XLOC_041760 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_041760
Unique NameXLOC_041760
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000233_pilon:30947..37873-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_041760 ID=XLOC_041760|Name=XLOC_041760|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6927bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000233_pilon:30947..37873- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCGGAGGGGCGGCTTGTGAAAGTACACTCTCAGAACATGAGTCATGT CGAAATGGTTGGTCGATTTTTTTATATCATGGATCCTCATAAGCATATGT TTGAAACACCAATTGAAGTACCAGATTACTTGATCGAGGTATGGATTTCT ACCCCTAATATGTTAAACTAGAGTCGTTTATAATGTGTGTATAAAATAGA TTATTGTTACGGGATTTAGTTTTTATCCCGGGGGGGGGGGGTGGTACTTA GGCAAAATGGGTGCCGGGTATGTGCGAGCCATAAGGGTACCTTTTCTCAT TCCTCAAAAGTCTCTCAAAGGGGTACAAATTCAAAAGTTAGTCTCTGAAA GGGTCCCAAAATCACGAAAATCAAAAATTTCTCTCTCAAAGGGTCACGAT TTCCAAAAATTTTGACCAAAATTTGGTGACAATCAAACCAAAATTTGGAA AAAATGGACCAAAATTTAGGAAAAAGTCTCTCAAAGGGTTCCAAAATCAC CAACATTTTGTCTCTCAAAGGGTCGATTTTCGATTTTAGGCTCGGACATA CCCGTCACCTCGCAAACCTAGTACCCCCCCCCCCCGGGGGTTTTATAGAC TAAAATTGTTCCCTCCATTACTTTTTGCTTTATTTCTACCATTTCTGAAT TAGTCGTCTAGCTTGCTATTAAAGAAAATCTACATTTTAATTGGGCGTGA TTTCAAAAACGCCCCTAATTTTTAACGTACGTTCTTTTTAATAAATTAAA GCTGCTGGAAGTTTTAAGTCGTTGATGAGTAGCTCTCGAATCGATCTCTA ACATAAGAGACAGCTCTGATTTCTTTTGATAATCTTTTTAGTTCTGTTGG AAATCTATCGACTCTTCAGTTTCAGAAGCATATAAAGATTTCCATTTACG TTATTTCTTTTAAAGGCATTACCATTCTTCGTTGCAGCAGTATTTCTTGA GATGTTTATCGCTTTCTTACAAGATGGATACAATCACAAGTTATTTTACG TTTTCAACAATATTTCTGCTGCAATGTTTCAAGTGACCATAAATAAATTG GTCGTTCAACCTTTGGGATATGTTTTGTATTGCTATGTTCACCAACACTA CAGGTTAGTTTGAAATAAGTGCGATCGGGTTGGAGCTCTTTTAAGCGAAT ACATTTTTCTTAAGGGGAATGGCTTCAAAAATTGTAGTGGTTATCGTTGT TTTTTTCAGCTAAAGTAACGATACAGTGACATATTTCGATTTATCCTATC TATGTCAAGACCAAGCTATTAAAGAAACTTTTATCTTATAGATTGACAAC ACTTCCTTGGGATTCTGTTTGGACATGGTTGTTTGCGTTCGTCGCTATTG ATTTTGCATATTACTGGTTTCATAGAATGGCACATGGTATGTATATAAAC TTGAGAAATGCAACTAATAGACACTCGATAGAAGTAAAAAAGTGTCTGTC CGCTATTATTTGCAGTGTCCGTTGATATTAGTTAGAGCTCACTAAATCTT AAATTATTATTATGATAAGCTACAATCTTGGAAAAAATATTTAAGACAAA GAAGATTTCCCTGAAAAATCTTAATTACCACAAATTATTTTAGGCGCTCT GATTTACTTCTGGAATCCCCACTAAATAAGCAGTTACTACTACGCCGTGA CTGAAAATATATACTTCTATTTGTATTGCAAAACTCAATATTCAGAAGTG AATTTGTTATGGTGTGCGCATCAGATGCATCACAGCTCTGAAGATTACAA TTTAACAACTGCCTTTCGACAAAGTATTGCTCAAAAATACTTCAAAGTAA GTTTAACTAAACCTATGATTTAAACCTTCAGTCCCGAAATATGTATTGAA GACTATTTGATAGTTATGAAAAACCTCGAGACTAAAAGGGTTAATATGTT GTTCAAAAAACACCCCTGTGTCCGCTGAGACCCCAGCCCAACTGAAAAAA TTTGCCAAAATTTCGTCCCCAGTGGACAAAATACCCTACAATTTCAGTCC CACCGGGAAAATGATTTTGATTTCATCCTCTTTGGAAATTCAATGCAAAA ATTTGCTGTCCAAAACCACTAGATACTTTAAAGCTCGGGAACGATAAAAT TTCTATCCCCATTGGGATTTCAATAAAAAACGAGTGTTTTAGAACAATTC AATTTAAAATGTTGCGTCGAATTCCTGAATTTCTTTTTCATTTTCAGTTG GTTTACATCCCGATCGCATTGATTCTTCCTCCTTCTATATATCTGGTGCA TGCGCAGTTCAATTTGTTGTACCAAGTTTGGATTCATACTGAGGTAAATA GTAAAGAACTACACCTAAATGTGCAGAGAGCCGGCATCAAAAGTTACAAA TAACTCTAAGTTTCTCAAAGGGGTGTAGTTTTCTAAGTCGGTACGAAAGG CGCAGGTCATTTTGGAAGTTTTTTATGAAAAAAAAAACAGTTGGTCTAAA GTTTTATAGCAGAAAAAAAGAAAAAAAGCTGATATCACGGTCATCAAAAA CCTTGAACCCCTTCAACTATTTATCTTATTGATAGAGACTTCTTTGATAT AAAGTTATGAGACGATTATTTTCGTAGTTTTTGCCGACGAATATTCTTTC ATCACAAATTTTCTACAAATAATGTACCTATTACTTAATCATATTTAATC GAAACTGAATATGAAGATTTAAATAACTAGCTATGTGTTCTTCTCTAACA GGTTGTTCCAAAACTTGGTCCATTGGAATACATTTTTAACACGGCAAGTC ACCATCGAGTTCATCATGGTATGTAGACGGGAAACTTAATTTGAATACTA CTCTACCAGGAATATTACCATGGTCCAATTAATTAAGGGAATTACTACAC TCTACAATACCCACTGTAATACTTGGCACAAAAGGGGAATTCCCTCAAAT TTGAAAACCGCAAGTGATTTTTAAGTGCTTTATAAAGTACGGTTGGAAAG TAGAGTTTTAATTCTGAGTTTTAGCATGAAGACTTACGACCTTAGGATCT CAAAGCTCAAAAATGTTCCTGAGAATGTAGCCTGGAATCCACTTAACCCC TCCCAAATCGAAAGATCCAAAGCAACAAAGTGCCAATAACATTTCGGCGC CGATAGTTAAAAGAAACATTCTTAACTAAAGATTTAAGTTTTTCCTCATT TACGCTAATTTTAACACCAGAAACCTAACCTTTTTAATTGTAAACTTTTT TTCTTCCAGGAAGGAATATATATTGTATCGATACAAACTACGGTTAGTCA TAGTTGTATGTTAAAATCTGAATCTTAGGCTTGCGATTAAATCGAAGAAA AGATTTGTTTTGAGCTCCAATCATGGATCATACATCATCCACCTAAATTT TGGTGTGCGTGTATGCTCAGAAGAATTATAATTCTTGTCTTCATCCGGTA AATACTTTGTCTTTTCATTTATAGGTGGGACTTTGATAATATGGGACAGA ATTCTGGGTAAGTAACTTTTTATCTTATTGACCATTTGAATTATGAAAGA TTTAGGGTTATAAATACTTTTTTATAAAAGTTTTACATAGGACCACAGGA ACATTGTTCTAGTGAAGGAGAGATTCGAATTCGAGTTTAAAAGACTTCAC TGTACTCTATTCGATATAGGGACATTTGCTGAAGAAGAAGAGAAAGTATC ATATGGATTAGTTTATCCAGAATATACAGCGAACCCACTTTTGCTACAGG TAGCCCAACTAGCCATACACCCTTTACTTCAACATATAATAAACGTGTCT TTTACATTTCCAAGTGAAGAGTAAAATTTCAAGCCAAGCATCACAAAATC ACGAAATTTCCTCTAAAAACTTTATTGAGCTTGATTGACATTGCTTGAGA TTCATCCCCTCGTGCTCTCGTCCCCTCGTACTCCCTCTTATTGGCAAGTA TTTTTATGACTTTCAGTTAAAAACATCACCTGCCTTTTACAGGGTGGCCA TTTTTATTATCTCTATCGACGATTTTGTAAATTGGAAAAATGGTCTGACA AGGTAAGCTTTGGACAGGACCCTAACATTTCTTGATATTTCAACATTGGG TTAGTAAGATAGAGAAGGGTTTCCATTTTTTTTCAATCGAGAACTTAGTA AGATTAGAAATCTGTGTCTAAAACTTTTTGAATAACTGTTTTTCTGGTAG TTTTGAGACCCATAAGGAAGCTATCTACAAAATTTCAGTCACATTATATT AATATTAAGGTGTGGGCCTTTTTTGAGATAATTCTACTAGTCTTTTCGAT TTCATTCAACTATCAGCTCAATTGCTTGTTCCGTAAACCTTGTTGGATGG CAGAAAGTGAAAAAGTTGGATTAACTCCAGAACAAATGGAAATACCAGAG GTTCGTACTCAATAACAATTTTTTTTTAAACTCAGATAGTTTTTCTAAAA GGCCTCTTTTCCATATTGTACGCTACACAAAAAAAGCATTTCAACGTTTA CGTAACGTTTGTTTGAATCCATAGCGAAATTTAAATGATATACTAGTAAG GGGGGGTTTCAGGGGTACCCGATTCCGCAATTCCGTCAATTTTTTCTCCA ATTTCCGTCAAACCGTCCTAAATTGAACCAAAATTCCGTCACCGAAAATT CGTTTGAAATTCAATATTTTTGTCGAAAATTCCGCAAATTTTGAATATTA TTATTATTATTATTATACAGTATACAAGTTCACAGGCCCGAGGTGGGCCT CTACGAACCGGTTTGATTACAATTCTAATTTGTTAAATATCTAAGTTTGT GTCTTTTCCACGCTTCATTAAGGTTTTGTTTAAACAAGTGAATGGAGGTC GACTCGACGACAAATCGTGGCAATGCATTCCATGTAGGGATTGTTCTATA GTAGAATGACTTTGTTTGCGCTCCTCGAAGACCATCAGCAGCAAAGTTTG GAACGAATTCGTGATCGTGAAATCTGGCTGGACGAGTTCTTTTAACTAGC TTGTCCCGAGTTGTTTTTGGATCATAAAAATGGATATGCTTATACATTAT ATACTTATACAATATCTTTTACCAATTCCGAAATTCCGCAAATTTTTTTG CTAAATTCCGTTTTTCCGCACTAAAATTGTCTAATTTTCCGTCTTCGTCA GAGAACCCAATTTCCGTAATTCCGTCCAAATTTTCGCCAAATTCCGCCAC TCCGTCCGAAAAAAGGGCCGATTCCGCTCCTCCGCCAACCATGAAACCCC CCCCTACTAAGGTTGCTACTGAATATTACGTGATTGAACAAAGACATAAT CGAAAAAGGGAAGCGGGAATCCCCAGATACAAGCACTCTCTTAGATGTAA CACTTCCTGAACCTTTTTAATACTTTTTGCTACAGGTGGAGTCACCAGTT CAACTACGTGTCTTGGAACATTTCAAAATGGAAGATCGCTTAGAGACGTA TTACGTGCTTTTCCATTTCCTCATTTCCACTTTCGTTTTCGTCACTTTCT TCGGAAATTATATGGTAAAATCTTTCTTACTTAGTTTCTTACTTAACTCT AGATAGTGTTCATACCCCATTTTTAAATCAGTTTTTAAAACATGGATGCC GGCATCTTTAGCTCTATGAACCTCAATGCTCCAGTGGAGCGTTTTACCAT GGGGGATGAAATTTTTTATTTAAATTCCTATGGGGGTAGTTTTGATATTC CCAGCTCAAAGACTCAAAAAATCTAGTGAGTATGCTTTTGGAGTGCAATT TTTCCAGTGAATTTTGAATAAGAATGAAATCAAAGTTCATTTTCATTGGG CTGATGTTGTAAGATATTTTTTCCAACGGTGACAAATATTTTGGCAAAAA TTTCCAGTGGGGCAGGGATTCCACCGGGTCTCTGGTACAGGGATGTTCTT TCTGACCATGTTGTGTATTTGTCTTACATTTCAGTCGTTATCAGTGATAA CAGCATATGGTTGTATGTGCTATCTTTTCTTGACGTTGACTTCATGTGGA TTTATATTGGAAGGGAGGTAAAAATTACTGTATTTCTTCAAATAAACGCC CTGATCGACTGTGGAGCTGTTTGAATCTTAAAAGATTAAATGATTAAGAT TAGATAAGCGCTCTTTAGAGGGTGACGCTGAATAGAAGGAATATATAAAG AGTAACGTTTTAACATTTTCATCAGTAAGGAAGCTGAATGTCTAGTTAAT ATTGAGATTGTTGAGCTTTCTGAGCTTTCCTCTTTTTTCATATTATCTTT AAAACTTAAGGCAAAATGAAAAGAGTGTCCAAAGGTTATTCCATACTTTC TTCTCAAAATCCAACAGTGCCAGACAATTTCAAAAAGTATAAAAAGAAGC ATAACCCATAGTTTCTTCTCATTGGTTTAGTGAAACAGGACCCCCAAACA AGGGTGTTACTGCATGCTTACAGCTAGATACACTGCCAATCAATATAAAC AAAAGAGGATCTTAATAAACTCACGCCAACTAGTACTGTACTCTACCTAC CAGGGAGTTCTCTTCCACCTTTTCTTTTACAGGTGGTTTTGGTGTCATGT GGAAGTGATACGATGTCTTTCAGTTTTTGCAATTGATGCATATTTGACAT GGAAAAGTATCGATAATCCTGGTAAGCTTTTTCCTTTAGAATATTCAAAT AGTAGACAGTGTGGTACCCAGTTGGCGTACACAGTTTATGAATATCAAAC TGTGATGACAGATCGGGATTCTAAATATCCGAATTCTGAAAATCATTTCT GAATCTAAATGTATGAAGGACAGCAAGAGAAATTAAGAAACAAGATTCCC ATTCAGATGGCAGAAAATCCTTTGAAAACTTCTTCAAACTTTTCTCTAAT TTCAGTGTTCCGGATGAAGTACGTTTTATATGGCGTTCGAATAATCCATT GTTTATCACTTTTGATTACGTCATTTCAAATACTCACTAAAATAGACGAC GTGGCGAGTAAGAAAAAGAAGAAATAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000233_pilon:30947..37873-

>XLOC_041760 ID=XLOC_041760|Name=XLOC_041760|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2796bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000233_pilon:30947..37873- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCGGAGGGGCGGCTTGTGAAAGTACACTCTCAGAACATGAGTCATGT
CGAAATGGTTGGTCGATTTTTTTATATCATGGATCCTCATAAGCATATGT
TTGAAACACCAATTGAAGTACCAGATTACTTGATCGAGATGGCGGAGGGG
CGGCTTGTGAAAGTACACTCTCAGAACATGAGTCATGTCGAAATGGTTGG
TCGATTTTTTTATATCATGGATCCTCATAAGCATATGTTTGAAACACCAA
TTGAAGTACCAGATTACTTGATCGAGGCATTACCATTCTTCGTTGCAGCA
GTATTTCTTGAGATGTTTATCGCTTTCTTACAAGATGGATACAATCACAA
GTTATTTTACGTTTTCAACAATATTTCTGCTGCAATGTTTCAAGTGACCA
TAAATAAATTGGTCGTTCAACCTTTGGGATATGTTTTGTATTGCTATGTT
CACCAACACTACAGGCATTACCATTCTTCGTTGCAGCAGTATTTCTTGAG
ATGTTTATCGCTTTCTTACAAGATGGATACAATCACAAGTTATTTTACGT
TTTCAACAATATTTCTGCTGCAATGTTTCAAGTGACCATAAATAAATTGG
TCGTTCAACCTTTGGGATATGTTTTGTATTGCTATGTTCACCAACACTAC
AGATTGACAACACTTCCTTGGGATTCTGTTTGGACATGGTTGTTTGCGTT
CGTCGCTATTGATTTTGCATATTACTGGTTTCATAGAATGGCACATGATT
GACAACACTTCCTTGGGATTCTGTTTGGACATGGTTGTTTGCGTTCGTCG
CTATTGATTTTGCATATTACTGGTTTCATAGAATGGCACATGAAGTGAAT
TTGTTATGGTGTGCGCATCAGATGCATCACAGCTCTGAAGATTACAATTT
AACAACTGCCTTTCGACAAAGTATTGCTCAAAAATACTTCAAAAAGTGAA
TTTGTTATGGTGTGCGCATCAGATGCATCACAGCTCTGAAGATTACAATT
TAACAACTGCCTTTCGACAAAGTATTGCTCAAAAATACTTCAAATTGGTT
TACATCCCGATCGCATTGATTCTTCCTCCTTCTATATATCTGGTGCATGC
GCAGTTCAATTTGTTGTACCAAGTTTGGATTCATACTGAGTTGGTTTACA
TCCCGATCGCATTGATTCTTCCTCCTTCTATATATCTGGTGCATGCGCAG
TTCAATTTGTTGTACCAAGTTTGGATTCATACTGAGGTTGTTCCAAAACT
TGGTCCATTGGAATACATTTTTAACACGGCAAGTCACCATCGAGTTCATC
ATGGTTGTTCCAAAACTTGGTCCATTGGAATACATTTTTAACACGGCAAG
TCACCATCGAGTTCATCATGGAAGGAATATATATTGTATCGATACAAACT
ACGGAAGGAATATATATTGTATCGATACAAACTACGGTGGGACTTTGATA
ATATGGGACAGAATTCTGGGTGGGACTTTGATAATATGGGACAGAATTCT
GGGGACATTTGCTGAAGAAGAAGAGAAAGTATCATATGGATTAGTTTATC
CAGAATATACAGCGAACCCACTTTTGCTACAGGGACATTTGCTGAAGAAG
AAGAGAAAGTATCATATGGATTAGTTTATCCAGAATATACAGCGAACCCA
CTTTTGCTACAGGGTGGCCATTTTTATTATCTCTATCGACGATTTTGTAA
ATTGGAAAAATGGTCTGACAAGGGTGGCCATTTTTATTATCTCTATCGAC
GATTTTGTAAATTGGAAAAATGGTCTGACAAGCTCAATTGCTTGTTCCGT
AAACCTTGTTGGATGGCAGAAAGTGAAAAAGTTGGATTAACTCCAGAACA
AATGGAAATACCAGAGCTCAATTGCTTGTTCCGTAAACCTTGTTGGATGG
CAGAAAGTGAAAAAGTTGGATTAACTCCAGAACAAATGGAAATACCAGAG
GTGGAGTCACCAGTTCAACTACGTGTCTTGGAACATTTCAAAATGGAAGA
TCGCTTAGAGACGTATTACGTGCTTTTCCATTTCCTCATTTCCACTTTCG
TTTTCGTCACTTTCTTCGGAAATTATATGGTGGAGTCACCAGTTCAACTA
CGTGTCTTGGAACATTTCAAAATGGAAGATCGCTTAGAGACGTATTACGT
GCTTTTCCATTTCCTCATTTCCACTTTCGTTTTCGTCACTTTCTTCGGAA
ATTATATGTCGTTATCAGTGATAACAGCATATGGTTGTATGTGCTATCTT
TTCTTGACGTTGACTTCATGTGGATTTATATTGGAAGGGAGTCGTTATCA
GTGATAACAGCATATGGTTGTATGTGCTATCTTTTCTTGACGTTGACTTC
ATGTGGATTTATATTGGAAGGGAGGTGGTTTTGGTGTCATGTGGAAGTGA
TACGATGTCTTTCAGTTTTTGCAATTGATGCATATTTGACATGGAAAAGT
ATCGATAATCCTGGTGGTTTTGGTGTCATGTGGAAGTGATACGATGTCTT
TCAGTTTTTGCAATTGATGCATATTTGACATGGAAAAGTATCGATAATCC
TGTGTTCCGGATGAAGTACGTTTTATATGGCGTTCGAATAATCCATTGTT
TATCACTTTTGATTACGTCATTTCAAATACTCACTAAAATAGACGACGTG
GCGAGTAAGAAAAAGAAGAAATAATGTTCCGGATGAAGTACGTTTTATAT
GGCGTTCGAATAATCCATTGTTTATCACTTTTGATTACGTCATTTCAAAT
ACTCACTAAAATAGACGACGTGGCGAGTAAGAAAAAGAAGAAATAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_041760XLOC_041760-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000233_pilongenomesc0000233_pilon:30947..37873 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1279-1398:121
Aaloc1189-1275:445
Aaloc1105-1185:1044
Aaloc976-1104:1593
Aaloc892-975:2662
Aaloc832-891:2986
Aaloc754-831:3307
Aaloc721-750:3502
Aaloc688-717:3717
Aaloc619-684:4227
Aaloc523-618:4731
Aaloc424-522:5231
Aaloc328-420:5636
Aaloc139-324:6013
Aaloc1-138:6928