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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000238_pilon:108295..114073- Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_042352 ID=XLOC_042352|Name=XLOC_042352|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5779bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000238_pilon:108295..114073- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAATTGAAAGAGATGCCAATAGATGATGGAAAATTACAAAAATTCAA
CAGTCAATGTTACACTTTCAAGGAACATCCGTTGATCATGCTGGAACCTT
ATCATCAGATCTTCCCTTCTGCTTTGTATTTGAACCAACATAAATCGTTT
CAAGAATCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGGATTTGCACTTTCCCGAA
ATCAGGTATGATAACAATGCTGATGGATCCTTGATGGATTGACGGTTATA
AAATTCAAAATCAATTTGCTGGAGAACAAAGTCTATTAAAACGAGACCAA
ACTCCTTGGCTTTTCACTTATGAATGGTCAAAATGTCCTGCTGAAAAGAC
ATTCACAGTCATCAAGAGCTGAAGAGTTTTGGCAATCAAATTTCATTTGT
TTTTGTTTTAACTAGTAACATTAGGACTAACCATTTATCTTTCTTTTCAC
TTGATTTTTTTTTAATTCTACAGGCACACATTGGATGCAAGAAATTGTTT
ATTGTTTAAGAAATGGAATGGATTTTGAGAAAGCCAAATCATCTAGTCTC
ACCCTCAGAGTTCCATTTTTTGAGTAATTTATACTTTATCCTCATTTCTC
TCGAACTACACGTTTTTTAATAAGCATAGGGTAAATTTTTGCCAGCCTCG
TTATGCTTAGCAAAATAAATTTTTGAGCCTCGAATATGCTTATACTATGT
TTATGTAATGGTGCAATAATATACTTTAATCGGATTAATTTTCGCGAGAT
AAAATTTCGTGATTTCGCGAATTTTCGCAAAATTAAAACTCGCGAAATCG
TTTAATCGCTCATTCGCGAAATTAAATCCACGCGTAATGTTTGGAATCAC
TGATTCGCGAAATTAAATCCACCTTGGTATTTTTTTATATTTGCCTATTT
TTGGCTTATTTTAGTTTATTAACTTTATTTAGTTTATGAAGAAAAGTGTT
TGAAAAATTCATGTCCAAATAGAACTAAAAATCGTCATTTTTTCTTAACA
ATCATCAATTCACGAAATTAGATCCATGCGAAATTTTTGGAATCGGCCAT
TTGCGAAATTAAACCTATGCGAAATTTTTCGAACTGCTCATTCGCGAAAT
TCAATCCAAAAAATTTCGCGAATTTTTGACCACGCGAAATTTCATCTCGC
GAAATTTAATCTCGCGAAATTTAATCCCTTTAAAGTACACATTATGCATG
TTTTTTGTAATTTGGGAGATCAAATGCTTCGAAATTTTGTAAACTAAGGC
TCAGCACATATAGGCAATGCTTAAGTTTTTCCAAGATTTGAACCTGGACA
TGCTTATAAGCGTTCAAAAGAACGTCAAGAATTTTTTAAACCTTTTAAGT
TTTTAAGACTAAAAATGTTCTTACAATGTTCTTTTTTCAGCATTTATTGT
GTATTTTGGTGTAATTTCCTAAGAAATTGCATGTTCTAGAGTCTTTCATT
GTTCTTAAAGTTTTGGCCTTGAAGCCCTATGTTCTTATATACCTTGTTCT
TATATAAAAGAACATGTAGACTGTAGTCATGCTGTAAACCAAATTATTTT
ATTCATATAAAGCTTTTCATCAGTGACAATGGCCGATCAGACAGAACAAA
TTTACAAAGCTCTCGGTAAACCTTGCAAAGCAGGATCTGAATTAGTTGAT
CACACCCCTCGACCACGAACAATAAAAACTCATCTCAGCTACGACATGTT
ACCTCCCAAGATTCATGAAACAGGTGCTAAGGTAATTCTGATAGAGGACC
AGATACCCTGTATCAGTGACCCAGTGAAACCTTTCACTCAGTATGGGAAT
GAAGATTTGCATCTAAATTCCTATGTCAATGAGAATGGAATCTATTGTTT
TCAGATTAAAAAAGCCAGTGGGATGATTTTGGAATGCAATTTCTCCAATT
CTATTTCTGATGGGGATGATATTGTTAGGAAATTCCACAATTGAGTTGAG
ATAATTTTGGGTATTTTCCCCACCGGGGATGATTTTATCGCCAAATTTTT
TAGTGGGTTAGGGGTCCCACTGGGTCTGTGAGAGACAACAAAATTGCAGA
TTTTCTGAATTTGCAAAGTTAGGAAAAATCTGGAAAATATTTTTTTTGGA
CATATTTTAAAGTGTAAAACTAGCCCATTTTGTTTCTGTCCTTTTCTCTG
GAACTGGCGAGCTGGTTTTTCATGATTTTTACAATGATGCATAATGTTGA
CATTCAAAATTAGAGAGAGCCGAATTAGTAACTTAAAAACATTGTCTAAT
TCAAGGATAAATTCTCCATATAAATTCAGGAAAGTTGAACTATAAATTCT
TGTAAGAAAGTCTGTTTGCAGTCTCGTGGGTAATTTTTCAACTGTTTTTA
GATGATTTGTGTGGTACGAAACCCCCGAGATGTTTGTGTATCTCTTCTAA
ATCACTTTTACTTGACTGAAAATTTCACTGGAGATGTGGAATTGATTGCT
GACATCATGCTCAAAGACATCGGACCTTTTTACGCTCCTTTCTTCACTCA
CATTTTGAGTTATTGGAAGCAATGTGAAAATCCTAATCTACTTATTGTAC
ATTATGAAGAAATGCAAAAAGATATTGCTGGTATTTCTTGTTTTTTCATT
CACTTGTTAAGTCATATATTTCAATATGCAATCTTTTTATAAGAATAAGC
TTTTGTTGAGGCTTGGTATGTTCTTATTTTTTTGGTAATTTTAGCCCCAA
ATTGTTCCTATCATGGGCTCTTATTTTTAGTGCAAAGATTGGGCTATCAA
TTCAATTCTAAATTTGATTCTTAAATTCTTCTGTGTATATTGTTCTTATA
AAGTTCTTCAAATAGAAAAAAGAGTGCAGTCAATTAATCAAGTTATCTTT
ATTTGTAGTAATCCTCAATTCATACTGTAGATTGCACCAGTTTCTTGCAC
CAACAAAAAAGCATTTACTTTTATTTCTTTAAGGTATTATTAAGCGAGTG
GCAAAGTTCATTAATGCAAAGGAATATTCGGATGATCAAATAGAAAAGCT
CATTGAGCACACATCTCTTGATAACATGAAAGTCAACACATCAGTTAACG
GAACTGGTACTGTTGATGTAAGTATTATCCACAACTACTGCGTAGACTAT
GACAAAATATTGACGGTTGATATCATGTTCATGTTGATATATTACGATTT
TCTGTCAATATACCGGGTGCGCCAAAAATAAGTATACAGGTTTGTCGAGA
TATTGTGAGCTTTAGGATTTAAAATTTTTCTTCATTTTTTTAATCTTATC
TTACCACTTACCTTCATTAGACCAACGGATTAGAATAGGTGGATTAACTT
CTCTCGTTGCTCCCAAGAGAGATCCATTGTCTTCTCATTGTTACAAGAAA
AATCTGTAAATGACTCTGCGCACTCCTCGTTTAGTTTTTTCATTGTTTTT
ATAAGAACAATTTTCCAATTTATACAGTTTCGAAAACGAATTTGTCCTAT
GATTCGATCAATTTTGATGATTTTGCAAATATTTTAAATCCTGCACTTAA
GTTTTAGCATCAACAAACGCTAGACCAGTTTTAATGTAAATTTTTAATCT
TTTGTCAATGGCAATCTTCAGATAAGTGAAAATTAACGTATGGTCTATAA
CTAAGAAACTATCGATGGGTCACGAATGGGTTGCATACTGGTGAAAGAAG
ACTGTATTTAGAATTAGGAAAATAAATTTCAAATTATTTGGCTAATTTCT
GCATTGGATAGAAAGGGCTAAAAAAGTGCATTTTCTTATTTAAAATGTAC
CACGTGATACGTAATGACCTATGAAAATGTTGAAAGTAATGATTTTTTAC
AACTTATCAAGTTTTAATTGCTAGCAAACTCGTAAAAAAGTTTGATAACC
TAACGAGGAGTGTTTTCTATGAGTTCTTAATCCACCTATTCTAATCCGTT
GATTAGACATAAAAATACCACAAAATACAACTGTGTCCATCAAAACTCAT
TAGGAAATTCAAAAATATGGAAAAACAAGCTATTCCCATGTGAGATAATA
TTTTTGGAAAAGCTGAAAAAAGCTTTAGAAATCTTCAAGAGATGTTTCAA
TATTATGTGTGTGCTGTGTGAGAAAACTTTTGGAAAAACAGATCACTATG
CCTCGATTAACAGTTGCTATTAAAAGAACTCAAGCTCAAAAACTTGGGTC
TACATTGAGTTTGCTCATGTTGGAAATGCTCATGAGGTGAAAAGGAGATG
GAGAAACCGTTGGCAAACTATTAAACCTCTTACCATTAGAAGAAATTGTG
CTTTTATCATTCATTTTGTCTTCTTAATAGCGTGATTGTTAAAAGACATT
TTCTCGCTGTTTTTGCTGATATTTTGAAATTTCGACATTAGAAAAAGTCA
GCTTTTTTTAGATAACTTTTGAACTACTTTTTCAAATTCAATGTACGATA
GCCCAAAACCCAAGTTAGAGCTTCCTCTATACGATAAAAATTGACAAACA
ATTTAAATTCTAAAGCTCACAATACCTCGATGAACCTGTATACTTATTTT
TGGCGCACCCGGTTTAGCGGCAAATTAAGACTCTGGGAGATTAGAACTTC
AAAGTCCTGATTTCCCAGGATATTATGACTTCACGAGTCGTAATCTCCCG
GTAAATTTAGATCGAAGTAGTAAAATAAGACTCGAAATAAAAAGCGTTTT
TAAAGGTAGAAGAGTCCTATTTTCCCGGTGGAAAATGACTTCGCTAACTA
AAAGGGAATTCCTACATTTTCGAATGTTTTGTTTGTTAGTAAATTCAAGG
GTGATGGGGAGATGAACTTGCTTATTCATACAAATATACCGTTGTGTTAT
AAAAGATATGAATAAAAAATCATTCTTTAATCTTCTTCATTTCACATGAA
TTTACCAATATTATTCTAGAAATTTTGACTCACATGACAAAATTTATACA
TTATTGGAACTAATTTTGAGGGAAAGAGATTTTAGAAAGAAAAAAAAATT
AAACCAAATATAGCTTACTTATTGGGTCAAATTTTTGCTGGAAATAATTA
TTGAGGTCAAAAAATAAAATCGAAAAAAAAATTCATTTTGCGGAAACTAT
TGGTTTTGGATATTTTCGAACGAATTCCATTCATTTTTTTAGTGGTATAA
CTTCTATGGAATTTGCACCATGTCAATGAGATAAGAATTAATCGAGCTAC
TAAATCCATTCTTTCTATCCACTGTAGGGACAAAACGCCTCTATTCAAGC
CTTTTTCGTGAAATATCTCTTTGAAGAAAATAGAATTAAAACATTTTTAT
AGAGTCCTAATTTCCCTCCCCAATCCTAATTTCCCGGGCATTTAGGACCC
AAAAGGTCTTTATTTCCCGGGAAATCAGGACTTTAAGGTCTTAATCTCCC
TGGTCTTAATTTACCGCGACACCATTATATTGTGAAAGTGCTCACAATTA
ATTATATAGGGCTCACAATATATTGTACATAGAGGGGTCCACAATTAATT
GCTAACTACTTTTGGTATTGGACGGAAATATCCCGGTACTTGTCGGAAGA
TTTTGACCGATATTAAAGTAATCTTTGGCCGATACACCGTACCCTCAGAG
CCCCCCACTTCTATTATAGGGTAGTTAAAGCACAAAAATGCAATTAAATT
ATCTCTTTTTTCAGACTGTGATTAAATTAATGCAAAATGAGCAAAAAGGA
AGTCTCATCAACAAAGGGAAAACCGGAGGATGGAAAAATAAACTAAAGGA
AGAAACAATTGAGAGGTTTCAAAAGTGGGAAGAAAAATGGCTCAAGGACA
CTGGATTGTCATTTGCTTACGAACTTTAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000238_pilon:108295..114073- >XLOC_042352 ID=XLOC_042352|Name=XLOC_042352|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2004bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000238_pilon:108295..114073- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAATTGAAAGAGATGCCAATAGATGATGGAAAATTACAAAAATTCAA
CAGTCAATGTTACACTTTCAAGGAACATCCGTTGATCATGCTGGAACCTT
ATCATCAGATCTTCCCTTCTGCTTTGTATTTGAACCAACATAAATCGTTT
CAAGAATCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGGATTTGCACTTTCCCGAA
ATCAGATGGAATTGAAAGAGATGCCAATAGATGATGGAAAATTACAAAAA
TTCAACAGTCAATGTTACACTTTCAAGGAACATCCGTTGATCATGCTGGA
ACCTTATCATCAGATCTTCCCTTCTGCTTTGTATTTGAACCAACATAAAT
CGTTTCAAGAATCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGGATTTGCACTTTC
CCGAAATCAGGCACACATTGGATGCAAGAAATTGTTTATTGTTTAAGAAA
TGGAATGGATTTTGAGAAAGCCAAATCATCTAGTCTCACCCTCAGAGTTC
CATTTTTTGAGCACACATTGGATGCAAGAAATTGTTTATTGTTTAAGAAA
TGGAATGGATTTTGAGAAAGCCAAATCATCTAGTCTCACCCTCAGAGTTC
CATTTTTTGACTTTTCATCAGTGACAATGGCCGATCAGACAGAACAAATT
TACAAAGCTCTCGGTAAACCTTGCAAAGCAGGATCTGAATTAGTTGATCA
CACCCCTCGACCACGAACAATAAAAACTCATCTCAGCTACGACATGTTAC
CTCCCAAGATTCATGAAACAGGTGCTAAGCTTTTCATCAGTGACAATGGC
CGATCAGACAGAACAAATTTACAAAGCTCTCGGTAAACCTTGCAAAGCAG
GATCTGAATTAGTTGATCACACCCCTCGACCACGAACAATAAAAACTCAT
CTCAGCTACGACATGTTACCTCCCAAGATTCATGAAACAGGTGCTAAGAT
GATTTGTGTGGTACGAAACCCCCGAGATGTTTGTGTATCTCTTCTAAATC
ACTTTTACTTGACTGAAAATTTCACTGGAGATGTGGAATTGATTGCTGAC
ATCATGCTCAAAGACATCGGACCTTTTTACGCTCCTTTCTTCACTCACAT
TTTGAGTTATTGGAAGCAATGTGAAAATCCTAATCTACTTATTGTACATT
ATGAAGAAATGCAAAAAGATATTGCTGATGATTTGTGTGGTACGAAACCC
CCGAGATGTTTGTGTATCTCTTCTAAATCACTTTTACTTGACTGAAAATT
TCACTGGAGATGTGGAATTGATTGCTGACATCATGCTCAAAGACATCGGA
CCTTTTTACGCTCCTTTCTTCACTCACATTTTGAGTTATTGGAAGCAATG
TGAAAATCCTAATCTACTTATTGTACATTATGAAGAAATGCAAAAAGATA
TTGCTGGTATTATTAAGCGAGTGGCAAAGTTCATTAATGCAAAGGAATAT
TCGGATGATCAAATAGAAAAGCTCATTGAGCACACATCTCTTGATAACAT
GAAAGTCAACACATCAGTTAACGGAACTGGTACTGTTGATGTATTATTAA
GCGAGTGGCAAAGTTCATTAATGCAAAGGAATATTCGGATGATCAAATAG
AAAAGCTCATTGAGCACACATCTCTTGATAACATGAAAGTCAACACATCA
GTTAACGGAACTGGTACTGTTGATACTGTGATTAAATTAATGCAAAATGA
GCAAAAAGGAAGTCTCATCAACAAAGGGAAAACCGGAGGATGGAAAAATA
AACTAAAGGAAGAAACAATTGAGAGGTTTCAAAAGTGGGAAGAAAAATGG
CTCAAGGACACTGGATTGTCATTTGCTTACGAACTTTAAACTGTGATTAA
ATTAATGCAAAATGAGCAAAAAGGAAGTCTCATCAACAAAGGGAAAACCG
GAGGATGGAAAAATAAACTAAAGGAAGAAACAATTGAGAGGTTTCAAAAG
TGGGAAGAAAAATGGCTCAAGGACACTGGATTGTCATTTGCTTACGAACT
TTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000238_pilon | genome | sc0000238_pilon:108295..114073 - |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 838-1002:166 |
| Aaloc | 706-837:2845 |
| Aaloc | 475-702:3429 |
| Aaloc | 307-474:4217 |
| Aaloc | 208-303:5305 |
| Aaloc | 1-204:5780 |
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