XLOC_041836 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_041836
Unique NameXLOC_041836
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000287_pilon:288236..302924-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_041836 ID=XLOC_041836|Name=XLOC_041836|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=14689bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000287_pilon:288236..302924- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AACTTAACCTAAGACACACCTAAAAAAGCAAAACAAAATGGCTGACACAC ACAAAAACAAACATGAACCTACCAGGTGAGCCAAAGTTGAAAGCTGTGTG AAGTGTGTGTGTGATACTTGAAGTTTGATTTGAAAAGTTGTTGAAATTAT TTGAAAAGTTTGAAAGTTGAAAAGTTGTTTAATCCTTCCAGTCTGAATGC ATAATGTCTACTGCACATGAGGTGTGTTTGAAAAAATGATTTTTTTTATA AAGTATATGAAATTAATTAAAAAATACTTCTATTCCTAGAGGTAATAAAA AAGTGATGTCATGAGACATAATTATTGATAATTGGCCTAATTAAATATAT GATAAACTAGTTGAAACAAAAGGATAAGACACATGGGACTGAAAAAAGGA GTGACAAACAAAAGACAAAAACCTGAAAAACACTGAGAAGGAGAGACTGA AAAAAGGACAGAATGAAAAGTAATTTTTTTTTGATTTTCTAATAAATAAA ATACATAGTGAACTGCCATTGCATTACATTCCCAGCCAAAATCAACAAAA ATTGCTTTCTCATTTGAAAGAATCATTTAAATTCAATTATTCAATTTGAA TTTCATATCGACATTTTTAGCGATATCTCCCAATTCTTTCATGATATCAC AATCATCCACAGCGCGAATTAAAATCAGGTTACGTACTGATCTCCTTGTT TCTCGTGAAACTTTTTCGTTTTCGTTTCGATATTTGACAATGACACAACG AACTTTGTCATCATCACCAACTTCAACATTTGATATGATACCATACGTGT ACGATTTGGATAGTTTCGATTCGACCTTGTTGAATAGAACAACATCACCA ATTTGGAGGTTTCGTTCGTGGTTGAACCATTTTGATTGTGACATGAGCTT GGGAACGTGGTTTAGTAGCCATGATTCGAACCAAGCATCATAGATTTTCG 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CCAGATTTCAGTTATTGATTCGAGTGATTTGACCATGGTGAGTGCTTGAC CTGCCAAATAATTGTTCTTAAGCAGATCTGGTAAGAGGTTAGATGGTGTT TTATCATTGTACATTTTGTCAAAGTTCAATTTGAAGGTGTAGTAATCAAT TGGTCCGTCGTAACCAGAAAACTTTTCTAGTTTGATGTTGAGTGATGCTT TGTTGAATTCTGTAAGTTTGTCGAGTTCACGATCTTTGATTTCTTTGACC AAACTGTTGTTGTATTTTTGTTTCAGTTCGTCAAGTTTTGAATAACTTGC TTTGGTTTTCGTCATGGATGCACGAAGTGTTGCACTTGAAATTGGAGTTT CGAGACATTTTCTGTAGTTGTCCCGAATCTTTTCGTAAGTAGAGTTGATT GATGGAGTTTCGGTTCGCCAGTTGAGAAGTATGTTGGAATCAGCAGTTTC GACATCACGATTGAAAATTGATCCGATTTCTTTGATGGATTCATTGACAC AATCAAGAAGGAAGTTAACAGTTTCCTCCTTTACGGTGGCTGCACTGGCT TGTTGGGTTTGGTTGATAGATTTGTGATGTTGAGTTTGGACCTCATAAAC TTTGGTGTTGAAGTCCTTTATCGATTGTACTGCAGTGGTGACTATCTCGT TGAATTCGTCTGGTAAGATTTCTTTTCCGAGTTTGATGGTGAGTTGTAAT CGATTCATGTCGAAACGAATTTTTTCGACTTTATCAAAGATAGCAGTGAC CTGATCTGGTTCCATGGTTTGAATTGGAGTTTCATTTGTTATATCCGTGA CAGCTTGAGACATGAGGACCAGCTCGACGGCATCTTTGCTGGGGTCGGCC ATCTCAATTGACTCTGTTGATGAGGTATCGTTGATTGATAGATTTTGAAG TCTGGATGAAAGGTTCTCTTCAGTGATGGGAACACGTTCACCCGTTGAGT TGAGTTTGCGATAATCGATTCGAGGGAATCTTTGTTGTCTTGACATTGAC TAATTTATTGACTAAGTCCACGATTGATGAGGACTGTTGATTGAACTGGT GTTCTGATGTCCACGATTGACGAAGACGGTTGATTGAACTGTTGTTCTGA GATATCCACGATTGACGAGGATGGTTGATTGGATTATTGATAGGATCTTC TGTTTGAATGTAGTACACACAGTAAATTGACTCAAATTTGTAACGATGAT GTGATATTGTTCAAAGTTCAAACTGAAAAGGTAAAAAAAACTTATCTTTA AATAATTGAAAAAATAATGAAAAAATGACAAAGTCTTAATTGACAAATGA ATTTGAGGCTAATTGAAAGTAAAATACATGAAAAGAATTTAAGTCTGAGT AAATGAAATTTGTGAAAGAGAATCTAAGTCCAAAGTAAAGTTAAGTAAAA AAAATGATGAGAAAAATGAGTGAAATATTCTAAGTCCTAACTTAACCTAA GACACACCTAAAAAAGCAAAACAAAATGGCTGACACACACAAAAACAAAC ATGAACCTACCAGGTGAGCCAAAGTTGAAAGCTGTGTGAAGTGTGTGTGT TGATACTTGAAGTTGATTTGAAAAAGTTGTTGAAATTATTTGAAAAGTTT GAAAGTTGAAAAGTTGTTTAATCCTTCCAGTCTGAATGCATAATGTCTAC TGCACATGAGGTGTGTTTGAAAAAATGATTTTTTTTATAAAGTATATGAA ATTAATTAAAAAATACTTCTATTCCCTAGAGGTAATAAAAAAGTGATGTC ATGAGACATAATTATTGATAATTGGCCTAATTAAATATATGATAAACTAG TTGAAACAAAAGGATAAGACACATGGGACTGAAAAAAGGAGTGACAAACA AAAGACAAAAACCTGAAAAACACTGAGAAGGAGAGACTGAAAAAAGGACA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000287_pilon:288236..302924-

>XLOC_041836 ID=XLOC_041836|Name=XLOC_041836|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1278bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000287_pilon:288236..302924- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACAGCTGAAGTCGAAACTGCACAGACAGAAACTGTCACTTCCCCTAT
GGAAGAAACTCCAGCTGAGGACCCTTATGACAGCTGAAGTCGAAACTGCA
CAGACAGAAACTGTCACTTCCCCTATGGAAGAAACTCCAGCTGAGGACCC
TTCCGTTACCTCTGAAACAGAAAGTGATAGTGATGATGAAGTCCCCATGT
TGGAAGACGTAGAAGATGATGCAACTAACAAATCAGATGCTTTTGCTGCT
GCTGGAATCCAAGAAGAACCTGTCAGTAAATCTAAACAAAGTAGAAGTGA
GAAAAAGGCACGAAAAGCCATTCAGAGACTCGGACTTAAACAAGTTACTG
GTGTTACACGAGTAACGATACGTAAAACGAAAAATATATTGTTTGTTATA
AAAAAACCAGATGTATATAAAAGCCCAACTGGAGACACATATATTGTTTT
TGGAGAAGCCAAGCCGTTACCTCTGAAACAGAAAGTGATAGTGATGATGA
AGTCCCCATGTTGGAAGACGTAGAAGATGATGCAACTAACAAATCAGATG
CTTTTGCTGCTGCTGGAATCCAAGAAGAACCTGTCAGTAAATCTAAACAA
AGTAGAAGTGAGAAAAAGGCACGAAAAGCCATTCAGAGACTCGGACTTAA
ACAAGTTACTGGTGTTACACGAGTAACGATACGTAAAACGAAAAATATAT
TGTTTGTTATAAAAAAACCAGATGTATATAAAAGCCCAACTGGAGACACA
TATATTGTTTTTGGAGAAGCCAAGATTGAAGACTTATCACAACAAGCACA
AGTACAGATTGAAGACTTATCACAACAAGCACAAGTACAGGCTGCTGAAA
AATTCAAGGAACCAGAACCAGTGAACCCAGCTGTGTCAGATACCAAAGTT
GAAGCTGCTGATGCAGAAGAATCTGACGATGAAGAAGCTGCTGAAAAATT
CAAGGAACCAGAACCAGTGAACCCAGCTGTGTCAGATACCAAAGTTGAAG
CTGCTGATGCAGAAGAATCTGACGATGAAGAAGTTGACGAAACTGGAGTC
GAAGAAAAAGATATTGAACTCGTTATTCAACAATCGAACGTTTCTCGTAA
GAAGGCCATAAAAGCACTGAAAAAGAATGATGGTGATATTGTTAATGCTA
TCATGGTTGACGAAACTGGAGTCGAAGAAAAAGATATTGAACTCGTTATT
CAACAATCGAACGTTTCTCGTAAGAAGGCCATAAAAGCACTGAAAAAGAA
TGATGGTGATATTGTTAATGCTATCATG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_041836XLOC_041836-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000287_pilongenomesc0000287_pilon:288236..302924 -
Properties
Property NameValue
Aaloc517-639:124
Aaloc421-516:8473
Aaloc388-420:8759
Aaloc79-387:10009
Aaloc1-75:14690