGTACTCATGTTTCTTTATCTTGTTTAGGGT GGTAGTTTTAAGACCTGGTGGGCTGTAGGGATTACTATAATTAAATGTAC CTTGTGTTGGTTGTTGTGATAAGCTTTGTTGAAGGTCAAAACCAAAAACA TTTTGCTGTTCTTCGATATAGGGCTCATCTTGTTCGTCATTTGTTATGAG AATGGCAGAATTCTTGTTTCTGTTTTTTTTGCTGAGTAAGTGTTGGGTTG TTTTGATTCGGTGTAATTGGGTCTCGACTTTGTCCAGTCTCGAAATTGAC GTGTGTCGGACTTTCGACGGAGGTGATTAGATTGTTTTGAGTAGTTTTAT TAATGTTGTTATTATTATGAATGTTGTTCTTAAGTGTATCTAATTCGGTT CTCATTGATCGGAATTCCTCTAATACGTCTGATAGCTGGATGTTGGTAGT GTCGGTAGGAGGGTTGAAATGTTCAAATAATCGTGTTTGTAGTTCGATTT TCTTACCAACATGTGAGAGTTGCAGCTCTTTGAGTTTGTTTCTTAAACCA GTGATGGATGATTTCCCCCAGTCGGCTATGGAGTGGTCACGGTCGGTGTG TTCGTTTGCGTTGGACTTCTTTGTAGGCATTGTTGTAGAATATATGTCTT CGTTAAACTAATAATTTCTTGTAAATAGTAAATTTTTAATAAGTAAGAAG AAAACTCACGACCGAAGAGCAGGGTCGAAGAAGAAGAAACCACGCGAGGT CTGGGTCGAATAAACACCGGAACGAGAGGACTAGGGAGAGTCGCGGGCGG TCTCTTGTCTACCGCCACTAACCATAATTTCACGCCTTTGCCCGAAACTG CGATAAAAGTAAATTAAATTGATTTTGATGAAGATTTTAAACCCTTTCGA CCCTTCAGTTTCAACATTTATGTGTTTAGTTACTGAAAAATAATGTTAAT CATGTAAAGGCTATTGTAATTGCCAAATTTAAAATAAAAATTTGATAGGT CTATTTTTAACGATTTCGAGCACTTTCTGAAAGTAACTTTTTTAATTCAA TTGCGCATAACTTTTGATCTAATGAATCGAAATTAATTAATGACCCATCG AAATTTAATTTTATCTTTGTTCTTTCCAACGAAATAGGAATGGTTCTTTT AACATTTTTAGATTTCGAGAAAATTAGTTTCAAAGAGGGAAACTTTTTTG TGGCGCACCCGGTAGCATTTAAATTTAAACAATGATTCATTTATGCAGCT AGAAAAGATCAATATACGCTTCACCGTATAGAATTGTCAATAGATCTCCT GGCTGTGGTGCTTTATTGGGTTTCTTAAAAGTGCTCCCTTTTCTTTCAGA TTGCAGCCAAGAATGCGGTTGGTATGACGGTAGTTTCAAGAATCGTCATG GCTGCCCCTGGAATGTGTAAGCTTGTCTATTGTTTACTTGATTAAGATTT TGTGATTGCCTTCAAACTTATCTTTTGCTACTTCGAATTCTTTCATATCC TCTACTCTCTATTAAGGGCTACATACACTACACAATATATTGTCAGGCAA TATATTGAAAAGGTGTCCGCAATATATGGTCAGTTCGATTTGCAATATTC CAACAATATTGTTTTCAAAATGAAAATTCCTTTTTATAATAGAGCACCTG TTGTTTACTCCGTACATTACGGTCCGAAAACTATATTGTCGAATATTACT CACCAACATAGTGTGTAGTCTAAGTAGCCCTGCTTCTCCATGCTACACAC TAGACGATTTAATAAGGATGATAAGAAAAAAAATTAGAAGAATGAAACGA AAAAGAATTCGCATTTAAAAAAACATTATTATACAAACTACAGTTTGTTT ATTACGTACAAAACACAAAATAAATATAAACCACATTCAGTCTTACCTAA CAAATCTCTTTTACTTTTATTATACAGCTCTTTGCCCACTCATTATGAAC CATTTGGAAAAGAAAGCATTTATGAAGGTAAGAATTTACCGAATACCGAA GGATTTATTAAACCTTAACAAAATGGCAGTCGTTTTTGCCGTGTTTTGTT AAGTTTTCCTCAAATATGACTAAAGAATCTGACTCAAACAAATCTGTAGG AACCTTTTACCACGTCGTCAAAAAGCCATTTTATTGACCCTCAATCAGCA TTCCAAGAGTTAAACCACTCACCACTTGAAAGAATGCCCTTCGTTGGTCT TGAAAACTGAGACCACGAACTTCCTCTTCAATTTTGTATTCATTAAAAAC TTTTTTTGAACTTGTTATTTTACGTTACGTTTTTTGTTTATTAAATATAG TATATTTTTTTTCACCATTTTAATTTTAGAAAAGCCCATGGCTTGCAAGT CCCATTCAAATCGGTTTGGTTGGCATAGTGTAAGTTTTAAATTGATGTCG AAGAAAGGCCTATATTGTTTTTTATTTTTTTGAATTGAGATTGATGATTG AGCGGGCTTGACTTTTATTGACTGAGTGACTTAATCTAATGAGATCTTTG 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TTTTTGAAAGTGTCTACGGTCAAAAGTCCTGGGGGCTAACAAAAAATTCA TAAATCTTTGGGGGGACTTAAAACTCAGGGGGGACCTAATTTTTGCCTGG GACCTAAACCCAGGCTGACGCTATGATGTTCTTATAAAACAACTTATGTT TGGAATCTCCTGAATCTTTTGAATATATTTTGAAGTTGTGTGAATGAAAT TTTAAGCTTCATTATGAAAACTCAAAAAGTGGCTCCATCGGGGTGGGAGG GGGAAATTACCCGGGGACAATTGTCCTGTCACCGGAAATTTTACCTTTAA ATACCACCCAAGATAAGGTAGTCATAAACTAAAACCAGGCTATTTAGAGC AAAATAAGGGACTCGTCTTTTGACAGCTGAAATATTTGCAAAATTTAACA AACGGAGAGCCTTGTTACTTATTGTTGTACTACTAGTCCTTCATACATTT TCTCCTCCCCTTTTCACAGCTCGATCAGTGTTGACAAACTTGAACCAGAA ACGCAAGAAATGATTCGGAAGAAGACTGACATGACAAAAGTCTATTTTAA CAAAGGATTGTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000250_pilon:80092..93004-

>XLOC_013344 ID=XLOC_013344|Name=XLOC_013344|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1950bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000250_pilon:80092..93004- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCAGAAGCTCCTAAAGATGCCGATGGAAGATTAGTATTGGATAAACC
AAGGTGGGATCAAAAAACTTTTGAAGGACGTGCTAAACATTTTCTCAATG
TGACTGATCCAAGGAATGTTTTAGCCACTGCCGCACAACTTGAAGCTGCA
AAAAAGCTTGTCGAGCAATACAGATGGCAGAAGCTCCTAAAGATGCCGAT
GGAAGATTAGTATTGGATAAACCAAGGTGGGATCAAAAAACTTTTGAAGG
ACGTGCTAAACATTTTCTCAATGTGACTGATCCAAGGAATGTTTTAGCCA
CTGCCGCACAACTTGAAGCTGCAAAAAAGCTTGTCGAGCAATACAGACTT
GGTCTTGAGCCTAAAGAAACGTCAGATGAAGATGTATGGCAAGCCAAGAA
ATTGTTTGATTCTGCATACCACCCAGACACTGGCAATCTTCAATTCTTGC
CAGGACGAATGTCAGCTCAAGTACCAATGAACATGATGATAACTGGTGCT
ATGCTCACTTTCTATAAACTTGGTCTTGAGCCTAAAGAAACGTCAGATGA
AGATGTATGGCAAGCCAAGAAATTGTTTGATTCTGCATACCACCCAGACA
CTGGCAATCTTCAATTCTTGCCAGGACGAATGTCAGCTCAAGTACCAATG
AACATGATGATAACTGGTGCTATGCTCACTTTCTATAAGACAACTCCTGC
CGTCATTTTTTGGCAATGGGTGAATCAGTCTTTCAATGCCCTGGTCAATT
ACACCAATCGAAGTGGAGATGCGGAACTCTCAACTAAGACAACTCCTGCC
GTCATTTTTTGGCAATGGGTGAATCAGTCTTTCAATGCCCTGGTCAATTA
CACCAATCGAAGTGGAGATGCGGAACTCTCAACTAACATGTTACTGAAAG
CTTATTGCTCTGCCACTGGTGCTGCTCTGACTGTCGCCCTTGGGTTGAAC
ACCCTTGTCAAGCATGTTACTGAAAGCTTATTGCTCTGCCACTGGTGCTG
CTCTGACTGTCGCCCTTGGGTTGAACACCCTTGTCAAGAACTTTCCACCA
ATTGTTGGACGTTTCGTTCCATTCGCTGCAGTCGCCTCTGCTAATTGTGT
CAATATTCCTCTCATGAGACAAAGAACTTTCCACCAATTGTTGGACGTTT
CGTTCCATTCGCTGCAGTCGCCTCTGCTAATTGTGTCAATATTCCTCTCA
TGAGACAAAGAGAGTTGTTACACGGTATCCCTGTTTTGGACGCTGATGGT
AACAAAGTCGGAGAATCTAAGAGAGTTGTTACACGGTATCCCTGTTTTGG
ACGCTGATGGTAACAAAGTCGGAGAATCTAAGATTGCAGCCAAGAATGCG
GTTGGTATGACGGTAGTTTCAAGAATCGTCATGGCTGCCCCTGGAATGTA
TTGCAGCCAAGAATGCGGTTGGTATGACGGTAGTTTCAAGAATCGTCATG
GCTGCCCCTGGAATGTCTCTTTGCCCACTCATTATGAACCATTTGGAAAA
GAAAGCATTTATGAAGCTCTTTGCCCACTCATTATGAACCATTTGGAAAA
GAAAGCATTTATGAAGAAAAGCCCATGGCTTGCAAGTCCCATTCAAATCG
GTTTGGTTGGCATAGTAAAAGCCCATGGCTTGCAAGTCCCATTCAAATCG
GTTTGGTTGGCATAGTGTTGGTCTTTGCAACACCACTCTGCTGTGCTATC
TTCCCACAAGTCAGGTTGGTCTTTGCAACACCACTCTGCTGTGCTATCTT
CCCACAAGTCAGCTCGATCAGTGTTGACAAACTTGAACCAGAAACGCAAG
AAATGATTCGGAAGAAGACTGACATGACAAAAGTCTATTTTAACAAAGGA
TTGTAACTCGATCAGTGTTGACAAACTTGAACCAGAAACGCAAGAAATGA
TTCGGAAGAAGACTGACATGACAAAAGTCTATTTTAACAAAGGATTGTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_013344XLOC_013344-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000250_pilongenomesc0000250_pilon:80092..93004 -
Properties
Property NameValue
Aaloc883-975:94
Aaloc835-879:1301
Aaloc784-831:1685
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Aaloc1-171:12914