XLOC_045486 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_045486
Unique NameXLOC_045486
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000336_pilon:182273..189060-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_045486 ID=XLOC_045486|Name=XLOC_045486|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6788bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000336_pilon:182273..189060- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTCAGGCCTTTTGGATGGAACTGGTGGAAGTATTTATTTCTTCTTGGCTT
CTCGATCACTGGAGCAGTAAGGTAAATATCCCTTAAATTTCTCTTTCATT
TTTCCCCACCATTCTAATCATCGAAAAGAAATCAAAGAATCTTTTTAACA
CTATCTTAAAAACTTTTACTAAAATTTCAGTGTGAAATATGCTGGTGTGT
TATCCATAATTGTTATTGGAGCTTTGATTGGATACGAGTTATGGTTGTTA
GTTGGAGATATAACAGTTCCTGTAGTAAGTGATTCCTTGTGCCTAAAGTG
GACAAAAAAAATTTCATCTCATTTATATGGACTTACCAAAAGTCCCAGTT
TCAAAAAAAGAGTAGCACAAAAACAGCCTTTGAGGGATTTTACCCCGGTA
TTTTCAGCCAATAATGAATACCTTCGATTCCTGCCAACTTCTATGTATTA
TACTACATTTACCAGGCTGATTACCATGGAACTGAGTTTGCTGGTAACAC
ATTTCATTGTAAACGTTTTGAATAACTTATACTTTCTTATTTGCCCGTCT
TCTGATGCATCATTCAAGGAAAAGGATGGTAGATCTCTTGAAACTCAACA
AGTTTTTTCTTTCAATTTAGAAATCCGTATACAAACATATTACAGCAAGG
TTTATATTCCTGATTGTGATGCCTATTGTGTTGTATATTGGCCAGTTTTA
CATAATGTTGTCAGTTCTACAGAAGACTGGACTTCATGATGGTTTGATGT
CAAGTTCCTTTCAAAAGACGTTAGAGGTTTGTTTATAATTTTTATTGTAC
AAAAAATCTCGATTATCTGTAGAAATATTATTCAAAATTGCTATATTCGA
AACTTTGTTCCTCTAGAGATCTTTGCATATCATGTCTTTTTTCACTAGCG
ACTCTTGTCCAAACAGTGTGAAATATTTTGTTAATATCTGTTTTTATAGG
GTGGATTAGAATCGATCACTAAAAACCAAGCACAAAGTTAGTGTACATGT
TTCTGCTTGTTTTTATTAAATCGTATATGTTTCTCATGTTGTTCATCATT
ATTTTAGCTTGCAAGAGTTGGTGCATTTTTTTTTTAATACCTGAACATTC
TTTAAATCAGAAACAAAAGTTTTTATTGAATATTTCTAGATGGACTTTCC
AATTTTCTCAGACATATCTTGATAAAAACTGACTTTGTATTTAGTTTTTG
TATGATTTTGTTTTACATTTTGTTTTCAGTTATTTCTTATGGGTCACATA
TCACATTAAGGAACACGCATTCAAAACAGTGTTGGTTGCATTCACACAAA
CATTTGTATCCAGTGAAATACGAAGATGGTAGAGGGAGTAGTGCACAGCA
ACAAGTCACATGTTATGCATTTAAAGATATCAATAACTGGTTTATTGTCA
AACATCCGGACAGGTGTGGTTATCAGGTTCTTTAAGGACTTCATGTACTC
CATTTCCACTGGAAATACCAGTATAATATCCCAGTTGTTTTGAGAGCACC
ACTCCTCTCCCTTCATCAATATGAGCTTTAAAATGAGCTTCATGATCAAA
AGAAACTTTGTAGCTAGAATCAGAGTTGAAAGAGAACACTATTACACTAT
TAACTATTAACTATGATAGAAGCAAAGGAACTTTAACAAGACGACTTGAA
GTCGAAAATTCCGCCTAGGATTTGAACTGCATGGGAAAAACAAGAAGTAG
AGATTGAAGCTAATCTGAAATCTACTTTACATCGAGCCTTGATGAAACAA
TTTTACAAGAACAACGAGGCTTAAATCGCTAAAAAAATAAGACCAATTTA
AGAACAATTGTTGTTTGATTTTTAAGAACTCTTATAAAGTATATGCTTAT
AAAAAATGAATATGCTCATATTGTACGCCATCCCTTGTTTACTTCGTAAG
AACTAATTACCGAAAGGATTTTCACCGTCTATCAAGAGTTATTGATTTGA
TTCTTATAAAGTATATGCTTATAAAAAATAAATATACTCATATTGCACGC
CATCCCTTATTTACTTTGTAAGAACTAATTACCGAAAGATATATCACCGT
CTATCAAGAGTTATTGATTTGATTCTTATAAAGTAAATGCTTATAAGAAA
AATGAATATGCTCATATTGTGCGCCATCCCTTGTTTACTTTGTAAGAACT
AATAACCGAAAGGTATGTCACCGTCTATCAAGAGTTATTGATTTGATTCT
TATAAAGTATATGCTTATAAGAAAATAAAGAAAAAATCAAAACTGTGAAT
CTAAAAACATAAAGATATATGACGTAATCCAAAGAAAATCTGCGAAAGTC
GTCCGTAGTTATACGAGCGTGTAATTTGTAAATTGATTTTAGTGAGTTCG
TCCACCGTATCAAGTACTTTAGTTTTCTAATTATTTTTCCTCACCGCCGC
AGAATGCTGATTGTAATACTTTCGCTAAGGCGAAATTAATAAATCAAGTC
CATGAATTCACAAAAATTCACTTTTGACAAATACGTCTGAGTATTTATTC
ATGTATCTTCTCGTTCTAAAAACTACAAATTTCAACGTAAGGTTCTGAAC
CAACTCTTTTATTTGTATTTTTCATAGCGATTCGTTGAAAGTAGATTTTC
CACCAAGACCAGTAAAGAATGGTGATGTCATCCATTTGGTCCATGGTTTG
ACTGGGCGTGGTATCAGTAGGTAAATCCTTCTTTATTGGATTCGATTGAT
ATATTTCTTCATAGCATCTTTGGGAAACAGATACAGATTTAAGCTAAGTA
TTGGAGGAGTGCACTATTCTTTTGATTGGGTTGTGATTGACGGCGAATGT
TGATGACCTTGTTGGTTGGTTGGTTCATCGTTGACGGGAGGGATATTTAA
GGTTCCTGTTGTTTGTGATTCAGGTGATGCGCTTAAATTTATTAGATTCT
CGTTTCGAGATTTGACATGACTAGATTCTAGATACAAAGTAATAAGTGGC
CAAATATAATAGGTTGCAGATCAGGGTTAAACACCAAGAAGCTGGTGATT
TTGAAGAAATCTTGGTTCGACGAAGATATATACTTTCTCTTGTTTTCAGC
CACGATGTAGGCGCTCCTGTGAATCCGACATTGATGGAAATATCAGGATA
TGTAGATCACAATGTGTCCATGGATGCTCAGTATGGTTGGAAACTTCAGA
TTGTGAATCCTGATGAGAGTGAACTGTGGAGAGCTATCGGATCACAAGTC
AGATTTGTGCACGTCAATACGTCAGCTGCTATTAAGGTTAGTGTTATGCA
GTAGATTGGTGGGTCGTTGGAATTTTGGTATCCTCTTTTAAAAGTCAAAT
ATATTTGTAAAAATGACGCGAGAGAGTGAGCATGAATATTTTTGGGTATT
CTCACTCTTTTTGGCTGAAAACTGTTGGTTTTAAGTGTGTAAAAGATCGA
AGGGACTCCAAAATTAGTAAACAGAGGCGCCTAGTTTTCCGAACCTTGTC
TTTCGAGGTCCCCAAAAATTCGGCCGCTGGGGAGGGCATCCCCCTGCCAC
CAAGCTACTCTGATGGTCTTATGTATGATTCTTCGAGCATTACCGTTTTT
AGTAGATATAATCTATATGAAAGACATCGTATGTCGTATGTGTTCAGTTT
TAAACACATGCGACTAGTGCTTTACGCGTTGAAAGACTACTGTTCTCGAC
AAGTGCTAAGAAACTAAAAATTGTTTCGATTTCAATACAAATTATTTCAA
TCTAAACATACACGTCTTATTATTATAATATTTAATGGTTATTCTTTGAA
AATTTGTAGGTTTCAGGATCTACTCTTCCAGAATGGGGATTTCGACAATA
CGAGGTACGTGCTCATGTCATTAAATTTACCAGATGCAAAATACAGCTGT
AAGGGCGATGTCATTCTCCTTCTCGGTCACTATAAAAATGTAACTTCATC
AATGCTTAGCTCTATTTTAGACAGCCCACTTTTCGCCCTACCTTTTCTAA
TTGTGAATTAAAGCTGGCAAATAGTTGGCTGTCTAAAGTTAATGTATAGC
CCTCTTTTGAAGTCAATGCAATGTCTTCTTTCAATCTTTTCCAAACAAAG
ATTTTAACTGCCAACTTTCTGCCTACTTGCCTATTTTAACAACTAGAATA
GGCAGGGCATAAAGTCGGCTGTCTAAACTAGAGCTAAAATTTACAGCGTC
ATTCGTTCGAACCTTCATTTTCTTTCTACTGTTTAGGTTGGAACAGACCG
AAGAATCAACACACAAGAATCAATATGGAACGTTGAAGAACATAATCAAA
ATGTCACAAAACGTAAGTCGCCTTTTAAAGTATGAGACTAAAATTTGTCT
TGGCAGAGTATTAGATAGAAAACGAGTTATCCAACCATAAGGCCGTTTAC
ATTGACTTATTCGGGATTTTTTTCTTCAATTAAATTCTTTGTCCTGTAAA
TGACAAATTGTTTATTTCATACCATGTTCTACTAGCGGAAGATATGTCAG
ACGAAGAAGCGAAAAGAGTTTTATCGGAACATGCAGAACGATATCAAGTG
TCCGGTAAAACACATGCCATGTCTTTCTTCCAGAAATTCTTGGAATATCA
GGTAACAGTGGTCAAAAAGCTTGTTTTTCATAAGGATACAAGTGCTGACG
AAATAGTTTATTATGTCATCTTAAAATCGGGTATATGTTTAATTATTTTG
GGGTATTGACTATTGAGTTTTTTTTCGCAACTAATATTTTTTCGCCGAAT
GGAAGGATATTTCTCAGAGAACCCTTATATAATTTCAATTACAGTGAAGT
CCTCATGACTCCAACCTTTATAACTCGAATTTCTCCTTAACTCGAACAAG
TTTTCTGGTCCTTTCAGCTAACAATTCCTAATATATTCTCCATAACTCGA
AATTCCCAAAATTGGAGTAAATTTATGTTCCCCGTGCGTATTCGATTTAT
GAAGACTCCACTGAATATTTACTTAATCTACTGTAGATTATACGATGATT
ATTTTCAGATTAAAATGTTCAAAGTCAACAATGATCTAACGAACGGGCAT
GCGTTTGCGTCCAAACCTATGCATTGGCCACTCATGTTGAAAGGAGTTGC
TTACTGGCTTGATACATACACCAATGTAAGTAAAATCTACTCTGTTGTGT
TCTAAATTTCTTAAAACATGACTAGCTTAAAGGACATCAATTATACCATT
TGCTTTCATAGCATTTTTAATCAAAAGGACGAAAGACTTTTTTCTACACC
CGCGCCGCGAGAACACAAAATTTTAGAAATTATTTTTCTTAGTTCTGCTC
TGTTGAGATGTCCTCGTCCTTTCTATATCACATAAAATGTATCAAAGAAG
AATTTCTTAAAACATGACTAGCTTAAAAGACATCAATTAGACCATTTGCT
CATACATAGAATTTTTAAACAAAAAAGCTTTCACTGGGAAATTCTTTTGT
TTATTTTGCTTTGTCAACATAAGAGGCACACCTTCTTTTTATATCATAAT
AATGAACTCAAACTCCTTACGAAACTTAATAGTTGTTAATTCTTTAGGGA
ATGAAATCTTATAAAATTTCTTAACAACCGAATGAATAAAACATTTTGAA
GAACTTGACTGAAGGATTTTGCGAAATTTTCAACGCAGTGAGCAGTCACC
TACTTTGCTAACATGTTGTGATATTGCTGCTTTTGAGAAATCTGATTATT
TGTCTCTTTAGAAACAAATCTTTATTATTGGCAATCCAATTGTATATTGG
TTAGGAGCAATCTCTCTGCTAATCTATATGGCTTTGTTGGCACTCTATCT
ACTCAGGAGAAAACGACAGTGTTATGATTTGGATAATGGTGAGTGAATTT
TTCGTACTGATTTTACTTGAAATAAAAATCAGATTTTTGATATTCAATGA
TGTCATCAGTAGCACATAAGTTGTGTGACTAACGCTGAAGAGGCAAATTT
CAATTTGGTCAAACTGTACAGTGTCTTCTGCATCGAAATTACTGTAGGAG
TCCTTGGTACACTTTTCTTCTTGACGCCTTGCTGAAGAAGGTACTCTGGG
AGAAAATCCATGAAATGGGGTGGGGGTCAATATTAAGTGATTTTCCCAAA
AACCCTTTTGAAACTGTTTGAAAATGAAAGTATTTGCATTATATAATGCT
ATTGGGTTGTTTCTTTCCGAAAAATTGCAAAGTGACACCCCCCCACAATT
AAAGGCTACAAAGTTGCTTCCAGAAAGGCACTGGTGAAGTGTTGGCCTGT
GTTTTCAGACACTAGATTACTAAACAGTAATCTTTATTCTGAAGTAATGG
TTTTCCTACTTTAAATAAATGTCTTCAAATTTTCTTTTCCAGCTGAATGG
AATAATTTTTCGATCGGTTGTTATCTGTTGATCGGTGGTTTCTTGTTGAA
CTGGTTACCATACTTCCCTGTAGAACGAACCCTTTTCTTACACAATTATC
TACCAGCGTTGATATTCAAAATCATACTCATACCGATGTTGATGGACCAT
GTTCATTCGGTCTGGTTCAAGTAAGTACGAAATGATCAACAAACAAAACT
TCTCTATATTATTTTACATTTTACATTATCGTACCGTAAGTTGGTCTAAT
ATCGACATCCCTCATCTAAAAGTTTCGTGGATGTAAACGCCCTCTTTACT
TTCTTCGTTACAGGAATTTTCCAATCCTTCAATACGGTGTGAAAGCAGCT
AGTGTGTTGATCGTCGGATTGGTTGTGTTTGTGTTTCAATATTTCTCCGC
CTTCACTTATGGCGTGACCGCCCTCTCACAAAGGGACATCGAAAAAAAAC
GATGGCTTTCTTCATGGAGATTCATGATTCATAGATAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000336_pilon:182273..189060-

>XLOC_045486 ID=XLOC_045486|Name=XLOC_045486|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3312bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000336_pilon:182273..189060- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTCAGGCCTTTTGGATGGAACTGGTGGAAGTATTTATTTCTTCTTGGCTT
CTCGATCACTGGAGCAGTAAGTTCAGGCCTTTTGGATGGAACTGGTGGAA
GTATTTATTTCTTCTTGGCTTCTCGATCACTGGAGCAGTAAGTGTGAAAT
ATGCTGGTGTGTTATCCATAATTGTTATTGGAGCTTTGATTGGATACGAG
TTATGGTTGTTAGTTGGAGATATAACAGTTCCTGTATGTGAAATATGCTG
GTGTGTTATCCATAATTGTTATTGGAGCTTTGATTGGATACGAGTTATGG
TTGTTAGTTGGAGATATAACAGTTCCTGTAAAATCCGTATACAAACATAT
TACAGCAAGGTTTATATTCCTGATTGTGATGCCTATTGTGTTGTATATTG
GCCAGTTTTACATAATGTTGTCAGTTCTACAGAAGACTGGACTTCATGAT
GGTTTGATGTCAAGTTCCTTTCAAAAGACGTTAGAGAAATCCGTATACAA
ACATATTACAGCAAGGTTTATATTCCTGATTGTGATGCCTATTGTGTTGT
ATATTGGCCAGTTTTACATAATGTTGTCAGTTCTACAGAAGACTGGACTT
CATGATGGTTTGATGTCAAGTTCCTTTCAAAAGACGTTAGAGGGTGGATT
AGAATCGATCACTAAAAACCAAGCACAAAGGTGGATTAGAATCGATCACT
AAAAACCAAGCACAAATTATTTCTTATGGGTCACATATCACATTAAGGAA
CACGCATTCAAAACAGTGTTGGTTGCATTCACACAAACATTTGTATCCAG
TGAAATACGAAGATGGTAGAGGGAGTAGTGCACAGCAACAAGTCACATGT
TATGCATTTAAAGATATCAATAACTGGTTTATTGTCAAACATCCGGACAG
TTATTTCTTATGGGTCACATATCACATTAAGGAACACGCATTCAAAACAG
TGTTGGTTGCATTCACACAAACATTTGTATCCAGTGAAATACGAAGATGG
TAGAGGGAGTAGTGCACAGCAACAAGTCACATGTTATGCATTTAAAGATA
TCAATAACTGGTTTATTGTCAAACATCCGGACAGCGATTCGTTGAAAGTA
GATTTTCCACCAAGACCAGTAAAGAATGGTGATGTCATCCATTTGGTCCA
TGGTTTGACTGGGCGTGGTATCAGTAGCGATTCGTTGAAAGTAGATTTTC
CACCAAGACCAGTAAAGAATGGTGATGTCATCCATTTGGTCCATGGTTTG
ACTGGGCGTGGTATCAGTAGCCACGATGTAGGCGCTCCTGTGAATCCGAC
ATTGATGGAAATATCAGGATATGTAGATCACAATGTGTCCATGGATGCTC
AGTATGGTTGGAAACTTCAGATTGTGAATCCTGATGAGAGTGAACTGTGG
AGAGCTATCGGATCACAAGTCAGATTTGTGCACGTCAATACGTCAGCTGC
TATTAAGCCACGATGTAGGCGCTCCTGTGAATCCGACATTGATGGAAATA
TCAGGATATGTAGATCACAATGTGTCCATGGATGCTCAGTATGGTTGGAA
ACTTCAGATTGTGAATCCTGATGAGAGTGAACTGTGGAGAGCTATCGGAT
CACAAGTCAGATTTGTGCACGTCAATACGTCAGCTGCTATTAAGGTTTCA
GGATCTACTCTTCCAGAATGGGGATTTCGACAATACGAGGTTTCAGGATC
TACTCTTCCAGAATGGGGATTTCGACAATACGAGGTTGGAACAGACCGAA
GAATCAACACACAAGAATCAATATGGAACGTTGAAGAACATAATCAAAAT
GTCACAAAACGTTGGAACAGACCGAAGAATCAACACACAAGAATCAATAT
GGAACGTTGAAGAACATAATCAAAATGTCACAAAACCGGAAGATATGTCA
GACGAAGAAGCGAAAAGAGTTTTATCGGAACATGCAGAACGATATCAAGT
GTCCGGTAAAACACATGCCATGTCTTTCTTCCAGAAATTCTTGGAATATC
AGCGGAAGATATGTCAGACGAAGAAGCGAAAAGAGTTTTATCGGAACATG
CAGAACGATATCAAGTGTCCGGTAAAACACATGCCATGTCTTTCTTCCAG
AAATTCTTGGAATATCAGATTAAAATGTTCAAAGTCAACAATGATCTAAC
GAACGGGCATGCGTTTGCGTCCAAACCTATGCATTGGCCACTCATGTTGA
AAGGAGTTGCTTACTGGCTTGATACATACACCAATATTAAAATGTTCAAA
GTCAACAATGATCTAACGAACGGGCATGCGTTTGCGTCCAAACCTATGCA
TTGGCCACTCATGTTGAAAGGAGTTGCTTACTGGCTTGATACATACACCA
ATAAACAAATCTTTATTATTGGCAATCCAATTGTATATTGGTTAGGAGCA
ATCTCTCTGCTAATCTATATGGCTTTGTTGGCACTCTATCTACTCAGGAG
AAAACGACAGTGTTATGATTTGGATAATGAAACAAATCTTTATTATTGGC
AATCCAATTGTATATTGGTTAGGAGCAATCTCTCTGCTAATCTATATGGC
TTTGTTGGCACTCTATCTACTCAGGAGAAAACGACAGTGTTATGATTTGG
ATAATGCTGAATGGAATAATTTTTCGATCGGTTGTTATCTGTTGATCGGT
GGTTTCTTGTTGAACTGGTTACCATACTTCCCTGTAGAACGAACCCTTTT
CTTACACAATTATCTACCAGCGTTGATATTCAAAATCATACTCATACCGA
TGTTGATGGACCATGTTCATTCGGTCTGGTTCAACTGAATGGAATAATTT
TTCGATCGGTTGTTATCTGTTGATCGGTGGTTTCTTGTTGAACTGGTTAC
CATACTTCCCTGTAGAACGAACCCTTTTCTTACACAATTATCTACCAGCG
TTGATATTCAAAATCATACTCATACCGATGTTGATGGACCATGTTCATTC
GGTCTGGTTCAAGAATTTTCCAATCCTTCAATACGGTGTGAAAGCAGCTA
GTGTGTTGATCGTCGGATTGGTTGTGTTTGTGTTTCAATATTTCTCCGCC
TTCACTTATGGCGTGACCGCCCTCTCACAAAGGGACATCGAAAAAAAACG
ATGGCTTTCTTCATGGAGATTCATGATTCATAGATAAGAATTTTCCAATC
CTTCAATACGGTGTGAAAGCAGCTAGTGTGTTGATCGTCGGATTGGTTGT
GTTTGTGTTTCAATATTTCTCCGCCTTCACTTATGGCGTGACCGCCCTCT
CACAAAGGGACATCGAAAAAAAACGATGGCTTTCTTCATGGAGATTCATG
ATTCATAGATAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_045486XLOC_045486-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000336_pilongenomesc0000336_pilon:182273..189060 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1483-1656:175
Aaloc1306-1479:495
Aaloc1177-1302:1128
Aaloc1060-1176:1831
Aaloc946-1059:2352
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Aaloc322-357:5840
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Aaloc73-165:6608
Aaloc1-69:6789