XLOC_038970 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_038970
Unique NameXLOC_038970
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000019_pilon:733602..736895+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_038970 ID=XLOC_038970|Name=XLOC_038970|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=3294bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019_pilon:733602..736895+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTCTCCAGTACGTGTACTACGTCTTCAATCCTCAGCAGTCGCCATGCCAC AACTGTTTTGACAGAAATGATGACAGAATCGAATTCTAATGTTTCTGAAA CAGTCACAAACCGTATTTATCATAGTGAATCTGTATCACATTCGACAGAG CAACTTATTCGACCAACCAGCACTGGCTATCAAATGTCATCCATTTTATC CAGTATTTCAACAGAGGAGCCAAATCTAGGTTAGGAAAACtatcattttt aaatttaaacgATGGAAGTCTTGTCtccacgtttgttcctcttagatgaa gcTCATCTTAGAGTATATAATAGTCTAAAGATCTCTCAAATTTAactttt ctggaattttttaacCATGCCTATTCATAGGTTGAATAGCAAGCAGACTT GTACCATCTTTATTCAATGTAACCTTTCGGCCACACTCAAGCTCAAAATT ATGTTTTAATCAGGAGTTTTATTAGGCCTGGTAGAAGAGGGTCACCATTC GAAATCAAAGGACGAAATTTTATGGAACTTTATTACCATCTTCTTCACTA TTTCAGATTGTGCCTACAAACTTCAAATGAGCCTTATTGATTATTGTAGT AACTTAATGTACTTATGCGGCCACACCTAACTCAAAATTATGCTCTAACC AGTGCTATGAAATATGAGTTTCATTAGACCTGGTAGACGGGTCACCATTT GAAATCGGAGAGCGAAATCTACGAATCTATCGAACTACGGTTACAATTCT CGTATGATAATTCAAACTTCTTCACTATTTCAGATTGTGACTACAGACTT GGAATCTACCGATCACCAGACAAAAGCTTTGTAACAATATGGAAAGATCA ATCAACCAACCAGCTTCTCGTCACCAAAGGGAATCAAACAGGCTTGAATG GAACTTTTACCGACCGCTGTTCGAAATTCAGTTTCATATCAGATggtgtt tatatattttttgaagataAATGTTCATTGAAACTGAAATCAGATAATGG AAACATGACCATTTATCAGAAGTTGGTGTGTTATAAAGGTAAAAAGAGAC TTTATGAAGCCTTTGCAAGCTTGAAATTCACTGTTTGTACATTTTGAGGC GCAGTTgtgtagtggtcatcgttcttgacttccgtgctggaggtcagggt ttgattcccactcggtgctgcgattcacttggcaagtgaatgtaccttgg cccgggtcaacccataccatgtgaggggaatagggtaccatcactctgat acaagagtatggggagatatgcTGGACATTGAGTGTGGTGTGGTGATGGT ATTCATATGTTCGGTACCTGCGAGAATGCAAGGTTCTCCCGTACCGTgcg agtatcatcatcgatacagcacggatctgatgtgtcgcgagcacaggTTA GGGCCCGGTTcgatgatatcggagggtcagcttctcttctcttctctata cattttgttttataaacgACTCAAATTTTCGGCTCTGGTCTGGGGTTAcc ttttctgagaaatttgctTTGAGCGCACCTAGTATTATACGATATGCTTT TTGAGTCAAGGGGTACcgtttgccatggttagataatctaaaaagctttt actttatgAGATAGTGGCAAAAGTTGGCTAATTTGAGCTTTCGAGTCTTA GTAACCTTCCTTAAGTGGATtgaatttggcgattggccaaaatgaaattt ttaatttggcaaatgatcaattttctataaattggtggggatttaatttt gcaaatgatcaattttctataaattggtggggatttaatttggcaaatga tcaattttctataaatttatggggatttaatttggcaaatgatcaatttt ctataaattggtggggatttaatttggcaaatgatcaattttctataaat tggtggggatttaatttggcggatgatcaattttctataaattggtgggg atttaatttggcaaatgatcaattttctataaatttatggggatttaatt tggcaaatgatcaattttctataaattggtggggatttaatttggcaaat gatcaattttctataaattggtggggatttaatttggcggatgataaatt ttctataaattggtggggatttaatttggcaaatgatcaattttctataa attggtggggatttaatttggcaaatgatcaattttctataaattggtgg gatttaatttggcggatgggaAGGTTTAAGGCTTTTATAAATTAAAGATG ACGtggtattttactaaaaaaatgCATATTATGTAAAGAACTTCTATCCT AAAAGATTCTGCTAGATTATGCGGGGATTTAATTAGAcgtattaaatttt gcgaatgatcgattttttaaattttggagggGGTAATAGACCTTtacata aattacgtcacaaacatcacttgcctcgttttgaaattattgccacgGTG ATTAACCCCCCtgactcccagcggattttatttaaactactttcttttca taaaaaatcatgtaaTGCCTTAAGGGACATAATCATCATAgtaattgttt gaaaacgaggcaagtgatgttcgtggcGTAATTTCTGAAAAGGTCTTTTT GGCgatttgtatatgtaatcacatgataacgagtgtaattttcgaattgt acgagttattatgtgattacgagctaatcgcacaatggctttcactactt tttcccagttaggaaagtaaattacagaaattacaccgagttttatattt ttctcttctctttatgtctttcttttattgttgtttattgattttctttc tccacaaaataaatttcgaattcaattaaaacgttcgatgtaagaaaaaa cattaaaatcaattttgtaaacattggtgcggcattggagagtgtgatta acgattaattgctttctacaggatgcaattaacgattaattgctcccttt gagggcgtgccaaataagaaaaaataacccatcgtgcgattattcccaaa atttactaaatttgccaaatttttaattcccaccaaaattaatccaTTTA CATTTATTGTtgattatgaaaatgtgtatCATAATTTATAACGATTGTGA TTGGCTTAAAAACAAACGAGAAGGATAATACGAATTTCTTTACATATATG TAATATGAAAATTTGTGTCTATATAGTTTATCGTGCAGATAATTAATTAA GCTATGGTGCACTGCTAGGTATTTTATTAACTAAAATTTGCCTTTAATCT AtttctttttacaattttattaaGATTCAACCGAGATGAACTGC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000019_pilon:733602..736895+

>XLOC_038970 ID=XLOC_038970|Name=XLOC_038970|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1008bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019_pilon:733602..736895+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTCTCCAGTACGTGTACTACGTCTTCAATCCTCAGCAGTCGCCATGCCAC
AACTGTTTTGACAGAAATGATGACAGAATCGAATTCTAATGTTTCTGAAA
CAGTCACAAACCGTATTTATCATAGTGAATCTGTATCACATTCGACAGAG
CAACTTATTCGACCAACCAGCACTGGCTATCAAATGTCATCCATTTTATC
CAGTATTTCAACAGAGGAGCCAAATCTAGGTCTCCAGTACGTGTACTACG
TCTTCAATCCTCAGCAGTCGCCATGCCACAACTGTTTTGACAGAAATGAT
GACAGAATCGAATTCTAATGTTTCTGAAACAGTCACAAACCGTATTTATC
ATAGTGAATCTGTATCACATTCGACAGAGCAACTTATTCGACCAACCAGC
ACTGGCTATCAAATGTCATCCATTTTATCCAGTATTTCAACAGAGGAGCC
AAATCTAGATTGTGACTACAGACTTGGAATCTACCGATCACCAGACAAAA
GCTTTGTAACAATATGGAAAGATCAATCAACCAACCAGCTTCTCGTCACC
AAAGGGAATCAAACAGGCTTGAATGGAACTTTTACCGACCGCTGTTCGAA
ATTCAGTTTCATATCAGATggtgtttatatattttttgaagataAATGTT
CATTGAAACTGAAATCAGATAATGGAAACATGACCATTTATCAGAAGTTG
GTGTGTTATAAAGATTGTGACTACAGACTTGGAATCTACCGATCACCAGA
CAAAAGCTTTGTAACAATATGGAAAGATCAATCAACCAACCAGCTTCTCG
TCACCAAAGGGAATCAAACAGGCTTGAATGGAACTTTTACCGACCGCTGT
TCGAAATTCAGTTTCATATCAGATggtgtttatatattttttgaagataA
ATGTTCATTGAAACTGAAATCAGATAATGGAAACATGACCATTTATCAGA
AGTTGGTGTGTTATAAAGATTCAACCGAGATGAACTGCATTCAACCGAGA
TGAACTGC
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_038970XLOC_038970-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000019_pilongenomesc0000019_pilon:733602..736895 +
Properties
Property NameValue
Aaloc490-507:3277
Aaloc409-486:960
Aaloc268-402:825
Aaloc232-267:786
Aaloc1-228:1