XLOC_039941 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_039941
Unique NameXLOC_039941
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000048_pilon:476976..482969-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_039941 ID=XLOC_039941|Name=XLOC_039941|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5994bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000048_pilon:476976..482969- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAATGGTTTAGAATATACTTGGTCATTTTTGGTGTACTTTGTGTTTG CAGTAACCGAGTTCGATCAGCTGAAGGTGAGATTTCTCTAGAACTTTGTC ACTTTTCTATTTTATTTTATATTAATGCTGTCAATATGTTTCCGCAGCGC TCGTCATTCGGTTAAAATTCTTCTCCTTTTCGGAAGTTTTCGGACTCTAA ATATGCTGAAAAACTGCGGACTCAGCAAACGGTTAACTAAAAATCGATTC ACTCGAAAACTGCTGGAGTTTCGAAGGGCAATTTTTTTTGTCAATTCTAC ACCCTATTAGGAGCATAATTTCAAAAAATTGCCCTGATATAAGGGGTGCC CTACGAAAACCTGTTTTAAGGCCTTTTCTGAATCTCGGACGCTGGTCTAT GTCAAAAGAAAGTGTAATCTCTCTTTTTAATGGATCAGAAGCAACGCTCG CTTTCTTCATTTTTTGGACCTATAAATTAACCTCTGTCCGTCCGTCCGTT CGTTACCGACTTTTCTCGAGATTGAATCATAAGAATCTTTTGATTTTTGG TACAAAGGTGCAAAATGGTGGTGGCCAAAATGTGACGGAGCCCGATTTTC GAAAAAAATTTTGGGGGCAAATTTGGGCTTAAAACGGCTAAAAAACGGGT TTTTTGGATCATTAATTTTTTCTGATTTATTACCATCATATGTAAAAGAT GGCTTAAGCAGATTTTTGCAAAAAAATATTTTGTTGGCTCAAAAAACACA TCTTTATCTACAAGAATCACTATTTAATAAGCATACACCTTTTTTTTTTT TAAGAAACTAGTTTTACCAAGTAGCCTCAATGTTTCTTAAGAAATCGGTC TTTTGAGCCTTAAATGTTTCTTACATGTTTCTAAACTTTGTCAAGCTTAA AGGACGCATTTCGATAATACAATAGTCTAATTGACTAATCCACGGTACTT TCCTATCTTCTATATAGATTTTCTGACTTTCTCAAGTGTTTCTAACTGTT ATGTATGTATATTTCTGGAACCTTGATTGGAAAGTTCTTAAAAAAAACAA ATTAAAAAATGCTATTTTCTCATTCTCAGCCTCAGCATGTTTCTTAGATG TTTCTTAGTTTTTAGGCATTCTGAGCCTCATGTTTCTTAAAAGTGTGTTT CTTAAAAAAAAAAAAACGTGTACATCAATGTTCTTAGTCAAATTACTCAA TTTCTTTTAGAATTTCAAATTATATTATTATCATGTTATTTTTTCTAATC AGCCAAACCAGTGACAAAAGTCAAAGCATTCAGAATTGGTGTAAATCGAT TCTGGCTGCACTGCTTTCCGAGGGGCAAACAAGCAATTAATGGCCGGAAA TTCGAATGGTTTTACAACGGAACGGCCCTCAAACCCAATAAACGTATTAA GATCCGTGGATCGAACACTTGGGTAAGAATTCAAAAACCAACAGCACAAG ATGTCGGAAAGTATTCGTGTAAAGAAATTTTGGCTGGCAATGATAGAAAG ACTCTTAGCATTTTCCATGTGAAAATTGGTGAGATTATTATTCTAAACCA TACTTGAGTCTTTAAAGCTCAAACCTCCATCTCATCTGTAACTCGAATGT CTCCTCAAACTTCTTAACATGTTTTCTAGTCCCTCCAGTTAACAATGCCT TATAAACCAATCTCCTTGACCCCATATTTCCATAATTCGAACAATTTTGT GTTCCCCATGCGTGTTCGAGTTATAGAAATTCCACGGTATTACAAGCTGA ATCTGATCAACTCGCGTTCGTTTAAGTTTTGCAAACTTTGATTTTTCTAT GGAATATTCAAGCAAAATAATAAATCGAAAATTTTAGTCTATCAATCCCT CACTTTTCTCATGCTTCGGATGGAGCTAAATATGGCCATTATATCATTTA GTATACTTTTGGATTCGATTCGATCCGATTTGAATAATATAAAGTTACAG GCCTAACCAACGTGCATACAAGCCAGTTAACTTTAGAACACCATGATGTG ATATAAAAGTGACATGGTTGGTTGATTTGAATAATAACCCCGTCACCAAC ACTTTTTAAAGTTCATTTTCTATCGTAGACCAATCAACACTTGAATTCAT TAACAAAAATCGTCCGAAGAACAAAATTGTATTGAGCGGTGATACTACAA CCCTATATTGTAACGCAACTGGTACTCAGCCAATCAAATATAAGTGGTAC AAAAACAACAAGAAAATAAGGCGCACAAGTCGTCCGTATTTAATCCTCAA GAATTTGAAAACAACAGATTCGGCAAAATACAGCTGTAAAGCAAAAAATA AAGTGTTGAATATACGATATGATGTCAACCTAGATGTAAAAGGTATGTCA ATTTTTAACGTTTTTGTTCAATTACACTGTTGTGCTTAATTGTAAGGGGG GGGGGTCACTTTCGGAAGAAAATATCCCAATATAATTTTATAATGACCCT CCCCCATTTTTGGAAATTTTCCTGAAAAAGTGCACAAAACCTTCATTTCC CTAGGGGTTTTGGGGAATTGCCCCAAAATCACTAATATCGATCCCCCAGA GTACCAACCTGCTTATTCCCCTACAATTAAGCACAAAAGATTAGTGACCT ATTATTGTGTTCCTTTTGATTTGGAATATATTCGGCACTAACCTAGAATT AAACAATGGTACTTGATATCCTTTAAAAAGAGCAATAAAGTAGATAAGTT GAGATGGAACGACTTGCTTTGGCCGAAAGAAAGAGCTTTTGAAAGATAGT CAAGTTTTTGAGATCTGCTCTGACTATAGACTTATTTACTATTTACAGTA TTAGGTAGTTTTGCTTCCTAGACCTACTTAGTACACTATGCATTATAAAT TCATCTTTAATTTACAGCAAGGGCTAGGGTTAGTCCCTACATAGAAAAAG ATGGAGATGATGATGACGGAAAAGCTATCGTTGGTTCAACTGCCTCTCTT TCATGTTACGAACTTCAGAGCCCTACTTTACCCAAGTTCGTCTGGCTTAA ATGGAAAGGAGCGGCCAATTTAACCGTATTAAACAAAATCGCTGAATCGT CAAATAATTTAGTCGATTATGCATCAATGGTTGAGATTTTACCAGCAGAT AGGTATAAACAGGTGTCCAAGAAAGCTTTCCGATTGAGAGATCCAGAACA TAGGATCCATGGCGTGGACCTGATATTTCCTGATGTGACGCTATTCGATC GTGGATTTTATACGTGTTTAGTTTCAAACCAAGCTGGATACGATTACAAA ATCACTTATTTTAACATAGAACGATCACGTAAGTTTTTTACTTTTTCATA TTACAGTTGACTCTCTCCTATTCGATCTTCAACGGACCAAAAAAATAATT CGAATTAAAGAAATATTCAAATTATAGAGAGTAATTTAAACAAACTTCCA CACGAGGGGACCAATATTTTAGTGCGAATCACGGAAAGATTCAAATTTAG AGAGAGTTAGAGAGATTTCTATTGTAATACCCCCGAAACAATCCCACAAT GCATCGCTTTTTTAGAAAAATCAAAAACTCCGATAAGATCTATATGATAA TCACATACCATGTAGATTTCAAGTTTTAAGCATTGTTTCTCTTCTTTCAT TCCAGGAAAACCACGGATCCCAAATAATATCACTGACCTCGCAGAAAAAA TTGGAGATGATGTAGAAATTAAATGCTTTATTCTAGGAGAAGGACCTCTC AATGTTACATGGTGTGTTTTATCATTTTATTTACTCTCATGACTCAAGAT ATTTTCTTCAGTGTAAAAAAAACCTTAAAACTAGGAATTCCAAACTACTA CTGTACATACACTGAACTCACTCTAATTCAAATTATCATTATTTTTTTCT GTAGTTGGTACTAAATCATTGGTTGCCTCAGTTTAAAAATGGTATAAATT GCTCTCTGTAATTCGAATCTTTCTCTAATTCGAAGAAAGTTTCAGGTCTT TTGAAGATCGAATTAAGGAGAGTCATAACTGTAAATTAGTTTAAGCTAGT GTTTTTGTATTCCTAAACTGTAACACGTAGGGGCCCCCACGTACTGTAAA GAAGATTCGGATTCGCAGTTGATATGATCTTCCATTCTTTTTGACAGGTA TAAAGATGACGTACCAATCGGTGAACTTCAACATATTAGTAAATTCCAAC AGCGAAACCATCGCTCAATATTCAAAGTTTCCAATTTCAAATCCGCTGAT GCAGGCTATTATAAATGCAGAGCCAAAAACGCTTTTGGAGAAGCTAGCTA TACTTTTAAATTAGTACCCATGGTTACTAATAATAATGCGGTACCGAAAA TAATAAAGGATTCAAAAACGACTTATCAAGTTGGTATCGGGGAAGATCTG GAGATTAAAATACAATACGTCGTTAAAGGAATCGCCCATACGCAATTACT GTTATATTGCGGTGGTCAAACTGATAACCCGTTATGCGCTGGAGGACGGA AGACTTTATCGGGGACATTTCGGGTGTTAGATGTTCCCAGAACAATGGTT TCTGAAGGAGATAACCACACCGTAATGTTGTCTTTCAAGAAGATCAACGA ATCGTTGTATGGCAACTATAGTGTATTTGTTGGAAACGCTCTTGGTTACG ATTTCATTAATGTAACGATTAAACCCGCAGCAGGTAAGTACTCATGTAAC AGAGATTCTCTATAAATTTAAGGTCAATGTTTATTGCGCTTTCTTGGGGA AATCATGGGGAAACAAAAAGATTACTAAAGAGATGCATCTTCATTATTGA CTAAATTCAACTCAAATTTAGAACATTTTTACGATTTGCTTTGATTAATT TGGCTCAAAATGTTTGAGAGAGTTTCTTCCTGAGTCTTGAGCTTGTGCAG TTATTATGTATATAGCTTAGAGCACTAATTTCATCCGCATTTTCTCTCTT AGTCAAACCTGTAATCCTGCACATGCGCACTACAACTTTCATCACACAAC TTGGCGTGGATTTCATGTTCCCAGAATGCAAAGTAGTCATCCAATCAAAA TCGCTAGCTAAAATCACATGGAAAAAATCATTTAGTGATATTGCGTCAAG TGAACGTCATATTGTCCGACAAAACAAACTCATGATTAAAGATGTTCGGA ATTCAGATGCTGGTTATTATACATGTAATGCTCGAAACTCCGCTGGTAAG TCTTTCGCTGGTTTAATTAATTCACAGGAGTGATTCTTCAAGCTTAGATC ATCATCACTGTGAAAAAATCTTTCAAAAATATTCATTCAATCAAAAGATA TCAAACTAAAATTATTGCTGGTTAACTCTATAAAGTAATAAAAAAACGAC AAATAATTTGATTGAATGAATATTTTTGAGAATTTTTTTCACAGTTATGA TGGTCAAAGATTGAAGAATCACTCCTGTGAAAATGGTAATTATACCACAT TTCTACAAGAAGTTGATTTTTTTCTTCTTCATTTTTCATTTTCAATTTCC TTTATTTTTCAATTTGTTTTGTTTGATAATATTCACAACTATCTTTTCAA CGACCACAAAATCGCAACTTCATTCAAATTCTATCAAAAGTTACAGCCAT TTTTTGTCTCAACTGCAAATTATTTTGAGACAGACTTTATGCACCAATCT CACTTTTCTTATCATAAGCATCTCAGCATTTTAATTCAAACCACTTTGAA AGGAATTCTTATTTTAACTTTTTCAACTTTTCATACTAGGTGAAGACCAA GTCCGTCTGATATTGAAGGTATGGCCTTTAGTAATCAACAAGACATCACC GGCTCTTATAACACGCCTTGGTAGGGGAACCGTAGAAATCTTTTGCTCTG CATACGGAAACACCCGAAATATGACCGGAACAATCGAAAATGCGGGTTAC CCAGTACCTAACGTTGTCAAAACAACCAAAGACAATTTATTTATGGTGAA GGTGAATGTAACTGACGATGGAACTTTTGTTTGTACCATTCAAAGTGGAA AGGAGAAAGCTCAAAGCGCAACCGTTGTTGAACAATTTCATTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000048_pilon:476976..482969-

>XLOC_039941 ID=XLOC_039941|Name=XLOC_039941|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4434bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000048_pilon:476976..482969- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAATGGTTTAGAATATACTTGGTCATTTTTGGTGTACTTTGTGTTTG
CAGTAACCGAGTTCGATCAGCTGAAGATGGAATGGTTTAGAATATACTTG
GTCATTTTTGGTGTACTTTGTGTTTGCAGTAACCGAGTTCGATCAGCTGA
AGCCAAACCAGTGACAAAAGTCAAAGCATTCAGAATTGGTGTAAATCGAT
TCTGGCTGCACTGCTTTCCGAGGGGCAAACAAGCAATTAATGGCCGGAAA
TTCGAATGGTTTTACAACGGAACGGCCCTCAAACCCAATAAACGTATTAA
GATCCGTGGATCGAACACTTGGGTAAGAATTCAAAAACCAACAGCACAAG
ATGTCGGAAAGTATTCGTGTAAAGAAATTTTGGCTGGCAATGATAGAAAG
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AGCATTCAGAATTGGTGTAAATCGATTCTGGCTGCACTGCTTTCCGAGGG
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GCCCTCAAACCCAATAAACGTATTAAGATCCGTGGATCGAACACTTGGGT
AAGAATTCAAAAACCAACAGCACAAGATGTCGGAAAGTATTCGTGTAAAG
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CTCAGCCAATCAAATATAAGTGGTACAAAAACAACAAGAAAATAAGGCGC
ACAAGTCGTCCGTATTTAATCCTCAAGAATTTGAAAACAACAGATTCGGC
AAAATACAGCTGTAAAGCAAAAAATAAAGTGTTGAATATACGATATGATG
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CGTCCGAAGAACAAAATTGTATTGAGCGGTGATACTACAACCCTATATTG
TAACGCAACTGGTACTCAGCCAATCAAATATAAGTGGTACAAAAACAACA
AGAAAATAAGGCGCACAAGTCGTCCGTATTTAATCCTCAAGAATTTGAAA
ACAACAGATTCGGCAAAATACAGCTGTAAAGCAAAAAATAAAGTGTTGAA
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TCAACTGCCTCTCTTTCATGTTACGAACTTCAGAGCCCTACTTTACCCAA
GTTCGTCTGGCTTAAATGGAAAGGAGCGGCCAATTTAACCGTATTAAACA
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ATTTTACCAGCAGATAGGTATAAACAGGTGTCCAAGAAAGCTTTCCGATT
GAGAGATCCAGAACATAGGATCCATGGCGTGGACCTGATATTTCCTGATG
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GGATACGATTACAAAATCACTTATTTTAACATAGAACGATCACCAAGGGC
TAGGGTTAGTCCCTACATAGAAAAAGATGGAGATGATGATGACGGAAAAG
CTATCGTTGGTTCAACTGCCTCTCTTTCATGTTACGAACTTCAGAGCCCT
ACTTTACCCAAGTTCGTCTGGCTTAAATGGAAAGGAGCGGCCAATTTAAC
CGTATTAAACAAAATCGCTGAATCGTCAAATAATTTAGTCGATTATGCAT
CAATGGTTGAGATTTTACCAGCAGATAGGTATAAACAGGTGTCCAAGAAA
GCTTTCCGATTGAGAGATCCAGAACATAGGATCCATGGCGTGGACCTGAT
ATTTCCTGATGTGACGCTATTCGATCGTGGATTTTATACGTGTTTAGTTT
CAAACCAAGCTGGATACGATTACAAAATCACTTATTTTAACATAGAACGA
TCACGAAAACCACGGATCCCAAATAATATCACTGACCTCGCAGAAAAAAT
TGGAGATGATGTAGAAATTAAATGCTTTATTCTAGGAGAAGGACCTCTCA
ATGTTACATGGAAAACCACGGATCCCAAATAATATCACTGACCTCGCAGA
AAAAATTGGAGATGATGTAGAAATTAAATGCTTTATTCTAGGAGAAGGAC
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AATAATGCGGTACCGAAAATAATAAAGGATTCAAAAACGACTTATCAAGT
TGGTATCGGGGAAGATCTGGAGATTAAAATACAATACGTCGTTAAAGGAA
TCGCCCATACGCAATTACTGTTATATTGCGGTGGTCAAACTGATAACCCG
TTATGCGCTGGAGGACGGAAGACTTTATCGGGGACATTTCGGGTGTTAGA
TGTTCCCAGAACAATGGTTTCTGAAGGAGATAACCACACCGTAATGTTGT
CTTTCAAGAAGATCAACGAATCGTTGTATGGCAACTATAGTGTATTTGTT
GGAAACGCTCTTGGTTACGATTTCATTAATGTAACGATTAAACCCGCAGC
AGGTATAAAGATGACGTACCAATCGGTGAACTTCAACATATTAGTAAATT
CCAACAGCGAAACCATCGCTCAATATTCAAAGTTTCCAATTTCAAATCCG
CTGATGCAGGCTATTATAAATGCAGAGCCAAAAACGCTTTTGGAGAAGCT
AGCTATACTTTTAAATTAGTACCCATGGTTACTAATAATAATGCGGTACC
GAAAATAATAAAGGATTCAAAAACGACTTATCAAGTTGGTATCGGGGAAG
ATCTGGAGATTAAAATACAATACGTCGTTAAAGGAATCGCCCATACGCAA
TTACTGTTATATTGCGGTGGTCAAACTGATAACCCGTTATGCGCTGGAGG
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TGGTTTCTGAAGGAGATAACCACACCGTAATGTTGTCTTTCAAGAAGATC
AACGAATCGTTGTATGGCAACTATAGTGTATTTGTTGGAAACGCTCTTGG
TTACGATTTCATTAATGTAACGATTAAACCCGCAGCAGTCAAACCTGTAA
TCCTGCACATGCGCACTACAACTTTCATCACACAACTTGGCGTGGATTTC
ATGTTCCCAGAATGCAAAGTAGTCATCCAATCAAAATCGCTAGCTAAAAT
CACATGGAAAAAATCATTTAGTGATATTGCGTCAAGTGAACGTCATATTG
TCCGACAAAACAAACTCATGATTAAAGATGTTCGGAATTCAGATGCTGGT
TATTATACATGTAATGCTCGAAACTCCGCTGTCAAACCTGTAATCCTGCA
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AAAAAATCATTTAGTGATATTGCGTCAAGTGAACGTCATATTGTCCGACA
AAACAAACTCATGATTAAAGATGTTCGGAATTCAGATGCTGGTTATTATA
CATGTAATGCTCGAAACTCCGCTGGTGAAGACCAAGTCCGTCTGATATTG
AAGGTATGGCCTTTAGTAATCAACAAGACATCACCGGCTCTTATAACACG
CCTTGGTAGGGGAACCGTAGAAATCTTTTGCTCTGCATACGGAAACACCC
GAAATATGACCGGAACAATCGAAAATGCGGGTTACCCAGTACCTAACGTT
GTCAAAACAACCAAAGACAATTTATTTATGGTGAAGGTGAATGTAACTGA
CGATGGAACTTTTGTTTGTACCATTCAAAGTGGAAAGGAGAAAGCTCAAA
GCGCAACCGTTGTTGAACAATTTCATTGAGTGAAGACCAAGTCCGTCTGA
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CACCCGAAATATGACCGGAACAATCGAAAATGCGGGTTACCCAGTACCTA
ACGTTGTCAAAACAACCAAAGACAATTTATTTATGGTGAAGGTGAATGTA
ACTGACGATGGAACTTTTGTTTGTACCATTCAAAGTGGAAAGGAGAAAGC
TCAAAGCGCAACCGTTGTTGAACAATTTCATTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039941XLOC_039941-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000048_pilongenomesc0000048_pilon:476976..482969 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1915-2217:304
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