XLOC_042865 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_042865
Unique NameXLOC_042865
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000064_pilon:1305149..1312340-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_042865 ID=XLOC_042865|Name=XLOC_042865|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=7192bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000064_pilon:1305149..1312340- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAAAAATTAGATGAAAATTGTTTCCGGATAATACGACAATTGATCAA TGAAGGAAAGGCATCACATTTGTTCAAATATAATGAGAATGCGCAGAAAG AATTGTCGCTAGATGATGTGAAGCTTCCAAACATATGGTTTTGGGATCCT TTGGAAAACACGGAGCTAGTTTTATATTGCCCACTTTGTGATCAAGATAA AAAACCCGGAATTAGACTATCATCTACATCACGATGGGAGACTGGAAAAT CAACATCCTCTATTCCAAGAACAATTTGGGATAGCAATTGGTATGTCGCC TTGGTTGGAAAACAATATAGATGTGAATGCGATCACATTATAACTTCGTA CCATGCTGGCATTCTCCGTCAACTTGAACAATTTCAAAAACCCTTTTTCT TAAGCCATGATAGTGGTTTGACTAAAGCTGCTTTTGATTTGATTTCCCGG CTAATTGATCATGGTAACTCTTTTGCGACAGCTCAACGGATATTCACAGA AGGAATAGTTGACCAGTTTTATAGACGTTCTTTCATGCACTTCCGCGATC TAAATAACCTCCCAGCTATCGAAGAAATTATTCCAAAACCCCCTTCAGAG AAGTTCCTAAGAAATTGTTTTGTCCTGAATTACCACAATTATTCAGAGGT CTATAAGTCATTAATGGCAAGTCTAACATCAGAGTATATCAGCTGTGATC ACACTTTCAAATCAGCGTCAAACATCGGTTATACTAAAGATGGCAAGTGG ATCAAACTTGTGGATTCAATCTTCTTGACAATGAACGAATTTGGTCAAGT GACTAGCTACCAGCTTTGTAATGGTCCTTCATTTAAAGAAGTGGAGAACT TGTTCAAAAATCTCTCGGAGAAAAAGGAAACTATAATTTTCATCTACGTA GATAATTGTTGTCAATGGAAAAACAAAATTTTGGAATACTTTCCGGATGC TATAGTAAGTAACAGTCTTCGAATAAAGAAGATAAATAAATAGAATGGAA TATTCACAATCAGAAAACCCGGAATATGTACTTAATGAGCCCCTCAACCC CCCCCCCCAGCGGACCCTCAATTCACGCAATCACTCAAAAGTTTTTTAAT CTCATGGTTGATTGAAATTTGATTGACGTTTTTGCTTACGTTAATTTGTA ATTTCCCTCCTAGCTTTTGTAATTTCCGTCCTAGATTTTGTAATTTCCCG CAAAAGTGAAATTTTCATCGTTTGGAAATTCATCACCTTTTTAGACTTTC TTACTAACTTCGAAGGCTTAAGTAAATAGAATACTATCCAATTAAAACTC GATTCGCGTTTCTATGACGTTTTTGAGACCTCTTTTTAAATTTTCAGATT GATTTCCAGTGCTAAATTGACGTCTTTCAGAATTGTTAGAATTTCGATCC AAACCATGAGATTAACCATGAATCCCATGCTTGTTTTCGTGAAATTCTTA ATAAATTACCCTCGGGAAATTTATCCCGAATTTCCCTCATAACCATTAGA TTACTACCTTAAGGCGAGAAATTTTCGCGGGTACAAATTTTCGCGAATTT TAGTCGATTTCGCAAAATTAAATACCTTACTGGTATATATTTTCGCGTGT TACAAATTTTCGCGGGTGCTTAAAGTCTATTCACGATAAGTGTGCACTCT TTTTTCTTTTACCTATAACTTTTGAAGGAATTCTTCAATCTTTATAAATT TGGTATCGTTGGAGAGATATTTGTGAGTGGAACAATTTGAAATAAAAAAA TCTTCAAAAAAATTCTAAAAATGAAGATGAAAATGAAGAAGAAAAAAAAT GAAGATCTTGTAGAAAAGTGCTATAACTTTTATTTTCACTGGAGATGTTC TTAGATCTTTGGAAGTCATCACTGTGAAAAAATTTCACAAAAATATTTAT 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AAATAAAGAATAAAAAAATGAAGATCTTGTAGAAAGGAGCTATAACTATA ATTATCATTTTCACTGGACTTTAATTTTTTTATTATTTCAGATTAAGTTG GATCTTTTTCATGGTCTACAAAGATTGGTGATTACAATTAAAAAAAGACA TCCATTTCACGCCGAAATTTGTCGGTTATTGACACTGGTTTTTAGAGCTA CAGATGATATCGGGGAGGAAAGAACAATGGCCACGCCGGCTCCTGATGTC ATTTTGTCAAACATGGAGAATTTTATCTTTAACTGGAAAGACGTTGCGTT TAAAGGCTGGAAGGTACTTCAGAAGCCCTTTTTTGATGCATGGGAACTTT TGAAACAACATGTCAATAAGGGATGTCTGTCCAACATACCAGTTGGTAAG AAAACATATTTTTAAACTATTTGATGAGAGTGTCTTTTCCGTTTTAATTT GTGTGTCACTCATAAATCTCAACTCCAAGCAAATCTGAGCAAATGTACGT TTGGATTAGCCTGGATATCCTAGCTCAAAATTTTAGAAAAATAAGTTTTA CCTCAGCCAGACAAAGTTCTAAAATTAAAGAGCTTGGTTCACCTAGAAAT CAAGTGAACCCCTGTTGACAGATTTTCCTGCATGAATCCCATGGCTTCAA ATAAATGTATGCACATAATGACATAATTTCAAGATGGTACCCCAGCAGTG TTAAATCAATTTAAAATGGCAGCTTTAACCATAAAATATAGACAGTGTGG TGGAAAGTCTGTTAGACAGAAAGTGCAAAGTGAATTTTGGAAATAAAAAT ATAGCTAAATATTTCAAATTCCAAGGTTTTTAAAACAAAACTTCCAACCC AAAACAGCAATTCGAAATTGGCAAACAGAAAAGAAGAATTGAAGCAAAAT AAAGATATGCTTTTACATGTTTTTAAAAATCCGAAAACAGGCCCAGAGAT GCTTAGGTTGAAAGCTTAATAAAGCTGAAAAATGCTTGAGGGATGCTTAT ATCCTAATACCTAATACTGCTTATACTGCTACTTTAATGGGATAAACTTT CGCGGGGATTAAATTTCGCGGATTTCGCGGATTTGGGTGTCATCCGCGAA AATCCGCGAAATTAAGTCCCAATGGAAATTTGGAAGGGTCTCATCCGCGA AATATTTCTAAACAAAACTCAAAATATGTCAAATAAATACTATTTGAATG CTTACTTGCATAAAAAGGCGCAAATAATGTGTATTTCAACAACCAACATA CATGATTGGACAGTAAAAGTCACAAAATCGTGAAAATATTGCCACCCAAT AATGCCTAACGCGAAATTAAGTCCCCGCGAAATTTTTGAATTTCGCGGAT AGGCTCAACCGCGAAATTTAATCCCCGCGAAAGTTTATCCCATTAAAGTA TACTACTATAATACTACTTATATCCATACTACAAATTAGCTTATACTTTT TTCATAGGTTCGACGTAATGCTTAGCATATGCTTAATTTCCCCCATATCT GAGCCTACATATTCCTAAAAGTGCAATGCTTATAAAAAAAACATGTAGTT CTTTACACGGCCCAACCATACCAACCAAATACCAAGTATTTAATTAAGCA AAGAAAACATCCGGAAGATCTAAAAATTCCCATGTTTTGATCTTCCCACT TCTTCCCTACCATTATTGCTATTTTTATTTGGATGCGTGGTTAAACACCC AGCCAAGGGAGATAATTAGCGATTCTATTATTATTTGCTTCGAAGAAGAA CAATCAGGGAGATTTGCAAAGTAGCGTACGCGCCTTGCTGATCGCCCGCG CGATCCATCCAAATATTTAGGTGAACACTTCAATGTTTTGATAATATACC GTGGTTTCACTCGTTCGCAAATGTAGAAACTAAATTTCTGGGATTTTAGC TGTAGTGCGCCTGTCCATGGACAACTTGCATGATTTCTTATACGCACTCC ATTCAGATTTCTGATTCGCTTTGACCCAACCAATCAGAATATCCGCATAA TCATCCTAAGATCAGAATGCAGACGATCTAGGCAAACCAGACCGTAAACA TATTAAGAAATATCAAAATCAAAAAAAAGCTGGATATCCAGGCTACGTTT GGATTGGATGAAATAAACTTTTTCTTGCTGATAAGTTAGTAATGTTTATT TTCTTGGGATCTTATAAGCTATCGGAAGGTTTCCTTAATTAAATATATCA AAATCAATCAAAGAGATTTATGATGGATACATTTATATTTTATTTAGGCC ACGGGACAAATCGTAATGAAAATCTTCATCGCCAAATGAATAAAATATTA CCAAGAAATCGCCTTGGTATTGAAACAGCCCATGCCCTATTAAATTCCGT CTTCTACTATCAAAACGCTAAAAAGAAAGACGAAAAGTACGTTCTGCCGA TATGGACACGAGGCAAGCCAATCCAAAACCCAAATATATCAGCTGAGCAG TGCAATGAAAATGTGGAATTAGCAGACGATGATATCCCGTTTTTGGTGGA TACAGATGTGACAAATGACGACCACTCATACTTAACTGGAGGAAGAGGTA CAGTTAAATTTTAGAATGGAAAGTCTCTGAAAGGGTCCAAATATAATGGC AAATTTATTTGCTAAAAGGTTGTCAAAATTAATCTCTGACAAATTTTAGA TTTTCAAGTTTCGAAAGATTTTATTTGAAGTTCTAATCTAATGTAGTGGG GGTATTATAAACTTAATATTAAACTATTCAATTGTCACAAAATTTCAGGG TATTTCTAAAAACGTTCTTGTAGTTATTAGCCAAAAAAGCATGTTCGTGG TGTAAAACCGCCCCCTGGCGCTACTAGGGTTAATGGTATCGATCTTCCCG GTATTAAATCTCGCGTATTTTCGCGAAAATCTGCGAAATTCAGTCCTAGT GAAAATTTGAAAAGAGGTCATCAAGGAAAATTTGTCTCCGCGAAAATTTT GAAAATCGTCTGATCTGAAAATTTGTTCTCGAAAAAAAACAAAATAGTTG TGCTCGAGAGATTTTACATTTTCGTGCATCTGAGTCGATTTTAAGATCTG AGTTGATTTTAAGAGAATATTTTGTTTTCTTCACTGTAGTGAAACTTACT TACCTACTCGATTTTACTTACAGCTTACTCATCAATGTTTTTATAAGATA TTAAATGAATTGTACAATATCTCTTTTTCAAGGTTGGAAAACACGAACGA TTATCTCTATTGCCAACCAATTCAAAGAAGTTAACTCCAAAATGGATGGA GATATTTTGAACAGGCTATTCGGTCCTAAGGGTTTCACATCTCTACCTTT AGATGTCTGGAAAATCGATGAGTACTTGGAATCAAGCCATTCGGGAAATG AGTCATTTCCTATCAGCGGTGTTTTAAAGGCGCTCAGCCTCACTGAAATA AAGTATTCTGGAAACTTTATATTTTCCTTTGCACGTCAGATTGTTGACTT GCTGAAAGACAAAAATCTGACACCAAATTATAAAAACTTTTTAAATTCAA TCGGAATTAACGAAAAAAGTTCTATCGAGAAAGTGTCTACTATTTTGGAA AATATCGTTTCTGAAGAACTGAAGTTCAATTTTGAAAATTATGGCTTCCC AGAGACCTCGACGTTTGATCCAACACCTACATCGCATGTACTTCAATGTC TTGTGAATTCCCTAGGTGTCATGATGGTATTGATACCTTCGAGAGTTGGT ATGCCTTTTTACCCCCTTGTTCCTGGCCAAGGTGTTGCGGTAAATCAGGT ATTTTACGTATGGTGCTGCCCAGAAGCTGACAAGTTCACTTGCTTGGTCA GTATCAAAACCATGAATATACCAACGAGTTGTCGATGTGGAAGAAGAGGG AATAATGACGATATGTTTTGCGTGCGTGAAGAACGATGTTCGTGTTTAAA GAGGGGAGTTAAATGCAACTCAGATTGTTTTTGCCGGAATTGTCAAAACC ACCGACCTGAATCAATTGTAATTAGACGGCGAAAACGAATCCAACCAGAA CTTAACCAGAGAAAACCGCTAACGTCGTACAGTGCTGCTATTGGCAGTCA ACAACAAGAAATTCCAAACCCACTGACCAGTAACCAGTCTCTGCTGTTAG AATCGATTCTATTTCTGCTCCTTCGAGACATGAATACCACTCTTCTTGAA ATTGAAGAAGATTTAATTGTTGAACAATTATCACTGGAATACATTCAATT GGTTAAGGAATTTTCGAGAGATGGTACTTTGAAAGATTATATTATAAAAG ACTATAAACAGTTGATTGTTAAATGGGTAAAGTACCGAAAATTTCGAGTT CATCTTGAAAGTCAGAAAAAGAACGCTACTGTTTCAGTATAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000064_pilon:1305149..1312340-

>XLOC_042865 ID=XLOC_042865|Name=XLOC_042865|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5436bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000064_pilon:1305149..1312340- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAAAAATTAGATGAAAATTGTTTCCGGATAATACGACAATTGATCAA
TGAAGGAAAGGCATCACATTTGTTCAAATATAATGAGAATGCGCAGAAAG
AATTGTCGCTAGATGATGTGAAGCTTCCAAACATATGGTTTTGGGATCCT
TTGGAAAACACGGAGCTAGTTTTATATTGCCCACTTTGTGATCAAGATAA
AAAACCCGGAATTAGACTATCATCTACATCACGATGGGAGACTGGAAAAT
CAACATCCTCTATTCCAAGAACAATTTGGGATAGCAATTGGTATGTCGCC
TTGGTTGGAAAACAATATAGATGTGAATGCGATCACATTATAACTTCGTA
CCATGCTGGCATTCTCCGTCAACTTGAACAATTTCAAAAACCCTTTTTCT
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AGGAATAGTTGACCAGTTTTATAGACGTTCTTTCATGCACTTCCGCGATC
TAAATAACCTCCCAGCTATCGAAGAAATTATTCCAAAACCCCCTTCAGAG
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GACTAGCTACCAGCTTTGTAATGGTCCTTCATTTAAAGAAGTGGAGAACT
TGTTCAAAAATCTCTCGGAGAAAAAGGAAACTATAATTTTCATCTACGTA
GATAATTGTTGTCAATGGAAAAACAAAATTTTGGAATACTTTCCGGATGC
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AAAGAATTGTCGCTAGATGATGTGAAGCTTCCAAACATATGGTTTTGGGA
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CGTACCATGCTGGCATTCTCCGTCAACTTGAACAATTTCAAAAACCCTTT
TTCTTAAGCCATGATAGTGGTTTGACTAAAGCTGCTTTTGATTTGATTTC
CCGGCTAATTGATCATGGTAACTCTTTTGCGACAGCTCAACGGATATTCA
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GATCTAAATAACCTCCCAGCTATCGAAGAAATTATTCCAAAACCCCCTTC
AGAGAAGTTCCTAAGAAATTGTTTTGTCCTGAATTACCACAATTATTCAG
AGGTCTATAAGTCATTAATGGCAAGTCTAACATCAGAGTATATCAGCTGT
GATCACACTTTCAAATCAGCGTCAAACATCGGTTATACTAAAGATGGCAA
GTGGATCAAACTTGTGGATTCAATCTTCTTGACAATGAACGAATTTGGTC
AAGTGACTAGCTACCAGCTTTGTAATGGTCCTTCATTTAAAGAAGTGGAG
AACTTGTTCAAAAATCTCTCGGAGAAAAAGGAAACTATAATTTTCATCTA
CGTAGATAATTGTTGTCAATGGAAAAACAAAATTTTGGAATACTTTCCGG
ATGCTATAATTAAGTTGGATCTTTTTCATGGTCTACAAAGATTGGTGATT
ACAATTAAAAAAAGACATCCATTTCACGCCGAAATTTGTCGGTTATTGAC
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CGCCGGCTCCTGATGTCATTTTGTCAAACATGGAGAATTTTATCTTTAAC
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TGATGCATGGGAACTTTTGAAACAACATGTCAATAAGGGATGTCTGTCCA
ACATACCAGTTGATTAAGTTGGATCTTTTTCATGGTCTACAAAGATTGGT
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TGACACTGGTTTTTAGAGCTACAGATGATATCGGGGAGGAAAGAACAATG
GCCACGCCGGCTCCTGATGTCATTTTGTCAAACATGGAGAATTTTATCTT
TAACTGGAAAGACGTTGCGTTTAAAGGCTGGAAGGTACTTCAGAAGCCCT
TTTTTGATGCATGGGAACTTTTGAAACAACATGTCAATAAGGGATGTCTG
TCCAACATACCAGTTGGCCACGGGACAAATCGTAATGAAAATCTTCATCG
CCAAATGAATAAAATATTACCAAGAAATCGCCTTGGTATTGAAACAGCCC
ATGCCCTATTAAATTCCGTCTTCTACTATCAAAACGCTAAAAAGAAAGAC
GAAAAGTACGTTCTGCCGATATGGACACGAGGCAAGCCAATCCAAAACCC
AAATATATCAGCTGAGCAGTGCAATGAAAATGTGGAATTAGCAGACGATG
ATATCCCGTTTTTGGTGGATACAGATGTGACAAATGACGACCACTCATAC
TTAACTGGAGGAAGAGGCCACGGGACAAATCGTAATGAAAATCTTCATCG
CCAAATGAATAAAATATTACCAAGAAATCGCCTTGGTATTGAAACAGCCC
ATGCCCTATTAAATTCCGTCTTCTACTATCAAAACGCTAAAAAGAAAGAC
GAAAAGTACGTTCTGCCGATATGGACACGAGGCAAGCCAATCCAAAACCC
AAATATATCAGCTGAGCAGTGCAATGAAAATGTGGAATTAGCAGACGATG
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CCAATTCAAAGAAGTTAACTCCAAAATGGATGGAGATATTTTGAACAGGC
TATTCGGTCCTAAGGGTTTCACATCTCTACCTTTAGATGTCTGGAAAATC
GATGAGTACTTGGAATCAAGCCATTCGGGAAATGAGTCATTTCCTATCAG
CGGTGTTTTAAAGGCGCTCAGCCTCACTGAAATAAAGTATTCTGGAAACT
TTATATTTTCCTTTGCACGTCAGATTGTTGACTTGCTGAAAGACAAAAAT
CTGACACCAAATTATAAAAACTTTTTAAATTCAATCGGAATTAACGAAAA
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AACTGAAGTTCAATTTTGAAAATTATGGCTTCCCAGAGACCTCGACGTTT
GATCCAACACCTACATCGCATGTACTTCAATGTCTTGTGAATTCCCTAGG
TGTCATGATGGTATTGATACCTTCGAGAGTTGGTATGCCTTTTTACCCCC
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TGCCCAGAAGCTGACAAGTTCACTTGCTTGGTCAGTATCAAAACCATGAA
TATACCAACGAGTTGTCGATGTGGAAGAAGAGGGAATAATGACGATATGT
TTTGCGTGCGTGAAGAACGATGTTCGTGTTTAAAGAGGGGAGTTAAATGC
AACTCAGATTGTTTTTGCCGGAATTGTCAAAACCACCGACCTGAATCAAT
TGTAATTAGACGGCGAAAACGAATCCAACCAGAACTTAACCAGAGAAAAC
CGCTAACGTCGTACAGTGCTGCTATTGGCAGTCAACAACAAGAAATTCCA
AACCCACTGACCAGTAACCAGTCTCTGCTGTTAGAATCGATTCTATTTCT
GCTCCTTCGAGACATGAATACCACTCTTCTTGAAATTGAAGAAGATTTAA
TTGTTGAACAATTATCACTGGAATACATTCAATTGGTTAAGGAATTTTCG
AGAGATGGTACTTTGAAAGATTATATTATAAAAGACTATAAACAGTTGAT
TGTTAAATGGGTAAAGTACCGAAAATTTCGAGTTCATCTTGAAAGTCAGA
AAAAGAACGCTACTGTTTCAGTATAAGTTGGAAAACACGAACGATTATCT
CTATTGCCAACCAATTCAAAGAAGTTAACTCCAAAATGGATGGAGATATT
TTGAACAGGCTATTCGGTCCTAAGGGTTTCACATCTCTACCTTTAGATGT
CTGGAAAATCGATGAGTACTTGGAATCAAGCCATTCGGGAAATGAGTCAT
TTCCTATCAGCGGTGTTTTAAAGGCGCTCAGCCTCACTGAAATAAAGTAT
TCTGGAAACTTTATATTTTCCTTTGCACGTCAGATTGTTGACTTGCTGAA
AGACAAAAATCTGACACCAAATTATAAAAACTTTTTAAATTCAATCGGAA
TTAACGAAAAAAGTTCTATCGAGAAAGTGTCTACTATTTTGGAAAATATC
GTTTCTGAAGAACTGAAGTTCAATTTTGAAAATTATGGCTTCCCAGAGAC
CTCGACGTTTGATCCAACACCTACATCGCATGTACTTCAATGTCTTGTGA
ATTCCCTAGGTGTCATGATGGTATTGATACCTTCGAGAGTTGGTATGCCT
TTTTACCCCCTTGTTCCTGGCCAAGGTGTTGCGGTAAATCAGGTATTTTA
CGTATGGTGCTGCCCAGAAGCTGACAAGTTCACTTGCTTGGTCAGTATCA
AAACCATGAATATACCAACGAGTTGTCGATGTGGAAGAAGAGGGAATAAT
GACGATATGTTTTGCGTGCGTGAAGAACGATGTTCGTGTTTAAAGAGGGG
AGTTAAATGCAACTCAGATTGTTTTTGCCGGAATTGTCAAAACCACCGAC
CTGAATCAATTGTAATTAGACGGCGAAAACGAATCCAACCAGAACTTAAC
CAGAGAAAACCGCTAACGTCGTACAGTGCTGCTATTGGCAGTCAACAACA
AGAAATTCCAAACCCACTGACCAGTAACCAGTCTCTGCTGTTAGAATCGA
TTCTATTTCTGCTCCTTCGAGACATGAATACCACTCTTCTTGAAATTGAA
GAAGATTTAATTGTTGAACAATTATCACTGGAATACATTCAATTGGTTAA
GGAATTTTCGAGAGATGGTACTTTGAAAGATTATATTATAAAAGACTATA
AACAGTTGATTGTTAAATGGGTAAAGTACCGAAAATTTCGAGTTCATCTT
GAAAGTCAGAAAAAGAACGCTACTGTTTCAGTATAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_042865XLOC_042865-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000064_pilongenomesc0000064_pilon:1305149..1312340 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1561-2718:1159
Aaloc1261-1557:2094
Aaloc955-1257:4252
Aaloc1-954:7193