XLOC_042848 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_042848
Unique NameXLOC_042848
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000269_pilon:117296..129760-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_042848 ID=XLOC_042848|Name=XLOC_042848|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12465bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000269_pilon:117296..129760- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CTGGGATATCATTATTCATCCATAGGTTTGTTGTAATATGGTGCATTATT TGTGATAAGATGGGATCATCGCATAGTTTTAGAAGTTCAGTATCTACGTC ATTATTAGCCTTATTGTTTTTTAAGCTGGCGATTTGTTTTTGGATTTCTT CAATAGTGGGTGGGCTGTCTTCAATATCTGTGTTTGCTGATATTTGACGA AGTTCTTGAATAAAACGAGGGAGATTATCATGATGATTGCGCAATTCGTT TGGCATTGTTTCATCTGGTCGTTGCGGGGGGTTAAAATGAGATTTGAAAT GTTCAAGAAGTTTATTTGGATCACATGAACTCGGGACTGGTTTAAGAGTA CTATTTTGATTTTTGGCTCTTTGAAAAAGTTTTTCAATTTCTCTCTTTTC TATAAGAGTAAACTATATATGAACATAAGGCTTTCGATTGCGAAAATGGG AACATGTTAAGAACTTTTTTAAGCCTAAATGCTTCAAAAATTTTAGATGT TCTTATGAAAACCGTGTATGACAAAAAGGGCTCTGAGTGTTATCATACCG TATTCTGCCCCCCCCCCCCCGACCAAGGAGATAGAAATACGACAAATATG TATTTTCTAAGCTCCCCAGTTATATAATTTGATCAAAGTATGATGTACTG CTCGCGCTACAATATAAGAAACCATAGATATCATGCAGTTTGTTAAACGG ATTATAGATCGTCATTATTTTTATGTATTTGGTAAAAAATTCACATATGA ATTTGTTATTAATATGTGTGCTTGAAGCTGCTATTAGTTCAGATTTCTTA TCAAATTGGCGAAAAGTTGTGATTTCTCAATGCACATTTGTACTGTTAAT TTCTAACGTACCTGAACATCATATTATTAGTACTATCAACGGCTTTAAAG ACGCAGTAGATCTTAGGGCAACACTAACGAGAAATTTATTGTTCCTTACA 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TTTTGATGAATTTAGTCCTCTGTGACGTCACTATTAGGTTCTGTTTATCT TTATAATAGACAGGGGGTCAGTGAGTTTGTTTAACTTATCTCCTCATGTT TTCTTGTTTCATTATTCATGAAAATTGTTCTTGTTTATAAGAATAATGTT TTGATGATGAACAATATTTCTTATAAGAACTTGATTAAGCATTAAATATT CCAATCATTAAATAAAGCGGGGATTAGCTCCGAATTTAAATCTAGGATCG TAATTATATTCAAAATGAAATGTACCCTCTAGCTAGTTTAAGAAATAGAT GGCTTATAAGTATTTTAGCCGGAAAGGACTTTTTTCTATAACAACGTTGG CTAAAATTGTACATTTCTAAAATTTTATGAGACTGAGTTTACAAATTAGA TTAAGAGTATTTTTGGAGGACTAAAATTATGATGTTCTTATAAGTAAGTG TTTCATTTCCAATCGACGACAAGGATGGAAAATAAAGTAGATGAATAAGT TGTTCAAGCAGAAGGAAATTACTCCATTTTTATTCAACCAAGACTGGTGA ATCGATCGAAAAAGTTTTTCACGAAATTTGAGCAATTTTATGTTCATTTT GATTTGATCGAGACTTCATTTTCTCTAATGATGAATATTTTGGAAAATTC AAGTTCTCATCTATTTTGAGCACAAGGTTTTTCTCAGGAGGAGGAGGAGC TCAAAGGCTAATGTTTTAGTTTGTGTGAACAAATTTTATTTGAGTTGTGA TTTTCTTTTTTGGAATTTCTTAAAGAGAATTTGTAATCATTTTTGTTCTT GTACAAAATGAGTTGTGTTTGTTCCTTGTTTTGCCGCACCAATGTAAGTA TTTAGCGTCCGAAAGTAGAGTGTCTGTGAAAGAGGCCAAATGAAATTTCG ATTATAGTGACTTTTCGCCTTTGAGGTTGTTTCTATCTTCTTCATATCCA CTAGCTTCATGTGACCGAGAGAAATTGTTTGATTTTTTCAAGTTGTTGTA AAAGTTGTTGTTTTTACGTTGATATGGTTAAATAAAAGCTAAATAAAATG TCTCAAGAATGATCTATTTTCCTTCCACAATCAAAGCTTAATCTATAACG GTTGTTGAAATTAAGGGATCAAAATAATACGTGATTCTTAGGATTAATAT TGTTGACCTGCAAACGAAGACTCCCTTTAAAACGAGTTCTTATAAAACAT ACTTTAAATCAAGTCAGTTATATTAAAACCCAAGGAAAGGTAAGTATGGC TCTTCCATTAGAATCTTTGTCTTTTGAAAAGCTTTCTCTGCAATTGGCTA CACCAGATTCCTTCATTTCCATCGTAAAACTCAAATCAAAAGCCTCCTTG TAAGGATCGGGTTTAAACTTTCGTTCATACATTTTGGAAACTTCAGTTCT CCATTCTATCCCCTTTCAACAGTTTATATAGCAACATAAACATCAACTAC TTTCCTTCTTCTTATCTTCAGAAAGTGTCGGTGACATCGAGCAGTAGCGA AGCTGAAGAAGAATATTTCAACGAAACCGACAACGAAGATGAAAAACATG CCGGCAATCCCAAAACAACAAAATACAGCGAAAAACTAAAAGAAATGATC GCACCCATGTCAACTAAATTCAACCTACACAAAGAATATAAAAAACTTGA ATACCTGTGTGCTTTCTTTGCTTGCGCGTCACACCGTACGAACGTTATCT TACGTTCGCTAGGTGCGTTATCATGGCTTGCTAGCGTCGTTATTCATTTT GCCTTCGACGTTAACGAGGCCATAAAAGTCTACGGCTACACCTTCTTAGC AGCGCAGTTCTTCTGGTTGTTGAACTTCGTGGTTGGCACCCTAGCTATGC GTTATCGTGTGTTACCATGGTTACTCGAAGGAATGAAAGAATTAAGACAC GATGAATGTTATGAAAAAACAATCACAAATGTGCTCAGAATGGTTAAGGT ATTACGGTTCTTTACCTAATTCGTTTGCGCGTTTTACCCTCTTAAAACTA TAATCCTGTGAACCTTGGAAATACATAGCCGAAATCATCCACTGTATTTT TGCCTGTGCTGTCTGTCCATGCTCATACTCGAGATAATGAAAACTCAAAT AGTTGTAATAAAATTGTTGATGAAAATTTGATATCTGGAAGCAACCCAAT ATTTAGTTAAGGTCGATGACCATGTACTTTTTCAATTCTTATTTTTAATA ACGTTCGGCGTAACCTTTAGACATTTTAGGTGAAAAGACATTCATGTATT TTTTGTTTTTCTTAGAAAATTCCGTATTGGGTTCTCGCGTTCGGATTTGT CGGCTCTGGTGCCCAACACCTTTTCTTATATATCGATGATGCGTTTAACG GTTCCTACAATTCATGGATGGAATCTAAAATCGTGGCCTCAATACTCTTG ATCGTACGTTTCGTAACAGCCGCTCATATTTACAGCGCTTACCTGTTGTT TTGGATGGGTCCAACTGCGGTAATGATGGCGTGTGGTTACGCTATGTCCG AGTTCTTAGGTAAGGTGACTTCCGTTCAAATCTGGATTAAGGGCTAGAAT GGGCATCTAGTACTTTTGATTAGAAGAGATTGTCAGTCGTTTCGGAAAAA AGATGGAACTGTAGAGCAAAGGCAATCAGAACTTACCTATTCTACATAAA ATTGGGAAACTTTTGATTTGTAATATGTCCAGTACTACCTTAAGGGAACT TATTTTGGCGGGAACTAATTTTGACGAGCGGTAAAAATCCTGGAAATTTT GCCGATTGATGAATTTTTTTTTAATTTTGCCGGGAACTAATTTCGGCGAA TTTTGTCTAAATTTGCCGAATTCGCCAAAATTAGTTCCCGTCAAAATAAG TTCTCTTAAGGTAGTAAGCTTTAGTCATGGACTACAATGGCTTCAATTAC CTGGATATTACATAAGTGGTTGAAACGAAAGAAACCCTGGAAACAATTTG CCGAATTGCCAAAATTAGTTCCCGTCAAAAAAGTTCTCTTAAGGGTAGTA AGCTCGTTGAGTCAGCTCCTGGACTACAAATGGCTTCAATTACCAGTGGA TACCCCTTAAAAAACCTACAACAAAAAAGGTACCCCCTATATCCTGATAA AGAAAACAGTAAGGGCTGAAACTTTTTCTGGTGAGTCTAGGCTATCTATG AGCTTCTTCCCCGGGTATGGTTTTTTGTAGAAGCTGCTAAGAAAATCTTT ATTGCTTTGTGAAAAAATGCAATTTTAGCTATTTACCCCTTAAAACCTAC AAAATGGTTTTCTTGAATAACTTTTTATAGAATAGTCCTTTTAGTCTCAA ATTTTGAACACTGCAAAGTAAGTAATGGTACATTTAGATCATTGGTACCT TAAAATTTTTGAAACGTTACTAATGTTTTTCTAAATCTCCATCAAATTTG TGATATTTTGGTATGCAATATGACCAAGTTTGAGAAACTCGATTTTCAAA TTTTATTGGCCATTACCATAAATGAGCTTTAAAATAGAATTTTGAGGGCC TTACAATTTCTTTGGGGTGCAACCATGGAGAAGAAAATGATTTTTTCGTA TCTACCATAAGTATAGGTACCTAAAAGTATAGGTTTTATGACCTTAAATT GATTTGTGTAATCTCTAGGTCCGAAAAACTTGATTTTTTGAAGGGATTTT TGATAAAGTTTTCAATAACTTCGAATTTTACGACATTTTGCGATAATTAG AATTATTGAAATGAGATATTTTATGAAAGTACCTATATTAGAGATTGTAA AAAAGTGAATTATACAATATTAGATTAAGTTTGGTGATTAAGAGAGCCTA AAACCCAACTTTGTAGGTTTTAAGGGGTATGTGGTTTTAAGGGGTATCCA CTGGTATATGATCAATTCAGAAATTCGAAAGAAAAAACTAGGAAAAAGTC AGTAATTTCCTGTAAAAAACATTTGGTACAACCTTACTACTGTTTATCTC TATTAAGTAATCAATTAACCAACTTCGTTGCCGTGTATCCAAGGCTTTAT TTACGTTACTGATACGCATCAGTGAATACCCTGGTGTTGGCTGGTGCCAG TCTCCCCTCTCAAAGAAGGTAGACTATTCACAAAACAATTCTCGGATATT ATCTGGTTCTGTTTGTAAGCGTCAAAAAGCCGATTATAAACAGGAAACGA TGTTGGATATCAACGACAAATCTTTCAATCAATTCCATTATAGATCAATT CGATGCAAAGATTCGAGACACAAACCGAATAACATCATTCAAAGAAGCCA TCTCGTTGTATTCAAAACGCGCCAAATTCGTCAAAACCTCTTCCTCCAAG TGTTTAGTATGTGTCATTTCATTATTAATTATTTTCGAACAGATTTAGGG GAAATGAAAGATTTGATCTTGTGTCCTTTGGAAGATAATTTAGTAGGAAT TTAGTTTAGGGGATGGCTAATTTTTCATAGGGGGTTTAACTTGAAAGAAG GCTGGAAAATTTTATTTTGGAGAGGATTGATATGGCAGCTGCTTGACCTT TTTTTGGACATTCGAAGTAGATCAGGTAATGAAATTAGGTAATAGAGGGG GAATACTGTCTATCGTAAACAACTTGCTTTTTGATGTTATAGCTGAAAAA AGTGTTCTTTACATAGTTTGTAGGTTTAACAAGATTTCCAAAATTTAGAC TACCAGTAGGGTTAAAACCACGGTTCATTATTGATAAGCTAGTGAAATTA TACTGAAATTTAGCCTTAAGTTTTAAGTTCAAGTCTTAAGTTTTTCTTTT CTTTCTACAACAGGTTATCTTATCCATGCAATTACTATCTGTCGTCATTT GTTTTGGTTTAAACACATACGTCTTCTTATTCTCGCCTGTTAGAAGATAT TTGCATGTTTGGCACTCCATTGTCCCACTACTCATCATGGTTTACCCACT ATGCACTGCGGCATGGGTTACTAAACAGTACACTTGGTAAGTTGTTGATT TTGTTTCTTATTTATATAAAACTTTAAACTGTGTAGAAGATTTTAAATTT AGGTTTAAGTTCAAAAAGCTGTAAATCTAAGGAATAAGAAAAAAGCTAAA GGAACTAGTTTGTTACTTATCACATAAGGATGAATGTTCTTGGGTTCTTC CTGAAAACAACCTTTGTCTGAAGGAATTGACTACAGTATAACGATTTTTC TTCCTTTCGTTCCAGGTTTATTATAGTTGTTGTACGAGCTTGGGTGCATC GTGACGATTTAGATTCATCATCCAGTGATGAAGATTCAGGAATTGATGAA ATGAAAACGAGTCAAGATAAAAAGACATTCGCAGGGAAAAGTCCTTTCTT CTTCTCTAAAAAGAAACTAGACGAGTCTATTAGTTCTTCAGTTGCTGGCA TCTTCAAAAGCGGCCGCCCAAAGTCTGCGCATTTCGATTCGCAACGGAAA CTGTCTGGATTCAGGCGATCATCAAGTGTACAAATTAAGGACCGTAATAA AAGGAAATCAACGCAAAATCTCATGCCTTGGCAGAAAGCAGTAGCTGAGA AACAACTTTCTGATCCGGGAAATATCGTTGGCTCGACTACCTCAATAAAC AGTGTGCCTCGATTTGCTTCAACCGTTGCTGCGGCAACTGCTATAAACAA ATTTAAGAATGTAAAAAACAGACCGAGATTCAATTTCGAGAAATTTTTAT CTTATTTAGAGAGCATGCGTAGTGTGGTTGGGTTCTCCATCTCAGGGATT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000269_pilon:117296..129760-

>XLOC_042848 ID=XLOC_042848|Name=XLOC_042848|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3656bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000269_pilon:117296..129760- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGCCACAAGTGGCTTTAAGAAATAGACTGAGTCCGCAACTACTTGTGCG
CACTCGTTCGTGTTCGCCTTCACATTCGCCCGCCGTACAACGCTTGAACA
GTCACGCGATAAGTCGCTACCAACGAAAGATTGTAAAACGTCAACGGCAA
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CCGCCGTACAACGCTTGAACAGTCACGCGATAAGTCGCTACCAACGAAAG
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GGTGACATCGAGCAGTAGCGAAGCTGAAGAAGAATATTTCAACGAAACCG
ACAACGAAGATGAAAAACATGCCGGCAATCCCAAAACAACAAAATACAGC
GAAAAACTAAAAGAAATGATCGCACCCATGTCAACTAAATTCAACCTACA
CAAAGAATATAAAAAACTTGAATACCTGTGTGCTTTCTTTGCTTGCGCGT
CACACCGTACGAACGTTATCTTACGTTCGCTAGGTGCGTTATCATGGCTT
GCTAGCGTCGTTATTCATTTTGCCTTCGACGTTAACGAGGCCATAAAAGT
CTACGGCTACACCTTCTTAGCAGCGCAGTTCTTCTGGTTGTTGAACTTCG
TGGTTGGCACCCTAGCTATGCGTTATCGTGTGTTACCATGGTTACTCGAA
GGAATGAAAGAATTAAGACACGATGAATGTTATGAAAAAACAATCACAAA
TGTGCTCAGAATGGTTAAGAAAGTGTCGGTGACATCGAGCAGTAGCGAAG
CTGAAGAAGAATATTTCAACGAAACCGACAACGAAGATGAAAAACATGCC
GGCAATCCCAAAACAACAAAATACAGCGAAAAACTAAAAGAAATGATCGC
ACCCATGTCAACTAAATTCAACCTACACAAAGAATATAAAAAACTTGAAT
ACCTGTGTGCTTTCTTTGCTTGCGCGTCACACCGTACGAACGTTATCTTA
CGTTCGCTAGGTGCGTTATCATGGCTTGCTAGCGTCGTTATTCATTTTGC
CTTCGACGTTAACGAGGCCATAAAAGTCTACGGCTACACCTTCTTAGCAG
CGCAGTTCTTCTGGTTGTTGAACTTCGTGGTTGGCACCCTAGCTATGCGT
TATCGTGTGTTACCATGGTTACTCGAAGGAATGAAAGAATTAAGACACGA
TGAATGTTATGAAAAAACAATCACAAATGTGCTCAGAATGGTTAAGAAAA
TTCCGTATTGGGTTCTCGCGTTCGGATTTGTCGGCTCTGGTGCCCAACAC
CTTTTCTTATATATCGATGATGCGTTTAACGGTTCCTACAATTCATGGAT
GGAATCTAAAATCGTGGCCTCAATACTCTTGATCGTACGTTTCGTAACAG
CCGCTCATATTTACAGCGCTTACCTGTTGTTTTGGATGGGTCCAACTGCG
GTAATGATGGCGTGTGGTTACGCTATGTCCGAGTTCTTAGAAAATTCCGT
ATTGGGTTCTCGCGTTCGGATTTGTCGGCTCTGGTGCCCAACACCTTTTC
TTATATATCGATGATGCGTTTAACGGTTCCTACAATTCATGGATGGAATC
TAAAATCGTGGCCTCAATACTCTTGATCGTACGTTTCGTAACAGCCGCTC
ATATTTACAGCGCTTACCTGTTGTTTTGGATGGGTCCAACTGCGGTAATG
ATGGCGTGTGGTTACGCTATGTCCGAGTTCTTAGATCAATTCGATGCAAA
GATTCGAGACACAAACCGAATAACATCATTCAAAGAAGCCATCTCGTTGT
ATTCAAAACGCGCCAAATTCGTCAAAACCTCTTCCTCCAAGTGTTTAATC
AATTCGATGCAAAGATTCGAGACACAAACCGAATAACATCATTCAAAGAA
GCCATCTCGTTGTATTCAAAACGCGCCAAATTCGTCAAAACCTCTTCCTC
CAAGTGTTTAGTTATCTTATCCATGCAATTACTATCTGTCGTCATTTGTT
TTGGTTTAAACACATACGTCTTCTTATTCTCGCCTGTTAGAAGATATTTG
CATGTTTGGCACTCCATTGTCCCACTACTCATCATGGTTTACCCACTATG
CACTGCGGCATGGGTTACTAAACAGTACACTTGGTTATCTTATCCATGCA
ATTACTATCTGTCGTCATTTGTTTTGGTTTAAACACATACGTCTTCTTAT
TCTCGCCTGTTAGAAGATATTTGCATGTTTGGCACTCCATTGTCCCACTA
CTCATCATGGTTTACCCACTATGCACTGCGGCATGGGTTACTAAACAGTA
CACTTGGTTTATTATAGTTGTTGTACGAGCTTGGGTGCATCGTGACGATT
TAGATTCATCATCCAGTGATGAAGATTCAGGAATTGATGAAATGAAAACG
AGTCAAGATAAAAAGACATTCGCAGGGAAAAGTCCTTTCTTCTTCTCTAA
AAAGAAACTAGACGAGTCTATTAGTTCTTCAGTTGCTGGCATCTTCAAAA
GCGGCCGCCCAAAGTCTGCGCATTTCGATTCGCAACGGAAACTGTCTGGA
TTCAGGCGATCATCAAGTGTACAAATTAAGGACCGTAATAAAAGGAAATC
AACGCAAAATCTCATGCCTTGGCAGAAAGCAGTAGCTGAGAAACAACTTT
CTGATCCGGGAAATATCGTTGGCTCGACTACCTCAATAAACAGTGTGCCT
CGATTTGCTTCAACCGTTGCTGCGGCAACTGCTATAAACAAATTTAAGAA
TGTAAAAAACAGACCGAGATTCAATTTCGAGAAATTTTTATCTTATTTAG
AGAGCATGCGTAGTGTGGTTGGGTTCTCCATCTCAGGGATTATGGTCACG
TGGGACTTGGTCTCCACCACACTGTTTTTATTATTGTTTTCCATCATAGC
TGTTTTTTATGCAGGAATCAATCTTTGGCGATCAAAAAAGTACGTTGACT
TCTTGAGTTTATTATAGTTGTTGTACGAGCTTGGGTGCATCGTGACGATT
TAGATTCATCATCCAGTGATGAAGATTCAGGAATTGATGAAATGAAAACG
AGTCAAGATAAAAAGACATTCGCAGGGAAAAGTCCTTTCTTCTTCTCTAA
AAAGAAACTAGACGAGTCTATTAGTTCTTCAGTTGCTGGCATCTTCAAAA
GCGGCCGCCCAAAGTCTGCGCATTTCGATTCGCAACGGAAACTGTCTGGA
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CTGATCCGGGAAATATCGTTGGCTCGACTACCTCAATAAACAGTGTGCCT
CGATTTGCTTCAACCGTTGCTGCGGCAACTGCTATAAACAAATTTAAGAA
TGTAAAAAACAGACCGAGATTCAATTTCGAGAAATTTTTATCTTATTTAG
AGAGCATGCGTAGTGTGGTTGGGTTCTCCATCTCAGGGATTATGGTCACG
TGGGACTTGGTCTCCACCACACTGTTTTTATTATTGTTTTCCATCATAGC
TGTTTTTTATGCAGGAATCAATCTTTGGCGATCAAAAAAGTACGTTGACT
TCTTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_042848XLOC_042848-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000269_pilongenomesc0000269_pilon:117296..129760 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1771-1821:52
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