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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000011_pilon:583693..587850+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_040346 ID=XLOC_040346|Name=XLOC_040346|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=4158bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000011_pilon:583693..587850+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCAACTGTGAGGAAGATTGGTTTATTAACACACACATCGAAGAATTT
CCTTAAATGTCTAGAAAGTCAATTACCAAAGAATGGTTACCATCTACAAG
AAATTATGTTTGATCAAGAGAAAATAAACAATTCAAAAGACTGCAAGGAA
GTTGAGGCAGGTATATAGCTCCAAATTctgatgttgttgtttttttcaac
acACCTTGGTTACCATCTCTATTTGTTCCTTAATATTATTCTGGAATAAA
TGTCTATGTTTTGGGATGTTgaattttaaactctttctaTATACAGCCTt
ggaaaagatgaaaaatgatgtGGAATCAATGGATATTGTGATAGCTGATG
GTCGTTTGATGCCCAAAATATTACATAAAGTGAACAAAGTCAAATGGATT
CACTTGATTTGGGCTGGTAATTTCTGCTTTGTTTATTAATAATCTGTTGG
AGAAGGAAAAATCCAAATTCCAAAATTTCCGATATGGTTTCCTTTTAGGC
CGAAATAAAAAAGCCTCTTGTTTCTGGAAATCAGCCCGGTGAACTTTTCT
TTAAGAGTCCCCTGgccataaaaaaatatgtttggatTGATCCAGGATTC
TTTGGAGAAACAGACcaatagtaaaaaaaattgtatttttccaTAGtaaa
ctaccttattacacaaatattactagtcattttactaACACGAATTGGAA
ACTTTCACGAGTgctaataaaaacccccttaattaaaaccagccactGTT
TActtgaaaagctgaaaaatttgTGTTGATTTCAAatcgtgcaaatttca
aggccgttgaatacttgcctagtaattttcatttaataaggTAGTCTTTT
GCGGCCAACTGGGTAAGttttttttGTCACCTGCATTTCCATTTTTCCCT
TTAAATATATCAATgataagtttgaaaaaaatgattgtttcagaagtttt
aaatttgtttaatATATTGTGTTTGCAAAATAGTTTGCAATGTCATAAAT
ACTTCcttcactttcaaaacaaacaataacAGAATAATGCATGATCAGTA
AGATTAATATCAGGCAAATTATATTCTTAGGTGTTGATCCAGTCGTGGAT
AGTCTAGCTGGAAAGTCTATTCCATCAATGCCAGTAACACGATTTGGAGG
TTACTTCGGTGAACATATGGCTGAATATGCAATCAGTCATATTGTAGGTT
ATGAAAGAGGTTCATTCACAATATAtgaaaaccaaaaacaaaataattgg
tAAGGGAAGAGCTGAAGCTTTGCTGAGTGTTATCAGCCTTAGTCTTTAAT
TGAATATAATGGATGTACAAAGTGAAAGCAGATTATTATAAAATCAAATC
TACAATCctacaagaaatatttgagacaaaggggagttcccggtgtaatt
ttgaacaccacaattgatttttaagcgtcttaaactacagttggaaagta
gagttttaactctgagttttaacatgagacttaagacttaggagcttagg
atctcaggatttaaaagctcaaatttgctcgaatgaggcttggaatatag
cctagaagccatcaaacccctctaaaatcaaaatattcaatggaagaaag
tggaagtgctaaaatagcaattctcgcccgaactttaaattctgaaaaac
gttaaaaatacactaaaatctcaatatatttcaagggAGATTGTAGGCTT
ATTGAATTACATAAAATAtgctcatttcaattttttgttggaCTTGCCAA
GATTCTTCCCACAACCTTTTATATCCAAAGTCctgcgaaaatgaaaaaaa
taggttagctaccccttttttaccttaATTCACTGGAATGATATTAAGAA
GGGTTTTAAAATATGTtgtgtaattaaaaaaaaaattatgctgCATTGGA
ACATTTATTTATAAATAGGCTGAAATTAAGCGAACAACTCGGTGAATATC
GTATGATCAAAGATCTGAAGTTCACCATTCTCGGGTGTGGTGATATTGGA
CACACAATTGCACGTCATCTTAAACAATTTGGTGGTACAGTTTACGGTAT
GGTCAGACAAACCAGAAATTCCAATTCCTCAGACTATGTTGATCAATATT
TCACATTTGATGAATTACCAgagtttctcaaaaaaagtgattatGTATGC
AATGTACTGCCATCTACTCCAGGAACTAGAAACTTGTTGACACCTGAGCT
ACTTAAGAATTGCCAAAACACAGTGTTTATGAATCTTGGTCGTGGAGATG
TCATCAAGGAAGATAATATTCTCAGAGCTCTAGAAGAGAATCGGTTTAAA
CAAGCCATTTTAGATGTGTTTGCGGTAGAACCTTTACCTAAAGAAAGCAA
GCTGTGGAGTCATGAGAGAGTCACAATAACACCACATTGTTCAGGCCAAA
CACAAATACAAGAGGTATTATATGGAAATATACTCCCTTTGGTATATGGT
AATCTTAAAGCAAATTATTTTggtcctttttggacctaccccggtggagg
tcctataaattaacctttgtccgttcgtccgttcgtccgttcgttcgtta
gttattagctttcctcatgattggctcgttagttttttctgattttttgc
acaaagatgcataactataaaccctcgaatgtgacggagcccgaatttca
aaaaaaaaattttttgggcaaatttgggcaaaaaaacggctaaaaaacgg
gttttttggactttgtgaaaaattaggtcgttaattttttctgatttttt
gcatgaaagtagggtaccatcgtaggtaaaagatggcttaagcagatttt
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TGTTGAATATTATCTGGAAGACAAATAATGCCCTTATTCTACCCTTTTTC
TGTCATTTTTCGAACAATTCTACTcctccattttcaaaacaagacTTGGC
TTTGTGTCTGGTTTTTGGACCTACACTGgtgggtggaggtcctttaaatt
aaccgatgttcgtccgtccgttcgtctgttaccagcttttcttgggattg
gtttattagttttttttgattttttgcacagtcatgcaaaatggtgattc
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tgttcttatttggggaaattcccttatgtcaCTTTTAGGAAAAAAGAGCA
TTTCTTGTAATTGGATTGATatttgtttctgattttttgcactttgatgt
aaaatggtaataataaccgattttcaaaaaatatttttttgggcaaattc
gTGGGTcaaaatgtgcctaaaaatggggttttctggacttgtgatattgc
ttcattagtttttttttaaaatttttggacagctcactacacttttttac
tctcgtgctatttgtcatatttttatctgattctcatcatcaggtaggtc
cattcagcatgttacTTGTTGTGTTTGCATTCTACAATTTAGATTAATTT
AATAATTTCTTTCCCTCTATCAAATGAGATGGGATACCATTTTTCTACCC
TGctgtttttattcattttagaCTGTTGCATCTTTCTTGGAACAACTGAA
GCTGTTTGAAAACAATGAACCCTTGGAATTCTTAGTTGATTGGAAGAGTG
GTTATTAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000011_pilon:583693..587850+ >XLOC_040346 ID=XLOC_040346|Name=XLOC_040346|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2064bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000011_pilon:583693..587850+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCAACTGTGAGGAAGATTGGTTTATTAACACACACATCGAAGAATTT
CCTTAAATGTCTAGAAAGTCAATTACCAAAGAATGGTTACCATCTACAAG
AAATTATGTTTGATCAAGAGAAAATAAACAATTCAAAAGACTGCAAGGAA
GTTGAGGCAGATGGCAACTGTGAGGAAGATTGGTTTATTAACACACACAT
CGAAGAATTTCCTTAAATGTCTAGAAAGTCAATTACCAAAGAATGGTTAC
CATCTACAAGAAATTATGTTTGATCAAGAGAAAATAAACAATTCAAAAGA
CTGCAAGGAAGTTGAGGCAGCCTtggaaaagatgaaaaatgatgtGGAAT
CAATGGATATTGTGATAGCTGATGGTCGTTTGATGCCCAAAATATTACAT
AAAGTGAACAAAGTCAAATGGATTCACTTGATTTGGGCTGCCTtggaaaa
gatgaaaaatgatgtGGAATCAATGGATATTGTGATAGCTGATGGTCGTT
TGATGCCCAAAATATTACATAAAGTGAACAAAGTCAAATGGATTCACTTG
ATTTGGGCTGGTGTTGATCCAGTCGTGGATAGTCTAGCTGGAAAGTCTAT
TCCATCAATGCCAGTAACACGATTTGGAGGTTACTTCGGTGAACATATGG
CTGAATATGCAATCAGTCATATTGTAGGTTATGAAAGAGGTTCATTCACA
ATATAtgaaaaccaaaaacaaaataattgGTGTTGATCCAGTCGTGGATA
GTCTAGCTGGAAAGTCTATTCCATCAATGCCAGTAACACGATTTGGAGGT
TACTTCGGTGAACATATGGCTGAATATGCAATCAGTCATATTGTAGGTTA
TGAAAGAGGTTCATTCACAATATAtgaaaaccaaaaacaaaataattgGC
TGAAATTAAGCGAACAACTCGGTGAATATCGTATGATCAAAGATCTGAAG
TTCACCATTCTCGGGTGTGGTGATATTGGACACACAATTGCACGTCATCT
TAAACAATTTGGTGGTACAGTTTACGGTATGGTCAGACAAACCAGAAATT
CCAATTCCTCAGACTATGTTGATCAATATTTCACATTTGATGAATTACCA
gagtttctcaaaaaaagtgattatGTATGCAATGTACTGCCATCTACTCC
AGGAACTAGAAACTTGTTGACACCTGAGCTACTTAAGAATTGCCAAAACA
CAGTGTTTATGAATCTTGGTCGTGGAGATGTCATCAAGGAAGATAATATT
CTCAGAGCTCTAGAAGAGAATCGGTTTAAACAAGCCATTTTAGATGTGTT
TGCGGTAGAACCTTTACCTAAAGAAAGCAAGCTGTGGAGTCATGAGAGAG
TCACAATAACACCACATTGTTCAGGCCAAACACAAATACAAGAGGCTGAA
ATTAAGCGAACAACTCGGTGAATATCGTATGATCAAAGATCTGAAGTTCA
CCATTCTCGGGTGTGGTGATATTGGACACACAATTGCACGTCATCTTAAA
CAATTTGGTGGTACAGTTTACGGTATGGTCAGACAAACCAGAAATTCCAA
TTCCTCAGACTATGTTGATCAATATTTCACATTTGATGAATTACCAgagt
ttctcaaaaaaagtgattatGTATGCAATGTACTGCCATCTACTCCAGGA
ACTAGAAACTTGTTGACACCTGAGCTACTTAAGAATTGCCAAAACACAGT
GTTTATGAATCTTGGTCGTGGAGATGTCATCAAGGAAGATAATATTCTCA
GAGCTCTAGAAGAGAATCGGTTTAAACAAGCCATTTTAGATGTGTTTGCG
GTAGAACCTTTACCTAAAGAAAGCAAGCTGTGGAGTCATGAGAGAGTCAC
AATAACACCACATTGTTCAGGCCAAACACAAATACAAGAGaCTGTTGCAT
CTTTCTTGGAACAACTGAAGCTGTTTGAAAACAATGAACCCTTGGAATTC
TTAGTTGATTGGAAGAGTGGTTATTAAaCTGTTGCATCTTTCTTGGAACA
ACTGAAGCTGTTTGAAAACAATGAACCCTTGGAATTCTTAGTTGATTGGA
AGAGTGGTTATTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000011_pilon | genome | sc0000011_pilon:583693..587850 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 946-1032:4072 |
| Aaloc | 451-945:1920 |
| Aaloc | 283-447:1083 |
| Aaloc | 163-279:299 |
| Aaloc | 1-159:1 |
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