XLOC_038988 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_038988
Unique NameXLOC_038988
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000019_pilon:1105819..1117337+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_038988 ID=XLOC_038988|Name=XLOC_038988|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11519bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019_pilon:1105819..1117337+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCGGTCAATCCACTTGCTTTGAGCAGACAGTTAACCCATCATCAAAG GGTTACTAGACTCTATAGAAAGTCATTGAAACATTTACTATCGTGGACAA TGAACAGAGAAGCTTGGAGAGAGCAGGCAGTCCTTTTACGCGAAAAGTTT GATGAAAATAAATCATTAACAGACAAGTTCCAGATTGAAAAAGTTGTCAA GGATGCAGAAGCCCAATTTGAATTGTGGCGTCACCCAGCTCCATACATCC GTAAGATTTGTTTTGATACAGTTTTCAATTATTTAGACCTAGCATCTAAT AACTAAATACTTCAAACTAGTCGTTTATAGAAGATCAGgatctagccccc ccccccccagggtagcgactccagaaccagaagtcatgcaactttcgttg acgtcaaaccaaatgtttcatttttccgtgaactttgaacccttcgaact ttttttctatgtatgctaaagcgttccggtttttactagaTGAAAGCCCG TGAGGCGgccatcgaaaaaatgctctgttcgcgttgcaacaggtgttaaa aatgcatgcaggCGGACGGGCGGTCAGAAAAATTCCAGGGTTTTTGAAAA TCGCTTCAGTAATTTGGAGACGGGTGGTGACGACGtgaacaaaacaattt tttgatggccGTCAGagcgattgagaaaaaagctataaaaGAATAGATAT TAtatgcttttcccagattttttttccgcgtctccgcaccggaaaaaaag tggaaaatatgatgcgggcgggtgtagcctgggaatccaagcgttaaact ttttgttcacagtctagtttatgatatttttgctgttggtttaacgcttg gtgcaggtaactcgcctgcagggacatttttccctgcaatgcaggttcgg cctgattggccagctttcggcgtattacttagcagttctttcgcgcgcat tttgataatttcgatgcgcgcgcataatttatggaaaaaagctgactctg cagaaaaaggaaaacaaatgaaaatgaaaacatagattcatttagaaaca aaatggctgttggctggatgtctaaatacatgtggctgatgctttgatgt ggtttttagtagttttgaaagtccttagaacttgtgaaagagtttttatg gtaagttgattatgtgtgtttacatgggtttccaaagttcagaaagtctg tcaacaagggttcacacacagactgtttataacattctgtgtcagactaa tctacctgcaccaagctctataattttagaactttgtgaggtgaggtatt ttttgttgtttctaaaattattagcttggattcccaggctagggcGGGTG ATGCaattagaacaatttttcgatggccgcctgatcttagctttccagca atatataacactgtggacatgGGCTAGAccgcaaattggtaaaatgccaa acgttttgcaacattttggaAATTGTTTGCCGatgggagaaaaaaaatgt gcaactatcgatgaacaaacatagtgtcctcccccccctttataaagggg ggggattctgattttggcccttttttcaaagtgtgggggaaaatgaaaaa tttgaaatttgctgggggaaaataaagaggggggaaaaccatagatttag gagattttgactgggggaacttcactgatctcaaggtgatcttgttgcaa aacctgtttaagcaataaaatcagcaaatcttttgggataaacccacttt tcaatacaatttcatttttccagcactttcaaggctattttttcaagctt tccaaaatttcaaacttgatttaaggcatttttatgttaaccatatgggg gaaccgcaaaatcttcaaatagctgggggaattcaaaaaagaggggggaa ccgaaaaattttgaaatatggtgggggaaataaaagaggggggaatggag aaaaaatttaatttttagcggggggaaccaacccaggaggacactatgac aaatgtttctggaaacggaggaaaatgtatttgaaggctgaaactttgta tgattatcagaaaaagggtgaggaattcaaaaatcacattcgctaatttt agttctttcattttcatgtagtttttttcacttttttgcttcttttgcat gggaatgtcccaaaaaaaagtttttatttctgccaaaatggattttcttt tcattttgggtttcttctttcagaaaaacttattctttattcataagttt ttgttcctccatttccagaggttcgttgtaaaacatggattGGCTCCATG GAGTACTCCAATGGAGTACCTAATGGAGTACCCCCAAAAATACCTGTCAG AGCGATGAATAACATAAATTTGATAATGAACCTTTTCCACCAGCTGTAAA CTGCCAATTTATagcaatcaaaagaatttcccaagtatttgtttgtgaaa aaatgGCTACCATCATTTCTGGCAGTAAAGCTCGTATAGCGCACGCTCTC tgctaaaaaatctttgttgattCTACAATTAGAAGACCAGATTTAGCTTG CAGAATAGCTCTGatatatcaaacactttataataatacatataatatca gtgtaattgtatataatattatgtgttatatatatagtctagaagtataa aaccttcaactactcaaaatggaaacaataaagacaaaaacccacaaaac aaaaagacaatacaaatacaacaaaaatctagaatgaacattcacagaaa atcaatcaggttggagaagaaaaggaaaatatgatgacatagaaatccgt caatgtaaaactagtgatctaaaatgactttaaggaagaaagtaactcaa tatgagttaagatggaaagaagtaactcaatatgagtcaagaaatatttc aaaaaaacacattatctgttcctcagttttcgacctacacaggatttcgg ccatttgtgaaaatatcctcctatatgatggaaatagggttgtgtaggta ggccaagcagtgttatctagacaccaccacagataaaaagatgtaaaaag atgtgtttagtgaaagtatgaaacgcgcgcaaatattaaataaactaaaa cttaaactcggaaccagccaaagaaactaaaataacaatgaaaaaagaag tgtactttctactagacaaagttgccacacctttgacacgtttctgccac aacgttgtagaaagcatactagatgggaaggaactgggattggatcgcca ctatccaaccctgtggctctcacacacattttacagttcaaagaagaaga tggaaagagtgggaaaagaatgagaatttaaaaaagtcggactataaccc ggttcgaagccccgtacaccatgaccgctcaccgcaagagctggcgaacg agtgaatcttgagagagttgaaatcttgaaaattctgaaaaatgacgaac tataacCCGTCGAAGACTGTAATCTAACTTTATATATATGTAACACCAGT AGGGCACTAGAGCTTTCTtaagcaatatttttcttttgtccttttgtcaa cagattgacttttttaaagaaaatattgtgacAATCATAGAGTACATAGC TTATCAACACATttccaaaatgaatttttatcaTACTCAATATGATGCAG GTAGTATGGCTGGATATGAAATGGCAGTTGGGGACAGTCTGTGAGAGAGG TTACAGAGGGGTTTTAGAGCATTAAATTAttcattgtcattttattgaca aaatacacttcaattaacaaaataataagacaATCACAATAAATGAAGTC CGCCAACTTATTTCTTTGATATGAGAATTtcatactcaatgtgatgcaga tgacatgaaaggatataaaaagagAACAACATGAAAGCAACATTCTTGCT ACAGAGTGGTTTTAGAGCAAATACAAAATTATACAGGTCTTTATTTTCCT CTCGCGGCGATCTAAAATCTGGtctgcaatatttttagagtactccaata ggtactccattggagtactccatggagctactccatgttttacaacgacc ccttgaaaatgggtcctaccacattttttgactcatttcagttagggaaa ccatccaggatcctgccattctataagccagcaaaattaagtgacacttg taaacttaagtttcttaccattttccatcaaaaacaatcgaaaacattac tacttcccaaagccggagaccagagcaaatgatcttccttgatgagggcg cccttttgaatttattgttaactcatttaaaatggtggacagagttgcgg aATGATAAAGGTGTCGCCCGccgcttcgagggtggtaacgccaaaacgcc caatatgatcagccaacagaaggcgagtttgttgctgcgcgagttacgtc atgcactccaccgtagcgaAAGCACAAACAACATTTctcaattataagaa tatcttatgtgcttaattctatttgactttgagagctacattgaagatga aaaagtagaaagataagaaatgcgctggttaattttgtttaaatggatgt gttctatcattgttgaaagttgggGAATTTTCTACCCgctcaaagatttt ttacagccaattaaaggcacagtctgcttataattatgtttgctatatcg tctaggcaaaaaatggtaaaaaaagatgcaaacgtattttttttatgagt gcggttatgtgattttttttattgtgggCGCGTACAGGAACTTGCCAAAT GTTCCTGACtgcatttcaaccttttccaagctaattttcttcaaaaacaa aaataaaacaatgcaatgtcttcttttttcaaaaaaagatatatctttct ttattttgataaatatactaaatattttacaaatatttttatataataat attctaacaccatcaaaaaattctccctccaaatttcaggtctctagcta cactagaaaaagagatatgcaaaattgaagaagcatgactggaaattttc ttttttttcttttgtgacacatttttcaaatttttccaagctattttcct aaaacgtagtggtctaaagaaacggctattcttttttagaatcaacctta caatctagtttttatatttataaaaactagattgctgacgtgtggaaagg aatgtcggcgtgaatgatccttttgtttcgataataacatcaaagcggga actcatttttttcttgtttctttctttcctttttctttctcataacttca agctttccctcagACTCTCCCAAGCGTggttaccttattggtatatattt tcgcgtgttacaaatttttgcgggtacttaatttcacgagttttttggtc aattttcgcgaaatttaatactgtttaaatttttcaaaattacaaaatcg cgaaattaaatacacgcaaaaacatttttcttagtattttgttagtattt ttacatcaaaaacgttgtgtttcaagcaaaatcagtctttttcttgcttt atattcccactttctgaaaatacctagtttagtgaatcgcaaaatttaat acacgcgaaaattttccagaagtcggcaatcgcaaaatttaatacacgcg aaacacgttttttcgattggtaacacgcgaaaatatataccaataaggta gctCAAGTGGTTAGGGCATCTGTCTCAGaagcatgggtttccgagttcga tccctctgggtgtcaaatttttcaattcttcaaatttcttattttaattc tctttctattaaaatgaaggtcaatcaaacaagtaactagcatatattac ctccgctctctgtgtaaggtttagataagctatgatagcatcacttaata agaacttttttaagttgtttttttcttccatctttttttaaccacaagcg attattcaaggctgagatatagaagaacgggTATAGGCCTTTGCGTCTGC GTTTGgtgactgacagtttcagtttcagtttcactactttcactttcact ttcagccagcgaATGAGCGAGCATgataattgatttccgggtcaaaatgt ttgacacttgatccaatcgtttgcttatctttcttgcgtgattgtcattt gaatttcagtatttaatgcttataaaatacggttgttataaggGTATCAA ACTCCTCACTAagagggaacagatcatagatttgaattgaacgcgtaatt actaatagcaattaacattacataacccgtcgatatctcttcactcccat gaaatgtgattcaaaattaaagtgatgagcacgaaaacaaaatcaagaat tggaaaatttgacacccagagGGATCGAACTGGGAAACCCATGCTTTGAA ACAGAGGCTCTAACCACTTGAGCTAAACACGCTTGGGAGAGTctgaggga aagcttgaagttatgagaaagaaaaaggaaagaaagaaacaagaagaaaa ttagttcccgctttgatgttattatcgaaacaaaaggatcagtcacgccg acattcctttccacacgtcagcaatctagtttttataaatataaaaacta gattgtaaggttgtttctaaaaaagaatagccgtttctttagaccactat gttctaaccttttttttgacatttttagtcaaagttttgacactaaaatt tgaatatctttacaaccacttatcctctggaggcctatgaccgggttggt ctaaaaagcagggtagccaatggggtagccaattgggctaggttatgggg tacctctttttgcctaaacttttgaaatctgaaacctgtttaatgtggaa ataactattacaacatcttgttaatgattgcatgtaataaaatttaagat tcctttcgaacttcagccacaatagccttttttccaaatgtactgaactt tgttacttctcaagagacctggcgccattttgtcttccttcttggcttcg attgaaaatttacagacccgaataaaaaatatatacaaaacagtttttaa tattttagatttagactttatttgtgtttttaattgttatttccgtgaag ctgtaatttgatgataatagctttggaatcgcctttaggccatatgatct ctaatcttgtcatatcttaacaatcctttgttattgaatctattgtttaa tttaaatcatgtttagatgtttcaaacaattaattcctttcaaaattttt aaatatggcagcttataataggtacaaaaggtcttttgaaatagctctat tataatgaagctctatttcttactcctcgtgcattaacacgtggtaatct atatctttgtttatctttggaatcatacatgatcaatctaagtatcaatc agattcatgctccctggtcagtaaaatgtggttctatgcattcattttcg gtatttctattctggtctgtaaaatatttaggtaccccacaacctagccc aattggctaccccaattggctaccctgctttttagaccaaccccctatga cccctcattttctttctttttcaaagctctacaagataggatgggttttg aaaaaaaaattaaaatttgaaaaatcttctgaaGTTGCTACGCCAGGGTC AGCGGTTGCGGGTTGGCAAACGATaccatactccaggatgcattgtctct tattttccccctattttctactttcctatattctatcctgattttctgtc tttctccagtgtttctaactgttttcttagtatatttctgaaatttgcct gtACCGACCCGGCTCgaacaagcaaccttggtttacaaacccaatgccta accgcttgcGCAAACAAGACATGACAGaaagctgtcattcacaaatattt atagcgtgtaatttacagaccttaaataagaaagctcccaaccctaccgg tgcccctacaaggatccctacgggatccaaAGTTAAGTCTCTGGGTACGA ATGCCTCTAAGAAGGCCTTcagccttatattgtgactcttgagctccaac cctaaccctaacagttacatcaatatgccaaaaacattttgttcaaccac cttcacttcaagataggccaccatagaatgaacttccttttataggatga accataactgtattcatgtggctttcagccttgcactccatcacagaggc taatcaattttaatgacttttttgactaatgaccaagttaaaaaaattta atttttttagatttgagtattaaaaaggcatgcattgggctcttccagaa aaaatccgttcatggggggtggaggatgaattgtccaggggtattgaaaa aataccaaaaaattgcattgtccagggggtaaattccaatgtccaggggt aattttttgtgtccaagggggtgatttgatgtttgtccaggggtataacc cgtgtccatggggttaaaaatcaaaatgtccaggggtaattcatgaaaaa aataatatatcctccaccccacatgaacggattttttctggaagagccca ttcaaataataaaggtttaaaatttttctctgggctagttagtaaaatat ctcaaataggctctgtgatggagtgcaaggctgaaagccacatgaatatg gttcatcctataaaaggaagttcattctatggtggcctattttgaagtga aggtggttgaacaaaatgtttttggcatattgatgtaactgcctaactga taataaccgaaccccagTCTAGGTCtgcggattgaaaaatttcacttgca tcctggagtatgatattgTTTGCCAACTCCCAGGGTCAGTCTATCTGGCT GGGGGAAATCCTCTTAATTGTGCGCTTAATTTCCGAGGCCGTAAGCGTGC AATGCACAGTTAAAATTTACAATTGGTGCAGTTGCATTCTTAAAATTCTC CCACGGTTGAGATTGCTTGAGCcacttgttttggtttgttaCAACACCAA GCTACGTTATTCCCAAGAgcaattaaaaattacaaatttttttctttttc tttgtttggaaCATGTTATTTGATcaaaacaatagaccttttcgcctttc catccgccatcttgaattgtacatagtgtccttcagggtctcttcccccc atgcctagaatgaaaattttccactcccccccccctcatttttccccacc ctgcctcaaaaaatttctctgtcccccccccctcaagcaaaaaattaaaa agctgtaatttgattaacttaacgcttattgttttccctaagatagttct aattcaagaagaaatggaaaggatggttgtttttaaaccataatattaat aaaactaagcattatgctatatcatctcataaaaccagatgtttttcaat tttgaattgattttggtgagttcccccccatgcctagaataaaaattttc catccccccccctcgtttttccccaccctggcttcaaaaaaaattctttc ccccctatacgtccttttgacctcaaaacccatcccccccctgaatccag gggggggaggacactatgttgtatgcaaaaatagaggaacgaaaaagctg tggttggatttagttggaaaatatgtaaacatatgcaagtttacacaaag attaaaaattcaaaaaagcatcttatacaaaaatattataatcattagaa caataaaagatggagtttcttaatccaaaaagaaatatttacagaacaac aaaagccttttagaaatttgttcttaaagacattgcatattctgttttca tgccattaaagaattccaccaagacggagtacacacatcaaactttcgaA ACACGCAAATTGAAatcagtaattatgacgtcacacattcagcgggttca aatcaatgttttgatttgatcgtctgACGGTTCTATttccaggagaataa tttatcgtcagccgaataaggaatatttttgtccttcgcgggtgattttt cagcttgagtttatgtctaatgttatggttttttgaagtgcttgttctaa gagatgagcgaatttgattatttctagttttcaaaagaagcaaatctaat ctttcttctacaagattacactttaaaatataatgccaattatgcatgta agttttatattaatactttctttttgcatatgttttgcatactttctaag gtaATTTCACCACGgtaattcggccaccataatttttgcatacaattcaa tatggcggatggaaaggcgaaaaggtctattaaacgTTGAATTCTTGTTT GAACAGGGAATATATTAAAATCTAATTTGATGCAATAAAATCCAGTCTGG AAAGGTGGAAAGTGTTGCATGGGAGGCGTTTTTGCCGTAGCTAAAAGCTG CACCAAAAGGTAATAGGGAACTGCCGCCAAAGGCAGCCCAAGCTCGTTGC AGCCGCTAAAATTTTTGAGGGGGCTTGTGACTGGCTTTGAAAGTGACTTT TTATGCTTAACAATTTGATATAACCTGTGTGAAATAAACAATTTCAATAG CATGGGGTATTCTTTGTTTTAAAGTGTACATTAGTAAGAGTAAATCTGGC ACCAGCTACTCTGCGCCAGCTCCTCTGCGTCAATGCGCCAAGACCAATCT CAAGTCTGCGCCGGATATCTCCGGCGCACATGccgcaatttccagactgg AATAAAATAGAATCATCTAATCATCCAATAGACCttttgttacataattt ataattgttatttgttatttgttttgtttatgtgttcattgttCTGCAGA GAAGAGCCATAGAGAAAAGTtgttaaaagaacaattttttcagatttttt cccGCTTCTCTGCATTGGAAAATCGGTGGAAAATATGATGAACAGAACCA TTTTTAATAGTCCTTTTTTAGCTTAGGGGAAGGCACTACCATTTTGATTA ACGTCTACTCCAGTTGTTTTGTCTTATTTTTACTCCTGACAAATTTTGTT GTAACGTTGGAAATCGATGGACAAAAGAGCCGAATTATTCTTTATTTGAA ATTAGAGCTATCGAAATGATGTGTTGATTatctttgataatttttatgtt tttgtttcagaTCCAAAAGCACCAGGAGGCTCAAAATACGAAAGGAATGT TCCACCTCCACCAAAcgtaagatttttattttatttctacaaattccTAA CTGCTAAACCAATTCAGTCGCCAAAATTTTACATCCAAATATTCTTTGAA GTTCCAACTTTCGATgaagagttttagaaaatttgattattttaatatgt cattttttaagtttcaaCAAATTATCTGCTAATTGCAATTTTCTTGATCG AAATGACTTTACTTGACCTTAAAATTCTGAATTTCTGTCCAACCATTTAC TGAATTCTACCATTCAGACTAAAAATCGATCAAACCAACCTCTCTTACAT CACATATGAAATGTAGTGGATGAATGGATTTTTCTGTATATTTCCAGGCT TTAGAAATGCTACCCATGGAAGAAGAATGGTATAAAGAAATGATGGACTG GGCTGATGGAAAAAATTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000019_pilon:1105819..1117337+

>XLOC_038988 ID=XLOC_038988|Name=XLOC_038988|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=756bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019_pilon:1105819..1117337+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCGGTCAATCCACTTGCTTTGAGCAGACAGTTAACCCATCATCAAAG
GGTTACTAGACTCTATAGAAAGTCATTGAAACATTTACTATCGTGGACAA
TGAACAGAGAAGCTTGGAGAGAGCAGGCAGTCCTTTTACGCGAAAAGTTT
GATGAAAATAAATCATTAACAGACAAGTTCCAGATTGAAAAAGTTGTCAA
GGATGCAGAAGCCCAATTTGAATTGTGGCGTCACCCAGCTCCATACATCC
ATGGCGGTCAATCCACTTGCTTTGAGCAGACAGTTAACCCATCATCAAAG
GGTTACTAGACTCTATAGAAAGTCATTGAAACATTTACTATCGTGGACAA
TGAACAGAGAAGCTTGGAGAGAGCAGGCAGTCCTTTTACGCGAAAAGTTT
GATGAAAATAAATCATTAACAGACAAGTTCCAGATTGAAAAAGTTGTCAA
GGATGCAGAAGCCCAATTTGAATTGTGGCGTCACCCAGCTCCATACATCC
aTCCAAAAGCACCAGGAGGCTCAAAATACGAAAGGAATGTTCCACCTCCA
CCAAAcaTCCAAAAGCACCAGGAGGCTCAAAATACGAAAGGAATGTTCCA
CCTCCACCAAAcGCTTTAGAAATGCTACCCATGGAAGAAGAATGGTATAA
AGAAATGATGGACTGGGCTGATGGAAAAAATTAGGCTTTAGAAATGCTAC
CCATGGAAGAAGAATGGTATAAAGAAATGATGGACTGGGCTGATGGAAAA
AATTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_038988XLOC_038988-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000019_pilongenomesc0000019_pilon:1105819..1117337 +
Properties
Property NameValue
Aaloc307-378:11448
Aaloc253-306:11063
Aaloc1-249:1