XLOC_041955 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_041955
Unique NameXLOC_041955
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000103_pilon:1020964..1034015-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_041955 ID=XLOC_041955|Name=XLOC_041955|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=13052bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000103_pilon:1020964..1034015- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TCTCTTATTTGGTTTGGTCTAGACATCCTGTGATCAGATCGTGATTGTTT TCTGCTTACCACACTGAAGAGGATGAGTGAAAACAAAACAATCTGAAGAA TAGACCTTTTTGCCTTTCCATCCGCCACTGTATTTAATTGTATATAAGTG TATGCAAAAATTATGGTTGCCAAATTGCTGTGGTGATATTACATTGAAAA TATGCAAAACCTATGCAAAAAGAAAGTATTAATATAAAACTTACATGTTG CATTGGACGGTGAAAAAGAATGCAGCTATTATATTTTGATTTTTCCCGAC ATGTTTCGGACTCGGTCCAGTCTCAAGGGAATGATAATTCTATAGAAAAA AAAGAGTTTTTATACAAAATTATTTGACGTCAAATTGGACAAATACGTTA TTTTAGGCGATATATAAAACTTACATGCATACTTGGCATTATATTAAAGT GTAATCTTGCGGAAGAAAGATCAAATTTGTTTCTCTTGAAAAACTAAAGA TTTGAAGGGTGAATATGTGGTCAAATGGGTTCTACCATAAATTTTGAGTA AGGCTTTCAAAGGCTTTCAAAAATCAACAAAGTATAAAATAATGTTCTTA AATGAGATAGTTAAGGATACAATTAACATGCTTACTGATGCTTACTGAAA CAGTTGGGTCTTCTGGTCTGTAATTTATAGATATAAATAGATAGATATAA TGACTGTCTAAAATACAATATACCGGGTGCGCCACAAAAAAGTTTCTCTC TTTGAAACTGATTTTTTCGAAATCTAAGAATTAAGAAACAACCATTCCTA TTCCATCAAAAAGAAGAAAGATAAACTTAAATTTTGATGGGTCATTTATC AAATTCGATTCATTTGATCAAAAGTTATGCTCAATTGAAAAAAAAAGTTA CTTTCAGAAAGTGGGTCATTTATCAAATTCGATTCATTTGATCAAAAGTT ATGCTCAATTGAAAAAAAAAGTTATTTTCAGAAAGTGCCCGAAAACGTTA AAAATCGACCTATCAAATTTTTATTTTAAAATTGGCAATCGCAAAAGGCT TTACATGATTAAGACCATTTTTCAGTAATTGAATTGAACACATAAATTTT GAAACTGATGGAACGAAAGGGTTTAAAATGTTCATCAAATCATTTCAATT TACTTTTGACGAAATTTTCCACAGATTTTTGGTTCTAGACTGGAAAAAGT CTATGTAAAGCTGGATGTACCTCGAAACCCATGTTTGATGTGTTTTTTAA TAAATTTTACCAGATTTTTTGGCTCTTTTCGACGAATTTTCTGCCTTTTA TTGAAATTCAATCTTCCTTTATATAACAAACGGTCAATTAGACAGCTAAT TATCATTTTTAATGACTGAAACGAAAATACTGATGCATCATATTATTATG CTTCTGTTTAATTTGATAGGTCGATTTTTAACGTTTTTGAGCACTTTCAG AAGCATAACTTTCGACCTACTGTAATGAACCGAATTTAATAAATCAACCA TCAAAAGTTTTAAGTTTATCTTTCTTCTTTCCAATTGAATAGGAATGGTA AAATTTTTAGAATTCGGGAAAAATTAGTTTTGAAGAGAGAAACTTTTTTG TGGCACACCCGGTATAAAAAGTCATGTCAGTCTTATATCAGGATTAGAAA CTAGGCTAGTCTTACCTCTTTTATCTTTCCCTTTATAACAATACAATGCT GACAAGTTGACACAACACATGTGTACATGTACATTGGCAAGTAATCCCTG AAAGAAGTTTATATTGAAATCTGCAACAAAAACGAATATGGTCTATTCTA CTGATAGCTTCCTGGCGCTCCTTTGCAGGCTGTTTATCAAATTTCCACCA ATGGGGTTGCCACATTTCAAACAGCCCTTCTTTTTAGCACCCGTGGCCTC TCAGTGCCTTGCACGACAGACGGCTGTAAAATCATATATTTGTTTCGTAT ATTTGTTTCAATCCGTGATCAGTGGCTTAGGTTTTTTTCTCATCTTCAAT TTACTGAAGAAAGCAGGTATTTGATGCGAGAGTTAGATTGTCAACAAAGT GCCGTAAAAAATAGGAGTAATAAAGTGAAACATAGAAAAGTTTCATTTTT CATTGCATTAAAATTGAAATGGGGGATTTGGAAAATTTTTTATGCTTAGT TTTTTTGCACAAACCCATGTAACTATGGGAGAGCACCTTGGCTAAGATGT TTGCTTGAAATCGAAAATGAAACCACTCAAAACGAAAGTAAAATCGGCCC GTACTCGAAATCCCGTAATCTTGATATACAAGTTTAAAGTCTATACTGTC ATGTTACAAATTGGACTCATAGATAAATCATTGACCTGAGAAAAAATTAG TTTTTGGGAATTTATTGATTATGGAAGCTATATGACATATTCTAAAAACT TTGATATACACAGTGCTTGTAAACAAGGGCCACACCAACTTTGCCTTTTT TTAACTTTTGATAACAACGCTTTTTTATTGTATATATTAAGATTACGGCA AACAGAAGCATGTTTTATTTTGCAACTAAGCCCTTAGTATACATCTTGTA CTAGTGCCTTGCCTATTGTGTTGTTCGTGCGACCCAAACATGTGTCCTTT CTGCAATGATCAACATTCTTGTATTATTTCATTGTGTTTATACCCTTTGA AAGAGTTATATAAAAATGACTGGAAGGGGGTTAGAGAGACATATTCAGGA TCTTGCCAAAGTTTTGGCACTTCTACAGCCAAGTTAGAAAAAGTTATTGA TGACTAATAGATCAAATTTGAATTCGGTAGAATTTTAAGTTTCTCGTAAA AATCGTAATGGTAATGTTTTAACTGTCTTAATTTTTACTTAGATATTTGT 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AAATTCCTTTTAACCATTTTCAATATTCAACACACAAGCTTTATTTTTCC ATTCTGAATTTTTGTACAATTATTGCCACTTTTTTCTTATTTTCATCTGA TGTTTTAATCATTAGGTAGGTCCATTCAGCATGTTGCTTGTTTTTTATAA GAATATCCAAAACTTTTGAAGCCTTTTGAAGATGTTCTTGAATTTTTTAG TTTTAAGGCTAAAAATGGTTGTTCCTAATTCCATCATTTTGTAAGTATTT TAATGGTATTTCCTAAGAAATTTGGTGTTCTAGAATTCACGAAGCCTTAA AATGCTCTTAACTATTTCTTAAAATTTTGGCCATTAACGCTTTATGTCCT TGTATAAAAAACGTGTAAGTGAGATAGATCATCACCTAAAATACGTTCTA CATTCTTTTCTCATCACAGATCAAAACTCGAATGGGGAATGAGAAATATT TGCGAGAACATCCGGAAATTGATTGCTTGATTTCCAGTTTTGTCAGGTGA GAGAAATATGGATGAATAATGTTTTCCATGTTGATGGGTCTATTGAACTT TTCTAGACCTGCGGCAGTAGTATAGATCAGAGGGTTGCAAACTTTGTGTA GGGGAGCAGATCTTTATTCAGTGTTCAAACTTCTTCCGTCTCAGACGGAT TTCCGTCTTAATGAAGTTAATAAAGAGGTATGTTCTGTCTCGAAAGTCTG TATAATTTGCCGAAATTTCAAGATTATGTACTGAATTGCTATTTAAAATC CGTTTTCCGTCCCGGACGAAAAACCTTGGTTTGACCACTGTTTATTACAA AGTAAATATCTTGTCATATTATTTATTATTTTTATTATTTTTAATTGTAT TTCAGGCACTTCCATATATCTCAATGGCTATTCGTCCTATTTATAATAAG TAAACTAAATAAATAAATAAATTATTATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 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AAGGGCCCAGAAATACTTGGGGTTATGAAGACTCTACCGTATTTATATTT ATAACAACATGCTTTGAACAATTTTAACTTGTGCAGTCCGCTCGGGGGGG GTGAGCACTCATACGGTCTGACCCACAACATGTGCCGCCCTTAAGGGTAA GTTTTCAAGACCCTCGAAATGCACTGTACGGGTGTATTTTTGATAGACTG CACTACAAGGGTCTTCTTTTAGTTGGATACACTGTATAGGTGCGTTTGGG GACTGCTGGATCTTACAGTAAAAATCTAATGTATCTTTGTAGTTTTGACT TGGCACCCATTTTGATTCGTTTTGCACATTGTTTCGACATCTCACGCTTA TTTTCGGGTGGCTTCAGCGAAATAAGATTTGAAATCAAACTACACTGTAA GGGTGAGAAACGTTCGGTTAAATGCACTGTAAGGGTGAGAAACGTTCGGT AAAATGCACTGTAAGGCCTTTTCACTACTCAAGGGCTACACTCTAAGGGT CCAATTTTGAAAGCTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGCACACATGTCGTT GTTTAGAAGTCGAGTGCAGTCCGCCTTTTATCTGAGAATGATTTTTTTAT AATGATTTATTTTTAGATTATTTTACAGACCCCGACTTGAAATTGAAAGT TCAAGCGCTTGTGCAGAAGAAAGAGTCGAGCTTGAAACGAAACCAAAACA GT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000103_pilon:1020964..1034015-

>XLOC_041955 ID=XLOC_041955|Name=XLOC_041955|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=714bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000103_pilon:1020964..1034015- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCAGGACCAGGTGGTTCTGCTAAAGCCAGGACCAGGTGGTTCTGCTAAAG
ATATTTGTACAAAGAAATACAAAAAAATAACAATTTTTAAGATGAACGAC
AAAAGCGCAATCGAGAAGAATGATATTGGAGCTTTGACAGATGACCAACA
ATCCAAATTGAATACATTTAAAATATTTGTACAAAGAAATACAAAAAAAT
AACAATTTTTAAGATGAACGACAAAAGCGCAATCGAGAAGAATGATATTG
GAGCTTTGACAGATGACCAACAATCCAAATTGAATACATTTAAAATCAAA
ACTCGAATGGGGAATGAGAAATATTTGCGAGAACATCCGGAAATTGATTG
CTTGATTTCCAGTTTTGTCAGATCAAAACTCGAATGGGGAATGAGAAATA
TTTGCGAGAACATCCGGAAATTGATTGCTTGATTTCCAGTTTTGTCAGTG
AAGTGTGTATACAACGTCCAAACAACGTTCGAGAATTTGCAGCCGTGAAG
TGTGTATACAACGTCCAAACAACGTTCGAGAATTTGCAGCCGATTATTTT
ACAGACCCCGACTTGAAATTGAAAGTTCAAGCGCTTGTGCAGAAGAAAGA
GTCGAGCTTGAAACGAAACCAAAACAGTATTATTTTACAGACCCCGACTT
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GAAACCAAAACAGT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_041955XLOC_041955-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000103_pilongenomesc0000103_pilon:1020964..1034015 -
Properties
Property NameValue
Aaloc274-357:85
Aaloc226-270:1278
Aaloc148-222:3134
Aaloc28-147:4509
Aaloc1-24:13053