XLOC_036701 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_036701
Unique NameXLOC_036701
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000126_pilon:381681..391116+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_036701 ID=XLOC_036701|Name=XLOC_036701|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=9436bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000126_pilon:381681..391116+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGTCTAACTGAGTGCAGACAAAAAGGAATAGGAATCCTCCTTCATTA TGAAACAGTCAAAATCATAgacataaaaaacaaaaaagttggaGCTTTGT ATCGATTCATCCAGCTCATAATTATCAGTTATGTTATTGGGTAAGTTTTT TACACTTCTTAACAGTTTTAAAATGCGTTCCTTGAAAGTCCTTGTTTTTC TTGACCATGGCATGGGTCTCCACTCTCAGTGAAGTGGTTGGAAGTAGTTG AGttttttgatcaaaatcagttttttgtttatatcagacacaaataaaag aaatatattaaaaagacaaaagaaaatttttggcaTACAAATATCTTAAG ACTGCAAACATGGGTTGCCATGAAACTttcacaaacaaacaaaaaagact TTGAATGAAGAATCATGCCATCCatcataatagaccttttttcaaagagg ccaccctgttgaataattatgtagtccagcagaaaaacaatgctaaaacc atgcataattattacaatatgcatgatacagtaattatgcatggctttat cattgtttttatggctggactacataattattcaacaggacgtcctcttt gaaaaaaggtctatgcaaAATgaagaatgtttgaaaaaaaacgctTCTTA ACGCTATAGCCTATAGTGTAAACTTCTTAACGCTGTAGCCTATAGTGtat aaatatttcaaagtttGACCGTGGTTTCCTCGCTTGGTTGGTCCATGAAA ACAAGATGCATCTTTTGACATAGGTCTATATTGTTAAAAAGATTGTCTTT GGATGTCATTTCATTGGTTTGAATCAGCATATGGTCACACTTTCTTGCTT TCAAAAGGAtaacattatcaaaaaataaCTAGAATAAATTTTGGCtcgtg ttttcaaaaatcaatctaAAATTGAACTACCACCCACAAACTGTCTCTCT 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taagtttacaattttatttcattatattatttcgtagaggtcgatagacc tttgaagtataattctatgaataaataaataaatcttacTTTTAATTGTA GTCCGTATAAGAagccctggtctggaagccttttgttccaTTCTATTGTT GCGagcttgaacttgcgttgagaaattctttttttgatcatgtgattaac ttttgagccaatcctgagtatttggtaacgtgatcaaaaactgagcaaat cgatttttataatcgttattaacaaaggaaaaagttaataaaaagttaca acaataggcttccagaccagggttttttatacggactatcatttaatcaa aaagtaatatattttagttctttctttcttgtttaTTACAGGAAACAGAT GCAGTCTTCGTGATGACAAACATGATCTTAACACCAAAACAATCACAAAG CAATTGTCCAGAAGATTCTAAATTTAAAGATATACATTGTAAAAAGGACA GTGACTGCCCTAAAATGGTGCCGGTCAAGAACGGCAATGGTAATCAACCT TTATTATAATTAGAAAGCTTCTTAAACTCGATACTCAACTCAACCTTGTT TACTGTAAGCCACGGGGGACGTTGGGAGGATACAAATAGGTGTGCGATAA TTTTTACTGATTGGAGGAgaagtaacctgataacagctgttcgtaatttt cttacgcgcgcggtaaacctctgaaggcgcttgaaaatcatacagctgag gaaaatagtcctcccgcgaaaatttctacaacaagaatcttgttgtgcgc cggaaagttgaaaactgatacggcgccctattcataaacacaatcacgca actttgttgtccaaaaactgagcctgcatatgcttataaacgttatgctt ataaaagaaaaaacatgtacattATAAACAATACAAAGATGAAATACAAA 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GGGATAATGTGGAACTTATTCGTCGTAAAAAGTCGTTTCTGGGGCCGACC Gacagtgactgtaccacccctacggattcattcctctttgtttatcacgg gaatcaactgcatgtggtttaaagaacgacaaattacgcatgcgtgttac aatccagaattctttagaggaacagactgatCGAACAAAATTTCAATCGG ACGAAAATTTGGTTTGAAAAGtgacttttttttctctttttcatctCTAG GGTGCGATATATGGCATCATTATTGAATGGGACTGCAATTTAGATCATTC CATCGACGAATGTCTTCCAAAATATCAGTTTAAGAGGTCTGTTCTCAAAG ATATTcgaattgaatttttcaataaaatctttCCTCGTGCAATTATATCC TTCTCTTTCtgaagcgaccgtagtgcactggtagagcatccggctccggt tcgcaaggttgtgggttcaatcccctgCCGTGTGaaaccaaagatttcca aaatggtattTGATGCCTCTCTTCTTGATGATTAGCAATAGACCTTAtct gagtttttgatttttctaaaatagcGATGTAttgtgtattacaatagaaa tctcttaggaattcctcgagggaattctattgtaatcaatcagaaacaat cccacaatgcatcagtttttcagaaaaataaaaaactccgataataTCTA TTAAGAGAAGTATCAAGGGTAGGGTAGAtggctatcgaaagaggagcctt cgggtcgcctctgactgcggtcgcagacttactactaCTTTCTGAGGACT ACGAACCGACGGATGTATAACTTTTCCTTCTACTTACACCCTTAACATTT CTTTATGACTAAATTCAGCAAAATGTTATTTTCGTAAGTTTGCGAAAAAG TGGTCATGTTATTTTCCTATACTTCTTAGGTTGGACGATGTAAATTCGCC GATATCTCCAGGCTATAATTTCAGGTTAGTGACTACTTACATCCAAACCC TTTATACTCCTCCGTTGACATAGAACAGCATAGAAGTGCAAATCGATGTT TGAtcgggctattccagaaatagtctatgccctctatgttgaggaggtgt gaggTCTAGTGTggcctggaaaataaaaaatccagagtgttcagtaaaat gaggtaaataatcgagggtggtccaaaaaatgaggagaaagttcaagggg gtcctaaaaaattgaaaatataatcccaaaaaagacctcctcaacattag ggataaaatttttttctggaatagcccattggtGGATTTCCAGgaatgtc aaaatgtcaaaataacatAAAATGCGTGTAGTAGAGATTAGAATTTTGTT CTAGATACGCAGATTATTACGTTGAAGAGGATACACGTTATCGAGTTCTC ACCAAAGCTTACGGTATCAAATTCGAATTACTCGTCCATGGAAAGGTCAG CGctattgaataattaaataatttttatttgataaatatCGTGGCTGCCA ACGGCAACGAATCTTTTTCCCGTCCATTTTGCTGAGTTTGCAGCGGTAGG AACCTTCTCACGACTTATAACTTAAAGCCCGTTATTCCATTCAAAACTCA TACAGAGGGTGGACGAatcttttcaagcaaaaaaataattcttgaaaatg tgtggtTACCTCCtcgaaaattgcaaaatttgcaaaagacccttggaaaa aatctttcattccTTAAAGTGGAGTGTTGACGAACTTAAACCAGTCTTTT GGCCCttgcaattttcaaaatattttttaccccctgaaaaatagaaaacc tTTCCTTAGacacccctggaaattcttcttctGGAAAAGTTCGTCCGCCA CCTTGTATGGATATAAAGTGGAATGGCCCATTCTGCCCTTTTCTGTATCA TTTATGCTAACCATTCACAAGTTTCAttttgggacgagatggagttttta caagctcttattcgatttggttggtcgttaaggctgtcatttttttaaag aacgtgtcatttttattacttcaaatgaccaatttattaaagtatcttat aaaaactccatctcatctgttcATTTTACCATTAGGCTGGCAAATTCAAT GTGATTCCTCTCCTAACAAATCTTGGAGCTGGTATGGCGTTGCTGGGCAT TGTAAGATTATTTGATCGTTTTTCGATTtccgtttttttaagaaactagt tttaccaagcagcctcaatagttctatttatactgagacgattaatttgt ctgaaACGAGCTATTTAGAAAATgatggaggagtgtactttccattcatg tttcaataaataggatctcctccacagatcacattttacaaactactcgt ctcagacgatttttccgtctcagtataaatagaactaatgtttcttaaga aatcggccttttgagctttaaatgtttcttacatgtttctaaactttttg acataatcagcctatttttcatggaaagaaaaaaaccattgttttgattg gaaggttcttaaaaatgttattttctcattctcagccttaGCATgatctt agatgtttcttagtttttaggcattctgagcctcatgtttcttaaaagtg tgttttttttAAACGTGTATCATTTGAAGAGGCAGCCTTGAACAGAATAT CCAAATATAccttatgttttttttcagtgGTAAAATAATTGAGCTAGCAG ATGTAGACTTTTCGCTGGGGAGAATTCCTgaattttttatcctttttatc AAGTTGATGGTTGATGCGGGGGTGTAAGACTTTCTTTAAACTTATAAGTA CCCTGAGAGCATTCACTTCTATTGGAAGGCAGTAGCGTTCTCAGGGATGT CGGAAAATTTATGTAGGAGAGCACAATTTTATTATGAAGTAATTATCTTT CAATGTTATCCTACATTGGATATCTCCTACACAAAATGATTTTTACATGG ATCTCTCCTATTTTCTACACAAATTTTCCGACACTCCTTAGCTACTGGAA GGTTGTTCTGACAATTCACACcactttcaattcaatttttttccaggcgA CAGTATGGTGTGATTTCATTGTGATGTACTTGTTGAAGAAAAGAAATGTT TATCGTGAACACAAATATCAAAGAGTTGATGATGACTCGCAAGATCCGAA AGGAAATGTACAGGTCTTATTTCTCCTTTCatgttacacccctgtctcac agccccggtggaactttttccccagtggggataaaaattcctcttaaaat cctaatggggatagagattctattgttccaaggttaaaaaattcaatggg gatggttttgcaCAGCAAATTTCGAACACGAAATTTCGAGTGGGATGAAA TCacagtcaatttcccagtggggctgaaattcaagtgtattttcccaccg aggatgaaatttttgcttaattttttcagtggggctggggtccagCGGGt gtgtgacacaggggtgttttatttaaaaagcattttcaaaacatttattc ATAAAGAATTGGTTTTTACATGCATTTCCACTGGAAACAATTGTTTAACC TGTGTCTTTCGCCGTACTATTTTCATGAACCTTGACCGAATCTTAAACAA TAAATAACCCATCGAAAATCATCGACCTTTTAAAGATATCTTCTAAGTAA TctatatttttctttatcaggTTGATGACGACGAAAATGAGTTGGAGAGC GATCGCCCTGAAGCAGAGCGTCTCATCAAACCATAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000126_pilon:381681..391116+

>XLOC_036701 ID=XLOC_036701|Name=XLOC_036701|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2544bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000126_pilon:381681..391116+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGTCTAACTGAGTGCAGACAAAAAGGAATAGGAATCCTCCTTCATTA
TGAAACAGTCAAAATCATAgacataaaaaacaaaaaagttggaGCTTTGT
ATCGATTCATCCAGCTCATAATTATCAGTTATGTTATTGGATGGGTCTAA
CTGAGTGCAGACAAAAAGGAATAGGAATCCTCCTTCATTATGAAACAGTC
AAAATCATAgacataaaaaacaaaaaagttggaGCTTTGTATCGATTCAT
CCAGCTCATAATTATCAGTTATGTTATTGGATATGTTATAGTGTATAAGA
AGGGGTACCAAGAATTCGACGTTGCAATAAGCACGGTGACAACTAAACTC
AAAGGAACCACTTATGTTGACTTTGGTAAATTTAACTCAACACTTTTCAA
TGGAATTCGAATATATGATCCATCAGATTACGTCATACCTCCACAAATAT
GTTATAGTGTATAAGAAGGGGTACCAAGAATTCGACGTTGCAATAAGCAC
GGTGACAACTAAACTCAAAGGAACCACTTATGTTGACTTTGGTAAATTTA
ACTCAACACTTTTCAATGGAATTCGAATATATGATCCATCAGATTACGTC
ATACCTCCACAAGAAACAGATGCAGTCTTCGTGATGACAAACATGATCTT
AACACCAAAACAATCACAAAGCAATTGTCCAGAAGATTCTAAATTTAAAG
ATATACATTGTAAAAAGGACAGTGACTGCCCTAAAATGGTGCCGGTCAAG
AACGGCAATGGAAACAGATGCAGTCTTCGTGATGACAAACATGATCTTAA
CACCAAAACAATCACAAAGCAATTGTCCAGAAGATTCTAAATTTAAAGAT
ATACATTGTAAAAAGGACAGTGACTGCCCTAAAATGGTGCCGGTCAAGAA
CGGCAATGGTGTAAGGACTGGGAAATGTGTATCATCAGATCGAAATTCAT
CAATGACCGTTTGTGAAATTTATGGCTGGTGTCCGACTGAAGTTGACCAA
CTTCCCATGCCCAATAATAATTTCAGGTGTAAGGACTGGGAAATGTGTAT
CATCAGATCGAAATTCATCAATGACCGTTTGTGAAATTTATGGCTGGTGT
CCGACTGAAGTTGACCAACTTCCCATGCCCAATAATAATTTCAGTGATAC
AGTACCTCTTCTTGATGGCACAAAATATTCCACCATGTTGGTAAAAAACC
AAATCAGTTTTCCAAAGTTCCGCGCCATCAGTGATACAGTACCTCTTCTT
GATGGCACAAAATATTCCACCATGTTGGTAAAAAACCAAATCAGTTTTCC
AAAGTTCCGCGCCATCAGgaatAATATCATCCAATTCAACGACAGTACAT
ATTTGAAACGATGTCATTATAATTCGGACACTGACCCTTTGTGTCCGATA
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CGCTTACCAAgaatAATATCATCCAATTCAACGACAGTACATATTTGAAA
CGATGTCATTATAATTCGGACACTGACCCTTTGTGTCCGATATTTAACTT
AGAAGACATCGTCTCTTCTTGTGGTGATAATTATACAGATGTCGCTTACC
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TCCATCGACGAATGTCTTCCAAAATATCAGTTTAAGAGGGTGCGATATAT
GGCATCATTATTGAATGGGACTGCAATTTAGATCATTCCATCGACGAATG
TCTTCCAAAATATCAGTTTAAGAGGTTGGACGATGTAAATTCGCCGATAT
CTCCAGGCTATAATTTCAGGTTGGACGATGTAAATTCGCCGATATCTCCA
GGCTATAATTTCAGATACGCAGATTATTACGTTGAAGAGGATACACGTTA
TCGAGTTCTCACCAAAGCTTACGGTATCAAATTCGAATTACTCGTCCATG
GAAAGATACGCAGATTATTACGTTGAAGAGGATACACGTTATCGAGTTCT
CACCAAAGCTTACGGTATCAAATTCGAATTACTCGTCCATGGAAAGGCTG
GCAAATTCAATGTGATTCCTCTCCTAACAAATCTTGGAGCTGGTATGGCG
TTGCTGGGCATTGCTGGCAAATTCAATGTGATTCCTCTCCTAACAAATCT
TGGAGCTGGTATGGCGTTGCTGGGCATTgcgACAGTATGGTGTGATTTCA
TTGTGATGTACTTGTTGAAGAAAAGAAATGTTTATCGTGAACACAAATAT
CAAAGAGTTGATGATGACTCGCAAGATCCGAAAGGAAATGTACAGgcgAC
AGTATGGTGTGATTTCATTGTGATGTACTTGTTGAAGAAAAGAAATGTTT
ATCGTGAACACAAATATCAAAGAGTTGATGATGACTCGCAAGATCCGAAA
GGAAATGTACAGgTTGATGACGACGAAAATGAGTTGGAGAGCGATCGCCC
TGAAGCAGAGCGTCTCATCAAACCATAGgTTGATGACGACGAAAATGAGT
TGGAGAGCGATCGCCCTGAAGCAGAGCGTCTCATCAAACCATAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_036701XLOC_036701-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000126_pilongenomesc0000126_pilon:381681..391116 +
Properties
Property NameValue
Aaloc1207-1272:9371
Aaloc1090-1206:8747
Aaloc1024-1089:7786
Aaloc934-1023:7056
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Aaloc457-570:4165
Aaloc307-453:3242
Aaloc142-306:2057
Aaloc1-138:1