XLOC_041548 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_041548
Unique NameXLOC_041548
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000318_pilon:319011..329859-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_041548 ID=XLOC_041548|Name=XLOC_041548|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=10849bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000318_pilon:319011..329859- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTCTTTGACTTTCTGTCCAGCTTGTGTCAGCCAAACAATGAGATCTTCAG CCATCTTGCCACTGTCAATCAAAGATTAAAAAGATGCAATAAACCTCTTG AAGTCAACGACGGAGTACTAGCAGATTGGACCAAGATACCTACCTCTTAC TTTCAATTAGGCGCTCCCATCTCTAACGTTGAAAATGGCAAAACGATAAA TTTGGAACACGTTCCACTGAAGCATACGGTTAATATGTTTAAATGATTTA TTTCTTTAAACTGGATAATAAATTTCGTTGAGGTTTTCGTTTGCTTCATT TTTGAGAATATGTTCTCCTTAAATTTCATTTTAGCTCCACTCTCAACAAA TGCTGGAAATGGCAACATCGCAAAAACACAGTCTACTGCGATAACGATAA TTTCGGCTTAATTATATTGATTTTAGTTGTAATTTTCATGATAAAAATAT TATTGAACTTTTTGAAATTTCAATATTCTCCAAATTTCATTTTAGCTCGT ATTTCAACAAATGCTTATCATGACGAAGTCTCCAATTTGGAATTGCTTGC TGATGAAGCAGACGGTAATTTCGGCTTAATTATTTTGATTGTAGTTGTAA TTTTCATGATAAAAATATCATTGGCTTCTTTTAAATTTCAATGTTCTCCA AATTTCATTTTAACTCATATCTCAACAAATGCTTATCATGACGAAGTCTC CAGTTTTGAATTGCTTGCTGATGAAGCAGACGGTAATTTCGGCTTAATTA TATTGATTGTAGTTGTAATTTTCATGATAAAAATATCATTGAATTTTTTT AAATTTCAATGTTCTCCAAATTTCATTTTAACTCATATCTCAACAAATGC TTATCATGACGAAGTCTCCAGTTTTGAATTGCTTGCTGATGAAGCAGACG GTAATTTCGGCTTAATTATATTGATTTTAGTGGTAATTTTCATAATAAAA 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AGAATTCTAAAACGACTCTGATCGTCTGATCGTCTGATCTACTCAGCAAA ACATCTAAATTTTCCTGCCTGTGTATTTTTTCAAAGTTGGGAAATCTAAA GGCTCTTAAAATCTTAAGTCTGCAAACAGGAGCAAACTCTTTACATAAAA AAGTAAAAAATCTGTGACTTTTTTTACGGCTGTAGCACAGGAATTTAAAA CAGTTAAAATGCATCCATAAATGTTTTGTCGTTGTATTTCAACATTTTAC AAGTCATTACCATTAATTACCATTACCAACAATAAAATCCTTTATAATAC AGTCACATGTCAATGACGTTCTATATCTTTGACCATCGATGCATATTCAT AAAAAACAAACAACCAAAGATCCCACATCATCGAGGGTCGGCCAAGCCAA AATTTCACAACGACAAACAAACATTTCTCCTTCCACCGAATAAGGGAATG GCTTTCCCACCATATGTATACAGTTCATTTCTTCAGCTTAGATCCTCTTC TTGCAATGAAGCAACAACTCTGTTGAGCCTTGCCTGTCGATGAAAGAATA AAAATTCCATCTTCTTTCTTCTCATTCCGCAAGTTCAGCTGCTTTCCTCG TTTCTTTTCATCAAGCACCATCTCTTTTCAAAACTCCAATTTCTCTTTTC AAAACAACAATAAATGTTTGTTGTCAACATTCGAATTTGGAAAAGTTCGA AACCCCTTCGAAAGTCTTTGTTCGAGTCAATGCAATGACTTCTTGAAAAA TGAGCGCCATTTGAACGCTTCTTGAACGCTTCCAGCCCGCGCTGATTTTC CGATCTATTCTTCAGATTTCCTAATTTAAACCTTAAGGAGATAAAAACAA GGCTTATCTAGTACCGGTAACCACGTGTATTATCTCCGTAGCTTTTAAGA ATTGGTATATCTAAACGCACGAGGCGACACTTTTTGAAAAAAAACGAATT TAACCATCTGCAATTTCAGGTCTCTCTCCGCCGCGGTTCTAGGTTTGATC TAGGAAGGGCGGACGGCTTTCTCAATCATTTCTGCGTTTGAAAGATTGGA TATATATAGTAATTTTTCATTTGCGCTCCCCAGCGTAGGTGAGATTTAAA GGTATATATACACGATAGCAAAACTGCTTCGCTCATGTATATTCGCTTCG CAACTAGTGTATATGTATAAGAATTGCGAAGCGATCCAGGCAAGTCACTC GATTCGCAAGTTGCAAGCAAAATATTTATAGGGTCACACACTAGAAATTG CAAGTTAAAATAGATTCATAATCAATTCGTAAATGTAAACCCTGCGAAAC CCCGACAACTGCTCAGGTTCAGGAAGACCGACCCTCTTTAGAGATACACT CAAACACTTCAGGTGTACAAACTTACGATGTTTACTTCTACGGATTTGAG GAAAATTATATGGTTTTTTCATGAATCGTTGTGAAAAGTTCAATAATCAT TTGTCCGCCCTGAGCCTTGCGAGTATTTTTATTTCTTTCGTCCTGGGAGG GAAAATACCTCTCTAGCCTCGTCAAAAGGTCTTCCTTGCAAAGAGCCCAG AGCATCAAAAAAAGTTAAACAAACTTTAAACATCACTCGGTTTATTGAGA CAGAGATGTGAAATACAGAGGATTTCAAGACTAAAATTCAATACAAGTGA TTTTTTTCAAAGTTGGGAAACTCTTAGCTTAAGTTTGCTGTGGAGGCAAG TACTTGACAGTCTTTTACCCTCTTACTCAAGTTGTTGACAAACAGGAGCA AACTCTTCACATAAAAAGTAAAAAATCTGTGACTTTTTTCTCGGCTTCAG CACAGAAATTCAAAACAGTTAAAATGCATCCATAAACATAATGTCATGTT TTGTCGTTGTATTTCGACATTTTAAAAGTCATTACCATTAATTACCATTA CCAACAATAAAATCTTTTAAAATAAGATCACATGTCAATGTTCTATTTCT CTGATCACCAATGCGTATTCATAAACAACAAACAACAACCAAAGATCCCA CATCATTGAGGGTCAGTCAAGCCAAAATTTCATAAACAACGACAAACAAA CATTTCTCCTTCTACTATAGAGTTCATTTCTTCAGCTTAGATCCTCTTCT TGCAATGTCCATGAAAGAATAAAAGTTCCATCTTCTTTCTTCTCATTCCG CAAGTTCAGCTGCTTCCTTCGTTTCTTTTCATCAAGCACCATCTCTTTTC AAAACACCAATTTGTCTTTTCAAAACAATGTTGTTTTTAGTCAACATTCG AATTTGGAAAAGTTCGAAAGCCATTCGAAAGTCTTTGCTCGAGTCAATGC AATGACTTCTTGAAAAAAGAGCGCCATTTGAACGCTTCTTGAACGCTTCC AGTCCGCGCTGATTTTTCCGACCTTTTCTTTAAATTTCCTAATTTAAACC TTAAGTAGATAAAAACCAGGCTTATCTAGTACCGGTAACCCTATGTATTA TCTCCGTAGCTTTTAAGAATTGGTATATCTAAACGCACGAGGCGACACTT TTTGAAAAAAACGAATTTAACCATCCGTAATTCCAGGTCTCTCCGCCGCG ATTCTAGGTTTGATCTAAGGAAGGGCGGACGGCTTTCTCAATTTCTGCGT TTGAAAGATTGGATATATATAGTAATTTTTCATTTGCGCTCCCCAGCGTA GGTGAGATTTAAAGGTACATATACACGATAGCAAAACTGCTTCGCTCATG TATATTCGCTTCGCAAAAATCTGAAGTTGATCAAATTGCTGCGCGGGCGG CACACATTTAAACAGGGCAGTGGTTCTTCGGTTTTAAATGTTTATTTTGC TGTTAAATGGAAAACTAGTGTATATGTATAAAAGTTGCGAAGCGATCGAG GCAGGTCACTAAATTCGCAAGTTGCAAGCAAAAAGAAAGAAAGTATTGAA TGAGCCCGATAAGTTCTTTTTTCTAACGTTATAGGGTCTCACCAAACAAA AATTATTTATACCTTATTACATGAATCTAAGTATGGAATTTAACGGCCTT GAAATTAACATGAAATTTCTAAATTCGTGTTAACTCTGTTAATTACACGT CTCCTAATACTCATGTAAGGTAAGTAAAAAATATTCGAAGAAAATTTTAA AATCGCGTCTTTTGTTCGGGAAAGCTTTTCCACCTAAACCTAAAAAGTAA ATCATTTTTAATTACGATTTTTATTTTGACTCATTTTACTTCCGGTTTTA AATTCCTCGTGTTCGAAAATCGAACTTTCAAATCTTTCGAATTTCGAATG TTTCAATAAAAACAAACATTCGAATCCCCCCTGCCATAAATTGTTTTTTA TTTGTTAGAATTCCAGGGTAGACAGACTTTCCTCAGTAAATGATATTGGT GACTCGATGATAGTATTCATGGTTTCCAAGATTTCTACATGTAAATGTTG ATATCAAATCTAGTCTTTATTTTAGAGTCCCTTGCATACAACCAAACCCA ATCAAAACAAAAGAATCCTCGGGGTCAAGCACTATCCGGTTTAAACACCA GTCGGTCTATTGAGACAGGGATGTGAAATACTGAGGAATTTAATATTTAA TATAACCATACCCAGTTACGAGTTAGAAATATTGTATCAAGTTACATCAT TATTTACACAAAAATTTAAAAGTTTAAGTTCTATAATTGAGAGAGAGAGA GAGACTAAACCTACCCAAAAATAAGGGCATAGGCCACATGCCTAAAGCAT GAGGATCACAGCGCATAAAATAAATTTCAAAAACTAATAAAACACTATGC TATTCGGAAAATAAAATAGTATTGTCTTAGTAAAAAGAAATACACTAGTC AAGTAATTATCATCAAGGATCGATTTTCACAGAGTGAATCAAATTTCTCC ATTCTAATTTATTCAAAGCCAAATCATGCCAAACATTAGTATCAATGCCA GATTTTTTCAAACATTTATATAGAGATCGACCATATGTGTATCTCGGAGC ACCACGAGGACGTTTAGAACGGACCCAGCACGACAACATTTTCCGTGGAA GGCGATTCCAAGGCATGCGCATTACATGTCCAGCCCATCTGAGCTGTTGA CGACAAATGTAGGTGTCTATCGATTCCATAGAAAGTTTATCGAGAAGATC AGATGTACGTTTACGATCGAGTAAAGTAACACGACAAATACTTCTTACAC ACCGATGGTGAAATGCTCTCAATTTATAAAGAAGCTTTTCCGTCAAGCTC CAACACTCAACACCATATAATAAGATGGGTAGAATAAATGCTTGATAAAC TTTTGCTTTGACACTAAGCTTTATCTTAGTGCGGGAAAATAATGAACTTT TCATCATACCGAATGCATTACACGCTTTCTGTATTCTACGATCAACATCA AGATCATCTGAGGAATCGGAACTTATGACGCTACCAAGATAAATAAACTC TCGCTCAACAGGAATAAATCTGTCACCAAAAACTATATTCGATAGGTCAG CTTGATCAAAGGTTGCAGGATCGTCATACATACATGGTGGTTTCGAGCAG AAAAGAACGACAGATTTCGAATCAGGTGGCCCCGAATGGATCTCCATTCC AAAACAGTCGAAATGGGTCATACAGAGCGGTATACCAACACTAGCGTCTT CTCTTGAGTCGAAAACGAGGGCTGTGTCGTCGGCATATTCAGAGTCCTGA AATTCATACTCCTCGCCGTATGCACGGTAGCTCCGACCGGTCATTTTGGC ATCCTGTTTTGATCTAAAAATGCACAATGGTAGGCTGGTGGTTGCTCTCC AGGTGATCATTACAGCTGCAAGAAAAAACGTGAACAGTATGGGGCCGAGA ATATCCCCTTGCTTCACGCCAATGGTACATGACATTATATGCGTGACTTC GTCTACGGTGAATTTAACGGTGAAGTTTTCATGTAAGGATTTAAGAAGAC TGGTTAATTTAGGTGGAACTCCAAATTTCTCTAAGATAAGCCATAGTAAC TGCCTGGGTACGCGATCGAAAGCCTTGACTAGGTCAAGAAAAAATACCCA GGATTCTTTTCCGTGTTCTCGTCGTTTGCGAAGGGCTGTTTTAACTGTAA AAATGGCATCAATGCAGCCTCGATCAGGTCTAAACCCACATTGCGGTTCT ATAATTATAATAAAACTATTAGTGGTATAAAATCCTAAAGATAAATATAA AGAAAAACCAGAAAAAAAGAACTAAAATTTAAGAAGATTCTTACAATTCC TTCAACCAGGGTTTCCTTCAACAATCAAGCAAAAAACCTCATTTTTAATG GCTGTATTTTCCAAAGTGGTGAAGCCTATAGGGTTTTTAATCTTAAATCT GCTGGAGACAAATGTTTGACAGTCTTACCATTGATTTAGGAGCAACCTCT TCACATTAAAATAATTTTATCAGCTGTAGCACAGAAATTTAAAACAGTTA AAAGTACATCATCTCGACATCATAAATATCCATAATATCATGTTTTGATA ACTGTCAAGATTAGTTCATGGACACATATTTCGATATTTCACAAGTCATT TTCATTTCCAGCAATTTCCAAAATCCTTTTTACAATCATATGTTTCCTCA ATAGTTACTTTATCCTGGCCATCAAATGCATATTTATAACAGCAGGCAAC CAGAGCCCACATATTTTCGTCCATTTTCGAGCAGCCAAGTCAAGATTTCA AGAACAACGACAAACAATCAGTTCTCTTTTCCACTGAATGAGAGGAAGGA TAAATTCTACCAGATTATCCAAAACTTGAATATGTTCGTCCCCATCTCAA AGCATGCAAAAAGGCCAAGTTCATGTTCTTGCTCACTCTCTTATAGTTAT ATTCGCTGCTTTGCAAAAAAGTTTTTTTCACCACGTATGCAGGTCATTTT TCAGCTTTCCTTTTCTGGAAATGACACAAAAACTCTGTTGAGCCTGTCTT GTCATTGAAACAATAAAAATTTCCATCTTCTTTCTTCTGTTCTTTCTCTT TGCTACAGTTTCAGCTTCTTCTTTCAACCAACATCTTACACCTCTTCAAC TTTTTCAAAACATTCAACGTTTCATTTTTATTTCTCACAAAAAAGTAAAC ATTCGAAATTGGAAAGATTCGAAGGTTCGAAAGTGTCAGTTTTCACTGAT CGAGTCAATGCAGCGACTTCTTAAAAGGGAGCACCATGAAAGCAGAGAGA GAGTTTGAGTTCTTTGAACGCTTCAACCGCACGCTGGTTTTCCGAACCAA TCAGCTTTCTGATATTTGAACGCTTCGACCGCGCTCTGGTTTTCCGAACC AATCAGCTTTCTGATATGGAGCGGGAGTAAAGAAGCTAAAAATGTACGGG AACGACGGAATATCTTTTATGGAAGTTGCCCTGACTCGGAAATTTTCGGC ACCGTAGAGTGGTTCTTTTTCTCGACGAAGCCATCCTAAATACAATCTAC CAAACCGATATTGTAACGCCTCCTACCTGGACGAAAACAACCGGGATCTG AATACTTAATCCACATTTAACATATGAGAACTAAATTTTCGTTTTCGTCT TGCGCTCCCCTGGGTATATAGAATTTAAAGGTAAATGCACACTATAGCAA AACTGCTTCGCTCATGTATATTCGCTTCGCAAAAACTGTTTGAAAGATGA CAGAAAGGATCTTCATCATTCCTTGACTTTTAAAAGTAACCATCAAGTAT CAAATAAGATCAATAAATGAGAAGTTTTTGCTGGTCGCGCGGGCGGGAAA AGTGCTCTTTTAAGCGAACTAAACTTACCTTGCAAAACCAAGTTGATATT CAATGATTAAAGAGATACGGAGGTAATCAAATTTGTCGAATTTGTCAAGA AAACAAATCAAAACTGACCAAGAACCAACAACAAGCCATCTTTATAGATT TTTGCTTTTGTTTACTTTTGATGATTTCGATAGACGCAGACGATTCGAAT AAAAATGTTCGAACGTTCGACAAATATCGTTCGATTTTTTAAGGCACCAT TTACATTAGAAGAACTAGAATGAAGGAAAGATCGTTGCGCGGGGTGGCGG GAGTTGTGCCGCCGAGGTTTGTTTGGTGTGTTTGGGGTATTATAAGGCTT AAGACCCTGTCTCTTTTGGGGTTTTATCAAAGTGTCTATTATTTTGCTAG CAACTTGCGAATTGAGGTGGAGTCTGGATCGCTTCGCAACCCTTATACAA TACAGCTAGTTAAAATAGCAGAAATACACTGTAGGGGTGGACTTATGATA AATGCACTGAAAGGGTCGAAGATCTAGTAAATCTAGGTAAAATTGCAAAA TTTGGCCCAAAAATTCTGAATTTTTTGTGTCTAAAAGAGTTGAAAATTCG AGAAAATAATATATCGTAAGGATATGAATTTCACTAATTTTTTTCTGCAC TGTATGGGCACTGTATATACCGCTCGCCAAAGGTAATTGTTTCAGTAAAA TGTCCGTCAGTAAAATCAAAATATGGTACGACATTTAAAAACATAGCAAA TTTTAGGCTGATATAGTTTATAAGTTATGCGGTCATTATCACAATGCAGT TAATTATTCGCATAAATTTCAAAATTTAAGCTTTTGTTTGTAACCAACAT TTTTTAATTTATAGACGGAGTTAAGTTGTATGACGGTTCTACAACTTCTT CTGAGTCAAGTGACAGTAAGTGTTTGATGTTTTATACAAAACATTTAAGT TACAATTTTCAGAAACAAAAACACAATTTGCTTCACAGTACTTTAAGTTT CATGTTAATACAATCATCAGCAGTTTTTTCCTTATGAAATTTCGACTATT AAAGTACTACTGGGGGTGAATAAATGTGTATCATTTGACCCTCTTCAATA AATAAATTTTTTGAGGGTTTTCGACATCTTTAGGAAGAAAATACAGATAT CACAGCTCAAATTTATCACGTACTGTTACTTTTCAAATTTGTCAACTACC TTTCTACTTATGTGTTAGTGAAAACCCCAAAAAATTGTACGTTACAAATG TGCAATTTCATTATAGATCAAGGTCCAGAGCCCGACCAAGACTTTTTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000318_pilon:319011..329859-

>XLOC_041548 ID=XLOC_041548|Name=XLOC_041548|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=900bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000318_pilon:319011..329859- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTCTTTGACTTTCTGTCCAGCTTGTGTCAGCCAAACAATGAGATCTTCAG
CCATCTTGCCACTGTCAATCAAAGATTAAAAAGATGCAATAAACCTCTTG
AAGTCAACGACGGAGTACTAGCAGATTGGACCAAGATACCTACCTCTTAC
TTTCAATTAGGCGCTCCCATCTCTAACGTTGAAAATGGCAAAACGATAAA
TTTGGAACACGTTCCACTGAAGCATACGTTCTTTGACTTTCTGTCCAGCT
TGTGTCAGCCAAACAATGAGATCTTCAGCCATCTTGCCACTGTCAATCAA
AGATTAAAAAGATGCAATAAACCTCTTGAAGTCAACGACGGAGTACTAGC
AGATTGGACCAAGATACCTACCTCTTACTTTCAATTAGGCGCTCCCATCT
CTAACGTTGAAAATGGCAAAACGATAAATTTGGAACACGTTCCACTGAAG
CATACGCTCGTATTTCAACAAATGCTTATCATGACGAAGTCTCCAATTTG
GAATTGCTTGCTGATGAAGCAGACGCTCGTATTTCAACAAATGCTTATCA
TGACGAAGTCTCCAATTTGGAATTGCTTGCTGATGAAGCAGACGCTCATA
TCTCAACAAATGCTTATCATGACAAAATCTCCAATTTGGAATTGCTTGCT
GATGAAGCAGACGCTCATATCTCAACAAATGCTTATCATGACAAAATCTC
CAATTTGGAATTGCTTGCTGATGAAGCAGACGACGGAGTTAAGTTGTATG
ACGGTTCTACAACTTCTTCTGAGTCAAGTGACAACGGAGTTAAGTTGTAT
GACGGTTCTACAACTTCTTCTGAGTCAAGTGACAATCAAGGTCCAGAGCC
CGACCAAGACTTTTTAAATCAAGGTCCAGAGCCCGACCAAGACTTTTTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_041548XLOC_041548-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000318_pilongenomesc0000318_pilon:319011..329859 -
Properties
Property NameValue
Aaloc418-450:34
Aaloc367-417:436
Aaloc298-366:9685
Aaloc229-297:10355
Aaloc1-228:10850