XLOC_042459 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_042459
Unique NameXLOC_042459
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000289_pilon:247144..253998-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_042459 ID=XLOC_042459|Name=XLOC_042459|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6855bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000289_pilon:247144..253998- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATGGTCAGTCCAGTTCGTAAAGTTTCGACTGCGTTATTTTATGCAAC ATCATCATTATTGATCGTGTTTGTTAATAAAATGGTATTGACAACGCACA AGTAAGTTTTTACGTTCGTTCGTTCGTTCGGAAAATATGACGAAAAATTT GAACTCGAAAAATATATCCTATATTGTACTCGGTACTGTGTGATAACTAT TACGTAAACAACACAAGTTTAATTTTGCTAGAAAATATTTTAGATTGAGT ATTTTGGCCGGTATACGGACATAAAAAAAGTGCTTAGAAAAATCCCTGAG TTTGTTTCAAAGTAATGATTTTGTTGTACTAAAACATATTTAAGAGAATT AAGGGGTAAGGGGTAACTTCTCTTTATAAAAGAGGATATTTTGGAAGTAA AAGTTGGGATAGCCAAGAGGTACCTGTCCTAAAATCAATAACGAGTTTAT GTATTTGCACTTTTGGGGACGGTAAAGTGACTGACGCGATTTGGAATAAC CCGCACGCAGTTCTGACCCGCAAAATCGAGGACGGTAAAAGTGCTGATTT ACCGTCGTCCTCAGTTGGTCATTATCTAGTCAAATTAGAACATTACCGTC TCCGTCGCAGGAAAACACACATACATGAGTGAGGTTAAGTAAATCGGTAA AATCACGACGACGAACGAAAATTTAACAGGCTAGTAAGTTTCAACCAATC AAATTTCGTATTTCCACCAGCCTATTACATTTTTCGTCCGTCGTCGTGAT TATCCCGGTATACTGAACCTCACTATAAACTCGGTAATATCTTTAACAGC AGTGGAACGTTTTTTTTTCTTCCACCCATAGCTATACTGCGGATAAGTAT GTTAATTGGCTTTCTTCATGATTAAATTGGGAAATTTTTGCATGTTGAAT TCTCTCTTTCTTCTTGTAGATTCCCTTCTTATCAAGCTCTTGGAATCGGC CAGGTATATATTACAGATGAGATGGAGTTTTTCTAAGATACTTTAATGAT TGGTCATTTGAAGTAATAAAAATGACGCGTTCTTTAGAAAAAGTAATAAA AATTGTTTTATTACTGGTTAAACGATCAACCAAATCAAATAAGAGCTTGT AAAAACTCCATCTCGTCCCATATATTATGTTTCGAATATTTTGTTTTTGT GATACACTTTATTATGAAGTCGACCAAGCGCATCAATTATCATTATTTTT CACTGTGCTTTTAGTAAGCAATGACCAATAAGAGTGCTCGAACTTAATGA TTACAAAGTTTTATACTACACGTTTTTTAATAAGAACATCCAAAAATTTT GAAGCCTTTGGATGTTCTTAACTTTTTGAGTTTTAAGCCTAAAAATGTTC TTAACATGTTCTTATTTTGACCATTTTGTGATTACTTTTTGACCATTTCC CTAAGAAATAGGGTATTTTTGAGTTCACAAAGCCTTAGAATGTTCTTAAC TTGTCCTTATGTTCTTATATAGTTTGTTCTTATAGAAAAGCGTAGTAGTA CTACTTGTAGTAGTTTGAGCGAAGAAAACGAACAAGGGTTTCGAATTAAA TCTGGCGCGAGAGAAAAAATCAAGTAAATAAAAGGAGCGATAAGGGGAAA TGCCTTATAAAAGGTTGATAGATTTCCTTTCTTCTCTTTTGAAAGCCAGG TGTTCATTCAAAAGATGTTTTTCTATTTTAAATTCAATAAAAGAAATATG ATTAAACGATTGACTTTTTATTTTAATGTTTTTTGTTTTCATAATGACCC ATAAAGTCTGTCAAAATGGAAAAATGAGCTAAAATTGCTTGATACACGGC CAATTTTCGTTCTGTTTACTTGATATTTTTCGTGCAAATTTACATGGGAT CAAAGCTAAAGCTAAGCAAAAATTTAATTCGAAACCCGTGTATTAACCTT TTGTTTTTCGAACCATTTCAGATGATAGCATCGTTACTAGTGTTGGGAAC AGCAAGGGCAAGTGGTATCATCACATTCCCTTCATTCCAGCGAGACACTT TAAGAAAGGTAATCATATACATGGAGCGATGGTCAAGTTGTCAAAGGCGT CAGCGTCTCAAACCAGGGATTCGCTGTTCGAATCCCCGCTCCTTCCAATG TTCCGTTCAATTCATAGATAGCCGAGCCGGCTGGCCGTGGACCCCGTGAA AACAATGGAAAGACTGTCTAAAAGTCCTAAATTACTGGCCTATCCACGTA AAATATCGACTCTCTCTATCTATCTATAAACGTTACCAGAATGTTTTCTA TGGATTTTACCGTACATTTATGGATTTACTCAAATTGTTCTTATTTTGTT CTTATTTATAGGGTGTAATTGAGGTAGTTTAGGCGTTATACCCAATTTTT ACTACTTTGACCCCTATCAGCATTGCTCTTAAATTGTTCTTATTTTTTTG ACACTTTGACCCCTAATTTGCTTGAATTAGAGTAATTTTGGGCTCAGCAT TGTTCTTAAATTGTTCCTAATTTTTTGGTGATTTTGAGCCTCATTGTTCT CATAAAATTGTTTTTATAAAAAAAATGTATTACTTTGGATAATTCGTTTA TGGAATCCTAAAAGAATACAATATTATCAACATTTGTTTAAACATTCCTT CATTGAAATTCCTTACGACTTCTTGTTTAAAATGAACGCTTCTCCTAGAG GGGAGGCGTTTAATCGAAGAGGGCGTTAATTTGAATATGTTTTCTTTAAA GTGGGGCGTTTGTTCAGGTGGTCCTTTTGTTTTTGGGAAGATTATTAAAC TTAACCACTCTAGCCTTAAACTGCTGTTTTTATTCTCACAGATTTTCCCG TTACCACTGATATTCTTCCTGAACTTGGTATGTGGGCTTGGAAGTACAAA AACTTTGAAGTATGTAAACTGTCATCAGCTATAAATTAATAGCCGTAGTC TGTATGTCACTTTGTTTGTTTGTCTGTCCGTGTGTTACTATCGTTTTCGC AAGCAATGTTTTGTTCTTTTAAAAGATGACTTTTGTTTTGATTGACAGAT TATAATTTCTGCCTTGACTTGCCCGCCTATATGTTTTTCTTTTTTTTTTC TCTCTTTTCTTTTGTTTTATGTTTTCGAATGTAATTGACGACCTTATTTG ATAATTAAAACGACATTCGAATCCTTTTCAAAACAAAGCAAAATCTTTTT ATAGAAAAGAACAAATCTGAAAAAAAATCAAAAAAAATCAAAAAGTTATG GCCGGAACGGCTAGTTTATATATTTTGCATGTCTCACTGTACACTTTTGT GGTCGGATAGTTCATCCGCTTTGCAGCAATTCTGGAAAATCCTGTAAAAA TGTTCGCTGGTAAATCACTAATATTAATTTTGTGTCCTAAAGGGTCACTA AATGTCCGAGTTTTTGAGTCACGTTGCATTTTACGTTTTTTATTTCAGTC TACCAATGTTTACAGTTTTGAGAAGATTTTCGATCCTTTTCACCATGTTG GCTGAATATGTTTTACTGAGGTATAAAATTATTATTCTAAGTCTTTCACG TACTGTTCTTGTACGGTCCCCAGTGGTTTGCGTGAATGGGTTTTTTCATT TACGTAAATGCGTGGAAATTTAAAGAAAATTGCGTGAATGCTAACCTATA CTAGACGTCACCCGTGTTTTTTGTACGCAATCAACGTCTATTCCACTTTG CGACTTTTTCGAATGTTTTGAGCTCAGATTTTGGCCTCCAAACATTCGAT TTTTTGAAGTCACTTTTAATTTTCGAAGCTACTGCAGTAGCGAAAAAATC GAATTTGCGTCAAAGCACTTGAAAGGCTTCTATTTTTCAAAAATCATCAA AATTATAGTGGAACTCACCAAGAAACGGAATGAAAAATGTCGGTTTTTCG TGACGTGCTCGCTACGTGAATGCGTGAATCGGAAAGCTTTGCGTGAATAA AAATAGAGAAAAAACATTGCGTGAATGCGTAGATTTGAGAAACAAATTGC GTGATCACGTGAATTGAAGGTCAGCTGGGGGGCCTTTTGTACCAAGCAAA TACTTAAAGTTTTCTTGTAGGATACTGCTGCTTTTTGGAATTGAATTTAC AGTGGAATCTCCCTCGTTCGAACTAGAATCTTTCTGTAATTCGAACGTTG GTCCTCTTAGCTGGAAAGTTGTGTAAAATACTACCCGTAATTCTCCAATT CGAAGAAAAGTCTTCGTTCCTGGAAGATCGAATTAGAGAGAGTTGACTGT ATACTTCCACCAGAGAATTGATGACGATAATTGAAGTTAATACAATAAAC CGAGTAAAAAAAGATCAACAACAGGCAAAAATCATAAACTTAGTTTGTGG TCGTCAGCTTAAAGGTTTTGTTTTTAAATAAGAGTGACATCGTTTGCTTA CTCATCAATCTTAATTTAAAAGCTTTTTCACATTTGATTGACACGGATGT GGAACAAGATTGACCAGAAAGAGGAAAAGAAAAACATTTTCGCTTATATC AGCATAACATAACAATAGGCAAGCACTGCCCTGATATGAAATATGTGTCT GATGTGAAACGGAAACACTTATATAAAAATAAAACCTTTAAACTATTCAA TTGATGGGAAGGTAATACGGTTTTATTTGATTTATATTTTCTCTATTTCT TCTATTTTCTCTTCACAGGAAATCTGCAAGTTGTCGAGTGCAGTCATCCG TCTACACCATGATCTTTGGTGCTCTGATAGCTGCAAGGTATAGCAATAGA CCTTTTCATAAATTGCGTTACAAACATCACTTGCCTCGTTTTGAAATTAT TGCCATGGTGATTAACTCCCAGCGGATTTTATTAATATTAATATTCATAT GTCTCAAGAGACATAATCACCATGTTAATGGTTTGAATACGAGGCAAGTG ATGTTCGTTAAGTAATTTATGAAAATGTCTATTATCATCAATTACTTAAG GACATGTTTTTTTTTGACTGTACCAAAATCAGGTTTTCGAAAATCGTGAA AATCACTTTATTTTAATTATTTCGTCATTCGCATGATTAATTTTCCCAAA ATTTTGATATGTATTGAAATTTGGGAAGGGCTTTAAAATGAACCATTTGA AATTTCAAAATTCGGAGTATTTCAGGATTAATTAATCATGGAGTGTTTTG GATCATATCTCACTCCATGACTCATTATTCGGTCCTGAGGAGGTTTCTAT GCATTCCTGAGGTAGCCTAAAATCATAAAATAGCCTGAGGAGTAATTTTT TACAGGCCGGAGTGATTTATGATCAAAACAAACAAAGGACTTTTTTAATC ATTTTTCACTCATTTTAACAATTCCCGTTTTCTTTAGTTCGTTCCTTTCT TATCAACTAAACAAAAATCTCAAATCACTTCCCCGATAGATAGACTTGTC AGGAAAATATATACGATTAGAATTAGCACCTAGATTTCAAAAATGATCAA TTTGATCCCATTTCCCCCCGGTTTTTTCCAAAAAAAAGAGGTCGATGTGA AAAATCAATCCTTTAGCTACACCCTGATATAAGTTTCGTATATAAATTGG ACACGACAAAGGCCAAATATAGAGCCGACTTTATAAATCCGAAATAGACT ATGATTTTTTTCATCCTGAAATACTCCGGATTCAACAAGCGATATCTTAA GTTCCATAAAAGCTATTAAGATCGGACAAAAAGTATCGGACAGAGCTACT AATCTATTTTCTTATTTTTGAATAACGATAAGAAAGGGTTCAGCTGTCTC TGTTAGTGCCGATTTGAACCGGGTTGGTTGAAAATCGGCATTTTGGTACA GTCGAAAAAAAACATGTCCTTAACTTGATGTCTTATTTTACAGAAAATTA TACCTTTTCATAAATTACGTTACGAACATCACTTGCCTCGTTTTGAAATT ATTGCCATGGTGATTAACTCCCCAGTGGATTTTATTAAATTTACTTCCTA TTCATAAAAAAATCATTTAATGTCTCAGGAGACATAATCACCATGTTAAT TGTTTGAATACGGGGCAAGTGATGTCCGTTAAGTAATTTATGAAAATGTC TATTATCATCAATTACTTTAACTTGATGTCTTATTTTACAGAAAATTATT TGTGTTTCCTTTTCACTCGCCAATTACGGAACTTGTGCAGCGGTGGATAT AACAATTTTTAGGAGTTATCTACCGGGCATGAAATTTTTGACAATGGGTT TATTGGAAGCGAAGAGAAAACCTTTCTAATCATAAAATTGTACAGAATAT GATCTCTTGCTTACTAGACCTCTTTTTTGAACGCGGTCTTGTATTTGTAC GGTACAATATGAAATATTGCATTTTGAAATTGTTAATTTACCCTCCCCTC AGAAATATTTTACAAACCCTATCCTCCAACCCATCCACTCCGCATTGTAG GAGTATTTCTCTGAAGAAACTTTTTCACAGTACAGCTTAAAGCTTCTGCA AACTATATGGCCGGAAATATGAAGTTGGGTAATATTTCCGTCGGGGAAAA AACTTCGTCACTTTCCCCCGACTTTTTAAGTAGTAGTAAGTTTGCGACCG CAGTCGAGGGCGACCCGAAGGCTCCCTTTTCGTATAGCTCTCTACCCGCC GGTAGGGGTGGGCATTTCTCCACTTACCCTTGATCCCTCTCTTTAGTTGC TGAGCATCAAGCAGAGGGGTACGAAGTACCATTTTGGAAATCTTTAGTAT GACCCGGCTGGGGACCGAACCCAAAACTTTGCGCACCGTAGCTGGATGCT CTACCTTAATGCTACGGTCGCCGACTTTTTACCTCGATAATGTATTCTCT CAGTCTTCGTCAATATTTCAAAATGATTGATTTGTTTTTAGTTCGGATTT GGTATTCGATTGGTATGGTTACGCATTGATCATGGGGAATAATGTTATGA CTGCT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000289_pilon:247144..253998-

>XLOC_042459 ID=XLOC_042459|Name=XLOC_042459|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=990bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000289_pilon:247144..253998- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATGGTCAGTCCAGTTCGTAAAGTTTCGACTGCGTTATTTTATGCAAC
ATCATCATTATTGATCGTGTTTGTTAATAAAATGGTATTGACAACGCACA
AATGATGGTCAGTCCAGTTCGTAAAGTTTCGACTGCGTTATTTTATGCAA
CATCATCATTATTGATCGTGTTTGTTAATAAAATGGTATTGACAACGCAC
AAATTCCCTTCTTATCAAGCTCTTGGAATCGGCCAGATTCCCTTCTTATC
AAGCTCTTGGAATCGGCCAGATGATAGCATCGTTACTAGTGTTGGGAACA
GCAAGGGCAAGTGGTATCATCACATTCCCTTCATTCCAGCGAGACACTTT
AAGAAAGATGATAGCATCGTTACTAGTGTTGGGAACAGCAAGGGCAAGTG
GTATCATCACATTCCCTTCATTCCAGCGAGACACTTTAAGAAAGATTTTC
CCGTTACCACTGATATTCTTCCTGAACTTGGTATGTGGGCTTGGAAGTAC
AAAAACTTTGAAATTTTCCCGTTACCACTGATATTCTTCCTGAACTTGGT
ATGTGGGCTTGGAAGTACAAAAACTTTGAATCTACCAATGTTTACAGTTT
TGAGAAGATTTTCGATCCTTTTCACCATGTTGGCTGAATATGTTTTACTG
AGTCTACCAATGTTTACAGTTTTGAGAAGATTTTCGATCCTTTTCACCAT
GTTGGCTGAATATGTTTTACTGAGGAAATCTGCAAGTTGTCGAGTGCAGT
CATCCGTCTACACCATGATCTTTGGTGCTCTGATAGCTGCAAGGAAATCT
GCAAGTTGTCGAGTGCAGTCATCCGTCTACACCATGATCTTTGGTGCTCT
GATAGCTGCAAGTTCGGATTTGGTATTCGATTGGTATGGTTACGCATTGA
TCATGGGGAATAATGTTATGACTGCTTTCGGATTTGGTATTCGATTGGTA
TGGTTACGCATTGATCATGGGGAATAATGTTATGACTGCT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_042459XLOC_042459-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000289_pilongenomesc0000289_pilon:247144..253998 -
Properties
Property NameValue
Aaloc433-495:64
Aaloc364-429:2237
Aaloc292-360:3457
Aaloc223-288:4065
Aaloc136-222:4935
Aaloc103-135:5936
Aaloc1-99:6856