XLOC_040856 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_040856
Unique NameXLOC_040856
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000019_pilon:2621099..2624798-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_040856 ID=XLOC_040856|Name=XLOC_040856|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=3700bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019_pilon:2621099..2624798- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAAGAAAACTCGCAAGATGCCCTCGAGATTGATCCATATGATATTAT TAATTATGGTGAAAATTTTGAGGAAGAGAACACACTGGAATTGCCCGTGG TTAATGATATATACACAAACAACATTCTTGATGATATTGCAATTCATCGT GATGTCAATATTACTCAACATGAACATGACGTGTCCTTTGATCATAATAG TGACAATGACAATAATGGAATCGATGAAAACTACAATGATGATGATACTA ATTATGACGCAGAAGAGGAAAATTTGTCTCTTGCAGAACAAATAACAGAG CACTTGGGTAAAAAATAACAGTCCATTTTTTATTATGGGGGCGTTTTGGG GGAGGTACTTGGGCAAAAAGGGGTACGGGGATGCTTAGAGGATGAGCAGA AGCCTATGTGCGTGCAGAAGTCTATCATACAACATGAAACTGACCGGTTT ATACTGGACAAACTGTAGTTTCCTTTCCAAAACAACGTAAATCCACTGTG CAACTTGCAGTAGTCAGTGTACTTTGCAAAATGAAAATCAAGATGGCACC CTATACCATCCAAGAAATACATCATTTGCTCTCACTTAAGCGGTCATGGT GTTCAATATAAATTACTTAAAAAACTATATGTTATTCACTGCCCATATAC AAAATGTTCCCTTATAAATTGGGATGTTAAATATTCTGGGTACGGTCCCG GGGGTGGGGGGGCAGTCGGTTTATAGACCGACAGCATGTGCGGCGTAAAA TTCAGTGCAGTAGAATTTACTGTAAAATCATACCCTTTTAGTGCATTTTT TCAAATACTATAAACCCTTACAGTGCACTAAACTTTAAGGGTTTTTACCA TTACTATTATTTACATGAAAAAGAGTGTCAAAGAAGTAACCAGAATCAAG GCGAGATTGAAGATTGGTATCACCTCCTTCATCTTTAATTCATTCTATTT CATTTTTTATTAGAGTTTGGAAATTTGCACTCTTACAATGTATTTATCAA AAAACACACCCTTACAGTGCATTTCGGTTACCTTGAAAAACACACACCCT TAGCTCCCGCACACGCCGTCTGTCATTTTGCCAGGCTGCCCTTCCCCTGG GGGTACGGTCTAGTTAGAATATATACCTAGAATTATATTTCTACCTTACT AAGTTTCAATTTAAGTCCAGCAAACACAATATGTACATGTTATATGGTAT ATTTTAATATTGATGACACTTTGATACAATTGTTTCTAATCAAATTTCAG GGGATGCAGATGCACTCGATGTTGAAAATGTACGGAATGAAAAACTCAAA TTGTTTGAAATGACTTTGGATGATTTCGCACATGAGCAATCAATCGAAAA TTTGCTGGATGATGAAGTTGGTGAATGTGATTTAAGTGAGGACTTTGTCT CAGAAGTCACTGTGGAGGATATTGTTGGTGAATCGAATAATGATGAAAAC GATGAAACGGAATTAAATAGTGAAAGCGGCGGTTCCTTTGGAAAAGATGG ACCACTTTTTGAAGGTAGTGCTATCACAATTGCTGGAGCAATGATTCTCA TCCTTTCTTATAGCATTCGTTTTTCTTTATCTGGTGAAGCTATGTCCAAC TTGTTGCTTTTAATACACATTCTTCTACCAGGAGGCTCCAAAATACCTAA AACGCTCTACATGTTCAAAAAGTTTTTCAGCCAATTAAAGAGCCCTATGG TTTTTCATGAATTTTGTTCGTATTGCTTTACAGAAGTCCAGTCTAAAGAA ATAAAAATATGTAGTAACTGTTGTAAGGAAATATCAAAAAGCAAAAGCTA TTTCATCGAATTTCCCATAATTCTGCAACTAAAGAAATTCTTTCGAAGAT CAGATTTTTTCGAGAGTCTTCAATACCGGTTCAAACGTGTAAAACAGAAT GAGGAAGGAATCGAAGATATATATGATGGATCTTTATATCAGAATAACTG GTCAAAAGGTTGCAATCTTTCAAACCCGTACAACATTTCTTTCACTTGGA ACACAGACGGTGTTCCATTGTTCAAATCGTCTAAAATCTCACTTTGGCCC ATCTATCTTGTAATCAATGAACTGCCACCAAATATACGTTACAAAAGTGA AAACATGATATTTGCTGGGGTGTGGTACAGTAGTGCTAAACCCGTCACAT GGATCTTCTTGGAATCTTTTGTAAAGGAACTGAAAGAGTTGGAAGCTGGT GTAACAGTTCTTTTAAGACAGTCAAGTGGTGGTATTGAGGAACTCAAATT GATTAAATGTTTTCTTTTGGTTGGAACTTTTGATCTGCCAGCTAAGTCTC TAATTTGTGCCTGCACCCAGTTCAACGGAATGTATGGGTGTAATAAGTGT TTACAAACTGGAAAGAGTGTTAAAGTTTCCGCGAAGGGATCAGTTTGGAC TTATCCTTTTGATACCAAGGATCCTAATGGCCCTAAACGTAATCATGATG ATGTTAAATCTGATGCTCTCAAAGGTTTTCAGCAGGGTAAACCAGTGCAG GGAATGAAGTACCCAACTTGGCTGCATAGTTTGAGTGCTTACGATCTCGT GCAAAGTGTTGGAATAGACTACATGCACGGGTTAGCATTGGGTGTTATGA AACTTCTACTTAAATTATGGTTTTCAAAAGACTTCAAAAGTGAAAGTTTC TCTTCTCATGATAAGATCGATGTTTTTGACAAACGCTTAGAAGGAATTAA ACCACCAAATGAAATTTCCCGCTTACCTCGATCCTACTCAAAATTTTCTA AGGACTGGAAAGCTGCTGAATTTGCAAATTTTCTATTGCTGTTTGGAATT CCAACGCTCATTGACATTTTGCCAAATACATATTTGGAACACTTCTCTTT TCTAAGTCATGCTATCCACACACTTTTGAGATCTTCAATTTTACCAGAAC AAATAAATGATGCCGAGAAAAAGCTATTTAGATTTTGTAAAGAATTCTCC AAAATGTATGGTGCTCGATTTGAACTGTCAAACATTCACCAACTAGTCCA TTTGTGTGACGATGTCAGGGAGCTGGGACCATTATGGACCCACTCTTGCT TCCCCTTTGAGGACAAAAACAAATTTATATTAAACGTTATCCATGGGTCA CAGAAAGTTGAATTCCAACTCACTTCAGCTGTTAATCTAGTTCATTCCCT GCCGGAAATTGTAGAAAACACCATAATGAAAGATGAACTACTATATAACT TTTATCTTACTTTGAACAAACGGAAGCCTGTGTTAGCAGATTCGGCTAAA ATAGCAGAGAATATCTATGCGTTGGGTAAGGTTGAAAGAAAGCAAATACC CGACCTCCTTACCGAACCACTAACCAATTATTTGGGATATGCTCCAGCTC AAAAAGATGTTTTAGAATTTAAAAGGATTTCAATCAGCGATAATAAATTC CATTCCACCTCATACACTCGTGTATTTCGTCGCGATTCTACGGTTGTGTC ATATGGAAGTAAAAGCCATCGAAATTTTGGAAGGGTAATGCTTTATTTTC AATATAATGAAGCAGATTCATCTCACACACTGGCTCTTCTACAACCCTTC AAAATTCTTAGTCAGGAATCACACATAATTATTGGAAGCTCTGATGAATT AGATTATGAATGTGTACCAGTTTCGTCTATAATCAGTAAATTATGTTTTA TTCGATATGGCGATCTGCAATTTCTTGTTCACTTACCAAGAGACTATTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000019_pilon:2621099..2624798-

>XLOC_040856 ID=XLOC_040856|Name=XLOC_040856|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5514bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019_pilon:2621099..2624798- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAAGAAAACTCGCAAGATGCCCTCGAGATTGATCCATATGATATTAT
TAATTATGGTGAAAATTTTGAGGAAGAGAACACACTGGAATTGCCCGTGG
TTAATGATATATACACAAACAACATTCTTGATGATATTGCAATTCATCGT
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TGACAATGACAATAATGGAATCGATGAAAACTACAATGATGATGATACTA
ATTATGACGCAGAAGAGGAAAATTTGTCTCTTGCAGAACAAATAACAGAG
CACTTGGATGGAAGAAAACTCGCAAGATGCCCTCGAGATTGATCCATATG
ATATTATTAATTATGGTGAAAATTTTGAGGAAGAGAACACACTGGAATTG
CCCGTGGTTAATGATATATACACAAACAACATTCTTGATGATATTGCAAT
TCATCGTGATGTCAATATTACTCAACATGAACATGACGTGTCCTTTGATC
ATAATAGTGACAATGACAATAATGGAATCGATGAAAACTACAATGATGAT
GATACTAATTATGACGCAGAAGAGGAAAATTTGTCTCTTGCAGAACAAAT
AACAGAGCACTTGGGGGATGCAGATGCACTCGATGTTGAAAATGTACGGA
ATGAAAAACTCAAATTGTTTGAAATGACTTTGGATGATTTCGCACATGAG
CAATCAATCGAAAATTTGCTGGATGATGAAGTTGGTGAATGTGATTTAAG
TGAGGACTTTGTCTCAGAAGTCACTGTGGAGGATATTGTTGGTGAATCGA
ATAATGATGAAAACGATGAAACGGAATTAAATAGTGAAAGCGGCGGTTCC
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AGCAATGATTCTCATCCTTTCTTATAGCATTCGTTTTTCTTTATCTGGTG
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ATTCTTTCGAAGATCAGATTTTTTCGAGAGTCTTCAATACCGGTTCAAAC
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TATCAGAATAACTGGTCAAAAGGTTGCAATCTTTCAAACCCGTACAACAT
TTCTTTCACTTGGAACACAGACGGTGTTCCATTGTTCAAATCGTCTAAAA
TCTCACTTTGGCCCATCTATCTTGTAATCAATGAACTGCCACCAAATATA
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TTAGAAGGAATTAAACCACCAAATGAAATTTCCCGCTTACCTCGATCCTA
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TGCTGTTTGGAATTCCAACGCTCATTGACATTTTGCCAAATACATATTTG
GAACACTTCTCTTTTCTAAGTCATGCTATCCACACACTTTTGAGATCTTC
AATTTTACCAGAACAAATAAATGATGCCGAGAAAAAGCTATTTAGATTTT
GTAAAGAATTCTCCAAAATGTATGGTGCTCGATTTGAACTGTCAAACATT
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GACCCACTCTTGCTTCCCCTTTGAGGACAAAAACAAATTTATATTAAACG
TTATCCATGGGTCACAGAAAGTTGAATTCCAACTCACTTCAGCTGTTAAT
CTAGTTCATTCCCTGCCGGAAATTGTAGAAAACACCATAATGAAAGATGA
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CAGATTCGGCTAAAATAGCAGAGAATATCTATGCGTTGGGTAAGGTTGAA
AGAAAGCAAATACCCGACCTCCTTACCGAACCACTAACCAATTATTTGGG
ATATGCTCCAGCTCAAAAAGATGTTTTAGAATTTAAAAGGATTTCAATCA
GCGATAATAAATTCCATTCCACCTCATACACTCGTGTATTTCGTCGCGAT
TCTACGGTTGTGTCATATGGAAGTAAAAGCCATCGAAATTTTGGAAGGGT
AATGCTTTATTTTCAATATAATGAAGCAGATTCATCTCACACACTGGCTC
TTCTACAACCCTTCAAAATTCTTAGTCAGGAATCACACATAATTATTGGA
AGCTCTGATGAATTAGATTATGAATGTGTACCAGTTTCGTCTATAATCAG
TAAATTATGTTTTATTCGATATGGCGATCTGCAATTTCTTGTTCACTTAC
CAAGAGACTATTAAGGGATGCAGATGCACTCGATGTTGAAAATGTACGGA
ATGAAAAACTCAAATTGTTTGAAATGACTTTGGATGATTTCGCACATGAG
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AGCAATGATTCTCATCCTTTCTTATAGCATTCGTTTTTCTTTATCTGGTG
AAGCTATGTCCAACTTGTTGCTTTTAATACACATTCTTCTACCAGGAGGC
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ATTCTTTCGAAGATCAGATTTTTTCGAGAGTCTTCAATACCGGTTCAAAC
GTGTAAAACAGAATGAGGAAGGAATCGAAGATATATATGATGGATCTTTA
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TTCTTTCACTTGGAACACAGACGGTGTTCCATTGTTCAAATCGTCTAAAA
TCTCACTTTGGCCCATCTATCTTGTAATCAATGAACTGCCACCAAATATA
CGTTACAAAAGTGAAAACATGATATTTGCTGGGGTGTGGTACAGTAGTGC
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GCCAGCTAAGTCTCTAATTTGTGCCTGCACCCAGTTCAACGGAATGTATG
GGTGTAATAAGTGTTTACAAACTGGAAAGAGTGTTAAAGTTTCCGCGAAG
GGATCAGTTTGGACTTATCCTTTTGATACCAAGGATCCTAATGGCCCTAA
ACGTAATCATGATGATGTTAAATCTGATGCTCTCAAAGGTTTTCAGCAGG
GTAAACCAGTGCAGGGAATGAAGTACCCAACTTGGCTGCATAGTTTGAGT
GCTTACGATCTCGTGCAAAGTGTTGGAATAGACTACATGCACGGGTTAGC
ATTGGGTGTTATGAAACTTCTACTTAAATTATGGTTTTCAAAAGACTTCA
AAAGTGAAAGTTTCTCTTCTCATGATAAGATCGATGTTTTTGACAAACGC
TTAGAAGGAATTAAACCACCAAATGAAATTTCCCGCTTACCTCGATCCTA
CTCAAAATTTTCTAAGGACTGGAAAGCTGCTGAATTTGCAAATTTTCTAT
TGCTGTTTGGAATTCCAACGCTCATTGACATTTTGCCAAATACATATTTG
GAACACTTCTCTTTTCTAAGTCATGCTATCCACACACTTTTGAGATCTTC
AATTTTACCAGAACAAATAAATGATGCCGAGAAAAAGCTATTTAGATTTT
GTAAAGAATTCTCCAAAATGTATGGTGCTCGATTTGAACTGTCAAACATT
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TTATCCATGGGTCACAGAAAGTTGAATTCCAACTCACTTCAGCTGTTAAT
CTAGTTCATTCCCTGCCGGAAATTGTAGAAAACACCATAATGAAAGATGA
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GCGATAATAAATTCCATTCCACCTCATACACTCGTGTATTTCGTCGCGAT
TCTACGGTTGTGTCATATGGAAGTAAAAGCCATCGAAATTTTGGAAGGGT
AATGCTTTATTTTCAATATAATGAAGCAGATTCATCTCACACACTGGCTC
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AGCTCTGATGAATTAGATTATGAATGTGTACCAGTTTCGTCTATAATCAG
TAAATTATGTTTTATTCGATATGGCGATCTGCAATTTCTTGTTCACTTAC
CAAGAGACTATTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_040856XLOC_040856-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000019_pilongenomesc0000019_pilon:2621099..2624798 -
Properties
Property NameValue
Aaloc310-2757:2449
Aaloc1-306:3701