|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000172_pilon:55157..61370+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_043060 ID=XLOC_043060|Name=XLOC_043060|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6214bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000172_pilon:55157..61370+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTCATTTGGCCGTATATTGCGATTTTCATTTCTTCTCTTGTactgtaa
gtttttatttttcaaatttagataaGGTCAACTTCATAACAGTTGCCTTA
CTACAATCGGCGCTGaaaaatttggcacaaaaggggaatttcctcaaaag
tttaaaaccgcaagtgatttttaagtgctttgaagtacggttcgaaagta
gagttttaactctgagtttttacattagacttaagacctacgaggacctt
aggatctcatgATCTAAAAGCTCGAAAATGTTCCAGTAaagctgagaata
tagcctggaagccacttaacccctcccaaatcgaaaaatccaatgaaaca
aagtggaagtactgaaactgcaattctcacccaatttttaaattctgaaa
aacgttaaaatacccaaagtTGCCgatatatttcggcgccgattgtagcG
AAGATATAcccttatttctattttttgccttttttcggAGGCAGTTTCTT
TGCCcagaaaacagaaaatgaaATAGTCCAGACTGTACAATCTATCATTT
AAGCCTTTTCCTTCAATGTTACAACTTTTCCTTACAGAAATTCGTTCAGT
TGAGATAGAGATAACCTTTCCTTTCACATCTGGTTCATATGAAGAAATTT
AAGATTAATTTGATACATCTTTGTGATTATCGGACTGTAATTCTTTTAAG
AATGTTGTAATTCTTTGGTcaaacaaattttcgcgaaaaataaaaacttt
tttactttagcgaattcgaggaaaaaacaagttcttttttacgaaggttt
tgtttttaagtaagagtgatatcgtttgtctcgtcaattttaatttacaa
gctctttttcacgttgaattgacacgaatgtggagcaagattggtcagat
agaggaatacaaaaacattttttcgcttatatcagcataatataacgaAA
GGCAGACACGCAAAGTCTTTCAGATAAATTTTTGCttcattgaatttaaa
aaatgaaaaagaaattcaaagtcTAAATTTTAACactaattttcaatatt
tttattgtcATAGATCAAAACTACAATCTAAAATGTATTGTAAATGGGAT
TGGTAATggaaaaacaattgaaaaatatgCCCAACGTGGTGTGCCTTTCA
GATTGGAATGTGATTTTGACGAGGGTGATCATTTGGTATATTTTGATAAA
GTTGACCCAAAAACAAGCGAGgtatgatttttcttttaatttcatatttt
gaaaaacaatattAAACTGTAAACATTATCTGAGTTTTCGAAGATTGTAG
TTCTTTGGTCTgaatgagcccccccccccccccccagtggacCTTCAATT
CGCAAATTCACGCATGgcaatgttttttcgcaattcacgcaatttttgtt
cacgtaaagttttccaattcacgcattcacacaaacCGCTGccccccccT
GAATTGCACACTTCTATAAAATTATAAGtaatttaataaaatgaaaGGAA
CACAAATATGTTAGCAGTCAAGTGATTTTAGCAATTCAAATTAATTCGTC
CGAAATAGATTTCCTTCACTCGGTCATACTTCTAGAACCAATTTCATTTT
ACTTTTCTGATCTAAAGGCAAAGCCAAGTTTTTCCTTGTGTTCCTCTGGA
TCAGtatgaagaaaatttctacagcGGGAAATAAAAGCGAGGGAGTTCCG
TCCATCTTCGCCAGTTAGTACCACTTTCTAAGGCATTTTTTGAGCCTGCG
AAGTCGTAAATTATTCTCAAAGCTTTGTGTCATATTTACtatgttctttt
taaaaatgtgtaTTCATCTTTTCTTTTAGGAACTCCATCCTGGTACATGG
GTGAACCCATACAATCGTTTGTATACCTATAAAAGGACAAATATAGCACG
TCTTGATGTTGCCAGGCCAACTCTTGAGCATGAAGGGCACTATAGGTGTA
AAACACAAAGGAATAATTTCACTGCAGGATTTAATGTACAAATCAAGTGT
AAGTTCCATTATTCATGCAAAGGGACCTCATTTTCACCATCATTGTCCAG
TTGGCAATTGTCACAATCTTCATTCGCTTTCGTGCATCCCTTTCTGCTTC
CGTGTGGAAACCATATCAGCGTAATTAGATtacagttgaactcatgtaat
tcgaactccTATAACTCGAAAACTCACTTAAATTCGAACAGATTATGTGG
TCCCCTCAGAATTTACCTTGAAAACCTTACAAGAaaactcctataattcg
aacccatgtaattcgaaaaatcatGCAAATCGAACAGATATTCCGGTccc
atcaagaaattttaatcatgtaattcgaaattttcgatttttttaagttt
ttgaagctgacaaactcaaaaattttatcaatcgAACGTTTTCAATTAAA
CGTTTTTGATGGTAGAATTATTGTTTACCAAtctaatgttttctttttta
cattcGTTTGGAGCTCTCCGTGACTTGGAGGATGGTATGTCCAATAAAGA
CGCATCTATAAGTACGAAtacaaaaaattgttcaaaagtaaacctgggaa
agactttttttatcgaattaggtcaaaaatacaaaaactcaTCTATTTcg
aaactcatgtaattcgaacaaaattctcggtcccttgagaattcgaatta
catgagttcaactgtaATTCTCTTTTAAAAGTGGTTTCCACACGGTGGCT
AGCACGAAAGGTGTTCgcacttaaagggacataaaagtactgacgcaATT
TGTAATAAAGCTGTATGCtaaaactgtatgcagcgggatacaaaattaaa
acaaatgtcacatgtcaaaataaaaaaatcaaaacaaatatggctgactt
tgaatatttaaattgttttacaagtttgttttggacatgttattttaatt
gttctctgtAATGACAAGTGGTTCatgcaattttacaatttactactttt
atgcccctttaaaacAAATGATCTTTAAAATATTGGTTCGTAAATTCAAC
CAAAAAGGGTGTTGATTAGGTACTTGAGGTACGGTACGGTATGAATTCAC
TATTTtatagaaagaaaaatcatgaaGCCTGTGATATCCCCCTGTAGTGA
TATCCGatggagggggtactagggtcgatatatgatttcgggctgtgctt
ttcacggtagtggAGCAGACCTCTGAAAATCGACCTTTACCTGTTCTTTG
CATTGAATTTCTTACATTTCCACATAATattgaggttaagcataccagga
taatcacgacgacggatgaaaaatgtaataggctagtgaaaatacgaaat
ttgattggttgaaactcactagcctgttaaattttcgttcgtcgtcgtca
ttttaccgatttacttgaCTTCACTAATATCTATGTATACTTTTTGACAT
TAATTTCCAGATGAAGTTGGCAATTATAAAAAAGAGCAAGCTTTCTTcac
aaacacaaagaaaaatcaaatttccatTGGTATAACTGGAACTCAGCCAC
AAGTTGCATGGTTCAAATATGATAAAGCTGGTactaagaaaaaagaaatc
gCTAATTCTAACAGTAAGAAGAAACacctttcatttttttatggcGTTTT
AAAGGCTatagcgctatacttatagtaggggtcggaTTTGGTGGCACTTC
CATGGCTTCCATGGTACACTCTGAAATgcatgctgatgtcagcccgaaag
ctgattggcttaaaCGACAGTTATACGAGGTTTAagagtatagctaaaac
tttgttatgttttcaacagtaaacgaaagtgaatgaagacaaaatgtaaa
caaaaagattgcaaagaagttttcgaataaattcacaatagaatgtcttc
atttaaaatttaccatgcgtcgttccctttaaGCAATCTCAGAAAATGAT
TGTTATGCctattaacaaaaaaaaagtaaagacgaaaaataaaattttgt
tcattcttgACGTTTCGATACTTCTTGTATCATGATGACAAGCAAATAGT
TAgcttacaagcaaaaaaattttatgttaTGCCTATGCTTGTTTTTTGTG
CACCAAGTTTGATAATtaacccatcaaaattttaaagtttacCTTTCCTA
CTCGATGGTGATTTGGAATTTATAGCCCCAAGTTTCattgtaatatttta
aaatgttttcattgaaaTATGAGAGACTATTCAACCCGAAATCACCCGAA
AAGTCGGTAAAAACCACTGTCTGGAAGTCTACATTGATGATTTACTATCA
ACTTAATACAGACAAACCGTCGAAACGTCGCATATACGCAACTgtgtttt
taaagtttaattATAATGTTCAACACAGATCTTCATTGACTTTTACGTGT
TTTTAATGATATACTGTACGTAGGTTTTTCAACCGACTTGAAAACCCAAC
TCGCTGGAAAGGTTTAATTTTTGATCACGCGATCAAAGAAAGAGCGAAAA
CTAATCAATTTTTAAACGCAAGTCAGTCCCAGTTGTTACTACAGTAACTA
CTAAGTAGCAAAAAAGCTTCCTCAGTCCAGGGTGTTTTTTATGCGGCCTT
TGCTTTCAATAATATacgataaaaattcaaaattaaaagaaatcatgtgt
cgcgagcacagagctgtgatttccctatctagggTTATTaaactatcccg
ggatagggcccggtccgatgatatcggagggtccGCTTCCCTCTTCTCTC
TCACAATAAGTTCCTTCATGGTAGCTGCGtttttttCCGTTCTAGGTGTT
TCGAACTCATCCAAATATTATGTTGACATTACAAATGGTAATTTGATGGT
GAATGATATCAAGAAAAACGACACTGGTACTTTCGAATATCTATTAACTA
AGAAACCTTACAATCCTAAAACGGACAAGATCAAAGTCATTTTACAAGGT
AAATATTGTCTAATCTAAATAAGTTTAcgtttatcgacccagtgatattc
atattggaagtttatcgtggcttggatcacaagacttacgtttggctacg
tttcgagagattcttctcccatcatcgggcaatgtggaggatgttaaata
ttgtcttttcttttacttctCTTACACCGGTTTCTAAGCTAAAAACACGG
TAAAATAATTCGGCAAgacgattttaaaaatttgatttaacTTTTGGAAT
CCATTTTGATATACTGATTgcttttttccaaaactttggaagtattttca
attttttttgaggaatttattttccttaaaaatttccaattttgagcttt
aaaatgattttatgtGATTATCTGAAACTATTAAAAAACTTTGGTCAAAA
CCCTCTTAGAGTGCATTTCTTTTACCAGACTTACCTAGCTTTACTAACTG
AGGGGACATAATCTAATTTTAGTGGACAAGGCAATCGTCAAAAGTTTGAA
CCAAAATGAAGACCTTGCACTGCCTTACCTTGTTTGTGCTTTCATAAAAA
TATCCATAATGGCACACTTGGTCTCACTTGTTTACAGTTTATAGCTTTCG
ATTTTTGTGCTCCCGTTTTGAGAATCGGGAAATGCAGTGTCAGCATAACT
GACAATGTGAATGGAACGAAAACTTGGCTATCGAAAAAATGGCAGATAAC
TAACTGAACGGATTGAGAAAATTGCTGGGTCAGTCAGTTAGCTCAGATAG
ATAGAAAACTAAACGGAGTGATGACGGGTTTAGTCATACTTTTTCACCCG
CTCATAATTAGGAATGTCTGGTAAAAGTAATCCATTCACAGTATATTTCA
ACGTTTAACATTCAACATATgaaaaagagcaagaaaacaaaaacaaataa
tttcaaattttgaaaatccgaaaatGGTAACGCCGGATTTATATcgttat
aggtaaaagatggaTTACTAGTAAAAAGATTTGAACAGATTTCAAAGGCC
CATTACTGTATGATTCTTAAAAATACCTTAAAGTTTTGCAAATTTGAGCC
TtgtcattcttataaaaaacaaatttttaagttttttccaACTACAGAGA
CAATCGAATCTATTTTTTGAGTAACTTTGTCCGTAAAACAACAACTTGAT
TTGGTCTTGTCTTTTATCATAAACTCCATTCGTAAAATTTACAACCATGA
TTAATGTTGATTATCTGAAAAGTGATCCCGGGATAAACAGATTTacatat
ctttcttttttcagaaaaaacagaAGTACTTATTCCAAGATTCAAAATAG
TGGTCGAagacaaa Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000172_pilon:55157..61370+ >XLOC_043060 ID=XLOC_043060|Name=XLOC_043060|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1458bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000172_pilon:55157..61370+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTCATTTGGCCGTATATTGCGATTTTCATTTCTTCTCTTGTactATGT
CATTTGGCCGTATATTGCGATTTTCATTTCTTCTCTTGTactATCAAAAC
TACAATCTAAAATGTATTGTAAATGGGATTGGTAATggaaaaacaattga
aaaatatgCCCAACGTGGTGTGCCTTTCAGATTGGAATGTGATTTTGACG
AGGGTGATCATTTGGTATATTTTGATAAAGTTGACCCAAAAACAAGCGAG
ATCAAAACTACAATCTAAAATGTATTGTAAATGGGATTGGTAATggaaaa
acaattgaaaaatatgCCCAACGTGGTGTGCCTTTCAGATTGGAATGTGA
TTTTGACGAGGGTGATCATTTGGTATATTTTGATAAAGTTGACCCAAAAA
CAAGCGAGGAACTCCATCCTGGTACATGGGTGAACCCATACAATCGTTTG
TATACCTATAAAAGGACAAATATAGCACGTCTTGATGTTGCCAGGCCAAC
TCTTGAGCATGAAGGGCACTATAGGTGTAAAACACAAAGGAATAATTTCA
CTGCAGGATTTAATGTACAAATCAAGTGAACTCCATCCTGGTACATGGGT
GAACCCATACAATCGTTTGTATACCTATAAAAGGACAAATATAGCACGTC
TTGATGTTGCCAGGCCAACTCTTGAGCATGAAGGGCACTATAGGTGTAAA
ACACAAAGGAATAATTTCACTGCAGGATTTAATGTACAAATCAAGTATGA
AGTTGGCAATTATAAAAAAGAGCAAGCTTTCTTcacaaacacaaagaaaa
atcaaatttccatTGGTATAACTGGAACTCAGCCACAAGTTGCATGGTTC
AAATATGATAAAGCTGGTactaagaaaaaagaaatcgCTAATTCTAACAA
TGAAGTTGGCAATTATAAAAAAGAGCAAGCTTTCTTcacaaacacaaaga
aaaatcaaatttccatTGGTATAACTGGAACTCAGCCACAAGTTGCATGG
TTCAAATATGATAAAGCTGGTactaagaaaaaagaaatcgCTAATTCTAA
CAGTGTTTCGAACTCATCCAAATATTATGTTGACATTACAAATGGTAATT
TGATGGTGAATGATATCAAGAAAAACGACACTGGTACTTTCGAATATCTA
TTAACTAAGAAACCTTACAATCCTAAAACGGACAAGATCAAAGTCATTTT
ACAAGGTGTTTCGAACTCATCCAAATATTATGTTGACATTACAAATGGTA
ATTTGATGGTGAATGATATCAAGAAAAACGACACTGGTACTTTCGAATAT
CTATTAACTAAGAAACCTTACAATCCTAAAACGGACAAGATCAAAGTCAT
TTTACAAGaaaaaacagaAGTACTTATTCCAAGATTCAAAATAGTGGTCG
AagacaaaaaaaaacagaAGTACTTATTCCAAGATTCAAAATAGTGGTCG
Aagacaaa
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000172_pilon | genome | sc0000172_pilon:55157..61370 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 682-729:6167 |
| Aaloc | 529-678:4748 |
| Aaloc | 376-525:3413 |
| Aaloc | 205-372:1830 |
| Aaloc | 49-204:1066 |
| Aaloc | 1-45:1 |
|
