XLOC_040490 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_040490
Unique NameXLOC_040490
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000125_pilon:95395..103311-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_040490 ID=XLOC_040490|Name=XLOC_040490|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=7917bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000125_pilon:95395..103311- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAGAAAGTTAATTTATATATTTACGATATCTCCAAAGGGATGGCCAG ACAGCTCTCCTTACCACTTATAGGTAGGCTCCTTATATTGACATACAGTT GGAGATCTCCAAATTCGATTTTCAAGAGGAATTTGATTAGTATCGAATAA GGGAGCGTATCGAATGGTAGAGCGTCGTTTATGAGCGTTTGTTGTTGACG GTGACATTCGATATTATCGAATAATATATGTTATGGAATAGTTCAAAGAA CATCGAATTAAATAGGGCATGGAATATCGAATTAGAGAGCGTCAACTGTA AGTAAAACATGTAAAGAACCTTTACAAGTCTCAACCATATTTTTATATAG TCTGGAGCGGACTTCAGCCTCAGGTTCGAATGCAGACGATCTAGATAGAT CAGACCGTAAGCCGTTAATGGGAAAAAATATAAAAAACAAGACTATTGAA TAGTTTACTGTCAAGATATGAAGGGAGTTTAGTCATTTTATTGTAGTAAC ATATATTTACACTGGTCTTTTCTTCTCTTATAGGAAAACAAATTGATGGA ATATGGTACGGACTTTGTCGTGTATAAAACTAACTACAGTAAAACCCTAA AAGTTCTGTTTCATTGAGTGGCTGACTGAAATGTGATACCGTTTTTATTC CTGGGCAGAAAAAGTTTATTTATTAGTTGACCTTGCGATGATTAGTAGTC GCTAGTTGTTGTTGTCCAGTGTAAACATACTCGATATTCTCCAACCCTTT TACCCCCGAAAACTTTGTTTCAATTAGATAATGGGATGATTCCGAGCACT GACATTCATATACCACGAAACATTTTCAGTCTCGACTAAGCAAATAAGTT TTTTAAAGTTGTATTCTAATGGTACCACTACTCATATTGAATTATAGATT GACCCACGTCGAGTAGTGCTACCATTAGGGTACCACTTTCAAGAAACCCC GACCATAGATGGTGGTTATAGCTTGGCCCAGGGTTTATAAACGTCAGTGT CTCCGTTAACTACTTATCTGAATTTATCTCCTTCTCACATAGGCACACGG CAATTGTATGTTTCGGTAAAGAATATTACTTCGGTTCTGATGGGATCACT AATTGTGCGCCGGTAAGTTAACAATATTGAAAAATTCCCTACCTTGAACT TCGAGGGAAACTTATGAAATACGCATGTGGAGATACACAGTTTATTATGA AATACATTATTTAAAATACGAAATTTTTTTATAAAATACACATGTGAATT ACGCAGTTTTTATAAGGCATAATTCGAAATGAGCCTAATGATTTTTTAAA GTTTTTGATTTCAAGCCCAAATATTCTTATATGATTCTTAAAATTTTTAA AAGAACAACAATTATTTTTAATTAATGGTCGTTTTATATTAAAATTTTAC AAAAGATTTTAACAACACAAGATTGTCTGTACTCGACAAGCTTCTTAATC TGCAACACATACGGAATGAATGTGATGAGAGAAGTCAGACATCACCCCTT TAAAATGCCAAGAATCAACCCTACGTTTTTTGCAATGTTTGACAAACTTT CTCATTCTCCTAGACAGTTATTTTTCAAAGCCTCTCAGTATCATAGAGGT TTTGCATTGTTCTAAATTTTAAACAGTTTAGTTTAACTTTAAATTTTTTC TTTTCTATTTCACAAGTGTGGTACTATACTTGGTCAACCAGACGAAACAG TTTGTCTTGGTGAGACGTCTGTCACCAAAAGAATCTTCCATGAATACTTA GCTGGATTATCGAGAGAAGCTTTCAGGTATGCAAGACTCCAAGGATTTTG GTTGTTTGTTTTTTAGACACAGTTGACTATAATTCAGTCGTTAATTCAAA TTCTTCAAATTTGTTCGAATGACAAAGAGATTCGAATTAGAGAGTATTAG TAGAGAGTATTTCAAGACAGTCTCCTCCTGACAGGGACTTAGAATTAGTG CGAATAATAAAAGTTCGAATGACTTAGTGAGAGTCGACACTTTATAAACC ATTGTAAATCATGCATCTGTTTCGTTCAAAGAGAATCTTCCAATCTCAAG AGCGGATTCCACAAGTTATTAAATGACAATTTAAAAAGATGAATTTCTTG CAGTTCTTCATTTTACTTTCTTTTGATGTTAGTTGTCTCTGTGTTGATGC GTTTTTCAAATTAGAACATCCAAAAGTCTTCGGTTGTTCTGAACCTAAGT TTTAAGCTTAGAAATGTTCTTAATGTCAGTGTTTTGTGAGTTTTCAGCTG ATTTAGAGTCCTTTAGTTTAAAATGTTCTTGTTCTTGTTCTTAATATTTA TATTGTTCTCATAATAGTTTGTTCTCACAAAAAACGTGTTAACACGGATA TATATTTTTCTTTCTAGACCTGAGCGCTACGATTTATTCCTTCACAATTG TAACACTTTCTCGAACGAAGTTTCGCAATTCTTAACGGGAAAGAAAATCC CATCACACATCACAGACCTCCCACAAGATGTGATGAGCACGCCTTTTGGT GCAATGATCTCACAGTTTATACAAAATGTGCGCGTGCACCCGAGCGCCCT ACAGAATGGCGGAGGTCCGCCCACCAACAATGATGCGCCAACTTTACATT TAGAAGACGATGAAGATGAAGAAGCGCCGTACGAAGGAAATCCTGATTAG TGAGTTGTGAAATATTTTAGTCTCAATAACTCGAAATCGCAAAGGGGGGT ACTATCTTTGCCGCCCGACGGGGATGTTCCGCTGAGGTCCGAAAAATGGA CTCTACGTGGGACTTTTTTTCAAAAAATGTTGCAAAAATTTGCGAAAATT GGACCCTGAATGGGACTAAAATTTGCAGCGGCACCTCCCCGTACCCCCTT TTACCCGAGTACTTCTCCCCGGGCCCATTTAAAAAGGCAACTAAATCCGT GGAATCTGCGAAATCCCCGTGAAATTTTATCCCATGAAAATTACTTCCTT TGTTTCTCCATTACAGTCACCCAATGGAGCCACCACACAAAGACCATTCG GCTTCCGTAACAAGTTACGATGATAAAAACCGCAAGACCAGCCTCAAACC TCACATCTACCCAGTGAACCTCGAAGAAGTATGTATTGTACTTATTTGTT TGATCCTTTAGATCTGTCCAATTTAACTCCGGATGACTCGAAAAAAACTG AACGGCATCCTAAAGTCTTAAAGTCTCAGTTTGGTCTAACTAAAATTTTA AGCTATAATTTTTTTGTTGTTGTAAATATATACGCAAACCCAAGTGAAAA AAATTATCTGTCTCAGAAGGTTGTGAAGAAGATAAACAAACATAACTTTA GTAGCTGCAACCAGCAAATCTTCTCCGCTTGGTCTGCATCCCGGCCAACC TTTACTGATCTTTGCCGAATCCGCTGAGACCCCTATGTAGATCCATTTTA ATTTATAATGTTTCAAATAATGTTTAAATTCTTAAATTGTTTTTACTATT TGGAAAGCTCATAACTTTAAGAATCGTATTTCCATCCCATAGCTCGATGA CAGTATATCATACTTAAAGAAATGCTTCGATAAATACTCGAAAGATCTCG ATAAACTCCGATCGATACTCGAAGAAATCGAATTCGATTTTGGAAGCGAA GAAGATGTTAGATACGATATAACTGATACGCTAAGTGAGTATTTTGATTT TTTTTGGGTATGATACTTTCGATATTTCGTTTGCTTAATTTTAGTCAACT ACTTTTCTGCTACAGTTTCAATGGAATATACTAGAGTTTATTTTGAAAAG TCACCAAGGTGACACAGTTCACTAGCCTGCCTTTGGTGTCATATATATTT AGCCATACCGTGATAATTTTCTGTTCATTAAAAAATATTATCTGATATTT CACCCTCCCCCTCCGATCAGGTTCATGGCTTCCTTTAAAGTTTCATTACC CGCAACTAACGTTTTGATTTTAACAAATACTCTTACTTTTTCAGGTTGTC TATGTAAAGAACTACAAACTCGGAACCCAGACCCCAAAGCATTCAAAGCT GTTCTAGTCACATTAAAAGCATCTGCATTAAATTTATCAAAAATATTCAA ATACGCAGAAGGTTTGTAAAACTTTTACTGTGCCCTTTCGAAAGAGTTTT TAAGATAAACAATATTACAGGACATTGTCTGTTTTCGAGAAATGCCTTAA AATGGGTTGTTCCATTAAAAAAACATATAGGGGGGGGGGTCAAAACTTTT CAAGTCAAAAAAGATTATTGAGAATGTGTCGATACCTCCATGGAAAATGA CGAAATTTGAAAAAGTACCCTTCGAAAGATTATTTTCATACCTTTTAGTG AGGGTGGATGAACTGAAATCAGTCTTTTACCCCGTGGAAATTTTAGAATT ACTTTTTACCCCTTGGAAAAATGAAAAAAGACCCCTTAGAAATTTTTCTC GGATTACCTTTGGAAATGTTCGTCCACCCCCTGTATGGATATAAAATGGA ATGGCCCAATTTGCACTGTATTTCGAATGACAGTCTGAACCTAGCATTTT TTTTGTGTTCCGGTTTTACATTTCTCGTCATTTCTGGTCGTGAATGTTAC TTACAATACAACTTTTGTAAAACTTTTAAAAATCACGTGGACCGCGCAAC TTAAGTAAGAAATAAGTGGCTTTATTGAATCTTACATACATAGGGGCCAT CCATTTACGTACGCAATGACGGGGAAAACGGGGGGTTAGTGAAAGCGTAC GTCTATTGGGCTTTTCCAGAAAAAAACCGTATACCCCCTGTTGAGGAGGT CCATCCCTCTGTGGCTGGAAAGGCTGTAACCCCCTGGAATTCCAGGCAAT TTCAGGTTTAAACCCCCCTCTGGAATTCTGAATTTTAGTAGGATTTAAAA AGCTACCCCCATGGAATTCCAGTTATTTTTGACCGATTTTTGTATCTCCC ACTTATCAAACCTTACCTCCTTGGAACGGAAATGGACCTCCTCAACAGGG GGTATACGGTTTTTTTCTGGAAAAGCCCATTGTTTGAATGACGTCTCTGC GTACATGGGGGAAATGGTGTAAAATATTTTGAAAATTTTGCGTGTACGTT CTTTATGAATGACCCAATAATAGAATCGACTCCAGTCCTCGGCTATACCT TATTGGTTTAAAATATAGTTTTACCTTCTTCTCTTAGGCGACGAAATAGT ACTAATGGTGATAAATAAATTACAACATGGACCAGCAAACGATGTCAAAC TACTTAGGATACAATTTGTAAGTATCATATGTACAGGTGTCCTAGCGGGT TGGCCCCCCTCTTGAAATAGCAAAAAAAACTCCACAAAGTGTTTAAAAGG TTATTCCTCTGAAAAATTAAGATTTTCTTTGTCCCCTCCCCCTATTTATT GGACATATTAAAACCTAAATATTTAACCCCCCCCCATTATTAATCTACCC TCTCAAATTTCGAAAATTATTTTCTGGCTCCCCCTCTCTCCCTTTTGAAA GGGGGGAGTAGGATACTATGTATCTGTTCATACATTATTAAGAAGATATA TCTTGACGTTTTTAGGACCCATATAGAGATTTCTTCCCATCTTTTTGCTC TAATCCTTTGGGATGAAGGGTTTTCGAATTTAGTAATTTTTGAACCCTTT TTAAGAGAGTGGATTGGTTTTTGTAGGCCTTATAGTTTTTTTTAGAACTT TACGCTTATCTTTTACCTAAATGATTCACATCTGACATGTGATTAACAAT TAATTGTTACATTACATTTTCACTTTTTACTTTCAGTTAGCAAACCTACT CAGTGTATACGAACTACGTAATCATCTACTGGCTATCGATTCTATGCTTC GGATACTGGTCAATCTCACTGTTTCAAGTATTCTCGATGGACCAGGTCCC TTTGTCAGAGAAGCTGGATGTTGTCTCGCCTATTCACTCTCAATTGTAAA GGTAACTGTTGTCTACACTTAGAATATATATAGGTCGGTCTGGCGATAAA AGAAGCATGCCAAAGAGAGGTATCAATTCAACGTCTACACTAGTTTAAGC TAAGTTCTAACCATAAACATGAGCATTAACGCGAATTCATATTAAAAAGG ACACGGTTAGTTACCAAACCCCTATATTTTTTCGTGGAGCACCCACTATC TACAAAAAAAACAAGAACCTTTCGAAGGGTTCGAATGTTTATGAGCACCA TTTGAGCTATCTTTTTTCCCTTGTTGTTACCACTGACCACTAAAAGCCCA AGACAAAGATACATTAACCAATTTTGATCTGAGATCTTTAGAAAGTGGTA TACGCAAAGAAGCCATTGTATTTTTAAAGATATTCAATGTCAAACGGCAA AACATCATCAAAAGTCTTCAAGAATAAAAACAGATCTAGCGTTCTCGATG CCTTTACCCTACTATTGAGTAGTGCTACCATTAGGCTACCACTTACAAAA AAACTCCGATCAAAGATTAGCTTATGCGGGATGGAGAAACTTTACCCAGG GTATATATGAAGCTCAGTGCGTGTTAGGCGTTTAAACTTTCCCATCTCTT CCACCAGATCAACGATGATCACGCCTTCGAATTATCGTCAGCTCTCCTAC ACGTTGTCGCTGAACTCTCCTATAACTCCAAAGCTCGTAAGTCACTGGTT TTTCGAATTGTTATTGTTTGTTCTTTTTGTAAGTCGATTGGATTTGAGGT GCGTGTTCAGTCATTTTACCAACAATGTATCATAACTGACTCGATCAATT TATGCACAATTTTGAATTTCAACCCGTTGGTGCATTAAAACCCTTTTTAC TGAAAAGTGTTCGGAAAACTTTATAATATAAATAACAGCAAATCTGCGAG GAAAAAAATACGGTATTTATAAAAGCTTTCACACACAAATGATGCTTATC CTTGTTTTTCATTTGATTTGGCAGGTGAATACAGTATCGCTGCACTACAA AATTTCACCAAAAAGTTTGACCAGGTAAAAGCTCTATATCTTTACAATTT GTTGAATATTTCACAAAAAGAATGAAAAAGGCCAGGGGGGGTCCATGTAC AAAACAACGGCATGTATCAGTACTTTGTGGCAAATTTCGATTTTAGACAC CACTCCACCCCTATAGTAAAAAAACTGCAAAATACTATCCAGCAAACTCC CAAATATACTCCAATACACCCTGTTTAGTACAGAATACTATCCAGCAAAC TCAACACTCAAACCCCAAAAAACCTCATGTATATTACACAGATGCTAAGC AGATAATACGAATTTATACCAAACAGCAAAAAAAAATTCAAAACACCCAC CCACCCCATGATACATGCCGCTTTCTTGTACATAGACCCCCCCGCCCTGA AAAGGCTCCAGTTTTATGGTACGGAATTTACGGAGCTCTACAGGTCACCC AAAATCTAAGACCAGCCTAGTCTGTCTTGTTCTTTTCTGTTTTATATCAG ATTTTTGAACAAAATATCCGAATTCCCACAAAATTGCAACAACAGGGTCG GCTAGTAAGCCTGTTAGACGAAAACCGCTTTCTAATTGCGCCTATCAACC CTTAAAGCGTAAGGTAACTTGGTAAGAGTTTACCAGGAAGAAATGAATTT TGGCATCATTTTCCTGATAAACTCCAACCCATTCTCCTCGCACTTTTAGG GTTTACAGGTGAATATAGAGAACTATGAAGTTCTCATTGCTCTAATTTTA ATCATACAATGGATTCTCCATAACTCGAACACTTAGTTTATTTGTTCGAC TTAAGTTTGAGTTAAATTTCGAGTTATAGAGGGACCATAAAAGCATTGTT GACTGAAGGGACCATAAAAATTGTTCGAGTTATAGAGGTTCGAGTTAAAG AGAATCAACTGTACCTTCATTGTAATGACCGATTTTGGTTCACAGGTAGC AGAATTGGCACAGATGATCGTCCCAGATGTTTACGCCAGTGAACTTGAAT CACCCATTTCTGTCTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000125_pilon:95395..103311-

>XLOC_040490 ID=XLOC_040490|Name=XLOC_040490|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2748bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000125_pilon:95395..103311- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAGAAAGTTAATTTATATATTTACGATATCTCCAAAGGGATGGCCAG
ACAGCTCTCCTTACCACTTATAGATGAAGAAAGTTAATTTATATATTTAC
GATATCTCCAAAGGGATGGCCAGACAGCTCTCCTTACCACTTATAGGAAA
ACAAATTGATGGAATATGGAAAACAAATTGATGGAATATGGCACACGGCA
ATTGTATGTTTCGGTAAAGAATATTACTTCGGTTCTGATGGGATCACTAA
TTGTGCGCCGGCACACGGCAATTGTATGTTTCGGTAAAGAATATTACTTC
GGTTCTGATGGGATCACTAATTGTGCGCCGTGTGGTACTATACTTGGTCA
ACCAGACGAAACAGTTTGTCTTGGTGAGACGTCTGTCACCAAAAGAATCT
TCCATGAATACTTAGCTGGATTATCGAGAGAAGCTTTCAGTGTGGTACTA
TACTTGGTCAACCAGACGAAACAGTTTGTCTTGGTGAGACGTCTGTCACC
AAAAGAATCTTCCATGAATACTTAGCTGGATTATCGAGAGAAGCTTTCAG
ACCTGAGCGCTACGATTTATTCCTTCACAATTGTAACACTTTCTCGAACG
AAGTTTCGCAATTCTTAACGGGAAAGAAAATCCCATCACACATCACAGAC
CTCCCACAAGATGTGATGAGCACGCCTTTTGGTGCAATGATCTCACAGTT
TATACAAAATGTGCGCGTGCACCCGAGCGCCCTACAGAATGGCGGAGGTC
CGCCCACCAACAATGATGCGCCAACTTTACATTTAGAAGACGATGAAGAT
GAAGAAGCGCCGTACGAAGGAAATCCTGATTAACCTGAGCGCTACGATTT
ATTCCTTCACAATTGTAACACTTTCTCGAACGAAGTTTCGCAATTCTTAA
CGGGAAAGAAAATCCCATCACACATCACAGACCTCCCACAAGATGTGATG
AGCACGCCTTTTGGTGCAATGATCTCACAGTTTATACAAAATGTGCGCGT
GCACCCGAGCGCCCTACAGAATGGCGGAGGTCCGCCCACCAACAATGATG
CGCCAACTTTACATTTAGAAGACGATGAAGATGAAGAAGCGCCGTACGAA
GGAAATCCTGATTATCACCCAATGGAGCCACCACACAAAGACCATTCGGC
TTCCGTAACAAGTTACGATGATAAAAACCGCAAGACCAGCCTCAAACCTC
ACATCTACCCAGTGAACCTCGAAGAATCACCCAATGGAGCCACCACACAA
AGACCATTCGGCTTCCGTAACAAGTTACGATGATAAAAACCGCAAGACCA
GCCTCAAACCTCACATCTACCCAGTGAACCTCGAAGAACTCGATGACAGT
ATATCATACTTAAAGAAATGCTTCGATAAATACTCGAAAGATCTCGATAA
ACTCCGATCGATACTCGAAGAAATCGAATTCGATTTTGGAAGCGAAGAAG
ATGTTAGATACGATATAACTGATACGCTAACTCGATGACAGTATATCATA
CTTAAAGAAATGCTTCGATAAATACTCGAAAGATCTCGATAAACTCCGAT
CGATACTCGAAGAAATCGAATTCGATTTTGGAAGCGAAGAAGATGTTAGA
TACGATATAACTGATACGCTAAGTTGTCTATGTAAAGAACTACAAACTCG
GAACCCAGACCCCAAAGCATTCAAAGCTGTTCTAGTCACATTAAAAGCAT
CTGCATTAAATTTATCAAAAATATTCAAATACGCAGAAGGTTGTCTATGT
AAAGAACTACAAACTCGGAACCCAGACCCCAAAGCATTCAAAGCTGTTCT
AGTCACATTAAAAGCATCTGCATTAAATTTATCAAAAATATTCAAATACG
CAGAAGGCGACGAAATAGTACTAATGGTGATAAATAAATTACAACATGGA
CCAGCAAACGATGTCAAACTACTTAGGATACAATTTGCGACGAAATAGTA
CTAATGGTGATAAATAAATTACAACATGGACCAGCAAACGATGTCAAACT
ACTTAGGATACAATTTTTAGCAAACCTACTCAGTGTATACGAACTACGTA
ATCATCTACTGGCTATCGATTCTATGCTTCGGATACTGGTCAATCTCACT
GTTTCAAGTATTCTCGATGGACCAGGTCCCTTTGTCAGAGAAGCTGGATG
TTGTCTCGCCTATTCACTCTCAATTGTAAAGTTAGCAAACCTACTCAGTG
TATACGAACTACGTAATCATCTACTGGCTATCGATTCTATGCTTCGGATA
CTGGTCAATCTCACTGTTTCAAGTATTCTCGATGGACCAGGTCCCTTTGT
CAGAGAAGCTGGATGTTGTCTCGCCTATTCACTCTCAATTGTAAAGATCA
ACGATGATCACGCCTTCGAATTATCGTCAGCTCTCCTACACGTTGTCGCT
GAACTCTCCTATAACTCCAAAGCTCATCAACGATGATCACGCCTTCGAAT
TATCGTCAGCTCTCCTACACGTTGTCGCTGAACTCTCCTATAACTCCAAA
GCTCGTGAATACAGTATCGCTGCACTACAAAATTTCACCAAAAAGTTTGA
CCAGGTGAATACAGTATCGCTGCACTACAAAATTTCACCAAAAAGTTTGA
CCAGGTAGCAGAATTGGCACAGATGATCGTCCCAGATGTTTACGCCAGTG
AACTTGAATCACCCATTTCTGTCTGAGTAGCAGAATTGGCACAGATGATC
GTCCCAGATGTTTACGCCAGTGAACTTGAATCACCCATTTCTGTCTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_040490XLOC_040490-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000125_pilongenomesc0000125_pilon:95395..103311 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1303-1374:73
Aaloc1255-1302:1042
Aaloc1174-1251:1411
Aaloc1009-1173:2182
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Aaloc277-555:5550
Aaloc166-273:6252
Aaloc97-165:6875
Aaloc76-93:7383
Aaloc1-72:7918