XLOC_041379 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_041379
Unique NameXLOC_041379
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000266_pilon:156073..162165+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_041379 ID=XLOC_041379|Name=XLOC_041379|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6093bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000266_pilon:156073..162165+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACGGACATCAACATACCCGGGCTGGTCAGTATTATTGTGTTTTATCT TTTGATCCTCCTGATCGGTGTTTTTGCTGCATGGAAGAAGAACAAAGCTA CTGCGCAAGCACAAACAACTGAAGAAGAAACCAACGAAGTGATTTTAGCG GGGAGGAACATTGGAATGTTTGTAGGATGTTTTACCATGACAGGTATGAG AATAGTTAACGCcttattaaaattttcttaaaatgttcttgtttCACCAT ATTGTGAGTATTATTTGTGTATTTTCCTAAGATATTGGGTATTTAAGAGT CCAGCAAGCCTTTAAATtcttgaccatcgaagccttgtctCCTTATATAC CGGGTGTGTTaaaaaaaGCGCCCTAGTTTCTGACGTAGATATtccatagt gtgcacccccccacTCTGCAgggggggTTTTGGATTTTTGGGTCCAAAAC AGCCAGGTGGGAGtctgaaattttggactttcagGTGGGGGAAATAGGTT GAGGTGGGACTAGaaatctttaggtgggactcttatggaaatcttgaaag aaaaattattttaaattttagatttttacataTTTGTCTTTGAATCCTGT AATCTGTTTTTCATTGAATTGCTTTACATTTCCTATCCGTGAACAAGTAA AAATTGAAGGGGAGGTCAGCACATCGAAATttggtaattaaaaaattttt attaaataaaatccCTATTTTAGGTGGGACTTGGAAAGTCAACTATCAGG TGGGAGTTTCTCAAGTGCTGGGACCTGAAATTTTAGGTGGGACCTTGAcc cccccTGCACACTATGTAGAGTTATTAGACCGGTTGGCGGACGGTTTGGT ATACTGgccaatttctcaaaaactataaacctttaaataaaaattattat acCATTATGTGGCTTAGTTTGGTGTTTTTCAAATATGTGGGAACCGATTT 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TTTGTACTAACaggctaacagacctcactaatgcgtgtgtattatcagct tttgtGATGCCTACTGATAGCGCTatataatattctctggcgtccatcag taacgtaaataaagcctgggatacacggggacgaggttgagaaTAAAATA CCTTCTCATTTTTCTTAATCATACCACCCTTAGATTGGAGTCAAATTCAA GGAGCAATTGATGCTGGTTTGATCAGTAATGCAACCGGTAAATACATCAT TACCGATACACGATTGACATTACCAATGGTTCTCCAATACCTCACTCCAA CCTGGGTTTCCTTCATTGGTCTCGGTGCTATCTCTGCTGCCGTCATGTCA AGTGCTGACTCATCAGTTCTGTCCGCTAGCTCCATGTTTGGACATAATAT ATATAAATTGATCTTCAGACCAAATGTAAGTAAACATAACTGAGAAGTGC TGGCTCATCAATTTTGTTCGCTAGCTCCATGTTtgattcaaaaaaaagtt tgccTGCGAATATCGTGTAAATAACTCGAATTCCCTACTTTTATTTAGTC TGAATCGAAAACCTTTATAAATTAGCAGGTAGTATGTAATATGTTATCTT TAAGGAGCATGAAATCGTTAATGGATGTCAGAAACCCATACTTGTACAAT ACGTTCAAGTAACGTCCAAAGACGTTAATTCGTCATATTGAATTTTTTGC CTTTTAACACAAACCTATGAAGATCCATATTGAAACTTAGCCTCGGGAAT gcaaaaagtaaaagtaataTATGAATTTTGTTTCTATATTTCAGGCAACT GCCAATGAGATCATTTGGGTCATTCGTGTTGGTATCTTCGTTGTTGGTGC CTTAGCAACAGTCGTCGGTTTAACTGTCGAAAGTATTTACGCGTTATTCC ATTTATGTTCTGATCTCGTGTTCTGTATTTTATTCCCGCAATTAGTGGGC GCCGTCTACATCCCGACCGTCAATACGTATGGATCAATCGCCGCCTACAT TGTAGGGTTATTCTTAAGATGTACGGGTGGAGAAGAACTCATCAACTTTC CGCCCTTGATCAAGTATCCTTTCTATAAGaataatcatcaaaatttcCCG TTCCGTACTCTATCAATGATCTGTTCGTTCATCACATTGGTACTTGTTTC AAAGCTTTTCAACTATTTGTTTGATAATGATATTTTGGATGTTGAGAAAT ATGACACATTGGGTGTTATTGAGCGACGCAAGAAATTGGCTGATAAGTTG ATGCGACAAGAGAAGAATGGTATTCGACCACAAGAAGATATTCCAATGAA AGAGAATTATCGGAAATATGAAGATTCTGCTACTCACTGTTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000266_pilon:156073..162165+

>XLOC_041379 ID=XLOC_041379|Name=XLOC_041379|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3354bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000266_pilon:156073..162165+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACGGACATCAACATACCCGGGCTGGTCAGTATTATTGTGTTTTATCT
TTTGATCCTCCTGATCGGTGTTTTTGCTGCATGGAAGAAGAACAAAGCTA
CTGCGCAAGCACAAACAACTGAAGAAGAAACCAACGAAGTGATTTTAGCG
GGGAGGAACATTGGAATGTTTGTAGGATGTTTTACCATGACAGATGACGG
ACATCAACATACCCGGGCTGGTCAGTATTATTGTGTTTTATCTTTTGATC
CTCCTGATCGGTGTTTTTGCTGCATGGAAGAAGAACAAAGCTACTGCGCA
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GTAGGACAATGGATTGATTATGCCATGTTATTGGTGGTTTTTTCTTTGCC
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GTGAAACGTTCTGGTCAGCATCTATCCTCTCAGCGCTGGGTGCCACATTA
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CCGACGTTGTGCAGCTTGGTTGCATTGCTGTTGGATTGTGGCTTTGTGTA
CCTTTCTCTTTGTCCAATGATGTAACAACCAGTCTCAGTGTCACCAAAAC
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ATGCCATGTTATTGATTTGCGGTGGCCTACCATGGCAAGTATATTTTCAA
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ATCAGTTCTGTCCGCTAGCTCCATGTTTGGACATAATATATATAAATTGA
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TTACCAATGGTTCTCCAATACCTCACTCCAACCTGGGTTTCCTTCATTGG
TCTCGGTGCTATCTCTGCTGCCGTCATGTCAAGTGCTGACTCATCAGTTC
TGTCCGCTAGCTCCATGTTTGGACATAATATATATAAATTGATCTTCAGA
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CGTTGTTGGTGCCTTAGCAACAGTCGTCGGTTTAACTGTCGAAAGTATTT
ACGCGTTATTCCATTTATGTTCTGATCTCGTGTTCTGTATTTTATTCCCG
CAATTAGTGGGCGCCGTCTACATCCCGACCGTCAATACGTATGGATCAAT
CGCCGCCTACATTGTAGGGTTATTCTTAAGATGTACGGGTGGAGAAGAAC
TCATCAACTTTCCGCCCTTGATCAAGTATCCTTTCTATAAGaataatcat
caaaatttcCCGTTCCGTACTCTATCAATGATCTGTTCGTTCATCACATT
GGTACTTGTTTCAAAGCTTTTCAACTATTTGTTTGATAATGATATTTTGG
ATGTTGAGAAATATGACACATTGGGTGTTATTGAGCGACGCAAGAAATTG
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GTTGTTGGTGCCTTAGCAACAGTCGTCGGTTTAACTGTCGAAAGTATTTA
CGCGTTATTCCATTTATGTTCTGATCTCGTGTTCTGTATTTTATTCCCGC
AATTAGTGGGCGCCGTCTACATCCCGACCGTCAATACGTATGGATCAATC
GCCGCCTACATTGTAGGGTTATTCTTAAGATGTACGGGTGGAGAAGAACT
CATCAACTTTCCGCCCTTGATCAAGTATCCTTTCTATAAGaataatcatc
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CTGATAAGTTGATGCGACAAGAGAAGAATGGTATTCGACCACAAGAAGAT
ATTCCAATGAAAGAGAATTATCGGAAATATGAAGATTCTGCTACTCACTG
TTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_041379XLOC_041379-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000266_pilongenomesc0000266_pilon:156073..162165 +
Properties
Property NameValue
Aaloc1129-1677:5545
Aaloc889-1128:4936
Aaloc733-885:4520
Aaloc304-732:3647
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Aaloc1-192:1