XLOC_040680 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_040680
Unique NameXLOC_040680
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000350_pilon:261191..271960-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_040680 ID=XLOC_040680|Name=XLOC_040680|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=10770bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000350_pilon:261191..271960- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CCAGGCATAATCAATTGTATATTTTAGTCCACTTTCTACAAATGACATAC ATCACAATTTCACGGTTGGGGTACCAAATATTTTCATATATATACTGATG CAATAACCCTCACAATTTCAGTTTGTAGCCTGCTGTGAGCTAGTCTCTAG TGACAGTGTGAACAATACATTATCCAAATTTTAAGATATTCCAAATATTG TTAGTGTTAGTAGCAATCTTTTCATCATCGCTGTTGATAATTCTAATCTA CCAAGTCTACCAGCCAAGCCACATATATCAAGATATCCAAAGAATCCATC CAGTGACAAATTGATTCGGTGTTATAATAAAATAGCCAGAAAATTAAAGT TATGATTCAAAAACCATCATTGCGACAAAATATTTTTCAGCATTGGGTGT TAGTTGTATATATTTCAATTCTAATCACAATACATCTTGTTTGTTGAAGA TATCCTTGATTTGAAGTCGCCCATCTGTTTTTGAAATGCCTTTTCAAGGA GCAGGATATATATACAGAATTTATGATTGATTAATTTTTGATGTTTTTTT ATATTATATATATTTTACACCTAAATAAATTGAAAAAAGTTATATCGAAA TCGAATGAGCGATATTAAACCGAATACTTTTCATGTGAACAAACATAAAG CCAGGTAAACTAACTGAAAACCTAAATTTCCAACAAAACACAGTCTGACA GTTCACAAAAAATAGCACAAAAACATTGAGCCAGGCCAGTCTGAAAAGAG CCAGGCCACAAAAAAGAATGGTATGGACTTAAAGTTTGGTCATATTAAAA TGCTAGAAAATTATTTTTAATCATCAAAAAATTCTCTAACATAGTATTTC AAAGCCATTCTTTGGGTCATTATAGCAAATACACAGAAACCAGTCAGCCA TTTTGTTTTTGCGAAATTCCTTCCTTCTGGCCAAAGTTCAAGGTTCAAAG 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GGGGTAGGGGTACTCAAGGTAACCTACCGTAGGTGAGGCCCTGAAGTGTG CGTTTTCAGCCTTCTCATAGGGCACTGCAGGGGTTGAAATGAGAGAAAGT GCACTCGAAGGGTGTAAAAAGTGAGAAAAACGAAGTGATTTGCGTGCAAA ATTTTGGGAAAATCTGACCAAATGCGCCGTGATGGGCCTTCTTTCATCAA ATGTTTACTTACTTACTTACTTACTTAAATTTGGCTTAGTTTTTCTCTGC AATGTAAATGTCCCACCTTAAAGGCCTAAGAACAATTTGAGGCTCAGCTC TGGTGAATATTTAAGTATATATAAACAAACTAAATAAGGCCAAACGAGGC AAGAATATAGAGAAGAAAAAATTAAGAACTGCTCAGCCTGAGCCAAAATT TACTGGTACTAATAAAAAAAGTGTGTATATCATGCGTTAGAACACATCCT TAAGTCGAAGTTCGATGCCTCTTTGGTTGCTTACGTTAGTGAATGGATTA AACGAAATTGGTTTTAGTTACTCCAGTCGCATTCATTTTCTTGCAAGTGA GCCCATGGGGGACTGAAATTCAAAATGTTTTAATATTTACAACGCTATAC AGCGCGGGACATGATATTTTTATGTTTTTACAATCTTACCGAGGGATCGA AAACGGTACCTTACAAAAAGACTAATTCTAATTCTTAATACTTATGACGT AATCTTTTATACCGAAACACACGAAAAACACCGGGCGTTTGCGACTAGTT TTGAATTTAAACAATAATAATAATAATAATAAAGCTTTACAGGTTTGCAG GCCACCGTGAAGACACATGGGCCTCTATAAACCGCTCGTACCTTTTACAA TGATCTTTTTGAAATAAAGCTGCTCCTCCTGCTTTTCTTTTCGAATCGCA TCTCCAATGTTTTTCTCGATGTGTTTGGATGTGATTTTAGCGTAGCTCAT TGGTGGTCTTTCCTCTTCTTTCTTTTCGATGATGCTTTCAATCTTCTTTT CAAGCGTGGTTATTCTGGTATCGATAGTTTCTTTCATTCCGTTGACCATA ACATTGACGTCTTGTGCTTTCAAATGGTTTATTTCTTCGTCCTGCCATTT CATTATATTCTCACAGGCTTTGATTTCGTTTTTGAATCCTTCAATTCTTG ATGTTTCATTTGAATTATACCTTTCCATTACCTGTGGTGCGATTTTGGTA CAGTTTTGACACTGGAAACTTCTTGATTTGTATGACAAGCATATCTGGAT CTGGTAAAGTGGCAGTTCTGTACAAAGATAATGGACTAAACGGTGGCACT TCCTGCATTGTAGGGTATCTTTTAGTTCGTTTTCTTCATTTATGATGCAC TTTGACGGGCTGCAAAAGTCGTTTATTGATGGTGATTTTTTATTATTTTC TTGAATTTTTTCCGCCATCTTTGTGCATTTTTCAGACGACAACCGTTCAG TTTTGTATTTGACGTCCCGTAACAATGAAAAGTAGTGGCAAACGCCCGGT GTTTTTCGTGAGTTTCCGTACAAAAAATTACGTCATGAATATCTAGAATA TCCCCAACGTTTTTCGGGAAAAAAATAGTGTGCTTGTTGTGGAGCGACAT TTTAATTCATGCTAATTCATCTTACACGGTTTTTTTTATAAGAACATCCA AAATTTCTTAAGCCTTTCTTAAGCTTAAAAATGTTATTAACATGTTCTTA CTTTTGTCATTTTGTGAGTATTTTTGTGCGTTTTTCTAAGAAATCGGTTG CTTTAGAGTCTCCAAAGCCTTAAAATGTTCTTAACTTGTTCTTAAAATTT TGGCCAATTTTGTTCTTGTAAAAAAACGTTTAAATGAAAACTAGTCGCAA ACGCCCGGTTTTTTCGGTTTTTCGTGTGTTTCCGTATAAAACATTACGTC ATGAATATCTAGAATATTCCCAACCTTTTTTGGAAAAAAATATTGTGCTT GTTGTGGAGCAACATTTTAATTCATCTTACTATTTTTTTTAAGATCATCC AAAACTTTTAAAGCCTTCGGATGTTCTTAAATTTTTGAGTTTTAAGCCTT AAAATGTTCTCAACATGCCCTTACTTTCACTATTTTTCCATTTTCCCTAA GAAATCGGTTGATTTTGAGTCTCAAAAGCCTTAAAATGTTCTTAACTTGT TCTTATCATTTTGGCCGTCGAAGTCTTATTATGTTCTTATATAATCTGTT CTTGTATTTAAAAAAACGTTTATTATCTAAAATTACACCAGTGCCAAACC TATAATAAAACTCTTTGAAAAGGGAATACACAAGCACAACCTTTTTACAA AAAGGTATTAATTAAAAGTGATTATAAGGGGTATGCATTTTGTTTTGAAT TTTGAATTGTCTTTCTTCTATTAAACTTCATAAAGCAATATCCAATTATT GATATCACTCATTGTAGATCTTTCTTATCGCTTACGCTAGCTCTCCCGTG AGAAAATTATCGACTTTCAAAGCAATTTTCTAAATCTGACAGTACCATAA ACGTGTAATAATAATAACAAGGTTTCAGTCAATTTGTTGTTTATATGATG TTTCAGATTTCTTCTGAATAGAAAACACTAGTTGGATTACGTACTTACGC GTACAAACTAAAATTTTTTGAATGTTAATGTCAACATGGCTTTTACATCT TACTTTAACATGACACAATGTTTATAAATTTATAGAGCGTGTAAAAGTGA AAGTTATTGATTAGTCGAAGTAATTTTTAAAGTTGGAACTTTCTTGCTGT GATGACAAACTGAACAACCTTGCATGAAATAAATTATTATTAAAAGTTTT TGCTTTTACTGTAACAGAGAATATAAAATAGAAATACAAAGCTTCGGTTG ATTTTGATGGAAAAATGTTACGAAGGTTGAGAAGTTTTTCGACGCCATAT TTTTCAGCCATCCCTGAAGATGAAATTATAGATGATGAAATTAATAACAA TAACAATAATATTGAAAACTTTGAGCAAAAGAGATTCAACAAAAACACTC CTTGTAAGTCCTAAGTACCTCATATGTTCCTCATAAGGTAGTCAAATCTG CCCACACTTAAGATATTTCATAAATACACCCCTTCTTACAGACCCGGTGG GATTATATCAGTCAGTGGGGGTAAAAATCATTGACCAAAACTCGATGGGG ATTGATAGTGTCCCATGCTTCTTATGGCTGGGGACTTGGCTTCGATTGTT TTCTAGTCTGAAAATTCAGTGGGGATGGAAAAAATGGTAAAATATTTTGC AGTGCGGATTTGCTTATCTGATCATTTTCAGCTGGGACAAAAATTAGAGT AACATTTTGAAAGTGCTCTCATCATTTGAAAACCTTCAAAGTCTAGTCTA TCATGCTAGATGACTAATTCAGACAATTCAGTAACTTAAATTAGTCTAAT ATCGACATCCCTCGTGTAATTCCAACACCCTTCTTAGAGATTAAAAGGAA GGTCGGAATCACTGTTAGAAAAAAAAATGTTTTCCTCTCTGACCGTTGAT AAGTCGATCAGCGATTCCAACCTTTATTTTATTTTCAGGGTTAAAAAAGG GTGTCGGAATTAGATGAGAGATGTCGACAAAAGACCAACTTAAGGTGTAG AAAATAAGCCATAATTAATATTATTTACTATGGTAGTAGGGACAAATCAT AGTTTATATAAACTAATATTATCGCGTAAAAATTATCATATTTTTAAATC ACACCCATATTACTGTATTAGACGAATTATCAACGACTCCTTTCCTCCTT CAGTCTCTCTCCAGTCTCCCTGTGGTCTCTCTCCAGTCCTCCTTCAGTCT CTCTCCAGTCCTCCTTCAGTCTCTCTCCAGTCCTCCTTCAGTCTCTCTCC AGTCCTCCTTTAGTCTCTCTCCGGTCCCCCTTCAGTCTCTCTCCAGCCTA TAGTATAGTCTTATAAACGTTATATTGTTGAATCTTTATGGCAAGCTTAA TGACAGTAATCTGAGATTTATTGAAACTGTAGACAGTCTTAAAATTCCTT TCGTTTATGTAATATGCATTATGGTAAAAGAAAACACTCAGGTCAAGAAG GTTGAAAATAGTTTGATCTTATATATGCATGCATCAGTCAGAGAAAAACT TTTGGTCGTATCATAAGGACGAGTAATTGATCTTTCTTAACCATTTTGGA AAAACTATCCTCAAAGGCTTTTTTGAAATCTCTCTTTCCGAATTTGAAAG AGACAAGATGCTTTCGAGCAAGTTTTATAAAAATATCATGGCTTCGATGT CAATGCAAAGAAAATATCAGGTCATACTCGAGATAGGTAAGTATTGAATC CAGCTTTATTCAACAATTTGGCTGTGTCATCAATTTTGCAATTTTGGAGG AGGGTCAGACATCGTAATAATGGCGTAAAATGACCAGCTTAGTAGTTGAT TTTTTGACTTAATTTGTGCAATTAGCGTTTTGATTACTCTTGATTGCCAT AGTTAAATGGCAATGAAACATCCGTTTTCTTTGCGAGAACATCCGAAATT TTAAAGCCTTTGGTTGCTCTTAACTTTTTGAGTTTTAAGCTTAAAAATGT TCTTAACATGTTCTTGTTTTCACCATTCTGTAAGTATTTGCCATTTTCCT AAGAGATTGGGTGTTTTAGAGTCCACAGAGAAAGCTTATATTATATTCAT GTGTAGTTTGTTCTTGTATATTACCATGGTTAAACGACGATAAAACATCC GATAAGTTTTTACGTCACAAAGAATAAAAATCGTAGTTTGAATTTGTTAC ATGGTTGGCAGGTGGTGAACTTCTGAGAGACATCGTTGATTCCTGCCTCT ATAGTCTCTTTGAGATCCCTTATCATGTTGGCAAGGGCGACTATAGGAAT GAATATAATATTCTTTATAAGAAGTCTGAGAAAAACTTGTTGGTTGCGTG TTTAAAATGGTATACTTTCGAGCCAAATTCTAAAGTTTAATGGATTAAAA AGAAAGGTTGGTGATTTCTTGCACTTTATATTTTGAAGATTTGTCTATTC AAGAAACCCGTTGTGTTGTTTATAAGAATAGTTAGAAATATTGTAAACAA ACAGCCAGTTGAATTACATAAGATTGACAGGTTGATGACAAGGCCCTTCC ATTATTCATTCAAATAGATTTTGTTGTATATTGGATACAGTAACCTTGGT TTTCTCTCCATCGCAGTGTTCATTCTATTTAGTTTGCCCTGGAGAGCTTT GTTGGAGAGATTACAGAAACTACGATGGAGCTATGTGGTATAATTAGGTT ATAAGTTGCGAATTTTATTTACTTTTCCGTCATTTATCGTGTGATCAAAG GCTTTAATTTGTTTTCTTAATCTGGGACTTTTTGACACAAGACCTTACTT GCAGTACTAGAGTGGTATTGGTGCGTCTGATTAACTAAAGTCAGAAAAAG TGATCCCAGCTAACTTCGAGAGCAGAAAATTTGTGAAGAAGGACTACATA AATAAGAAGAAATGGGGAGAAGTTTACAACAACAGAAATTCAACCATTTC GTTTCTCGTTTTCTTTCAGCATGCGAACCGAAGGACGCTTTATCGTGGAA CGGGAAAACGAAAGACGGAACGCGAAATTTCTCGACGGATGACGGATACG TTGACGTCGATATTCCGTCAGATGACGAATATGAGAGCGAAAATGAACTG AATTTCTCGTTAATCGACCCGAATATATTACGAGCGAGAATTATTCGTCA TTTACCGAGTGAAGTAACGACAAAGTACGGTTCACCGATCGTTTTAACTT GTTTAACGACTGTTTTATTTCCCGTTGATATCGAATGGACTCTAAACGGG ACCATTATTGAACCGACGATCGATGGTCGGATATTTTTCCGACGACCGAC GACAATTATTCATTTTGTATTTAACGACTGATGAACAAGGAACAATAGAA ATGGTCGCTAGAAATCGTTTCGGAAGCGAGAAGTCAATTTGTCAATTGAA AGTGCAGAACAGGACTAGAGCGGTCACTGAACCTCTATTAAGCCTTCCGA ACACTCTGGAACTGAGATGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000350_pilon:261191..271960-

>XLOC_040680 ID=XLOC_040680|Name=XLOC_040680|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1130bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000350_pilon:261191..271960- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGTTTAATGGGTGTTTTGTCCGAAAATGTGAACGTCATTATGTTGTC
GTCGAAAAAATCAGATGGGTTTAATGGGTGTTTTGTCCGAAAATGTGAAC
GTCATTATGTTGTCGTCGAAAAAATCAGCATGCGAACCGAAGGACGCTTT
ATCGTGGAACGGGAAAACGAAAGACGGAACGCGAAATTTCTCGACGGATG
ACGGATACGTTGACGTCGATATTCCGTCAGATGACGAATATGAGAGCGAA
AATGAACTGAATTTCTCGTTAATCGACCCGAATATATTACGAGCGAGAAT
TATTCGTCATTTACCGAGTGAAGTAACGACAAAGTACGGTTCACCGATCG
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CTAAACGGGACCATTATTGAACCGACGATCGATGGTCGGATATTTTTCCG
ACGACCGACGACAATTATTCATTTTGTATTTAACGACTGATGAACAAGGA
ACAATAGAAATGGTCGCTAGAAATCGTTTCGGAAGCGAGAAGTCAATTTG
TCAATTGAAAGTGCAGAACAGGACTAGAGCGGTCACTGAACCTCTATTAA
GCCTTCCGAACACTCTGGAACTGAGATGACATGCGAACCGAAGGACGCTT
TATCGTGGAACGGGAAAACGAAAGACGGAACGCGAAATTTCTCGACGGAT
GACGGATACGTTGACGTCGATATTCCGTCAGATGACGAATATGAGAGCGA
AAATGAACTGAATTTCTCGTTAATCGACCCGAATATATTACGAGCGAGAA
TTATTCGTCATTTACCGAGTGAAGTAACGACAAAGTACGGTTCACCGATC
GTTTTAACTTGTTTAACGACTGTTTTATTTCCCGTTGATATCGAATGGAC
TCTAAACGGGACCATTATTGAACCGACGATCGATGGTCGGATATTTTTCC
GACGACCGACGACAATTATTCATTTTGTATTTAACGACTGATGAACAAGG
AACAATAGAAATGGTCGCTAGAAATCGTTTCGGAAGCGAGAAGTCAATTT
GTCAATTGAAAGTGCAGAACAGGACTAGAGCGGTCACTGAACCTCTATTA
AGCCTTCCGAACACTCTGGAACTGAGATGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_040680XLOC_040680-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000350_pilongenomesc0000350_pilon:261191..271960 -
Properties
Property NameValue
Aaloc379-567:190
Aaloc67-375:500
Aaloc1-63:10771