XLOC_042226 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_042226
Unique NameXLOC_042226
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000062_pilon:561137..570839-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_042226 ID=XLOC_042226|Name=XLOC_042226|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=9703bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000062_pilon:561137..570839- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TATATTCAGTTATATTATTCATTCCCATTTTTAATACAGAAAATCGAAAG AGCGAGTTTCTGTCGAAAATTTGGTCGAGCGAGAGCAAGTGAGACGTTTT ACGAAGCAAGAGGTATTTCAGACGAAAGGTGGCCATCCCTTTATTATTCA GTTATATTCTTTAGAACTACGAGAAAGAAGTGAACAAGCTCAACCACCGC CATCACCACCAACGCTCCCACGACCACCACCACTAGCACCGGCACAACCG CAACTGCCATCACCTCAAGATATCGGCAACATTTATTTCCTTTTGAAGTC TTAAACGGCTTTATTTTTTAACACGAATGATTTTTACTTTTCTGACTGAA TTATTAGTGAGTGGTCTTCATCTTTTTCAAAGTTTGATCTTTCTAGGCCT TATTCTTATAAGATGTTTAACTTATTTTCTTGACTTGAGGTTGTCGTCAG TTCAAAACAATTATTTTCGCCTACACCACTAAAATTTACCAACAATCAAC ATAAAAGGGCTTGCGGAACGAGCGTTCTGTTTTCGCAAAGCGAAGAAATT TCAAAATGTATAAGAAATCAACGACTTTTGATAATAGAATAGAGAATTTA AAAAACAAACTAATAAGAACTTTACAATTCACCAAGAATTTATTGCCAGT GAGTCATAACAATAATGTCAAAGAAGAGGATGTTGGAAAAATTAAAAGAC AGATAAAAAGTCATTTGTATTATACTCGATTTTGTAATACTTTGTAGTAG TTTCAAAAAATCTTCATGGAAAAAGTATAAAGATATCTGCTCAATACAAC TTTTTGCATGGACTTAATAACATAAGGGGTTACAGTGGTATTTAAAAGGG TAACACAGAGTATTTCATACAGGGCTTTTAAACTGAAAATAATTTAATGA GTTTTAAAAGATCCTTCTAGAATTTTTCAACAAACGTATCCTGTGAAAAA 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AATCTAACACCGAGAATTTTGAAATTTTTGACCTGTTCAATATCCTGTCC AGCGCTTTTGATAACTGTGACGAGTTCCGCGAGGGAATGGCGTTGTGCAA GTTGTCTGGTCGAAAAGATTGTCATTTTTGTCTTTTTTGTGTTAAGACAA AGATTGTTTTGCTCAGACCAAAGGTTGATGTTGTCTATTTCATTTTGGAC CGATTCGATGGCGCTCTGCAGTTCTTGGATCTTTGTGTGTCGGAGTAGCG TAGTATCATCGGCATATAGCAGGTATGTGCTCGGACCGTTGGTGTTTATA GTGGTCACATACAAGTTGAACAAGATCGGGCCAAGTATACTCCCCTGTGG AACGCCAAACTGTACGTCTAATTTGCTCGATGATTTATCGTCGATTTGGG CGTATTGTTTGCGTTCTGATAGATAATCTCTAATCAAATAAAGTACTTTT CGAGAGAAGCCAAGGTTACTAAGTTGTTTTATTAAAAGTTCGATAGTCAA CGGTGTCAAAAGCCTTTGAGAAATCGGCAAATACAGATAGCGTTACTTCG CTTCTGCTCATTGCAACTTTAATATCGTTTTTCAGCTTGAGTAGGACGGT TATAGTTGAATGCGATTTTCTGAAACCAGATTGACTCTCGAGGTAAATCG ATTTTTCTTCGATGTGCTCGGTTAATTGTTGGAGGATAATTCTTTCAAAG ACTTTTGACAAGATTGGCAAGATGCTGATTGGTCTGTAGTCTGTCAAGGA TTGGGGGTCGGTGACTTTGGGAACTGGGCAAATTCGACTAGTTTTCCATT CTTCTGGGAAGGTCGATGATTGGATACAGTTATTGATGATATCGGTTAGA GGTGATGTGAGATATTGGGATACTGGCTTGATGAATTTTGAAGGGATGTT GTCGGGTCCGGTGGAACAATCTGATCTAAGTTTCTGGATAGCTCTCGAAA 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CCAATCAAGACATTCGAGAGACGGTTCTTGCCAGTCAATTCAATCCACTG GTGTTCGATAGTTGTGTCAAAGGATTCAATATCTTTACGGGCTTTGTGTT TGATGTCTGTTTTGATGTAGTATCCGACACCACCGCCACGTTTAGCATCT CGGTTTCGAAAGTCTTTTTCGTAGCCATCTATTTCAAGGTGGGATAAAAG GTTCTTGTTGTCTTTCAACCAGGTCTCGGACATTGTGATGATGTCGAATT GGTGCTCTGAGACGTATGATTCGAATTCGGTAAAGGTAGATGCCATAGAT TGGGTGTTGAGATGGGCTACGGATAGATGTTTACGGTGCTGGTTCAGCAG AGCAACTGATGGACTGACAAAGTCGTTAGGAATATGGTCGGCAGAGGCGT CCAGATCTTCAAAGTTTCGAATGTTGAAGAACGGTTGGATGACCAATGTG CAATGTTGCTTAGAAACAGGACCCTTAAGGGGTTACGTGCAGTAGGTCGT TTACCTTGATTTTCCCCGTAAAGCTTACTTGAGTGACTTATCATTCCCTT GTCAATCTTCTTATAAAAAACCCTGACTGATTTCCATAGTATTTCTCACT CATTGTCTTTAATACCTTATCGACCCTGTTTATGCCGAGCCTAATTTAAC GCCAGTCCGTTTTACACCGGACCTATTACGCCAGAGCCCAGTTTGGCCTT AATTAAGCCAATTCGTCACATCAAAATGAAAAAGCTTTTTTGTCCATTTT TTAGAAAATTGAGTTATGACCGTACCGTACACTCCATTTTTTATTGATTT TTTTATCCATCAAAAACCAACCTAAATTGGTCTAATTTTAAGCTTTTAGA AAAATAAGAATCATCAGTTTAGGGCAAAAAAGCCTTAAGTCCAGCGTGGA AACAACACCAAAACATTTCAAATGTTATAGAGCAGCGTTTCCATGTCGAA GATAGTTGATGCCAGTGGTTATTGTACCGGGCAGGTACAAATACGAAAAA GAACTACGAAAGGGATGGCCAGGGCCCCCAAGGAATTGGCAAGTCTACCT CCATTGCACCGTTAAAACTATTGTTTATGTGCGATAAACACGCATATTAC GCAAAAATTTGATAAAGTTCGGACTGTCGACCATGCTCATCAAAAAGTAA TTCTTTTTTATTTATTTTAATACGCATGTATCGGGAAATGGCCGAGGAGG ATGCTGCGGACAATGGCAACATGTTCGACATGGAGGTGATTAGAGTACTT TGTTTGTTGTGTCTTAAATCTATGGAGTTAGACGTAAGAGTGTGCAATTG TCTTATCATTTTCGTGGGTTATCTTTTTGTGGTATTTTCTTATTTCTTAT TGGGATTAAAGCTTCTGGGTACCTGGGTTTCTTATTTAAGTTTCAATAAT GGCAGATTTTTTGGTACCTGAAGGGAATAAATTTTCGCGGGGGTTATAGT TTTTCTCGTTTCTTGTTGCGATTAATTGTTAATTATTTCAAGTTCCTGGA CACCTGCATTTCTTATTTGGGTTTCAATAATGACAGATTTTTTGGTTTTT TGGTATTTTTTTAAATTCTTACAGTGTTTTATTAAAGTAGACATTACAGT ATCATATACCAATCGACCGAAAATTTGGTACTGATTACTAAAAATAAAAG TAAATCTTCATATATTACAGTCCGCAAAAATCTAAGAACAATTTAAGTAA GTTCAGTAAGTAAGTTATTATTCAGTTATAACATTCATTCCCATTTTTTA TACAGAAAATCGAGAGACCAAGAGTTCTCGTCAACATATTGGTCAGAGAG CCAGAGAGACATATCGAAGCTAGAGGTATTTCAAACAAAAAATATCTTTT TTTTCATGAGAAAACAACGACTATTGCAAATACCGAAAACAGGATTGGTC TTGTCTATCATCTAGGACAGTTTTATATGCCGATAACTTTTTTGAGTGAA ATTGTAAATTAAACTTCTATTACTCCCATCTATAACAATTGGTTACTTTA AGCTTTCAGCATGTTTAGATAATGGGTATGAAAAATAAAGGCTAAATTTG ATAATGGGCAAATATCTAGTTTCTGGAAAAGGCAACAATTCAAGAAGGTG AATAAAAAGATTGTGATATGTATTTCATTTCCCTTTCAAGTTATGTTCAG TACAATTCTTGCCATACTGTTTCGAGGAATGAAGACAAAGCTGGCGTTTC CATGTCAAAGATAGCTGATGCCAGTGGTTATTGTACCGGGTAGGTACGAA TTTCAAAACGGACAACGAAAGGGATGGCCAGCGCCCCCAAGGAATTGGTA AGTCTGCCTCCATTGCACCGTTAAAACTATTGTTTATGTGCAATAAACAC ACATATTACGCAAAAATTTGATAAAGTTCGGACTGTCGACCATGCTCATC AAAAAGCAATTCTTTTTATTTATTTTAGTACGCATGTATCGGGAAATGGA CGAGGAGGATGCTGCGGACAATGGCAACATGTTCGACATGGAGGTGATTA GAGTACTTTGTTTGTTGTGTCTTAATCTATGGAGTTAGACGTAAGAGTGT GCAATTGTCTTATCATTTTCGTGGGTTATCTTTTTGTGGTATTTTCTTGT TTCTTATTGGGATTAAAGCTTCTGGGTACCTGGGTTTCTTATTTAAGTTT AAATAATGGCAGATTTTTTGGTACCTTAAGGGAATAAATTTTCGCGGGGA TTATAGTTTTTCTCGTTTCTTGTTGCGATTAATTGTTAATTATTTCAAGT TCCTGGACACCTGGATTTCTTATTCGGGGTTTCAATAATGACAGATTTTT TGGTTTTTTGGTATTTTGAAAATTCTTACAGTGTTTTATTAAAGTAGACA TTACAGTATCATATACCAATCGACCGACGAAAATTTGGTACTGATTACCA AAAATAAAAGTAAATCTTCATATATTTACAGTCCGCAAAATCTAAGAACA AGTTAAGTAAGTTCTTGCTTTATGAGAACATTTATTATTCAGTTATAATA TTCATTCCATTTTTTATACAGAAAATCGAGAGACCAAGAGTTCTCGTCAA CTTATTGACCAGAGAACCAGAGAGACATATCTAAGCTAGAGATATTTCAA ACAAAAATATCTTTTTTTTCATGAGAAAACAACGACTATTGCAAATCCCG AAAACAGGATTGGTCTTGTCTATCATCTAGGACAGTTTTATACGCCATTA ACTTTTTTGAGTGAAATTGTAAATTAAACTTCTATTACTCCCATCTATAA CAATTGGTTACTTTCAAGCTTTCAGCATGTTTAGATAATGGCTATGAAAA ATTAAGGCTAAATTTGATAATGGGCAAATATCTAGTTTCTGGAAAAGACT AAAATTCAAGCAGGTCGAAAAAAAGATTGTGATATGTATTTCATTTCCCT TTCAAGTTATGTTCAGTACAATTCTTGCCATACTGTTTTGATGTTCGACA TGGAGGTGATTAGAGTACTTTGTTTGTTGTGTCTTAATCTATGGAGTTAG ACGTAAGAGTGTGCAATTGTCTTATCATTTTCGTGGGTTATCTTTTTGTG GTATTTTCTTGTTTCTTATTGGGATTAAAGCTTCTGGGTACCTGGGTTTC TTATTTAAGTTTAAATAATGGCAGATTTTTTGGTACCTTAAGGGAATAAA TTTTCGCGGGGATTATAGTTTTTCTCGTTTCTTGTTGCGATTAATTGTTA ATTATTTCAAGTTCCTGGACACCTGGATTTCTTATTCGGGTTTCAATAAT GACAGATTTTTTGGTTTTTTGGTATTTTGAAAATTCTTACAGTGTTTTAT TAAAGTAGACATTACAGTATCATATACCAATCGACCGAAAATTTGGTACT GATTACCAAAAATAAAAGTAAATCTTCATATATTACAGTCCGCAAAAATC TAAGAACAAGTTAAGTAAGTTCTTGCTTTATTAGAACATTTATTATTCAG TTATAATATTCATTCCCATTTTTTATACAGAAAATCGAGAGACCAAGAGT TCT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000062_pilon:561137..570839-

>XLOC_042226 ID=XLOC_042226|Name=XLOC_042226|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=394bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000062_pilon:561137..570839- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TATATTCAGTTATATTATTCATTCCCATTTTTAATACAGAAAATCGAAAG
AGCGAGTTTCTGTCGAAAATTTGGTCGAGCGAGAGCAAGTGAGACGTTTT
ACGAAGCAAGAGGTATTTCAGACGAAAGTATATTCAGTTATATTATTCAT
TCCCATTTTTAATACAGAAAATCGAAAGAGCGAGTTTCTGTCGAAAATTT
GGTCGAGCGAGAGCAAGTGAGACGTTTTACGAAGCAAGAGGTATTTCAGA
CGAAAGAACATTTATTATTCAGTTATAATATTCATTCCCATTTTTTATAC
AGAAAATCGAGAGACCAAGAGTTCTAACATTTATTATTCAGTTATAATAT
TCATTCCCATTTTTTATACAGAAAATCGAGAGACCAAGAGTTCT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_042226XLOC_042226-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000062_pilongenomesc0000062_pilon:561137..570839 -
Properties
Property NameValue
Aaloc235-294:61
Aaloc229-234:70
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Aaloc103-198:9704