MSTRG.13238.1.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13238.1.p2
Unique NameMSTRG.13238.1.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000104_pilon:208985..260234-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13238.1.p2 ID=MSTRG.13238.1.p2|Name=MSTRG.13238.1.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=51250bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104_pilon:208985..260234- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATTATCAAATAATTTTTTGGATTTCAAATGGGTTAGGTGGGAAAAACCTT CTTATTTTAACTAAGTGGGGGAGGGTGGTTGGTTTGAATGATTTAGACAG TCCAAAGATGATCACGTTCAAAAAGCAGCCATTTCACTCGTATCAATCAA CTGTGATAATTTTCTAAGATTTGAGATAACTACTGATACAAAAAATGGTA ACAATAATAACTTTGCCATGGTCCTACCAGAATAAGTTTTCTTCTTTTTT TAACTTCATTTATGAGTTGTTATGTTCTTTGTTTCGAAAATCTTTTTACA TGATACATATCCCTCTCCTCCATATGCCATCTTTTCAACAAGCACCAAAT CACAATCTAGCTCAAATTCTATCAAAATTTGTTTGCATACATAATTTTAC TGATAGCCTATTTGAATAGGTACAAGTATATAAGTATACTGAGTTTATCA TCTTTCAATTTTTCATTTTCTTTTGTATAGACTAAAGAAATGACAGAAGA TTCAATGGGCTCTGGTCGACCTCGAAAAAATACGCGAAAATCAAATGGAA ATAGTAGCAGGTTAAGGGATGCATTATTTTGCTGTCACTTTTACTTTATT ATTTTCAAACTTTAACTTTAAACAAATTCTTTAAAAAGAAATCATTATAA TCTACAATCCATTAATAAATAAAAAATAGTTTTCCTTTATAATTCTAAAT TTATATTTAAGATTTTCGTCTTTTATATTTTAGCTGTCCATGCTCAACCA ATGGAATTACAGATATCCCAGAAGCACAAGTGGTAAATTGTTCTTCATTG TTTTCAGGCTTTCTTTCCTTGGCATCACACTATCCTAAAAGCAAAACAAA AACAATATGCATTAAAAAAATATTTCTTTAGTACTCAATGTGAACTGGTT GTTGTCTTTTTCCCTGCTTGCAGCCCCTATTATCATATTGATCAAATGTC 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000104_pilon:208985..260234-

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GAAGAAGAAAGAAGAACGCGAAAAGGCCTTGTTGGAAAAAAAGAACGCGC
GTGAACAGGAGAAACAAAAACGAATCGAAGAGAGAGCAAAACAGAAACAG
TTAAGAGAACAAGCCAAAGCTGCCAAGATTCAAGAGAAAATGTTAATCAA
ACAAAAAGCCGCGCATGCTAAAGCCATTGCGATCAAGACAACTAAAAAAG
CAGCACAATCGAAATTAGCACAACAGAAAGCTGAAACACTTGCCGCCAAG
AAACCGCCTGAACCAACTCCACTACCTCCAGTTGAAGTGCCGCCTGTCAC
ACCTCCGCCGATAACACCAAAAATTCCCCTCTGTGAACCGGATGCAAAAG
TTAGCACACCGCTCGTTCAACCAATCGGAATGCTGAAATCAACAGAACCC
ATAGACGTGGTCGGGACTTTCGGTTACGGTATTTTCGAAGGTTTCGACGA
TATTTACGGCGATAAACCGGAACCTCCGCCTGTTGAAGAGAAAGTACCGG
ATTTGAGTAATCAGGATACGGTACTATTGAATGATATACCACTTTTCGCA
AGTCCTGAACGAATTGAGGACGAAGTGATGGCGGACGTGGCTGAAGCAAC
TCAAGAGGTGGTCGATCACCAGGAAATATCGTTACCTTATGAACTTCAGA
AAGTATTAGCGTGTAATCTTTGTTACGGATCCTTGCAACATACAGTGTAT
TACATTGATCGAGGATTCGAGGAGATCAGTGAAGGTTTATTCGATCAAAA
TGATGTGATCAATTCAGACCAGTTAGCATTTTGTAGTAGTGAATGTGTAG
ATATGTATCAAAAGAAAGTGGACTATGTTGTTGATGATGATGTGGCGTTG
GTTGATGCAGTGAAGGCTGCATCGATGTTTTGTCTGGATGAAAATCATAA
CTTTCCTCCTCTCTCGTCTGATGAAGTTAGAGGTAACGAATGCGCGCCGG
GAATGGAAGTATCTAAACAGGAACCTACTTGGAGAAAACGTTGGAAACGC
TGGCAATTCCCATTCAATGCTGATAAGAAAACTAAAAGGAAACGCTTGGA
ACGTGAAGATTTGTATAAACTGATGCATAAGTATGACGTCAGGCTAAAGT
TACCGGATGATGTAAAGGACAATCGTGTCTGTATGCTTTGCAATTTGGTC
GGGGACGGCGAAACGGCACAGGCGTCGCGACTCTTGAATTATGACGTCGA
TCAATGGGTCCATCTCAACTGTGCGTTATGGTCCAACGAGGTGTACGAAG
CATTGAACGGTGGTCTGCATAAAGTTGACATTGCAAAGAAATACGCTTCC
CAAATAAAATGTGCTCACTGTGGCAAGTTTGGTGCCAGTATATCACTTGC
TCGCACACGTTTGGACCTCAACAACGACTGCATTGTGAGAAAGTCTTCCA
TTTTTGTTGTGCTTTGCAAGCTCAATGCAAGTTTTACAAAGATAAGAATG
CTTCAGATGAACGATTTTGTGTCCTCAACACAAGATGTTTGGTGTACCCA
GTGAAGAACTTCGTAATTTTACCGTCCGCCGAAAAGTCTATATTGAACGC
GACGTTACAAAACAAATTGCAAAATGAAAAACCACCCTTCACCACCTGGT
GCCCCACCCACGCGGCAACCTATCATGTCACCAGCCGCAGGCCACATGAA
AGGTCCCTCCCCTATCATGTCACCTCAAATGAAAACACCACACGCATTCA
ACAAAAATCAACACATACCGACGCAAATTGAAGAGATCCAACAAAGCTTT
ATACGTCACCAACAAAACATGCGAAATGACAGTAAAAACAAGGAAACACC
AAAATTTGACGTTTCTCCGATAACTCAAGAAACCAAGAAACAAATGTTCT
TTCCTGACAAAGTCCCCATTCATCCTTCCCAACTATTACGGCAAAAATCG
TCCGGACAAAGCCCAACAACGCCTAATCAATCACCCAAAATTTCAAAAAC
AGCTAAGTCTTTACAGTCACCTACTAATTCCATAGACAAACTCCATCCGT
TCGCCTCACATCCTGAACTACACCAGCTCGCTTTAGATGCCATGCAAAAT
AAAACTCAACAACAAACAGCTGCAAACCTTTTATCACCAACTTCGAACGA
CAAACCTCACATAAATGAAAACACCTCTAAACCACCGAAATCAGCTTTCT
CAGTCAGCAGTTTACTCGGATCTGGTGGAGCTACCCAACCACAACAATCA
ACTTTACAACAGCCTCATGCTGATCCAATGTTCTCAGGTGATTCTACCGT
TCCACCGACAGCTGTGGGAGAACATCCTAAGATCCCACTCATTTCAGCAG
CCGAGCGAAAGAAAGAAGCTGAGGAAAAGAAACAAATACTGAAGTTGAAG
AAGAAAGAAGAACGCGAAAAGGCCTTGTTGGAAAAAAAGAACGCGCGTGA
ACAGGAGAAACAAAAACGAATCGAAGAGAGAGCAAAACAGAAACAGTTAA
GAGAACAAGCCAAAGCTGCCAAGATTCAAGAGAAAATGTTAATCAAACAA
AAAGCCGCGCATGCTAAAGCCATTGCGATCAAGACAACTAAAAAAGCAGC
ACAATCGAAATTAGCACAACAGAAAGCTGAAACACTTGCCGCCAAGAAAC
CGCCTGAACCAACTCCACTACCTCCAGTTGAAGTGCCGCCTGTCACACCT
CCGCCGATAACACCAAAAATTCCCCTCTGTGAACCGGATGCAAAAGTTAG
CACACCGCTCGTTCAACCAATCGGAATGCTGAAATCAACAGAACCCATAG
ACGTGGTCGGGACTTTCGGTTACGGTATTTTCGAAGGTTTCGACGATATT
TACGGCGATAAACCGGAACCTCCGCCTGTTGAAGAGAAAGTACCGGATTT
GAGTAATCAGGATACGGTACTATTGAATGATATACCACTTTTCGCAAGTC
CTGAACGAATTGAGGACGAAGTGATGGCGGACGTGGCTGAAGCAACTCAA
GAGGTGGTCGATCACCAGGAAATATCGTTACCTTATGAACTTCAGAAAGT
ATTAGCGTGTAATCTTTGTTACGGATCCTTGCAACATACAGTGTATTACA
TTGATCGAGGATTCGAGGAGATCAGTGAAGGTTTATTCGATCAAAATGAT
GTGATCAATTCAGACCAGTTAGCATTTTGTAGTAGTGAATGTGTAGATAT
GTATCAAAAGAAAGTGGACTATGTTGTTGATGATGATGTGGCGTTGGTTG
ATGCAGTGAAGGCTGCATCGATGTTTTGTCTGGATGAAAATCATAACTTT
CCTCCTCTCTCGTCTGATGAAGTTAGAGGTAACGAATGCGCGCCGGGAAT
GGAAGTATCTAAACAGGAACCTACTTGGAGAAAACGTTGGAAACGCTGGC
AATTCCCATTCAATGCTGATAAGAAAACTAAAAGGAAACGCTTGGAACGT
GAAGATTTGTATAAACTGATGCATAAGTATGACGTCAGGCTAAAGTTACC
GGATGATGTAAAGGACAATCGTGTCTGTATGCTTTGCAATTTGGTCGGGG
ACGGCGAAACGGCACAGGCGTCGCGACTCTTGAATTATGACGTCGATCAA
TGGGTCCATCTCAACTGTGCGTTATGGTCCAACGAGGTGTACGAAGCATT
GAACGGTGGTCTGCATAAAGTTGACATTGCAAAGAAATACGCTTCCCAAA
TAAAATGTGCTCACTGTGGCAAGTTTGGTGCCAGTATATCACTTGCTCGC
ACACGTTTGGACCTCAACAACGACTGCATTGTGAGAAAGTCTTCCATTTT
TGTTGTGCTTTGCAAGCTCAATGCAAGTTTTACAAAGATAAGAATGCTTC
AGATGAACGATTTTGTGTCCTCAACACAAGATGTTTGGTGTACCCAGTGA
AGAACTTCGTAATTTTACCGTCCGCCGAAAAGTCTATATTGAACGCGACG
TTACAAAACAAATTGCAAAATGAAAAACCACCCTTCACCACCTGGTGCCC
CACCCACGCGGCAACCTATCATGTCACCAGCCGCAGGCCACATGAAAGGT
CCCTCCCCTATCATGTCACCTCAAATGAAAACACCACACGCATTCAACAA
AAATCAACACATACCGACGCAAATTGAAGAGATCCAACAAAGCTTTATAC
GTCACCAACAAAACATGCGAAATGACAGTAAAAACAAGGAAACACCAAAA
TTTGACGTTTCTCCGATAACTCAAGAAACCAAGAAACAAATGTTCTTTCC
TGACAAAGTCCCCATTCATCCTTCCCAACTATTACGGCAAAAATCGTCCG
GACAAAGCCCAACAACGCCTAATCAATCACCCAAAATTTCAAAAACAGCT
AAGTCTTTACAGTCACCTACTAATTCCATAGACAAACTCCATCCGTTCGC
CTCACATCCTGAACTACACCAGCTCGCTTTAGATGCCATGCAAAATAAAA
CTCAACAACAAACAGCTGCAAACCTTTTATCACCAACTTCGAACGACAAA
CCTCACATAAATGAAAACACCTCTAAACCACCGAAATCAGCTTTCTCAGT
CAGCAGTTTACTCGGATCTGGTGGAGCTACCCAACCACAACAATCAACTT
TACAACAGCCTCATGCTGATCCAATGTTCTCAGGTGATTCTACCGTTCCA
CCGACAGCTGTGGGAGAACATCCTAAGATCCCACTCATTTCAGCAGCCGA
GCGAAAGAAAGAAGCTGAGGAAAAGAAACAAATACTGAAGTTGAAGAAGA
AAGAAGAACGCGAAAAGGCCTTGTTGGAAAAAAAGAACGCGCGTGAACAG
GAGAAACAAAAACGAATCGAAGAGAGAGCAAAACAGAAACAGTTAAGAGA
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CCGCTCGTTCAACCAATCGGAATGCTGAAATCAACAGAACCCATAGACGT
GGTCGGGACTTTCGGTTACGGTATTTTCGAAGGTTTCGACGATATTTACG
GCGATAAACCGGAACCTCCGCCTGTTGAAGAGAAAGTACCGGATTTGAGT
AATCAGGATACGGTACTATTGAATGATATACCACTTTTCGCAAGTCCTGA
ACGAATTGAGGACGAAGTGATGGCGGACGTGGCTGAAGCAACTCAAGAGG
TGGTCGATCACCAGGAAATATCGTTACCTTATGAACTTCAGAAAGTATTA
GCGTGTAATCTTTGTTACGGATCCTTGCAACATACAGTGTATTACATTGA
TCGAGGATTCGAGGAGATCAGTGAAGGTTTATTCGATCAAAATGATGTGA
TCAATTCAGACCAGTTAGCATTTTGTAGTAGTGAATGTGTAGATATGTAT
CAAAAGAAAGTGGACTATGTTGTTGATGATGATGTGGCGTTGGTTGATGC
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CTCTCTCGTCTGATGAAGTTAGAGGTAACGAATGCGCGCCGGGAATGGAA
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CCCATTCAATGCTGATAAGAAAACTAAAAGGAAACGCTTGGAACGTGAAG
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CGAAACGGCACAGGCGTCGCGACTCTTGAATTATGACGTCGATCAATGGG
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GGTGGTCTGCATAAAGTTGACATTGCAAAGAAATACGCTTCCCAAATAAA
ATGTGCTCACTGTGGCAAGTTTGGTGCCAGTATATCACTTGCTCGCACAC
GTTTGGACCTCAACAACGACTGCATTGTGAGAAAGTCTTCCATTTTTGTT
GTGCTTTGCAAGCTCAATGCAAGTTTTACAAAGATAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13238MSTRG.13238Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13238.1.p2.exon33MSTRG.13238.1.p2.exon33Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon32MSTRG.13238.1.p2.exon32Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.13238.1.p2.exon30MSTRG.13238.1.p2.exon30Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.13238.1.p2.exon28MSTRG.13238.1.p2.exon28Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon27MSTRG.13238.1.p2.exon27Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon26MSTRG.13238.1.p2.exon26Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon25MSTRG.13238.1.p2.exon25Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon24MSTRG.13238.1.p2.exon24Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon23MSTRG.13238.1.p2.exon23Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.13238.1.p2.exon20MSTRG.13238.1.p2.exon20Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.13238.1.p2.exon3MSTRG.13238.1.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon2MSTRG.13238.1.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13238.1.p2.exon1MSTRG.13238.1.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13238.1.p2MSTRG.13238.1.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000104_pilongenomesc0000104_pilon:208985..260234 -