XLOC_039446 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_039446
Unique NameXLOC_039446
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000068_pilon:340157..351233-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_039446 ID=XLOC_039446|Name=XLOC_039446|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11077bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000068_pilon:340157..351233- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGACTACGGAAGAATTGCTAAGATAGCCGCTGGAGTTGCTGGCCTATC ATTTCTTGGATACTGCATTTACTTTGACAGAAAAAGAAGAAGTGATCCTC TTTTCAAGCAAAAACTCAAAGAAAGTAAGTAGTTTCTTTTTAAGCCGTGG TTACACTACATTAATATCTTTAAAATTTTTGAAATTTTTTAATCAAAAAT ACATTAAAGAAATTAACTATTTTCTTTGAAGTCTTTTTGAANGACCTATG TCCGGGGCTCAATTTTTGCGCCATAAATTTACCCGGACGTATTTCAATGA ATTAGAAAAAAGCCCGCGCGGTCAGCGATTCTATAAAAAGCGATCGCGCG GGCTGTCTGGGGCGTCCAGGGTAGTCTCTCAAAAACAAATAATACGGACC CCGGGCACGCATCAAAAAAACCCCGGACTGTCCGGGGCATAGGCAGGGTC GTAAGCCCCCCCTTCTTAAACGATCCCCCCTCCTTGCTACCTTAAGGGAA GAAATTTTCGCGGGAATTTAATTTCGCGGTTGGTCAAATTATTTTTTTTT TGCGGGAATATAATTTCGCAGTTATCAATTTTTGAAAAATTCGCGGGAAT TTGATTTCACGGTTTCAAGATATTTGACCAAAAACGTTATTAAATAAGTA AAAAACCTGTTTTAAGGCTTGAAATAGTAGGAATTTGGGGGAATGGGTGA AATAAATTAAATTTCGCGGGAATTTAATTTCGCGTACTTGACGATTTTGT AAAATTTCGCGGGAACTTAATTTCGCGGTTTTAGGCAAAATCCGCAAAAA CCGCGAAATTTTGTTCCCGTGAAAATTTCTTCCCTTAAGGTACCCCCCCT TTTTAATGAACATTTCTGATCCCGCTTTTTCACTTTTTTGTAAGGTGTCA TCCCCCTTAAGAAAGGGCGTCCGAACTATGCTTAGGCGGTCATCGAAAAA 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AAAGAAACTTGCGTGGTTGTCATCTAAACTAAAAAAATGGGTAATCACAG CCAAGCACAGAGCAAGCGAACGGGAAGGAAAAAAAAGAAGGAGTGGCCCC GTAAGATGAATTATCAAAAATAAACAAAATTCAAGAAATAATCTAAAAAG TATGAAAGTCATATCCAGGAAAAATTTTCTCCAGAGTTGACAAATGTTCT ATTTTAGTGTGAACATCAACGTTATTTTCATTGATTGCAATGTAAACACT TCCATTATAAACCCAGAATCTGTCAATCAATCTTTCATCATATAATTTCT TACAGGAACTCCAAAGAAATTTTGAATAGGGAGCAAGGTTACAGTTGATA AAAATTTTGCCTTCTAGATTAGCCTTTCTCAGTTTATCTGAAGCGGATTT ACTACCAAGTTTTTTCTTGTTTTGGTGAAGTTTATCACACTTTTTCCTGT TCAAAAATCTTACAATCGTTCTGGCAGATTTATCTTTTTTACCTTTTTTA AGTCTGTGGCAGGCTTCAATGTCATTTTCCTCTATTTTAACACCAATACT TTCTGCAATAGCGATTACTTTGGACTCAAGGTTATCGATTTCGATATCAT CAGGGATTCCACAGATTTCAATGTTGTTCCTCCGGACGTATTGTTGAAGG TTGAGGTTTTCACTTTCCACTTTGATAAGTCGAGATTTGATATCTTTGAT GTTTGATTTCAAAGACTCATTATCAGCTAACAAAATTTCATTTTCACTCT TTAGTTGAGATATAATGTCGGATTTAGCATTACTGATTTCTTTAGAAAGG TCATCTTTGAGTTTTTTTATAATATCTGAAAGGGATTTTTGTGTGATGGT CGATTTGGAAAAATCAGAAGAAATTTCATCGCTGTTAGTATTAATCCACG AACATAAATCATCGACTTCTTGATCGTCTACTGAAGATGAAGAGAGTTTC TTGGTTTTTCTTTTGCTGCTGTTCTTTGGTTTCGTCATTGTAACAAAAGT TCAATCAAAATATTCAACCCACTCAAGGAAGTAAAAAGCTTTTTTGCGTA CGCAAGAGCACGTCTGACCTCAACGATAGTCAGTGCGCGAAGAGATCATG GATCCTGGGTTTTTTAATCACGCCAGTAACTCGGGGGCGGGTGGTAACGC AAGCAAAACAATTTTTCGATGGTCGTCAGAGCAATTGAGAAAAAAGCTAT ACTTTAAAAGAACAAATTGCTTTTCCCAGATTTTTTTCCGCATCTCCACA CCGGAAAATCAGCGGAAAATTTGATGCGGGCGGGTGACGCGAATAGAACA ATTTTTCGATGACCGCCTTATGAAACGGAAATTTCAGAGGAAATATTCGA AAAAGAAAAGTCGAGCTAAAAGATCTTGCTGGGTACGCCTAGTGGTTAAA GTTGAGGGACGAAAAAAGGACCTACAACAACATATTTGTTGAATTTCGTC TAAGTGACCAAGAAGAATTTATATCTTATTTAGAACTTATCCTATCTTTC ACCCCTATCTCTTCCAAACGCTAGAAAATCCATTATTCATTGAAAAAAAT GTACAGAACTATCATGTCGGTGGCTTTGATCTCGAGAGAAGTGAAGAAAA AAACTACCAAGAAAATGGTAAAGAATCGCAAGAAATAATTTCTTTTTCAA GAATTTATATGTCTTTATTTTCTTTAAAAGAGGACTGTTACTGTACACTT GTAAATTTTTTAATCATAAAGGGCCCATAAAGACTTGATTAAAAAATTTC AGAAATTTAGAAATAAGTTAATGTAATGTAATGTAACCACGCCTTTAGGT AATTAAGCCTACATCACAAGCTGTTTCTTGCACCATTTCTGCAACTTTCA AGCAAATATTTGGAAAATTGTTTCCATTATACTGTTTAGGTATCAAAGCT TCTTTCAGTTAGGAACATTTGGCAAGTTCCTGTCAAGTCAAGATCTAGAG TGCACAACTCGGATAAAGTCGAGTGCAGGTGCAAAATTTGAGCTTTTCAG GTACAAGTGCAGACGGTTTTTTAACCTCAAGTAAAGAGTTCAGCTATTTT TTCCTCAAGTGCAGCTAATTTTAGCATTTTTTGCCTTTTTGGGCAAAATT TATTAGGTTTTCCAGTGCAGCCTTGCCATACTCTGCAGACTGGGAAGACT CGATAATCGTTTGAGTACTTTGATTGTTATTGATTACTTTCGATAATTTT GACAACTTCGATAGCACCTAGCACACCCGCATGGCTCGCACCCCCAACCC CCCCCCCCCCCCCGCCCGGCGGAGCTACACCTCAAATTTGCCATATAAGA GGTGGGAGCTGTTTGTTTTTCCTGACAGGCGGGGGGAGCTCTATCTTGGG GGGGACCTGCATAATTTTATGTAACTCTGGGGGCTAAATAACACTTCTTA AATATTTTTCTTTACTGTTTTTAATTTCTCTAAAAAACCTTTATGTCTTC ATGCGAAGTGTGATCTGATCCTTAGAAGTGCACACATATGTAAATAGAGC TTTGGAAATCCTTGCAGGGTTCCCAGCGGTCAGGGAAAACCTGGAAAACC TGGAAAAAGGACTGCTTTTAGAAAAAGTCAGGCAAAACCTGGAAAAGTCA GGGAATTTTTTTCCAGAATGCCTTGAATTTGATGATTTTTAGCCAATCTA GGAATTTCCTCTTTTCAAAATTTTTCTTGTCGGACCCAACCATGGTGGGT CCTCCAAATAATCATCAGGGGAAAAGGGTGGATTTTTAACCAAAAGTCAG GGAAAATTAATCTTGGAAACTGCCTCTTGGCACTATTTCAGAGGGCAATT TTAAGAACTCAAGTGTGCATAAGCTGTATAATGTTAAGTTACTACTAGTT TACTTTACTGTTTATTTACTTGTGTTTTCATTGACTAAATGGTAAAAATT CACATTGAAAAAAAATTATTCATCAAAAATTTTTCCCCTATTATACTGGG ACCTAAAATTTTATCAGGCTGGGGGGACCTTGTTCTTAGGGGGGACCTAA ATTTAGCGGGGGGACCTAGAACCCCAGTCGGAGCCATGACCCGGCGGGAT GGTTGGCGGTCACATCAAATTCATAAGGAAACCAGGTTCTTTTTATTATT TTCGGTTCACGGTAAAAAGGTCTACTAAAAAATTCCTCGCATGCAAAATG TTGTTTTGATTTGGGTATCTTTGTTGATAGCATGCCAATTAGTTTTCTAA TGATTACTACATAGTTAAAAGTTTTCTTTTCAAACATAAGTAGGTGGGAT GTTATTTTGCAAAAATGGCATAAATTCTTAGCCCATTTGTCAAAAGTTCC CTTTGGGTATAAACTGAAGAAAAAATCATGTTAAAACCCTGTGGTACCCT TTTCAAGGTTGCCACGGGCAGGGTGCCACCATCGCTCTGCCAGCAAAATC GAAATTTCAAAAATTTGCAAAACATAGTGAAGTGACTCCTCATTTGAAAG GTATTTTCATGCTGATTAAGAAAATTAATATAATGAGGTTGAATAACACT GTCACTTAAATGTAAACAGAGCAAGCCATAGCAAAATTAAAGATGGCTGA TGAAACAACAATGAAAGTGAAGGAAAAACTTTAGAGTTTCCAGGGGGGTA CTGACCCATAGCCAGGTGGTGGTGTCTATTTTTGCATTTCAAAGTACCGT ACTACTACTACTTTGGGGGTGGGGGTGTGTATTTTTCACTCTTCAAGCAA GTACAGGATATTATTTGGGTACTTTTTCACAGAATTTTGCTGTTTTTCAA TAAAAAAAGTAGTTTGTTGTAATATCTGGTAATATTTTGACTTGGTCTAA 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CGTTTTAACTTTTTATAAGTGAATTTTCAAATATTGGTTCTGACCTTTTT CTATATGTTCAATAATATCATAGCTTCAGCCAGGTTTCTAGCTCCACCCA ACAAAGTAAGGTCCCCCAACAATTTAGCTCCCCCCAAAAAATTGCCTTGT GCTAGGTCCCCTAACACTTCAGGTCCCAAGATAAACTAAAACAAAAACAT TTTTCTCTCGTCCCCGTACAGAGAAGTCCTGATAAATGAAAACTAAATTT TACTTGTATTAATATTTTGTGTACAAATCTTTAGCTTTTTGTATTTGATT TAAAATAGTAAGATAAGAGATCTTTTGAAATTAGCTGAACAGCCCCCAGA GTCTCAGTCAGATCATCTAGGCTCCCCCCAACAATCTAGATCCCCCCAAA TATTTTGGTAATTTTAGCCCCCAGGCTCTTTAAAGGCCAAAATATTTCTT AGCTCCCTCCCCCCCCCCATAAAAAAAGTAAGGGGGGGCTGAAGCTATGA ATATGTTCACATTTTATTTTATAAAATTTTTCACTTTGCTTGTAACGTCA TCAAAAACAACAATGTTCCCGGGCGCCCTCGGTAAATAATTTCAAAGTGT TTGATTGATGATTTTGTTTATCACAATGGTCACATTTTTCAAAACAACCA ACAGAAGTTAGTTCACAAACTAGGTAACTAAAGCACTTTTTATGTGATCC TACATAGCTCTCCGGCTCTAATGCTTTTGAGGAGAAAATTTCTCTTGACA ACCAGTGACAATGGTATCTAAAACACAAATGTGCTCTTGTGAAAAATGTA AGATAATACCCTTGCAATGAAGCTGTAAAGTAACGTCAATATAGTTCAGT TATTTGAGTGCTGAAAATAATTTACTTTTCGTGTAAAGACACACGGAAAG CTTTTTTAAAACATTCATCAACCTGTTCACCTGTTCGGTAAAATATACCC CTCATATATCATAAACACAAATACGGGGTATATCTTGGTCAGGAATTCAT ACAATATTCCTATCACGTATGTCAAAATCAATTTGAGGATGCACACAACA CACCAACAAGGCCTCATCACAAATATTTAAGGAAAAGTAGATCTAGAGAT CTCTGTGCACCTGGTTACACCTACATTAAGCAGTGGTACCATTAGGATAC TTGTTTTAAAAAACTTTGAAATGTTCTTTATTTAACATCACTTGATGTAT TTGACTTAACATGGTCCTGGTGAGCGTCTATTTGATTTTGAGTGTATTAT TTTTAGAACATACCAGATTTGAAAGATCAAAATGCCATTCAACAATTTTT CCTTGCTTCTGTTGAAGAAGGAGAAAGATATTTGGCCATGCAAGATTACG AAAACTGTGTCAATAGCCTAACACAAGCCATCGCTGTATGTGGTCAACCT CAGCAATTACTTCAAGTCTTCAGAACTACGCTACCTCCTCAAGTTTTCCA AATGTTGTTAGCAAACCTTGCAGCATTAGGTGAAAATCAACCTGCTGGTG CAAGTGGTATGAATGTTGCAAGTGGAATGAGCGTTGGTGCTCCTATGGGT GTAAGTAGCTTTTATAACTACTTTAAT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000068_pilon:340157..351233-

>XLOC_039446 ID=XLOC_039446|Name=XLOC_039446|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=984bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000068_pilon:340157..351233- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGACTACGGAAGAATTGCTAAGATAGCCGCTGGAGTTGCTGGCCTATC
ATTTCTTGGATACTGCATTTACTTTGACAGAAAAAGAAGAAGTGATCCTC
TTTTCAAGCAAAAACTCAAAGAAAATGGACTACGGAAGAATTGCTAAGAT
AGCCGCTGGAGTTGCTGGCCTATCATTTCTTGGATACTGCATTTACTTTG
ACAGAAAAAGAAGAAGTGATCCTCTTTTCAAGCAAAAACTCAAAGAAAGA
AGGGAGAGAGCCAGAAGAAATGCATCAAATTCAAAGAAAAAATTGGAAGG
GAGAGAGCCAGAAGAAATGCATCAAATTCAAAGAAAAAATTGAACATACC
AGATTTGAAAGATCAAAATGCCATTCAACAATTTTTCCTTGCTTCTGTTG
AAGAAGGAGAAAGATATTTGGCCATGCAAGATTACGAAAACTGTGTCAAT
AGCCTAACACAAGCCATCGCTGTATGTGGTCAACCTCAGCAATTACTTCA
AGTCTTCAGAACTACGCTACCTCCTCAAGTTTTCCAAATGTTGTTAGCAA
ACCTTGCAGCATTAGGTGAAAATCAACCTGCTGGTGCAAGTGGTATGAAT
GTTGCAAGTGGAATGAGCGTTGGTGCTCCTATGGGTGTAAGTAGCTTTTA
TAACTACTTTAATAACATACCAGATTTGAAAGATCAAAATGCCATTCAAC
AATTTTTCCTTGCTTCTGTTGAAGAAGGAGAAAGATATTTGGCCATGCAA
GATTACGAAAACTGTGTCAATAGCCTAACACAAGCCATCGCTGTATGTGG
TCAACCTCAGCAATTACTTCAAGTCTTCAGAACTACGCTACCTCCTCAAG
TTTTCCAAATGTTGTTAGCAAACCTTGCAGCATTAGGTGAAAATCAACCT
GCTGGTGCAAGTGGTATGAATGTTGCAAGTGGAATGAGCGTTGGTGCTCC
TATGGGTGTAAGTAGCTTTTATAACTACTTTAAT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039446XLOC_039446-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000068_pilongenomesc0000068_pilon:340157..351233 -
Properties
Property NameValue
Aaloc172-492:322
Aaloc127-171:2121
Aaloc1-123:11078