MSTRG.13496.11.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13496.11.p1
Unique NameMSTRG.13496.11.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000107_pilon:667270..708535-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13496.11.p1 ID=MSTRG.13496.11.p1|Name=MSTRG.13496.11.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=41266bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107_pilon:667270..708535- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000107_pilon:667270..708535-

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GACATGAAAAATGTGGCAGTCAAAGTACTCGGTAGAACCATTATGATAAG
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TTTTTATCCATTTTGTGTACATTACTCACTTTATCATCATGTCAACACCA
ATATATCAATCATCGACCAATCGCTGATCGAATAGCATACCACGTGACCA
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GATTTTTCACAAGTTGACTCCACTTGTATACAGTATCCAAAATTGAATTG
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TTATAAATTCAAGATTGTAGGAGTGTTATTAACGACCGGTGTTTTCTTGT
TCGAATATTTGTTGGCGAACGGGTTACTAATCCACTTGAAGAAAGGCACG
CCTGTCATCGGAGGCTTCTTTGATCCGAATGTTATGGAGTGAGTTGGTAT
TTGGCAAATGACATGCAATTCTATATCATTTCACCTTTGATCATGTGGGC
TATGTACAGGCTTACACCGTCATACCTGTATTTGATATTTTTCGTGGTCT
ATTTATATCCTTTGTTGGGGAACGGTGTTCGTTGGATCGGAACTCCAGAA
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CTACCCGGATCAAGGAGAAGGGTGGATTATTGGTTGGATATTTGAGTTTC
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ATTGAGCGAACAAGTTGTTGAGTTTCTTGTTATGTTTTTCATTGGTGAAA
AATTCGAAATCGATTTTCAACACAAATGTTCCACCAGGAGCAATCGCTTC
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TGATTGGTAATGGAATGTCAGGAGCGTGATTTCAATCATCATTCTGACAT
TGTGTATTTTGGGAACGATTGCCGAGCTTGGTTTACAATTAGTAACAAGT
GTTGGAGCAGGGGGTGTTCAATATTCCGATGAAATTTCTTCCTTCAATAA
AACTGAGCAATCATTATCTTACAACGCTAGTGACGTCTCATCTAAAGAAA
TTGACATCACGATGTTTCGACAAATTACTGATACTAAAACCTCGTTTGAT
TTCCTTCAAATTAAACCAGCAGATAAACCAGCCATTGCCAACCCTTCATA
TCCTGTACCAGTGTATTCTAAATGTTTTGATAACTCAACTGGTCATCAGT
ATACCTCTGGTGCTTACGTTATGATCCTCTATCAACATATGGAGTTTGTA
TCCAAAAGAAATGTGACATTTATGACGTGACGAAACTTTTGAATTCAACG
GTCAATTGCTTGAACCAGTACTTGAACAACTTGGACGCATTGGGAAAGCC
ACCAACTGGTCTGTTTGAAGGGAACGTCAATTGGATTGGAAATTATGAAG
AGTGCATGTCTATTCCCAATACGCATTATTGTGACATGAAAAATGTGGCA
GTCAAAGTACTCGGTAGAACCATTATGATAAGATTTTTATCCATTTTGTG
TACATTACTCACTTTATCATCATGTCAACACCAATATATCAATCATCGAC
CAATCGCTGATCGAATAGCATACCACGTGACCAAAAATCAAAATTTCATG
CAACAATTGAAATATTTTAAAGAATTTCAATTCGATTTTTCACAAGTTGA
CTCCACTTGTATACAGTATCCAAAATTGAATTGTTTAAAAGAACTTTTGA
AGATTTCCCAAGGACCAGATGTTGGAAAATTCCGCAATTTAGTTTTCCAA
GAATATTTCAAGTGGGTATACTTCAAACCATGGACAAGAATCGGACCTTA
CATTCTTGGTATTGTTCTTGGATACATTATGTTTTATAAATTCAAGATTG
TAGGAGTGTTATTAACGACCGGTGTTTTCTTGTTCGAATATTTGTTGGCG
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CTTTGATCCGAATGTTATGGAGTGAGTTGGTATTTGGCAAATGACATGCA
ATTCTATATCATTTCACCTTTGATCATGTGGGCTATGTACAGGCTTACAC
CGTCATACCTGTATTTGATATTTTTCGTGGTCTATTTATATCCTTTGTTG
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GTGGTGGACAAACATCCTTTACATCAATAATATCTACCCGGATCAAGGAG
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CTTACAACGCTAGTGACGTCTCATCTAAAGAAATTGACATCACGATGTTT
CGACAAATTACTGATACTAAAACCTCGTTTGATTTCCTTCAAATTAAACC
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CTAAATGTTTTGATAACTCAACTGGTCATCAGTATACCTCTGGTGCTTAC
GTTATGATCCTCTATCAACATATGGAGTTTGTATCCAAAAGAAATGTGAC
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TGGATATTTGAGTTTCAAACGATTTGAAACACATGGCAAATTACCTTTAC
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TCGATTCTTTCTTCGTATTGAGCGAACAAGTTGTTGAGTTTCTTGTTATG
TTTTTCATTGGTGAAAAATTCGAAATCGATTTTCAACACAAATGTTCCAC
CAGGAGCAATCGCTTCCATCAATGGCATTCGAACTTTCTCCATCACGTGG
GTCATTCTGGGTCATTTGATTGGTAATGGAATGTCAGGAGCGTGATTTCA
ATCATCATTCTGACATTGTGTATTTTGGGAACGATTGCCGAGCTTGGTTT
ACAATTAGTAACAAGTGTTGGAGCAGGGGGTGTTCAATATTCCGATGAAA
TTTCTTCCTTCAATAAAACTGAGCAATCATTATCTTACAACGCTAGTGAC
GTCTCATCTAAAGAAATTGACATCACGATGTTTCGACAAATTACTGATAC
TAAAACCTCGTTTGATTTCCTTCAAATTAAACCAGCAGATAAACCAGCCA
TTGCCAACCCTTCATATCCTGTACCAGTGTATTCTAAATGTTTTGATAAC
TCAACTGGTCATCAGTATACCTCTGGTGCTTACGTTATGATCCTCTATCA
ACATATGGAGTTTGTATCCAAAAGAAATGTGACATTTATGACGTGACGAA
ACTTTTGAATTCAACGGTCAATTGCTTGAACCAGTACTTGAACAACTTGG
ACGCATTGGGAAAGCCACCAACTGGTCTGTTTGAAGGGAACGTCAATTGG
ATTGGAAATTATGAAGAGTGCATGTCTATTCCCAATACGCATTATTGTGA
CATGAAAAATGTGGCAGTCAAAGTACTCGGTAGAACCATTATGATAAGAT
TTTTATCCATTTTGTGTACATTACTCACTTTATCATCATGTCAACACCAA
TATATCAATCATCGACCAATCGCTGATCGAATAGCATACCACGTGACCAA
AAATCAAAATTTCATGCAACAATTGAAATATTTTAAAGAATTTCAATTCG
ATTTTTCACAAGTTGACTCCACTTGTATACAGTATCCAAAATTGAATTGT
TTAAAAGAACTTTTGAAGATTTCCCAAGGACCAGATGTTGGAAAAT
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13496MSTRG.13496Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13496.11.p1.exon16MSTRG.13496.11.p1.exon16Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.13496.11.p1.exon11MSTRG.13496.11.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon10MSTRG.13496.11.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon9MSTRG.13496.11.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon8MSTRG.13496.11.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon7MSTRG.13496.11.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon6MSTRG.13496.11.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon5MSTRG.13496.11.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon4MSTRG.13496.11.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon3MSTRG.13496.11.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon2MSTRG.13496.11.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13496.11.p1.exon1MSTRG.13496.11.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13496.11.p1MSTRG.13496.11.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000107_pilongenomesc0000107_pilon:667270..708535 -