XLOC_043974 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_043974
Unique NameXLOC_043974
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000001_pilon:4046216..4054435+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_043974 ID=XLOC_043974|Name=XLOC_043974|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8220bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001_pilon:4046216..4054435+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAGCAATTGTGAGGATGACATTGGAGCATATGATCAGCTCAGACTTCT TGGAAAAGGAGGTTGTGCTCAAGtctttttggtcaaaaacaaGCACAATG GAAGGTGAGTGGTTATTTTCAGGATAAGTAGCTCTTGAAGTTGAAAGCTT CAACAgggtttattttttaaaagaaatacaaaaaatatgaCTCTCCACAT TGGGAAAAATTAGTCTCAAAACTCAGCTTCATTTTATGTAGTAATATATT TCAATATTAACTTTGTAGATATTTTGCCATGAAAAAGATTGAACTTGACC CCAGCCGAAGatcaaaaacaacagaaaatgttttaaaggaGGCAAAGTAA GTAGGCTCTGGAAAATTCATGAAGTTTTTTAGGTTTAGTTCTAGTCTTAT GATGTTATCTTTACTTTATCTGAAAGTAGATCGCAACTGGTCGTTTTCCT CTTATTTTCTTCCAGATTATTGTCTTCTTTACAACACCCTCACATTGTGA CCTGTAGAAGTTATTTCTTTGACACAGAGAAAGAATTCTTTTATATTGTG CAGGTAAAATTAATATATTATCTTTCCTACTAGTCATacctttttaagaa aaagcTGCTCATTATATTCGAAATGTTCATGATCCAAGGTATGTCTTAGT TTTTTGTGTTATGTTGGGTGTCCACTGGTAAAAATGAGATTGTCACAATC TTTCTTAATGCAAAAGATGAATCCAGACATACGATGTGACTGCcttaaaa caaataattttattctttgtctttatctttttactcttttgaaaaaaaag aaaaggaaaaagattCCGATAGATTTTATATTCCAGCTATTAGGTATGAA TTTATTTGATAGTAGATAGTACTTGTGACAAACTTATTTTTTGCTATTGG ACACCTATCTTAATTCTCTTCATGATATTTTAATATTGAGAATattgaaa 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atttaaaaatatcatttcgCTGCAAATAcctatttacaaaaaatgataCA TGTGTCAGAAGCAAAATattgttgtttctttttttccGCCTAGTAAAAAA tagagaattaaaaaattttattacagctatttattttctcttttctcaac ttcagttgagctacaatctgacaatgtctgtgtgtgtgtctgtgtgtctg tgtgtgtgtctgtctgtctgtcacaaaaactttagggcagcctggagact tcaaaaatgcttggatttggctgaaatctggcacacttgttccttgggtg aatatctgggggtgtttttttcattttttgaaaattttgatttttggggc ctggggacgagtttttcgccaaaacgaggctaaaactttggggcaggctg gagacttcaaaaatggtccgattgggttgaaatttggcacacttgttcct tgggtgaatatctgggggtgtttttttcatttttcaaagttttgattttt ggggcctggggacgagttttcgccaaaacgaggctaaaactttggggcag cctggagacttcagaaattgttcgatttggctgaaattttgcacacttgt tccttgggtgaatatctgggggtatttttttcatttttcaaaatttttga tttttggggcctggggacgagttttttgccaaaacgaggctaaagctttg aagcagcctacagccctccaaaatggtcggatttggttgaaatttggcac acttgttcattgggtaaatatctgggggtctacaattgggcctatgaata atttgaagccactgaagttgagcccagtgcgttgcgcacgttcgactata tcACAAACACGTTTGGATTTGCCACAAATTAATATATTACAATTTGTTCA GTGGTCACCAAGCTTGAACAACtaattaatatttttcactCATAAAGACT TTACTCTTTTTAGGAGTTCAACTCGGTCATCCAGAATGCAAGAGAAGAAG CTGAAAGAGGGACAAGAGATAGTAAgaattatttgaaatataatttattt gaatttttgtaatttttgtgttctttgcgaacttttgCCTCTATCGAAAA ATCAAATCTCATTAAAATGTGCTCCGTCCTAATCttcaaaatcattaatt tttgaattgaCTATTTATTGTCTTCTGTACAATCTTTGACTATCTTGGAA ATTTGCGAATCCattagaaatttttgaaatcgtgatacACAAAATTAAAT CCATACACAAATTTTTGGcttgccaaattaaattacacaaaaacaaaatg caaTTAAAGTgtctttttcaaaagagattgaaAATCTTGCTCAAACTTTA GCTGGCAAACGTACtgatatcaaattttttcacttcTATTTATTTAAATT TGTTTAGGTGATGAGCTATTTGAAGAGGCTCACAGGACAGATCTCAAGAT TGGGCATCGCGATTTTCTCAAAAGGTGATAATTTTGCAGTAAAGCTGCAC TGAGTATGctttaaagtagaaaaaattcaataagatgtgtggataccccc tggaaaaggacaaaatttgcaaaaatacccttgaGAGAATTCTTATTCAT ACTTTTAAGTGAGGGTGGACTAACTAAAACCTGAAGGTCTTTACGCCCTG TAtttatataaaatggaatggcccattgatTCTTAGCAGTCATACAGTCC TCAAATTGGTTAAAATAGACCAAATAGAACCACTGTTAATATGTATTGTC TAACAGAGCTTTCGTGGCCTTTTACTTTggaaaaatctattaaaaaatac tttttatctAAAATTTCATGTTGTTATGATGATAATCTCCTTCTTTTAAG GCATTGCAAAGAATTAATGGGTCAAACGATGtttgaaaaagtgacaaaaa tctGCAGGCAAAATGATGACAAATTGCTTGAAGATTTGAGGTAATGATTT TCGTCTTTACAGAATGGTTCTCGTTGATATCTCAGATCCAAAATACCAAT CAAGGGGACAAACAATCTAAAAACCTTTACAAGGGATAAATTAAGGGCCA TTGACTTTTAATAGCGAGTTTacgtatttgcacttttgaggacggtaaag tgactgaagcgattttgaATAGCCCgaagttttgacccgcaaaatcgagg acggtaaaagtgctgatttaccgtcgtcttcATTCAGTCAGGATTTAGAC AGTATAGAACCTTACCGCCTCCGTTGcagaaaacacacatacataaactc ggtagtaAGAAAAGGTTGAGTGGACGAAAAAAGCAAAATGTCCACATCAT AGAAGACGTTATCTGTTTAGCTCACATTCCGATGCTGATTTGTATCCAAA ATTGTCAACTCTGAACCTAAATCAATTTTCCTTTCAGTAAGTACTTCACA ACAgtcttttttttatgttttagacCAACACTTGAAGAAACAGTTGGCGA TGGTTTAATTGAGCCATGTCTTCTTTTAGCACAATTGCTACTGAACCCCC CTCCCGATGACTCCATGTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000001_pilon:4046216..4054435+

>XLOC_043974 ID=XLOC_043974|Name=XLOC_043974|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2850bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001_pilon:4046216..4054435+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAGCAATTGTGAGGATGACATTGGAGCATATGATCAGCTCAGACTTCT
TGGAAAAGGAGGTTGTGCTCAAGtctttttggtcaaaaacaaGCACAATG
GAAGATGAGCAATTGTGAGGATGACATTGGAGCATATGATCAGCTCAGAC
TTCTTGGAAAAGGAGGTTGTGCTCAAGtctttttggtcaaaaacaaGCAC
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TTAGTCGAATGTGAAGATctacaaaaaaatgtaaacaaGTTTGTTGGAGC
TTCAAAGAAGCCAGCGGATAGCAAAGTAACCACTCCTAAAGAAGCAAAAG
GTTTGTTGGAGCTTCAAAGAAGCCAGCGGATAGCAAAGTAACCACTCCTA
AAGAAGCAAAAGacTCAGCAGTTGCAGCAGAAGTGAAGAAACTAACATCT
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ATAGTGGGGAAGAGAGTAGTGATGAATGCGAATCCAGTGATGAAacTCAG
CAGTTGCAGCAGAAGTGAAGAAACTAACATCTAAAGATACAGGCATATAT
GCTGACGATTTTGAAGAGCTGCAGGAGGATGATTATTCGGATGACTTTGA
ATCTTCATCCTCAGAGGTGGAGAGTGTGGATGATAGTGGGGAAGAGAGTA
GTGATGAATGCGAATCCAGTGATGAAGAGTTCAACTCGGTCATCCAGAAT
GCAAGAGAAGAAGCTGAAAGAGGGACAAGAGATAGAGTTCAACTCGGTCA
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CTATTTGAAGAGGCTCACAGGACAGATCTCAAGATTGGGCATCGCGATTT
TCTCAAAAGGTGATGAGCTATTTGAAGAGGCTCACAGGACAGATCTCAAG
ATTGGGCATCGCGATTTTCTCAAAAGGCATTGCAAAGAATTAATGGGTCA
AACGATGtttgaaaaagtgacaaaaatctGCAGGCAAAATGATGACAAAT
TGCTTGAAGATTTGAGGCATTGCAAAGAATTAATGGGTCAAACGATGttt
gaaaaagtgacaaaaatctGCAGGCAAAATGATGACAAATTGCTTGAAGA
TTTGAGacCAACACTTGAAGAAACAGTTGGCGATGGTTTAATTGAGCCAT
GTCTTCTTTTAGCACAATTGCTACTGAACCCCCCTCCCGATGACTCCATG
TAGacCAACACTTGAAGAAACAGTTGGCGATGGTTTAATTGAGCCATGTC
TTCTTTTAGCACAATTGCTACTGAACCCCCCTCCCGATGACTCCATGTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_043974XLOC_043974-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000001_pilongenomesc0000001_pilon:4046216..4054435 +
Properties
Property NameValue
Aaloc1330-1425:8125
Aaloc1240-1326:7552
Aaloc1174-1236:7110
Aaloc1114-1170:6664
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Aaloc1-102:1