MSTRG.11957.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11957.1.p1
Unique NameMSTRG.11957.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000088_pilon:750033..755467-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11957.1.p1 ID=MSTRG.11957.1.p1|Name=MSTRG.11957.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5435bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:750033..755467- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AATAGGTCGAAATGAAAGAAAAGAAATTCCAACATTTTATTAATACATAT
ATGTGTATCAATCAAAAAAATAAATTTCAATTTGTCTTTTAATTTTTTCT
TTACTTGTACAATTTTTTTCACGGCGAACTAAATTATCATTTTGTTTTGA
TTACGCTATTTATTCGGCAAGACGATATTGATTAGATTTTAATTGAGAGA
CTCAACGTATGCCAGGCACACAGCTAATTGGTCGTTATTACTCTGACGAT
CTTCATGTTACTTGATTAGGAGCAAACTTGACTGGCGGAACATATAAAAT
ACAACCGTTTTGGGTACCACTTTTAACGGATTTTTTTTGGAAATGAGACT
CAAGAAATAATACATACTAAATATTGAATTTTTACACTGATCAAGCGACA
ATACAATGGATTTACAACATTTAATTTTGTTGGTTTTTTTACCGACTTTT
GTGACCTCTTATAGCTACTGGTGGTAGGTGTAACATTTTGGGCATTTTCA
GTAGGGTATTGTTTCTGTACAGTTTGCATTCGCTAATTTTAAGTTGTTGA
TTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGATAAGCTCCCGTTTTCAATGTAGA
TTTTGTAGTTTTTAATAATATTATAAATTTTAAATGACATACTTCAAAAA
GATTCATTCGCTGGATTAGGTGAGACGCGAGACCAATTCTACAGGCCCGA
CCGACCCTGAAATTCCAAAAGTCGAAATTGAAATAAAATAAAATTGATTT
TGGTAGTACATTTTTATTTTCGTTGCTTTACAGACTGCCAAATTTTCAAA
ATTTTTGTAGTTTTTCCAAGTTTTGAAAGTTTTATGTTCAATTTTTCATT
TTATCCATGAATTCGAGCTTTTTGTGTCTTTCTATTTTCTATTTTGCATT
TTTGTCAAGACGTAGTAGTCTATGCTGCCTTTTTAGGAAATTTTATTGGT
GAAATTCTATTTTTGTTTATTTTTATTTCTCGCCGAAAGACCCTCTTTTT
GGGGTAGCTTGACCCGTAAAACAACAAATTTAATTGGCCTCGCCTTACTA
TTTCTAAATTTGACTTCTTAAAACAGGTAGCATAAGATTCCTTACAAAGA
AATTAAATAAGCGATCATTGATATTATCAACCATAATCCGAGTCTCACTT
ATATATTTCCCCAACTCCCCACAGTTCGGCATTTCCACTATTTGCTACTT
AGCAGGTTTGCTACTTATAGGTTCAAATAAGATTCTATTTTTCATCAATT
TTTACCTTACTTGGCAAGGAACTTGTGTACCAAATTTCATTAAAAAACAC
CCCTCACAGCCCCGGTGAAACTTTTTGCCATAGCGGGGATAAGAATTTCT
ATTGAAATCTCAAGGGGGGATAAAAATTATATTGTTCCAAGATTAAAAAA
TCCAGTGATGGTTTTGGAGTGGAAATTTTAAACATTGAATTTCGAATGGG
AATATAATGAAAGCTAATTTCCCAGTGGGGCTGAAATCCTCGGGTATTTT
TTCCACTGCGGATAAGGACAACATTTTTGCCGAATTTTCTATAGGGGCTG
GGGTTCCAGCCCGTCTGTAACACAGGGTTATTTAAAAAGACCAAAGAACA
AAAATTAAGGGGTGGTACAGGAAAAGCCCTAGTTCTGAACGGCTCTTAAA
AGCCTAGTATGAATAGAACTAAACTAATGGGTAACTTTGCATCTTTGTGG
CTCTAAAAATAAACCCGGTGGTGAATTTTTCAATTTTCCAAATTTGTTTA
AAAGACCATTTCACCCTTTTTTCCCATATTTTCCGTAAAAAAGATAAACG
AGTCTGAACGAATTTTCTGTCGCGGCGTCTACCAGACCATTTTCATAAAA
AAGTTGCCTGCTTTTCTACAATACATTGCAGACCTCACGCTATAAATAAG
ATTCCGACAAACTTCGATTTCACTTTTAAGGCCCCACTGATTCCAACATA
CCTAATGGGAAAAATCTTCCTTAATTTTTAGGAGGTATGCATTGATGGAT
GTGTTTTACTTTGAACGTCGAGGAGCTTACGGCCGTTATTTACGACAAAA
CCCAAGTCATAGCGCCTACGTCAATAAAGGAATAAAGAGAGCTGTCAGTG
AATGTCAAAATTTGTTCAAATATAACAGATGGAATTGTCGGTCAAATAAC
CCTCATGAGCCGTTTGGTGACGTTGTAAGAAAAGGTACGAAGTCCTTCAA
ACAAGTTAAATTAATGATAAATATTAGGAATTTCCTGTTTTAGTCCTTGT
GGTTCCTTAAAAAGAATTTTTTCTGTTTTATTTATATCAAAGGGATCCTA
ATCGATCGTTCTATTTACTCTAAGACTCAATTTGAGATGAATTTTTCTTT
ATATTGAAAATAATACGGAACTGCATTTATAGTAGGAGAATTTGTTCATT
TTTTTTAGTTCGCTCGATTTTGAAAGATGTTTTATATTTTTGGAAAGCTC
TCAAAAAAATTAAGATTATAGAGATATATTGCGAGAGTGCGAGAGTGGGT
GATTTCTGTACCTAACTCGAGATATTAACCCTTAAATACAGTGTCTTCAG
CTAGAAGCAGCTGTTTTGTCCAGTTTTTGAGCTTTTTGGAGCTCAATATC
TCGAGTTAGGTACTGAAATCACTTTCACTGCTATAATTGCAATATATCTC
TAATATTAATTTTTTGAGAGCTTTCCAAAAATATACAACAGGTCTCTATT
TTCTACAGCTAAGATTTTCATTAATTTCTGACCCTATAATTTATTCCTGA
GACCGTCATATTTATCCGAAAATCACACCAAAGTGTCCGAAAAAAATTGG
CACCCAAGTTATTTTGATTCCCCTACCCCTTAGCTTTCCAAAAATGCATA
ACGAATGCTTTGACAAAAAAATCGAGCGATTTAACAAATTTACCCCTACT
ATTAATTATAAATTTATAAAGTATTAAGTAATATGTATCAAATCATCTCT
GTTTTTAAGAATGCTGTTATTTTTTGCAAATTCCCCTGCACGATACTTCA
ATTCTTTATACTTTGCAGGGTGTCGCGAGACAGCGTTTGTCTATGCACTC
GCTTCAGCTGGTCTAACATACGAGATGGTTCGTGCATGCTCCGAAGGTCG
TATTGGATGTCAACGCACGTGCGCAGAAAAAGTTAACATCAAAGAAACAC
GACTTTTGAATGGGACACATGCAATCAACGATGCTTGTAATGATAATTTG
AGATACGGTTTTAGGACTTGGTACGATGTGGTGTTTAAAGGCGAGCCATA
CAGTGATATCAGAGCTGTCTTTAATATCAAAAACAGCATTGTGGGCTACA
AGGTAGGTGAAGGTTTCTTGAGTCAGAATTTGAGAGTATCTTCTTGACGA
AATAGTGCCGAGAAGGTTTAAAGAAAATCTTGACCAAAAACTGACTCTAA
TAGACGATATCGGCTTAACGAAATTCTCCCCGAATGATTACCCATGATGC
ATTGCGCAAAAATATTCAGTAAGTCAATATTGTCTGTGAATTTTTTTGCG
CAATGCATCATGGGTAATCATTCGGAGAGAATTCGGAAAGCCGATATCGT
CTATTGGAAATATATTCCAAAATTTATCTAAAAACTTTTCAAAAGACTGT
TTTTAAGACTCTGATTTACGACCCCGACTTTTTTATAAGGCAATAAGGTT
TATATTTTTCCGTTCTTTTAATAGCAAATTGAAAAATCAACTCGTCTTTC
ATGTCAATGCCATGGTGAATCAGGAAGTTGTCTTGTCCGAATTTGTTCAA
AAAGAATGCCACCGACTTTCAAACCTATCGGACAACACTTATATGATTTA
TATGAAAAAGCAGTTTACGAGAGACCTAATCAACGAACAATAGAGACTGA
CGCTAACAGTTTAATCCGACATCGGCAACAACCAAAAATACACGTCAATC
ATCTACCCGTCGATGACGCCGACACACCGCAACAACGTAGCGTCAACTCC
GTAAGAAGCCGGCGTTCAGATATGTTATTTAACGTTGAAAATTTGAAATT
TTATGAACATTCGCCCGATTTTTGTCGGAAATCGAGTTTCTCATCTGGTA
TTGAGAATCGGATTTGTCTGGCGGAGGTTCCCCCGAATGAGATGTTGCGG
GGAAAGAAAAGCTGCAATGAGATTTGCTGTCGTGGCCGAGGTTGGAGATG
GGTGCAACGCAAAATTAAAAAGAATTGTCAGTTCAAGTACTGTTGTGAAG
TCATTTGTGATGAGGAGCTGAAATGGGTCAAAGAACATTATTGTTTGTGA
ATACTAGAACAATAGAGTATTTGCTTGTAACACAATAGATAATTGTTTAC
AGGGAATGTGTACGTTGACTGGCGAACAACATTCGGAATCATTGGAAACG
AACGATGGAACAATCTTAATTTACCAAGAACATCTTTGATTAATGGGGAA
AATCTGCGATGAATTGTTAAATGAGTAGCAAAGCAATAAACATTACAGAC
CATCAATTTCCCAAACATCGACAGGTTTGCATCAGTACCAAATATGGATG
TTGAAGTACAATAATCCGGGGGGGGGTACTAGGTTTGCGAGGTGACGGGT
ATGTCCGAGCCGAAAATCGAAAATCGACCCTTTGAGAGACAAAATTTTGG
TGATTTTGGGACCCTTTGAGAGACTTTTTCCTAAATTTTGGTCCATTTTT
TCCAAATTTTGGTTTGATTTTCACAAAATTTTGGTCAAAATTCTTGGAAA
TCGTGACCCTTTGAGAGAGAAATCTTTGATTTTTGTGATTTTGGGACCCT
TTCAGAGACTAACTTTTGAATTTGTACCCCTTTGAGGAATGAGAAAAGGT
ACCCTTATGGCTCGCACATACCCGGTACCCATTTTGTAGTACCCCCCCCC
CCCCCCGGGACAATAATCTTTAATAAATACGAGGCGTGGTGAAATTTTAA
ACACGTCCCTTTCAGACTGACCCGGCGAGAACATTTTTAAGCCGACGCGC
AGTGGGGATAAATTCCAACATTTTTCTAACTGCGACATTTCTTTTGGCCA
ATTCTTCCTGGTGGTAGCGGTTTCCATCGGCTCTGTATCTAAGGTGTTAT
AAATGATGCACAAAAATCAAAGATTTTGGACTACAATTCTTTTTATGTTA
AATGTATAAAGTTTATAAACTGTTTATGCGCTAACTATATTTTGTCCTAA
GTCCTAGGAAGGACTCATTCCAAGTCCTTGGAAACGAATTTTTCTATTCT
TTGAAAAATTGAAATAATATTCCCAATACTTAAATTAAGTAATATTTTTG
TTGAGTTTTGATTTTAATTTTTATTATTTCAATTTTTTACGTATTAGTTT
TTTTTGTAAGAGAGTCGAGTGGAATTGAGAAAGACATGCTATTTAAAATT
TCAAAGTTGATATAAGTTATTTTATTTGTAAGCTAAAGGTAGAATTAAAT
CTTTTATATTTTTTCTAACTAAAAATCTATATTTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000088_pilon:750033..755467-

>MSTRG.11957.1.p1 ID=MSTRG.11957.1.p1|Name=MSTRG.11957.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4524bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:750033..755467- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAAATTGAAAAATCAACTCGTCTTTCATGTCAATGCCATGGTGAATCAGG
AAGTTGTCTTGTCCGAATTTGTTCAAAAAGAATGCCACCGACTTTCAAAC
CTATCGGACAACACTTATATGATTTATATGAAAAAGCAGTTTACGAGAGA
CCTAATCAACGAACAATAGAGACTGACGCTAACAGTTTAATCCGACATCG
GCAACAACCAAAAATACACGTCAATCATCTACCCGTCGATGACGCCGACA
CACCGCAACAACGTAGCGTCAACTCCGTAAGAAGCCGGCGTTCAGATATG
TTATTTAACGTTGAAAATTTGAAATTTTATGAACATTCGCCCGATTTTTG
TCGGAAATCGAGTTTCTCATCTGGTATTGAGAATCGGATTTGTCTGGCGG
AGGTTCCCCCGAATGAGATGTTGCGGGGAAAGAAAAGCTGCAATGAGATT
TGCTGTCGTGGCCGAGGTTGGAGATGGGTGCAACGCAAAATTAAAAAGAA
TTGTCAGTTCAAGTACTGTTGTGAAGTCATTTGTGATGAGGAGCTGAAAT
GGGTCAAAGAACATTATTGTTTGTGAGGTGTCGCGAGACAGCGTTTGTCT
ATGCACTCGCTTCAGCTGGTCTAACATACGAGATGGTTCGTGCATGCTCC
GAAGGTCGTATTGGATGTCAACGCACGTGCGCAGAAAAAGTTAACATCAA
AGAAACACGACTTTTGAATGGGACACATGCAATCAACGATGCTTGTAATG
ATAATTTGAGATACGGTTTTAGGACTTGGTACGATGTGGTGTTTAAAGGC
GAGCCATACAGTGATATCAGAGCTGTCTTTAATATCAAAAACAGCATTGT
GGGCTACAAGGAGGTATGCATTGATGGATGTGTTTTACTTTGAACGTCGA
GGAGCTTACGGCCGTTATTTACGACAAAACCCAAGTCATAGCGCCTACGT
CAATAAAGGAATAAAGAGAGCTGTCAGTGAATGTCAAAATTTGTTCAAAT
ATAACAGATGGAATTGTCGGTCAAATAACCCTCATGAGCCGTTTGGTGAC
GTTGTAAGAAAAGATGGATTTACAACATTTAATTTTGTTGGTTTTTTTAC
CGACTTTTGTGACCTCTTATAGCTACTGGTGCAAATTGAAAAATCAACTC
GTCTTTCATGTCAATGCCATGGTGAATCAGGAAGTTGTCTTGTCCGAATT
TGTTCAAAAAGAATGCCACCGACTTTCAAACCTATCGGACAACACTTATA
TGATTTATATGAAAAAGCAGTTTACGAGAGACCTAATCAACGAACAATAG
AGACTGACGCTAACAGTTTAATCCGACATCGGCAACAACCAAAAATACAC
GTCAATCATCTACCCGTCGATGACGCCGACACACCGCAACAACGTAGCGT
CAACTCCGTAAGAAGCCGGCGTTCAGATATGTTATTTAACGTTGAAAATT
TGAAATTTTATGAACATTCGCCCGATTTTTGTCGGAAATCGAGTTTCTCA
TCTGGTATTGAGAATCGGATTTGTCTGGCGGAGGTTCCCCCGAATGAGAT
GTTGCGGGGAAAGAAAAGCTGCAATGAGATTTGCTGTCGTGGCCGAGGTT
GGAGATGGGTGCAACGCAAAATTAAAAAGAATTGTCAGTTCAAGTACTGT
TGTGAAGTCATTTGTGATGAGGAGCTGAAATGGGTCAAAGAACATTATTG
TTTGTGAGGTGTCGCGAGACAGCGTTTGTCTATGCACTCGCTTCAGCTGG
TCTAACATACGAGATGGTTCGTGCATGCTCCGAAGGTCGTATTGGATGTC
AACGCACGTGCGCAGAAAAAGTTAACATCAAAGAAACACGACTTTTGAAT
GGGACACATGCAATCAACGATGCTTGTAATGATAATTTGAGATACGGTTT
TAGGACTTGGTACGATGTGGTGTTTAAAGGCGAGCCATACAGTGATATCA
GAGCTGTCTTTAATATCAAAAACAGCATTGTGGGCTACAAGGAGGTATGC
ATTGATGGATGTGTTTTACTTTGAACGTCGAGGAGCTTACGGCCGTTATT
TACGACAAAACCCAAGTCATAGCGCCTACGTCAATAAAGGAATAAAGAGA
GCTGTCAGTGAATGTCAAAATTTGTTCAAATATAACAGATGGAATTGTCG
GTCAAATAACCCTCATGAGCCGTTTGGTGACGTTGTAAGAAAAGATGGAT
TTACAACATTTAATTTTGTTGGTTTTTTTACCGACTTTTGTGACCTCTTA
TAGCTACTGGTGCAAATTGAAAAATCAACTCGTCTTTCATGTCAATGCCA
TGGTGAATCAGGAAGTTGTCTTGTCCGAATTTGTTCAAAAAGAATGCCAC
CGACTTTCAAACCTATCGGACAACACTTATATGATTTATATGAAAAAGCA
GTTTACGAGAGACCTAATCAACGAACAATAGAGACTGACGCTAACAGTTT
AATCCGACATCGGCAACAACCAAAAATACACGTCAATCATCTACCCGTCG
ATGACGCCGACACACCGCAACAACGTAGCGTCAACTCCGTAAGAAGCCGG
CGTTCAGATATGTTATTTAACGTTGAAAATTTGAAATTTTATGAACATTC
GCCCGATTTTTGTCGGAAATCGAGTTTCTCATCTGGTATTGAGAATCGGA
TTTGTCTGGCGGAGGTTCCCCCGAATGAGATGTTGCGGGGAAAGAAAAGC
TGCAATGAGATTTGCTGTCGTGGCCGAGGTTGGAGATGGGTGCAACGCAA
AATTAAAAAGAATTGTCAGTTCAAGTACTGTTGTGAAGTCATTTGTGATG
AGGAGCTGAAATGGGTCAAAGAACATTATTGTTTGTGAGGTGTCGCGAGA
CAGCGTTTGTCTATGCACTCGCTTCAGCTGGTCTAACATACGAGATGGTT
CGTGCATGCTCCGAAGGTCGTATTGGATGTCAACGCACGTGCGCAGAAAA
AGTTAACATCAAAGAAACACGACTTTTGAATGGGACACATGCAATCAACG
ATGCTTGTAATGATAATTTGAGATACGGTTTTAGGACTTGGTACGATGTG
GTGTTTAAAGGCGAGCCATACAGTGATATCAGAGCTGTCTTTAATATCAA
AAACAGCATTGTGGGCTACAAGGAGGTATGCATTGATGGATGTGTTTTAC
TTTGAACGTCGAGGAGCTTACGGCCGTTATTTACGACAAAACCCAAGTCA
TAGCGCCTACGTCAATAAAGGAATAAAGAGAGCTGTCAGTGAATGTCAAA
ATTTGTTCAAATATAACAGATGGAATTGTCGGTCAAATAACCCTCATGAG
CCGTTTGGTGACGTTGTAAGAAAAGATGGATTTACAACATTTAATTTTGT
TGGTTTTTTTACCGACTTTTGTGACCTCTTATAGCTACTGGTGCAAATTG
AAAAATCAACTCGTCTTTCATGTCAATGCCATGGTGAATCAGGAAGTTGT
CTTGTCCGAATTTGTTCAAAAAGAATGCCACCGACTTTCAAACCTATCGG
ACAACACTTATATGATTTATATGAAAAAGCAGTTTACGAGAGACCTAATC
AACGAACAATAGAGACTGACGCTAACAGTTTAATCCGACATCGGCAACAA
CCAAAAATACACGTCAATCATCTACCCGTCGATGACGCCGACACACCGCA
ACAACGTAGCGTCAACTCCGTAAGAAGCCGGCGTTCAGATATGTTATTTA
ACGTTGAAAATTTGAAATTTTATGAACATTCGCCCGATTTTTGTCGGAAA
TCGAGTTTCTCATCTGGTATTGAGAATCGGATTTGTCTGGCGGAGGTTCC
CCCGAATGAGATGTTGCGGGGAAAGAAAAGCTGCAATGAGATTTGCTGTC
GTGGCCGAGGTTGGAGATGGGTGCAACGCAAAATTAAAAAGAATTGTCAG
TTCAAGTACTGTTGTGAAGTCATTTGTGATGAGGAGCTGAAATGGGTCAA
AGAACATTATTGTTTGTGAGGTGTCGCGAGACAGCGTTTGTCTATGCACT
CGCTTCAGCTGGTCTAACATACGAGATGGTTCGTGCATGCTCCGAAGGTC
GTATTGGATGTCAACGCACGTGCGCAGAAAAAGTTAACATCAAAGAAACA
CGACTTTTGAATGGGACACATGCAATCAACGATGCTTGTAATGATAATTT
GAGATACGGTTTTAGGACTTGGTACGATGTGGTGTTTAAAGGCGAGCCAT
ACAGTGATATCAGAGCTGTCTTTAATATCAAAAACAGCATTGTGGGCTAC
AAGGAGGTATGCATTGATGGATGTGTTTTACTTTGAACGTCGAGGAGCTT
ACGGCCGTTATTTACGACAAAACCCAAGTCATAGCGCCTACGTCAATAAA
GGAATAAAGAGAGCTGTCAGTGAATGTCAAAATTTGTTCAAATATAACAG
ATGGAATTGTCGGTCAAATAACCCTCATGAGCCGTTTGGTGACGTTGTAA
GAAAAGATGGATTTACAACATTTAATTTTGTTGGTTTTTTTACCGACTTT
TGTGACCTCTTATAGCTACTGGTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11957MSTRG.11957Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11957.1.p1MSTRG.11957.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11957.1.p1.exon4MSTRG.11957.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11957.1.p1.exon3MSTRG.11957.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11957.1.p1.exon2MSTRG.11957.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11957.1.p1.exon1MSTRG.11957.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000088_pilongenomesc0000088_pilon:750033..755467 -