XLOC_006065 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_006065
Unique NameXLOC_006065
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000045_pilon:481015..492070-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_006065 ID=XLOC_006065|Name=XLOC_006065|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11056bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000045_pilon:481015..492070- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TTTTTTTGAAAATCGGGCTCCGTCACATTCGAGGGCTTATAGTTATGCAT CTTTGTGCAAAAATTCGTAAAGAATAAAAGAGCCAATCTCGAGAAAAGCT AATACCTAAGTAATTGATAATGTGCTTATAAAAAAATATCGAATTTGGCC AGTTTTTCTATAAAAACACGCCAAGCAACCAAAATTTCATGTCGAAACAC ACATATTCTTTAAAAGTAAGCCCTCCTGAGCAAAAAAAACATCTATCTCA TAAAAAAATTGAGTAATTTGACTAAGAACATTGATGTATGCTTATTAATA GTGATTCTTATAGATAAACATGCTTTTTTTTAGCCAACAAAATTTTTTTG CAAAAATCTGCTTAAGCCATCTTTTACCTACGATGGTATCCTACTTTCAT GCAAAAAAACAGAAAAAATTAACGACCTAATTTTTCACAAAGTTCAAAAA ACCCGTTTTTTAGCCGTTTTTTGGCCATAATTTTCCCAAAAAATATTTTT TTTGAAAATCGGGCTCCGTCACATTCGAGGGTTTATAGTTATGCATCTTT GTGCAAAAAATCAGAAAAAACTAACGAGCCAATCATGAGGAAAGCTAATA ACAAACGAACGAACGAACGAACGAACGGACAAAGGTTAATTTATAGGACC TCCACCGGGGTAGGTCCAAAAATAACAAACATATCAAAACATGAATTTAT AATTTCCAAGACTATATTTTGACAATGATAAAATTTTCAGCTAAGTTGTT GTCTATATCGTAAATGTAATATTGTTTTGTAAAGAATACAGTGGGTACAG AAGCATTCCAAAACCAAAATGATTCAAAATACAACCAAACAACAGGAACA TAACATGAAATATCCTTCAGGAATTTCTCCAATAAAAGGAGTGTTAATGT CAAGTTTGTGTACCATCAACTGCTCTAAAATGGGATTTCTTGAGATAATA 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AACGACCCTGCCGATTCCCTGGACTCCAGGGATATTCTTGTTGCGTGTCC GAGGATTTTAACATTACTTTTTGAGACTTACCCCGGACTGAACGCATGGT CTGCGAGACGTACTTAAAAAATTGGGCGATCACACATGGGCTTCAATTTC ACCATCCCTATTCTGTCCGCTTTCATGCAAACTTAGTCGACCGTGCGTTA ACTCGTGACAACACGTTCACTTATCCAGCCGCGTGGTTCACTTATCTGGC AGCGCAATTTGTTTGTCTGTGGATAGAAATATTTCTTTCGTTCGACAGGG TCGTCTTTGATCAGGTTCAGTAACCAAACACCTATAATAGTTTGATTCTG TTTGATAAAATTTGATAGTTCTATTGCGAAAATTTGGATCAATTGAATTC AATTGACATCGCCTGGAGATAAACAGAAGGTTCGTTAATGATGGTATGCA AAGTTTTTTCCAATTTCTGATAATAATTACCCAAAAGTAACAGTAAAGTA TTAAACTGATGCCTGATACAACAAGGATACAAAGCAAAAAGAAATTCTTT AAAATAATTTTCAATCATACATCCTATCTGAAACATTACTTTTCCTATCT GAAACATTACTTTTGATAAAATAGTATTATATACTTACTATCAAAGTTGC AGAACAGTATATGGGATTATACCTTCTACTTTCTGAAACCAACTGGTCCC TGCTTCGTTGCTTTTTGTTGTTTTATTCCAAGCTATGACTTTGGAGCGCC AAAAACGCAAAATATTTGTTCGCGCGGTCGAGCTAGCTTAAAAGCTCACC ACTCGGCAATCTTTTAGTAGATGCGGTCACTAGGTTACATCGTCCCGTTT TTTTTCTTGAACAATTTTTCGCCAGCTCGATCCCCAGCACGGCCTCGTGA AGCAACATAGGCTCCCTTCGGGAGTAATAACGCCTATATATTACACGCAT TATAAACAACTCCAGTCTGAAAGGTAGTCAAAAAGTTATTCGAACCCCCC CCCCCTCCGATGGTGTCGGCTTAAAAAGTGACGGGGTAAATTGTCGGATC TGTGCGTCAAACTTGACACGGTATTAGCCGTCAAGAATTAAAATTCATAA TCCCATCCCTGGAACAAAGCACAATACATTAAACTCGGAGATGCCTTGGA GTTTTTACAAGATACTTCACTAATTGGTCATTTAAAGTGATAAAGATGAC GCGTTCTTTAGAAAAAGTAATAAGATTCTTTTATTACATCTTAACGACCA ACTAAATCAAATAAGAGCTTGTAAAAACTCCAGCTTGTCCCTAAACTCGA GATTAACCTTACTTTTCTGAATAATACATACCTTAAAGGAAGAAATTTTC GCGGGAAGAAATTTTTGTGGAATCTAATTTCGCGGCTCACAGCTCGAAAT TCGGAAGTTTCGCGGAATTTAATTTCGCGGTTGAGAGAGAATTTTTTGCC CTAAAAAGACCAATTTTAGAGGTAATCTTTTAAATTCTGAAAATATTTGT CTTTCGCGGAATAAATTTTGCGGATTTATTAAAAGAAACCGCGAAATTTA ATTCCGCGAAAGTTTGTTCTTGTTCCCGTTTTGTTTTCTTTATCTAACAT ATCCTTTAAATTACATTTCCAGATCTTAAATGTGTCCGTCAAAATCAAGG AATTCCAAAAAGCAACAACCCTCTTAGAAAAAGCACTACTCTACAAACCA TACAGTGAAAGTCGGAAGTATCGATTAGACTTGGATTACCTGTTAACAAC TACTTATTTTCTGGCTGGCGATTATTCGAAAGCGTTCGATATGTTCCGCG TGATCATGATGCACGAGCGAAACGAGAATATTAATAAAAACTCTATTTGG AACTTATTCACGCAAATTGTTAATAAAATGCTGGACAAAAGACATCATCG GTTTTCGCTTCGTTTACTTTTCAAAAGACCGAATCATGTTCCGTTGATTA TACAAAACGGAATTAACTCACATTTATCTGGAACTTATAAATATGCTATT GGTAAGGAGCTTAAAGCAAATTATCTTGATTTATTTGTATATATTTTTGT TTTGGCGATATGTTATTCTGGTATTGAAAATAGCTGTCAAAGTACCATTG TGTACAGTAAAACCTCTAATTAACGGACACTCTAAAAGGCGGACACCTCT GATTAGCGGACAATTTCATTTTCCCCGGCCGTTTCCTAGTCAAATCCTCA TAAAAAAGTTTCTAAAAGGCGGACACTCAATTAGCAGACCCTCTGATTAG CAGACAAATTTTTTCGCACGAAATGGCTAAAACCCCTATTTTAGCTCTCC AATTAGCGGACATTGAATATCAAACGGGTCACAGACGTCCAAAATCGAAA AAATTTTTTTTAGATATTTTTATTTCAAGCACTTAGGCGAGACCAATTTA ATTTGTTGTTCTACGGGAAGAAAACTGTGGATCGGTCGGCCGCTGTAACA AAAACAAATTCCTTAAAATCTGGAGTCGGAAGATAAAGATAAAAATTTTG TGACGTTTTGAAGCAGTAGACTTTTTCCCTTTCATCAATGAGTGACTTTT GTGTCGTTTCCATTGTGATATTCTAAATTCATCTAAGTTCTTGAATGAAT TTAAAATTTTCAACTTGTTCAGTCAGAAGTATCTAGCAAAAAACTTATAA AGTCCATCGTCCAGCTTTTCAAATTCAATATTATTATTTTTTCAATTTTG GAAAAAACAGGGTCGGTCGGGCCCGTAGAACGACAAATTAAATTGGTCTC GCCTTATTAGTCTTATTATTCAAATTATTTCTACAAATTTCCAGTTTTCC CTTGACCCATTCAACGAATTTAGGTGGGCCAAAGAAATCATAAATCACTG GTACTTCAAGTCCGTACCCACCACCTCGATTTAACCTTTCTTTTGTTCTT CTATGGCCTAGTGTCTGCAAATAAGTACTTTAGACCCCAATTTTGTATTT TCGACACCCTGAGATGGCCTTATTTCAAAATTGGAGCTCCGAGATTAAAA GTTTCTAAAAGGCGGATACTTCTAATTAGCGGACACTAACCCCTTTCCCC GATGGTGCCCGGTAAAATTCTGGTAAAATTCATAAAAATACATCAAATAT GGGTTTCGAGGTAGATCCAGCCTTACATAAACTTTATCCAGTCTAGAACA AAAAACCTGAGGAAAATTTCGGTAAAATTAAATTGATTTTGATGAAGATT TTAAACCCTTTCGACCCTTCAGTTTCAAAATTTACGTGTTTAGTTACTGA AAAATGTTCTTAATGTTCAAAGGCTATTGCAATTGCAAAATTTAAAATTG CCAATTTTAACGTTTTTGAGCACTTTCCGAAAGTAACTTCTTTATTCAAT TGAGCATAACTTTTGATCTAATGAATCGAATTTAATAAGTGACCCATCAA AATTTAAGTCTATCTTTCTTCTTTCCAATGAAATAGGAATGGTTCTTTTA AAATTTTTTAGATTTCGAGAAAATTAGTTTTAAAGAGAGAAACTTGTGGT GCACCCGGTAGCTAGAACACTGCGCCAGCCCCTTGACCATTGTGGGCTAA AATGCGAAGCAGGCGCTGCTACCTGATTTTAGCCAGGGGGCTAGATCCTC ATTAACCTAGCTTAAGCTGTATCGATTTTTTGAAAATGTAGGACGTAGAG AGTAAATTTGCTGTTTAAATTTTACCCGTACAAAAAGGTTACATGTTTTT TCATATATGCAAGCTTGTGCCCCCCTCCTTTTGATAAATTGTAGGGGTCA CCTGAAACACTTTTCAGCCAAGCAACGCCTCGAGCCTAGAGGCAGCCTAA ATTCCAAGAGGGTAGTTAAACATGTGTCTAAGTCAATTTTTCTTCTATGT TTATCTTTTTTTAGGTGAATTTTCAAGAGCTTTTCGCGAATGGCCAACAT ATCCTTTGACCAGTCTATTACTTGGAACAGCTTTCATACATCTTTCCTGT CAAAAGTTCCATAAGACACGTCACACCAGTATTTTACATGTAAGTTTGGC TAGTCTTTGGGTTCATCTATCTGATATTTTCATTGAGAACTACTATGTAC TTATACGAAGGGCTTGTCCCTTCGTCCAATTATATTCACTCAGGGGAGTT TGTTAACCGTGAGTACCAACTTTCTCTGAAATTTAACCTGTGTGTTACAG TAATTACCCACTCATTAATAAGTTTTCAATTCTCTAACAAGTAACTTTAA TGGATTCCTTCCTAATTTTATAAAAATGTGGATGTTATTCTGAGATTACA CTCTTTCATAGAATCTTCTACGTTTCTTACTTGTGATTAGATTTGACCGG CCTTCATCCAAGATCCTGAATGATTGCCATAGTAACCTTTGTACGCGTTA AATAAAGTAGTACGGTAGACTTTTTCGGCAGAACAGAGTATGCATATTAT ATTCCTTATTGAGACGAGTGGACCCAATGTTCAGTCGAACCCAAAATCAT AAAATAAAAACTGAGAGAAATAGTTGACAGAAGGAGTATATATTATCGAT TCCATCATCTTTAATTTAGGGTTTGATCTTCACATTTCAATACTTCCATT TACGCGGTGGAAATCAAGAAGCGTGTTACAACTTAGCAAGAGCTTTCCAT TCAGCAGGTATGCTACTCTTCTCAGGCTACGTCATATCTTCCTTCGTTTC GAGCGTAAAACTTCTTCTCTTCGGGGATATGCGCACTGAGGTTTTAATGA AACAATAGAGTGTTTCGAAACCTAAGCCAATCAGATGTGTTTTAAACATT CTTTTATCGACCGCCGGAGGCGGTTTCTTTCATAGTGGTACGCTAATCTC GTTTTGCCTTGGCTCATTACTTTGTCTACCATTTACTTTCGGTTTTTTTA ACTAGATTACCCAGGTGTTTCTCTTTTTTTTGCCTGAATGTCTTTTATTC GGAATTGAATAATCGAGACATGAAAAATGACTATATTGTAATCTGTTTTC AATGAATAATCTAAAATGTACTGGAGATGACATGTAGGCGTTAATAATGT GCGCGCACTCTTTCGCGAGCGTGATGCGTGATGGAAGGCGGTTGTTTCAG TGTGGTTTAGATCCACGCTGTGACCTAGTTTGAAATCTTTATTGATAAAC ATCTTTTGTGAAAGTTGTCTATTGTGTTTAAACCTATTAATAAGCCATCC CCGGTGGTTTTTAGTGGCCGCCTATAGCAGTGCTATAGACCAAGAGTAAG GCCTAAAAGCCTGGAGCTTTCTATTGTGTAAACTAACTCTTCTGTACTAT AGATATTTTCAAGCTTTAGGTCTAGTCTAGTAACCTAGCCTAATGTCTCG CTCACAAAATTAAAGGAGTGTCTTTCATGGGCTAGTTGCCGAGATTGCAT GTTAAACGACTTATTATACAAACTGATACTATCCCGTAACAGTTATCATA CTATCATATAACACCCATATCATTGTATTAGACGGACTATAAACGACTCC AGACTACGGGGTTAAGTATCGATAGACTTTTCGCAAAGACAAACGGATTT CATACAAATTTCACAAGCACTTTTTGTCCCTTTCTTTAATTTGTTATTAA CAATTTAGGGGTCTCCATCTAATTAAGGGGACATCCATATAGTACGTATG TAGGATAGGAGGTTGGGCAAAAGCGTATGTCTATTGTTTGAATGAAGGCA TTTGTATTGTTCTCATCGTACAAGGATGAGGGGTGGCAAAAATCTGGAAA ATTTTTGAGTATTGGGGTTTCCAGAAAAAAATTGAATATGGGGCGTTGGA GGATATAACATTTTTTGGAAATTTATCCCGGACATTTTGACTTTTGACCC TCCGGACAGCAGGTCTTACCCCCCGGACAACATCAGTTGATCCCATTGAC AGGTTTACCCTCGGACAAGGCAAATTTTGTAGATTTTTCACTACCCCCGG ACACTTTATCCCCCCCCCCTCCATGGACGGACATTTTCTGGAAGAGCCCA TTACTATGTGGATGGCCCCGAATGCTAATTTACTTTTTTTTTCGTTTCAG GGCTGATACATTTCGCGACACATTATTACAACAAAGCTTTGGATTTCCCT TTACATGACGAAAAGAAGAATGAGGTACGAACGAACGAGGTCTCTTACCC GGGGGGGGGGGGTACTTAGGCAAATGGAGGGTACGGTATGTGCCGCCCTT AAGGGTACCTTTTTGGACTTCCATAGTCCTGCTAAGGGTCGGAAAATCAG TTAATCAAATTTCAGTCCCACTAAAGGTCGGAAAAATAGGAAAATTTCAA CTTTTTACCCCCTGAAAAATCGAAATTTGGTCAAAATTGGTCAAATTTGA CCCGCTAAGGGTTGTAAATATCCCAAAATTTTCTTTTGTTTTCTCCTTTT TAGTCCCGGTAAGGGTCTAAAGTTCGAAAGTCGGGCGGCACCCCCCGTCA GCTCGCAACCCTACTCCCCCCCGGGTCTCTTACAGTTAACTTTCTTGACA AGTTTTTTTTTCTTTTTGAACCAGACGTTACGGTTCCTTATTGTTCTGAA AAGTAACAAGTGTGAATGTCAAAATTCGAAACGTCAAAAGAGAAGACGTT TTAAAGCAAAACAGATCGAAACAGTTACGCACCAATATTTTCATCGGAAC GGAATTGATCCGTTCTTATGCTCCAAAACGTTCCGAAACCAATACGAACA CTATCGGCCTGTATAAAAAGTGACAGATATAACTTCGTAAAAATATGTAC TTTAGACGTTCAAACTTTCGCGAGCAGAAACTTTCGCGAGGTCGAAAATT CGTGAAATCTACGACATTTACTTTAGCAAATTTGAGGAAGAAAATTTTTT TCGAGCACAAACTTACTCGAATCGTTGGATAAAATTAGAATTCTCGATAA ATCCGATAAAGACAGTTGCTCTTCGACTTAAAAAAGGCATTAAAAGATAA AAATATGCGGACAATTTTATATTTATTACGAGTACGAGGTTTTATAGATT TCCAATTTTTTTGAGAATTTTTCGCGAGCAAAATTCACGAAAATTGCGAA AGTTTCTGCTCGCAAAAATGTGTACGCCTAAAGTAGTGGATCTCGATGTA TCCAGACACAAAATTAAAAATATTAGAAATTCTCGAACACCCCTTGTTGA TTATAACGATTCAAGTCTTCTGTTTCTCCCTTCTTTCAGTACAATCCATT TATCGATCTTCATCGAGAGGCTGCGTACAATTTATCGAACATTTATCGAA ACAGCGGAAATAGAGACTTAGCTAGGAATGTTCTATACAAATATTGTTGG ATTTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000045_pilon:481015..492070-

>XLOC_006065 ID=XLOC_006065|Name=XLOC_006065|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1890bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000045_pilon:481015..492070- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAATCATGGTATGACAAATGTATGGGCATGTATTCCAACCATCAACTAAA
AGAATTCATTTTCCATGGATACATATTGATGCATAATTATCTCATGTCTA
GCTTCGCAATCATGGTATGACAAATGTATGGGCATGTATTCCAACCATCA
ACTAAAAGAATTCATTTTCCATGGATACATATTGATGCATAATTATCTCA
TGTCTAGCTTCGGACACCAGAAGAAACAGACTGTCAGCAAAGTCCATATG
TGGGAAATGCTATTAAAAGACACCAGAAGAAACAGACTGTCAGCAAAGTC
CATATGTGGGAAATGCTATTAAAAATCTTAAATGTGTCCGTCAAAATCAA
GGAATTCCAAAAAGCAACAACCCTCTTAGAAAAAGCACTACTCTACAAAC
CATACAGTGAAAGTCGGAAGTATCGATTAGACTTGGATTACCTGTTAACA
ACTACTTATTTTCTGGCTGGCGATTATTCGAAAGCGTTCGATATGTTCCG
CGTGATCATGATGCACGAGCGAAACGAGAATATTAATAAAAACTCTATTT
GGAACTTATTCACGCAAATTGTTAATAAAATGCTGGACAAAAGACATCAT
CGGTTTTCGCTTCGTTTACTTTTCAAAAGACCGAATCATGTTCCGTTGAT
TATACAAAACGGAATTAACTCACATTTATCTGGAACTTATAAATATGCTA
TTGATCTTAAATGTGTCCGTCAAAATCAAGGAATTCCAAAAAGCAACAAC
CCTCTTAGAAAAAGCACTACTCTACAAACCATACAGTGAAAGTCGGAAGT
ATCGATTAGACTTGGATTACCTGTTAACAACTACTTATTTTCTGGCTGGC
GATTATTCGAAAGCGTTCGATATGTTCCGCGTGATCATGATGCACGAGCG
AAACGAGAATATTAATAAAAACTCTATTTGGAACTTATTCACGCAAATTG
TTAATAAAATGCTGGACAAAAGACATCATCGGTTTTCGCTTCGTTTACTT
TTCAAAAGACCGAATCATGTTCCGTTGATTATACAAAACGGAATTAACTC
ACATTTATCTGGAACTTATAAATATGCTATTGGTGAATTTTCAAGAGCTT
TTCGCGAATGGCCAACATATCCTTTGACCAGTCTATTACTTGGAACAGCT
TTCATACATCTTTCCTGTCAAAAGTTCCATAAGACACGTCACACCAGTAT
TTTACATGTGAATTTTCAAGAGCTTTTCGCGAATGGCCAACATATCCTTT
GACCAGTCTATTACTTGGAACAGCTTTCATACATCTTTCCTGTCAAAAGT
TCCATAAGACACGTCACACCAGTATTTTACATGGTTTGATCTTCACATTT
CAATACTTCCATTTACGCGGTGGAAATCAAGAAGCGTGTTACAACTTAGC
AAGAGCTTTCCATTCAGCAGGGTTTGATCTTCACATTTCAATACTTCCAT
TTACGCGGTGGAAATCAAGAAGCGTGTTACAACTTAGCAAGAGCTTTCCA
TTCAGCAGGGCTGATACATTTCGCGACACATTATTACAACAAAGCTTTGG
ATTTCCCTTTACATGACGAAAAGAAGAATGAGGGCTGATACATTTCGCGA
CACATTATTACAACAAAGCTTTGGATTTCCCTTTACATGACGAAAAGAAG
AATGAGTACAATCCATTTATCGATCTTCATCGAGAGGCTGCGTACAATTT
ATCGAACATTTATCGAAACAGCGGAAATAGAGACTTAGCTAGGAATGTTC
TATACAAATATTGTTGGATTTAATACAATCCATTTATCGATCTTCATCGA
GAGGCTGCGTACAATTTATCGAACATTTATCGAAACAGCGGAAATAGAGA
CTTAGCTAGGAATGTTCTATACAAATATTGTTGGATTTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_006065XLOC_006065-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000045_pilongenomesc0000045_pilon:481015..492070 -
Properties
Property NameValue
Aaloc829-945:118
Aaloc757-828:1255
Aaloc667-753:2738
Aaloc544-666:3391
Aaloc163-540:5635
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Aaloc1-105:11057