XLOC_044366 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_044366
Unique NameXLOC_044366
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000239_pilon:269644..281737-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_044366 ID=XLOC_044366|Name=XLOC_044366|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12094bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000239_pilon:269644..281737- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AAGAGCCATTTTTCAGGCAAAAACCCAAATTTGGACTGAAAAAATCTCTA AAATGACAATAGACATGGGCCCGAATTTTCTTGCAGTAGTAGTATTCTGG AAATACTGCAGGAAAATTTAAGTCAACTGGGTTTGGGATTTGGGTATATC CACCATTTTGCAATTGAAATTCCTGCTAAATCGCAATATTTCAAGCAAAA ATCCCATTTTTGACTGGCAATAAACACGAGCCTAAAATCTTTTTGCAGTG ATAGCCTTCTGGAAATACTAGAGGGAAATCAAAAAACTTTGGGTTTAGGA TAAGGGTATATCCGCCATTATGGAAATATCTGCTAAAACTGGCTAAAATG CAACGTTTCAAGCCAAAACCCCATGTTTGACTAAAAACTGCTCTAAAATG GCAAGAGACATGGACCCAAATTTCGTTGAAGAGATAGTATTCTGTGAATT CTCTTGGGAAAACAAAATCATTTGAGTCTGGGATTTATTTAGATCCACCA TTATGGAAATGAAATTTCTGTTAATCCGAGACCCAAATGATTTTGATTTC CCTGGAGTATCTCCAGAATACTATCACTGCAAAAACGATTTCAGTCAGCA TTTAAACTCAGTTTGTAGAAGCTTGCCTTAAAAAATGCTATTTTTTGATA AATATGAATATTTTTGCTTAAAAGCGATTTTTGAAGACGCCATTATAAAT TTTCACCCAGCCGGCTTCCGGAAACACTACATTTTTTTATTTTCGCCTAA TATGATGAAATACAATATCCGTCTTTTCGTCGTAAAGAATTGCATAAAGG CAGTTCAAAATTGCATCCTTAAAAATAGGGTAACCGCGCTGTATTGATTA CCGATTTTCCCTTCTTTATTTTCAGTGGTAATGAACACACTGCAATCATT GAGTTGCCAAGTGGAACACACGAGTTCAAATACTATGTCGATGGTAATTG GTTGCATGACCCTGGACAGGTGGCTATACTCATAGTTTTTTCTTCATTCG TGTGCTCTAAACATTCACTAATTTTGTATGTTTTATATATCCTAGTAATT TTTCAAATTATTAAAAAAATGCTTACCTCGAAAATAAAAAGAATATAATT GATAGAAGAGTCCTAGTTAAATTTGTATTCATATTCAATCAGGATGCTCG ACAAAATCGAGACAAAATCGAGACAAAATCACTAGATATTGGTCCTATCG ATTTGTCGCCGAAGTTGCGCCACACACAACGATTCTCATGTGTCACAATA GCAAAATGAGTTGGGCACTCCTTGTGATGAGCTATTAGTTATTGTTTTTT CTTCGTTTAGAAGACGATCAATGATCATTTCGATGGACGAAACAATGTCA TAACTGTTTCTGATAGTGATTTTGATTTCACCAAGGCTTTGATGACCGAC GAAACTGATGAGAAGAAACAACATACCGCAAGCTTCGATTCCTCGACTGG TGGTAAACAATCATTTTGATCTTTCCTTTTAATGAATAACGTTTTAAGTT TAAGTTTTTTAAGCATTTCCCTATTCTGCATGCAAGCCTTTTTGAAATGC AGCAAAACCACATCATACTTATGTACGACCTCAGACTCAATTGCATTATG GTAATGTTCATTTTTTATACTTATTTCTTTTTGGAGGATTGGCGTCTAAA ATTCTAAAATTATTTCGTAGAGGTCGGTAGACCTGCAAAATATAATTCTA TGATTAAAAAAAATAAAAATGAAAGACGAGAGACTGTTGCGATTTTTATC GTGTTTTCTATCAATACGCTTGATTTATTGGAAGCTTAAAACCGATAACC CATAGATAAAGAAAGCGCCACAGAAAAAGTAATCCTAGACAAAAATCTGA TTTTCAGTTATCAAATATTACTTTCTTGACTACGTCTTTATTTTCGAGAT CATGTCGAGTTCATGCCGAGTGAATCCGTAAAGTCAGTAGTACATTCACT GCATGACTGATATCGTCTTTATTTCGAAAGCGACTTCTTTTACAATTGAT TTTTAAATATAGAGAGAATACACGCTTTTTTATAAGAACCCGTAAATTTA TGTCAAGAGGCTCGGCTGTTCTTATTTTTTCATGATTATCAAGTGTAAAT GTTCTTGAAATGTTTATAATGAGCTTACTTTATTCACTAGAATCGTCATT TTCTTAACCTTTTGTGAGCGCTGTTTTTTTAAAAAAAAGTTGAAATTTTT CGAATTTTCTTTTTGAAACTCAAAACTTTAAAGTGCCATAAAAGCTTGTA GCTTTTGATTTAGAGGATGGTTTTGGTACCATTGGAAAGCTGTTTTCATA CTCTTTCTAAAAGCATTCGGTTTATGCCCTTTAAATCAAGTGGTCAGAAG CTATAGCATAATATAGAACGCCACAGCTGCCAAAAGTGTTCAACAACTGT ACCGCGTGGTACATTTGCAAAGCGGTTGGGTCCTTAAAGCAGCTCGTGTG GTGGTTTAAGCTTTTCGCGTGGTAGTTCAAGCTTTTCGTGTGGTAGTTCA AGCATTTGGTGTGGCGGTTTAAGCATTTGGTGTGGCGGTTTAGGCTTTTT CCCCGATAGTTCAAGCTTTTCGTGCGGTAGTTCAAGCTTTTCGTGCGGTA GTTCAAGCTTTTCGTGCGGTAGTTCAAGCTTTTCGTGCGGTAGTTCAAGC TTTTCGTGTGGTAGTTCAATCGTTACGTGGTGGTTTAAGCTTTTCGTGCG GTGGTTCAATCGTTCGGTGGGGTTCAAGCTTTTCGTGTGGTGGTTCCATC GTTAGGTGATGGTTCAAATTGTTATGTGGTCGTCGTTTAGTAATTTATGC GGATAAATTATAATAAATTAAAAAAGGAAATAATTCGGTCCCGGTAATTT GTCGATTAAAAAAGTTCTAAAATGGTAGCTGTGAAGCGACGAATTTTTTT GATTTACGATTTTGGGATAGTGACTCTTGCTTTCTTGTTGTCCTGGGTTT CATTTTGCGGGTATTTAATTTCGCGATTTTGTCTATTTTACACCTGACTT CTTTCATTTTTCTAGGGGTTCTTGGCATAAAATAAAAGATTTCACGGGTA TTCAATTGTGCAATTTTTAAGCTTATTTTAGTGGCCCATATAAAAAATTG ATAAAAATCCGTTCACAAAACCTTTGAGTCGGTAACTCGGTTAATTCGTT AAAATAATTTCCTAATTATTTCCAAGGAAACAAAGTTCTTCCGTTTAAAT TTATTTTACATTTACTTTTGGTTGAAAAGATAACAATCGAGTGTAATCAA GAGCTTGTTCATGCGGGAAGAAATTCTAATGTGTATAAAATAATTAATAA TTTCGAGTTAGTTAGAGGGTCTATAGAGTATTAATAAAGAAAATTAATCT TTTGCTAGTAACAAGGTTACTTTTTGGACCTACCGCGAGGTTCTATAAAT TAACCCATGTCCGTCCGTCCGTTCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCCGT CCGTCTGTTACCAGCTTTTCTCAGGATTGGCTCATTAGTTTTTTCTGCTT TTTTGCACAATGATGCAAAATGGCAATGCCCAGAACGTGACGGAGCCCGA TTTTTGAGAAAAAAATTATTTGGGCAAATTTGGGCCAAAAACTACCTAAA AATAGGGTTTTTTGGACTTTGTGCAAAATCCTGTCATTACTTTTTTCTGA TTTTTTGTACAAAGATGGAGGGCAAGATTCTCTAAAGAATGGCTGAAGTA GTTTTTCCCGGAAAATTCCTATTCGCCTTAAAAAAACGGATTTTCGTATT TTTTTGGGGGAAATTCCCTTTACCAATAAGAAAATATAGCTTTTCTCAAT GTTGACTCGTTGTTTGTTTTTTTCTGATTTTATGCACAATGAGCAAAATG GGGCAAGCCTAAAATGTGTCGGAGCCCGATTTCGAAAAAATATATATTTG GGCAAATTTGGGCCAAAATCTGCCTAAAAATAGGGTTTTTTGGACTTTGT GCAAAATTCTGTCATTACTTTTTTCTGATTTTTTGTACAAAGATGGAGGG CAAGATTCTCAAAAACTCTAAAGAATGGCTGAAGTGGTTTTTCACGGAAA ATTCTTATTCGCCTTAAAAAACGGATTTTCGTATTTTGGGGGAAATTCCC TTTAACCAAATAAGAAAATATAGCTTTTCTCAATGTTGACTCATAATTTT TTTCTGATTTTTTGCACAATGATGCAAAATGACAATGTTCAAAATGTGAC GGAGCCAGATTTTTAAGGAAATTTTTTTTGGGCAAATTTAGGCCAAAAAC AGCTTAAAAGGTTTTTTGGGTCTGAATGGTTTAAGTGATTTTCGTATTTG GGACATTCCTTTTTACCATTTTACATTATTCAACACACAAGGTTTATTTT TCCATTCTGAATTTTTGTACAATTATTGTCACTTTTTTCTTATTTTCATC TGATGTTAATCATTAGGTAGGTCCATTCAGCATGTTGCTTGTTTTCTTTT CATTAATGAATAAACGGCTAAGAAAAAATCTACTGGCGTGAGACTGAAAA AAAGGAAAAAGCTAGTTAGCAGTTACTAACTTATTGGAAATAATATTGGC GGGAATTTAATTATCTTCCACAATTGGACTATTTTATTTTTTATAGTCCA TACAGGGGTATTGACGAACTTTTCCAGGGGGTTTTCAACCCTTTTTTCCA AGGGGTTTTTGGTAGTTTCAAAAGATTTCCAGGGGGCTTTATTATGAAGA TTTATTTCCAGGGGTTCATAAAACTTCACAGATTTTTTGTTGACTTTGAA AAGAAGAATGTTTCCAGGGGGCTAAAACTTGACATCCAAGGGGTAAGCTT ATGTTGAAAATTTCCAGGGGGTCTCCTTGTTAAAAAAGTTTGTCAATACC CCTGTATTTTTAGTGGTTTTGAAATGGAATAGCCATAATACTTCCCTTCT TTAATCAATAAATATAGACTGAAACATAAAACAACAAAGCATGGTCTGGA GTGAACCGCCTACTGCTTCGCTACCATTTTAGAACTTTTTTAATCGACAA ATTACCGGGACCGAATTATTTCTTTTTTTAAATTATTATAATTTATCCGC ATAAATTACTAAACGACGACCACATAACAATTTGAACCACCGCCTAACGA TGGAACCACCACACGAAAAGCTTCCGGAGAAGTTCCAGATGTTATTTCCA GGTACTAAAAATGCAAATATATCTATTGACATGGGAAATTTTTCACTAAT ATCTTCTGAGAATGCTCTTCTTCTTGGTGTTACTATCGACAGTGCTTTAT CATTTTATACTCATATTCAGGATCTATGTAAGAAAGCCTCTCAAAAAACT AAATCTATCCTGAGAATGAGATCATATTTGAACCAAGATCAGGCAGACTT ATTATTTAATAGTTTTATATTATCTACCTTTAAGTATTGCCCTCTCATTT GGATGTTTTGCAGTAAGATGGCACATAATCTTTTGACTGAAGCTCACTAC AGAGCTCTTAGAGCTAAAGAAAATCTTCTAAATCTTGATTATGACAAGCT TTTGGTTAAAGCAAATTGTGCGTCTATCCATACTCATAACCTCCAACTCA TGTTAGTGGAAGTTTATAAGAGCGTCAATAATATCGGAAATAAACTAGGC TGGGACCAGTTTGAAATTATCCAGCGTGAAACAGGGAGTGATGATGAGGA TAACGATTCCCCACGTCCTCCAAAACTTAGAAGAGGCGCTCAAATTAAAC TTCCACTGCCAAAAAATGCAGTTTGCTTGAACTCCTTTAACTATCGGGCA GGACAGGCTTGGAATAGATTGCCCAATGAGACCAAAACATCTGAATCATT AGAATGCTTTAAAACAAAAATTTTGAAAGCAAAAAAAATTTGTTTCTTGC AACTGTGCTCAATCTTAATTTTTTAGAATTTTTATCCTATATTATTTACT ATTAAGTAAATATTAGATTGTCATGTTGGTTTGAATTAGTCTTTTGTACT ATTTTGTTTTGTACCAACGTTAAATAAAGAATAAATAAATAAAAAAATAA ACCACCACACGAAAAGCTTGAACCACCACCGAACGATTGAACCACCGCAC GAAAAGCTTAAACCACCACGTAACGATTGAACTACCGCACGAAAAGCTTG AACTACCCGCCGAAAAGCTTGACTACCGCACGAAAAAAGCTGAAACTCAC GCAAAAATGCTTAAACCGCCACACCAAATGCTTGAACTACCACACGAAAA GCTTGAACTACCACGCGAAAAGCTTAAACCACCACACGAACTGCTTTAAG GACCGAACCGCTTTGCAAATGTACCACGCGGTACAGTTGTTGAACACTTT TGGCAGCTGTGGCGTTCCATAGCCTCAAGTTTGAGACTCAGTGTTTTGGC TTGTTTTGAACACATAATTATACGTGTCCCTCGTGGTCTAAAGGTTAATT CTGAGGCTGGGGTTGGGTTGTTCTCGATTAATTCTTTGGTTTTTGCCAAA AAAATATTGCATCAAATTCTTCTTAAAAAAGCGTGTATACTAAAACCAAA ATTTAAATATACGACGAAAATAAGAACAACTCTGCTTTCAGCCAAATTAA CACATTTAACTGAAGATTTTCTTGCAAAGTAAAAAGGAAAACTAGGAACA CAGCCCTGTATACATTGTCTGTTAATATTTTAATTTCAGGTACTTCGCCA TCCGGTTCTTACAGTAAACGTATTCCACACCATGGGGGAGTGCATATCTC AACACACAACAGTGAAAGTTCCCACCCTCCATCGTTGCCACCGCATCTGC TGAACGTCATTTTAAACAAAGAAACTGAACAGGTACTCTAAAGAGATGTT TTTATGACCTGTAATAGCTTATTTCGTGAAAAAAGCTAATCGGAATTATT TTTACCGGGAAAAATTTAGTCACTTTGCCAAACATTCACCAACCGACCTT GTCTTAGTTGGGGGAAGTTTAAATAACCCATCCTTCAAATTTTTCTTCAA ACAAGGTATCAAAACAGTTTGCTAAACATCTATTCATTCAAGTTTCTCGA GCTGCATAAAGCACAGGAAAAAATCTTTAAATCCCAGGCCTGGAAAATGG CCATTTTCGGGGTGGGATTTTTTTAGCCCTGAGATTGTTGGTCTTCTGAC GCAGCGTTTTTCACTAATACACTAGATCTTCTTCCCATAGTTAGTCCACG CTAACTAACTACCTCAATGAATGGACACTATCAATGTTATCGATTTAAGG TTTTTCCGCCTATTGAATGAATCTATCAACAATTTTTCAGTAAATCAAAG CTTTGTCTGTATTAATTAAGGTTGTAGTTTTGAATTACCAGTCATTCATA CACACATTTTTTTTTTATAAGAACAACCAAAATTTTTTAAGCCTTCGAAT GTTCTTATCTTTTTGAGTTTTAAGCCTAAAAATGTTCTTTTGGCCATTTA GTGAATATTTTTTACCATTTTCCTAAGAAAAAGGTACAAACCCTTAAAAA ATGTTCTCAACTTGTTCTTAACATTTTGCCCAGTGAAACCTTATGTTCTT ATATAGTTTGTTCTTATAAAAAAAACCGTGTAACTATTCAATGCTTTAGT ATGCCTCTTTTCGACGGCTTTTTAAATTGTTTTCCATTTTTACAGGAAGA CCCAACCATGCTACCTGTTCCTCATCATGTCGCCTTGAATCATCTTTATG CGCTCTCCATCAAGGTGAGTTTTCTATCCTTACTGCTACTGAGCAGTCAA GTGTAGTGGCTATTGAACGGTATTGAAAATCCAAGAAACTACCTTAAGGG AAAACTAGTTTTGGTGGGTGACAAAAATCCTAGAAAAAATTAATTTTGCT AAGCGAGAAGTAATTTTGGTAAATTTTGTCAGATTTGCCAAAATTAGTTC CCGCAAGAATAAGTTCCCTTTAAGTTAATGCAATCTAAAAGGGGTATTGA AATTTCCCTATTTTATGGTCAAATTAGTTAATACTCCAAAATTGCCCAGA AATGAGGCTATTAAAATTCCAAAAAAGAGTTCTAGGTTGTTCTACGAAAT CTGCAGATTATTCACAAACTGGACTCTAGCTAACTTCTATTATTTTTTCA CGTTCGCTGTTCTGAAGCCAACTGAGTAGTACTCAAAGTGACATTTACAT GACTACTAGAATCAAAAAGCTCTCCTTTCTAATTTGAGTTCGTCAAACCT AAGTTTCACTGACCCAGTTCAACTTAAAATTCTCGATTACGGTTTATTTA CTTTTAGGACTCAGTGATGACGCTCAGTGGAACACATCGTTACAAAAGAA AATACGTCACAACGGTCCTCTATAAACCGGTTGTTCTGAAGTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000239_pilon:269644..281737-

>XLOC_044366 ID=XLOC_044366|Name=XLOC_044366|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1770bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000239_pilon:269644..281737- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAGAAAAGAAAAGCAAATAATAAAAACATCATGGGGCAATCACAAAGCAC
ACAACAGGGAGGACGACCTAGAGAATTTTCAAAGACAGTTGATGATCTTG
AATTTAATGTTCCAGACATTTCAAAGAAAATAAAGACTGGGGATGAGTTT
GAAGACTCCAGTGTCACCACTACCGAAGAAGAAAAGAAAAGCAAATAATA
AAAACATCATGGGGCAATCACAAAGCACACAACAGGGAGGACGACCTAGA
GAATTTTCAAAGACAGTTGATGATCTTGAATTTAATGTTCCAGACATTTC
AAAGAAAATAAAGACTGGGGATGAGTTTGAAGACTCCAGTGTCACCACTA
CCGAAGAGCATCTTATAAAAGTACAAGACGATGGAGGTTCTGGGTACATT
GTGGCAGATGAAGAACGGCCCGTACAAAAGAAAACAGTTCCTGTTGTTTT
TCATTGGGAACATGGTGGTGATGAAGTCTTCTTATCTGGCTCCTTCAACG
ATTGGAAAACAAAAGTACCCATGACTAAAAGAGCATCTTATAAAAGTACA
AGACGATGGAGGTTCTGGGTACATTGTGGCAGATGAAGAACGGCCCGTAC
AAAAGAAAACAGTTCCTGTTGTTTTTCATTGGGAACATGGTGGTGATGAA
GTCTTCTTATCTGGCTCCTTCAACGATTGGAAAACAAAAGTACCCATGAC
TAAAAGTGGTAATGAACACACTGCAATCATTGAGTTGCCAAGTGGAACAC
ACGAGTTCAAATACTATGTCGATGGTAATTGGTTGCATGACCCTGGACAG
TGGTAATGAACACACTGCAATCATTGAGTTGCCAAGTGGAACACACGAGT
TCAAATACTATGTCGATGGTAATTGGTTGCATGACCCTGGACAGACGATC
AATGATCATTTCGATGGACGAAACAATGTCATAACTGTTTCTGATAGTGA
TTTTGATTTCACCAAGGCTTTGATGACCGACGAAACTGATGAGAAGAAAC
AACATACCGCAAGCTTCGATTCCTCGACTGGTGACGATCAATGATCATTT
CGATGGACGAAACAATGTCATAACTGTTTCTGATAGTGATTTTGATTTCA
CCAAGGCTTTGATGACCGACGAAACTGATGAGAAGAAACAACATACCGCA
AGCTTCGATTCCTCGACTGGTGGTACTTCGCCATCCGGTTCTTACAGTAA
ACGTATTCCACACCATGGGGGAGTGCATATCTCAACACACAACAGTGAAA
GTTCCCACCCTCCATCGTTGCCACCGCATCTGCTGAACGTCATTTTAAAC
AAAGAAACTGAACAGGTACTTCGCCATCCGGTTCTTACAGTAAACGTATT
CCACACCATGGGGGAGTGCATATCTCAACACACAACAGTGAAAGTTCCCA
CCCTCCATCGTTGCCACCGCATCTGCTGAACGTCATTTTAAACAAAGAAA
CTGAACAGGAAGACCCAACCATGCTACCTGTTCCTCATCATGTCGCCTTG
AATCATCTTTATGCGCTCTCCATCAAGGAAGACCCAACCATGCTACCTGT
TCCTCATCATGTCGCCTTGAATCATCTTTATGCGCTCTCCATCAAGGACT
CAGTGATGACGCTCAGTGGAACACATCGTTACAAAAGAAAATACGTCACA
ACGGTCCTCTATAAACCGGTTGTTCTGAAGTAAGACTCAGTGATGACGCT
CAGTGGAACACATCGTTACAAAAGAAAATACGTCACAACGGTCCTCTATA
AACCGGTTGTTCTGAAGTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_044366XLOC_044366-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000239_pilongenomesc0000239_pilon:269644..281737 -
Properties
Property NameValue
Aaloc799-885:88
Aaloc730-798:700
Aaloc589-729:1654
Aaloc448-585:6982
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Aaloc1-177:12095