XLOC_043881 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_043881
Unique NameXLOC_043881
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000348_pilon:221955..230154-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_043881 ID=XLOC_043881|Name=XLOC_043881|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8200bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000348_pilon:221955..230154- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAAAATAATGATCCCAAGTTTCTACTCGTCACCGCGAACGTGGGTTC ACTCTTCGAGGAGGTAGGGCTATACACAATTTTTCATTTAGTTTCCAATC ATTAAAATGTATTAATGATTAGTTTCGACTTTTTTGCTTTCATACATAAT TAGTTATGTCCACCTTTTTCATGAGCTATTGTTAGGCTTTTCCAAAAAAA GATTTCACCAACTTAATGATATTTTTGAAGTTTCGTTTGTACAGTTTGCA GCACTTTTTAATTAAAAATAGCTGCTTTATGGCTTTAGTGGACAGGAAGT GTGCAATAGTCTGATAGTAAACAGTATTGAATGTAAGGAGCTGCTATATC ATATCAATTGACAAGAACCTATTTTTGATTTAGTATTTGCACCTTCCACA TTATTGTGCTACTCAATTTTAAATGATTTCTAATAGCCCGTGTTTGGTTT TGCTTTGGAAGGAGGAGGGGAACAACATATTTATTTCGTTGTTTGTACAT TTAGGTAGTAGCAAGTATATGTTGGTGACTAAAATAGACCTTTTGCTAGT ATTTGTGATGTCAAGTTAAAAAGTTAAAAACTCCTGTTTTGATACTTGAC TCGACTGGAGTTTTTATTTTTTAACTTATACAAAATGACATTGGATAGCA AAAGGTCTATGCTATCCTTGATTTGCTTAGTTGTTGTCATTTTCTGTAAA AATTTCTTCTTCTTCTAACATTTCAGTATGGAGAAGAGCTGCGTGCAAAT TGGATATCTGCATTCCATAAGGTATTATTGTTTTCATTACTGCAAGATCT TTTCGAGCTACAAAATAGGATAAAATTCCAGCCCTCAAAGATCCTGTTAG TTGAATATAGTAATCCTGCATTTTTTATCCCTTTTCTCTGAAAAGAGTGT GTCAGATAAAAATTTAAAATTAGAATTATATAGAAGGTTAAAAAATCACT GATTAAAACATATTTTAGGTTTTAATTCTGAATCATTCAAAATTCTTTCT AACAAAATAGAGGGCTTTTAAAATATTGGGATTAAAACTTATCAGTATCA TCTATTTCTGTTTCTGTTTCATGATATGATAATTCACAGGAGGTTTGCAA AACCTATTCTCACAAATAAAGGGATAGCCTTGATCCTATAATATGAAACA TGAATTATAATATTTAGGATTTTGAAAATAATAGTTGTGACTATGTAACT AAATTCATCATAATCTTTTCATTCTCATTATATAGCTAATTTCAGAAAAC GAGCCTGCTCTGATTGCTCTTCATTTACAAGAAGTTGGAGGGAAAAGTCA TGATGTTTCTCAAGATATTGTCAAAAACTTTTTCCAGTTAGTTTTAATTG ATGCATTTTATAAATCACTTGAAAAATTATATTCACTAAATCTCTACAAA AAAGTTGAATAAAAAGTACATACACCATACACCCTACCCCCTTGATATTT AATTGTCATTTTTCAACTTGAAATGAACTCTATGTATCTCTATCTCTCTC TAAAATTAAGAATTTGCATATTGCATGCTTATAACTCAAACTCAATGTTA AAGGTTTATTGTAAATTGGTGGTCTACAATCCCAATCTAATTCTGTCACT CTTCTTTAGAGATAGAAGGTTAGAATCACTGATTGAAAAAATTTTCTTTT CTTAGCAGCCTACTGTATAGGAAAAATCTTTTCAAATCAGGGATCCCCAT CCTAACTTTTTATATCTTTCTCATCCCTAAAGAAGGATGTCAGAAAAAGA AAAGGAGTTGTGCTGATAAGATCAACTTACACAGTACCCTTTAAATGTGA CAACTTTGTATGACTGAGTCTATTTTTTTTATGTATAAATAATAACTTTT CTTTTGCCAAACAGGGATTTATATGAGCCAGAATATTTCGATGATTATTA CAGTGTCCAAAGTTTTGTAGATGAAGAATATGTTGATGTCAAATACACTG TAAGATTTTTTGATTTGTTTTTATCGAATTTGTTTTATATTAATATTTGA ACAAAATGAAATTTAATTTTATTACTGAGAAACTCTTTAGCCCTAACCAT CAAGCAGAGTCTCACACCTTAGAGTCTTTTTTTCTCGGGAGATTTCAGCG AATGACCACACATTTGGCATTGATTCCTTTAAAAGAGATTATTTCCCATT ATGAAATTTTTAAGTACAGACATAACAATAAATATTATATTAAATCATTT TTTTTTCAATTCATTGAAACAGCTTTTTTTAAGTCAATTTTCTTGCCATA CTGGTCAAACACTAGGAAAGCCAACCTTTTAGATCATTTTTAAGCTTCAA GGGAATCAAATTTTAGAGTAAAGAATGCAGTTTTCAAGGGTCAATCACTT TAAGAGTGTTCCTCTTAAAACATAGTATTATTTTCTCACGTAAGATATAT TTGATCTACAGGCAATGGGATGTTCTTATTTCATTCATAAATCCTTGAAA GGACACCTTCAACAATGGAATTTTCACGGTATGTTTATCTTTCAATTGAT TTGTAAACAATATATGATGCAAGCTTAACATTGGATTGCTTTCCCTTGTC AAACAAATTAATCAACTGTTTGTTTTGTTACGCTTTTCTACTACTACTGT GTTTACCTTTATCAAAACCCTGGAATAGTTTTTATCAGAACTCTGGAATA GTTTTAACCTCAGGCTTATTTTACAACTAAGTGATAGTTCTATTACCCAA TGGAGGTGCTATTTAAGCAAAATGAATTTTCATTAAAAATTTCATTGTAA TGATAGCAGGTGAATCAGTTTTACCCACTATTCTTTTCACAGAAATTAAT AAAATGTTCTAAACACTGTTACTGTGCCTTTTATGTCATTTAAAAGAAAA CTAAAATAGGTTATTTATCAATCAAACAATCTTTTATTTTAGATTGATTG TATTTTCCTTCATAACAAAACTTGTCTAGGGTCATAGTGAAAAATGAGCC AACACAAATATTAAAATGAGATCTTTTTTGTGTATAACCTAAAGATTCCA TCAATGAAGGTTTTTTTGCCAAAGAACTAGCAAAATCAATTTTGGTTTTA TACTCAAACAACTCTATCTTTGAATAACATGCTTATAAATGAAATAAAAT AAATCCTTCAAGTCCTATGAGAAAATTATTGGGTAAAAAGGTTGATAAGA AACTCACACTTTAAATTTTGAATTATTTTTATTCTTCTATAGGGGTAATT TCTTGTTCGTTAATATGAGATCATTTAAACATGATCACATTTCCAGCCCT GTGAATTCAGACAAAGTCATATCGGCACGCAAGTGCCGACCAAAACGGGC CGTAAGCCGGCAAAATTTTGCCGACCTAGAGGTCATTTTAGGTCGGCAAA GCCGTCCTAAGTAGCTTGTTTAGGTCGGCAAAGACGAACTAACAAATTCA GCTGCTCTATAATTGTGTTAATAAGTTTTATGTTTTATAAAGAGAATGGA ATAAGGCTCGATTATCATGTGTTATCAAATGATAACACAATTTTAGATTA ACCTAACAAATAATATTTTTCCTCATCGGCTTTGCCGACCCAAAACATTT CTTTTGTCGGCACGCCTACCTAGAGTGTAAATTACGTCGGCAATTTAAAG CCGACTTCAGCTCAAGTTACGTCGGCTTGCATGTCGGCATTGCCAAATGC CGACCTGGATTCACAGGGCTGCATTTCTGCCTTTGCACTGTCAGAGTTTC TTTGTGTGGTTGAGTGTTTTTATGTTCTAAATCGTCATTTACCAGGCAAA ATTCCAAGCATTAGTCACTGGCCGTTTTTTGGATTAGAAATTGAGTTTTG ACCGATTGTAACCACCATAAGTGGTCGATGCTTGTCAAAGGCCCTCGAAA CATGTTAGGGATGTCTCTTAACCTTTCGTGAAATATTTATTTTCAAGGAA TTTTAATCATAAAGAGAATTTAGAAATAAAGGAGTTTTAATCATGAAGGG AAAATAATTCTGTCATTGTTCACCATCTACATATTATTTTCAACATTTTT GTGATACAAAGACAAAAATAGAATTCTTCAAATATTGATTTTCAAAACTC AATTGAGTATTTTGGCCATTAAACGGCCACAAAAAAGTGCTTGGAATTTT CACTGTTTACCAATATATATGTAGGCAAAATGTTTTTTTAAGCTCCCTGT TCCTTTTAGAGAAACGTTTTGTGGTTGCTGCTGAGGGAAGAGAAATAAAC CAAATCACTTCAGATACGCTATTTTTACAGAAATACAAATTCCCATTATC CTGTTATTCAAAAGTAAGTCTTTCTGTCTCTTTTACTAACAGAAAGTTAT ATTTTAAAGTACACTTTCATTGAATTTTCAGATCTTTTAAATTTTGAATT TGTATTTGCTGAAGAAACAGCATGAGAAATAAAAAAAAAAATTATTTTTC AGAGCAGCATCAAATTCAATGTTTTTGGATGTATTTTGTAATGTTTTCCC CGCCAATTTCTTTATTCAAATTGGTATCACGTCTTATGTCTATTGAGTTA GAAAGACTTTTATACCTTCTACTTTTAAAGAGTTTTCTGTGCTTAACTTG TCTCTTTATTGTTTTTTAGAATCAAACTAGACTTCCAAGGAAAGGATTCA CATGTAGCAAATGGAGGCTATTTAACAAAGTTTTTGTGCTTTTGAACATT CATTTAACTCATGATGCCTGCAATATTGAAATTACAAGACAGGTAAAACA GGGGAACTATTTTCTTTGTCATTTGAGAAACCTTTCAAAACTATATTTTC TCTTTCTACTTTTTGGATTAAGTTTTGATACAAGTTGTAAGATTCTTTAT ACTAATTGTAAAATTTAATAAGATTAGAAAAAATTATTATTTATGACAAG TTTTAATAGCATTGCATTATAGAAATGAATTTATCTCAAGCCATTTTAAG TTTTGATTTTTTTGTTACAGTCACCAACCAAATATTCAGGATACAGGAGG AGGTCACTTGAATACATGCTTGACAGGTATGACATAGAACTCTTGTAATT ATGTAACTGAGATTGAGAATTGATCAATAAATTTTTTTACTGAACACCAT GGTTATCCTCAGGGTTTCTGCCGGATCTGAAAAACATTGAAAATCCATTA AATTTTGTTAAAAAAGGGAAAAACCCTTGAAAAAATATGACTCAAAAACA TTGAAAATTCACTAAATTTGGTAAAAAAGCCTTGAAAATGGGGAAAAATT CTGCCGATTCTGGATACCTGTTTCGTTCGTTTCATTCTGGGAATCTTTTA TTCTAGTTTCTTTTATGCTTGAGATATTAAATGGGTTAAACAAGTATAGT TGATTATAATATCTTAGATACACACGTTCTTTTGATTTTCATTTCTTCAT TTTCAGACTGAAAACATTACAGAGTGACCATCAGATGATGTTTGGTGATT TCAATGTTCGGCCGGATACAAAAGCTCTTTTAGAGGTTTGTTAAAATGAA ATTTTGAACTTTAGTAGGTGATGTCATGAATGGCTGGGTGATCATTATGT TATGTAGATTATGTTTTAGCTTCTAGACATTCACCAGTTCGTCTTCTTAT CTATTCATCTTTTTTTTCGCTTATATAAAGCAGTGGAAATTATTGCCTTT TTTTTAAATGTGCATGTAAAAACTTATGAATACTGAAATCCCATTAATTT TTGCCGCCTGTTTTTGTACACTAGGTTTCACAAAAATTATAAGGTGTGCG AATTAGTAATCGTAATAAATGTGTAGAAATCTCTTCTAAGGGCTCTTTTT AAGGGATGTAAGTGGGTGGGATGTACGATCCAGCTAGTATGCTGGTATTT GTGTCTTTTTTGCCCTCTTTACCTATGTTTTTTTCAAAAACACTCAAAAA ATGGCCCCGAAATTGCAAGATGCGCCAAAATCAATAGAATTATAGGTATG CGTTTTTAGATATTTTTCCGAATTAGGCACAAAATTTATCAGCCATCTCC TCCATTTTCCTAGTATTTGATGGACAGTAAAGCAGTGCGCCATACATTGG GTGCTGAGAGTGAAGATGCCAAACCACATACTGTCATTTATAGAAGTTGC AATGGATCTACTAAGGTATCTTTTCAAGTACAGTGGACTCTCTCTAATTC GATATTCAAGGGACCAGAATGTTTTTCAAATTTTAAAGCCTAAGTTTAAA AAATATGCAAAATGATTTTCTCCATTTGTAGACTCCGAGAATAAAATTTC AGGATATCTGTTTTTACTGGTTTTGAGATCAACTGACTGTATGTTATACC ATCAACAATTTTGTGTTATTTAGGATCTGTTGAGAATCAAGGAGCGATTA TTCGAGTTCAGTGATTACGAAGCTTTCGATGGATCTCATCAAACGGAAAT CTTAAAGTTTGATAAAGAGCTGGATTGGCTATTAAACGATAAATTTGCCG AATTACCGATCAGTTTTCGTCCAACGTAAGTGTATTAGTAATATTATTTT ATGGAGGTTTTCTTTGAAGAACATAAGAACAGAATATTAAGAACATCGAC AGGCTTCAAAAAAATTGGATGTTTTTATTAAAAAAAATGTGGTTTCTTCC TCGTTTTTTGGGCTTTTTGTTTTTCTCGCTTTTTGCATTTCTCGTGAATG AAGAATTCGTTCACTAAATTTCCCTGTCCATACATTTTGTCTGATATTAT CTGTAAAGATTCATTTTGGCTTAATTTATTCAAATCATCAATTAATTATA CTGATTAATATAAAGATTTTACTTTCCTTTTACTTTTCCCCATAATAGTT ATCCTCACAAGGAAAACCCGAAAGATATTGGAACATATTCCTTCGCTAAC GTCAGGTAAAAAAAATATGTTTGAGAAAAATTCATTTGTGAGAAATTTTC CGCGATTATAAGACGGGTTTTTCGTTCGAGCACATATGTGTGTCGGCTAC ATGAAAAATATAAAGATAAGTAATATTTTAAAAGAGAGAAACAGTTTCAA TCAATCAGAAAAGGAAAATATCCATATTGAAAAAAAACTGTCATAAACTT CACCAAAAAGGAAATTATTTTTATCAAATTTCTTCCCACTTCAAGTTTTC TCACATGCATCAATATTTTTCCAAAGCCTTTGACCATGAAAGATTCATAG AAAATGCATCAAAGCAAACACTATTTTTTGTAAAAAAACAAAAAATTGTA AAAGCAGCAAATAGACAAAACAAAAATAAAGCAATTGTTTCTGGTGAAAT CTCTGTCATCTTTACGTGACTTCATCGCAGCTTTCAGACTTAGCTGAATT CATATTCATCGCTTTTTCATGACAATTTTTCGTTGATTACAGTACTCTAT ATTATCATTACATTTTCTTTGTGTATGAGAAAGAAATCTTCTTTTGTAGA TGTCCTTCATGGTGCGACAGGATACTTATTGATCAAGAACTAGACAATCA ACTATCTGTGAGTTTTATGTTTTTTTAAGTCTCAATAAGGGTACGAGTTC GACAGCGTGACGTTATTAGCCCGTTTTTTCCGTTGGTTTTTCGGTGCTTG AAGAAAATAGTGCTCAAACATGCCATATGGTGATATGATATGGATTTTAG TAATTTTTACTGTAGGTGTTGACCTAAGAAAACCTAACCTAAGAAAATGC GTCGGTATTCGATTTTCACGCCCCCTCCAATAATACCTTAGTACTTCCGT TTCTATAAATTCATTACATAGTGTTTATGTTTGCAAACACATTGTTTTAA TGTGGGGTTTTCATATCGATTTCGCATCCCTAAAAGATCACAGTTTTGGA AGCTCAAACACTATGTCCATCATGTTGTGAATGGTTTATTAAAAATCACT GAACAAATTTAATGAATAATGATTAAATTCGGGAAGAATATCCGAAAAGA AATCATTTGAAAAAGTTTCAAATCTTTGACTTGTCGACTACTCTTTTCAT CGATAGAAATCTACAATGGTTTACGACACGTTTGGTGAAGATGTTGCATT GGGCGATCATAAGGTATGTTTGATTATGGATTTCTTTTCATTGCTATTTA TTCCTTCGATTTTACGTTGAAGTAATCAATTTCGCTGTAAAAAGGCGAAA AAGGTTAAATTTTTCTTTTTGACCCCTAGCCCAATTTATTACACATCTTG TTTACGCTTTGTGTGTTTACTTTTAAACTCTTTTTTCTCTTTATTTTAGC CTGTGTTCTTGGCGTTACATTTCACTTCTGGTTTGCAGGCAAACCATTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000348_pilon:221955..230154-

>XLOC_043881 ID=XLOC_043881|Name=XLOC_043881|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2400bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000348_pilon:221955..230154- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAAAATAATGATCCCAAGTTTCTACTCGTCACCGCGAACGTGGGTTC
ACTCTTCGAGGAGATGGAAAATAATGATCCCAAGTTTCTACTCGTCACCG
CGAACGTGGGTTCACTCTTCGAGGAGTATGGAGAAGAGCTGCGTGCAAAT
TGGATATCTGCATTCCATAAGTATGGAGAAGAGCTGCGTGCAAATTGGAT
ATCTGCATTCCATAAGCTAATTTCAGAAAACGAGCCTGCTCTGATTGCTC
TTCATTTACAAGAAGTTGGAGGGAAAAGTCATGATGTTTCTCAAGATATT
GTCAAAAACTTTTTCCACTAATTTCAGAAAACGAGCCTGCTCTGATTGCT
CTTCATTTACAAGAAGTTGGAGGGAAAAGTCATGATGTTTCTCAAGATAT
TGTCAAAAACTTTTTCCAGGATTTATATGAGCCAGAATATTTCGATGATT
ATTACAGTGTCCAAAGTTTTGTAGATGAAGAATATGTTGATGTCAAATAC
ACTGGATTTATATGAGCCAGAATATTTCGATGATTATTACAGTGTCCAAA
GTTTTGTAGATGAAGAATATGTTGATGTCAAATACACTGCAATGGGATGT
TCTTATTTCATTCATAAATCCTTGAAAGGACACCTTCAACAATGGAATTT
TCACGGCAATGGGATGTTCTTATTTCATTCATAAATCCTTGAAAGGACAC
CTTCAACAATGGAATTTTCACGAGAAACGTTTTGTGGTTGCTGCTGAGGG
AAGAGAAATAAACCAAATCACTTCAGATACGCTATTTTTACAGAAATACA
AATTCCCATTATCCTGTTATTCAAAAAGAAACGTTTTGTGGTTGCTGCTG
AGGGAAGAGAAATAAACCAAATCACTTCAGATACGCTATTTTTACAGAAA
TACAAATTCCCATTATCCTGTTATTCAAAAAATCAAACTAGACTTCCAAG
GAAAGGATTCACATGTAGCAAATGGAGGCTATTTAACAAAGTTTTTGTGC
TTTTGAACATTCATTTAACTCATGATGCCTGCAATATTGAAATTACAAGA
CAGAATCAAACTAGACTTCCAAGGAAAGGATTCACATGTAGCAAATGGAG
GCTATTTAACAAAGTTTTTGTGCTTTTGAACATTCATTTAACTCATGATG
CCTGCAATATTGAAATTACAAGACAGTCACCAACCAAATATTCAGGATAC
AGGAGGAGGTCACTTGAATACATGCTTGACAGTCACCAACCAAATATTCA
GGATACAGGAGGAGGTCACTTGAATACATGCTTGACAGACTGAAAACATT
ACAGAGTGACCATCAGATGATGTTTGGTGATTTCAATGTTCGGCCGGATA
CAAAAGCTCTTTTAGAGACTGAAAACATTACAGAGTGACCATCAGATGAT
GTTTGGTGATTTCAATGTTCGGCCGGATACAAAAGCTCTTTTAGAGTATT
TGATGGACAGTAAAGCAGTGCGCCATACATTGGGTGCTGAGAGTGAAGAT
GCCAAACCACATACTGTCATTTATAGAAGTTGCAATGGATCTACTAAGTA
TTTGATGGACAGTAAAGCAGTGCGCCATACATTGGGTGCTGAGAGTGAAG
ATGCCAAACCACATACTGTCATTTATAGAAGTTGCAATGGATCTACTAAG
GATCTGTTGAGAATCAAGGAGCGATTATTCGAGTTCAGTGATTACGAAGC
TTTCGATGGATCTCATCAAACGGAAATCTTAAAGTTTGATAAAGAGCTGG
ATTGGCTATTAAACGATAAATTTGCCGAATTACCGATCAGTTTTCGTCCA
ACGATCTGTTGAGAATCAAGGAGCGATTATTCGAGTTCAGTGATTACGAA
GCTTTCGATGGATCTCATCAAACGGAAATCTTAAAGTTTGATAAAGAGCT
GGATTGGCTATTAAACGATAAATTTGCCGAATTACCGATCAGTTTTCGTC
CAACTTATCCTCACAAGGAAAACCCGAAAGATATTGGAACATATTCCTTC
GCTAACGTCAGTTATCCTCACAAGGAAAACCCGAAAGATATTGGAACATA
TTCCTTCGCTAACGTCAGATGTCCTTCATGGTGCGACAGGATACTTATTG
ATCAAGAACTAGACAATCAACTATCTATGTCCTTCATGGTGCGACAGGAT
ACTTATTGATCAAGAACTAGACAATCAACTATCTAAATCTACAATGGTTT
ACGACACGTTTGGTGAAGATGTTGCATTGGGCGATCATAAGAAATCTACA
ATGGTTTACGACACGTTTGGTGAAGATGTTGCATTGGGCGATCATAAGCC
TGTGTTCTTGGCGTTACATTTCACTTCTGGTTTGCAGGCAAACCATTGAC
CTGTGTTCTTGGCGTTACATTTCACTTCTGGTTTGCAGGCAAACCATTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_043881XLOC_043881-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000348_pilongenomesc0000348_pilon:221955..230154 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1150-1200:52
Aaloc1093-1149:295
Aaloc1036-1092:851
Aaloc979-1032:1452
Aaloc826-975:1928
Aaloc724-825:2238
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Aaloc589-642:3281
Aaloc466-588:3632
Aaloc364-465:4040
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Aaloc211-294:6336
Aaloc109-207:6966
Aaloc64-108:7475
Aaloc1-63:8201