XLOC_042978 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_042978
Unique NameXLOC_042978
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000104_pilon:165587..174791-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_042978 ID=XLOC_042978|Name=XLOC_042978|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=9205bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104_pilon:165587..174791- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACTCGATTACTTTTGAAGTTGACCATCGTCTTACTTGCATTTGAAAC GGGTAAGCAAGAACATTATTCGAAGTATGCACCCCCTTCTCACAGTCACA GACCCGGTAGGATTTTTTCAGTCAATGGGGATAAAAATGACGGACTAAAA CTCGATTGGGATTCATATTCCCATGTTTTTCATGGCTGGGGATTTCAATA TTTTGGCCAATTTTTCCAGTGGGAAGGGGTTCCAGTGGATCTGTGAAAAG GGGGTGTAAGTATGTCAGAAATACATTGCTGAAATTTATACTTTTTCCTA AAAGTATTAAAGGCCGGGGGGAGGGGGTCTTTAGCCAAAGATTTTGTGAA ATCTGGCCTTTTATCATCGACTGGCTCAAAAGTTCCTTTAGACGGAAGAC TCTTGCCCGTTAAGACTCTCTTACGCCTGGGCTGTACCCGTTTTTACAAG ATTATTCTTATTCTCTCTTCGCGTCTAAACTATTCGAGACAGCGTCCTTA TCTAGAACTGTTGAGGTTGTCTAACACCCCTGCTGTGACCTTGAGAATCG TCATTCTAGGCCTTCAGGCCTTAAATGTTTTCTTGTAACGATTACTAACA TCCTATTTCCTAACTAACAAATAATTAAAGGTTTTGTTTTTAAATAAGAG TGATATCGTTTGCTTACCCATCAATTTTAATTTACAAGCTTTTTCACGCA CGTATGTGGAGCAAGATTGGTCAGAAAGAGTAAAAAAACATTTTTTCGCT TATATCAGCATAATATACGGGAGGCAGACACTTTCCTTATATGAAATATG TGTCTGATATGAAACGGGAACACTTATGTAAAAATAAAACCTTTAAAATA AAATAATAATTATCCACCTTCCAAGGAGTAGACTTTAGCATTTTCAAAAT TCAAAACACATGCCACTTTTGATGTCGTTGGTCCTGTATCGCCAAGATTT 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ACACTCAAACTCATAAAAAATAGAAGTTCCCTTTTGGGTAGAATACCTTC AAGAGGGACTTCAATGAGAACTGACTAATTTGAAATCTTTTTTTGTGGAA ATGTAAGGTGACAGGTGATAATTTCCCCCACCGCTATCTGAAAACTACAT ATATTTTCTTTTCAGTCACAGCATGCGGTTCGGCTGAGCTACATAACAAA TATAGACGTTTTCACAAATCAACGCCGGACGTTGATGGAAGCAACGAGTT GGTCAAACTCTCTCAACAATGTGCAAGTCAAATTATTCAAACTGGAAAAA GCACGTGTGACCATGAGGATTCTTATGGAATCAATATTGCAATACTTCCC TCTGTTTCTCGGACTTCACACTTAGAAGAACTTATGGCAGCATGGTAAAT TTTTTAGAATCATGAAATATTTGCCATCACGGGAAACTTATAGCGAATAC TGCACATGATTAAATACACGGGGTACTGGTAACCACTGAGTTTGAAGCCC CAGGGGCTAGAGAGGAATCTTCAACCCTTCTCAAGCAAGAAAAAGTGAAG TTTGCCCCGTATTTAGAATTCTTGTTTGAAAAACACACGGGTCACGTGTT CTGAATGGGAAATAAGTGACTTTATTTGTGGACTAGCAAACTAGTCTGTT AATTACTTATGTCAGAGGGCGGGAACATAAAGGCGGTGGGCGATTGCTAG AATAAGAGCTGCGTAGGAACAAGCAAAAGTTGGTGAGAGGCTGCTGGTTA ACAGCTTTCAGCCATCCGCCGACAAAATTTCACGCTCACTTTTTCCGCGT GATACCGTTCCAGTGCGGCTGCTGTGCCAGATCTTTTCATTTCTTTTCAT TTCTCATCATGTTGATAACAAGGACTTCAAGTATTCGGGCTTTCTTTTTT AGGTATTCCGAATTGGATTCAATCAAATTTAACAGTAAAGGTTACGAAAA TTTACATTACAACGCTTCTACCATTGCAAACGCTACTCAGGTAAGAATCT TCGTTTTAAAAGGCGGAAATAATTAAAGGCGAAATTGACGAATTTTGCCA GGGTAAGTCAAGTTTTAGCTCTTGCTAAAATTCAAAAAATTACTGCCCCG CATAATTTAACAGTAATACACCTTTTCGACCGTAGTCGCGCAGTAGGGCG CGTGCCACTTTATTATTTAATTTACCACCCTAAACTCGATCCAATCCTTT TTTTACATTTTTTTCTATTGTCTTTATGTGCGAAAAAAAGGCTGGGACGG TTTTAGGGTGGTAAAACGGACAGAAAGATGCCCGCGCAGCAATTGGTGGC TACGGTTGAACAGGTGTATAGTGCTTCTTGATATCGAAATAAACTTTTGC CCCCTTCTAAATAATAGATGATATTGTCATCCGCAGAGGTAGTAAACGGG GAAAATTAAAGATGTGCAGATTTAACAAACAGCAAGATAGTAGTTAGAGA AAATTGCCGCGATAGAGTTTCGAAGAATAGCCGTCAATTCTATCGCTGCG GAAGGGAAGCCCATGTTTGATTTTTTTTTTCGGTTAAATAATGACACTGT CTTAAACTTTAGCATGGTCTACCATTCTAGAAAAAGACCATACCCCTCCC CGTACTACGAAACCTTTTCTGTGTTTCACGTTATCGCTAAACCGACCTTT TATCCAGTTTCAGCCACAGATTTATAAAGCCCGAGGGGCTAAATGTCATG CTTTAATCTCTTCCAAGCAAAAAATAAAAAAATATTCTTGCTATTGTTTT CGAAAGCCCGCGAAGCTTCTGATTGGTGGCGCTGAAATTCTATTGTAATG TCATGTGACCTAGATAGGATTTCCTACCTACGACTTTGCACTTTTCATCT AGCTCTTCGGGCTTTATACATTTGTGGTTTCAGCGTACTTTGCAATAAAA AAGTCAGTAGAAAATAAAAAGAATCTTCCATTCAAAGTCTACTCTTTATT AGAAAAGCTAGAAAAAGCGTCATTATTCGAAACTCTCACAAACCTTGTTT TCTTGCGTTTGCAAAAAACATAGATATGAAACTTGGGGCAAAAAGGGGGA GTTCTAACCGCGTTTACAATCTGTTCCTTTTTGTATCCCGTTTCTTGGTT TTCTGGGTTTTAGTTTAAATAAAAATTATGTTTAAGTTTCTTCATTCCAA ATATTTGACTTAGCCATAAAAGTGACCAGCGACAGACTTCTCTATTCCCT AATCAAGTATATCAAGCAAGCATATAAAGTGAAGTAACTTAAGAAGCTTA AACTTTTCATCATGTCTGGTCACAGACTTGTTAGAGGGATGAAGTTGGCG CTCTCTTATTCGACGTCCTACTATTCCAATACGCTCCATTATTCGACAAT ATTGAAAGTCATCGTCAACAAGTAACTCTCATAAAACGACGTTCTACTAT TAGATACGCTCTTTAAATAAAATGATGACTATTTCGGATGAAAATTTACT CCTTTAGTTTAGATCAGAATTTCATTTTCTATATAAAACTTTTTCCTTCC TCCTTTCAATAATAAAACTCAAATGTTTGTCTCGGAAGACTCTTGGCGAA TCGATATCTTCTTTTACTTAGTAAACTTTGCCGCGCCTTTCTTGAGAAAA AATATTTTTCTATGTTTATCAAATTTCATAAAATTTAAAATAATTAATCA TAAAGAATTATCATATTTATTAAAATTGTTTCTCGCGTGTTAGTAAATTA CCCCCTCGGCGTATTTAACTCTTCTAAATTATTAACTCCCCACTTTTAAT ATAACGAGTTCCTCCCTGTTATTAGGAAGGAGATATTCCTTTGACAGGGC CGGCGAAACTAGGGGGGCCGGGGGGGCCATGGCCCCCACACTTTTTTGCT AAGAAAGGCCCGTCGGCGCCATTGAGTTTCAAGCCGAAGGCTAGAGGTCA ATCTCCTTGGTAGGATTTGAAGCCAACAAATCCTACCAAAGTTGAGCGGC CTTGAGCGACCCGCCTGGTTTTTACACAAATGACAGATTGAAACTAAAAT TTACCGCTTAATTTTGAGAAATATATCAGTCGAAAACAAAGGAATTGCTA GATTCAATCCGTCATCAAAAATACGGCGCATATTTTAAGGCTTCAATTTT TCTTGCCTGAGAAAGGTTAGAGATTGACCTCTAGCCCTTCGGGCTTGAAA CTCAATGGTCGGCGCCAACCATGGTGGCGCCTCCTTAGACACTTACTATT TGGCCCCTCCACTTTCAAAATTGATTCGCCGGCCCTGTTTGAGACCTTTT ATAAGAACAGGTGCATTTTGGGTGAGACTCGCCTATTCTAATCTTTTCGT GATGTTAAGGTTTTAATGTTTTTAAAATGTTCTTGATAATCTTTTCACAC TATTTGCCAACCTCGTGCCCAGAGTCACTTGCACCACTTTTTGATTTTAT TGATTTGATGAACGTGTAGAGTCTACTTATGGCTGAACTTTGCTTTGCTT TTTGATAATTTTTTATGACGCTCAGTCCAGTGAAGTAGACCAGGAGCGTT TGGCAAGGTAGCCATTTCGAGAAAAAAATGTTAAAAATCCAAATAACACT AAAACTACTTGGAGTTGAAAGATATAAGAAAACTTAGTAAACTAAGGGAC TTGGTTTGAGAGTGTGATTGTCTTAAAAGGGGCTTTTAATCAGCATTTCT CTTTGTGATTTCTGAAATCTGAGGCTCAAGTTGTTCTTCATTTGCTCTTA CGTTTTGGCCAGATTTAAGCCTTGTTTTCTTATAAAAAACCGTGTTTACC ATACTGTTCGTATAAAAACGAACTCTCTCAACACTCAGTTCCAAACCTTT TTATTATCCACCCACTGACTGAATGAGTGCAAATTTGTATAATGCGAATC GCTACAGGCTTCCTAATAAACACTTCAGAAAATCTGAATTTACAATTTAA AAATATCATGGTGGATGAATTTTTTTATGAAATCTTTGAATTTTGTAAGA AATTTCTGTGTGAATTTAACAGTTTTTCAGTGTTTGTGATTATATCTATT TTAAGTATTAAAAACTCAATAATTTAGGCCCGCATTGGATTTGGAAGCTT TGCCATGCTGATATTATAAACCTCACGTTTACTTTGTAAGAAATAATCAC CGAAAGGTATATCACAGAATTTTCGATTTGATTCTTACAAAGTAATGCTT AAGTTACGCCAGAATTAAACGCCCACGACTTAATTTCCACCGCAAAATGA GGTTAAGCATACCAGGATAATCACGACGGAAGAAAAATGTAATAGGCTAG TGAAAATATGAAATTTGATTGGTTGAAACTCACTAACCTGTTAAAATTTC GTTAGTCGTCGTGATTTTACCGTTTTACTTAACTTCACTATAGAACGTTA TCGTAATACTTGCGCTAATGCGGGGCTACCCTAGCATTACCTATTAGTTT TTAATGGCTTTTTCTCGCTGTTTTACCCTATTACGCACTCATGATTTAAC AATTCTATGATTTTTTTTAATTTTGTTTCTTAGATTATTTGGCGATCCAC CCAAAAGGTTGGGTGCTCGGGCGTGACACACCCAGGGCGTCATCAATCAT CAGTTTATGTTTGTTTTTATTCACCACGTGGCAATTATTTTGATAAACCG ACTGATATCATACTCAACCTCAAACCGAGAATCACACCCATTGAAGCCAA AACTAAATTCGGTAAGACAACATTTGAATTTTCTAGAGATTATTACGGCT AGTTTCGTTTGTATCTATAAGATTAGTGTCCATATGGAAACGAAATTTCG CACATAAAATCGCCTCATAACAAGTCAAAAGTAAAAGAGAAGAAGAAGAG TTTTTTAATACATCTAACAGGTCATAAGTTCCAGGGCACTTCTACCCCTT CCTCATCCCGGGTTGGATCCCTCTAAATCGGAATCAAGATCATTCCTGAT TGGAAAGTGCTAGGAGCTTGTGCTCTTTTATGCACTTTTAAAGAGAGACT AAAGAGAGACTAAACCTACCCAAAAACAAAGAAAGTATTTTTGGCGTATT CCCAAAAGTAGCACCTTCATCTTATTGGTCTCTTTAACCCGGGGGTCCCA AAGAAAACGCTGATCCAGCCTTGAGATTACACTAACTTACCTTACCAGGT CGAGCTTGCTCGGCTTGCGATGACACGTTCTCTCCACTGTTGCTGATGTC CCATAGCATTTGGAAGGTCTTTCTTTAAGCAGCTTGCATCATCTCTCAGT TGGTCGATGTAGGTTTCGTTTGGTCTGCCCTGCGGTATTTTTCCATAAAG GGGCTCGCAAAGTATTACCTCCGAGGATTGCACGTTTTTGCTAAACCAAC AGTGGCCAGCAAAACGTAGACGCTGTTCTCGAATCGCTGATGTAACGCGA GATATCTTACGATAAAGCTCGATATTAGTAAGGTGATCTTTCCAGGATTT ATTTAACGCTACTTTCACAATCTTGTATAATCCCCATCGGCTCGATATCT TGGACATTGAATTCTACACTGGGAAGAAATGGGGCCGTAGTAAGACAATA GGGCCGTAATTTACGCCGAAACCTATAAAAATTCTTTGAACCACCTGATG ACGTTCAAATTTGACGTCAAAAACATATTGTATTTTATTTTCTAACGTTA TCTCATTTCACTGAAGATTGGTGCCTGAGCACCATGAAACTCCAAGTTTG AAACAAAGATATTGTATTATAGAAATTCTTACATATGCTTCAAAACAAGG TCCTTTAAACCGTCTCATTTAAAGCCGAACTTTGGTCCGTTGCGGCCCCA ACATCAATTAGGGCGTGCGTAAAATATTCTTTTTGTTGGATGGATAGTGA GCCTTAATAGAACGACTTTGTAAAGTTACTCCTGAGCCATTTTCAAAAGG CTTGATTTATTGTTCATAAAATTGAAGATTTTCTTAACCGAAGGTAAGAA ACAGAAGGTAAGTAAAGGGAAATTAATCTTTTCTACAGATAGGGAAGAAA AAAAAAGATGGTGACAAAATCGGAAGTCGTATGATAATACACATTGACAA AACCAATGGATTTTGATAAGAGATATTTTTCCCCGCAACTCTTGTCACGA AATTTAGTTTCTCGAAATATTTTCAGGTCAAGACAACTTTGGAGGAATAT TTCGAAGAAGGAAAAAAATCATAGCCTAACCGCCATCTTTCTATAAGTAG CAAATATTCCCTGCGTCAAAGACACGGTTGGGCCGCCAACCACTGGAAAA TTTGGTCGAAATTTGGTCGCCGGTGGAAAAAATACCCTACAATTTTAGCC TCATTGGGAAATTAACTTTCATTTCAACCCCATTTGAAATTTCAATTTAA ACAATTGCACTCCAAAACCGTCCCCAATGGATTTTTCGAGCTTAGAACAA TAGAATTTCTGTTAAGTGGTCCGGCGTAATTTGGCAGGCTTCATATTTTG GCTTTACTTGAGGTGGTAGCAAATAAATGCCACTATAATCCAGACCCTTT TTGGAGAAAAACAAACAGAAAACCATGTCCAATAGACCAATTTCTTTCAA ATTTTCGACGTATTTTAATGTTTTTATTATAGTTTCATAAACTTTGATTG GGTTTTAGAGTAATTTTATTCTTTTGCTGTTTTCATTTAATTTTTTAAAA CGAAAGTGAAAAAATTCCAATATGGCGACTTTTTTATATTATTTTTATTT CGTTTTTTATATTATAGTGCTCTGAAATATTTTTCATCATCAAGGTTTTA TTGGAATTGAAGCGTTGATTGGGAAATTAAAAAGCAAAATATGAATTAGT GGGGGCCCCTTCGTGTGCATACTCAAAGCAAATTAACTTGATTCTAAGGA AAAAAGACTTCCTCCCAGTTCTTCTAGAAAACAAAAATCATTCTTTTCTC GCGAGCTTCCATCGGTGATTTTCGGCTATTCAACTGTCGCATCAAGGAAC AAATTTCAGGCCCGGTGGAATAACCTTAAAAGTGGGGAGGCTGAAGGCTC AAAATGAGATCAAGTTTTCTAGGAATTTGAGAAAAAAATCTCATTTGGTC AAAGTTGGAGAGGCTAAATTCTCCCCAGTCTCCCCGCTTCCGCCGGGGCT GAATTTTCGATTCTCAAAATCAAATGATAGTTATTGTATGATTGTGAATT ATATTAATTGATGGCAAAAATAATTTTTACTATTCTTTTCGAAAAATTTG TTTTTCATCTTCCAGAGGAATGCAAGGACGACTACCCAGAAGAGTGCAAA GCCATCGAGCGCCGAAAAGCGGAACATGTCTGCCATTTTGATTTGGTTGG ATTCAAAGGAAAAGTCAACGAGTATTGTCGAAAAACATGTGGACTTTGTT CTTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000104_pilon:165587..174791-

>XLOC_042978 ID=XLOC_042978|Name=XLOC_042978|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1452bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104_pilon:165587..174791- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACTCGATTACTTTTGAAGTTGACCATCGTCTTACTTGCATTTGAAAC
GGATGACTCGATTACTTTTGAAGTTGACCATCGTCTTACTTGCATTTGAA
ACGGTTTCGCTGTCGTTAAAGAAAGGCATAGTAATACCTGGTATTTCGCT
GTCGTTAAAGAAAGGCATAGTAATACCTGGTATCACAGCATGCGGTTCGG
CTGAGCTACATAACAAATATAGACGTTTTCACAAATCAACGCCGGACGTT
GATGGAAGCAACGAGTTGGTCAAACTCTCTCAACAATGTGCAAGTCAAAT
TATTCAAACTGGAAAAAGCACGTGTGACCATGAGGATTCTTATGGAATCA
ATATTGCAATACTTCCCTCTGTTTCTCGGACTTCACACTTAGAAGAACTT
ATGGCAGCATGTCACAGCATGCGGTTCGGCTGAGCTACATAACAAATATA
GACGTTTTCACAAATCAACGCCGGACGTTGATGGAAGCAACGAGTTGGTC
AAACTCTCTCAACAATGTGCAAGTCAAATTATTCAAACTGGAAAAAGCAC
GTGTGACCATGAGGATTCTTATGGAATCAATATTGCAATACTTCCCTCTG
TTTCTCGGACTTCACACTTAGAAGAACTTATGGCAGCATGGTATTCCGAA
TTGGATTCAATCAAATTTAACAGTAAAGGTTACGAAAATTTACATTACAA
CGCTTCTACCATTGCAAACGCTACTCAGGTATTCCGAATTGGATTCAATC
AAATTTAACAGTAAAGGTTACGAAAATTTACATTACAACGCTTCTACCAT
TGCAAACGCTACTCAGATTATTTGGCGATCCACCCAAAAGGTTGGGTGCT
CGGGCGTGACACACCCAGGGCGTCATCAATCATCAGTTTATGTTTGTTTT
TATTCACCACGTGGCAATTATTTTGATAAACCGACTGATATCATACTCAA
CCTCAAACCGAGAATCACACCCATTGAAGCCAAAACTAAATTCGATTATT
TGGCGATCCACCCAAAAGGTTGGGTGCTCGGGCGTGACACACCCAGGGCG
TCATCAATCATCAGTTTATGTTTGTTTTTATTCACCACGTGGCAATTATT
TTGATAAACCGACTGATATCATACTCAACCTCAAACCGAGAATCACACCC
ATTGAAGCCAAAACTAAATTCGAGGAATGCAAGGACGACTACCCAGAAGA
GTGCAAAGCCATCGAGCGCCGAAAAGCGGAACATGTCTGCCATTTTGATT
TGGTTGGATTCAAAGGAAAAGTCAACGAGTATTGTCGAAAAACATGTGGA
CTTTGTTCTTGAAGGAATGCAAGGACGACTACCCAGAAGAGTGCAAAGCC
ATCGAGCGCCGAAAAGCGGAACATGTCTGCCATTTTGATTTGGTTGGATT
CAAAGGAAAAGTCAACGAGTATTGTCGAAAAACATGTGGACTTTGTTCTT
GA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_042978XLOC_042978-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000104_pilongenomesc0000104_pilon:165587..174791 -
Properties
Property NameValue
Aaloc589-726:139
Aaloc409-585:2823
Aaloc322-408:6403
Aaloc94-318:7139
Aaloc55-90:7793
Aaloc1-51:9206