XLOC_039161 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_039161
Unique NameXLOC_039161
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000348_pilon:146376..151942+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_039161 ID=XLOC_039161|Name=XLOC_039161|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5567bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000348_pilon:146376..151942+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAACGAAAGAAGTTCTGTGTTCACTTACATTTAGTTGCACTTGCCAGGAA GTTGAAAGAAGGAATAATTGATCAATTAAGCTATGCTAAAGTTAATCCCA CTAAGGACTCAAATCTAACTGAAAAAACACCTAAATCAGAATTGGCTGAG ATCTCAACAGCTGTAACCAATACCATATTGATtcagaaatcaagaaaaat tcCATTGGATATTCCACCAACGGTCCTAGCAGAAAGCCTTAAACTGGATG AAACAATTGAAGTTTATGTCCCTGAAGAAACTGATTGTTCACTCTGTGGA AGCGCCTTAACAGATCCAATGAATCAAAAGGGTATGGAACATGGATACCT GATAACAGAGGTTGTCTCATTCAAAAAGATTAAGATAAAgatcaaaaagt gtaaaaattcAGATTGTAATGCTACAGTTGTTCTATTTCCATATAACAAA GGTAAGAAAGTGTTTTATATGTTGTTTCTATTTCATATTTgtctaaaacc taaaaaagcaaatcatcttgaaaattaaaatttagaataatttgaaaaca aaaattatttgtaCTTAGATTTTATTTGTTCGTTAGTTTAAACtaccgta ttactttgaataagtgtctggggcgtttatttaattttttcgattttagg aggagcgtttattaaattatttgagtCTAACGTGTAATATTTAGAACAAA TGTAGTCTTTATTTAAGTTATATATATCAGGATTTTTAGTGCTAATTTCT TTAGTTCATcgactaaaattgcatcgaaaactgctctggttTATATTAAA TGACTAAATTCCTTTTCGATCCCAATCAACACTTGTATttgcgtttattt gagggggcgtttattaaataaattttcttttaggaggggcgtttaaaaaa aggGGGCTTTACtcaaagtaatacggtatacTCTTTCGTAACATTCTTTA AAGATAatgcttttttttcaaaggactTTTCAATATCTCCAACAAAGTTT TGTTAAGTCTAAGCATAATGGTGGAATGGCGTGAATTTTTGAAAGATGGT ACACCAGTCACAAACTTCATCACAAGAAAGCTAAAAGGCCTTCAATTGAA ATTACCTGTGGTAAAGAGATACtttttttgaaactagttttcttGTTAAA GCTACCTTCAAATCAGCTAACATGGATCATTTGAGAGTAAGACTTTTTGC AAAGAAGATCCACAAAATTATGAGTAAATTTGCCatttaatcaattttta ttgttttataaaTATATCCAAAGTGTCATTAAATTATTAGATGAAAAGAT TCAGAGTTGAGAGGTGATATGTTTTACTCCAATGATTCATGTTTGCAGAT TTGACTGTATGATATTACTTTGATAGTAGGAATTGGCTATACTTGCTTTC TTTCTAAAGTATTTATCTCATTTTTGGAGGTTAAAATCGCAAGTGTAGAT ATGTAGGATTATATATAATGTTTAAAATAGATCAAATAAAGAATTTTCAT CAAAGGTTTGAACTACTAATCAAATGAGACATTTTTGACAACTTTCTGCT CACCAAAATTTGTTTGCTTGATTTTTTcacaataaattgaaatttctatt tATCTAGGCATCACGCTTGAAAGCATCAGAATTTGACTATCTTATCAAAA CCATTTATAATGGATACTATGCATTTGAGGCAATGACAGAGAGAAATTTG GTTGATGCCGTTTGTGGGATATGTGGGATTGCAGGAAAATTGTACTTCGG AGATGGCAATGAGAAGAATTGCACCTCAATAAAGGAGGTAGCTATGTCAC ACTTTTTAATGTTAAGTTTGAAATTAAATCACCTTCTAATTCTTGTGTTT TGAAGTTATTTAAATAGTTGATAAGGGTCGTAATGTTCAAATTGTGAATA GTCTACCAAACTTTGTACAGATTTCACCCACCATATAAGTAGATTCAATA AAGAAGGGGTGCCAAAAATTTTGTGGCCCTAGTGACGTCATAGCAacaat ttttgcattttccaaGCTAAGTTTTCAACCCCTCAGAAAAATGCGAAAGT CAAAGTCGCTAAAACCCAAAATCACTTTTACCATTCGAAAGCTTTCAAAG AACGATATAGAACACATTTAAACAGATATGGTCGATTTCCTAACGTAACT CATGTAAAGCCATCACTTTCTGCTTggaatttgacgtcaattgaCCTAAA GTAACATCTTTGAAGTCAAATTGCTCTACTATTTACAATTTGAACAATTC AACGCTTATCGACTCTACTAAAAAGGATAACACTGTTGAAAACACTTCTC tttttttGTTTAAGGTTAATCTAGATGATAACTTAGAATCAATACATAGT TTGACATCAACCGATTATCAGACAAATATGATGGATGTATTGACTTCTCA CCTTTTGGAAAAGGGGGCATATTTAAAACATGTACCTAGTCTTTCTTTGA ATCTCTCAGACATTCCTCCACTTATTTCCCCATTAATGAGATCGCATGAG ATAAACACGGAAACTGAAAAAAGAAGTACATACCTAGATGATACAGATGA GGTTGAAGGTATTTTGTTTGAAGGAATTTGTATTCTAAGCATAATTAAAA GAGAATGAGGAGAGAGGACGATTTTGCTTGACGTTTTGAATGAAAACCTA CAAACTATTTTTGAATGGCATATTGCAAGAAGTTATATAGgaaaaatacc aaaagatttaattttggggagaacttattttggcgagtgaacaaaatatt taattttggcgggaactagtTTTGGggaattttcgcaaattttgtctaaa ttcacCGAATTCCCAAAAATTTGTTCCTGCCAAAAAGAGTTCCGTTAAGG TAAGTTTCTATTTTTAGGAGATGCAATGAtgctttcaaagattttaagaG ACaaaaaaaCCACAATTGATTCTATTGAAACAATGAGTGCCAATGAGCTT AAAGATTTGGCCAAATCATGCAAtatcaaaacatcaaagaatGGGTCaaa aaaaTCACAGGTTAACACTTTAATTCATTTCTGCAGATATGGTAAACTGC CCTGGCTGATGATTTTTATCAAGATAAAAATAAGAGGTagggcaaaaata aaataagagtGAGGGTATTTTTTCGTCAGAAAACTCTTGCTTACCGTGCC CCTTTTTTGAATGCGTTCTTGTATTTTTACAGTACATATGAAAtagtttt agccaatcagattgctcatatttttcataataaTAAATAACAATAATATC AATTAAAAGCCAAGATTTTATTAAAGAATGCACAAAAGTTTTCGTAAGTT TCTCTCACACTATAAAgtgtaaaagaattttttatcataaaaattaCTGA CAACAAAATGGAAATTCAAAAGTCTTGTGATCAAAATAATGTGATACCAA GTTCAATTTTAGCAAATTTTCTCTTCCCTTAAAAATGTAACAAACTAGCA TAGCAAATTTTACAGGTTCATTTAATCCAATTTTCTTTTGGATTcctgaa gaaataaataaaacattgaCTATTGTATTTGTAAACtgtaaatttgatga aaataacTTAACTTTTATTTAAAGGCTATGTTGAAGCTTAACTTAAAACA ACTCTATGCAACAATTCTAGTCGGAACATCTGCTTGTCATCAATTTGTCA AGTCTCCTGGTCATACTGGTGGATTCTATCACCTTGTTTGTCCTCACGGA GTATGTATATCTACATTAAACTTAAGAGCAGATTCACCTAAGAATCAGCA TAACTTTCCAGCCGTTGGTGCTAGAGAGCTGAaattgtgtgtgtgtgtgt gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgt gtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgATCCACCCAAGATGTGTGACCTTATCT CAAAATTTCAGTAGGATTTGAAGACTTTATATTGAGCTCTTCTGATTCTT AGGTGCATCtgctcttaaaattttgatacatttatttgaaaatgttaaaa attttgcCACGCCCACTTATATTTCAGGCAATCTGTAGTTTATATTGGAG AACAACCATTCAAAATTCTACTCCGTAGGGgtttttcgttgattttggtt tggtttttaaatgaacttttttgGGTCAGGATCATAGGTGGCACCTATGT ATTTTTATCTTTGTTATccacttttcaaaaacaaaggaatttttCAACCA TTATAGAttgatcaaaacaaatattttcatgaaaTGCTATAAGATGTGGG CACTAGACAACCTAATtgcattttttattcaaaaaatgttttacaaatgt ttttatttaaaataaaatagattttgaatgtttaTAAGTTACATAGCAAC TGGCAGTGACAGCAAAATAAAggaaatcaaatgaaaatcaaGGCCTGTCG GGTTTATGTCGATAACATCCTAAATTGCTCCTAACTTGTATTCATTGTTT ACTTGTTGAAGAATAAGAAtggaaactgaaaaaaagataataatgGTGGT TTCACGCAAGAAAATATGACGGGatcaattttctttactttttttatttc tagactACTGTTGCttcaaaattcatgatattaaCAGAGTCTGTTCGAGA TGCTGCAGATCTGTATTTAAGTTTAAAGTTTCCACCGGTGATGTTTGTAT GTGATACGCCTTGCACTCTGGTCCAGCACATCAATAACAGATCTCCTGAG CATGCTGAACATTTTTGGGGAGAGAATGATGGTTGCTTTGAGAAaccaaa cttggaaaatgatccAGAAAAGGTTAACAAGGATGTCTAATCTTTATTAT TCATGATAAGAAAAGAGCCACAGAGTGCTCAAGAAAAATGGAGCAAAAAT AATGTATTTGAAATAATAACTTAACTTGAAATTGATAGGCAGTATTTCAT GCTATGTAATCGTCAGGCAATATGGTTGCGGTTGTTTTATTTAGTCTGCC AAGTCTGCCATCATGAATTTCAAATAGAACTTGAACTTTCCTTCAAACAC TACAGGGAAACCATTTACAGCTTAGAAATTTGGATAGCTTCAATAAGATG GATTatcaaatcaacaatcatcaacaaaagttaaaattaaaatttaataa aactaaattcataaattttaatcaattctatcttaattttCTAGATGATG AATATTCCAATAGTTGTTCCACCTGAATTCCAAGATGAAGATGAGGAAAC AAAAGAGATAGCTCTTGATAAACCTTTTTGTCATCCATTGACTCAGAGCA GCAGGCGTTTCATATGCGGTGACcgttttcatacaaaaacaaatccACAT AAGTCTCAACTTTGTGAATTCCACAACATCGATTTGTGTCTCCAAAGCAC TTGCATAAAAACAAGCTACCCAGAAAGTTTAAATAACaagaaaaacaata aaagaaatcgCTCAGCTTGCACCCAAAACCTTGCACATCATATTTATTAC AATTACCTTATGGACTATTATGATAATCTTGAAATTGTACAAGAACAGAA GGCAGCTTTATCTATTTATGAAAAAGAAGTAACACGTGATGAATTGTTGC GATTTGTTTTTAATTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000348_pilon:146376..151942+

>XLOC_039161 ID=XLOC_039161|Name=XLOC_039161|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3846bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000348_pilon:146376..151942+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAACGAAAGAAGTTCTGTGTTCACTTACATTTAGTTGCACTTGCCAGGAA
GTTGAAAGAAGGAATAATTGATCAATTAAGCTATGCTAAAGTTAATCCCA
CTAAGGACTCAAATCTAACTGAAAAAACACCTAAATCAGAATTGGCTGAG
ATCTCAACAGCTGTAACCAATACCATATTGATtcagaaatcaagaaaaat
tcCATTGGATATTCCACCAACGGTCCTAGCAGAAAGCCTTAAACTGGATG
AAACAATTGAAGTTTATGTCCCTGAAGAAACTGATTGTTCACTCTGTGGA
AGCGCCTTAACAGATCCAATGAATCAAAAGGGTATGGAACATGGATACCT
GATAACAGAGGTTGTCTCATTCAAAAAGATTAAGATAAAgatcaaaaagt
gtaaaaattcAGATTGTAATGCTACAGTTGTTCTATTTCCATATAACAAA
GCAACGAAAGAAGTTCTGTGTTCACTTACATTTAGTTGCACTTGCCAGGA
AGTTGAAAGAAGGAATAATTGATCAATTAAGCTATGCTAAAGTTAATCCC
ACTAAGGACTCAAATCTAACTGAAAAAACACCTAAATCAGAATTGGCTGA
GATCTCAACAGCTGTAACCAATACCATATTGATtcagaaatcaagaaaaa
ttcCATTGGATATTCCACCAACGGTCCTAGCAGAAAGCCTTAAACTGGAT
GAAACAATTGAAGTTTATGTCCCTGAAGAAACTGATTGTTCACTCTGTGG
AAGCGCCTTAACAGATCCAATGAATCAAAAGGGTATGGAACATGGATACC
TGATAACAGAGGTTGTCTCATTCAAAAAGATTAAGATAAAgatcaaaaag
tgtaaaaattcAGATTGTAATGCTACAGTTGTTCTATTTCCATATAACAA
AGgactTTTCAATATCTCCAACAAAGTTTTGTTAAGTCTAAGCATAATGG
TGGAATGGCGTGAATTTTTGAAAGATGGTACACCAGTCACAAACTTCATC
ACAAGAAAGCTAAAAGGCCTTCAATTGAAATTACCTGTGgactTTTCAAT
ATCTCCAACAAAGTTTTGTTAAGTCTAAGCATAATGGTGGAATGGCGTGA
ATTTTTGAAAGATGGTACACCAGTCACAAACTTCATCACAAGAAAGCTAA
AAGGCCTTCAATTGAAATTACCTGTGGCATCACGCTTGAAAGCATCAGAA
TTTGACTATCTTATCAAAACCATTTATAATGGATACTATGCATTTGAGGC
AATGACAGAGAGAAATTTGGTTGATGCCGTTTGTGGGATATGTGGGATTG
CAGGAAAATTGTACTTCGGAGATGGCAATGAGAAGAATTGCACCTCAATA
AAGGAGGCATCACGCTTGAAAGCATCAGAATTTGACTATCTTATCAAAAC
CATTTATAATGGATACTATGCATTTGAGGCAATGACAGAGAGAAATTTGG
TTGATGCCGTTTGTGGGATATGTGGGATTGCAGGAAAATTGTACTTCGGA
GATGGCAATGAGAAGAATTGCACCTCAATAAAGGAGGTTAATCTAGATGA
TAACTTAGAATCAATACATAGTTTGACATCAACCGATTATCAGACAAATA
TGATGGATGTATTGACTTCTCACCTTTTGGAAAAGGGGGCATATTTAAAA
CATGTACCTAGTCTTTCTTTGAATCTCTCAGACATTCCTCCACTTATTTC
CCCATTAATGAGATCGCATGAGATAAACACGGAAACTGAAAAAAGAAGTA
CATACCTAGATGATACAGATGAGGTTGAAGGTTAATCTAGATGATAACTT
AGAATCAATACATAGTTTGACATCAACCGATTATCAGACAAATATGATGG
ATGTATTGACTTCTCACCTTTTGGAAAAGGGGGCATATTTAAAACATGTA
CCTAGTCTTTCTTTGAATCTCTCAGACATTCCTCCACTTATTTCCCCATT
AATGAGATCGCATGAGATAAACACGGAAACTGAAAAAAGAAGTACATACC
TAGATGATACAGATGAGGTTGAAGGAGATGCAATGAtgctttcaaagatt
ttaagaGACaaaaaaaCCACAATTGATTCTATTGAAACAATGAGTGCCAA
TGAGCTTAAAGATTTGGCCAAATCATGCAAtatcaaaacatcaaagaatG
GGTCaaaaaaaTCACAGGAGATGCAATGAtgctttcaaagattttaagaG
ACaaaaaaaCCACAATTGATTCTATTGAAACAATGAGTGCCAATGAGCTT
AAAGATTTGGCCAAATCATGCAAtatcaaaacatcaaagaatGGGTCaaa
aaaaTCACAGGCTATGTTGAAGCTTAACTTAAAACAACTCTATGCAACAA
TTCTAGTCGGAACATCTGCTTGTCATCAATTTGTCAAGTCTCCTGGTCAT
ACTGGTGGATTCTATCACCTTGTTTGTCCTCACGGAGCTATGTTGAAGCT
TAACTTAAAACAACTCTATGCAACAATTCTAGTCGGAACATCTGCTTGTC
ATCAATTTGTCAAGTCTCCTGGTCATACTGGTGGATTCTATCACCTTGTT
TGTCCTCACGGAactACTGTTGCttcaaaattcatgatattaaCAGAGTC
TGTTCGAGATGCTGCAGATCTGTATTTAAGTTTAAAGTTTCCACCGGTGA
TGTTTGTATGTGATACGCCTTGCACTCTGGTCCAGCACATCAATAACAGA
TCTCCTGAGCATGCTGAACATTTTTGGGGAGAGAATGATGGTTGCTTTGA
GAAaccaaacttggaaaatgatccAGAAAAGactACTGTTGCttcaaaat
tcatgatattaaCAGAGTCTGTTCGAGATGCTGCAGATCTGTATTTAAGT
TTAAAGTTTCCACCGGTGATGTTTGTATGTGATACGCCTTGCACTCTGGT
CCAGCACATCAATAACAGATCTCCTGAGCATGCTGAACATTTTTGGGGAG
AGAATGATGGTTGCTTTGAGAAaccaaacttggaaaatgatccAGAAAAG
ATGATGAATATTCCAATAGTTGTTCCACCTGAATTCCAAGATGAAGATGA
GGAAACAAAAGAGATAGCTCTTGATAAACCTTTTTGTCATCCATTGACTC
AGAGCAGCAGGCGTTTCATATGCGGTGACcgttttcatacaaaaacaaat
ccACATAAGTCTCAACTTTGTGAATTCCACAACATCGATTTGTGTCTCCA
AAGCACTTGCATAAAAACAAGCTACCCAGAAAGTTTAAATAACaagaaaa
acaataaaagaaatcgCTCAGCTTGCACCCAAAACCTTGCACATCATATT
TATTACAATTACCTTATGGACTATTATGATAATCTTGAAATTGTACAAGA
ACAGAAGGCAGCTTTATCTATTTATGAAAAAGAAGTAACACGTGATGAAT
TGTTGCGATTTGTTTTTAATTGAATGATGAATATTCCAATAGTTGTTCCA
CCTGAATTCCAAGATGAAGATGAGGAAACAAAAGAGATAGCTCTTGATAA
ACCTTTTTGTCATCCATTGACTCAGAGCAGCAGGCGTTTCATATGCGGTG
ACcgttttcatacaaaaacaaatccACATAAGTCTCAACTTTGTGAATTC
CACAACATCGATTTGTGTCTCCAAAGCACTTGCATAAAAACAAGCTACCC
AGAAAGTTTAAATAACaagaaaaacaataaaagaaatcgCTCAGCTTGCA
CCCAAAACCTTGCACATCATATTTATTACAATTACCTTATGGACTATTAT
GATAATCTTGAAATTGTACAAGAACAGAAGGCAGCTTTATCTATTTATGA
AAAAGAAGTAACACGTGATGAATTGTTGCGATTTGTTTTTAATTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039161XLOC_039161-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000348_pilongenomesc0000348_pilon:146376..151942 +
Properties
Property NameValue
Aaloc1501-1923:5145
Aaloc1282-1500:4554
Aaloc1156-1281:3575
Aaloc1015-1155:2870
Aaloc769-1011:2315
Aaloc589-768:1608
Aaloc454-588:976
Aaloc1-450:1