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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000042_pilon:478361..486593+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_035285 ID=XLOC_035285|Name=XLOC_035285|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8233bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000042_pilon:478361..486593+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgaaatctgCAAAATGGCTGCTGGAAATTCTTGAGCAAGAAACTTTTCT
TAAATATCATGCATATTACAAGGTAAGAGCTGCTGATTCTTTTCAAGCAA
TATTATTGTTGAATTCCTgcaaattctcttttttttgtagACAATTTGCT
AAAACAAATAATCTTATTTTACTAGAGCATTTTTGTTAGTATTTGATAAA
ATGTTTTCGAGGTGTCTTGAAATTTCCATGATTTTCTTTAATTCATCTTT
AATAGGGTGTAAGACACAACCATAAAGCTCAAGGCATCATTGCTTTTGCA
CGACTAAGCAATTCCAAAGAATTGACTGAGAAATATGTGAAAGTCGTTCA
GTCATCGGTTGAAGTGTATAATGAAAACGATCCGCTTACTGAACAAGTAG
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CAACCAGGCAATTTGCTTTTGAAATTTGTCTTCTAATTAGTAAATcctga
aaagaattttttcttgcttttcaTCTACCTTCAAAGGGAGAATGTTATCC
TTAAAGCTATACTTTGAGACAACATACGATGTCGCCGAAATGTAAACACC
ATTTTtgaatacaaatttccaaaaatatttggcATAAATTTTAACATCAG
actgtctttgtgcaaaattttcgCAAAAAGTTGTATTTCAATTTGATTCT
TGAGATATGAAAGGATTTCTAAAGCCATACCtcaattaaaatcttaaaaa
atcctTCCTGCttcagaaagttcttataattaacaCTATATCCAGCTATA
TCCCCtcacttgaaataaaaagaaaggcagttgataaaaagtaaataaca
cGCGTCTcacatattttctcttttttcaaccaatcagaaaagttctttag
ttttgattgtttcaaagTATTGCTTTAAGGAGAACCATCTCCCTGGGATA
GGGgcagttttattttattctatTGAGAGATCcgtttaaccctattagcc
ccagggggggatagaatctaccacgcttgAGtttttttGcgtatatctcg
gagaaaatctttttaaacgACTCGAAACTTTccgacttttaataaaatct
tattaagagtacttgtgcaattTTCTAGGGTCATAGGTCGCCCGgatcag
tttttttttcatggtTAATAAGCCAAAATACTACATCAAAAGTCTACACC
CCCATTTTCAAGTATCTATCTTAGTATTCAGTCTTTGATAATATTCTTAA
TCTGAAAATCTTCCAAATTATcatacattttgaaatattttgcatttatT
TTCATAGAGTGACAACATTGAAGATTATCGTGGTAAGAATCAAGGCTACT
ACAAACTGTTGTCACATTACATGAATTTGcatcaaaacaaatataatGGT
AACATCATGGATACCATCAAAGGTATATATCGATATTAAtattaaaaatc
tcaaaatactTCTTTTGGGTATCTATCAGAGATATGCACGGATGGTTTTG
ATCAAAAGAAGAGGagattatttttatttgttatttgtGGTAGATATAAG
TAGACCTACAATTCTGGACATAAATATATGTTCTCCTACACTCATCAAAG
TGTGCACCCCCTCCCCAGaataagggggggggttggTGTTTTGGGTCGAC
AATTTCCAGGTgggttttggaaattttcaggttttaggtgggagaaacaa
gttttaaggtctttaggtgggatttttggtgttttggtaaaagttaatgt
tagctttttcttatttccaatataattgtaatattttctaaattttatat
tctataaataattattttactttactaaacctttctcctttttattatta
tactgTAAGAATTTTTGATTcgttcctcgaattagtataatttttcgtga
ggatagcatttttagctgggatctgggagtctggatTGAGGGTAGGAATT
TCAGGGTTgtgtgggacctgaatttttaTGTGGAGCCTGTCCCTGAATTT
TTATGTGCAGCCTGAAtttttaggtgggacctgaatttctaggtgggacc
tggaacccccttgcacactatgccCATCTTCAGGGTTGAAATGGACTTAA
TGGAAGTTGCAAGGCTCCTCTCTCCAATATTGAAAGTGGAAAAAGGGGGA
CTCGCTTTTGTGACAGTAGTTTTGTCTACGATTGTAAACCGCATCAGGAA
GTTATTTTTGCGTCGTAAGTATTCTCTTACGCTCCTCAGTCTGGTTATTA
CTAAACTCTAATTTGACCCTTCGAAAAAATGTAGTccatcattttttatt
tgtgtTGAACGTCAACTAACGTTATCTAACGTTTGTTCGCCATCGAAAAG
AATGAAACAAAGTGCTGTTAAAGGGCAAAGCTTTGTCCCATATAATAATA
GACGGGCTATATTCGatgcattttgatttttttattatttttgcaaTTAG
CTTTTCTTTGATTCagttaataaaaaaatgtaagcaAATACTCACAGTAA
AGCAGGTGTATTATTTCTGCTGCCCAAATGAATACATTACCCAAAGTAAA
TTGTATACTTCGTATATGTAAACAGACgacaaacaatcaaacaaaaaatc
tttataatAAAGTTGAATTAAACGAGCTGAGAGTTTCAGTCATTAACAAG
CAAGTTTAGCACCATGAAGTCTTTGGCAGTATTAATTTGCTTAGCACTAG
CGTTGGGTTCAACCCACCAACAGCCCACTGGTTGTTTCCCAACCAATTGG
AACCATCGATGGGTCAGAGTCAACGCTAATCTCTGGTTAACACAACTTGA
TACGCGTAGACCATGGCATGAGCAAGCGATGAAATGTCAAAGCATTGAAC
CAGGGAACAGAACAAATTTCGCCAGAGCTGACACCAAGGAAGTTCAATCT
GTCATGTCGCATCGATTCGATAATGATGTTTGGATTGGTGGATTCGAAGT
TGGCAACTCAGGAGCGTGGTATTGGTTTGGTCGAGGAGCTCATCTATGTG
AAACACAAAGAGTTACTGGAAGTTACTGGTCAGCTGTGGCCAAACCAGAT
GCTGGTCAACATTCAGATTGGCATTGTATGTTGAGTCGTAACTATGGCAG
TGTGAAAGGATGGTATTACGCTTCTTGTACGAACCCCAAAAAAGCTGTCT
GTGAACTGAGATGttaaaaagttatgactgtttgaATCAGCTTCAACAAT
TGTATTGTTACATTGCTTGTATCATTCTTATCATTTATgatttgtttctt
ttaaaaagaattttcaagtaATAATATCTCCttttttttACCGTTTGAGA
AGGATActataatcaaaattttttaaagttttggtcAATTAAACTACATT
TTGTTGAAGATCTAGGGCTTTCTTAAAAAtggatcaaaatttctaaattt
tcggCAAAAGCCAGGGGAAACGGTAGCGCTTCTTCTGGAATTGCACAATA
AAAGCACGGTTGTTTTTTCATGTATCAACTCAGAGGGTTTGTGTTTCCTG
AGAACTTGAATTAAGTTGTTTTAGAGATTTCCCCGACTCTGGAGccattt
tttatgtcaaaagttttttgaaatcaacAGATAACTTGTATTAATTTAAA
GACGTACTTACTGTTGGGAAGAATGTAtttttttGGCTGACTGCCTGTGA
CAGGTGTTATACTCAGTAAAACTTGTGAAATTGACTTAGgccatttaaaa
ataaatcattatTTTGTAATATTGGTCCGTAAGGTTGATTCTTGATAAAG
AGAAACGGACAATGTCAGTAAAATATACACAAACTTAATGCACCGTCTTA
TTTATGGTAAATTCAAGAAAATGAGCTAGTAAACAAGCGCTAATCTCTGA
GTCAGAAAAGAATGAAACAGTCCCTCAATATAAGGGGTTTTACAAGCATG
TGTTTCTATATTTATGTCCCGGATTGTACTAGGGGTCGTCCACGTACGTT
AGGGGATGTCTtgtcaaaagcgtatgcttgcaaACAGAGGGGGGAGGGTC
GAAAGAAAATGTACGTactcaaaagaatttttttacagccCCTTTTTTGC
ATGTAAAATTCTGTGAAAGAGATGAAGAGTGAATTGTTGTCCTGTTCTCG
CGAAATAATAAGCGACCTTTATAAAGAAAGGTTGTTTTCTTGACAACTCG
TCCtcaatgcaaaaaataaaaagttaaggTTCCTATTTGAAATATAGGCC
CGAACTAGACAAtttttttCGCTGGTGATGGAGGGATGAAAGTTTAAAGT
ACGTACCAAGAAGGGGGTTTAGGCGGATATATGTGCGCTTGCGTACACGG
GAAGAGGGGTACTCGATTATTGACATTTTATAAACTAATACTAAACTCTT
GAAAATAATgagcaaaaaacagcaaaaatggGATAATAATAAGTTGGTAT
GGCACCAACTCCttcttattttttggattttagatAAAGCGTATATAATC
TTTCTATAGTATATGGACTTGTTTAATCGCATGGTTTCTTGCATCTTGGA
TTTAGACCTTTTTAAAACATAATGTAAAATTTGTTGGACGTCGGgttctt
ttttgtaaaatattgatTGGAATTAGGTATATATTTTTGAGCGTTTTGAC
ACATCAAGAAGCCGGTCGTCGAGATTAATATTTAAGTATTTTGCGTTCTC
AGGTACGTGCCCACCGATCGTGGATGGCCCATTGTATTCTGCTTTCCATG
GTTTCATACAGATGGGGTATGGTCTTGCAGTAGGATCAGACCAAGCTGTT
GTGGAGGGTATCACCATCATAGACCAACAATACTCCCCTCTCTATGGAAA
CGACATGAACAACCCTAAGGTAGCTATATTCttttttcagagccgtgtga
ttttcttgttttatttttgttttgttgtaaaaatgttttatttgaattgt
aaaaacgtttataattgtAGGGAAATGCGAGGCTAGCCTAAAACACTGAG
AGCCCGAACGGTTGCTTTAAGAAGAACGCGGAATTGCGGGACAGCCTTGG
CTAATAGTCATAAAAATGAATGAACATTATTTTACTTCACGCATTCGTAG
AGATTAGACCTTTCACAATTTGGGTACGGGAAGACAAGCTTGGAGGACAC
CTTGAAAGTGTTGCAAGACGAGAAGCTCGTTCAACAAGtacaagaagaaa
acaaaaaagatcgAGATTTCAGGTGAGCATTGGAAATTTCCCTCGGTGAA
ACTCACTAAAAACTACATTATAAAATTGtattcccttgagaacggaccga
gtccgaaacatgtcgggaaaaatcaaaatataataaccgcattctttttc
accgtccaacataaAATTGTATTAGTTCTAACGAGGTGCTAGTTGACGTT
TTCATACTCCTAAGTGGTATCACTCCGCCGGTTGCAACCTTTTTGGTGCT
CCGCACCGTCTCTTTTTTGAAATGGATTTGACCCtttttttCTGTTCTTC
ATACTAGAAAAGAAACGCACATGTTTGGAATCTATGGCTGGGCGTCCCCA
CGTTACCATAGCGATTTGATGATGGATTTGACCAACAATCTCCAATTGCC
AGAGTGGTTCAGGCCAGCTGACCGAGATATCAGTCAGGTTTGTTTTGTTC
GTGTTATCATTATCGACTTACGAGAAGAGTTTTATAGCTACTCGAAGCCT
ACTACTAGTCGAATGTTTATGTACAAAACTACAAATGGTTTTATAGTTTA
CATAAACTATTGTTGTCTATGTCAGTTCTAAACAGTAGTTTGTCCTCTAA
AACTCACTGTATAAATGGAgactcttttcttttcttttgtgcTCCTTCTA
AAgtttagataaaaaaattcattttgatatACATCTAATATTTGGCGTGC
TGAGACTGcctctgtgcaaaatttgtATTGTTGTCAAGATGACTCCTGCT
TCTATATTGATCGTTTTTGGGTTTCCTTTCAGTCTAATCATAAACCCATG
GATAGTCTCTATTTAGTCCAGGCACACCTAGGACGAAAATTGTCAACTCT
TCGTCTGTGAACCATAGTTTATAATTGGTCAAGCAACATGCTCAACAGGT
ACCCCTTTCTAGGTTAACTTTAATTCGGTCTCTAAAATTTACCACAAACC
TTATTGTAGATCGGGAGATGTATGGACTGGTTGATGGACATTGCAACGAA
AACGTACGTGGAAGCCAACAGAACAAATGATTTCTTCCTTTTGCACGGTG
TCACAAGTAAGAATGCACTGCTTTCCTACAGTATTGTTGTCAAGAGGACT
CCTGCTTCTATATTGACCGAGCTAGGTGTCGTCCGTTAAAACCGTCTTTG
CTATTCTGCTGCCTGCCAGCTTGCGATCCCGACACAAATCCAATCCAATT
TTCGGAGCAACTGCATTAATCTTGGCCACCCGGGAACAAGGCCTGTCAAC
GTTCACCTCATCCATTGTATTTTGGAATTGATCCCTGTCATAGTCACTAA
CTGGCTTCTTGAGTTTTCGTCTACCAAACACCCCTCAAATAGTGTAGGTT
AGCCCGGGTGAAGATATATTTTCACTTGTCAAGTGAACCACAGCACCAAG
TATGGATCAAACCATGACCTCCTGGATGGCAGTCAAGATCGATACCCCCA
CTACATTACTGCGTCTAAGAAGTGAAgtttttgttatacattttacttac
aatgtatagcaatgtgccctcccggttattaacataatggctttatggca
actcctgaacttgggcacagcatgtacggttacacattttgtggattgca
ttgtggactcacaagagtgctcaaactgcgaGCAGCGAGCAATGCATAAT
GCAAATAGTGAGCGTCTTAAATGAATTGAATACAGTTTACTTACATCTTT
TTAGAAACTTGTGTTCTAGGTGATGATTTTAATGTACTTTCAATGCCTCA
AACAGGCGTGTTTATATAGATGGTTGCGCTACATTTAGAATGAAACATAA
CTTTTAAATCGTGTATAAATTCTCTATTGTATACCAAATAGCTGTAGAGA
AGTGTCTCTAAATTAATGCTGGAATTGACATTCCATTTGCAGATCCGCTG
CTATTTAGTGGTTGATTGTTTCAACTTCTTTTTCAGGTACCTGGTCAGCT
CGGCAAGTTCTCCCTCTCCTCAATTTCGATGACGCACTCCTTGGTTTGCG
TGGCATGGTGAGCGGTATACTGATGACCTACCTCGAACAAGGAGCTCCAC
TTTTAGGTGAGTTTTACGAGAGAGAAAAATCTCGTGAGCATAGATAGAGA
AAGTCTCATCATTGTGGTGATCGATGTGTTTGAATCTAACGTAAACGCTT
GTTTCATCCTAAAAAAGGTTACCATTGTCTGTGTGAACCTGTAAGCAACT
TTCTGAGTTTTATAACCTTGaatgagcttttccagaaaaaaactttaccc
tcactgttgaggatattgatttttcaaagttcCGAACTgcatatcctact
ttattagtaaagaccctcttataaagatgcttacccctggataccgtatt
ttttacttgaaaagacaccggatatccgctcccttatagatatttaaccc
cctggatatccacttttgaacaaaaatcgttaaccctcTGGATACCCGAT
TTTCTAGGGGGCACGGAccatttctggaaaagccatATGTAAGATTCTGC
GACCCTATGCagaaatttcaattatttttaaatcattcaTTCTAGGAAAG
AAGCCATCAGATTTCTACGACGGGAGTGATGTCACACAAGACCATTGGGA
TGCATTGTTGAAAGATGTGACAAACGTTGAACATGTGGTCTATGAACAAC
ACGTTTACAAGGTACGTTGCAAATCACGTTTGAAGacgattttaatgatt
ttagttCTGAGGACATTCTCACCATAAGCGAGGCTAAAATTTTCGGGCTA
AGAAAATACCAGATTTGGCTGAGTTATGAACTCGGTACGAGTTTTTTGCT
ACTACTACGATGTTGGTAATTTGAGTTTAGTGCTGTTCGAGTGGTTCAAA
ACATAAACTATttgttaaaacatttttaattattgAAGGCGTAGaagata
tatttttgaaaaaagcgaCTCTAAAAGTAACTCCTCTCATTATTTTAGTT
GGTGCAATGTTTATACGAGAGATGGCAAGAGAATCCCTCCAGTGAATTCT
CCAAACATCAGTACGCTGGTGCTCTTCATATCACAAAACAAAGTTATTTT
CAAGCTGGTTTATCCAATATTCACGTCAACTAG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000042_pilon:478361..486593+ >XLOC_035285 ID=XLOC_035285|Name=XLOC_035285|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2472bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000042_pilon:478361..486593+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgaaatctgCAAAATGGCTGCTGGAAATTCTTGAGCAAGAAACTTTTCT
TAAATATCATGCATATTACAAGatgaaatctgCAAAATGGCTGCTGGAAA
TTCTTGAGCAAGAAACTTTTCTTAAATATCATGCATATTACAAGGGTGTA
AGACACAACCATAAAGCTCAAGGCATCATTGCTTTTGCACGACTAAGCAA
TTCCAAAGAATTGACTGAGAAATATGTGAAAGTCGTTCAGTCATCGGTTG
AAGTGTATAATGAAAACGATCCGCTTACTGAACAAGTAGAAATCGATCAT
CTTCAGGGTGTAAGACACAACCATAAAGCTCAAGGCATCATTGCTTTTGC
ACGACTAAGCAATTCCAAAGAATTGACTGAGAAATATGTGAAAGTCGTTC
AGTCATCGGTTGAAGTGTATAATGAAAACGATCCGCTTACTGAACAAGTA
GAAATCGATCATCTTCAGAGTGACAACATTGAAGATTATCGTGGTAAGAA
TCAAGGCTACTACAAACTGTTGTCACATTACATGAATTTGcatcaaaaca
aatataatGGTAACATCATGGATACCATCAAAGAGTGACAACATTGAAGA
TTATCGTGGTAAGAATCAAGGCTACTACAAACTGTTGTCACATTACATGA
ATTTGcatcaaaacaaatataatGGTAACATCATGGATACCATCAAAGGT
ACGTGCCCACCGATCGTGGATGGCCCATTGTATTCTGCTTTCCATGGTTT
CATACAGATGGGGTATGGTCTTGCAGTAGGATCAGACCAAGCTGTTGTGG
AGGGTATCACCATCATAGACCAACAATACTCCCCTCTCTATGGAAACGAC
ATGAACAACCCTAAGGTACGTGCCCACCGATCGTGGATGGCCCATTGTAT
TCTGCTTTCCATGGTTTCATACAGATGGGGTATGGTCTTGCAGTAGGATC
AGACCAAGCTGTTGTGGAGGGTATCACCATCATAGACCAACAATACTCCC
CTCTCTATGGAAACGACATGAACAACCCTAAGAGATTAGACCTTTCACAA
TTTGGGTACGGGAAGACAAGCTTGGAGGACACCTTGAAAGTGTTGCAAGA
CGAGAAGCTCGTTCAACAAGtacaagaagaaaacaaaaaagatcgAGATT
TCAGAGATTAGACCTTTCACAATTTGGGTACGGGAAGACAAGCTTGGAGG
ACACCTTGAAAGTGTTGCAAGACGAGAAGCTCGTTCAACAAGtacaagaa
gaaaacaaaaaagatcgAGATTTCAGAAAAGAAACGCACATGTTTGGAAT
CTATGGCTGGGCGTCCCCACGTTACCATAGCGATTTGATGATGGATTTGA
CCAACAATCTCCAATTGCCAGAGTGGTTCAGGCCAGCTGACCGAGATATC
AGTCAGAAAAGAAACGCACATGTTTGGAATCTATGGCTGGGCGTCCCCAC
GTTACCATAGCGATTTGATGATGGATTTGACCAACAATCTCCAATTGCCA
GAGTGGTTCAGGCCAGCTGACCGAGATATCAGTCAGATCGGGAGATGTAT
GGACTGGTTGATGGACATTGCAACGAAAACGTACGTGGAAGCCAACAGAA
CAAATGATTTCTTCCTTTTGCACGGTGTCACAAATCGGGAGATGTATGGA
CTGGTTGATGGACATTGCAACGAAAACGTACGTGGAAGCCAACAGAACAA
ATGATTTCTTCCTTTTGCACGGTGTCACAAGTACCTGGTCAGCTCGGCAA
GTTCTCCCTCTCCTCAATTTCGATGACGCACTCCTTGGTTTGCGTGGCAT
GGTGAGCGGTATACTGATGACCTACCTCGAACAAGGAGCTCCACTTTTAG
GTACCTGGTCAGCTCGGCAAGTTCTCCCTCTCCTCAATTTCGATGACGCA
CTCCTTGGTTTGCGTGGCATGGTGAGCGGTATACTGATGACCTACCTCGA
ACAAGGAGCTCCACTTTTAGGAAAGAAGCCATCAGATTTCTACGACGGGA
GTGATGTCACACAAGACCATTGGGATGCATTGTTGAAAGATGTGACAAAC
GTTGAACATGTGGTCTATGAACAACACGTTTACAAGGAAAGAAGCCATCA
GATTTCTACGACGGGAGTGATGTCACACAAGACCATTGGGATGCATTGTT
GAAAGATGTGACAAACGTTGAACATGTGGTCTATGAACAACACGTTTACA
AGTTGGTGCAATGTTTATACGAGAGATGGCAAGAGAATCCCTCCAGTGAA
TTCTCCAAACATCAGTACGCTGGTGCTCTTCATATCACAAAACAAAGTTA
TTTTCAAGCTGGTTTATCCAATATTCACGTCAACTAGTTGGTGCAATGTT
TATACGAGAGATGGCAAGAGAATCCCTCCAGTGAATTCTCCAAACATCAG
TACGCTGGTGCTCTTCATATCACAAAACAAAGTTATTTTCAAGCTGGTTT
ATCCAATATTCACGTCAACTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000042_pilon | genome | sc0000042_pilon:478361..486593 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 1102-1236:8099 |
| Aaloc | 988-1101:7698 |
| Aaloc | 868-984:7089 |
| Aaloc | 769-864:6110 |
| Aaloc | 640-768:5459 |
| Aaloc | 517-636:5051 |
| Aaloc | 352-516:4655 |
| Aaloc | 235-348:1308 |
| Aaloc | 73-234:256 |
| Aaloc | 1-72:1 |
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