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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000187_pilon:480706..488054+ Legend: CDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_044329 ID=XLOC_044329|Name=XLOC_044329|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=7349bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000187_pilon:480706..488054+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAATGTTTCAAATCGCCATGAAAATCCTGAAGAAATGGAAGAAGAAGA
TGATACCTTTCAAACtggtttgtgttttaaaattccttaacTTTTGTTTT
GTCAACTGGtagaaaagttgaaaaaccTTTGAgtaacatatttttcaaaa
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cattttaacctttttttatagtttttaatgcaatatttctttgtaaaaaa
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GTTCCTAGCACCAAATGGAAAGTTCAATTTTTATCTccatttcaaaatat
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ATCTGATTTCACTGAGTCTGGTCAGAACAGAATTAAAATCTATTTAAATT
AATCCCTTGTAAAGTAACTAATTTAACTTTATATTCGATTATCCTTAGCT
CTTGAAGGCTCAGCATTTGGCGCTCGTCTACCATCTGACCAAATGACTGC
ACATGAAGCATCATGTTTTCAAGACATCAGCCAAGGCTCCACTGCTaacc
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CGATTTGTCTTTGATGTGTAAtttttttACTACCACAATGTGTGAACCAC
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GGTCGGTTTTAAACGATGatgaaacattcaaaaattttctccatttttct
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GTGTCTACAAATTTCATCGTTCACCTCCAGTTCTTAAGAATGCCCCAAAG
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GTGGACGCGTTGCAACTTTCCGGCAAGGCCCTTTCATTGCTGATCTTGGA
GCTATGGTTGTCACTGGGCTCGGTAACTTTTTTCTCTATCACTGAACTTT
ATAATTGAGTTATTTAACAGGGATAGTTCCGCTTTCTTCTGTCAAATAAA
CTTCAAATgagtcaatttttttagtttttttagaggcaatcaatcaaatc
aattttaggGCTATTTGTTTTTACGTACATAAGAATCGTCGAGACTAAAG
TCTGAGTAAGTTTCTATAAAGgggaaaaatgttcttttaagGTGGGAATC
CTGTCACTGTGATTAGTAACCAAGTTGATGTCAAACTCACAAAAATCCGG
CAAAGATGCCCACTTTATGAATGCAATGGACAAATGGTACGTTtttgcaa
tacaccttttcgaccgtagctgcaAGTTACTGCGCGGGCATTTTCTGTCC
GTTTTACTACtgtaaaaccgtcccagtctttttttcgcacctatagacaa
tagaaaaaggtgtagaATTagaaaaggattggatcgagtttagaatggta
aaacggtaaaaaaagtGCCCGcccggcaattggtggctacggtcgaaaag
gtgtattattcaTTCATAATTCGATGTTTTTACCCTTTGTCCATCATTGG
GATAAGTTTCATAACCTCTTAAATTCATCTCAATTGTAGGTGAAAATCTC
AGCACTATTCATATCATAAGTTCATATTATAACACCTGTTGATTTTGATA
TATTAGGgggaattttgaccaatggtAGATACAGTCCCATGGGTTTTTGA
TAATTTGACTTGTCTGTAAAATATATGTGAGAAATTAGAAAAGCTGAAAA
TCTTTCCTTGAAATATTCACTTGTGCATAGTGTGCAGAAAGGTCTGAACC
CCCTCCCATTTTTATTACATTCCCTTATATTGTGTATCCCctattttaaa
taattttcgagCCCGCGCTATTTACAACAGCAGTCCACTAgtcattcaaa
accaaaaacattgaaatttgtattaaaaattatatgaaaaaagagTTCAA
CATGGTGCCGCAGGCGAAAATTTAGCTATCTGCACTTGTTTTTTAGTTGT
CCCACACCAAATATCTAAATCAATATAAAACATGATAAATATTTTGACCA
ACAGTTGTTACCCCCCCTATTTTTACTTGACCCCTCTAAAATCTCAAACC
CCCCATTTTATTCGGAAAAAAAGTTAGGGGTCCTATTTTTGGTCATTCAA
GATTTTCAATCAATGGTCGATCCATATCTGGTGTAGCGATGTCTTTTTTG
CCATCCAAAAGAAATTTGACTTTACAAATTGTATTATTCAGGTACGCAAA
GACAAAGATGAACTGGTCGAGAGAGAATTCAATCGACTACTGGAATCCAC
ATCTTATCTGTCTCACGTGCTTGGCTTCAATGCATTGTTTCAGAAACCAC
TGTCGCTTGGTAACGCTATTGAACTTGTCATTAAGTAAGTGGAGTAGTTA
AAGCGAAAGTATTTCTATAAGGATGGCGGCTATTCCAAGGTAAAAAATGC
ACATCCTATGTGGAGGAGATCATTTTTGGAAGTTCAACCTCATGAGTTTT
CACCGAAAGTTTAGTGTTTTGTCCTATTTGAGCTGCCTTATTGATTTCTT
TACATTTTCTCCAGGATATTTGTGGGACAACCTGTATGGAAATCCTTCCT
CCtttatttgggaattaatttttcatttttagtttattttgttctggttc
ttaattaaagttgttagaggttttgttttgattgaaaggtctgatgatgc
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ttaaaaatcgtaaatttgctcgaaatcaactttgctatttttttgtttac
aaaagcaatagaatgtgaggtcacatcccgaaacaactttcgatctttca
cttgtttgttggatatcgttgcgtaaaaaagtagctttaatcTATCTGAC
TCAGTatgaagacactgcctaaaataagctcaTTTTATTCCCGTAGACAA
CCTTTAACTGTAACTTCAATAAATTATCTGTGCAATTACAATATTTATAC
AATATAAACATTTTGTCTGTCTTTGTGTATCAAGAAACCAAGATGTCTTT
TTTCGGACTTGTTTTCGTCTTATTTTATCTGAAGTTATCAGCATATCAAT
ACCTGGAACCTGAAACAAAGTTTTCCATTCAGGGaacatcattttcatct
tcgctatatgtattgtttttattttgcagattgatggAGAAGCAAGTTAA
AGAGAAACAATGTGAACACAGCCAAAAAATTCTCGAGTTTCAAAATCGTT
TGAAAGAAGTACAGTTTGAGGTAAAGATAAATAATAACGTATATTGTAAG
GATTTGCGTCAATCTAATGACACTTTGATTTAAAGCATCCAGTTACGTCA
TTGTTAATCATGATTTGCTTGCCCTAACATTGGCCAAAAAGGTTTTCTTT
GTAAAGCAGCAGTTAATAATTCCTATAGTGCTTGCttgataaaacatcaa
tttgttCTGTTATTACAGAAAGCGTTCTCCCTTTGAGAAGTTAGTGTAAA
GTATGTCGTGCTTTTCTACTTAATCTTTAGCTTGCCATGGTAATGTCATG
TTAATATTTGTAGCCACGTACGATAATGAAGACGTACTCTCGCTTCATAA
AATGACTTTATCTTGTTACTATTATCTAGATGATCAAATTACGAGACCAG
ATTGAGAAAGCAAATATCGAGTGGAAACATGCTATCCAGCAGAAACCTCC
AAGGTATCCTTTCCAAGAAATCTTCTTAAAACCCCGAACACGATAAGTGA
ATTTTTAGTGGCACTTTGAGATGATAGAAACCTGGAGAtttttaagtttc
aaaataattgtcGCTCTTTTCTCGAGTTAAGCAGGTCTTTGCAAACAATA
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TACTGTCATCATTCCGTTTTTAACTTTACAATTTTCTATAGAGACGTAAC
GGACGAATTCACAGTTCGAAGCAAACAAAGAGACTTGTTACAGTTATTCA
AAGTGAGTTTCATTTTAGCTTCTTTTTCTTAATTGTTGAATGTTGTCTTT
ACCTTGCCTTGCTTTACCCTCTTCTTACTAGAAGGTTTTATCTTAAGATT
ACCAATAGTGAGTAACAGTAGTCACTGGTACTGAAACGATTCGGGACAAA
CTTTGACTGGCAAAATGAAGGATGGTATTTCTCATGGATTATTTTATGGG
CCAACTTAAAAATTTCTGATTACCACTAGATAATGGTACTGAGAGCATGG
GTCTGTTTTCGTTATAGGAACATGACGGTTACGCTGAGAAGCAAAAAGAA
CTAGAAACGAAAATCAAAGATTACGAAGAAAACCCTCCAAGGTAATCGAT
CAACTCTTTTCCAAAAACCTTGACTTTGGAATCTAAGTTCTTGATCCTAC
TCACTAGGATTCATGGCTAAAGCTCGCTTTCGTATCATTCCAAAGATGTT
TCATACTCTCTTTCTAAAATATCATAATAAATAAACAGACTTGTAAATCG
ACCTTTTGCGAGTATCTAAcattcaaaaatgaagaaattacgCGTTTACT
TTTTTGATCTGTCAGAAAATTTCTGTttagatttcagaaaattctgattg
attttttaaagagaaaacctattctattgaataaaagagTGGAACTTATT
TCTCGATATGTTCTTATCTTCTCAGTGATGTATACTTATCATTACGCGAT
CGTCAGATTTTGGATTGGCATCTTGCAAACCTCGAATTCGCCAACGCTAC
ACCTTTATCCGCCCTTTCATTGAAACATTGGGATCAAGACGATGATTTTG
AATTCACTGGCAGTCACATGACTGTTAGCAATGGCTTTTCGTGTATCCCT
GCTGCTCTAGCCGAGGGTCTAGATATTCGCTTGAATACTGCTGTCCGTAA
TGTCAAATATACACGACAAGGTAAAGTCGAATGgctttaaatttaattta
cctTTGCAATTGATAATATTTCCGTGCATCTTTACATATTAGCCATGGTG
GACATATTTTGCTTCAGCAATTTCGTTTTTTATGAGCTTGctcagaaaag
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GGCTCCACGtggttaaaaatatatttttgatggaATTCCGAAAGGGTATC
TCTTCAACTGCGTTCAATTGATATTGTTCTTGGAAAGCTTAGCGCGTCTT
CACATCGTAAAGTAACGTACATATCAATGACGCAACTTTTTACTGTATGA
AATTCTCATCTGTATTTTAGGTGTTGAAGTTGTAGGAGTAACAAATAAGA
ACGGTATCCCGACAAGTCAAACATTCAAAGCAGATGCAGTGTTGTGTACA
TTACCTTTGGGtgtattgaaacataaaaatccACCCTCTATACATTTCAA
TCCTCCGCTTCCTGATTGGAAAACTGGCGCCATGGATCGAATGGGATTCG
GAAATCTTAATAAGGTTTGTTATTTCGGAATTTTAATTTCTAGTCGTTCT
TATGGCCAAAGATCaacaaaacatcaaaagaaAGCTAGAAACTGTACGAC
TGTCAAAAAATAACTTAAATATCATGACACCTTATGGTTCATATTTTGGT
TTTGCATGAGAGAATTTCTTAAAATACGAGTTTTCTATTTTCAGGTGATT
TTATGCTTCGACCGTGTCTTTTGGAATTCAAGCACTAATCTCTTTGGCCA
CGTGGCCTCGACCACATCAAATCGTGGTGAACTCTTCTTATTCTGGAGTA
TCTACAAAGCGCCCGTTCTTTTGGCGTTAGTGGCGGGCGAGGCGGCAAAC
AAATTGGAAACCTATTCCGATGACGTTATCATTGGGAGAGCCTTGACAGT
GCTCAAAGGAATCTTCGGAAGTAATAATGTTCCTCAGGTATGTTATAGAT
ATGATTTATCAATTTGAAGCCTCCAACTATGAAGCCTAGCTATTCCTAAC
TTAAATGATTCATTCTACGCCTCTGATTTCCTCTAAGTCTTATACATGAC
AAACGAAAAAGCCTTAAAGTTGTTTACTTTCATTCTATATGTCTTGACAA
GCATAGAGTGAAAGTGAACAATgttaaggctttttctttctaGAGCTGTC
TAGAGACGatatcttttcttttaaatttaacaTCtttttttAGCCAAAAG
AGACGATTGTTACGCGATGGAAATCCGACGAATGGTCACGTGGCTCTTAT
TCTTTTGTTGCTGCTGGTTCCTCTGGCAACGATTATGACATCATGGCCGC
CCCTGTAGTACCGCCCCCACCACCAGAGAAGCCTGTCATTCCGGGTAGTA
ATATTCCGAGATTATTTTTCGCCGGTGAGCATACTATACGGAACTATCCA
GCAACGGTACACGGAGCTTTATTGAGTGGTTTAAGAGAAGCAGGTCGAAT
TGCAGATCAGTTTCTTGGTCTACCTTACGATTTGAATAAGTTCACTTAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000187_pilon:480706..488054+ >XLOC_044329 ID=XLOC_044329|Name=XLOC_044329|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4248bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000187_pilon:480706..488054+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAATGTTTCAAATCGCCATGAAAATCCTGAAGAAATGGAAGAAGAAGA
TGATACCTTTCAAACtgATGAATGTTTCAAATCGCCATGAAAATCCTGAA
GAAATGGAAGAAGAAGATGATACCTTTCAAACtgatcCGGTAGAAGTTCT
GAAGTTGTCTGCCAAAAatcCGGTAGAAGTTCTGAAGTTGTCTGCCAAAA
CTCTTGAAGGCTCAGCATTTGGCGCTCGTCTACCATCTGACCAAATGACT
GCACATGAAGCATCATGTTTTCAAGACATCAGCCAAGGCTCCACTGCTaa
ccaaaagaaatttctttatatTCGTAACAGGATTCTCTTGAAGGCTCAGC
ATTTGGCGCTCGTCTACCATCTGACCAAATGACTGCACATGAAGCATCAT
GTTTTCAAGACATCAGCCAAGGCTCCACTGCTaaccaaaagaaatttctt
tatatTCGTAACAGGATTatTCAATGCTGGTTAAGCAACCCAAGGGAAGA
ATTAATTGTTGAGCATGCATTAGCCAAGATCGAACCTCCTTTTAATGatT
CAATGCTGGTTAAGCAACCCAAGGGAAGAATTAATTGTTGAGCATGCATT
AGCCAAGATCGAACCTCCTTTTAATGATGACCCAATCTTGACGAAGAGAA
TTCATGCCTTCTTGGATAGATATGGTTCAATCAATATTGGTGTCTACAAA
TTTCATCGTTCACCTCCAGTTCTTAAGAATGCCCCAAAGATCCTAGTCAT
TGGAGCAGGGATGTCTGGATTGACAGCTAGCAGACAATTGAAATCTTTTG
GGTTTGAGGTTGTTACCTTGGAAGCACGTGAACGAGTTGGTGGACGCGTT
GCAACTTTCCGGCAAGGCCCTTTCATTGCTGATCTTGGAGCTATGGTTGT
CACTGGGCTCGATGACCCAATCTTGACGAAGAGAATTCATGCCTTCTTGG
ATAGATATGGTTCAATCAATATTGGTGTCTACAAATTTCATCGTTCACCT
CCAGTTCTTAAGAATGCCCCAAAGATCCTAGTCATTGGAGCAGGGATGTC
TGGATTGACAGCTAGCAGACAATTGAAATCTTTTGGGTTTGAGGTTGTTA
CCTTGGAAGCACGTGAACGAGTTGGTGGACGCGTTGCAACTTTCCGGCAA
GGCCCTTTCATTGCTGATCTTGGAGCTATGGTTGTCACTGGGCTCGGTGG
GAATCCTGTCACTGTGATTAGTAACCAAGTTGATGTCAAACTCACAAAAA
TCCGGCAAAGATGCCCACTTTATGAATGCAATGGACAAATGGTGGGAATC
CTGTCACTGTGATTAGTAACCAAGTTGATGTCAAACTCACAAAAATCCGG
CAAAGATGCCCACTTTATGAATGCAATGGACAAATGGTACGCAAAGACAA
AGATGAACTGGTCGAGAGAGAATTCAATCGACTACTGGAATCCACATCTT
ATCTGTCTCACGTGCTTGGCTTCAATGCATTGTTTCAGAAACCACTGTCG
CTTGGTAACGCTATTGAACTTGTCATTAAGTACGCAAAGACAAAGATGAA
CTGGTCGAGAGAGAATTCAATCGACTACTGGAATCCACATCTTATCTGTC
TCACGTGCTTGGCTTCAATGCATTGTTTCAGAAACCACTGTCGCTTGGTA
ACGCTATTGAACTTGTCATTAAattgatggAGAAGCAAGTTAAAGAGAAA
CAATGTGAACACAGCCAAAAAATTCTCGAGTTTCAAAATCGTTTGAAAGA
AGTACAGTTTGAGattgatggAGAAGCAAGTTAAAGAGAAACAATGTGAA
CACAGCCAAAAAATTCTCGAGTTTCAAAATCGTTTGAAAGAAGTACAGTT
TGAGATGATCAAATTACGAGACCAGATTGAGAAAGCAAATATCGAGTGGA
AACATGCTATCCAGCAGAAACCTCCAAGATGATCAAATTACGAGACCAGA
TTGAGAAAGCAAATATCGAGTGGAAACATGCTATCCAGCAGAAACCTCCA
AGAGACGTAACGGACGAATTCACAGTTCGAAGCAAACAAAGAGACTTGTT
ACAGTTATTCAAAAGACGTAACGGACGAATTCACAGTTCGAAGCAAACAA
AGAGACTTGTTACAGTTATTCAAAGAACATGACGGTTACGCTGAGAAGCA
AAAAGAACTAGAAACGAAAATCAAAGATTACGAAGAAAACCCTCCAAGGA
ACATGACGGTTACGCTGAGAAGCAAAAAGAACTAGAAACGAAAATCAAAG
ATTACGAAGAAAACCCTCCAAGTGATGTATACTTATCATTACGCGATCGT
CAGATTTTGGATTGGCATCTTGCAAACCTCGAATTCGCCAACGCTACACC
TTTATCCGCCCTTTCATTGAAACATTGGGATCAAGACGATGATTTTGAAT
TCACTGGCAGTCACATGACTGTTAGCAATGGCTTTTCGTGTATCCCTGCT
GCTCTAGCCGAGGGTCTAGATATTCGCTTGAATACTGCTGTCCGTAATGT
CAAATATACACGACAAGTGATGTATACTTATCATTACGCGATCGTCAGAT
TTTGGATTGGCATCTTGCAAACCTCGAATTCGCCAACGCTACACCTTTAT
CCGCCCTTTCATTGAAACATTGGGATCAAGACGATGATTTTGAATTCACT
GGCAGTCACATGACTGTTAGCAATGGCTTTTCGTGTATCCCTGCTGCTCT
AGCCGAGGGTCTAGATATTCGCTTGAATACTGCTGTCCGTAATGTCAAAT
ATACACGACAAGGTGTTGAAGTTGTAGGAGTAACAAATAAGAACGGTATC
CCGACAAGTCAAACATTCAAAGCAGATGCAGTGTTGTGTACATTACCTTT
GGGtgtattgaaacataaaaatccACCCTCTATACATTTCAATCCTCCGC
TTCCTGATTGGAAAACTGGCGCCATGGATCGAATGGGATTCGGAAATCTT
AATAAGGTGTTGAAGTTGTAGGAGTAACAAATAAGAACGGTATCCCGACA
AGTCAAACATTCAAAGCAGATGCAGTGTTGTGTACATTACCTTTGGGtgt
attgaaacataaaaatccACCCTCTATACATTTCAATCCTCCGCTTCCTG
ATTGGAAAACTGGCGCCATGGATCGAATGGGATTCGGAAATCTTAATAAG
GTGATTTTATGCTTCGACCGTGTCTTTTGGAATTCAAGCACTAATCTCTT
TGGCCACGTGGCCTCGACCACATCAAATCGTGGTGAACTCTTCTTATTCT
GGAGTATCTACAAAGCGCCCGTTCTTTTGGCGTTAGTGGCGGGCGAGGCG
GCAAACAAATTGGAAACCTATTCCGATGACGTTATCATTGGGAGAGCCTT
GACAGTGCTCAAAGGAATCTTCGGAAGTAATAATGTTCCTCAGGTGATTT
TATGCTTCGACCGTGTCTTTTGGAATTCAAGCACTAATCTCTTTGGCCAC
GTGGCCTCGACCACATCAAATCGTGGTGAACTCTTCTTATTCTGGAGTAT
CTACAAAGCGCCCGTTCTTTTGGCGTTAGTGGCGGGCGAGGCGGCAAACA
AATTGGAAACCTATTCCGATGACGTTATCATTGGGAGAGCCTTGACAGTG
CTCAAAGGAATCTTCGGAAGTAATAATGTTCCTCAGCCAAAAGAGACGAT
TGTTACGCGATGGAAATCCGACGAATGGTCACGTGGCTCTTATTCTTTTG
TTGCTGCTGGTTCCTCTGGCAACGATTATGACATCATGGCCGCCCCTGTA
GTACCGCCCCCACCACCAGAGAAGCCTGTCATTCCGGGTAGTAATATTCC
GAGATTATTTTTCGCCGGTGAGCATACTATACGGAACTATCCAGCAACGG
TACACGGAGCTTTATTGAGTGGTTTAAGAGAAGCAGGTCGAATTGCAGAT
CAGTTTCTTGGTCTACCTTACGATTTGAATAAGTTCACTTAACCAAAAGA
GACGATTGTTACGCGATGGAAATCCGACGAATGGTCACGTGGCTCTTATT
CTTTTGTTGCTGCTGGTTCCTCTGGCAACGATTATGACATCATGGCCGCC
CCTGTAGTACCGCCCCCACCACCAGAGAAGCCTGTCATTCCGGGTAGTAA
TATTCCGAGATTATTTTTCGCCGGTGAGCATACTATACGGAACTATCCAG
CAACGGTACACGGAGCTTTATTGAGTGGTTTAAGAGAAGCAGGTCGAATT
GCAGATCAGTTTCTTGGTCTACCTTACGATTTGAATAAGTTCACTTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000187_pilon | genome | sc0000187_pilon:480706..488054 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 1819-2124:7044 |
| Aaloc | 1576-1818:6545 |
| Aaloc | 1384-1575:6173 |
| Aaloc | 1138-1380:5577 |
| Aaloc | 1063-1134:5168 |
| Aaloc | 1003-1062:4843 |
| Aaloc | 928-999:4530 |
| Aaloc | 838-927:4081 |
| Aaloc | 694-834:3042 |
| Aaloc | 601-693:1994 |
| Aaloc | 316-597:1490 |
| Aaloc | 235-312:1199 |
| Aaloc | 103-234:851 |
| Aaloc | 70-99:502 |
| Aaloc | 1-66:1 |
|
