XLOC_040261 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_040261
Unique NameXLOC_040261
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000304_pilon:289890..295647+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_040261 ID=XLOC_040261|Name=XLOC_040261|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5758bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000304_pilon:289890..295647+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTCTGGAATTACAAGACTTGCAAGACCGTTACTTCGCTCTACCAAGAC CCCTACAAGATTTGCACAGGCCTGTTTTAGTACCACTTACTCTCAAAATG CaccaaaagaaattaaaacagGTACCGAAGCAAGAGCTTTGATGTTGAAA GGTGTTGATCTTCTTGCTGATACTGTCGCTGTCACATTGGGCCCTAAGGT ATTAATTTTTCGACTATCTTATGTTGTTTAAATGTAACCATGAAACTcat caacaaaaactttttcaagcCACTCTGCGTTTGAACTGGCCTGCACATGT TTTTATGATTATAGCAGGGTTCCCACTGGTCAGGGGAAAaccagtttgca gagtgtgtCACGTTTGCTCGGGATCTAGAGCGCACAACTCGGAAAAAGTC gagtgcaggtgcaaaatttgaggttttcaagTTCAGACGGTTTTTTAACC TCAAGTGCAGAGTCCAGCTATTGTTTCCTCGTCAAGTGCAGCTAATTTAG cacttttttgcctttttgggtGAATTTCCGAGGCATAGGTGTGCCTTTTG TCCTGgccaaaatttatcaggtgcgTTCTTACAGTATGGAACTTGGTATT TTCGAATTTCTCCTCGAGTGCAGCCTTGCCATATTCTGCACTGGGGGAAA CTgggggaaaacctggaaaagttatatttttcattatgtTTTCAAGTTGg ggaaaagtcagggaattcTTATAGTTATAATTCTTATATTGAATTTCACA GGATccatcgcatgcgcactgaggttttgatgaaacaatagagTTTCGAA AGCTGAgtcaatcagctgtgttttaaacattcttttattttaaatctcaa tagataaacttcttttgtttaaaatttctatCATGTTTAATCCTATTAAT AAACAAATTCctggtgggggtcactagtggccgcctatagcagtgcctat agaccaagagtaaggcctaaaagcctggagctgtctattgtgtagactaa ccTTTCCAGTAATTCCAACTTCTCAGAAATGACCTGGGAAAATGCATACT CCACCgttgtataaaaaattgtttcagaGGTAAACAAATGTGTTTTTGCT TGCAAGAGGTTGGGGCAAGTGGGTTTTCAGGTTCTAATGCCTGATACCAA TatctttatgaaaaataattttcagggtggtatattATCATacagccctg tgaatccaggtcggcattcggcaatgccgacctgaaagccgacgtaactt gagctgaagtcggcttttatttgccgacgtaatttacactctaggtcggc gtgccgacaaaagaaatgttttgggtcggcaaagccgacctaaagaggaa aaatattatttgttaggttaatctaattgtgttatcatttgataacacat gataatcgagcctcattccattctctttataaaacataaaacttattaAC ACAATTATTAATGATTGTTAAACTAACTGTAGGAAATTTATTGTCTTTGC CGACGTAAACAAGCTACTTAGGACcgctttgccgacctaaaataaCCTCT AGgtcagcaaaattttgccggcctACGGCCGGTTTTGgtgattttgtctg aattcacagggctgATCATAGATAGAAAcaacatatcaaaatttgagagg attCTGTTTGACAGAACTAATGAAAAGTTagaaaaaccaactttccctct CTTCTCTGGAAAAGGCTATTTTGACAAATAGTGTAAATAATTTTTGGGTA GTTTGTAGGTTTGAAGTATTGTCTTCCAGTAAAACCAAGCTCTCAACTGT CTGGTTAGTCAGGAAGGATTACAAAGATGATCTTGTCTACTAATGTAAAG TTTTTACCAAGAAAGACATGATTGAAGTTAATGGAAAGTCTCTGTAAAGG TATGCACATAAAATCAAATTCGGTGTATTTTCAATTATCAGCCAAAGCAT TCAAAATCATTGATTCTAATTCAAgttatttctttctttcaggGAAAGAA TGTTTTAATTGAACAGAGCTTTGGTGGACCAAAAATCACAAAGGATGGTG TCACAGTTGCAAAAGCTATTGATCTTCCTGATAAATACATGAACATGGGA GCACGTTTAGTACAAGATGTTGCCAACAACACAAATGAAGAAGCTGGCGA TGGTACCACAACTGCAACTGTTCTTGCAAGAGCCATTGCTAAATCTGGTT TTGAGGCTGTTTCTAAGGGAGCAAACCCTAATGAAGTTAGAAGAGGTACG CAATAAGTGTTATAGCCTGAATCTGtaaatttccttcttttttaaaaata tttttctatgcaCAATCCAGCATAGCCCAGGCTGTACACCAGTAgcataa aaaaatgaatgaaaggTTTACATCCTGTATATCCAGAGTGTGACTATAAA TATTGTTAAAGAATTTTCAGATGGAACAGCCAGAAACCTAGACAAAATTG AAACACTTTCGTGAACTGTTTTGAATAAATCTTTGAAATTGccttaggct acgtcatatttTCCTTCGTTTCAAGCGTAAAACTCCCACTCTTcaggata tgagcactgctcttgttttgaatattaaagaaagaaattttggcggaaag aaaatttggcagatttagccaaaatctgccaaatcttaagttcccaccaa aatttattttttcctccatctgccaaattaaattcccttcaaatttaatt tttccagcCATCCGCCAAactaaattcccgccaaaatttcttcttttaag gtattgaaattctccggataaatcAATCGCATGCgtactgaggttttaat gaaacaatagagtttTAAacttaagccaatcagctgtgtttaaacattct tttatttgaaatatctattgataaacttcttttgtgaaagttgtctatta tttttaaacctattaataagcgaTTCCGGgtgggggttactagtggccgc ctatagcagtgcctatagaccaagagtaaggccttaaagcctggagctgt ctattgtgtagactaaaaATGCCTATGATGAAAAACAATGCTTAATATTT TAtgatgaatgttttaatttctgaGGCATTTACAGTTTTCTAATTTTGTC ATTTCTATTTTGATGCACTTTACAGCCTTTCTGTATTCTtgagttgaaaa taagaaccaaaattattttttaaggtGTCATGACTGCAGTCGAAACTGTC ACACAAGGATTAAAGGACATGTCAAAGCAAGTTACTACCTCAGAAGAAAT TGCTCAAGTTGCCTCAATCTCTGCTAACAATGACACTACTGTTGGAAGCC TCATTTCCAGTGCCATGGAACGTGTTGGAAAAGATGGAGTTATCACTGTC AAAGATGGCAAGACTGTTGCTGATGAACTTGAAGTTATTGAAGGAATGAA ATTTGATCGCGGATACATTTCTCCTTATTTCATCAACAGTGCCAAaggac aaaaagttgaatatgaaAATGCCTTAGTTTTAATCTCTCAAGCCAAAATC TCAAATGTTCAAGAGATTGTTCCTGCTTTGGAGCTTGCAAATCAACAGAA ACGTGCTTTATTGATCCTTGCTGAAGATGTTGATAGTGAAGCCCTTACAG CCCTTGTTATCAACCGATTGAAAATTGGATTACAAGTCGTTGCTGTCAAG GCACCAGGATTTGGCGATAACAGAAAGAATACTCTTCGTGATATTGCCAT CTCAACTGGAGCTGAGGTAAATCGACTGTTTCATCCtcttgaaaattcaa atttaaatatcAACTCATCATAGCTGTCAATTGCTAGATTTAACATATTC TTTGAAGTCGGCGATATAGCTTTTTTGGTTCTCATTTAATTCAACAAAAG GGATCACCAATAAAATCTTTGACGCTTTCTCTTAGTactagaaaaaattg aatataactTTTTTCATGTTAACCATTCTTAGCTGTTTGGAGATGACATG GGTTTAAAATTAGATGAGATTCAACTAAACGATCTTGGTCAAGTTGGAGA ATTGGTCGTCACAAAGGATGATTGTCTTATGATGAAAGGACGTGGTGATA GCAATGCTATTGATGCACGAGTTTCACAAATCAAAGACGAAATCCACGAA ACCAATTCTGACTACGAACGAGAGAAATTTCAAGAACGTTTAGCTAAATT AGTCGGTGGAGTTGCTGTTATCAAAGTAAGTAAACATAACTTCATAAAAT CTTTTCCATTTTTATGTCCTTTCTAGTGACGTTGCACAATAAGAAATTTA GTTTTGTGTAATTCTAAACAAATAAGTTGGTAGTGAACAGTGTAAAAGCC TGAAAGCCTCTgatgaaaaacaaaacttaaatacGTTAGtgatgaatgtt ttaatttctgaGGCTTTGGACAATACTGTATGGATGAACACTCTCTGAAG AAAACTTTACCAAATCAGCGCTAAACAAAGCCTTTGATGAAAAAACAAGC TTAATTTGTTAAtgatgaatgttttaatttctgaGGCTAATTTTTGCCCT CCGTCCATGTCTTAAAAACCCATGATGAAAAAACTAGCTTAATTATGAtg atgaatgttttaatttctgaggtttgaattttttttggtttcatgTCTTG AGTTTCCTTCTTTCTGACCAGTTCTGACACATTGATGATAGAGCGACAGA CAACATATCTACTGAATTCGAGTATGATCCAATCTGAAATACTCTCTACA GGTTGGCGGAGGTAGTGAAGTTGAGGTTAACGAACGAAAAGACCGTGTTA CGGATGCTTTGAACGCCACACGTGCTGCTGCCGAAGAAGGTATCGTTCCA GGTGGTGGTACCGCTCTCATCCGTTGCGCTTCATTGTTAGATGGTCTCAC CCCAAAGAATGACGACCAGAAAATTGGAATTGAGATCGTCCGATCAGCGC TTTACACACCTTGTACAAACATTGTCTCCAACACTGGAATTGAGCCTGCT GTAATTGTTCAAAAGGTAACAGTGAAATGCCTATTTCAGGCTTTCTCATT TGAAAAATTCAGACGCGTGGTCAATTGAACTCATAAAATCTGAGTTTTGC TTATTTAGACGGTGTGATTAAGGTGTTCTGACACCACTATTAATAGTAAA TTTTTGAATTATCTGTGGTCCACTCTCACTCCTCAAATGATTCAGCCTGT ATTTGATAGCAATAATAAATAATTTTGTTGAATAGGTCATGAAAATAATT TCAGGCCTACCTTATTACACTTACATAACTACTCAAGTTATTAACGTGAA TCGGTCACCCTCGCTTTAGTTACAACCGTTGAGCAAAGTTTGATCCGTGG TAATCTTTGGAAACCCTGCCTTTCGCGTTAATAAATTGTCGCATTCAATT TCCCGCGTTAAGTACTCGATTAGTTATATAAGTGTAGTAAGGTATGCTCG ACAGACTCTTTTAGATTTTCACTTCAAGGCTGTTTTCATGGGAAGGAAAA AATAGACAAATCCTTCAATTTTTCCACTACTTCTTTTCTGAACTTCGTAG GTTGCTTCAGCTGAAGATCCAGAGTTTGGTTACAACGCAGCCAACGGAGA ATTCATGAATCTTGTCGATGCTGGAGTTATCGATCCTTCAAAAGTTGTCC GTATTGCTTTGAACGACGCTGCTGGAGTCGCTTCTCTTCTTACAACTGCT GAGGCTGTCATTACTGAAATTCCAAAGGAAGAACCACCAATGCCACCTAT GGGTGGAGGCATGGGTGGTATGGGAGGAATGGGTGGTATGGGCGGAGGCA TGTTTTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000304_pilon:289890..295647+

>XLOC_040261 ID=XLOC_040261|Name=XLOC_040261|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3516bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000304_pilon:289890..295647+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTCTGGAATTACAAGACTTGCAAGACCGTTACTTCGCTCTACCAAGAC
CCCTACAAGATTTGCACAGGCCTGTTTTAGTACCACTTACTCTCAAAATG
CaccaaaagaaattaaaacagGTACCGAAGCAAGAGCTTTGATGTTGAAA
GGTGTTGATCTTCTTGCTGATACTGTCGCTGTCACATTGGGCCCTAAGAT
GTCTGGAATTACAAGACTTGCAAGACCGTTACTTCGCTCTACCAAGACCC
CTACAAGATTTGCACAGGCCTGTTTTAGTACCACTTACTCTCAAAATGCa
ccaaaagaaattaaaacagGTACCGAAGCAAGAGCTTTGATGTTGAAAGG
TGTTGATCTTCTTGCTGATACTGTCGCTGTCACATTGGGCCCTAAGgGAA
AGAATGTTTTAATTGAACAGAGCTTTGGTGGACCAAAAATCACAAAGGAT
GGTGTCACAGTTGCAAAAGCTATTGATCTTCCTGATAAATACATGAACAT
GGGAGCACGTTTAGTACAAGATGTTGCCAACAACACAAATGAAGAAGCTG
GCGATGGTACCACAACTGCAACTGTTCTTGCAAGAGCCATTGCTAAATCT
GGTTTTGAGGCTGTTTCTAAGGGAGCAAACCCTAATGAAGTTAGAAGAGg
GAAAGAATGTTTTAATTGAACAGAGCTTTGGTGGACCAAAAATCACAAAG
GATGGTGTCACAGTTGCAAAAGCTATTGATCTTCCTGATAAATACATGAA
CATGGGAGCACGTTTAGTACAAGATGTTGCCAACAACACAAATGAAGAAG
CTGGCGATGGTACCACAACTGCAACTGTTCTTGCAAGAGCCATTGCTAAA
TCTGGTTTTGAGGCTGTTTCTAAGGGAGCAAACCCTAATGAAGTTAGAAG
AGgtGTCATGACTGCAGTCGAAACTGTCACACAAGGATTAAAGGACATGT
CAAAGCAAGTTACTACCTCAGAAGAAATTGCTCAAGTTGCCTCAATCTCT
GCTAACAATGACACTACTGTTGGAAGCCTCATTTCCAGTGCCATGGAACG
TGTTGGAAAAGATGGAGTTATCACTGTCAAAGATGGCAAGACTGTTGCTG
ATGAACTTGAAGTTATTGAAGGAATGAAATTTGATCGCGGATACATTTCT
CCTTATTTCATCAACAGTGCCAAaggacaaaaagttgaatatgaaAATGC
CTTAGTTTTAATCTCTCAAGCCAAAATCTCAAATGTTCAAGAGATTGTTC
CTGCTTTGGAGCTTGCAAATCAACAGAAACGTGCTTTATTGATCCTTGCT
GAAGATGTTGATAGTGAAGCCCTTACAGCCCTTGTTATCAACCGATTGAA
AATTGGATTACAAGTCGTTGCTGTCAAGGCACCAGGATTTGGCGATAACA
GAAAGAATACTCTTCGTGATATTGCCATCTCAACTGGAGCTGAGgtGTCA
TGACTGCAGTCGAAACTGTCACACAAGGATTAAAGGACATGTCAAAGCAA
GTTACTACCTCAGAAGAAATTGCTCAAGTTGCCTCAATCTCTGCTAACAA
TGACACTACTGTTGGAAGCCTCATTTCCAGTGCCATGGAACGTGTTGGAA
AAGATGGAGTTATCACTGTCAAAGATGGCAAGACTGTTGCTGATGAACTT
GAAGTTATTGAAGGAATGAAATTTGATCGCGGATACATTTCTCCTTATTT
CATCAACAGTGCCAAaggacaaaaagttgaatatgaaAATGCCTTAGTTT
TAATCTCTCAAGCCAAAATCTCAAATGTTCAAGAGATTGTTCCTGCTTTG
GAGCTTGCAAATCAACAGAAACGTGCTTTATTGATCCTTGCTGAAGATGT
TGATAGTGAAGCCCTTACAGCCCTTGTTATCAACCGATTGAAAATTGGAT
TACAAGTCGTTGCTGTCAAGGCACCAGGATTTGGCGATAACAGAAAGAAT
ACTCTTCGTGATATTGCCATCTCAACTGGAGCTGAGCTGTTTGGAGATGA
CATGGGTTTAAAATTAGATGAGATTCAACTAAACGATCTTGGTCAAGTTG
GAGAATTGGTCGTCACAAAGGATGATTGTCTTATGATGAAAGGACGTGGT
GATAGCAATGCTATTGATGCACGAGTTTCACAAATCAAAGACGAAATCCA
CGAAACCAATTCTGACTACGAACGAGAGAAATTTCAAGAACGTTTAGCTA
AATTAGTCGGTGGAGTTGCTGTTATCAAACTGTTTGGAGATGACATGGGT
TTAAAATTAGATGAGATTCAACTAAACGATCTTGGTCAAGTTGGAGAATT
GGTCGTCACAAAGGATGATTGTCTTATGATGAAAGGACGTGGTGATAGCA
ATGCTATTGATGCACGAGTTTCACAAATCAAAGACGAAATCCACGAAACC
AATTCTGACTACGAACGAGAGAAATTTCAAGAACGTTTAGCTAAATTAGT
CGGTGGAGTTGCTGTTATCAAAGTTGGCGGAGGTAGTGAAGTTGAGGTTA
ACGAACGAAAAGACCGTGTTACGGATGCTTTGAACGCCACACGTGCTGCT
GCCGAAGAAGGTATCGTTCCAGGTGGTGGTACCGCTCTCATCCGTTGCGC
TTCATTGTTAGATGGTCTCACCCCAAAGAATGACGACCAGAAAATTGGAA
TTGAGATCGTCCGATCAGCGCTTTACACACCTTGTACAAACATTGTCTCC
AACACTGGAATTGAGCCTGCTGTAATTGTTCAAAAGGTTGGCGGAGGTAG
TGAAGTTGAGGTTAACGAACGAAAAGACCGTGTTACGGATGCTTTGAACG
CCACACGTGCTGCTGCCGAAGAAGGTATCGTTCCAGGTGGTGGTACCGCT
CTCATCCGTTGCGCTTCATTGTTAGATGGTCTCACCCCAAAGAATGACGA
CCAGAAAATTGGAATTGAGATCGTCCGATCAGCGCTTTACACACCTTGTA
CAAACATTGTCTCCAACACTGGAATTGAGCCTGCTGTAATTGTTCAAAAG
GTTGCTTCAGCTGAAGATCCAGAGTTTGGTTACAACGCAGCCAACGGAGA
ATTCATGAATCTTGTCGATGCTGGAGTTATCGATCCTTCAAAAGTTGTCC
GTATTGCTTTGAACGACGCTGCTGGAGTCGCTTCTCTTCTTACAACTGCT
GAGGCTGTCATTACTGAAATTCCAAAGGAAGAACCACCAATGCCACCTAT
GGGTGGAGGCATGGGTGGTATGGGAGGAATGGGTGGTATGGGCGGAGGCA
TGTTTTAAGTTGCTTCAGCTGAAGATCCAGAGTTTGGTTACAACGCAGCC
AACGGAGAATTCATGAATCTTGTCGATGCTGGAGTTATCGATCCTTCAAA
AGTTGTCCGTATTGCTTTGAACGACGCTGCTGGAGTCGCTTCTCTTCTTA
CAACTGCTGAGGCTGTCATTACTGAAATTCCAAAGGAAGAACCACCAATG
CCACCTATGGGTGGAGGCATGGGTGGTATGGGAGGAATGGGTGGTATGGG
CGGAGGCATGTTTTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_040261XLOC_040261-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000304_pilongenomesc0000304_pilon:289890..295647 +
Properties
Property NameValue
Aaloc1501-1758:5501
Aaloc1237-1500:4702
Aaloc994-1236:3933
Aaloc454-993:3177
Aaloc199-450:1993
Aaloc1-198:1