XLOC_040021 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_040021
Unique NameXLOC_040021
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000452_pilon:20469..35759-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_040021 ID=XLOC_040021|Name=XLOC_040021|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15291bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000452_pilon:20469..35759- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CAAATTTTTGCAATTTTAAATTTTCCGCAAATTAGGCCTGGCAAAAGTTT TTATTGCCAAAAAACTGACGTTATAGGCAAAACTCTAGCCTGTTAGACGA AACCGTTTGTTTTAATAAACATTTTGGTTTAGTGGGAAGGTACTGGCTAG CAAAACTCCTAACCCTATAAATACACAAAACAATGATGATTTTGATTAAA AAAAGTCCAGTGAAGTAGACTAGAGGATGTCATCATCTTGCTTGAATTTT TTCACTTTCGTTTTCAAAAATTATAAGAAAACAACAAGTCAATAAAATAT ATTCTAAAACCCCATCGAAATTTTTTGAAACTATAATAAAAACATGTAAA TTTTATTCTCAAGCAAATCCCAAAATCTTATCTACTTTCGAACTAATCAA ATACGGTTGCGTCGTACAAAAAATGCTACGTATCCTAGGCTTGCCCTCTA CACCAATAAAGCCTAAATTGTCTTAATTCTGCTCCTAAAAAAAGAACAGA TTAGGACTTTCCATACTTAATCTTGTCAATTTTCGGACCTACCCCGGAGG TCCTTTATTGTACAAACTACATTGTACAAAGAAAGGTCCTTTAAATTAAC TGATGTTCGTCCGTTCGTGCGTTCGTGCGTTACCAGCTTTTCTCAGGATT GGCTCATTAGTTTTTTCTGATTTTTTACACAATAATGCAAAATAGTATTT CCCAAAATAATTGTTTTCAAAAAAATAATTGTTTTAACCCTTTAACTGCC GTGGCATTTTTTACACCCTCGACCTATATGCTGACATGGGAAAAAAGTAG CGATTTTCACTTCATTTTCTGAATAATATATGAAGTATCAGCCAAGGATT ATAATTTTGAGTTAAACATTGTAGAATAGTTATTTTTCAACATAGAAAAG TTTTTAACAATTCATTTTTTTCATTTCAAACCATCATCGGCATATGCCGA 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CAGTTGTCTGGGTGATTATTCCAATGTTTGTTCATGATTTCCTTGAAGTC AATCGTTCTTGGGTTGTAACACGTGATAAGGGGTGCGATGATTTCTATTG AAGTAGTTTTTTCGGTTTGGTTCACTTTTTCAATTACTCTATCAAGCTCT TTGTCACTATAGCCACTCGCTTTAAAGAAAGCTTTGTGTTCCTTTGCTCT CTCCATGAAAGTTTCATTTTCAGAACAAATCCTTTTGATTCTGGTGAATT GGCTGTATGGTATTGATTTTTTGGTGTGATTTGGTTGACAGCTCTTTTGA TCGAGAAAACTGTGTGTGTCTACTTCTTTATAGTATAAATTTGTTTTGAG AAAACCATATTCATCTATGGTCACGGTAGTGTCCAAGAAATGAATGGATT TCGACGAAAATTCGCGAGTGAACTTGATGTGCTCGTGTACTTCGTTTATG TGTTGTAGAAAATCGTTGAGGTCGATAAAAGATGATATCTGCCATTGCTT GGTCTTCATAGATATGTTTCTTTTCAAAATCTCCCATGTAAACATTCGCA TAGTTAGGTGCTGCTCTGTTTCCCATTGCTGTCCCTTTCTGTTGAGTGTA GAACTTGTCTCGAAATACAAAATTATTGAGGGTTAGAATACTTTCCATTA GCTCCACTTTCGTTGATGGTACATGTTCTTTGTGATAGTGATTATCCATT TGGTTTTTCAGAATTTCCAAACCCTCATTGTTATCTATGTTTGTATATAA ACTCGAGGCATCCATGGTTACTAAGAGTGATCCTATTGGTACCCTATGCT TCTCATTAATACAACGGATGAAATCGTTTGTGTCTTTGATATAAGACGGA AGATTAGTCGCAATCGGTTTTATAGTGCGATCTACATACGCTGAAATCTT TTCAGTATGGCAACTAGATGAGGAGACTATTGGTCTTCCAGGATTACTTT TTTTGTGAATTTTTGGGCGTATGTAGAAAACTGGTGTTCTCGGTTCTATC GGTGCGAGTTTATCGGTCATCTTCTTTTCGATATCTCCGCTATCTTCAAG CTTTTGCAAGACCTATTCTTTGATCTTCTCTGCGTTTTGGATTGTATCTT CTTTCATTTCTTTATAGAACTTCCTGTCTTGAAGATGTCGTAAGGCTTCA CCCTCATATTTCTTTGCATCTTGGATGACGACAGCTCCTCCTTTGTCTGC GTTTTTGATTATGATTTTATCATTTTCCTATATTATATTCCTAATCTAAG AAACTCTTTTCGCTAGAGGATGAGCAGAAGCCTGTGTATTAGAGAGCGGT CATAAAGTATCTACTAAAATTTGTTCCCATATTTCCCATTCGTTATTTCA AGAACTTCACAGGGTCTGCACCAACAGGACTGGAAGGACAGAGGAGGGGC TATTGTCCCGTCACTATAGTTTCATTTTTTAAATCTGACCTTTTATTATA GGCTTTTGAGAACTTACATTTTCAGGAATGTCAGTTCAAAACAGAGTGGT TTTAGCTAAATGAGAGGGTCAAAAAGTCAAAATTTTCTCCCCGTCGGCGC AAACCATGGTTGCAATAAAATTTCCTGAAAAGAACACACAAAAATCATGA AGCACCGTAGCAAGAAAACAATTTCACATTTCGGCAGTTTTCATCCGAGC TACGAACAAGGCAGTGATTGGGGAGGGGAGGGGTGGTTTAAGATTCTCCT TAGGGGGAGGGGTGCGAAAAATGTTTGGCTTGTCTAGGGGGGGGGGTCGA AATTTTTTTGAACATGTCGAGGGTGGGGATGCGAACCCACGAAATTTTTG GGAATATCCTCCACCCCCTCTATTAGATACTTTATGACCCCTCCCTTATA ATGCTGTGAAAATTTCTTTTCTTGACAGGTAATATGGGTGAACCAGTGAA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000452_pilon:20469..35759-

>XLOC_040021 ID=XLOC_040021|Name=XLOC_040021|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2820bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000452_pilon:20469..35759- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTATTTCATTCCAGAGAAAATAGCAAGATGATAACAGAGGAGCTCTTTTT
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AACAGAATATGACACCATTGAAGAATCCCTTCTTTTTCATCAACCTAAAT
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TAGCACAGGAGGAGGAATTTGTGCTTTTAGTTGGCCAATTAGTTGGAATT
GTTGTCTTCAGCAATGATCTGGCAGGAAACATCCCATCCATTTTAAGGCT
TGAAAAGATGAAATTCTCTGTCAAAAAAATCAACTCTTACTTGATTTTTC
TAGGATGCTCAAGATGTGATATGTCGGACCATGTGCTCAAAATTCAGTTG
CAGAACTTCATTGAAATATTCAACTTTTATCACAGATCGTTTGATCACGT
TAAAAATTTTCTAGGATGCTCAAGATGTGATATGTCGGACCATGTGCTCA
AAATTCAGTTGCAGAACTTCATTGAAATATTCAACTTTTATCACAGATCG
TTTGATCACGTTAAAAATGCATGTGGTGATGATTCAAATAACTTTAGAAA
AGAATTGGCAAAGATTTGTCAATGTTACTTGCCCCACGCTAAGAATTACA
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TTGTCAATGTTACTTGCCCCACGCTAAGAATTACAATTCAAGCTGGAATT
CGATATTTTCACCTATTCCATCTGTAGAACTGAATAAGGTAAGCTACGTC
ATTCTAATGAAAGTCAATGAAATTTTAGAGAGCTGTCAAAGACGTCAGAA
TGTTTTGTGTGGCGCTCTCTTCTCAGAGGAAAGGTAAGCTACGTCATTCT
AATGAAAGTCAATGAAATTTTAGAGAGCTGTCAAAGACGTCAGAATGTTT
TGTGTGGCGCTCTCTTCTCAGAGGAAAGGCTTGTTTCAACACAGATATCA
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AAACCTGGCCAAAAGAATTTACCAGCTGAAAGATTTAATCCAGTTACCAG
CTGAAAGATTTAATCCAGGATTCGAATGTCCGTACGGCGTCAACTTTTAC
AAAGTGTTTGTGACAAAGAAACAATATGAATCATTGGTGCACTCCGCAAA
CACTTCGCCTTATAAACGAAACACCGAGGAACAGTTGCAAGTCACTTCGC
GTAAAAGGATCACCAAATTACCCTTAGCCTTCAGCAACAAGAATACGTCC
AGTGAATCTCTCCAGTCGTTAAATTCAAGAGAATCGTTGCTTTCAGAACA
TAGTTTTGATTCGAACAGTTTGAACGATAGCATGGAAAGTATACAAAGCA
CTCATGAGACAGAGGAACAGCAAACATCACAAAATGCTCCAACGGAGGAT
TCGAATGTCCGTACGGCGTCAACTTTTACAAAGTGTTTGTGACAAAGAAA
CAATATGAATCATTGGTGCACTCCGCAAACACTTCGCCTTATAAACGAAA
CACCGAGGAACAGTTGCAAGTCACTTCGCGTAAAAGGATCACCAAATTAC
CCTTAGCCTTCAGCAACAAGAATACGTCCAGTGAATCTCTCCAGTCGTTA
AATTCAAGAGAATCGTTGCTTTCAGAACATAGTTTTGATTCGAACAGTTT
GAACGATAGCATGGAAAGTATACAAAGCACTCATGAGACAGAGGAACAGC
AAACATCACAAAATGCTCCAACGGAGGATATTTGGAAAGATGGTATGAGA
GAAATCCACATCTACGTCCAAGGACATTCCAGTACGCTATTGGTCCTATT
CATGGAACAAAAGAAGAAGTATTCTGAAAAGAAAATCAAATCCTTGGATA
TTTGGAAAGATGGTATGAGAGAAATCCACATCTACGTCCAAGGACATTCC
AGTACGCTATTGGTCCTATTCATGGAACAAAAGAAGAAGTATTCTGAAAA
GAAAATCAAATCCTTGTGGGGAATGTTACTGCCTCAGTTGGGCGATCTGG
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TTACTGCCTCAGTTGGGCGATCTGGAAGCACAAGTCAAATCACTTGTTTC
AAATGAATCCGAAAAGGATGGCGTGGATTTGGAGCGGATCAATTACGTAC
AATATGACAAACTAAAGCACACAGTAAAAAGATGGCGTGGATTTGGAGCG
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TGGGTGAACCAGTGAAAGTTCGTGATTATAACACCATTGATGGAGTGCGG
TGTATTCATCATCAATTTCAACAATCTTCTTCCTTACGAAGCATCACCTT
AAGGTAAGTAATATGGGTGAACCAGTGAAAGTTCGTGATTATAACACCAT
TGATGGAGTGCGGTGTATTCATCATCAATTTCAACAATCTTCTTCCTTAC
GAAGCATCACCTTAAGGTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_040021XLOC_040021-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000452_pilongenomesc0000452_pilon:20469..35759 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1300-1410:112
Aaloc1234-1296:10179
Aaloc1159-1233:10701
Aaloc1039-1158:10976
Aaloc712-1038:11590
Aaloc685-708:11705
Aaloc616-684:12610
Aaloc520-612:12900
Aaloc385-519:13141
Aaloc274-384:13934
Aaloc127-273:15043
Aaloc1-126:15292