|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000367_pilon:274050..280008+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_043404 ID=XLOC_043404|Name=XLOC_043404|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5959bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000367_pilon:274050..280008+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGCAGGGATGTTTTCTTGTCTTGGTTTTGTTGGTCAAATTACAACTTAG
CCAggtaaaatttctttaaataccCATAGCAAAATTAGCCTGAAATCACT
CTATGGCGGGAAACAGAGATTCATTTGACTCTGCTGATTTCAACTTTTAT
TATTCCAATTTTCTTACAATTCAAAGTAAGTCTCTGTCAAAGTAGAAAAC
CTCATTACATTACAGCTATAACTggattcaaaaatgaaaatagcgAGAAT
AAACTATGCGAGAATAAACTACGCATATACATTTATTTAACTAATATTTG
AGACTTCCTCCCTTCTCCGTAGACTGAATATGTTGTTAATATATTTCTGG
GTATTTTAGCGTTTtacagaatttaaagtttgagTGAAAAATTTCAGGCT
TTCTACTTTATCTATTCGGACATCTCGATTTGGGAGTGGTAAAACGGctt
tcaggctatattctcagccatATGTCTTAAGTCTCAGgtcaaaactctac
tttccaatcCTTAAGGCACTTAGAAATTACTTGCGGTCTTTGAAAATTTG
CAGGGAAACTCTTTTTGTGACGAATATTATGACCATAATTGTACCACACT
CACTGAAATTccgttttttcttctttaggaTTTCATTTCCTGCAGTGTTG
AATGTCATGATGATGAAAGAGATATCTTGTACTCGTAAGTTGAAAGTTTG
CCTAAAATGACGTCCATTTAATACCGTTTTATGAACGTTAAAATTACTCT
ACACGCCAGCTTTGAAAAACATATCTCTTCTATCCATTCACGCTAAGAAT
TCTAAGGACtaactttgaaaatatatacCTTGATTAATCGATTTTGCGAA
CTCTAAAAGCCATTGTTTGCCTCATTTTGAAAAGCATGATACGGTTATAT
TAATGGGAGTATTTCCTAGCAAGGGTATTCTATCTCTCAAAAATCTTATA
AGAATACAGTAGCATGATCAGTTCACAGAAATCAAAGCCTACTTGGGAAG
TTTTTCTGCAAAGAAGATGAATCAGTATGTTTTCTCGTTTTGGATAAAAA
CTGAGATGTTAAAAATCAAAGGGTGACCAGAGGCGCCTCTTGTTATTTGG
TGCCCCACGAAATATTGGTCGCAACTTGGGGGAGAACAGTTGGCCCCTGT
GACGTCACTAGTAGAAAAGGTTTTTTGAGCAACGCACAGACCTCCAGTTA
GCTTGGAAAATATTATTGATTTTATAGATGTAAAGATCATCAATTTTGTT
GTAATGGATATTGTTGTGATGAATTGTATGCTGTTTGGTATATCtggtaa
gaaatattttcaaagtattTATCACAACACTCCTGTCTGACAGCCCCGTT
GGATGGGGATAAAATTTCCTATTGAGATCCCAATAGGGAGGTTAAAAAAC
GCAatgggtttggagtgcaatctttaaacattgaatttatATGGGGATGA
TGAAATGAAATTCAATTTCCCAGTACCCTTACGGAAACTAAATGCTcgta
ttccattgaaaacgaatATAGAATGCattaaaatagaataaaattctagg
ttcaaaactttgatgaatttctaatTCATTGGGTATCAAAATGTATTTAA
ATTCTAGACTTTAAATTACATATAAATGTATAATAAAAGATTACGTTGAA
CTTGAGcaaagaaaatacaattcaaatgtAGTTTCAATTAAATTCCATTT
tccattcaacttttttaaacgtagtaaaatttatttttaatgtgaaCCAC
GGATTCACTAAAATAAATGCATGCAATTCACATGCTCTCACaaataaaat
gcattttttattccattttttaaacgcattgaaactaaatttttcgatat
gctgatgaattgacaaaaaaaatgcagttcaaatatttttaaaaataaaa
tgcactttccattcgattttttaaacgcattgaaactaaatttttcgata
TTGTCTAATTCGATAAGTAAAATGCAGTTCAAATAGTTTTACAAATAAAA
TGCACTTTCCATTCGATATTTAAACGtattgaaactaaatttttcgataT
GGTCAAGAATTCGGTAAAATAAAATGCAGTTCAAatagttttacaaataa
aatgcactttccattccatgctgttttaattttttttgctgaaattcatt
tttttctaattttttaaaataaaaaaataagtaaaaagataaattagtaa
agattaataCCAGAGTAAATAGTCACGAGACTAAATGCAACCTAATATAT
TTTAAGTAAAACCAGTCTATTCGGTATTCAGAAAAGAGATAGAATGATTA
ATGGTACAGGGATTaccaaaaatttccattttcaccTATTTGAATCATTG
CAGAATGGAGATTTTTCgcaagctttcaaataaaatgttaCCAAAATTCT
TTAAACTTAATTGAAATCCCATGTTCTTTCTTTCAGTGTAACATTCTATT
TCAAGCTAACCTTTTCCGTGGTGAAGTGAAAGACCCAGCGTTTTTGTAAT
CTTAAAGCCATATTTACCacaaaagaatgcggctatcgcgaaatcgcacc
cttacaatGAAGATCGTAATCGTCAAAAGTAAGGCACGCTGATGACAGTA
CAGTATTTCGCCATcgattttaaatctttaatccATGTTTAtcatgtttt
gttaaatctCCTCCTTGATTAACTCTCTCGCAGCTGTTCACAAGCTAGAG
GAAACAGCCCCTAGAAACAGACTCGGTGGGACCTCTCCTCACTGGAAAAA
GCCGCCAAAAAATGGTCCCGGTGAtaaaaaataccctgaaatttcatccc
cattgaaaaGCTACAAGAGCTCTCATTGCCGCTCGGaaaaaaaaaCACTG
AGACACTGAGGccatcctcactggatttttGAGCTGTAAACATTAGAATT
TGAAATCCCCACTCATTTAAAAACAAGCGGTTTTCCACTCCCATTGGCAT
AGCTCATTTTATCTTCATTGGCATAGCTCATTTTATCTTCACTGGCTAAA
TAACTTTAAcagggtcactgagacaggggtgtcaggAAATGGAtctgaaa
ataatatataatgttATATGTCATTGAATATGCTATTTTTCATGAGTTAA
AAATTACAGTTCATTATGGTAggtttcaaaattaaatgatgTCAGAAAAT
AGACAAGTACTTACTTTTCAGGAGTTCTGTCTTTTTGAGAGCACGACCAG
TGCAcgagttttaaaaaaatcaaatacagCTTTTTGTGCACAATGCAGGG
CGGGTCgggaaatcatttaaaaatttgaaattttagtgaCCCAGCCGCCC
TCACCATTAATAacgaaactttttttctctgaaCCAGATAAACtttcgat
aatttttttatcagaCAAAAAGTGAATATTTGTCTAACAACAAATACTTT
GAATATTcgaaaaaacttggaaaaacgAGCGCGTAGCAGCCATTTTAGAA
GCTCTACGCGCAAGATAACAGAATATGTTAGCTTTTAGTTGCAAGTTGCG
CATGATCCTGAAGTAGGATGAATTCTTCCGCAAATTatgaacaaaagttt
ttgatgttattattatCACATATCATAGTATTTCACAATAATGGCgcaac
tttttttctgattctaatcataagttttttgtctgacaaaaaaaatgaaa
atctagggTCTAATTTTCTGTCTTACTTGTAAAAATGAGACTAGCACAGT
ATTTCCATGGATTTGTAAGTTGAGTTAGTTCACAATAATAAGgacagaaa
ttttgtttttatcagaaagaaaatatcgtttttgatgtttgatttattCT
TCAATGCAGAAAAAAGTtaatcaaaattgtaaaaatttgtgacaAttttt
ttACGTTCAAAATTCTTAGATACgtttaaaatacatttatttttttcgaa
taatTTGGGTAAATTGCTCTGCTCCATTGATAATTGTAGCAAATTAGTTA
GCTAAATTGTTTTGTGTATTGGCGGTTTAGTTTGATAAAATTACGAGCAA
TTAGAACACAAaagatttgagaaaattgatgtttaaaagttttttaaaat
tttaacaagcCAAGTTGTCAGTTGTGTCAGTCACATGTCCGTCAGGCCAT
GAACTATGTTTAGAAATGATGTTAAGGAAGAGTCTCTTCTTGGCTTAAAT
TTAACAAATCCAatgttatttccaaaatttatctattAatatttattttc
tttctaacTTTCAGGTAAAACCATAATATACCGACGGAATACTGACACAC
AATTGAAGGATGATTAAAATCACGATACCAAACAAAAAACGAAGACGCCA
actcatttttcagttttttaatttttaatcttttattagaattttctttg
taaatttcaactttaacttctgtttattctACTAAATAAACAATTCCATT
TGCAACTCAAACGATTAGACTTGTATCCTGTATCTCAAAACGCAGTTAAT
CTGAGTGAATATTAGCCAATAACCCATCGAATACAGCTCAACAATGTATA
CCCCTTAAAAAGCATCGATAAACCTcggaaaataatcagaaaatgcCCCG
ATAAAATCCCTATAAGGACCCGAATACTGGTAGTGGTATtcttacaaaga
aaagaaaaataatgcattacAAATTCtcaattcttatgaaaaatctttcc
taTAAGAAATATTTCGGATATTGAAAAGGCATTTCAAATTtggattttca
attcatttgaaATCTTGTCCGCTATTTAAAGTGCATTTTAATTTTGACGC
CGttcattaaaaatatatttataattttcctcaattctctttttcatgtt
aaaaatgtatttgtaattgtgaagtatcaaaaaattataaaattgttcaa
aaaagtaaatgcattttaaatgaaatccTAATGAATTATATATCctactt
tttcaaatgttatttCAATGCAATTAAAGTGCATACTGTATGCTATTCCA
TAATGCATTTTATTTGCAAAGTTTTTACTCTAGCAATGCGATTTAAATTC
GTTTAACATTTTTGTCCAGGTCCAGGTTTCACTACATTTAAATTGCAATT
AAActcaaatttcaatgaaaaattcgaTGCATTTAAAACGCGTGGAAGTT
CCGTAAGGGTAGAGCTGAAATTTCatggtattttcccaccggggacgaaa
gtcttgcaaaattttgcaatgGGGCTGGCGTcctagcgggtctgtgacac
aggggtgtatcacAATAAAGTGCATAGAAAGATTGATGAATATTATAGAC
TTATGTttccgcggctttcttatactatggtttcaGGGAGAGGGCTAGAA
GCTATTATCAAGTTAGAAACCTCAGGGCAATATTGAGTCCGTCCTTTTTT
CCCTCAATAACTTTTCAGCGTATCAGTTTTTAAACGATCCCAAGTGGCCA
ACAATGATTTATGGGTCATTTTTGCAAATACAGATGGGAAATTACTTTAA
AAGTACCAATGACCTAAATTCATGATTTCTTCCTTTTTAGGGTGTTATTT
TTTGGATTAATACTATTGTGTTGTGTTGCTGCTGTCATTATACGTAAGAA
AAAAGCGCGTAAGAATAGGGTGacacatagcatgtttttggaACGGATAC
GGGAGCGCATCGAGCGCCAAATGTTGGAGGAATCAAATGTTTCTTCTGTT
AATAATACGAGTGGAAATTTCTTAGATGAACCACATATGATGTtcaattc
atccaatcagaGTGTTGGGATTGGAGGCATGGGGCGAACCGATGGTATGA
TAACACCAGTTGGGCGGTCGCCCGCCAACCTATTCTTAGCTAGGGCACCA
CCGCCATATAGATCAACACTTGAACTAGATAACCCACATGGATCTAGGGA
TGAGGCACCGCCTAGTTATGATTCCATTTTCGCAAACGAGAACTCGCAAA
ATAATAATCAAATTGCCTCAAGTAATGGAAATAATAATAATCAGACTAAT
GAAAATTAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000367_pilon:274050..280008+ >XLOC_043404 ID=XLOC_043404|Name=XLOC_043404|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1296bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000367_pilon:274050..280008+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGCAGGGATGTTTTCTTGTCTTGGTTTTGTTGGTCAAATTACAACTTAG
CCAgATGCAGGGATGTTTTCTTGTCTTGGTTTTGTTGGTCAAATTACAAC
TTAGCCAggaTTTCATTTCCTGCAGTGTTGAATGTCATGATGATGAAAGA
GATATCTTGTACTCgaTTTCATTTCCTGCAGTGTTGAATGTCATGATGAT
GAAAGAGATATCTTGTACTCATGTAAAGATCATCAATTTTGTTGTAATGG
ATATTGTTGTGATGAATTGTATGCTGTTTGGTATATCtgATGTAAAGATC
ATCAATTTTGTTGTAATGGATATTGTTGTGATGAATTGTATGCTGTTTGG
TATATCtgGGTGTTATTTTTTGGATTAATACTATTGTGTTGTGTTGCTGC
TGTCATTATACGTAAGAAAAAAGCGCGTAAGAATAGGGTGacacatagca
tgtttttggaACGGATACGGGAGCGCATCGAGCGCCAAATGTTGGAGGAA
TCAAATGTTTCTTCTGTTAATAATACGAGTGGAAATTTCTTAGATGAACC
ACATATGATGTtcaattcatccaatcagaGTGTTGGGATTGGAGGCATGG
GGCGAACCGATGGTATGATAACACCAGTTGGGCGGTCGCCCGCCAACCTA
TTCTTAGCTAGGGCACCACCGCCATATAGATCAACACTTGAACTAGATAA
CCCACATGGATCTAGGGATGAGGCACCGCCTAGTTATGATTCCATTTTCG
CAAACGAGAACTCGCAAAATAATAATCAAATTGCCTCAAGTAATGGAAAT
AATAATAATCAGACTAATGAAAATTAAGGTGTTATTTTTTGGATTAATAC
TATTGTGTTGTGTTGCTGCTGTCATTATACGTAAGAAAAAAGCGCGTAAG
AATAGGGTGacacatagcatgtttttggaACGGATACGGGAGCGCATCGA
GCGCCAAATGTTGGAGGAATCAAATGTTTCTTCTGTTAATAATACGAGTG
GAAATTTCTTAGATGAACCACATATGATGTtcaattcatccaatcagaGT
GTTGGGATTGGAGGCATGGGGCGAACCGATGGTATGATAACACCAGTTGG
GCGGTCGCCCGCCAACCTATTCTTAGCTAGGGCACCACCGCCATATAGAT
CAACACTTGAACTAGATAACCCACATGGATCTAGGGATGAGGCACCGCCT
AGTTATGATTCCATTTTCGCAAACGAGAACTCGCAAAATAATAATCAAAT
TGCCTCAAGTAATGGAAATAATAATAATCAGACTAATGAAAATTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000367_pilon | genome | sc0000367_pilon:274050..280008 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 181-648:5492 |
| Aaloc | 112-177:1229 |
| Aaloc | 55-108:629 |
| Aaloc | 1-54:1 |
|
