XLOC_044066 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_044066
Unique NameXLOC_044066
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000089_pilon:697932..699912-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_044066 ID=XLOC_044066|Name=XLOC_044066|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=1981bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000089_pilon:697932..699912- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAATTGACATTGGTCTGTGTGGCTTTATTCGTCGTTTTCTACGGCGC
CGAAGCTCTTAAACTAAGAAAAAAGAGTAAGTTGTTAGTTTAAATGGTGC
AACGAGATTTAACCTTGTATAGTGATAAAGAAAATCTGAACGTTTCAACT
TATTGTTCGATTTTTAATGAATACACGTTTTTTTTAAGAAAGTTTTCGCC
TTAGCCTTTTCTTAAATGTTTCTTACATGTTTCTAAACTTTGTCAAGCTT
AAAGGACACTTTCTCAAGTATTTCTAACTGTTATGTAAGTATTTTTCTGG
AACTTTGATTGGAAGGTTTCTTAAAAAAAAACGAATTAAAAAATGTTATC
TTCTCATTCTCAGCCTCAGTATGTTTCTTAGTTTTCAGGCATTCTGAGCC
TCATGTTTCTTAAAAGTGAGTTTCTTAAAAAAAACGTGTAATTTTAAACA
GGAAAGCATGAGCGCTAATAGTAAAATTTTATGAAAGGAAGCCATGGTTA
AAGATTATGACAACGATTTATTTCTTTTGTTATTTCAAGGAAACATTCCA
TTGAATGCTTACTACTTACCCAAAGACAAAAACTTGGAACGAGAACTTGG
TAAGTGTACATCTATCAACATTTTTCATTTTGATTTGACTTTCTTGTTTA
CTTTTTATTTTTATCTGAACCTGAAAGAGAGAGAGAATACAAAAAAGCAA
TACTTCATTGTTTATTATTAATTCTGAATATCATCATAAATAACATGTTT
TCTTATTTTAAAGAGATCGAGAAGAGAAGTGCAAACCCATGTGGAATGGG
ATGTGCTGCCGCATGTGCACCAGCCTGCCAGCCAAGCTGCTGCGCTGCAC
CACCTCCACCACCACCACCACCACCTATGCCAGCCTTTGGCTGCGCACCA
ATCTGTAGTCATTGGTCATCCATGATCGCTGCACAACCTGCTGCACCTAT
GCCTTGTCCATCACAATGTCAAGCTATGCCAGGGTGTTGTAACGCTCCAC
CTCGACCCCCCCCTATGCCATGTGCTGCACCTCCATGCCCCACACCCATG
CCATGTGCTGCACCTCCATGTGCCCCACCACCCATGCCATGTGCTGCACC
TCCATGTGCCCCACCACCTATGCCATGTGCTGCTCCACCATGTGCACCAC
CACCTATGCCTTGCGCTGCTCCACCATGTGCCCCACCACCAATGCCTATG
CCTATGCCATGTGCTGCACCTCCATGTGCCCCACCACCCATGCCATGTGC
CGCCCCACCATGTGCCCCACCACCTATGCCAGCTTGTCAGCCCTCTTGTG
CTCCTGCTTGTTGCATGCCACCACCTCCACCCCCTATGCCTATGTGCCAA
CCCTCATGTGCACCAGCATGTTGCATGCCCCCTCCTCCACCACCACCAAT
GCCTATGTGTCAACCATCTTGTGCACCAGCTTGTTGTAGACCTGCTCTCC
CACCACCTGCTCGAGCTCCCCCACCATGCCCTGCTGGATGTCCAAGAGCT
TGCTACCCCGCTTGCCGACCAAGCTGTTGCGCACCACCTCCTCCACCCAT
GCCATGTGCAGCTCCACCATGCATGCCTCCACCAATGCCAATGGCCATGC
CATGTGCAGCCCCACCATGTGCACCACCACCTATGCCTTGTGCCGCCCCA
CCATGCGCACCACCACCTATGCCATGCGCTGCTCCACCATGTGCACCACC
ACCTATGCCATGTGCTGCCCCTCCATGTGCACCACCACCTATGCCATGTG
CTGCCCCACCATGCGCACCACACCTTTCCCTCCCCACCATGCGCACCACC
ACCTATGCCATGTGCCGCCCCACCATGTGCTCCACCAGCCCCAGCCCCTT
GCGCTGCACCACCATGCCAACACGTCAACCTTCCACCAACAGTCATCAAC
CTTCCAGCTCCACCACCTCCACCAATGCCATGTGGTCCAACTTGTGCTCC
AACTTGCGCACCTGCTTGCTCTAAAGCTTGT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000089_pilon:697932..699912-

>XLOC_044066 ID=XLOC_044066|Name=XLOC_044066|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2708bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000089_pilon:697932..699912- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAATTGACATTGGTCTGTGTGGCTTTATTCGTCGTTTTCTACGGCGC
CGAAGCTCTTAAACTAAGAAAAAAGAATGAAATTGACATTGGTCTGTGTG
GCTTTATTCGTCGTTTTCTACGGCGCCGAAGCTCTTAAACTAAGAAAAAA
GAGAAACATTCCATTGAATGCTTACTACTTACCCAAAGACAAAAACTTGG
AACGAGAACTTGGAAACATTCCATTGAATGCTTACTACTTACCCAAAGAC
AAAAACTTGGAACGAGAACTTGAGATCGAGAAGAGAAGTGCAAACCCATG
TGGAATGGGATGTGCTGCCGCATGTGCACCAGCCTGCCAGCCAAGCTGCT
GCGCTGCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCTATGCCAGCCTTTGGC
TGCGCACCAATCTGTAGTCATTGGTCATCCATGATCGCTGCACAACCTGC
TGCACCTATGCCTTGTCCATCACAATGTCAAGCTATGCCAGGGTGTTGTA
ACGCTCCACCTCGACCCCCCCCTATGCCATGTGCTGCACCTCCATGCCCC
ACACCCATGCCATGTGCTGCACCTCCATGTGCCCCACCACCCATGCCATG
TGCTGCACCTCCATGTGCCCCACCACCTATGCCATGTGCTGCTCCACCAT
GTGCACCACCACCTATGCCTTGCGCTGCTCCACCATGTGCCCCACCACCA
ATGCCTATGCCTATGCCATGTGCTGCACCTCCATGTGCCCCACCACCCAT
GCCATGTGCCGCCCCACCATGTGCCCCACCACCTATGCCAGCTTGTCAGC
CCTCTTGTGCTCCTGCTTGTTGCATGCCACCACCTCCACCCCCTATGCCT
ATGTGCCAACCCTCATGTGCACCAGCATGTTGCATGCCCCCTCCTCCACC
ACCACCAATGCCTATGTGTCAACCATCTTGTGCACCAGCTTGTTGTAGAC
CTGCTCTCCCACCACCTGCTCGAGCTCCCCCACCATGCCCTGCTGGATGT
CCAAGAGCTTGCTACCCCGCTTGCCGACCAAGCTGTTGCGCACCACCTCC
TCCACCCATGCCATGTGCAGCTCCACCATGCATGCCTCCACCAATGCCAA
TGGCCATGCCATGTGCAGCCCCACCATGTGCACCACCACCTATGCCTTGT
GCCGCCCCACCATGCGCACCACCACCTATGCCATGCGCTGCTCCACCATG
TGCACCACCACCTATGCCATGTGCTGCCCCTCCATGTGCACCACCACCTA
TGCCATGTGCTGCCCCACCATGCGCACCACACCTTTCCCTCCCCACCATG
CGCACCACCACCTATGCCATGTGCCGCCCCACCATGTGCTCCACCAGCCC
CAGCCCCTTGCGCTGCACCACCATGCCAACACGTCAACCTTCCACCAACA
GTCATCAACCTTCCAGCTCCACCACCTCCACCAATGCCATGTGGTCCAAC
TTGTGCTCCAACTTGCGCACCTGCTTGCTCTAAAGCTTGTAGATCGAGAA
GAGAAGTGCAAACCCATGTGGAATGGGATGTGCTGCCGCATGTGCACCAG
CCTGCCAGCCAAGCTGCTGCGCTGCACCACCTCCACCACCACCACCACCA
CCTATGCCAGCCTTTGGCTGCGCACCAATCTGTAGTCATTGGTCATCCAT
GATCGCTGCACAACCTGCTGCACCTATGCCTTGTCCATCACAATGTCAAG
CTATGCCAGGGTGTTGTAACGCTCCACCTCGACCCCCCCCTATGCCATGT
GCTGCACCTCCATGCCCCACACCCATGCCATGTGCTGCACCTCCATGTGC
CCCACCACCCATGCCATGTGCTGCACCTCCATGTGCCCCACCACCTATGC
CATGTGCTGCTCCACCATGTGCACCACCACCTATGCCTTGCGCTGCTCCA
CCATGTGCCCCACCACCAATGCCTATGCCTATGCCATGTGCTGCACCTCC
ATGTGCCCCACCACCCATGCCATGTGCCGCCCCACCATGTGCCCCACCAC
CTATGCCAGCTTGTCAGCCCTCTTGTGCTCCTGCTTGTTGCATGCCACCA
CCTCCACCCCCTATGCCTATGTGCCAACCCTCATGTGCACCAGCATGTTG
CATGCCCCCTCCTCCACCACCACCAATGCCTATGTGTCAACCATCTTGTG
CACCAGCTTGTTGTAGACCTGCTCTCCCACCACCTGCTCGAGCTCCCCCA
CCATGCCCTGCTGGATGTCCAAGAGCTTGCTACCCCGCTTGCCGACCAAG
CTGTTGCGCACCACCTCCTCCACCCATGCCATGTGCAGCTCCACCATGCA
TGCCTCCACCAATGCCAATGGCCATGCCATGTGCAGCCCCACCATGTGCA
CCACCACCTATGCCTTGTGCCGCCCCACCATGCGCACCACCACCTATGCC
ATGCGCTGCTCCACCATGTGCACCACCACCTATGCCATGTGCTGCCCCTC
CATGTGCACCACCACCTATGCCATGTGCTGCCCCACCATGCGCACCACAC
CTTTCCCTCCCCACCATGCGCACCACCACCTATGCCATGTGCCGCCCCAC
CATGTGCTCCACCAGCCCCAGCCCCTTGCGCTGCACCACCATGCCAACAC
GTCAACCTTCCACCAACAGTCATCAACCTTCCAGCTCCACCACCTCCACC
AATGCCATGTGGTCCAACTTGTGCTCCAACTTGCGCACCTGCTTGCTCTA
AAGCTTGT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_044066XLOC_044066-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000089_pilongenomesc0000089_pilon:697932..699912 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1357-1404:49
Aaloc1303-1353:100
Aaloc1270-1302:142
Aaloc1234-1269:181
Aaloc1198-1221:205
Aaloc1129-1197:278
Aaloc1036-1116:359
Aaloc1000-1026:386
Aaloc928-996:455
Aaloc883-918:491
Aaloc859-870:503
Aaloc835-855:524
Aaloc742-831:614
Aaloc415-741:944
Aaloc139-411:1217
Aaloc79-135:1441
Aaloc1-75:1982