XLOC_043047 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_043047
Unique NameXLOC_043047
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000172_pilon:89696..98201-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_043047 ID=XLOC_043047|Name=XLOC_043047|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8506bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000172_pilon:89696..98201- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGCAAGCCGACTATGTAAGATGATTTTTTTAAATTCCAGCCTGGGAG GGAGGGGTACTGTCTTAAACGGCAAAACGACTCTATGTGCTGTATTTAAG ATACTAATTATAACACATTTTGTGTTAAATTGGACCCTTAAGAAGAATTA AAATGAATTTTGCCGAGAATCAAGCCTAGTTTGCAATCTTTCCTATATCT TTCGAAATTACCCCATTTCTTATTTTCCCAAATTTTACGGTCAATAATAA TGCATGCTGTAATTAAATCACAATCCTGAATTGACACCAGTTTCTTATTT TCCCAAATTTTACGGTCAATATAATGCATGCTGTAATAAATCATAATCCT GATTTTTTTCTTTTAATTCTTAGAAACGAGGCTTTCAATGGGTCAGGTCG TGGCAAATTCCTGACGTTGATGTCCAAAATACGGGCCACGCAAACGTTAG GAGCGACGTTGACCAGTAAAGGGAATCATGTACGTGCATCTGCAATGTAC AAAAAACTAATCAATGACTCATTGAGTATGCGTGAACATTTTACGCGCCA ACAGCAAAAGACGTTAGAAAGCGCGCTCAGTTTTATGGACGCTGATCCTC CGCAAGACGACCAGGCTGTAAACCAAGCTTGGAAAATGCGTTCAGCTATT GATACGGTCTATGACGAATGTATATCCGACTTTAACGACGTTCAATCCGC CATGCCGTCGAATCTTCAATCCGTCATTAAAGACACCATCAATCTGGCGT CGGATTGCGTTGCCAACGGTAACCTTTCAAAAGCGTTTATGGAATATACT AAATTACTAAAACAGATGAAACAGAACCAGAAATACAAAGATTTGGTGTC ACTGACTGCAAAGAATTTGGTGGATGGTTCTCTTTGCTTTGCAGAAACGA GTACAGAAGATATGTCCACTAAAGTCCGCAAGTTACGCGACAGTCTGGAT CGTGTCTATAATGAAATTCGCCTGCCCGATGTTTATGCACCCAGCTTGGG GCCATTGGTAAGTGTTTGGTACTTTCTTCTTCCAAAATTCTAGACTAGCC GAATCAGATTGTTTTACTTAGACAAATATAGTCTTTTTGAACTGCATCAT TGTCGGCCTCGTTCTCAAATAAAACACCAGCGCACAACGAGAGAAAAAAT TTTGGGGATTTTTCAGAATGCGTTATCGTGGAAAATTGAAAAACTGCCAC CCCGCCAAAACATTTATCGCCATAATTTTTAGTTTGTTCATTTCAAATGC TCATTTTTTTGGTTAAAAAAAGAACCGACTCACCCTTCTTTATTTAGTGA TTTTGATGCATACCAAAAAAAGTTCGTCCCTTAGATATGTTACCAATTTC TTAAGTCTTAAGTTAACGCAGAGGAATATTCGTTCTTTTAGTTTGTTTTC TTTTACCTGCGCATATACTTCTCGTGATGAAAATTTCCATCATGTTTTTC TTACATTCGGAAGCCTCTTGTGGTGAGATATTGACGTCTGTTTATTCTTA TGAGAGCAACGAGGCAACATGATTGAAGCTATGAGACCACATACATACAT GCATAGTTTAGGCAAAAACTTTAAGCGGGACGATAACCCCTATGGACGCT ACCTATCCTTTTTTCTATCAAACCATAAAATTGATTTTCCAAATCTCCTA TTTTCCCTGGTATCGAGGTATCAAAATAATGAGCTTTTTGGCATTGCTTG CTTGACTTTTGATTGAAATAGTCCTGCATGAAGTCTAGTAAATTTTCTGG CAAATAGGAAATTGCCATCCTGCGTTTGAAATTCGCTAAAAATTCTGCTC CCTTCGCTTGCAATCCAGATCTTTCGACACTCTGATATTTCTCATTCTTT TTTACTAAGCTATCTAGCCTTTCAAATGACCTTTAGGGAAATACTGAAAA 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TGGGAAATTGACTTTGATTTCACCCCCATTCGAAATTCAATGTTTAAAAA TTGCACTCCAAAATCATCCCTACTGGATTTTTGGACCTATCCCGGTGGAT GTCCTATAAATTAACCTTTGTCCGTTCGTTAGCTTTTCTCAAGATTGGCT CATTAGTTTTTTATAATTTTTGCACAAAGATGTGTAACTATAAACCCTCA AATGTGACGAAGCCCGATTTTCGAAAAAAAATTTGGGGGGCAAATTTGGC CAAAAAAACGGACTTTGCGAAAAACTGGATCATTAATTTTTTCTGATTTT TTTCATGAAAGTAGGGTACCATCATAGGTAAAAGATAAGCAGATTTTTGC AAAAAAATTTTGTTGGCTCAAAAAACGCATGTTTATCTATAAGAATCGCT ATTTATAAGCATACATCAATGTTCTTAGTCAAATTACTCACTTTTTTACG AGATAGATGTTTTTTTTGCTCATGAGGGCTTACTTTTGAAGAATATGTGT GTTTAGACATGAAATTTTGGTTGCTTGGCATGTTTTTATAGAAAAACTGG CCAAATTCGATATTTTTTATAAGCACATTATCAATTACTTAGGTATTAGC TTTTCTCGAGATTGGCTCTTTCATTCTTTATGATTTTTTGCACAAAGATG TATAACTATAAACCCTCGAATGTGACGGAGCCCGATTTTCGAAAAAAAAT GTTTTTGGGCAATTTTGGGCCAAAAAAAGGCTAAAAACGGTTAATGAAAT GTGAAATATTGGATCATTGTTTTTTTTCGGATTTTTTACATGGAAGTAGG TTTAATATGGCTCAAGCAAATTTAAAAAAAAAGAAAGAATTATTCAGCTC AAAAAAAACGCATCTTTATCTATAAGAATCACTATTAATAAGCATACATC ATTGTTATTAGCCAAATTACTCAATTTTTTGATGAGATGGATGTTTTTTT GTTCACGAAGTCTTGAACATGAAAGAATATTTCAAGAGCATGAAATTTTA GTTTCTAAACGTTTTTTTATAAGAAACAAACGATTAATTTTAATAGATCG TTACTATTTGTGTTCTAAATGATTGTTTAATGGTCACGCTCCCGTAGCTG CACGTAGATATTAATTATATATGTGTTAGATGCATAACCAGGTAGGTCCA TAAAAGTATCACTTGTTTAATCTTAGAACAATACTCCCCATTGAGATTTC AATATAAATTTTTATTCCGCCCCGCTGTGAGGAAAGATATAGACAGGAGA CCCGTCCTGTATTTTTATAATCTGATGTATACAGGGCTGTCGAATTTAGC GCTGTCCTCACTTACTAAAATAAAAACCAAATTTCGGAAGTTAGGCTTTC TCTAAGAAAGTAAAAGAATAACAAAATTTGATTGGCTATGTTTTCAACCG TCATTAGGATCTGGGAAATTCAAACTCTCAGCCCATACCATGCTATATAT TTCACCATCAGTACATAGAATAAGAAATCATAGCATGGATCTCCAGGCTA GGAAAGGTATCACCGGGGCTGTGAGACAGGGGTGTGATTTAGGGAATGAA CCAGGGATCATATACCTTTGACGGGTACATACATTACGTGGAGCAGGGGG GGTACCAAGTCAGTGTACTGGACCATATGGTACTAACTTGATTTTTGGAT TTTTTTCCAAAAAATTAGACCACCACCCTTTTTAGTACACTGTACTAACT TTTTTTCACGGTCAGGGCTTTGACACCACCCTTTCAGTACACTGTACTAA CTTTTTTTCACGGTCGGGGCTTTGACACCACCCTTTTAGTACACTATACT AGCTTTCTTCCACAGCCGGAGCTTTGATACCACCCTTTTAGTACACTGTA CTGAGGTTTTTCTTTAACTAGATTATTATTACCACCCTTTCAGTACACTG TACTAGCTGTTTTTTCGATCAGATAAGTTTAGAAACAACCCCTTATAGTG CACTGCTCTAATTTCTTCTTGGCCAGATAAGTTCAATTGCCAGCATATAC AAAGGTTTTGAAGCATTTTGCTAAGAAAAGCACTAAAATAAAAAAGGAAA GATTTGAATATTAAAATACTTGAATCCTTATATAGTACAAACACTGAAAC AATAAAACAGACAAAGCAAAGTCAATCAAATACAGTGAAATTAGCTGAAA TTAGCACGTCAAAACACTCAAAACCAACTTTGAGTTATTTCCCTTCTTTT GACTTGATTTCTGATTGTCTGGCAAGCTGTATCAGTTTTTCTTTTTTGAA AAATAAAAATAAAAGACTTAATAAGTGGGTTGGATACCAAGGTGCCTAAC TGTAAAACAGAATTGACAAACGAATGGAATGATAAGATCTATAAATTGTA AAGATGTAAGATTGTTTCATAGAGGTCAATAGACCTGAGAAATACACTTC TATAAATAAAAAAAATAATAATAACATTGTACACAAACTGAAACGGAAAA TCTTTTATCAAATGTAATATTATACAAAATATATAAAAAGGTGCTTTCCC TGTAAAACTTTATAAAATATCAAATTTTGAGGTAAAATTTGAGAAATTTA AAAAAATTTTGCCCTGAAAGGGCAAAAAAATTCGAAAAATTACACTATAA GGGTCGCTTTTCAGCCAAATTTTTCCTGCACTGTAAGGGACCAATTTTAG AGACCTGATTTTTGGCCGAACGTACGGTCGTTTTCACCCCCTCCCCCCGG TGATTTCACTTATATACAGATTTTTTTCAATTAACATCAATTAGTAGGGG GGAATTTGTAAAATTGCTCGATTTTTTTAGTCAAAGCACTTGTTATACAT TTTTGGAGAGCTAAGGGGTAGGGGAATCAAAATAACTTGGGTGCCAATTT TTTTTCGGACACTTTGGTGTGATTTTCGGACAAATACGACGGTCTCAGGC AAAAATCATAGGGTGAAAAATTAATGAAAATTTTAGCTTGAGAAAACGGA GACCTGTTGTATATTTTTGAAAAGCTCTCAAAAAATTAAGATTAGTGATA TATTGCGAGTATAGGTGTTTTCAGTACCTAACTCGAGATATTGAGCTTCC GAAAGCGCAAAAACTGGACAAAACAGCTGTTTCTGGCTAAAAAACACTAA AAACACTGTTATAAGGATTAATATCTCGAGTTAGGTAAAGAAATCACCTA TACTCGTAATATATCACTGATCTTAATTTTTTGATTTTGGTCTCGGACCA GCTGGACCTGGCAAATTAGGGCAAATATACATGGAAATTCCCTGGGTTTG TGTGTTTTTACCATGAAATTAGTACAATGTACAATGTAACTTGTCAGTGT GTATCAATTCAGAACACCAACCTTTCTAGTACAGTATACTAACTTTTTCA TTGTATTTTTCTCAGAGGACCACCCTTTTAGTACACTGTACTAACTTTTT CATTGTATTTTTCTCAGAGGACCACCCTTTTAGTACACTGTACTAACTTT TTCATTGTATTTTTCTCAGAGGACCACCCTTTTAGTACACTGTACTAACT CAATTTAACCTAAAAAATACACCACCCCACCAGCTATGGGCCAGTACACT GACTCGATCCCTCCCCCCCCCTGCGTGGAGAATAACATGTACTTTTTTCA TATTGGCAAATCTCAATTGACCTTAACCAAAGTGCCATGGAAATAACAAT AAGTGTTTATTTTTTTCTATTACGAATAGCGAAGCAACAATAATAATGAT ACCATTCAAAACGATCGGTATGTAAAAGAAAACATTAAATTGGTTTCCTT TATATTGACTGTTTTTTTAAAGAAGTCAAGGTCAGGGAATCCCCTCTGTT CATTACACGTTTTTTTATAAGGAACACGTATATAGGGAACTTGACGCTGA AAACGGTCTGTAAAAATAAGGAATTGTTAAGGGACTACTCAGGATGAGAA CAACAAAAAAACTTAAGGAACAGACGGTTAAACTTGCATTTGCTCTCATT TACAAAAACCTAAACAAAAAGATGGCAAAATATTGATGAAAAAACATTCA ATAAGTATCAATTCGAACTAAAACATTGGTCTCCTCTAATTTTTCTCTAA TTCGAAGAAGATTCTTTATGCCTTGAAAATCGAATTAGAGAGAGTCAACT GTATATTTTTATTTTATTTTTCTTGTTTAAAAAAAGCCGAACAGGATTTA GATTGATGTTCATTTTCAGTTGGTTCGGTTGGGAGTCTCCCCGAGCAGTA ACTCTGGTCCCGATATCACGCAATTTTTTGTACCCGGTCACGATCACGCA AATCAACAAAAAAATTGGATAATCACGCATCCCTTTGAAAAAAAGTTCGA ATCACGCATCACGGCTCAATCTTTCAAATCACGGATCACGTATTGACCTC TGATCACGCAAGCACGAAAAAATGTACCTATCATTACATCACGCAGATAT CTTCGGACTTACGATAAAGGCTTGTCTGAATTTACAATAGTTTTAAACTT GTTTTCATTCTGATTTCAGCAAAAATTGAACAAACGTGAGAAGTGGCAAA AGAAGAAAGGTTTGATGGTGATTGATTTTCGACAGAAAGACGGTTCACTA TTTCAGTACGGTATGACAACGTGCAATGATCGAGTGATGGGCGGATCAAG TGAAGCCAACACACAATTCGATGAGGTTCGTGTGATAAAGTTCGCATTAC CTTATTGCACGAATATTACTAGTCATTTTATTAACACGATTTGAAAAATT TCATGTTGATAAAAAAACCCTTAATTAAAACCAACCATTTTCATTACTAC ATGTTAACGACCAACCAAATCCAATAAGATCTTGTAAAAACTCCAGCTTG GCCCTTGCAAAAGCAATAAAATTCGTGTTAATTTTTGGCGTGTTAATCTA TAGGGCGTTAAATACATCTTTACTTATATTCGTGTAATAAGGTATAAAGA AATTTTTATAAAAAAATTAAATTAAAATCGAGGGACCTTTGTTGAAAGCT AATTTATACATATATAACGCTGCCTGATCTCCATTTGAATATCATTGACC TGGCTTTAAATAGGCTTTTTGATTTTGTCCCTTGAGACATGAAATGATTT TTTTATGAATCGAAAGTAGTTTTGTTAAAATCCGATGGGAGTTGATCACC ATGGCAATAATTTCAAAACGAGACAAGTGTTGTTCGTGACGTAATTTATG AAAAGGTCTATTAAATTTGTGACAACCCTTATATTTTCTAGGTCAAAGAA TGCATCGAATTTTCCGGATCCTTGTCTAAAAAAAACCGGGGTGGCTTTGC AAGTGTTCGCATTCTACCAGATAATAAGGATGAAATGAAAGAATTGTTGA GTGGTACCAAAGCTATATCGTTAGAGGTAATGAACCTCGATACAAAAAAT ATTCGTTACAAATTCCAAATGGCCAACGAGGCGCACTTGAAATCGTTTAA TTGGCAAGCTGAATTTATTGTGGAACCAGATGGCGAATGGCACACTGTTG TTTTGGATTTGTATTCTTTTTGGCCTACCATGTTTGGTCACGTGTTATCG TCTCCTGGCAACGTAGATTTTAGTAAAGTTGACTTTCTTGGTGTATTGAT CAGTCACGTGACAGTGGATGGGAAATTTAATCCGGACTTCGTAGAAGGTA CTTTCGGTTTGGGTGTGCGTTCGTTGAGCTTGATCAAAGATGAAGATGAA AGTTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000172_pilon:89696..98201-

>XLOC_043047 ID=XLOC_043047|Name=XLOC_043047|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2544bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000172_pilon:89696..98201- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGCAAGCCGACTATATGGGCAAGCCGACTATAAACGAGGCTTTCAAT
GGGTCAGGTCGTGGCAAATTCCTGACGTTGATGTCCAAAATACGGGCCAC
GCAAACGTTAGGAGCGACGTTGACCAGTAAAGGGAATCATGTACGTGCAT
CTGCAATGTACAAAAAACTAATCAATGACTCATTGAGTATGCGTGAACAT
TTTACGCGCCAACAGCAAAAGACGTTAGAAAGCGCGCTCAGTTTTATGGA
CGCTGATCCTCCGCAAGACGACCAGGCTGTAAACCAAGCTTGGAAAATGC
GTTCAGCTATTGATACGGTCTATGACGAATGTATATCCGACTTTAACGAC
GTTCAATCCGCCATGCCGTCGAATCTTCAATCCGTCATTAAAGACACCAT
CAATCTGGCGTCGGATTGCGTTGCCAACGGTAACCTTTCAAAAGCGTTTA
TGGAATATACTAAATTACTAAAACAGATGAAACAGAACCAGAAATACAAA
GATTTGGTGTCACTGACTGCAAAGAATTTGGTGGATGGTTCTCTTTGCTT
TGCAGAAACGAGTACAGAAGATATGTCCACTAAAGTCCGCAAGTTACGCG
ACAGTCTGGATCGTGTCTATAATGAAATTCGCCTGCCCGATGTTTATGCA
CCCAGCTTGGGGCCATTGAAACGAGGCTTTCAATGGGTCAGGTCGTGGCA
AATTCCTGACGTTGATGTCCAAAATACGGGCCACGCAAACGTTAGGAGCG
ACGTTGACCAGTAAAGGGAATCATGTACGTGCATCTGCAATGTACAAAAA
ACTAATCAATGACTCATTGAGTATGCGTGAACATTTTACGCGCCAACAGC
AAAAGACGTTAGAAAGCGCGCTCAGTTTTATGGACGCTGATCCTCCGCAA
GACGACCAGGCTGTAAACCAAGCTTGGAAAATGCGTTCAGCTATTGATAC
GGTCTATGACGAATGTATATCCGACTTTAACGACGTTCAATCCGCCATGC
CGTCGAATCTTCAATCCGTCATTAAAGACACCATCAATCTGGCGTCGGAT
TGCGTTGCCAACGGTAACCTTTCAAAAGCGTTTATGGAATATACTAAATT
ACTAAAACAGATGAAACAGAACCAGAAATACAAAGATTTGGTGTCACTGA
CTGCAAAGAATTTGGTGGATGGTTCTCTTTGCTTTGCAGAAACGAGTACA
GAAGATATGTCCACTAAAGTCCGCAAGTTACGCGACAGTCTGGATCGTGT
CTATAATGAAATTCGCCTGCCCGATGTTTATGCACCCAGCTTGGGGCCAT
TGCAAAAATTGAACAAACGTGAGAAGTGGCAAAAGAAGAAAGGTTTGATG
GTGATTGATTTTCGACAGAAAGACGGTTCACTATTTCAGTACGGTATGAC
AACGTGCAATGATCGAGTGATGGGCGGATCAAGTGAAGCCAACACACAAT
TCGATGAGCAAAAATTGAACAAACGTGAGAAGTGGCAAAAGAAGAAAGGT
TTGATGGTGATTGATTTTCGACAGAAAGACGGTTCACTATTTCAGTACGG
TATGACAACGTGCAATGATCGAGTGATGGGCGGATCAAGTGAAGCCAACA
CACAATTCGATGAGGTCAAAGAATGCATCGAATTTTCCGGATCCTTGTCT
AAAAAAAACCGGGGTGGCTTTGCAAGTGTTCGCATTCTACCAGATAATAA
GGATGAAATGAAAGAATTGTTGAGTGGTACCAAAGCTATATCGTTAGAGG
TAATGAACCTCGATACAAAAAATATTCGTTACAAATTCCAAATGGCCAAC
GAGGCGCACTTGAAATCGTTTAATTGGCAAGCTGAATTTATTGTGGAACC
AGATGGCGAATGGCACACTGTTGTTTTGGATTTGTATTCTTTTTGGCCTA
CCATGTTTGGTCACGTGTTATCGTCTCCTGGCAACGTAGATTTTAGTAAA
GTTGACTTTCTTGGTGTATTGATCAGTCACGTGACAGTGGATGGGAAATT
TAATCCGGACTTCGTAGAAGGTACTTTCGGTTTGGGTGTGCGTTCGTTGA
GCTTGATCAAAGATGAAGATGAAAGTTGAGTCAAAGAATGCATCGAATTT
TCCGGATCCTTGTCTAAAAAAAACCGGGGTGGCTTTGCAAGTGTTCGCAT
TCTACCAGATAATAAGGATGAAATGAAAGAATTGTTGAGTGGTACCAAAG
CTATATCGTTAGAGGTAATGAACCTCGATACAAAAAATATTCGTTACAAA
TTCCAAATGGCCAACGAGGCGCACTTGAAATCGTTTAATTGGCAAGCTGA
ATTTATTGTGGAACCAGATGGCGAATGGCACACTGTTGTTTTGGATTTGT
ATTCTTTTTGGCCTACCATGTTTGGTCACGTGTTATCGTCTCCTGGCAAC
GTAGATTTTAGTAAAGTTGACTTTCTTGGTGTATTGATCAGTCACGTGAC
AGTGGATGGGAAATTTAATCCGGACTTCGTAGAAGGTACTTTCGGTTTGG
GTGTGCGTTCGTTGAGCTTGATCAAAGATGAAGATGAAAGTTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_043047XLOC_043047-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000172_pilongenomesc0000172_pilon:89696..98201 -
Properties
Property NameValue
Aaloc808-1272:466
Aaloc652-807:1188
Aaloc19-651:8133
Aaloc1-15:8507